The origins, evolution, and functional potential of alternative splicing in vertebrates.

Alternative splicing (AS) has the potential to greatly expand the functional repertoire of mammalian transcriptomes. However, few variant transcripts have been characterized functionally, making it difficult to assess the contribution of AS to the generation of phenotypic complexity and to study the evolution of splicing patterns. We have compared the AS of 309 protein-coding genes in the human ENCODE pilot regions against their mouse orthologs in unprecedented detail, utilizing traditional transcriptomic and RNAseq data. The conservation status of every transcript has been investigated, and each functionally categorized as coding (separated into coding sequence [CDS] or nonsense-mediated decay [NMD] linked) or noncoding. In total, 36.7% of human and 19.3% of mouse coding transcripts are species specific, and we observe a 3.6 times excess of human NMD transcripts compared with mouse; in contrast to previous studies, the majority of species-specific AS is unlinked to transposable elements. We observe one conserved CDS variant and one conserved NMD variant per 2.3 and 11.4 genes, respectively. Subsequently, we identify and characterize equivalent AS patterns for 22.9% of these CDS or NMD-linked events in nonmammalian vertebrate genomes, and our data indicate that functional NMD-linked AS is more widespread and ancient than previously thought. Furthermore, although we observe an association between conserved AS and elevated sequence conservation, as previously reported, we emphasize that 30% of conserved AS exons display sequence conservation below the average score for constitutive exons. In conclusion, we demonstrate the value of detailed comparative annotation in generating a comprehensive set of AS transcripts, increasing our understanding of AS evolution in vertebrates. Our data supports a model whereby the acquisition of functional AS has occurred throughout vertebrate evolution and is considered alongside amino acid change as a key mechanism in gene evolution.

Detection of Body Dump Sites and Clandestine Burials: a GIS-Based Landscape Approach

Forensic archaeology has been of inestimable help in the location and excavation of clandestine burials (Hunter 1996a:16-17, 1996b; Killam 2004; Levine et al. 1984). Landscape archaeology techniques have been adapted and widely applied for such purposes. In this article, an adaptation of one of the most common applications of archaeological GIS, that is predictive site location, is applied to the detection of body dump sites and clandestine burial sites, bringing together in the process the fields of landscape archaeology, forensic sciences, and GIS.

Arqueología de paisajes altimontanos pirenaicos: formas de explotación y usos del medio en época romana en valle del Madriu-Perafita-Claror (Andorra) y en la Sierra del Cadí (Alt Urgell)

long-term cultural history of the Madriu-Perafita-Claror valleys (Andorra) and the Cadí Range (Catalonia) has been investigated thanks to the combination of archaeological surveys and excavation, analysis of written sources, multiproxy alaeoenvironment analysis (pollen, NPP, micro and macro charcoal, sedimentology and geochemistry), and digital technologies such as stereophotogrammetry, multispectral imaging, DGPS and GIS. The project has been designed from a landscape archaeology approach and the study area has been selected due to the suitable setting it provides for a meaningful application of the aforementioned techniques. Consequently, archaeological, historical and palaeoenvironmental data have been all treated as cultural proxies. Their comparison has allowed obtaining not only coherent but also complementary results. The project outcomes show an uninterrupted occupation of these high mountain valleys (2000-2600 m a.s.l.) from the Mesolithic until the present. This human occupation shows strong spatial and chronological variability in human practices ranging from a stable long term group occupation in the Late Neolithic to the diversification of representative practices during the Roman period (metallurgy, pine resin exploitation, charcoal production, pastoralism, etc.). This high diversity of activities leads to complex cultural landscapes in the high Pyrenean areas. The reconstruction of the cultural history at the study areas will allow the development of more sustainable politics for these landscapes management.

Procés de patrimonialització cultural de la central nuclear de Lemoiz (Bizkaia)

El propòsit central d’aquest treball és el de plantejar un procés d’activació del patrimoni cultural i històric, concretament el de la Central Nuclear de Lemoiz (Biscaia). Si la central fos declarada patrimoni industrial i històric es podria establir un punt de partida per a la resolució d’una situació complexa a nivell social, polític, urbanístic i medi-ambiental com és l’existència de la central nuclear

Comparative analysis of the transcriptome across distant species.

The transcriptome is the readout of the genome. Identifying common features in it across distant species can reveal fundamental principles. To this end, the ENCODE and modENCODE consortia have generated large amounts of matched RNA-sequencing data for human, worm and fly. Uniform processing and comprehensive annotation of these data allow comparison across metazoan phyla, extending beyond earlier within-phylum transcriptome comparisons and revealing ancient, conserved features. Specifically, we discover co-expression modules shared across animals, many of which are enriched in developmental genes. Moreover, we use expression patterns to align the stages in worm and fly development and find a novel pairing between worm embryo and fly pupae, in addition to the embryo-to-embryo and larvae-to-larvae pairings. Furthermore, we find that the extent of non-canonical, non-coding transcription is similar in each organism, per base pair. Finally, we find in all three organisms that the gene-expression levels, both coding and non-coding, can be quantitatively predicted from chromatin features at the promoter using a 'universal model' based on a single set of organism-independent parameters.

L'Aigua i el patrimoni industrial de la Garrotxa

L’objectiu d’aquest treball de recerca és el d’establir una “Ruta sobre el Patrimoni Industrial de la Garrotxa” amb la finalitat de potenciar el patrimoni industrial de la comarca; fomentar la seva protecció, rehabilitació i preservació; així com també fer accessible aquest patrimoni als visitants i habitants donant a conèixer diferents tipus d’accés a la ruta: a peu, amb bicicleta o amb cotxe

La Secció d'Arqueologia del GEiEG

Amb aquesta recerca es pretén donar veu a un tipus d‘investigació científica articulada a partir de les excursions científiques i que actualment està quasi en desús. Els integrants del GEiEG que es dedicaven a l'arqueologia havien de compaginar aquesta afició amb la professió i la majoria no havien estat formats en història, sinó que la seva era una formació autodidacta. Diversos personatges relacionats amb el món cultural gironí dels anys 30 foren qui van posar en marxa la investigació arqueològica. Amb aquest treball es vol recuperar un episodi de la història de l‘arqueologia gironina, molt poc investigat i quasi oblidat i directament vinculat amb el context històric i social de la Segona República. Concretament hem investigat la formació de la Secció d‘Arqueologia del GEiEG, com es va anar creant, qui la formava, com van anar dotant-la de bibliografia bàsica sobre arqueologia, el local que tenien, la seva col•lecció, les seves publicacions. Hem volgut veure què va passar amb el fons arqueològic, si les col•leccions que formaven el fons foren entregades intactes, si hi havien altres col•leccions privades dins aquest fons. Volíem saber si totes les peces provenien del GEiEG o d‘altres fonts. També volíem saber si els altres socis tenien col•leccions privades. Per una altra banda també volíem estudiar i investigar la creació de la col•lecció de peces arqueològiques anteriors a la formació del grup, així com veure qui eren les persones interessades en l‘arqueologia. I finalment volíem conèixer els usos del fons des de la seva donació fins els nostres dies. Alhora ens ha permès veure com des de les comarques s‘intentaven realitzar troballes al marge de Barcelona i com es van localitzar important jaciments de Girona i els seus voltants a partir de les excursions científiques i les sortides del GEiEG

Patrimoni arqueològic, difusió i mercat: algunes reflexions

En una sociedad que se transforma aceleradamente al dictado de las leyes capitalistas del mercado y del Pensamiento Único, la deriva finisecular de la arqueología hacia una disciplina de gestión del Patrimonio viene caracterizada por la mercantilización del pasado y la trivilización del conocimiento. El deretioro de la cosa pública, a causa de las políticas neoliberales y el abandono por parte del Estado de sus responsabilidades para con el patrimonio arqueológico, expulsan a la arqueología del proceso de creación de conocimiento, produciendo una grave dicotomía entre la arqeologia básica y la arqueología aplicada, que impide planificar su protección, conservación y disfrute en tanto que bien público. En este contexto de progresiva venalización, se reflexiona en torno al consumo político y lúdico del pasado, las formas de presentar sus restos y las nuevas percepciones inducidas por la sociedad del espectáculo.

Formes d"ocupació d"alta muntanya a la vall de la Vansa (Serra del Cadí - Alt Urgell) i a la vall del Madriu-Perafita-Claror (Andorra): estudi diacrònic de paisatges culturals pirinencs

Els medis d'alta muntanya han estat tradicionalment concebuts com espais naturals, caracteritzats per la marginalitat de les activitats humanes. Tanmateix, en les darreres dècades, diversos projectes d'investigació han posat de manifest que a Europa, l'alta muntanya constitueix un espai humanitzat des d'antic, en molts casos, des del Mesolític. Des d"aquesta nova perspectiva, la muntanya ha passat a constituir un paisatge humanitzat, cultural, modelat al llarg del temps. Els estudis en curs plantegen analitzar aquests espais com a paisatges culturals en totes les seves dimensions, mediambiental i social o humana. En aquest nou context, l"anàlisi del registre arqueològic i de les adaptacions humanes al medi requereix d"una aproximació integral des de l"Arqueologia del Paisatge, la Història Ambiental i la Paleoecologia.

Ancient Bronze Horse Muzzles of the Iberian Peninsula

[spa]Los bozales y las muserolas en bronce para caballo constituyen unos excepcionales complementos ecuestres cuyo conocimiento se encuentra disperso en una extensa bibliografía. De muchos ejemplares apenas se ha publicado una breve descripción y nunca hasta el presente han sido objeto de un estudio monográfico, quizás por el desaliento que produce el desconocimiento de su procedencia en unos casos, o la superficial noticia del contexto de aparición en la mayoría de ellos, hecho que ha limitado las consideraciones cronológicas y de asociación. La identificación de nuevos ejemplares inéditos en los museos de Barcelona y Lleida ha animado a los autores a emprender un trabajo que por primera vez reúne y revisa los ejemplares conocidos de la Península Ibérica, para los que se propone una descripción normalizada, una clasificación tipológica y, en determinadas piezas, una sustancial revisión de las escenas decorativas y cronologías comúnmente admitidas. La seriación formal y la propuesta de datación implican la referencia de los ejemlares aparecidos en Grecia e Italia. Esa ampliación espacial conduce a replantear los agentes sociales que pueden estar detrás de la propagación de ese complemento ecuestre hasta la peninsua más occidental del Mediterráneo. [eng] Horse muzzles and Bronze muzzles are unique equestrian tools that have been referred to in scattered accounts throughout history. Nevertheless, the majority of these objects have received short descriptions and an overall study is still missing. The lack of a comprehensive study hinges on the over looked importance of these items and the superficial manner that have characterized their documentation. Both these reasons have limited observations on chronology and archaeological investigation. The recent identification of new unpublished exemplars among the Museums" collections in Barcelona and Lleida has encouraged the authors of this paper to start a new study dedicated to these objects. Starting from a catalogue inclusive of all muzzles and muzzles currently known in the Iberian Peninsula, an attempt will be made to propose an accurate description, typological classification and, for some of the items, a revision of the decorative scenes that have marked their place in bronze horse muzzle and muzzle chronology. The formal development and the chronological framework here proposed refer to those of the exemplars found in Greece and in Italy. The broadening of the geographical area will allow reconsideration of those social phenomena that have in the past determined the diffusion of elements in horse tack throughout most of the western Peninsula in the Mediterranean.

Tipologies ceràmiques i tècniques quantitatives: apunts d"historiografia i procediments

[cas] Si bien los conceptos de «clasificación» y «tipología» han estado vinculados a la Arqueología desde las primeras seriaciones de materiales puramente descriptivas de los primeros anticuarios y diletantes de los siglos XVII-XVIII, no es menos cierto que su desarrollo ulterior durante los siglos XIX y XX madurado al abrigo del marco cientificista del positivismo decimonónico se ha visto estimulado fundamentalmente por dos factores necesarios. En primer lugar, por el permanente debate librado por las diferentes corrientes teórico-metodológicas que incansablemente han ido sacudiendo uno tras otro, en un imparable proceso dialéctico, los sucesivos paradigmas preexistentes. Y en segundo lugar, por el progreso de la tecnología informática, que permitió el procesamiento más rápido y objetivo del cada vez más numeroso y abrumador conjunto de datos generado por la investigación.

Arqueologia y didactica del conflicto: el caso de la guerra civil espaÑola

Archaeology of conflict is an archaeological subfield which is related to heritage regarding or linked to war, violent situations or any kind of conflicts. Archaeology of conflict has shown an special development in relation to contemporary history. In Spain, archaeology of conflict has focused especially in sites related to Spanish Civil War and Francoist dictatorship, producing museal interventions and studies with educational possibilities which could stress in the teaching and learning of History and the promotion of Peace.

¿Arqueología y aviación?: la excavación de aerodrómos de campaña en el Penedés

El objetivo de este artículo es presentar el enfoque metodológicodesarrollado para estudiar una serie de aeródromos situados en Cataluña y asociados con el Gobierno republicano (1931-1936/1939) y la Guerra Civil Española (1936-1939), que fueron estudiados desde 2008 hasta 2010 por detector de metales. Además, parte de los diferentes edificios de cada complejo campo de aviación se registraron para una mejor comprensión. El trabajo de campo se combinó con el uso de fuentes orales y textuales y fotografías aéreas históricas. Toda esta información se integra en una base de datos diseñada expresamente y también en un SIG. Estos restos reflejan el impacto de la guerra aérea en el territorio y también los esfuerzos para establecer una red de infraestructuras relacionadas con la aviación.

La ceràmica de Barcelona. Organització i producció entre els segles XIII i XVIII a través de la seva caracterització arqueomètrica

L"estudi sobre la producció ceràmica de Barcelona en època medieval i postmedieval s'està fent des del Museu d"Història de Barcelona i des de l"ARQUB en aquest darrers anys. Aquest estudi s"ha reforçat amb els treballdesenvolupats en el marc del projecte de recerca Tecnolonial, cosa que ha permès ampliar les classes ceràmiques i el marc cronològic d"estudi. Els resultats aconseguits fins ara mostren que per a un mateix moment cronològic es preparen diverses pastes segons el producte final que es vol obtenir. Finalment, el canvi d"ubicació dels tallers que segurament es va produïr cap a finals del segle XIII / inicis del segle XIV podria estar relacionat amb l"explotació d"un nou llit d"argiles, la qual cosa coincidiria amb el fet que la producció del segle XIII és completament diferent químicament a la del segle XIV en endavant.