Ingurumen epigenetika : ingurumen faktoreek gure epigenoman eta gure ondorengoenetan duten eragina

Epigenetika DNA sekuentzian aldaketarik gertatu gabe, geneen adierazpenean sortzen diren aldaketa heredagarrien multzoa da. Lan honetan ingurune faktore ezberdinak aztertzen dira, gugan duten eragin epigenetikoak ezagutzeko helburuarekin. Nahiz eta guztiz ulertzen ez diren, hiru mekanismo nagusi bereizten dira; DNA metilazioa, histonen eraldaketa eta RNA ez-kodetzailea. Inguruneak gure DNA eta kromosomen egoera baldintzatzen du eta, gainera, ondorengo belaunaldietan hereda daitezken sortutako aldaketak, gametogenesian epigenomaren berrantolaketa globala gertatu arren. Lan hau burutzeko “National Center for Biotechnology Information” web-guneko PudMed datu-basetik hainbat artikulu jaso ditut. Ondoren, artikuluetan oinarrituta lau multzotan sailkatutako eragileek (dieta, eguneko aktibitatea, tabako eta alkohola, metalak eta beste konposatu kimikoak) gene eta sekuentzia errepikakor desberdinetan duten eragina aztertu dut. Bildutako informazioa, hiru tauletan jaso ditut. Ikerlari desberdinek gene eta sekuentzia errepikakorren metilazio-maila neurtzeko erabiltzen dituzten metodo desberdinak ere bildu ditut. Amaitzeko, gene eta sekuentzia errepikakorrak erkatzen dira, eta etorkizunean, ikerketetan biomarkatzeile modura erabilita eskaini ditzeketen zenbait aukera aipatzen dira. Horrela, ingurune faktoreek sortutako gaixotasun eta ondorioak hobeto kontrolatu ahal izango dira.

正弦相位调制的频域光学相干层析成像

提出一种基于正弦相位调制的频域光学相干层析成像,利用正弦相位调制干涉术探测复频域干涉条纹的实部和虚部,重建复频域干涉条纹。对该复频域干涉条纹作逆傅里叶变换后,消除了频域光学相干层析成像中存在的复共轭镜像以及直流背景和自相干噪声。对玻璃片样品进行了层析成像实验。实验结果表明,采用正弦相位调制的频域光学相干层析成像,将可利用的成像深度范围扩大到原来的2倍,实现了全深度探测的频域光学相干层析成像。

Is there a subgroup of long-term evolution among patients with advanced lung cancer?: Hints from the analysis of survival curves from cancer registry data

Background: Recently, with the access of low toxicity biological and targeted therapies, evidence of the existence of a long-term survival subpopulation of cancer patients is appearing. We have studied an unselected population with advanced lung cancer to look for evidence of multimodality in survival distribution, and estimate the proportion of long-term survivors. Methods: We used survival data of 4944 patients with non-small-cell lung cancer (NSCLC) stages IIIb-IV at diagnostic, registered in the National Cancer Registry of Cuba (NCRC) between January 1998 and December 2006. We fitted one-component survival model and two-component mixture models to identify short-and long-term survivors. Bayesian information criterion was used for model selection. Results: For all of the selected parametric distributions the two components model presented the best fit. The population with short-term survival (almost 4 months median survival) represented 64% of patients. The population of long-term survival included 35% of patients, and showed a median survival around 12 months. None of the patients of short-term survival was still alive at month 24, while 10% of the patients of long-term survival died afterwards. Conclusions: There is a subgroup showing long-term evolution among patients with advanced lung cancer. As survival rates continue to improve with the new generation of therapies, prognostic models considering short-and long-term survival subpopulations should be considered in clinical research.

Ensaios clínicos com vcinas anti-HIV/AIDS:a rotina de incorporação de uma prática científica

O estudo acompanha a rotina de um ensaio clínico de vacinas experimentais anti-HIV/AIDS desenvolvido no Projeto Praça Onze, da UFRJ, em colaboração com a rede mundial de pesquisas de vacinas anti-HIV/AIDS, HVTN (HIV Vaccine Trials Network) e apoio financeiro dos NIH (National Institutes of Health), dos EUA. Focaliza os processos de recrutamento, seleção e seguimento dos voluntários, articulando os aspectos mais gerais às particularidades e demandas locais deste estudo realizado no Rio de Janeiro, Brasil. Do ponto de vista teórico-conceitual utiliza recursos oriundos das ciências sociais - história, sociologia da ciência e da corrente interacionista da sociologia. O estudo mostra que, como todo ensaio clínico, o experimento do Projeto Praça Onze é uma atividade coletiva, sustentada sobre múltiplos atores e instâncias, com diversas racionalidades, o que gera uma permanente tensão. Estuda a tensão que se coloca, principalmente entre a expectativa dos profissionais envolvidos (aconselhadores, recrutadores, médicos, enfermeiros, farmacêuticos, gerentes e coordenadores de estudos) e a experiência vivenciada pelos voluntários, assim como as possíveis negociações propostas durante o desenvolvimento do protocolo, a partir do contexto sociopolítico onde o mesmo está inserido. Os profissionais, apesar de suas especificidades, articulam-se para incorporar do universo dos colegas suas linguagens e seus modos de agir, num processo de hibridização dos conhecimentos e práticas. Os voluntários do ensaio, por sua vez, submetem-se, por um lado a uma rotina de disciplina e compromisso, que implica na entrega de seu corpo à medicina, implícita nesse papel. Por outro, apropriam-se da lógica do ensaio clínico para, em sua ótica, transformar-se em um coadjuvante no descobrimento de uma nova biotecnologia, que neste caso, se coloca como uma questão de vida ou morte, para ele e para uma ampla comunidade de infectados pelo HIV. Para o voluntário a entrega do corpo à ciência faz parte da construção de uma bioidentidade e de uma biopolítica contemporânea, onde não se pode desconsiderar a constante inter-relação entre ciência, sociedade, técnica e política.

Construções e redefinições: as toxoplasmoses

Esta tese tem como objeto o processo de redefinição da categoria diagnóstica infecção/doença Toxoplasmose. É um estudo qualitativo, inserido no campo science studies, de abordagem crítica reformista e de natureza empírico-analítica. Vincula-se à linha de pesquisa intitulada Instituições, saberes e práticas em saúde e ao projeto Os médicos e a ciência do Instituto de Medicina Social da Universidade do Estado do Rio de Janeiro. As unidades de análise foram: 1) Agentes envolvidos na produção do conhecimento científico em nível local; 2) Documentos normativos locais; 3) Documentos normativos nacionais e internacionais; 4) Instituição: Laboratório Reconhecer do Centro de Biociências e Biotecnologia (CBB), da Universidade Estadual do Norte Fluminense Darcy Ribeiro (UENF/Darcy Ribeiro). Como técnicas de pesquisa foram utilizadas a observação etnográfica, entrevistas e pesquisa documental da produção científica. Os pressupostos foram de que essa redefinição seja decorrente de uma construção (Hacking, 1999; Latour, 1997, 2000, 2001) e realizada em uma arena transepistêmica (Knor-Cetina, 1981). Foram acrescidos a esses conceitos, os de referência circulante (Latour, 2001) e os da taxonomia dos elementos dos objetos da ciência laboratorial, ou seja, os conceitos idéias, marcas e coisas (Hacking, 1992). Considerando essa dinâmica, as redefinições em relação a essa infecção/doença estariam em um período de pouca estabilização, embora elas não se definiriam completa e eternamente pela dependência que possuem do invólucro espaço-temporal (Latour, 2001) e da referência circulante.

Yellow (Perca flavescens) and Eurasian (P. fluviatilis) perch distinguished in fried fish samples by DNA analysis

DNA techniques are increasingly used as diagnostic tools in many fields and venues. In particular, a relatively new application is its use as a check for proper advertisement in markets and on restaurant menus. The identification of fish from markets and restaurants is a growing problem because economic practices often render it cost-effective to substitute one species for another. DNA sequences that are diagnostic for many commercially important fishes are now documented on public databases, such as the National Center for Biotechnology Information’s (NCBI) GenBank.1 It is now possible for most genetics laboratories to identify the species from which a tissue sample was taken without sequencing all the possible taxa it might represent.

Desenvolvimento e avaliação de novas abordagens de modelagem de processos de separação em leito móvel simulado

O Leito Móvel Simulado (LMS) é um processo de separação de compostos por adsorção muito eficiente, por trabalhar em um regime contínuo e também possuir fluxo contracorrente da fase sólida. Dentre as diversas aplicações, este processo tem se destacado na resolução de petroquímicos e principalmente na atualidade na separação de misturas racêmicas que são separações de um grau elevado de dificuldade. Neste trabalho foram propostas duas novas abordagens na modelagem do LMS, a abordagem Stepwise e a abordagem Front Velocity. Na modelagem Stepwise as colunas cromatográficas do LMS foram modeladas com uma abordagem discreta, onde cada uma delas teve seu domínio dividido em N células de mistura interligadas em série, e as concentrações dos compostos nas fases líquida e sólida foram simuladas usando duas cinéticas de transferência de massa distintas. Essa abordagem pressupõe que as interações decorrentes da transferência de massa entre as moléculas do composto nas suas fases líquida e sólida ocorram somente na superfície, de forma que com essa suposição pode-se admitir que o volume ocupado por cada molécula nas fases sólida e líquida é o mesmo, o que implica que o fator de residência pode ser considerado igual a constante de equilíbrio. Para descrever a transferência de massa que ocorre no processo cromatográfico a abordagem Front Velocity estabelece que a convecção é a fase dominante no transporte de soluto ao longo da coluna cromatográfica. O Front Velocity é um modelo discreto (etapas) em que a vazão determina o avanço da fase líquida ao longo da coluna. As etapas são: avanço da fase líquida e posterior transporte de massa entre as fases líquida e sólida, este último no mesmo intervalo de tempo. Desta forma, o fluxo volumétrico experimental é utilizado para a discretização dos volumes de controle que se deslocam ao longo da coluna porosa com a mesma velocidade da fase líquida. A transferência de massa foi representada por dois mecanismos cinéticos distintos, sem (tipo linear) e com capacidade máxima de adsorção (tipo Langmuir). Ambas as abordagens propostas foram estudadas e avaliadas mediante a comparação com dados experimentais de separação em LMS do anestésico cetamina e, posteriormente, com o fármaco Verapamil. Também foram comparados com as simulações do modelo de equilíbrio dispersivo para o caso da Cetamina, usado por Santos (2004), e para o caso do Verapamil (Perna 2013). Na etapa de caracterização da coluna cromatográfica as novas abordagens foram associadas à ferramenta inversa R2W de forma a determinar os parâmetros globais de transferência de massa apenas usando os tempos experimentais de residência de cada enantiômero na coluna de cromatografia líquida de alta eficiência (CLAE). Na segunda etapa os modelos cinéticos desenvolvidos nas abordagens foram aplicados nas colunas do LMS com os valores determinados na caracterização da coluna cromatográfica, para a simulação do processo de separação contínua. Os resultados das simulações mostram boa concordância entre as duas abordagens propostas e os experimentos de pulso para a caracterização da coluna na separação enantiomérica da cetamina ao longo do tempo. As simulações da separação em LMS, tanto do Verapamil quando da Cetamina apresentam uma discrepância com os dados experimentais nos primeiros ciclos, entretanto após esses ciclos iniciais a correlação entre os dados experimentais e as simulações. Para o caso da separação da cetamina (Santos, 2004), a qual a concentração da alimentação era relativamente baixa, os modelos foram capazes de predizer o processo de separação com as cinéticas Linear e Langmuir. No caso da separação do Verapamil (Perna, 2013), onde a concentração da alimentação é relativamente alta, somente a cinética de Langmuir representou o processo, devido a cinética Linear não representar a saturação das colunas cromatográficas. De acordo como o estudo conduzido ambas as abordagens propostas mostraram-se ferramentas com potencial na predição do comportamento cromatográfico de uma amostra em um experimento de pulso, assim como na simulação da separação de um composto no LMS, apesar das pequenas discrepâncias apresentadas nos primeiros ciclos de trabalho do LMS. Além disso, podem ser facilmente implementadas e aplicadas na análise do processo, pois requer um baixo número de parâmetros e são constituídas de equações diferenciais ordinárias.

Problemas direto e inverso de processos de separação em leito móvel simulado mediante mecanismos cinéticos de adsorção

Diversas aplicações industriais relevantes envolvem os processos de adsorção, citando como exemplos a purificação de produtos, separação de substâncias, controle de poluição e umidade entre outros. O interesse crescente pelos processos de purificação de biomoléculas deve-se principalmente ao desenvolvimento da biotecnologia e à demanda das indústrias farmacêutica e química por produtos com alto grau de pureza. O leito móvel simulado (LMS) é um processo cromatográfico contínuo que tem sido aplicado para simular o movimento do leito de adsorvente, de forma contracorrente ao movimento do líquido, através da troca periódica das posições das correntes de entrada e saída, sendo operado de forma contínua, sem prejuízo da pureza das correntes de saída. Esta consiste no extrato, rico no componente mais fortemente adsorvido, e no rafinado, rico no componente mais fracamente adsorvido, sendo o processo particularmente adequado a separações binárias. O objetivo desta tese é estudar e avaliar diferentes abordagens utilizando métodos estocásticos de otimização para o problema inverso dos fenômenos envolvidos no processo de separação em LMS. Foram utilizados modelos discretos com diferentes abordagens de transferência de massa, com a vantagem da utilização de um grande número de pratos teóricos em uma coluna de comprimento moderado, neste processo a separação cresce à medida que os solutos fluem através do leito, isto é, ao maior número de vezes que as moléculas interagem entre a fase móvel e a fase estacionária alcançando assim o equilíbrio. A modelagem e a simulação verificadas nestas abordagens permitiram a avaliação e a identificação das principais características de uma unidade de separação do LMS. A aplicação em estudo refere-se à simulação de processos de separação do Baclofen e da Cetamina. Estes compostos foram escolhidos por estarem bem caracterizados na literatura, estando disponíveis em estudos de cinética e de equilíbrio de adsorção nos resultados experimentais. De posse de resultados experimentais avaliou-se o comportamento do problema direto e inverso de uma unidade de separação LMS visando comparar os resultados obtidos com os experimentais, sempre se baseando em critérios de eficiência de separação entre as fases móvel e estacionária. Os métodos estudados foram o GA (Genetic Algorithm) e o PCA (Particle Collision Algorithm) e também foi feita uma hibridização entre o GA e o PCA. Como resultado desta tese analisouse e comparou-se os métodos de otimização em diferentes aspectos relacionados com o mecanismo cinético de transferência de massa por adsorção e dessorção entre as fases sólidas do adsorvente.