Comparative Study of a Real-Time PCR Assay Targeting senX3-regX3 versus Other Molecular Strategies Commonly Used in the Diagnosis of Tuberculosis.

BACKGROUND Nucleic acid amplification tests are increasingly used for the rapid diagnosis of tuberculosis. We undertook a comparative study of the efficiency and diagnostic yield of a real-time PCR senX3-regX3 based assay versus the classical IS6110 target and the new commercial methods. METHODS This single-blind prospective comparative study included 145 consecutive samples: 76 from patients with culture-confirmed tuberculosis (86.8% pulmonary and 13.2% extrapulmonary tuberculosis: 48.7% smear-positive and 51.3% smear-negative) and 69 control samples (24 from patients diagnosed with non-tuberculous mycobacteria infections and 45 from patients with suspected tuberculosis which was eventually ruled out). All samples were tested by two CE-marked assays (Xpert®MTB/RIF and AnyplexTM plus MTB/NTM) and two in-house assays targeting senX3-regX3 and the IS6110 gene. RESULTS The detection limit ranged from 1.00E+01 fg for Anyplex, senX3-regX3 and IS6110 to 1.00E+04 fg for Xpert. All three Xpert, senX3-regX3 and IS6110 assays detected all 37 smear-positive cases. Conversely, Anyplex was positive in 34 (91.9%) smear-positive cases. In patients with smear-negative tuberculosis, differences were observed between the assays; Xpert detected 22 (56.41%) of the 39 smear-negative samples, Anyplex 24 (61.53%), senX3-regX3 28 (71.79%) and IS6110 35 (89.74%). Xpert and senX3-regX3 were negative in all control samples; however, the false positive rate was 8.7% and 13% for Anyplex and IS6110, respectively. The overall sensitivity was 77.6%, 85.7%, 77.3% and 94.7% and the specificity was 100%, 100%, 90.8% and 87.0% for the Xpert, senX3-regX3, Anyplex and IS6110 assays, respectively. CONCLUSION Real-time PCR assays targeting IS6110 lack the desired specificity. The Xpert MTB/RIF and in-house senX3-regX3 assays are both sensitive and specific for the detection of MTBC in both pulmonary and extrapulmonary samples. Therefore, the real time PCR senX3-regX3 based assay could be a useful and complementary tool in the diagnosis of tuberculosis.

Estudi de l'evolució i distribució de Rhynchophorus ferrugineus. Bloc 1: Anàlisi de l'evolució a Catalunya i determinació d'un model lineal generalitzat mixte

El morrut de les palmeres, R. ferrugineus, està actualment considerat com la plaga més perjudicial de les palmeres ja que la seva infestació produeix, de forma comuna, la seva mort. Des de la seva instal·lació en els països de la conca mediterrània, en els últims anys, són milers les palmeres que han mort degut a la plaga. La ràpida dispersió que s’ha produït de l’insecte així com la difícil detecció en els períodes primerencs de les infestacions fa que el R. ferrugineus posi en perill ecosistemes naturals de palmeres així com hàbitats rurals i urbans amb un ús ornamental d’aquestes plantes. És necessari desenvolupar estudis que permetin un millor coneixement del comportament d’aquest insecte així com, aquelles característiques intrínseques de la palmeres i variables externes que afavoreixen la instauració del coleòpter i, per tant, noves metodologies pel seu control.

Estudi de l'evolució i distribució de Rhynchophorus ferrugineus. Bloc 2: Aplicació d'un model lineal generalitzat mixte a les localitats de Matadepera i Tossa de Mar

El morrut de les palmeres, R. ferrugineus, està actualment considerat com la plaga més perjudicial de les palmeres ja que la seva infestació produeix, de forma comuna, la seva mort. Des de la seva instal·lació en els països de la conca mediterrània, en els últims anys, són milers les palmeres que han mort degut a la plaga. La ràpida dispersió que s’ha produït de l’insecte així com la difícil detecció en els períodes primerencs de les infestacions fa que el R. ferrugineus posi en perill ecosistemes naturals de palmeres així com hàbitats rurals i urbans amb un ús ornamental d’aquestes plantes. És necessari desenvolupar estudis que permetin un millor coneixement del comportament d’aquest insecte així com, aquelles característiques intrínseques de la palmeres i variables externes que afavoreixen la instauració del coleòpter i, per tant, noves metodologies pel seu control.

Factor pronóstico del estado mutacional de BRAF en pacientes afectos de melanoma metastásico

Las mutaciones del BRAF sobreactivan la vía MAPK, estimulando así el crecimiento de las células de melanoma. En este estudio retrospectivo analizamos el estado mutacional de BRAF de 25 pacientes con melanoma metastásico con el objetivo de determinar su frecuencia y su repercusión clínica. El 52% de los pacientes presentaban mutación del BRAF, siendo estos diagnosticados a unas edades más jóvenes y en estadios más tempranos. Sin embargo, en nuestra experiencia, en los pacientes afectos de melanoma metastásico el estatus de portador de mutación de BRAF no confería una mayor supervivencia global.

Diagnóstico de la infección tuberculosa mediante IGRAs en pacientes con psoriasis

El úso de anti-TNF-α se ha asociado a reactivación de infección tuberculosa latente (ITL). Los IGRAs son pruebas in vitro más sensibles y mas específicas que la prueba de la prueba de la tuberculina (PT). El objetivo de este trabajo es el de contrastar la correlación entre los resultados de las técnicas in vitro y la PT. Analizamos 103 pacientes con psoriasis en tratamiento sistémico. Los resultados de nuestra serie permiten sugerir una mayor sensibilidad y especificidad de los IGRAs en la detección de ITL respecto a la PT, de forma independiente al estado de inmunosupresión y al fármaco empleado, con alta concordancia entre los IGRAs.

Habilidades sociales: más que una competencia transversal. Experiencia formativa en habilidades sociales en la Facultad de Educación Social y Trabajo Social Pere Tarrés (URL)

Queremos dar a conocer el trabajo que desde nuestra Facultad planteamos a nuestros alumnos en la asignatura de habilidades sociales. A partir de la detección y del análisis de sus competencias sociales, se establece un plan de trabajo con la finalidad de que mejoren sus habilidades sociales tanto a nivel personal como profesional. Partimos de una metodología de participación activa donde el alumno se involucra en la organización, el desarrollo y en la evaluación de la asignatura. Después de recoger los datos sobre la satisfacción de los alumnos, consideramos que es una práctica educativa de éxito por lo que presentamos esta experiencia para facilitar su difusión.

Aplicació web per a la vigilància epidemiològica a Barcelona emprant sistemes d'informació geogràfica de programari lliure

This project is about the development of a web that uses the tools offered by the Geographic Information Systems based in open source in order to monitoring and detect legionella clusters in Barcelona. This web also produces thematic maps for the study of epidemiologic diseases and has been made with the colaboration of the Barcelona public health agency.

Vehicle WiFi

El projecte presenta el disseny d'un vehicle a motor elèctric construït sobre el sistema microcontrolador LPC1769 amb comunicacions sense fils via xarxes WiFi i detecció d'obstacles per sonar.

" Leishmania major " metacaspase in programmed cell death

Abstract: The human protozoan parasite Leishmania major has been shown to exhibit several morphological and biochemical features characteristic of a programmed cell death (PCD) when differentiating into infectious stages and under a variety of stress conditions. In mammalian cells, the principal effector molecules of PCD or apoptosis are caspases. Although some caspase-like peptidase activity has been reported in dying parasites, no caspase gene is present in the L. major genome. However, a single metacaspase gene is present in L. major whose encoded protein harbors the predicted secondary structure and the catalytic dyad histidine/cysteine described for caspases and other metacaspases identified in plants and yeast. Metacaspases are also present in other protozoan parasites such as Trypanosoma and Plasmodium species and are not present in mammalian cells, which make them a possible drug target for the treatment of the parasitic diseases they cause. The Saccharomyces cerevisiae metacaspase YCA1 has been implicated in the death of aging cells, cells defective in some biological functions, and cells exposed to different environmental stresses. In this study, we evaluated the functional heterologous complementation of a S. cerevisiae ycal null mutant with the L. major metacaspase (LmjMCA} in cell death induced by oxidative stress. We show that LmjMCA is involved in yeast cell death, similar to YCA1, and that this function depends on its catalytic activity. LmjMCA was found to be auto-processed as occurs for caspases, however, LmjMCA did not exhibit any activity with caspase substrates. In contrast, LmjMCA was active towards substrates with arginine in the P1 position, with the activity being abolished following H147A and C202A catalytic site mutations and addition of the arginal inhibitor leupeptin. In order to identify the L. major proteins that may function as substrates, inhibitors, or may bind and recruit LmjMCA, a yeast two-hybrid screening with cDNA libraries from different life cycle stages of the parasite was conducted. Proteins putatively involved in PCD were identified as interacting with LmjMCA, however, the interaction of LmjMCA with proteins involved in other physiological processes such as vesicle transport, suggests that LmjMCA could have additional roles in the different life cycle stages of the parasite. Résumé: Plusieurs caractéristiques morphologiques et biochimiques rappelant la mort cellulaire programmée ont été identifiées dans les stades infectieux et sous des conditions de stress, chez le parasite protozoaire humain, Leishmania major. Dans les cellules de mammifères, les caspases sont les molécules effectrices principales impliquées dans la mort cellulaire programmée et l'apoptose. Bien qu'une activité caspase ait été retrouvée dans des parasites en mon` cellulaire, le génome de Leishmania ne contient aucun gène qui pourrait coder pour une caspase. À la place, on retrouve un gène unique codant pour une métacaspase. Une prédiction de la structure secondaire de la métacaspase montre que cette métacaspase a un domaine catalytique contenant la dyade histidine/cystéine présente dans les caspases et les autres métacaspases décrites chez les plantes et la levure. Les métacaspases sont aussi présentes dans d'autres parasites protozoaires tels que Trypanosome et Plasmodium, mais ne sont pas présentes dans les cellules de mammifères, ce qui en fait des cibles intéressantes pour le développement de drogue. Dans la levure, Saccharomyces cerevisiae, la métacaspase YCA1 est impliquée dans la mort des cellules âgées, la mort des cellules défectueuses dans certaines fonctions biologiques et dans les cellules exposées à différents stress environnementaux. Dans cette étude, une complémentation hétérologue fonctionnelle d'un mutant de la levure déficient en YCA1 par le gène LmjMCA de L. major lors de l'induction de ta mort par stress oxydatif a été évaluée. Nos résultats montrent que LmjMCA peut remplacer YGA1 dans le programme de mort cellulaire chez la levure et que celte fonction dépend de son activité catalytique. De plus, LmjMCA subit une auto clivage comme les caspases mais n'exhibe aucune spécificité pour les substrats des caspases. Au contraire, LmjMCA est active envers des substrats ayant une arginine en position P1, son activité étant détruite suite à des changements de son domaine catalytique par les mutations H147A et C202A ou suite à une inhibition para la leupeptine. Afin d'identifier quels pourraient être les substrats, les inhibiteurs ou les molécules interagissant avec LmjMCA, nous avons entrepris un criblage double-hybride en utilisant des librairies de d'ADNc provenant de différents stades du cycle parasitaire. Plusieurs protéines potentiellement impliquées dans un programme de mort cellulaire ont été identifiées comme interagissant avec LmjMCA. Cependant, l'identification de protéines impliquées dans le transport vésiculaire suggère aussi que LmjMCA pourrait avoir un rôle additionnel dans les différents stades du cycle parasitaire. Résumé destiné à un large public: De nos jours, la leishmaniose est la deuxième plus importante maladie parasitaire après la malaria. Malgré les avancées accomplies dans les stratégies de contrôle, près de deux millions de nouveaux cas apparaissent chaque année. Actuellement, la principale stratégie pour faire face à ce problème épidémiologique consiste en un traitement pharmacologique des personnes infectées. Pourtant, seule une dizaine de médicaments, dont la plupart sont toxiques, est disponible pour traiter la leishmaniose et des cas de résistance émergent dans certains pays endémiques. Il devient donc urgent de mettre au point de nouveaux traitements anti-leishmaniens capables d'éliminer le parasite sans effets indésirables sur le patient. Récemment, des caractéristiques morphologiques et biochimiques de la mort cellulaire programmée (MCP) semblables au processus de l'apoptose chez les mammifères ont été décrites dans Leishmania. Cependant, des gènes codant pour des protéines similaires à celles qui sont impliquées dans l'apoptose, comme les caspases, ne se retrouvent pas dans le génome de Leishmanía major. Néanmoins, les espèces de Leishmanía, aussi bien que d'autres parasites protozoaires responsables des trypanosomiases et de la malaria, possèdent des métacaspases qui sont des protéines homologues aux caspases mais qui ne sont pas présentes chez les mammifères. C'est pourquoi, la caractérisation de la métacaspase de Leishmania (LmjMCA) ainsi que ses mécanismes d'activation pourrait être une piste d'investigation intéressante dans l'identification de nouvelles cibles thérapeutiques dans les voies de signalisation de la MCP des parasites protozoaires. Dans la levure, Saccharomyces cerevisiae, la métacaspase YCA1 est impliquée dans la mort des cellules âgées, la mort des cellules défectueuses dans certaines fonctions biologiques et dans les cellules exposées à différents stress environnementaux. Dans cette étude, une complémentation hétérologue fonctionnelle d'un mutant de la levure déficient en YCA1 par le gène LmjMCA de L major lors de l'induction de la mort par stress oxydatif a été évaluée. Nos résultats montrent que LmjMCA peut remplacer YCA1 dans le programme de mort cellulaire chez la levure et que cette fonction dépend de son activité catalytique. De plus, LmjMCA subit une auto clivage comme les caspases mais n'exhibe aucune spécificité pour les substrats des caspases. Au contraire, LmjMCA est active envers des substrats ayant une arginine en position P1, son activité étant détruite suite à des changements de son domaine catalytique par les mutations H147A et C202A ou suite à une inhibition para la leupeptine. Afin d'identifier quels pourraient être les substrats, les inhibiteurs ou les molécules interagissant avec LmjMCA, nous avons entrepris un criblage double-hybride en utilisant des librairies de d'ADNe provenant de différents stades du cycle parasitaire. Plusieurs protéines potentiellement impliquées dans un programme de mort cellulaire ont été identifiées comme interagissant avec LmjMCA. Cependant, l'identification de protéines impliquées dans le transport vésiculaire suggère aussi que LmjMCA pourrait avoir un rôle additionnel dans les différents stades du cycle parasitaire. Resumen destinado al público en general: La leishmaniasis es la segunda enfermedad parasitaria más importante en el mundo actual. Aproximadamente 2 millones de nuevos casos ocurren cada año a pesar de los avances logrados en el desarrollo de nuevos métodos de control. El tratamiento farmacológico de las personas infectadas es actualmente la principal estrategia de control, sin embargo, menos de una decena de medicamentos se encuentran disponibles en el mercado, la mayoría de ellos son tóxicos, y ya empiezan a encontrarse parásitos resistentes en algunos países endémicos para la leishmaniasis. El desarrollo de nuevos medicamentos capaces de eliminar los parásitos sin producir efectos indeseables en los humanos, es una necesidad inminente. Recientemente, algunas de las características morfológicas y bioquímicas de la muerte celular programada (MCP) similares al proceso de la apoptosis en mamíferos, han sido descritas en parasitos de Leishmania. Sin embargo, genes que codifiquen proteínas similares a aquellas involucradas en la apoptosis, como las caspasas, no se encuentran en el genoma de Leishmania major. AI contrario, las especies de Leishmania, así como de los otros parásitos responsables de la tripanosomiasis y de la malaria, poseen metacaspases, proteínas homologas a las caspases pero que no están presentes en las células de mamíferos. La caracterización de la metacaspasa de L. major y de sus mecanismos de activación constituye, por lo tanto, un área de investigación interesante para la identificación de nuevos blancos terapéuticos en el proceso de MCP de los parásitos protozoarios. En la levadura Saccharomyces cerevisiae, la metacaspasa YCA1 ha sido descrita como implicada en la muerte de células envejecidas, células defectuosas en algunas funciones biológicas, y en células expuestas a diferentes tipos de estrés ambiental. En el presente estudio se evaluó la complementación heteróloga funcional de una levadura mutante deficiente en YCA1 con el gen de metacaspase de L. major (LmjMCA) en la MCP inducida por estrés oxidativo. Nuestros resultados muestran que la LmjMCA puede reemplazarla YCA1 en la MCP de la levadura dependiente de su actividad catalítica y que la LmjMCA se auto-procesa similar a las caspasas. Sin embargo, LmjMCA no reconoce los substratos de caspasas sino substratos con una arginina en ta posición P1. Dicha actividad enzimática fue abolida con la inducción de las mutaciones puntuales H147A y C202A en la díada catalítica de LmjMCA y con la adición de leupeptina, un inhibidor con arginina. Con el fin de identificar proteínas que pudieran funcionar como substratos, inhibidores o moléculas modificadoras de LmjMCA, se aplicó el método de doble-híbrido en levadura con bibliotecas de ADNc provenientes de diferentes estadios del ciclo de vida del parásito. Algunas proteínas potencialmente implicadas. en la MCP del parásito fueron identiñcadas interactuando con LmjMCA. La identificación de otras proteínas involucradas en transporte vesicular sugiere que la LmjMCA podría tener una función biológica adicional en los diferentes estadios del ciclo de vida dei parásito.

L'ús social del català: punts forts i punts febles : La Secció d'Institut Serra de Noet, de Berga: un cas concret sobre l'ús del català en un centre educatiu

Detecció dels punts forts i punts febles en l'ús social del català en els àmbits de l'educació i el lleure. Per fer l'anàlisi d'aquesta situació es tindran en compte les dades recollides a l'Institut Serra de Noet de Berga.

Temporal variability and trends of the downward solar radiation over Europe during the 20th century, with regional focus in the dimming/brightening phenomena on the Iberian Peninsula

Proyecto de investigación elaborado a partir de una estancia en el Institute for Atmospheric and Climate Science, a Alemanya, entre 2010 y 2012. La radiación solar que alcanza la superficie terrestre es un factor clave entre los procesos que controlan el clima de la Tierra, dado el papel que desempeñan en el balance energético y el ciclo hidrológico. Establecer su contribución al cambio climático reciente supone una gran dificultad debido a la complejidad de los procesos implicados, la gran cantidad de información requerida, y la incertidumbre de las bases de datos disponibles en la actualidad. Así, el objetivo principal del proyecto ha consistido en generar una base de datos de insolación incluyendo las series más largas (desde finales del siglo XIX) disponibles en toda Europa. Esta base de datos complementa para nuestro continente el Global Energy Balance Archive (GEBA) que mantiene y gestiona el grupo que ha acogido al receptor de la ayuda postdoctoral, y permite extender espacial (especialmente en países del sur de Europa) y temporalmente las series climáticas disponibles de mediciones de irradiancia solar. Como la insolación es un proxy de la irradiancia solar, el proyecto actual también ha tratado de calibrar de forma exhaustiva ambas variables, a fin de generar una nueva base de datos reconstruida de esta segunda variable que esté disponible desde finales del siglo XIX en Europa. Un segundo objetivo del proyecto ha consistido en continuar trabajando a escala de mayor detalle sobre la Península Ibérica, con el fin de proporcionar una mejor comprensión del fenómeno del “global dimming/brightening” y su impacto en el ciclo hidrológico y balance energético. Finalmente, un tercer objetivo del presente proyecto postdoctoral ha consistido en continuar estudiando los posibles ciclos semanales a gran escala de diferentes variables climáticas, línea de investigación de interés para la detección de posibles efectos de los aerosoles antrópicos en el clima a escalas temporales breves, y consecuentemente estrechamente vinculado al fenómeno del “global dimming/brightening”.

Neología y variedades del español: el proyecto Antenas

Reseña sobre el Proyecto Antenas, que nació a finales del 2002 bajo la coordinación del Observatorio de Neología (IULA-UPF). Consta de una red de grupos que trabajan en la detección y recopilación de neologismos para las distintas variedades geográficas del español y se propone realizar un análisis contrastivo de los diferentes mecanismos de creación léxica en estas variedades.

Spotting Translationese in two Corpora of Original and Translated Catalan Texts: an Empirical Approach

This research investigates the phenomenon of translationese in two monolingual comparable corpora of original and translated Catalan texts. Translationese has been defined as the dialect, sub-language or code of translated language. This study aims at giving empirical evidence of translation universals regardless the source language.Traditionally, research conducted on translation strategies has been mainly intuition-based. Computational Linguistics and Natural Language Processing techniques provide reliable information of lexical frequencies, morphological and syntactical distribution in corpora. Therefore, they have been applied to observe which translation strategies occur in these corpora.Results seem to prove the simplification, interference and explicitation hypotheses, whereas no sign of normalization has been detected with the methodology used.The data collected and the resources created for identifying lexical, morphological and syntactic patterns of translations can be useful for Translation Studies teachers, scholars and students: teachers will have more tools to help students avoid the reproduction of translationese patterns. Resources developed will help in detecting non-genuine or inadequate structures in the target language. This fact may imply an improvement in stylistic quality in translations. Translation professionals can also take advantage of these resources to improve their translation quality.

Rendimiento diagnóstico de la spect-tc post terapéutica en la estadificación inicial del cáncer diferenciado de tiroides

El rastreo corporal total (RCT) luego de la primera radioablación con 131I en pacientes diagnosticados de carcinoma diferenciado de tiroides (CDT) permite una re-estadificación de la enfermedad. Sin embargo, su información anatómica es escasa y la elevada actividad de los restos tiroideos puede interferir con la detección de adenopatías cervicales. En este estudio se determinó el valor diagnóstico de la SPECT-TC respecto al RCT, concluyendo que la misma aporta información relevante para determinar el compromiso ganglionar, resolviendo los patrones indeterminados observados en los estudios planares y permitiendo una mejor estadificación de los pacientes al final de su periodo de tratamiento.

Detecció automàtica de punts facials característics mitjançant un algoritme inspirat en el còrtex cerebral

En aquest article presentem l'aplicació d'un algoritme inspirat en el còrtex cerebral anomenat HMAX com a part central d'un procés de detecció automàtica de punts facials característics en imatges.