A cirurgia reconstrutiva em patologia oncológica do nariz : paralisia do nervo facial anatomia cirurgia do nariz

RESUMO: Os carcinomas localizados no nariz são muito frequentes em todas as séries conhecidas. São de diagnóstico clínico fácil e a sua confirmação por biópsia é muito segura. As terapêuticas mais indicadas são a cirurgia e a radioterapia, genericamente eficazes. Verifica-se, no entanto, que os pacientes continuam a solicitar tratamento em estádios muito avançados, mesmo conhecendo o diagnóstico e tendo acesso aos serviços sem custos. Esta situação poderá explicar-se face ao curso relativamente lento de muitos destes tumores e à idade geralmente avançada dos doentes que, de acordo com alguns inquéritos, receiam mais a terapeûtica do que a doença. Para obtenção de informação útil para condução deste problema, foram ainda analisados outros parâmetros. A maioria dos pacientes continua a solicitar tratamento quando as lesões envolvem duas subunidades nasais. Esta circunstância permite planear o tratamento cirúrgico com relativa facilidade, isto é, com exérese e reconstrução cujo resultado estético final é bastante aceitável. Os tumores de grandes dimensões, envolvendo várias subunidades, sendo frequentes, raramente implicam rinectomia total. Pelo contrário, são mais frequentes os tumores que envolvem metade do nariz e as estruturas vizinhas tais como o maxilar, a órbita e o lábio superior, atingindo mesmo a base do crânio. O controlo da doença nestes estádios é muito difícil. Não raramente, quando se crê que a doença está controlada, a cirurgia reconstrutiva bem como outras formas de reabilitação conjugadas, deixam ainda muita insatisfação. A nossa actividade tem-se desenvolvido seguindo os critérios adoptados nos melhores centros, isto é, as técnicas clássicas, complementadas com refinamentos recentes. Porém reflectindo sobre os resultados obtidos no tratamento de tumores do nariz, surge-nos um conjunto de questões para as quais ainda não encontrámos respostas cabais. Actuando de acordo com os princípios que definem o estado da arte, não obtivemos ainda resultados que satisfaçam tanto os doentes quanto os cirurgiões. Incessantemente procuramos novos dados técnicos e científicos que nos permitam sair deste ciclo vicioso em que o doente retarda a procura de assistência, receoso de que a terapêutica o deixe desfigurado. Tendo sempre em vista a obtenção dos melhores resultados com o mínimo de tempos cirúrgicos, valorizamos alguns detalhes praticados nos retalhos com padrão vascular bem definido. Dado que as sequelas na zona dadora de tecidos são uma incontornável preocupação, procuramos refinar a sua aplicação no sentido de as atenuarmos. A fronte, excelente zona dadora para reconstrucção nasal major, era sede de sequelas actualmente inaceitáveis. Estudado o comportamento dos tecidos na fronte, depois de levantado o retalho e efectuado o seu encerramento com uso da técnica de expansão intra-operatória, determinámos a presença do Factor de Crescimento Vascular Endotelial no próprio retalho e na zona dadora, tendo em vista que a sua presença poderá explicar o comportamento dos tecidos que foram submetidos a esta técnica. Procurou-se estudar a qualidade da reconstrução em 45 pacientes submetidos a cirurgia de exérese e reconstrução nasal major, assim como a qualidade de vida, relacionada com a doença e a terapêutica. Embora se possa admitir a existência de dados sugestivos de estratégias mais adequadas, não foi possível relacionar a qualidade da reconstrução com qualidade de vida dos pacientes. Poderá eventualmente concluir-se que a observação permanente da reconstrução, com qualidade estética e funcional, será o melhor método de alterar a ideia clássica, ainda muito divulgada, mas já ultrapassada, de que a cirurgia reconstrutiva do nariz não é mais que transformar um defeito horroroso num defeito ridículo.---------------ABSTRACT: Malignant tumours found in the nose are very frequent in all known series. Clinical diagnosis is simple and confirmation of biopsy diagnosis is accessible and safe. The most advisable therapies are surgery and radiotherapy. Despite everything patients continue to wait until the tumour is in an advanced stage before asking for therapy, although they know the diagnosis and have free access to specialised services. This situation could probably be explained by the slow development rate of the tumours which is associated with the age of the patient. Upon inquiry, it was found that a significant number of patients are more afraid of therapy than of the disease itself. Other parameters have been analysed in order to obtain useful information about the management of this problem. The majority of patients seek adequate treatment when the lesions involve two nasal subunits. This allows the programming of surgical therapy with relative ease as they may be removed and reconstructed with interesting final aesthetical results. Large tumours involving several subunits are frequent, but they rarely call for total rhinectomy. On the contrary, tumours more frequently involve half of the nose and their neighbouring structures: for example, maxillary, orbital and upper lip, even reaching as far as the base of the skull. The control of the disease is very difficult in these stages.In cases in which it is believed that the disease is under control, reconstructive surgery in conjunction with other forms of rehabilitation still result in a lot of dissatisfaction. In our activity we try to follow the criteria adopted by the best centres following classic techniques, complemented with recent refinements. Reflecting on the treatment of tumours of the nose has led us to a series of questions to which we haven’t yet found the answers. In accordance with the defined principles of ‘the state of the art’ it still doesn’t satisfy either the patients or the surgeons. We are looking for new technical and scientific data which allows us to leave this vicious cycle, in that the deferred patient avoids looking for assistance, based on the fear that therapy could leave them disfigured. We attach importance to some practiced details on the well-defined vascular pattern of the flaps, with the principle aim of obtaining a good result, from the minimum number of operations. It is known that sequels in donor sites are a concern, so applied refinements are used in order to reduce the defect. The forehead has been considered an excellent donor site for major nasal reconstruction but the area of sequel is nowadays unacceptable. We tried to study the behaviour of the tissues of the forehead after taking the flap and closing the wound, using the intraoperative expansion technique. We determined the presence of Vascular Endothelial Growth Factor in the flaps and in the donor site, in which its presence could explain the behaviour of the tissues of the forehead that are submitted to this technique. The quality of the reconstruction was studied in 45 patients who were submitted to surgical exeresisand major nasal reconstruction, as was the relationship between the disease and the therapy regarding quality of life. It was not possible to directely relate the quality of the reconstruction to the quality of patients life, although some suggestive data of more adequate manegement may be interesting. One might eventually conclude that, permanent exposure of the reconstruction with aesthetic and funcional quality would be the best method in order to modify the classic idea which is still known although overridden today, that nasal reconstruction could transform a horrible defect into a ridiculous one.-------RÉSUMÉ: Les carcinomes situés sur le nez sont très fréquents dans toutes les séries connues. Ils sont de diagnostic facile et la confirmation de ce dernier par une biopsie, est accessible et très fiable. La chirurgie et la radiothérapie sont les thérapeutiques les mieux indiquées. Toutefois les patients continuent de solliciter un traitement, seulement dans des états très avancés bien qu’ils aient eu connaissance du diagnostic et ayant accès aux services. Cette situation pourra probablement s’expliquer par l’évolution relativement indolente de beaucoup de tumeurs, associée à l’âge des malades; bien que selon quelques enquêtes réalisées un nombre élevé de malades craint davantage la thérapeutique que la maladie. D’autres paramètres sont analysés en vue d’obtenir des informations utiles pour l’accompagnement de ce problème. La majorité de nos patients sollicite le traitement adéquat quand les lésions entourent deux sous-unités nasales, ce qui permet de planifier le traitement chirurgique avec une certaine facilité, c’est à dire l’exérèse et la reconstruction ayant un résultat final esthétique généralement très acceptable. Les tumeurs de grandes dimensions entourant différentes sous-unités sont fréquentes mais elles impliquent rarement une amputation nasal total. Au contraire, les tumeurs les plus fréquentes sont celles qui entourent la moitié du nez et les structures voisines comme le maxillaire, l’orbite et la lèvre supérieure, parfois, elles peuvent même atteindre la base du crâne. Le contrôle de la maladie dans ces états est très difficile et quand nous pensons que la maladie est contrôlée, la chirurgie reconstructrice associée à d’autres formes de réhabilitation provoquent encore une grande insatisfaction. Nous exerçons notre activité en essayant de suivre les critères adoptés dans les meilleurs centres. Nous appliquons les techniques classiques complétées de retouches pour obtenir un meilleur resultat. Le fait de traiter les tumeurs nasales nous fait réfléchir et poser un ensemble de questions auxquelles nous n’avons pas pu trouver de réponses. En actuant en accord avec les principes qui définissent l’état de l’art, nous n’avons pas obtenu de résultats qui satisfassent les malades et les chirurgiens. Nous recherchons de nouvelles données techniques et scientifiques qui nous permettent de sortir de ce cercle vicieux dans lequel le patient retarde la recherche d’aide craignant que la thérapeutique le défigure. Nous valorisons certains détails pratiqués sur les lambeaux de patron vasculaire bien défini et ayant comme principaux objectifs l’obtention d’un bon résultat en moins de temps de chirurgie. Nous savons que les séquelles de la zone donneuse de tissus sont préoccupantes, ainsi, que les retouches qui ont été appliqués dans l’objectif de les atténuer. Le front, excellente zone donneuse pour la reconstruction nasale majeure, était une source de séquelle actuellement inacceptable. Nous avons étudié le comportement des tissus du front après avoir relevé le lambeau et effectué la fermeture avec la technique de l’expansion intraoperative. Nous avons déterminé la présence du Facteur de Croissance Vasculaire Endothéliale dans le propre lambeau et dans la zone donneuse, celle-ci pourra expliquer le comportement des tissus du front qui ont été soumis à cette technique. On a essayé d´etudier la qualité de la reconstruction sur 45 patients soumis à la chirurgie d´exérèse et la reconstruction nasal majeure, ainsi comme la qualité de vie en relation avec la maladie et la thérapie. Quoique l´on puisse conclure par l´existence des données subjectives des stratégies plus justes, il est impossible de faire un rapport sur la qualité de la reconstruction avec la qualité de vie des patients. Eventuellement l´on purrait conclure que l´observation permanente de la reconstruction avec qualité esthétique et fonctionnelle, se serait la meilleure méthod de changer l´idée classique, mais depassée, de que la rhinopoièse n´est pas que transformer un affreux défaut par un défaut ridicule.

A aquisição do léxico na aula de ELE a partir do enfoque comunicativo

Relatório de estágio de mestrado em Ensino de Português no 3.º Ciclo do Ensino Básico e no Ensino Secundário e de Espanhol nos Ensinos Básico e Secundário

Lideranças curriculares intermédias no contexto da avaliação externa das escolas em Portugal

Tese de Doutoramento em Ciências da Educação (área de especialização em Desenvolvimento Curricular).

Analyse rétrospective de la prise en charge du cancer ovarien au Centre Hospitalier Universitaire Vaudois

Introduction:¦L'incidence annuelle du cancer de l'ovaire en Suisse est de 600 cas, il touche principalement les femmes âgées de plus de 60 ans. Le cancer de l'ovaire est aujourd'hui la 1ère cause de mortalité par cancer gynécologique chez la femme. Le but de notre recherche, est de créer une base de données de toutes les¦patientes atteintes d'un cancer de l'ovaire et hospitalisées au CHUV pour la prise en charge de leur maladie.¦Cette étude rétrospective monocentrique nous permettra en premier lieu d'analyser les caractéristiques de¦cette tumeur présentées par les patientes, les traitements instaurés pour traiter ce cancer et les taux de¦récidives et de survie des patientes en fonction de ces variables.¦Méthodologie:¦Analyse rétrospective de 147 patientes diagnostiquées d'un cancer de l'ovaire et hospitalisées au CHUV entre¦septembre 2001 et mars 2010 pour la prise en charge de leur tumeur ovarienne. Utilisation du programme informatique ARCHIMED qui contient les dossiers médicaux de toutes les patientes inclues dans l'étude et création de 2 bases des données. La 1ère base de données regroupe l'ensemble des patientes de l'étude y¦compris les tumeurs type borderline, la 2ème base de données concerne uniquement les patientes ayant récidivé de leur tumeur. Les tumeurs bénignes ont été exclues de l'étude.¦Résultats:¦La probabilitéde survie à 1 an chez les patientes avec un cancer de l'ovaire, tous stades FIGO et prises en¦charge confondus, hospitalisées au CHUV est de 88,04% (95% CI = 0.7981-­‐0.9306), à 3 ans la probabilité de survie est de 70,4% (95% CI = 0.5864-­‐0.7936), et à plus de 5 ans, elle est de 60% (95% CI = 0.4315-­‐0.6859).¦Nous avons comparé le taux de survie en fonction du stade FIGO de la tumeur ovarienne et nous avons observé une différence significative de survie entre les stades FIGO précoces et les stades avancés (Pvaleur=¦0.0161).¦En plus d'une intervention chirurgicale, les patientes atteintes d'un cancer de l'ovaire sont normalement traitées par une chimiothérapie. Dans notre étude, 70 patientes ont bénéficié d'une chimiothérapie; un¦traitement adjuvant a été donné dans 78 % des cas (N = 55), un traitement néoadjuvant a été administré chez 22% des patientes (N=15). Le type combiné carboplatine-­‐taxane est la chimiothérapie la plus fréquente (75%). Au total sur l'étude, 66 patientes sur les 147 (44%) ont récidivé de leur tumeur. En ce qui¦concerne leur prise en charge, 46% des patientes ont reçu une chimiothérapie unique comme du gemzar, cealyx ou taxotère après leur récidive. Une cytoréduction secondaire a également été effectuée chez 33% de ces patientes ayant une récidive. Nous avons également étudié l'intervalle de temps entre la date de la¦récidive et celle du décès. Parmi les 28 patientes décédées chez les récidives, 10 d'entre-­‐elles (36%) ont survécu moins d'un an une fois la récidive diagnostiquée, 8 (28%) patientes ont survécu jusqu'à 2 ans, et¦les 10 (36%) autres patientes ont survécu de 2 à 5 ans. En ce qui concerne le taux de mortalité; 39 patientes sur les 147 étudiées sont décédées pendant la période d'observation, soit 26% des cas. La tumeur¦type borderline, présente une prolifération épithéliale atypique sans invasion dans le stroma et représente¦10 à 20% de toutes les tumeurs ovariennes. Dans notre étude, 41 patientes sont porteuses de cette tumeur¦(28%) et la moyenne d'âge est de 49 ans. En ce qui concerne leur prise en charge, l'intervention chirurgicale¦la plus fréquente, soit 23% des cas, est l'annexectomie unilatérale, qui reste une attitude conservative pour¦ces patientes désirant préserver leur fertilité. 6 patientes présentant ce type de tumeur ont récidivé, soit 14% des cas, avec une progression pelvienne, et 3 de ces 6 patientes sont décédées. Dans notre analyse, on observe que la probabilité de vivre plus longtemps que 1an pour les patientes ayant une tumeur borderline est de 93,8% (95% CI= 0.6323-­‐ 0.9910), à 3 ans elle est également de 93,8% (95% CI = 0.6323-­‐0.9910) et à 5 ans elle est de 78,1% (95% CI = 0.3171-­‐0.9483). Nous n'avons pas observé de¦différence de survie dans notre étude entre les patientes présentant une tumeur borderline et le « non‐borderline ». (Pvaleur=0.3301)

Percutaneous drainage versus emergency cholecystectomy for the treatment of acute cholecystitis in critically ill patients : does it matter ?

RESUME DE THESEContexte de l'étudeLe but de cette étude est de comparer le drainage percutané (DP) et la chirurgie d'urgence (CU) de la vésicule biliaire (VB) pour le traitement de la cholécystite aiguë lithiasique/alithiasique dans un groupe homogène de patients gravement malades et hospitalisés aux soins intensifs (SI).Patients et méthodeEntre les années 2001 et 2007, tous les patients successivement traités par DP ou CU pour cholécystite aiguë aux SI ont été rétrospectivement analysés. Les cas ont été collectés à partir d'une base de données prospective. Le DP était effectué par voie trans-hépatique et la chirurgie par voie ouverte ou laparoscopique. L'état général des patients et la dysfonction des organes étaient évalués par deux scores validés (SAPS Π et SOFA, respectivement). L'analyse des données s'est portée sur les complications à court terme (morbidité, mortalité hospitalière) et à long terme (récurrence des symptômes) après drainage ou chirurgie en urgence.RésultatsQuarante-deux patients (âge médian 65 ans, 32-94 ans) ont été inclus dans l'étude ; 45% ont eu une CU (10 laparoscopics, 9 voies ouvertes) et 55% un DP (n=23) de la vésicule biliaire. Le DP et la CU ont eu des taux de succès respectifs de 91 et 100% pour la résolution du sepsis lié à la cholécystite aigiie. Après drainage et chirurgie de la VB, la dysfonction des organes secondaire au sepsis s'est résolue dans les 3 jours. Malgré le drainage, deux patients ont nécessité une cholécystectomie en urgence pour cholécystite gangréneuse. Le taux de conversion de la laparoscopic à la voie ouverte était de 20%. La morbidité majeure était de 0% après drainage et 21% après chirurgie en urgence (p=0.034). Finalement, la mortalité hospitalière était similaire (13% après DP vs. 16% après CU, p=1.0) et uniquement liée aux co-morbidités des patients. La récurrence des symptômes liés à la VB n'est apparue que chez des patients initialement drainés pour cholécystite lithiasique.ConclusionsChez les patients gravement malades des soins intensifs, le drainage percutané et la chirurgie en urgence de la VB sont tous deux efficaces pour la résolution d'un sepsis lié à une cholécystite aigiie. Cependant, la chirurgie d'urgence est associée à une morbidité majeure accrue et l'approche par laparoscopic n'est pas toujours réalisable. Le drainage percutané de la VB est donc une modalité de traitement valable, mais nécessite à distance de l'épisode aigu une cholécystectomie par laparoscopic, surtout après une cholécystite lithiasique.

Contact metamorphism and emplacement of the western Adamello tonalite

The geodynamic forces acting in the Earth's interior manifest themselves in a variety of ways. Volcanoes are amongst the most impressive examples in this respect, but like with an iceberg, they only represent the tip of a more extensive system hidden underground. This system consists of a source region where melt forms and accumulates, feeder connections in which magma is transported towards the surface, and different reservoirs where it is stored before it eventually erupts to form a volcano. A magma represents a mixture of melt and crystals. The latter can be extracted from the source region, or form anywhere along the path towards their final crystallization place. They will retain information of the overall plumbing system. The host rocks of an intrusion, in contrast, provide information at the emplacement level. They record the effects of thermal and mechanical forces imposed by the magma. For a better understanding of the system, both parts - magmatic and metamorphic petrology - have to be integrated. I will demonstrate in my thesis that information from both is complementary. It is an iterative process, using constraints from one field to better constrain the other. Reading the history of the host rocks is not always straightforward. This is shown in chapter two, where a model for the formation of clustered garnets observed in the contact aureole is proposed. Fragments of garnets, older than the intrusive rocks are overgrown by garnet crystallizing due to the reheating during emplacement of the adjacent pluton. The formation of the clusters is therefore not a single event as generally assumed but the result of a two-stage process, namely the alteration of the old grains and the overgrowth and amalgamation of new garnet rims. This makes an important difference when applying petrological methods such as thermobarometry, geochronology or grain size distributions. The thermal conditions in the aureole are a strong function of the emplacement style of the pluton. therefore it is necessary to understand the pluton before drawing conclusions about its aureole. A study investigating the intrusive rocks by means of field, geochemical, geochronologi- cal and structural methods is presented in chapter three. This provided important information about the assembly of the intrusion, but also new insights on the nature of large, homogeneous plutons and the structure of the plumbing system in general. The incremental nature of the emplacement of the Western Adamello tonalité is documented, and the existence of an intermediate reservoir beneath homogeneous plutons is proposed. In chapter four it is demonstrated that information extracted from the host rock provides further constraints on the emplacement process of the intrusion. The temperatures obtain by combining field observations with phase petrology modeling are used together with thermal models to constrain the magmatic activity in the immediate intrusion. Instead of using the thermal models to control the petrology result, the inverse is done. The model parameters were changed until a match with the aureole temperatures was obtained. It is shown, that only a few combinations give a positive match and that temperature estimates from the aureole can constrain the frequency of ancient magmatic systems. In the fifth chapter, the Anisotropy of Magnetic Susceptibility of intrusive rocks is compared to 3D tomography. The obtained signal is a function of the shape and distribution of ferromagnetic grains, and is often used to infer flow directions of magma. It turns out that the signal is dominated by the shape of the magnetic crystals, and where they form tight clusters, also by their distribution. This is in good agreement with the predictions made in the theoretical and experimental literature. In the sixth chapter arguments for partial melting of host rock carbonates are presented. While at first very surprising, this is to be expected when considering the prior results from the intrusive study and experiments from the literature. Partial melting is documented by compelling microstructures, geochemical and structural data. The necessary conditions are far from extreme and this process might be more frequent than previously thought. The carbonate melt is highly mobile and can move along grain boundaries, infiltrating other rocks and ultimately alter the existing mineral assemblage. Finally, a mineralogical curiosity is presented in chapter seven. The mineral assemblage magne§site and calcite is in apparent equilibrium. It is well known that these two carbonates are not stable together in the system Ca0-Mg0-Fe0-C02. Indeed, magnesite and calcite should react to dolomite during metamorphism. The presented explanation for this '"forbidden" assemblage is, that a calcite melt infiltrated the magnesite bearing rock along grain boundaries and caused the peculiar microstructure. This is supported by isotopie disequilibrium between calcite and magnesite. A further implication of partially molten carbonates is, that the host rock drastically looses its strength so that its physical properties may be comparable to the ones of the intrusive rocks. This contrasting behavior of the host rock may ease the emplacement of the intrusion. We see that the circle closes and the iterative process of better constraining the emplacement could start again. - La Terre est en perpétuel mouvement et les forces tectoniques associées à ces mouvements se manifestent sous différentes formes. Les volcans en sont l'un des exemples les plus impressionnants, mais comme les icebergs, les laves émises en surfaces ne représentent que la pointe d'un vaste système caché dans les profondeurs. Ce système est constitué d'une région source, région où la roche source fond et produit le magma ; ce magma peut s'accumuler dans cette région source ou être transporté à travers différents conduits dans des réservoirs où le magma est stocké. Ce magma peut cristalliser in situ et produire des roches plutoniques ou alors être émis en surface. Un magma représente un mélange entre un liquide et des cristaux. Ces cristaux peuvent être extraits de la source ou se former tout au long du chemin jusqu'à l'endroit final de cristallisation. L'étude de ces cristaux peut ainsi donner des informations sur l'ensemble du système magmatique. Au contraire, les roches encaissantes fournissent des informations sur le niveau d'emplacement de l'intrusion. En effet ces roches enregistrent les effets thermiques et mécaniques imposés par le magma. Pour une meilleure compréhension du système, les deux parties, magmatique et métamorphique, doivent être intégrées. Cette thèse a pour but de montrer que les informations issues de l'étude des roches magmatiques et des roches encaissantes sont complémentaires. C'est un processus itératif qui utilise les contraintes d'un domaine pour améliorer la compréhension de l'autre. Comprendre l'histoire des roches encaissantes n'est pas toujours aisé. Ceci est démontré dans le chapitre deux, où un modèle de formation des grenats observés sous forme d'agrégats dans l'auréole de contact est proposé. Des fragments de grenats plus vieux que les roches intru- sives montrent une zone de surcroissance générée par l'apport thermique produit par la mise en place du pluton adjacent. La formation des agrégats de grenats n'est donc pas le résultat d'un seul événement, comme on le décrit habituellement, mais d'un processus en deux phases, soit l'altération de vieux grains engendrant une fracturation de ces grenats, puis la formation de zone de surcroissance autour de ces différents fragments expliquant la texture en agrégats observée. Cette interprétation en deux phases est importante, car elle engendre des différences notables lorsque l'on applique des méthodes pétrologiques comme la thermobarométrie, la géochronologie ou encore lorsque l'on étudie la distribution relative de la taille des grains. Les conditions thermales dans l'auréole de contact dépendent fortement du mode d'emplacement de l'intrusion et c'est pourquoi il est nécessaire de d'abord comprendre le pluton avant de faire des conclusions sur son auréole de contact. Une étude de terrain des roches intrusives ainsi qu'une étude géochimique, géochronologique et structurale est présente dans le troisième chapitre. Cette étude apporte des informations importantes sur la formation de l'intrusion mais également de nouvelles connaissances sur la nature de grands plutons homogènes et la structure de système magmatique en général. L'emplacement incrémental est mis en évidence et l'existence d'un réservoir intermédiaire en-dessous des plutons homogènes est proposé. Le quatrième chapitre de cette thèse illustre comment utiliser l'information extraite des roches encaissantes pour expliquer la mise en place de l'intrusion. Les températures obtenues par la combinaison des observations de terrain et l'assemblage métamorphique sont utilisées avec des modèles thermiques pour contraindre l'activité magmatique au contact directe de cette auréole. Au lieu d'utiliser le modèle thermique pour vérifier le résultat pétrologique, une approche inverse a été choisie. Les paramètres du modèle ont été changés jusqu'à ce qu'on obtienne une correspondance avec les températures observées dans l'auréole de contact. Ceci montre qu'il y a peu de combinaison qui peuvent expliquer les températures et qu'on peut contraindre la fréquence de l'activité magmatique d'un ancien système magmatique de cette manière. Dans le cinquième chapitre, les processus contrôlant l'anisotropie de la susceptibilité magnétique des roches intrusives sont expliqués à l'aide d'images de la distribution des minéraux dans les roches obtenues par tomographie 3D. Le signal associé à l'anisotropie de la susceptibilité magnétique est une fonction de la forme et de la distribution des grains ferromagnétiques. Ce signal est fréquemment utilisé pour déterminer la direction de mouvement d'un magma. En accord avec d'autres études de la littérature, les résultats montrent que le signal est dominé par la forme des cristaux magnétiques, ainsi que par la distribution des agglomérats de ces minéraux dans la roche. Dans le sixième chapitre, une étude associée à la fusion partielle de carbonates dans les roches encaissantes est présentée. Si la présence de liquides carbonatés dans les auréoles de contact a été proposée sur la base d'expériences de laboratoire, notre étude démontre clairement leur existence dans la nature. La fusion partielle est documentée par des microstructures caractéristiques pour la présence de liquides ainsi que par des données géochimiques et structurales. Les conditions nécessaires sont loin d'être extrêmes et ce processus pourrait être plus fréquent qu'attendu. Les liquides carbonatés sont très mobiles et peuvent circuler le long des limites de grain avant d'infiltrer d'autres roches en produisant une modification de leurs assemblages minéralogiques. Finalement, une curiosité minéralogique est présentée dans le chapitre sept. L'assemblage de minéraux de magnésite et de calcite en équilibre apparent est observé. Il est bien connu que ces deux carbonates ne sont pas stables ensemble dans le système CaO-MgO-FeO-CO.,. En effet, la magnésite et la calcite devraient réagir et produire de la dolomite pendant le métamorphisme. L'explication présentée pour cet assemblage à priori « interdit » est que un liquide carbonaté provenant des roches adjacentes infiltre cette roche et est responsable pour cette microstructure. Une autre implication associée à la présence de carbonates fondus est que la roche encaissante montre une diminution drastique de sa résistance et que les propriétés physiques de cette roche deviennent comparables à celles de la roche intrusive. Cette modification des propriétés rhéologiques des roches encaissantes peut faciliter la mise en place des roches intrusives. Ces différentes études démontrent bien le processus itératif utilisé et l'intérêt d'étudier aussi bien les roches intrusives que les roches encaissantes pour la compréhension des mécanismes de mise en place des magmas au sein de la croûte terrestre.

Dépistage et traitement de l'infection tuberculeuse latente chez les requérants d'asile récemment arrivés dans le canton de Vaud Dépistage et traitement de l'infection tuberculeuse latente chez les requérants d'asile récemment arrivés dans le canton de Vaud

I. Facteurs associés avec l'infection tuberculose latent chez les requérants d'asile entrant dans le canton de Vaud : Une étude transversale dans le canton de Vaud. Objectifs : Les objectifs de cette étude étaient l'identification des facteurs associés à l'infection tuberculeuse latente (ITBL) chez les requérants d'asile récemment arrivés au Canton de Vaud et leur utilisation pondérée pour l'élaboration d'un score prédictif qui pourrait permettre la meilleure sélection des individus à dépister avec les Interferon Gamma Release Assays (IGRA). Méthode : Le protocole de l'étude prévoyait l'inclusion des requérants d'asile de plus de 16 ans, récemment arrivés dans deux centre de requérant du canton de Vaud ceux de Sainte-Croix et de Crissier. De septembre 2009 à juillet 2010 les requérants d'asile ont bénéficié lors des visites au centre de soins infirmier (CSI) d'informations sur l'ITBL et le protocole et les enjeux de l'étude. Les requérants d'asile ont d'emblée été informées que leur participation à l'étude n'aurait pas d'impact sur le débouché de leur dossier d'asile et qu'il n'y aurait pas de compensation financière à leur participation. Après avoir signé le consentement éclairé les requérants d'asile bénéficiaient d'une entrevue avec l'infirmière du centre où un questionnaire démographique et médical était remplit. 10cc de sang étaient prélevés à la fin de l'entrevue pour l'examen IGRA. Les patients présentant des symptômes évocateurs de tuberculose active ou un anamnèse de traitement pour une tuberculose active étaient exclus de l'étude et adressés au médecin référant du centre pour une visite médicale. Selon les résultats du test T-SPOT.TB (IGRA), les requérants étaient classés en deux groupes : positifs et négatifs. Le groupe IGRA positif était adressé au médecin référant. L'analyse statistique des données de l'étude a été réalisée par le logiciel STATA 11.2. Les coefficients de l'analyse multivariée ont été combinées pour la création d'un score pronostic dont la puissance de discrimination a été évaluée par une courbe ROC. Le protocole de l'étude avait reçu l'aval de la commission d'éthique de l'Université de Lausanne. Résultats : Durant la période de l'étude, 788 requérants d'asile ont été hébergés dans les deux centres de l'étude. 639 avaient plus de 16 ans et 393 d'entre eux ont participé à l'étude (61.50%). 295 (75.06%) avaient un IGRA négatif et 98 (24.93%) étaient positifs. A noter que parmi les 98 positifs, 5 avaient une tuberculose active non détecté précédemment. Les analyses univarié et multivarié ont permis d'identifier 6 facteurs associées à l'ITBL : Région d'origine, moyen de transport, état civil, âge, toux et antécédent d'exposition à la tuberculose. Le score élaboré en combinant ces 6 facteurs présente un AUC de 81% avec une sensibilité de 80%, une spécificité de 70% et des valeurs prédictive positive et négative respectivement de 45% et 92% quant un seuil de 13 est utilisé. Conclusion : Les requérants d'asile qui immigrent en Suisse proviennent de pays où l'incidence de la tuberculose est supérieure à celle des pays de l'Europe occidentale et présentent un risque élevé pour l'infection tuberculose latente (ITBL). L'origine comme seul facteur n'est pas suffisant pour stratifier le risque d'ITBL et ne peut pas justifier la prescription d'un traitement préventif d'ITBL. L'introduction des tests de détection, hautement spécifiques de l'infection au M. tuberculosis tel que les IGRA ainsi que le taux élevé de réussite des traitements préventifs de l'infection latente ont ouvert la voie à un dépistage précoce de l'ITBL qui compléterait le dépistage de la tuberculose active actuellement effectué à la frontière. Afin de mieux cibler le dépistage par ces tests une meilleure sélection des individus à dépister est impérative. Elle pourrait se faire en évaluant le score individuel de risque ITBL par requérant. -- II. Taux élevé d'adhérence au traitement préventif de l'infection tuberculeuse latente prescrit à un collectif de requérants d'asile dans un canton suisse. Objectifs: L'efficacité du traitement préventif de l'infection tuberculeuse latente dépend de l'adherence du sujet au traitement. Un traitement bien conduit pour une duré prévue est en mesure de prévenir l'activation des cas d'infection tuberculeuse latente (ITBL). Le plus grand enjeu dans un programme préventif pour la tuberculose est, outre de cibler la détection des individus les plus à risque pour l'ITBL, de pouvoir traiter efficacement le collectif dépisté positif. Cette étude évaluait la faisabilité d'un traitement préventif court parmi un collectif de requérants d'asile porteurs d'une ITBL dans le canton de Vaud. Méthode: Nous avons effectué une étude prospective de cohorte parmi des requérants d'asile récemment attribués dans le canton de Vaud, âgés de plus de 16 ans et qui avaient été dépistés positifs par IGRA. L'ensemble du collectif selon le protocole de l'étude était adressé au médecin référant afin d'exclure une tuberculose active et pour discuter du traitement préventif si le diagnostic d'ITBL était confirmé. Lors de la première visite médicale, outre l'examen clinique, un bilan radiologique avec une radiographie du thorax et un bilan de la biologie hépatique ainsi qu'un test de dépistage HIV était proposé à l'ensemble du collectif. En cas de suspicion clinique ou d'image radiologique suspecte de tuberculose active le sujet était adressé pour des examens complémentaires. Les sujets porteurs d'ITBL se voyaient proposés, en l'absence de contre indications, un traitement de rifampicine de quatre mois. En acceptant de participer à l'étude ils s'engageaient de se présenter à leur contrôle médical mensuel où était évaluée l'adhérence au traitement et l'apparition d'effets indésirable ou de complications. Si l'adhérence était jugée correcte l'ordonnance du traitement était renouvelée d'un mois et le requérant recevait son prochain rendez-vous de contrôle. L'adhérence était considéré satisfaisante si le patient était adhérent à son schéma de visites médicales et demandait le renouvellement de son ordonnance. Si le requérant d'asile ne se présentait pas à deux contrôles il était considéré comme non adhérent et son traitement est suspendu. Résultats : Notre collectif comptait 98 sujet présument atteint de ITBL sur la base du test T-SPOT.TB ce qui représentait 24.9% du collectif initial. L'âge moyen était de 26.7 ans, 74% était des hommes. La majorité étaient des africains: 66 %, 17% étaient asiatiques et les populations balkaniques et de l'exunion soviétique étaient représentés à part égale d'huit pourcent. Parmi notre collectif nous n'avions pas de sujet immunodéficient notamment HIV positif. Des 98 sujets, 11 ne se sont pas présenté à leur visite médicale initiale. La visite médicale initiale a permis la détection de 8 patients porteurs d'une tuberculose active, dont cinq ont reçu un traitement antituberculeux, ou d'une autre affection pulmonaire non tuberculeuse. Chez deux patients il y avait une contre-indication au traitement préventif et deux avaient un anamnèse positif de traitement antituberculeux non précédemment déclaré. Le traitement préventif a été prescrit à 74 requérants d'asile. Durant le suivi mensuel trois requérants ne se sont pas présentés lors de la première visite de suivi, trois lors de la seconde et sept lors de la troisième pour un total de 13 sujets. Chez deux sujets le traitement préventif a du être suspendu à cause d'une adhérence problématique secondaire à des abus de substances illégales. Durant le suivi, nous n'avons pas eu de sérieuses complications ni d'effets indésirables au traitement qui auraient nécessité son arrêt. En final 60/75 des sujets ont achevé leur traitement soit 80% du collectif. Conclusion: Malgré la vulnérabilité et la volatilité inhérente à cette population qui est d'ailleurs la plus à risqué de réactivation d'une ITBL, cette étude montre que il est possible d'obtenir de taux d'adhérence très élevés au traitement préventif. Nous considérons que les conditions qui ont permis ces résultats sont la prescription d'un schéma de traitement préventif court, un suivi médico-soignant régulier et l'hébergement contrôlée et stable où résidait notre collectif.

Photographier les paysages sociaux urbains : Itinéraires visuels dans la ville

Dans cet article, nous proposons d'explorer la ville en recourant à des données et des méthodes visuelles. Partant de la notion de « paysage social », nous construisons un triple itinéraire géographique, photographique et intellectuel. Trois apports méthodologiques liés aux images sont ainsi mis en évidence : l'image comme guide pour l'attention, le chercheur comme « lieu des images » et l'image comme médiation. Nous sommes pour finir amenés à envisager une forme d'enquête qualitative ouvrant sur un intérêt sociologique élargi pour les données visuelles.

Colonic movements in healthy subjects as monitored by a Magnet Tracking System

Rapport de synthèse : Le Magnet Tracking System (MTS) est une technique peu invasive d'investigation de la motilité de l'entier du tube digestif. Elle repose sur le suivi de la progression d'un aimant par des senseurs externes en temps réel et dans les 3 dimensions. Dans cette étude, le MTS a été utilisé pour étudier les caractéristiques de propulsion propres aux différents segments coliques ainsi que pour comparer le transit de l'aimant permanent du MTS à celui de marqueurs radioopaques habituellement utilisés. Dix hommes et 10 femmes ayant un transit gastro-intestinal régulier ont ingéré simultanément un aimant de MTS et une capsule contenant 10 marqueurs radio-opaques, à 20h00. Les enregistrements se sont ensuite déroulés sur 2 matinées successives de 5 heures. L'analyse des données brutes recueillies a permis de réaliser une projection spatio-temporelle de la trajectoire de l'aimant dans le tube digestif ainsi qu'une description précise de l'origine, de la direction, de l'amplitude et de la vitesse des mouvements coliques. Des radiographies d'abdomen ont permis de comparer les positions respectives des marqueurs radio-opaques et de l'aimant du MTS. Durant 90% du temps d'enregistrement, l'aimant était immobile ou présentait des mouvements alternatifs de faible amplitude. Le reste des enregistrements consiste en activité propulsive dont 20% représentent des déplacements rétrogrades et une description très précise de 34 mouvements de masses. L'analyse des déplacements démontre une distribution bimodales des vitesses voisine de 1.5 et 50 cm /min, ce tant en direction orale que caudale. Deux tiers des distances parcourues le sont à vitesse rapide. L'analyse segmentaire confirme une progression horaire absolue supérieure dans le côlon gauche que droit. L'analyse détaillée par segment colique, reposant sur la description des déplacements enregistrés correspond aux rôles reconnus des différents segments, notamment de aire de stockage et de conditionnement du côlon ascendant ou de transit du côlon descendant. La comparaison des 2 sexes démontre un nombre plus important de mouvements, particulièrement de mouvements de masse chez l'homme. Les radiographies montrent une bonne corrélation entre la position de l'aimant et celle des marqueurs radio-opaques. Le MTS permet ainsi une description précise des caractéristiques propulsives des différents segments coliques, notamment par l'analyse détaillée des progressions à vitesses lente et rapide et leurs directions. Des distinctions peuvent également être notées en fonction du sexe. Ces investigations offrent de nouvelles perspectives pour l'étude des troubles de la motilité digestive.

3D geoelectrical monitoring to follow hydric soil behaviour during rainfall

RESUME Durant les dernières années, les méthodes électriques ont souvent été utilisées pour l'investigation des structures de subsurface. L'imagerie électrique (Electrical Resistivity Tomography, ERT) est une technique de prospection non-invasive et spatialement intégrée. La méthode ERT a subi des améliorations significatives avec le développement de nouveaux algorithmes d'inversion et le perfectionnement des techniques d'acquisition. La technologie multicanale et les ordinateurs de dernière génération permettent la collecte et le traitement de données en quelques heures. Les domaines d'application sont nombreux et divers: géologie et hydrogéologie, génie civil et géotechnique, archéologie et études environnementales. En particulier, les méthodes électriques sont souvent employées dans l'étude hydrologique de la zone vadose. Le but de ce travail est le développement d'un système de monitorage 3D automatique, non- invasif, fiable, peu coûteux, basé sur une technique multicanale et approprié pour suivre les variations de résistivité électrique dans le sous-sol lors d'événements pluvieux. En raison des limitations techniques et afin d'éviter toute perturbation physique dans la subsurface, ce dispositif de mesure emploie une installation non-conventionnelle, où toutes les électrodes de courant sont placées au bord de la zone d'étude. Le dispositif le plus approprié pour suivre les variations verticales et latérales de la résistivité électrique à partir d'une installation permanente a été choisi à l'aide de modélisations numériques. Les résultats démontrent que le dispositif pôle-dipôle offre une meilleure résolution que le dispositif pôle-pôle et plus apte à détecter les variations latérales et verticales de la résistivité électrique, et cela malgré la configuration non-conventionnelle des électrodes. Pour tester l'efficacité du système proposé, des données de terrain ont été collectées sur un site d'étude expérimental. La technique de monitorage utilisée permet de suivre le processus d'infiltration 3D pendant des événements pluvieux. Une bonne corrélation est observée entre les résultats de modélisation numérique et les données de terrain, confirmant par ailleurs que le dispositif pôle-dipôle offre une meilleure résolution que le dispositif pôle-pôle. La nouvelle technique de monitorage 3D de résistivité électrique permet de caractériser les zones d'écoulement préférentiel et de caractériser le rôle de la lithologie et de la pédologie de manière quantitative dans les processus hydrologiques responsables d'écoulement de crue. ABSTRACT During the last years, electrical methods were often used for the investigation of subsurface structures. Electrical resistivity tomography (ERT) has been reported to be a useful non-invasive and spatially integrative prospecting technique. The ERT method provides significant improvements, with the developments of new inversion algorithms, and the increasing efficiency of data collection techniques. Multichannel technology and powerful computers allow collecting and processing resistivity data within few hours. Application domains are numerous and varied: geology and hydrogeology, civil engineering and geotechnics, archaeology and environmental studies. In particular, electrical methods are commonly used in hydrological studies of the vadose zone. The aim of this study was to develop a multichannel, automatic, non-invasive, reliable and inexpensive 3D monitoring system designed to follow electrical resistivity variations in soil during rainfall. Because of technical limitations and in order to not disturb the subsurface, the proposed measurement device uses a non-conventional electrode set-up, where all the current electrodes are located near the edges of the survey grid. Using numerical modelling, the most appropriate arrays were selected to detect vertical and lateral variations of the electrical resistivity in the framework of a permanent surveying installation system. The results show that a pole-dipole array has a better resolution than a pole-pole array and can successfully follow vertical and lateral resistivity variations despite the non-conventional electrode configuration used. Field data are then collected at a test site to assess the efficiency of the proposed monitoring technique. The system allows following the 3D infiltration processes during a rainfall event. A good correlation between the results of numerical modelling and field data results can be observed since the field pole-dipole data give a better resolution image than the pole-pole data. The new device and technique makes it possible to better characterize the zones of preferential flow and to quantify the role of lithology and pedology in flood- generating hydrological processes.

Predictors of weight change in sedentary smokers receiving a standard smoking cessation intervention

L'arrêt de la cigarette est généralement associé à une prise de poids. Celle-ci peut menacer la motivation des fumeurs à s'engager dans un processus d'arrêt du tabac et constitue un motif de rechute. L'ordre de grandeur et la cinétique de la prise de poids liée à une tentative d'arrêt chez les fumeurs pris en charge selon les recommandations cliniques actuelles est peu décrite dans la littérature médicale. Le but de cette étude était de quantifier cette prise de poids, d'en déterminer la cinétique ainsi que les facteurs qui l'influencent, chez des fumeurs sédentaires bénéficiant d'une intervention d'aide à l'arrêt du tabac individualisée, composée de conseils individuels et d'une substitution nicotinique associant plusieurs modes d'administration. Nous avons analysé des données récoltées durant un essai clinique randomisé contrôlé au cours duquel était étudié l'impact d'une activité physique modérée sur les taux d'arrêt du tabac après un an chez des fumeurs sédentaires. Nous avons modélisé l'évolution du poids de l'ensemble des participants au cours du temps, selon la technique statistique des « modèles mixtes longitudinaux ». En séparant les périodes d'abstinence de la cigarette de celles de rechute et de l'utilisation reportée de substituts nicotiniques. Cette approche nous a permis de prendre en compte chaque participant à l'étude, par opposition à un modèle plus simple qui séparerait les sujets abstinents de ceux qui rechutent à n'importe quel moment de la période de suivi. Nous avons également ajusté ces modèles pour l'âge, le sexe, le niveau de dépendance à la nicotine et le niveau de formation des participants. Parmi l'ensemble des participants, nous avons noté une augmentation du poids durant les trois premiers mois de l'intervention, suivie d'une stabilisation. Au total, la prise de poids moyenne s'est élevée à 3.3 kg pour les femmes et 3.9 kg pour les hommes. Durant les périodes d'abstinence, les caractéristiques suivantes étaient associées à la prise de poids : sexe masculin et forte dépendance nicotinique. Un âge supérieur à 43 ans était associé à une prise de poids également durant les périodes de rechute. Nous avons observé une tendance, non statistiquement significative, vers une réduction de la prise des poids avec l'utilisation de substituts nicotiniques. Notre étude apporte de nouvelles données sur l'évolution du poids chez les fumeurs sédentaires qui bénéficient d'une intervention d'aide à l'arrêt du tabac. Ils prennent donc du poids, de manière modérée et limitée aux premiers mois. Parmi eux, les hommes, les individus les plus dépendants à la nicotine et les plus âgés doivent s'attendre à une prise de poids supérieure à la moyenne.

Health care supply, payment system and medical practice : evidence from obstetric practice

ABSTRACTA significant share of deliveries are performed by Cesarian section (C-section) in Europe and in many developed and developing countries. The aims of this thesis are to highlight the non medical, especially economic and financial, incentives that explain the use of C-section, as well as the medical consequences of C-section on women's health, in regard with other factors of ob¬stetrical care quality such as hospital concentration. Those diagnoses enable us to exhibit ways of improvement of obstetrical care quality in France. Our analysis focus on two countries, France and Switzerland. In the first part of the thesis, we show the influence of two non medical factors on the C-section use, namely the hospital payment system on the one hand and the obstetricians behaviour, especially their demand for leisure, on the other hand. With French data on the year 2003, we show firstly that the fee-for-service payment system of private for profit hospitals induces a higher probability of using C-section. Obstetricians play also a preeminent role in the decision to use a C-section, as the probability of a C-section rises with the number of obstetricians. We then focus on a French reform introduced in 2004, to investigate the impact of Prospective Payment System on obstetric practise. We show that the rise of C-section rate between 2003 and 2006 is mainly caused by changes in hospitals and patients features. Obstetricians practises do not vary a lot for patients with the same risk code. In the mean time however, the number of women coded with a high risk rises. This can be caused by improvements in the quality of coding, obstetricians chosing codes that match better the real health state of their patients. Yet, it can also show that obstetricians change their coding practises to justify the use of certain practises, such as C-section, with no regard to the health state of patients. Financial factors are not the only non medical fac¬tors that can influence the resort to C-section. Using Shelton Brown ΠΙ identification strategy, we focus on the potential impact of obstetricians leisure preference on the use of C-section. We use the distributions of days and hours of delivering and the types of C-section - planned or emergency C-sections - to show that the obstetricians demand for leisure has a significant impact on the resort to C-section, but only in emergency situations. The second part of the thesis deals with some ways to improve obstetric care quality. We use on the one hand swiss and french data to study the impact of C-section on the patients' probability of having an obstetric complication and on the other hand the influence of hospital concentration on the quality of obstetric care. We find the same results as former medical studies about the risks entailed by C-section on obstetric complications.These results prove women ought to be better informed of the medical consequences of C-section and that the slowing of C-section use should be a priority of public health policy. We finally focus on another way to improve obstetric care quality, that is hospital lmarket concentration. We investigate the impact of hospital concentration by integrating the Herfindahl-Hirschman index in our model, on health care quality, measured by the HCUP indicator. We find that hospital concentration has a negative impact on obstetric care quality, which undermines today's policy of hospital closings in France.JEL classification: 112; 118Keywords: Hospital; C-section; Payment System; Counterfactual Estimation; Quality of Care.RÉSUMÉUne part importante des accouchements sont réalisés par césarienne en Europe et dans de nom¬breux pays développés ou en développement. Les objectifs de cette thèse sont de mettre en évidence les déterminants non médicaux, notamment économiques et financiers, expliquant le développe¬ment de cette pratique, ainsi que ses conséquences sur la santé des femmes après Γ accouchement, en lien avec d'autres facteurs comme la concentration locale des structures hospitalières. Les résul¬tats exposés dans cette thèse éclairent les perspectives et voies d'amélioration de la qualité des soins en obstétriques.Notre analyse se concentre sur deux pays : la France et la Suisse. Dans la première partie de la thèse, nous mettons en évidence l'influence de deux déterminants non médicaux sur l'emploi de la césarienne : le système de paiement des hôpitaux d'une part, et le comportement des médecins obstétriciens d'autre part. En étudiant des données françaises de 2003, nous montrons d'abord que le financement à l'acte des établissements privés engendre une hausse de la proba¬bilité de pratiquer une césarienne. Le rôle de l'obstrétricien paraît également déterminant dans la décision d'opérer une césarienne, la probabilité d'employer cette technique augmentant avec le nombre d'obstétriciens. Nous nous intéressons ensuite à l'impact de la mise en place en 2004 du système de paiement prospectif sur l'évolution des pratiques obstétricales entre 2003 et 2006 en France. La hausse du taux de recours à la césarienne entre 2004 et 2006 peut ainsi être principa¬lement imputée aux évolutions des caractéristiques des hôpitaux et des patients, les pratiques des obstétriciens, pour un même codage de la situation du patient, variant peu. Dans le même temps cependant, les pratiques de codage des patients parles obstétriciens évoluent fortement, les femmes étant de plus en plus nombreuses à porter des codes correspondant à des situations à risques. Cette évolution peut indiquer que la qualité du codage en 2006 s'est améliorée par rapport à 2004, le codage correspondant de plus en plus à la situation réelle des patientes. H peut aussi indiquer que les pratiques de codage évoluent pour justifier un recours accru à la césarienne, sans lien avec l'état réel des patientes. Les facteurs financiers ne sont pas les seuls facteurs non médicaux à pouvoir expliquer le recours à la césarienne : nous nous intéressons, en suivant la stratégie d'identifica¬tion de Shelton Brown m, à l'impact potentiel de la demande de loisir des médecins obstétriciens sur la pratique de la césarienne. En utilisant la distribution des jours et heures d'accouchement, et en distinguant les césariennes planifiées de celles effectuées en urgence, nous constatons que la demande de loisir des obstétriciens influence significativement le recours à la césarienne, mais uni¬quement pour les interventions d'urgence. La deuxième partie de la thèse est consacrée à l'étude de la qualité des soins en obstétriques. Nous utilisons des données suisses et françaises pour analyser d'une part l'impact de la césarienne sur la survenue de complications obstétricales et d'autre part l'impact de la concentration des soins sur la qualité des soins en obstétrique. Nons confirmons les résultats antérieurs de la littérature médicale sur la dangerosité de la césarienne comme facteur de complications obstétricales. Ces conclusions montrent que les femmes ont besoin d'être informées des conséquences de la césarienne sur leur santé et que le ralentissement de l'augmentation de la pratique de la césarienne devrait être un objectif de la politique publique de santé. Nous nous in¬téressons à un autre facteur d'amélioration des soins en obstrétique, l'organisation des hôpitaux et particulièrement leur concentration. Nous estimons ainsi l'effet de la concentration sur la qualité des soins obstétriques en intégrant l'indice de Herfindahl-Hirschman dans notre modèle, la qualité des soins étant mesurée à l'aide de l'indicateur HCUP. Nous constatons que la concentration des naissances a un impact négatif sur la qualité des soins en obstétrique, résultat qui va dans le sens contraire des politiques de fermeture d'hôpitaux menées actuellement en France. JEL classification : 112 ; 118Mots-clés : Hôpital ; Césarienne ; Système de paiement ; Contrefactuels ; Qualité des soins, sur la qualité des soins en obstétrique.

Design and analysis of ChIP-Seq experiments for nuclear factor I DNA-binding proteins

SUMMARY : Eukaryotic DNA interacts with the nuclear proteins using non-covalent ionic interactions. Proteins can recognize specific nucleotide sequences based on the sterical interactions with the DNA and these specific protein-DNA interactions are the basis for many nuclear processes, e.g. gene transcription, chromosomal replication, and recombination. New technology termed ChIP-Seq has been recently developed for the analysis of protein-DNA interactions on a whole genome scale and it is based on immunoprecipitation of chromatin and high-throughput DNA sequencing procedure. ChIP-Seq is a novel technique with a great potential to replace older techniques for mapping of protein-DNA interactions. In this thesis, we bring some new insights into the ChIP-Seq data analysis. First, we point out to some common and so far unknown artifacts of the method. Sequence tag distribution in the genome does not follow uniform distribution and we have found extreme hot-spots of tag accumulation over specific loci in the human and mouse genomes. These artifactual sequence tags accumulations will create false peaks in every ChIP-Seq dataset and we propose different filtering methods to reduce the number of false positives. Next, we propose random sampling as a powerful analytical tool in the ChIP-Seq data analysis that could be used to infer biological knowledge from the massive ChIP-Seq datasets. We created unbiased random sampling algorithm and we used this methodology to reveal some of the important biological properties of Nuclear Factor I DNA binding proteins. Finally, by analyzing the ChIP-Seq data in detail, we revealed that Nuclear Factor I transcription factors mainly act as activators of transcription, and that they are associated with specific chromatin modifications that are markers of open chromatin. We speculate that NFI factors only interact with the DNA wrapped around the nucleosome. We also found multiple loci that indicate possible chromatin barrier activity of NFI proteins, which could suggest the use of NFI binding sequences as chromatin insulators in biotechnology applications. RESUME : L'ADN des eucaryotes interagit avec les protéines nucléaires par des interactions noncovalentes ioniques. Les protéines peuvent reconnaître les séquences nucléotidiques spécifiques basées sur l'interaction stérique avec l'ADN, et des interactions spécifiques contrôlent de nombreux processus nucléaire, p.ex. transcription du gène, la réplication chromosomique, et la recombinaison. Une nouvelle technologie appelée ChIP-Seq a été récemment développée pour l'analyse des interactions protéine-ADN à l'échelle du génome entier et cette approche est basée sur l'immuno-précipitation de la chromatine et sur la procédure de séquençage de l'ADN à haut débit. La nouvelle approche ChIP-Seq a donc un fort potentiel pour remplacer les anciennes techniques de cartographie des interactions protéine-ADN. Dans cette thèse, nous apportons de nouvelles perspectives dans l'analyse des données ChIP-Seq. Tout d'abord, nous avons identifié des artefacts très communs associés à cette méthode qui étaient jusqu'à présent insoupçonnés. La distribution des séquences dans le génome ne suit pas une distribution uniforme et nous avons constaté des positions extrêmes d'accumulation de séquence à des régions spécifiques, des génomes humains et de la souris. Ces accumulations des séquences artéfactuelles créera de faux pics dans toutes les données ChIP-Seq, et nous proposons différentes méthodes de filtrage pour réduire le nombre de faux positifs. Ensuite, nous proposons un nouvel échantillonnage aléatoire comme un outil puissant d'analyse des données ChIP-Seq, ce qui pourraient augmenter l'acquisition de connaissances biologiques à partir des données ChIP-Seq. Nous avons créé un algorithme d'échantillonnage aléatoire et nous avons utilisé cette méthode pour révéler certaines des propriétés biologiques importantes de protéines liant à l'ADN nommés Facteur Nucléaire I (NFI). Enfin, en analysant en détail les données de ChIP-Seq pour la famille de facteurs de transcription nommés Facteur Nucléaire I, nous avons révélé que ces protéines agissent principalement comme des activateurs de transcription, et qu'elles sont associées à des modifications de la chromatine spécifiques qui sont des marqueurs de la chromatine ouverte. Nous pensons que lés facteurs NFI interagir uniquement avec l'ADN enroulé autour du nucléosome. Nous avons également constaté plusieurs régions génomiques qui indiquent une éventuelle activité de barrière chromatinienne des protéines NFI, ce qui pourrait suggérer l'utilisation de séquences de liaison NFI comme séquences isolatrices dans des applications de la biotechnologie.

Early antibiotic administration affects the gut barrier function and the immune response to oral antigen in suckling rats

Abstract: The increasingly high hygienic standards characterizing westernized societies correlate with an increasingly high prevalence of allergic disease. Initially based on these observations, the hygiene hypothesis postulates that reduced microbial stimulation during infancy impairs the immune system development and increases the risk of allergy. Moreover, there is increasing evidence that the crosstalk existing between the intestine and the resident microbiota is crucial for gut homeostasis. In particular, bacterial colonization of the gut affects the integrity of the gut barrier and stimulates the development of the gut associated immune tissue, both phenomena being essential for the immune system to mount a controlled response to food antigens. Therefore, alterations in the microbial colonization process, by compromising the barrier homeostasis, may increase the risk of food allergy. In this context, antibiotic treatment, frequently prescribed during infancy, affects gut colonization by bacteria. However, little is known about the impact of alterations in the colonization process on the maturation of the gut barrier and on the immunological response to oral antigens. The objective of this work was to determine the impact of a commercial antibiotic preparation employed in pediatric settings on the gut barrier status at the critical period of the suckling/weaning transition and to evaluate the physiological consequences of this treatment in terms of immune response to food antigens. We established an antibiotic-treated suckling rat model relevant to the pediatric population in terms of type, dose and route of administration of the antibiotic and of changes in the patterns of microbial colonization. Oral tolerance to a novel luminal antigen (ovalbumin) was impaired when the antigen was introduced during antibiotic treatment. These results paralleled to alterations in the intestinal permeability to macromolecules and reduced intestinal expression of genes coding for the major histocomptatibility complex II molecules, which suggest a reduced capacity of antigen handling and presentation in the intestine of the antibiotic-treated animals. In addition, low luminal IgA levels and reduced intestinal expression of genes coding for antimicrobial proteins suggest that protection against pathogens was reduced under antibiotic treatment. In conclusion, we observed in suckling rats that treatment with abroad-spectrum antibiotic commonly used in pediatric practices reduced the capacity of the immune system to develop tolerance. The impact of the antibiotic treatment on the immune response to the antigen-was likely mediated by the alterations of the gut microbiota, through impairment in the mechanisms of antigen handling and presentation. This work reinforces the body of data supporting a key role of the intestinal microbiota modulating the risk of allergy development and leads us to propose that the introduction of new food antigens should be avoided during antibiotic treatment in infants. Résumé: L'augmentation du niveau d'hygiène caractérisant les sociétés occidentales semble être fortement corrélée avec l'augmentation des cas d'allergie dans ces pays. De cette observation est née l'hypothèse qu'une diminution des stimuli microbiens pendant l'enfance modifie le développement du système immunitaire augmentant ainsi le risque d'allergie. En ce sens, un nombre croissant de données indiquent que les interactions existant entre l'intestin et les bactéries résidantes sont cruciales pour l'équilibre du système. En effet, la présence de bactéries dans l'intestin affecte l'intégrité de sa fonction de barrière et stimule le développement du système immunitaire intestinal. Ces deux paramètres étant essentiels à la mise en place d'une réponse contrôlée vis à vis d'un antigène reçu oralement, toute modification du processus naturel de colonisation compromettant l'équilibre intestinal pourrait augmenter le risque d'allergie. Les traitements aux antibiotiques, fréquemment prescrits en pédiatrie, modifient de façon conséquente le processus de colonisation bactérienne. Cependant peu de données existent concernant l'impact d'une altération du processus de colonisation sur la maturation de la barrière intestinale et de la réponse immunitaire dirigée contre un antigène. L'objectif de ce travail était de déterminer l'impact d'un antibiotique commercial et employé en pédiatrie sur l'état de la barrière intestinale au moment critique du sevrage et d'évaluer les conséquences physiologiques d'un tel traitement sur la réponse immune à un antigène alimentaire. Nous avons mis en place un modèle de rats allaités, traités à l'antibiotique, le plus proche possible des pratiques pédiatriques, en terme de nature, dose et voie d'administration de l'antibiotique. Nous avons constaté que l'établissement de la tolérance orale à un nouvel antigène (l'ovalbumine) est altéré quand celui-ci est donné pour la première fois au cours du traitement antibiotique. Ces résultats coïncident avec une diminution de la perméabilité intestinale aux macromolécules, ainsi qu'avec une diminution de l'expression des gènes codant pour les molécules du complexe majeur d'histocomptatibilité de classe II, suggérant une modification de l'apprêtement et de la présentation de l'antigène au niveau intestinal chez les rats traités à l'antibiotique. De plus, un faible taux d'IgA et une diminution de l'expression des gènes codant pour des protéines antimicrobiennes, observés après l'administration d'antibiotique, laissent à penser que la protection contre un pathogène est diminuée lors d'un traitement antibiotique. En conclusion, nous avons observé qu'un traitement antibiotique à large spectre d'activité, couramment utilisé en pédiatrie, réduit la capacité d'induction de la tolérance orale chez le rat allaité. L'impact du traitement antibiotique sur la réponse immune semble induite par l'altération de la flore intestinale via son effet sur les mécanismes d'apprêtement et de présentation de l'antigène. Ce travail renforce l'ensemble des données existantes qui accorde à la flore intestinale un rôle clef dans la modulation du risque de développement d'allergie et nous amène à recommander d'éviter l'introduction d'un nouvel aliment lorsqu'un enfant est traité aux antibiotiques.

Proyecto de salud communitaria en un barrio marginal de Quito : evaluación de las necesidades y planteamiento de una red de prevención y attención primaria : documento para la acción local

Résumé du document de thèse Quito, capitale andine de près de deux millions d'habitants, a vu se développer des quartiers ghettos réunissant une population en constante évolution. Mouvements migratoires mal connus, hétérogénéité ethnique et socioculturelle, accès limité aux services publics et conditions de vie difficiles jouent un rôle essentiel mais complexe dans la planification des services de santé. L'étude ciblée de cette problématique est un sérieux défi à relever car les mégalopoles latino-américaines connaissent une importante urbanisation avec pour corollaire une augmentation de la pauvreté urbaine. Les indicateurs de santé tels que mortalité infantile, espérance de vie ou incidence des maladies infectieuses montrent une amélioration globale qui ne reflète toutefois pas les importantes disparités caractéristiques du continent. La démarche exposée dans ce document est une réponse à la demande d'un appui médical par une communauté urbaine défavorisée, pour laquelle peu de données étaient disponibles. Une évaluation des conditions de vie et des besoins en soins a donc été effectuée par trois étudiants en médecine de Lausanne au moyen d'une enquête et d'ateliers qui ont permis de réunir les opinions des différents acteurs sociaux et sanitaires. Cette étude a pu identifier et mesurer les déterminants de santé, comprendre certaines dynamiques locales pour enfin cibler les principales lignes d'actions d'un centre de santé communautaire. Ce document décrit l'ensemble du processus conduit durant cinq ans et expose les données brutes ainsi que leur analyse ; il propose des recommandations concrètes pour une promotion de la santé adaptée aux besoins d'une communauté urbaine défavorisée d'Amérique du Sud. Son objectif est de fournir des données utilisables par les acteurs de santé locaux et de participer ainsi à la réflexion en cours sur la réforme du système de santé équatorien. Il comporte également une bibliographie, point de départ pour d'autres études sur le sujet. Le dossier, construit de manière chronologique, présente l'information de façon accessible et cohérente. Il se veut un témoignage utile, avec ses forces et ses faiblesses, à l'action locale sous forme d'une publication en espagnol qui sera distribuée aux différents acteurs sociaux et sanitaires concernés.