Molecular mechanism of sulfated carbohydrate recognition: structural and biochemical studies of the cysteine-rich domain of mannose receptor

Mannose receptor (MR) is widely expressed on macrophages, immature dendritic cells, and a variety of epithelial and endothelial cells. It is a 180 kD type I transmembrane receptor whose extracellular region consists of three parts: the amino-terminal cysteine-rich domain (Cys-MR); a fibronectin type II-like domain; and a series of eight tandem C-type lectin carbohydrate recognition domains (CRDs). Two portions of MR have distinct carbohydrate recognition properties: Cys-MR recognizes sulfated carbohydrates and the tandem CRD region binds terminal mannose, fucose, and N-acetyl-glucosamine (GlcNAc). The dual carbohydrate binding specificity allows MR to interact with sulfated and nonsulfated polysaccharide chains, and thereby facilitating the involvement of MR in immunological and physiological processes. The immunological functions of MR include antigen capturing (through binding non-sulfated carbohydrates) and antigen targeting (through binding sulfated carbohydrates), and the physiological roles include rapid clearance of circulatory luteinizing hormone (LH), which bears polysaccharide chains terminating with sulfated and non-sulfated carbohydrates.

We have crystallized and determined the X-ray structures of unliganded Cys-MR (2.0 Å) and Cys-MR complexed with different ligands, including Hepes (1.7 Å), 4SO_4-N-Acetylgalactosamine (4SO_4-GalNAc; 2.2 Å), 3SO_4-Lewis^x (2.2 Å), 3S04-Lewis^a (1.9 Å), and 6SO_4-GalNAc (2.5 Å). The overall structure of Cys-MR consists of 12 anti-parallel β-strands arranged in three lobes with approximate three fold internal symmetry. The structure contains three disulfide bonds, formed by the six cysteines in the Cys-MR sequence. The ligand-binding site is located in a neutral pocket within the third lobe, in which the sulfate group of ligand is buried. Our results show that optimal binding is achieved by a carbohydrate ligand with a sulfate group that anchors the ligand by forming numerous hydrogen bonds and a sugar ring that makes ring-stacking interactions with Trpll7 of CysMR. Using a fluorescence-based assay, we characterized the binding affinities between CysMR and its ligands, and rationalized the derived affinities based upon the crystal structures. These studies reveal the mechanism of sulfated carbohydrate recognition by Cys-MR and facilitate our understanding of the role of Cys-MR in MR recognition of its ligands.

Computational design of self-assembling proteins and protein-DNA nanowires

Computational protein design (CPD) is a burgeoning field that uses a physical-chemical or knowledge-based scoring function to create protein variants with new or improved properties. This exciting approach has recently been used to generate proteins with entirely new functions, ones that are not observed in naturally occurring proteins. For example, several enzymes were designed to catalyze reactions that are not in the repertoire of any known natural enzyme. In these designs, novel catalytic activity was built de novo (from scratch) into a previously inert protein scaffold. In addition to de novo enzyme design, the computational design of protein-protein interactions can also be used to create novel functionality, such as neutralization of influenza. Our goal here was to design a protein that can self-assemble with DNA into nanowires. We used computational tools to homodimerize a transcription factor that binds a specific sequence of double-stranded DNA. We arranged the protein-protein and protein-DNA binding sites so that the self-assembly could occur in a linear fashion to generate nanowires. Upon mixing our designed protein homodimer with the double-stranded DNA, the molecules immediately self-assembled into nanowires. This nanowire topology was confirmed using atomic force microscopy. Co-crystal structure showed that the nanowire is assembled via the desired interactions. To the best of our knowledge, this is the first example of a protein-DNA self-assembly that does not rely on covalent interactions. We anticipate that this new material will stimulate further interest in the development of advanced biomaterials.

A Brief Grammar of Euskara, the Basque Language

This is a short grammar of the Basque language, or Euskara as it is called by its speakers. What follows is a partial description of the syntax of Euskara. The text has been arranged in the following fashion: there is an index where you can find the distribution of topics. Within each of the topics, an effort has been made to arrange information from general to specific, so that as you read into a given section, you will get into more details about the topic being under discussion. This grammar hopes to be useful to a wide variety of users. Therefore, it will probably not satisfy anyone completely: Those who want a quick 'feel' for the language will be disappointed by the slow and messy details the text dives into. Those who want a detailed, professional description will be disappointed by the lack of depth in the discussion. The text hopes to sit somewhere in the middle, and if it tells too much to those who want to know a little, and too little to those who want to know a lot, then it will have done its job.

Avaliação comparativa da alteração dimensional de diferentes materiais utilizados para a confecção de troquéis

Neste trabalho experimental, objetivou-se avaliar comparativamente a alteração dimensional de três diferentes materiais utilizados na confecção de troqueis: gesso tipo IV Fuji Rock (GC), resina epóxica industrial Sikadur 32 (Sika) e resina epóxica Tri-Epoxy Die Material (Tri-Dynamics). Foram confeccionados dois modelos-padrão em aço inoxidável. Um desses modelos foi confeccionado de modo a simular um preparo para coroa total em um pré-molar. O outro modelo foi confeccionado 2,0mm maior em todas as dimensões em relação ao primeiro de modo a proporcionar um alívio uniforme para a base leve do material de moldagem. Trinta troquéis foram obtidos a partir de moldes em silicona de adição (Aquasil Dentsply) utilizada com a técnica de dois passos. Os troqueis foram divididos em grupos de dez para cada material. As alterações foram mensuradas através das medições da altura e dos diâmetros da base e do topo dos troqueis obtidos, com o auxílio de um Projetor de Perfis Deltronic DV-114 com leitura em software. As medidas obtidas foram dispostas em tabelas e analisadas estatisticamente. Após avaliação pode-se concluir que houve diferença estatisticamente significante entre todos os grupos testados. Os troquéis de gesso tipo IV Fuji Rock (GC) contraíram nas medições da altura e do diâmetro do topo, e expandiram nas medições do diâmetro da base, apresentando diferença estatisticamente significativa em todas as comparações com o grupo controle (metal). Os troquéis de resina epóxica Tri-Epoxy (Tri-Dynamics) contraíram nas medições da altura e do diâmetro do topo, e expandiram nas medições diâmetro da base, apresentando diferença estatisticamente significante somente no diâmetro do topo nas comparações com o grupo controle (metal). Os troquéis de resina epóxica Sikadur 32 (Sika) contraíram nas medições da altura e do diâmetro do topo, e expandiram nas medições do diâmetro das base, apresentando diferença estatisticamente significante em todas as comparações com o grupo controle (metal).

Description of sampling stations, methods of benthic sampling and biological water quality assessment; with some consideration of the influence of sample variation on the assessment values obtained

The first bilateral study of methods of biological sampling and biological methods of water quality assessment took place during June 1977 on selected sampling sites in the catchment of the River Trent (UK). The study was arranged in accordance with the protocol established by the joint working group responsible for the Anglo-Soviet Environmental Agreement. The main purpose of the bilateral study in Nottingham was for some of the methods of sampling and biological assessment used by UK biologists to be demonstrated to their Soviet counterparts and for the Soviet biologists to have the opportunity to test these methods at first hand in order to judge the potential of any of these methods for use within the Soviet Union. This paper is concerned with the nine river stations in the Trent catchment.

A bibliography of samplers for benthic invertebrates

This annotated bibliography covers literature to the end of November 1977, and includes references to samplers that could be used for the rapid removal of benthic invertebrates from natural substrata of rivers and streams. Marine samplers which have been, or could be, used in freshwater. Coverage of Russian literature is incomplete, although a selection of recent and important references are included. The references are arranged under the following headings, Reviews; Nets and quadrat samplers; Scoops, shovels and dredges; Grabs; Corers; Suction and air-lift samplers; Electroshocking samplers; Efficiencies and comparisons; and Samplers from catalogues. There is an index to samplers (by the common name) and an author index.

A bibliography of works for the identification of freshwater invertebrates in the British Isles

This bibliography covers the literature up to the end of 1978. The criteria used in the selection of references were that they should aid identification of invertebrates directly; thus, works solely concerned with the taxonomy of a particular group are in general omitted unless they contain a key. Some check-lists are however included where they give current nomenclature. The references are arranged alphabetically within each group and deal mainly with macro-invertebrates but include available keys to some microscopic invertebrates. Internal parasites and hymenopterous parasitoids are omitted. For insects the life stages to which the key applies are given where this is not clear in the reference. A number of keys to non-aquatic stages have been included in the hope that they may prove useful in certain circumstances. In addition, under a general head, latest check-lists are referred to together with bibliographies of algal keys and a guide for the identification of British water plants.

Simultaneous phase-shifting ellipsometry based on grating beamsplitter

Simultaneous phase-shifting ellipsometry based on a grating beamsplitter is presented. In the corresponding setup, an orthogonal grating and analyzer array are used. The latter is composed of four separate analyzers arranged in a 2x2 grid, the polarization axes of which are set to 0, 45, 90, and 135 deg. A mask allows only four diffracted beams of the fist order, having the same optical intensities, to pass. Each beam is incident on one of the analyzers of the array. The intensities of the four beams are simultaneously detected by a quadrant detector. The ellipsometric parameters are obtained using the four intensity signals. The feasibility of simultaneous phase shifting ellipsometry is thus demonstrated. (C) 2008 Society of Photo-Optical Instrumentation Engineers.

A preposição com no texto Vidas Secas: uma tipologia sintático-semântica

O foco da presente dissertação é o funcionamento sintático e semântico da preposição com no texto Vidas Secas, de Graciliano Ramos. Este estudo propõe-se, assim, a contribuir para a descrição gramatical do português brasileiro em sua feição literária. É apresentada uma tipologia da preposição com, levando-se em conta: 1) os casos de gramaticalização que resultam na maior rigidez de seu emprego e consequente esvaziamento semântico; e 2) os casos de relevância semântica nos quais a preposição assume variadas acepções. Procedeu-se preliminarmente ao percurso histórico de algumas preposições portuguesas desde sua origem, latina na maioria das vezes. Estabeleceu-se a tipologia dos contextos léxico-gramaticais em que figura a preposição com, tendo em vista que sua significação ora sobressai nesse contexto, ora apenas se harmoniza com ele. Salvo em uns poucos casos de menos clara explicação, é possível perceber, por trás de seus diversos sentidos contextuais, o significado de com associado à presença simultânea de duas entidades no espaço

Subwavelength imaging by a dielectric-tube photonic crystal

In contrast to previous two-dimensional coated photonic crystals, in this paper we propose a left-handed one that is made of dielectric tubes arranged in a close-packed hexagonal lattice. Without metallic cores, this structure is low-loss and convenient to fabricate. Negative refraction and its resulting focusing are investigated by dispersion characteristic analysis and numerical simulation of the field pattern. With proper modification at the interface, the image is improved. With better isotropy than that with noncircular rods, planoconcave lenses made by dielectric tubes focus a Gaussian beam exactly at R//n - 1/.

Subwavelength imaging with two symmetrical interfaces by dielectric-tube photonic crystals

As distinct from coated photonic crystals, in this paper we propose a novel one that is made of dielectric tubes arranged in a close-packet square lattice. Without metallic cores, this structure is low-loss and convenient to fabricate. A left-handed frequency region is found in the second band by dispersion characteristic analysis. Without inactive modes for the transverse electric mode, negative refraction and subwavelength imaging are demonstrated by the finite-difference time-domain simulations with two symmetrical interfaces, i.e. Gamma X and Gamma M.

Controle da Hanseníase: Detecção precoce através do exame de contatos e avaliação do tratamento dos pacientes submetidos a 12 doses de poliquimioterapia (PQT/OMS)

O diagnóstico precoce e o tratamento são imprescindíveis para o controle da hanseníase, pois visam eliminar o mais precocemente possível as fontes de transmissão. O principal critério de cura da doença é o tempo de tratamento, relacionado às doses fixas da poliquimioterapia. O tempo de tratamento dos pacientes multibacilares foi reduzido de 24 para 12 doses em até 18 meses em 1998. Os objetivos desta tese foram: avaliar a detecção de casos de hanseníase entre os contatos dos pacientes e avaliar fatores de risco associados à piora das incapacidades físicas nos pacientes após a alta do tratamento poliquimioterápico com as 12 doses mensais. Dois artigos foram elaborados. O primeiro artigo avaliou características dos pacientes com hanseníase e de seus contatos associadas ao risco de adoecimento entre os contatos. O segundo artigo avaliou fatores de risco relacionados à piora das incapacidades físicas dos pacientes com hanseníase multibacilar, submetidos ao tratamento com 12 doses fixas da poliquimioterapia. Os resultados mostraram que o risco para hanseníase, relacionado aos contatos foi o tipo de convivência com o caso índice. Entre os fatores dos casos índices, a carga bacilar foi o único associado ao adoecimento dos contatos. Além desses fatores, os contatos que apresentam relação de consangüinidade com o caso índice e os contatos dos pacientes com menor nível de escolaridade mostraram maior chance de se apresentarem doentes no momento do diagnóstico do caso índice. A cicatriz BGC e a vacina recebida após o diagnóstico do caso índice contribuíram independentemente como fatores de proteção. A neuropatia piorou em 40% dos pacientes durante o período de 10 anos após a alta do tratamento. Esta piora foi associada à presença de incapacidades físicas e ao número de lesões cutâneas no momento do diagnóstico assim como à presença de neurite durante o acompanhamento.

A Estratégia de Saúde da Família e sua proposta de (re)estruturação do modelo assistencial do SUS: a perspectiva de quem molda sua operacionalização

O olhar reflexivo sobre a implementação de programas/projetos de saúde pressupõe a elucidação dos modos pelos quais ocorrem as conexões entre a formulação e suas diretrizes e a operacionalização nos serviços de saúde. Portanto, o presente estudo centra seu olhar investigativo em questões da dimensão avaliativa voltadas para o planejamento e gestão de sistema local de saúde, assim como para a produção de tecnologias de planejamento e avaliação em saúde. Centrado na Atenção Básica, especialmente no Programa de Saúde da Família (PSF), o estudo buscou analisar tal estratégia levando em consideração as quatro grandes dimensões de reestruturação preestabelecidas pelo MS: (re)estruturação do modelo assistencial do SUS; (re)estruturação da demanda para os outros níveis do sistema; (re)estruturação dos processos de trabalho e das práticas em saúde, e (re)estruturação dos gastos no modelo assistencial do SUS. O trabalho define as dimensões de (re)estruturação do modelo assistencial e dos processos de trabalho e das práticas em saúde como objeto de estudo. Para tanto, propõe, inicialmente, compreender o contexto que molda a operacionalização do PSF, para perceber a dinâmica que se coloca, reprodução ou reestruturação da estrutura. Tomando como referencial o modelo de Estratificação do Agente de Giddens (1984), buscamos através de entrevistas com os profissionais das equipes de Saúde da Família perceber a compreensão teórica e a narrativa das práticas sobre alguns pressupostos básicos apontados pelo MS como potencializadores da capacidade de reestruturação do PSF e que são por eles operacionalizados no cotidiano de suas práticas. Os profissionais das equipes estudadas se identificam como agentes de mudança. E sendo agentes deste processo de reestruturação sofrem influencia da estrutura social (PSF e seus princípios) como também a influenciam, enquanto sujeitos que nela operam. Foi possível mapear um cenário de implantação e um universo bastante significativo de necessidades que chamamos de necessidades cognitivas, aspectos que se interagem influenciando na capacidade ou não de reestruturação do PSF. Em relação à capacidade de (re)estruturação do modelo assistencial do SUS, o momento é de transição entre modelos assistenciais, iniciando um processo, ainda que tímido, de mudança de enfoque, da abordagem curativa para uma abordagem que tende, ainda que fragmentada, a propiciar uma assistência integral, incorporando à oferta de ações curativas, ações programáticas em construção. Barreiras estruturais que se localizam no espaço da cultura institucional de organização dos serviços e consequentemente, dos Sistemas Locais de Saúde também dificultam a reestruturação sob a perspectiva do modelo assistencial. A capacidade de reestruturação dos processos de trabalho e das práticas em saúde parece ser incipiente, no contexto das equipes estudadas. A cultura organizacional dos serviços, a experiência acumulada dos profissionais em unidades organizadas de forma tradicional, associada a processos incipientes de educação permanente, dificultam a apreensão de novas práticas potencializadoras de um processo de trabalho que conjuguem o desenvolvimento compartilhado de projetos terapêuticos integrais, assim como de mecanismos gerenciais ordenados sob o enfoque do planejamento estratégico situacional. Mesmo cientes da complexidade que envolve os processos de reestruturação de modelos assistenciais em saúde, partimos da premissa de que a capacidade de reestruturação proposta pela Saúde da Família é possível, porque visa a mudança no modelo de produção da saúde, o qual é definido pelos mecanismos de gestão, mas também pelo modo com os profissionais de saúde operam no cotidiano seus processos de trabalho. Partindo desse pressuposto, o presente estudo optou em tomar como objeto de análise o cotidiano dos processos de trabalho dos profissionais das equipes de Saúde da Família. Num primeiro momento, o estudo buscou compreender o contexto que molda e condiciona a produção da saúde identificando a compreensão teórica e a narrativa da prática dos sujeitos que operam no PSF no cotidiano. O segundo momento do estudo resultou do primeiro, quando foi evidenciada a ausência, nos processos de trabalho das equipes, de um raciocínio programático que as orientasse na organização da oferta de ações de saúde às suas populações adscritas, direcionando para a abordagem das necessidades em saúde, contribuindo no reordenamento das práticas, conjugando as capacidades de trabalho potencial e real das equipes. Sendo assim, foi desenvolvida uma proposta de programação em saúde, ancorada no pressuposto central da programação, ou seja, no cotidiano das equipes de Saúde da Família. Ordenada pelas operações diagnóstica e normativa a proposta trabalhou com a análise das coberturas de produção Ideal (normativa), Real (quantitativo de procedimentos realizados pelo profissional durante um determinado espaço de tempo, oficialmente informada) e Potencial (Semana Típica de produção planejada).

侧面抽运国产Nd∶YAG陶瓷棒的激光特性

实验研究了激光二极管阵列(LDA)侧向抽运国产Nd∶YAG陶瓷棒的准连续及被动调Q激光输出特性。该陶瓷激光器采用LDA侧面紧密环绕均匀排布的抽运结构,陶瓷棒抽运区域长度为20 mm,其总尺寸为3 mm×35 mm,掺杂原子数分数为~1%。在千赫兹准连续运转条件下,当平-平谐振腔的输出耦合镜透过率为47.3%时,获得最大平均功率23 W的1064 nm激光输出,光束发散角为4.5 mrad,斜率效率达12%。在谐振腔内插入Cr4+∶YAG晶体作为被动调Q开关,成功地实现了陶瓷激光器千赫兹重复频率调Q激光脉冲输出,当Cr4+∶YAG晶体初始透过率为60%时,输出激光脉冲宽度(半峰全宽)可窄至14.5 ns,调Q动静比约为40%。

High optical-optical efficiency of 52.5% obtained in high power Nd : YAG ceramic laser

Using a quite uniformly side-around arranged compact pumping system, a high power Nd:YAG ceramic quasi-CW laser has been demonstrated with high optical-to-optical conversion efficiency over 50% for the first time. With 450 W quasi-CW stacked laser diode bars pumping at 808 run. 236 W Output at 1064 run was obtained and no saturation phenomena were observed.