Alternative strategies for deciphering the genetic architecture of childhood Pre-B acute lymphoblastic leukemia

La leucémie lymphoblastique aigüe (LLA) est une maladie génétique complexe. Malgré que cette maladie hématologique soit le cancer pédiatrique le plus fréquent, ses causes demeurent inconnues. Des études antérieures ont démontrées que le risque à la LLA chez l’enfant pourrait être influencé par des gènes agissant dans le métabolisme des xénobiotiques, dans le maintient de l’intégrité génomique et dans la réponse au stress oxydatif, ainsi que par des facteurs environnementaux. Au cours de mes études doctorales, j’ai tenté de disséquer davantage les bases génétiques de la LLA de l’enfant en postulant que la susceptibilité à cette maladie serait modulée, au moins en partie, par des variants génétiques agissant dans deux voies biologiques fondamentales : le point de contrôle G1/S du cycle cellulaire et la réparation des cassures double-brin de l’ADN. En utilisant une approche unique reposant sur l’analyse d’une cohorte cas-contrôles jumelée à une cohorte de trios enfants-parents, j’ai effectué une étude d’association de type gènes/voies biologiques candidats. Ainsi, j’ai évaluer le rôle de variants provenant de la séquence promotrice de 12 gènes du cycle cellulaire et de 7 gènes de la voie de réparation de l’ADN, dans la susceptibilité à la LLA. De tels polymorphismes dans la région promotrice (pSNPs) pourraient perturber la liaison de facteurs de transcription et mener à des différences dans les niveaux d’expression des gènes pouvant influencer le risque à la maladie. En combinant différentes méthodes analytiques, j’ai évalué le rôle de différents mécanismes génétiques dans le développement de la LLA chez l’enfant. J’ai tout d’abord étudié les associations avec gènes/variants indépendants, et des essaies fonctionnels ont été effectués afin d’évaluer l’impact des pSNPs sur la liaison de facteurs de transcription et l’activité promotrice allèle-spécifique. Ces analyses ont mené à quatre publications. Il est peu probable que ces gènes de susceptibilité agissent seuls; j’ai donc utilisé une approche intégrative afin d’explorer la possibilité que plusieurs variants d’une même voie biologique ou de voies connexes puissent moduler le risque de la maladie; ces travaux ont été soumis pour publication. En outre, le développement précoce de la LLA, voir même in utero, suggère que les parents, et plus particulièrement la mère, pourraient jouer un rôle important dans le développement de cette maladie chez l’enfant. Dans une étude par simulations, j’ai évalué la performance des méthodes d’analyse existantes de détecter des effets fœto-maternels sous un design hybride trios/cas-contrôles. J’ai également investigué l’impact des effets génétiques agissant via la mère sur la susceptibilité à la LLA. Cette étude, récemment publiée, fût la première à démontrer que le risque de la leucémie chez l’enfant peut être modulé par le génotype de sa mère. En conclusions, mes études doctorales ont permis d’identifier des nouveaux gènes de susceptibilité pour la LLA pédiatrique et de mettre en évidence le rôle du cycle cellulaire et de la voie de la réparation de l’ADN dans la leucémogenèse. À terme, ces travaux permettront de mieux comprendre les bases génétiques de la LLA, et conduiront au développement d’outils cliniques qui amélioreront la détection, le diagnostique et le traitement de la leucémie chez l’enfant.

Semisynthetic aminoglycoside antibiotics : toward biomimetic synthesis, evasion of bacterial resistance and reduced toxicity

Les antibiotiques aminoglycosidiques sont des agents bactéricides de grande valeur et d’efficacité à large spectre contre les pathogènes Gram-positifs et Gram-négatifs, dont plusieurs membres naturels et semisynthétiques sont importants dans l’histoire clinique depuis 1950. Des travaux crystallographiques sur le ribosome, récompensés par le prix Nobel, ont démontré comment leurs diverses structures polyaminées sont adaptées pour cibler une hélice d’ARN dans le centre de codage de la sous-unité 30S du ribosome bactérien. Leur interférence avec l’affinité et la cinétique des étapes de sélection et vérification des tARN induit la synthèse de protéines à basse fidélité, et l’inhibition de la translocation, établissant un cercle vicieux d’accumulation d’antibiotique et de stress sur la membrane. En réponse à ces pressions, les pathogènes bactériens ont évolué et disséminé une panoplie de mécanismes de résistance enzymatiques et d’expulsion : tels que les N acétyltransférases, les O phosphotransférases et les O nucleotidyltransférases qui ciblent les groupements hydroxyle et amino sur le coeur des aminoglycosides; des méthyl-transférases, qui ciblent le site de liaison ribosomale; et des pompes d’expulsion actives pour l’élimination sélective des aminoglycosides, qui sont utilisés par les souches Gram-négatives. Les pathogènes les plus problématiques, qui présentent aujourd’hui une forte résilience envers la majorité des classes d’antibiotiques sur le bord de la pan-résistance ont été nommés des bactéries ESKAPE, une mnémonique pour Enterococcus faecium, Staphylococcus aureus, Klebsiella pneumoniae, Acinetobacter baumannii, Pseudomonas aeruginosa et Enterobacteriaceae. La distribution globale des souches avec des mécanismes de résistance envers les standards cliniques aminoglycosides, tels que la tobramycine, l’amikacine et la gentamicine, est comprise entre 20 et 60% des isolées cliniques. Ainsi, les aminoglycosides du type 4,6-disubstitués-2-deoxystreptamine sont inadéquats comme thérapies anti-infectieuses à large spectre. Cependant, la famille des aminoglycosides 4,5-disubstitués, incluant la butirosine, la neomycine et la paromomycine, dont la structure plus complexe, pourrait constituter une alternative. Des collègues dans le groupe Hanessian et collaborateurs d’Achaogen Inc. ont démontré que certains analogues de la paraomomycine et neomycine, modifiés par désoxygénation sur les positions 3’ et 4’, et par substitution avec la chaîne N1-α-hydroxy-γ-aminobutyramide (HABA) provenant de la butirosine, pourrait produire des antibiotiques très prometteurs. Le Chapitre 4 de cette dissertation présente la conception et le développement d’une stratégie semi-synthétique pour produire des nouveaux aminoglycosides améliorés du type 4,5 disubstitués, inspiré par des modifications biosynthétiques de la sisomicine, qui frustrent les mécanismes de résistance bactérienne distribuées globalement. Cette voie de synthèse dépend d’une réaction d’hydrogénolyse de type Tsuji catalysée par palladium, d’abord développée sur des modèles monosaccharides puis subséquemment appliquée pour générer un ensemble d’aminoglycosides hybrides entre la neomycine et la sisomicine. Les études structure-activité des divers analogues de cette nouvelle classe ont été évaluées sur une gamme de 26 souches bactériennes exprimant des mécanismes de résistance enzymatique et d’expulsion qui englobe l’ensemble des pathogènes ESKAPE. Deux des antibiotiques hybrides ont une couverture antibacterienne excellente, et cette étude a mis en évidence des candidats prometteurs pour le développement préclinique. La thérapie avec les antibiotiques aminoglycosidiques est toujours associée à une probabilité de complications néphrotoxiques. Le potentiel de toxicité de chaque aminoglycoside peut être largement corrélé avec le nombre de groupements amino et de désoxygénations. Une hypothèse de longue date dans le domaine indique que les interactions principales sont effectuées par des sels des groupements ammonium, donc l’ajustement des paramètres de pKa pourrait provoquer une dissociation plus rapide avec leurs cibles, une clairance plus efficace et globalement des analogues moins néphrotoxiques. Le Chapitre 5 de cette dissertation présente la conception et la synthèse asymétrique de chaînes N1 HABA β substitutées par mono- et bis-fluoration. Des chaînes qui possèdent des γ-N pKa dans l’intervalle entre 10 et 7.5 ont été appliquées sur une neomycine tétra-désoxygénée pour produire des antibiotiques avancés. Malgré la réduction considérable du γ N pKa, le large spectre bactéricide n’a pas été significativement affecté pour les analogues fluorés isosteriques. De plus, des études structure-toxicité évaluées avec une analyse d’apoptose propriétaire d’Achaogen ont démontré que la nouvelle chaîne β,β difluoro-N1-HABA est moins nocive sur un modèle de cellules de rein humain HK2 et elle est prometteuse pour le développement d’antibiotiques du type neomycine avec des propriétés thérapeutiques améliorées. Le chapitre final de cette dissertation présente la proposition et validation d’une synthèse biomimétique par assemblage spontané du aminoglycoside 66-40C, un dimère C2 symétrique bis-imine macrocyclique à 16 membres. La structure proposée du macrocycle a été affinée par spectroscopie nucléaire à un système trans,trans-bis-azadiène anti-parallèle. Des calculs indiquent que l’effet anomérique de la liaison α glycosidique entre les anneaux A et B fournit la pré-organisation pour le monomère 6’ aldéhydo sisomicine et favorise le produit macrocyclique observé. L’assemblage spontané dans l’eau a été étudié par la dimérisation de trois divers analogues et par des expériences d’entre croisement qui ont démontré la généralité et la stabilité du motif macrocyclique de l'aminoglycoside 66-40C.

Alternative splicing by hnRNP L as a new modulator of hematopoietic cell differentiation, survival and migration

Les modifications post-transcriptionnelles de l’ARN messager (ARNm), comme l’épissage alternatif, jouent un rôle important dans la régulation du développement embryonnaire, de la fonction cellulaire et de l’immunité. De nouvelles évidences révèlent que l’épissage alternatif serait également impliqué dans la régulation de la maturation et de l’activation des cellules du système hématopoïétique. Le facteur hnRNP L a été identifié comme étant le principal régulateur de l’épissage alternatif du gène codant pour le récepteur CD45 in vitro. Le récepteur CD45 est une tyrosine phosphatase exprimée par toutes les cellules du système hématopoïétique qui contrôle le développement et l’activation des lymphocytes T. Dans un premier temps, nous avons étudié la fonction du facteur hnRNP L dans le développement des lymphocytes T et dans l’épissage de l’ARNm de CD45 in vivo en utilisant des souris dont le gène de hnRNP L a été supprimé spécifiquement dans les cellules T. La délétion de hnRNP L dans les thymocytes résulte en une expression aberrante des différents isoformes de CD45 avec une prédominance de l'isoforme CD45RA qui est généralement absent dans le thymus. Une conséquence de la délétion de hnRNP L est une diminution de la cellularité du thymus causée par un blocage partiel du développement des cellules pré-T au stade DN4. Cette réduction du nombre de cellules dans le thymus n’est pas liée à une hausse de la mort cellulaire. Les thymocytes déficients pour hnRNP L démontrent plutôt une prolifération augmentée comparée aux thymocytes sauvages due à une hyper-activation des kinases Lck, Erk1/2 et Akt. De plus, la délétion de hnRNP L dans le thymus cause une perte des cellules T en périphérie. Les résultats des expériences in vitro suggèrent que cette perte est principalement due à un défaut de migration des thymocytes déficients pour hnRNP L du thymus vers la périphérie en réponse aux chimiokines. L’épissage alternatif de CD45 ne peut expliquer ce phénotype mais l’identification de cibles par RNA-Seq a révélé un rôle de hnRNP L dans la régulation de l’épissage alternatif de facteurs impliqués dans la polymérisation de l’actine. Dans un second temps, nous avons étudié le rôle de hnRNP L dans l’hématopoïèse en utilisant des souris dont la délétion de hnRNP L était spécifique aux cellules hématopoïétiques dans les foies fœtaux et la moelle osseuse. L’ablation de hnRNP L réduit le nombre de cellules progénitrices incluant les cellules progénitrices lymphocytaires (CLPs), myéloïdes (CMPs, GMPs) et mégakaryocytes-érythrocytaires (MEPs) et une perte des cellules hématopoïétiques matures. À l’opposé des cellules progénitrices multipotentes (MPPs) qui sont affectées en absence de hnRNP L, la population de cellules souches hématopoïétiques (HSCs) n’est pas réduite et prolifère plus que les cellules contrôles. Cependant, les HSCs n’exprimant pas hnRNP L sont positives pour l'Annexin V et expriment CD95 ce qui suggère une mort cellulaire prononcée. Comme pour les thymocytes, une analyse par RNA-Seq des foies fœtaux a révélé différents gènes cibles de hnRNP L appartenant aux catégories reliées à la mort cellulaire, la réponse aux dommages à l’ADN et à l’adhésion cellulaire qui peuvent tous expliquer le phénotype des cellules n’exprimant pas le gène hnRNP L. Ces résultats suggèrent que hnRNP L et l’épissage alternatif sont essentiels pour maintenir le potentiel de différenciation des cellules souches hématopoïétiques et leur intégrité fonctionnelle. HnRNP L est aussi crucial pour le développement des cellules T par la régulation de l’épissage de CD45 ainsi que pour leur migration.

Point de vue des acteurs de la Cour du Québec sur l'Urgence psychosociale-Justice en tant qu'alternative à la judiciarisation

Mémoire numérisé par la Division de la gestion de documents et des archives de l'Université de Montréal

Comment comprendre la région de la capitale nationale : analyse du projet d'aménagement de Jacques Gréber à travers une vision alternative issue de la géographie structurale

Mémoire numérisé par la Division de la gestion de documents et des archives de l'Université de Montréal

La réinstallation, une alternative à l'asile ?

"La réinstallation de réfugiés est, selon l’Agenda pour la protection, à la fois une solution durable, un outil de solidarité à l’égard des pays de premier asile, et un outil de protection des réfugiés. Au cours des dernières années, le concept de réinstallation a évolué de telle façon qu’il semble en voie d’acquérir un objectif supplémentaire; celui de promouvoir une migration ordonnée au détriment de l’asile dit « spontané ». L’impératif sécuritaire pousse les États de réinstallation à resserrer leur contrôle sur les flux migratoires, ce qui a d’importants impacts sur le nombre de réfugiés et de demandeurs d’asile (en baisse depuis 2003); mais ces États doivent par ailleurs respecter les obligations internationales qu’ils ont contractées précédemment à l’égard du droit des réfugiés. Dans ce contexte, une nette tendance à concevoir la réinstallation comme un contrepoids aux effets négatifs de la sécurisation des frontières, ainsi que comme une alternative à l’asile, est perceptible. Le Canada, l’un des leaders de la réinstallation au niveau mondial, participe de cette tendance."

La dérive des travaux communautaires/bénévoles au Québec : échec d’une alternative... ou alternative à un échec

Les travaux communautaires sont de manière générale un travail exécuté sans rémunération par un contrevenant pour le compte de la société. Dans ce mémoire, nous cherchons d’une part à appréhender la perception qu’ont les acteurs de la réalisation des travaux communautaires au Québec et d’autre part à savoir si les acteurs judiciaires (avocats, procureurs et juges) et non judiciaires (intervenants des organismes de justice alternative, délégués à la jeunesse et organismes d’accueil) ainsi que les jeunes contrevenants donnent un sens réparateur aux travaux communautaires. Nous abordons ces questions à partir de deux schèmes : le schème fonctionnel pour comprendre la/les fonction(s) des travaux communautaires et le schème herméneutique afin de saisir la valeur symbolique, le sens qui est donné aux travaux communautaires. Les résultats de cette étude montrent des variations entre les points de vue en fonction des différents groupes et cela autour des trois grands thèmes principaux : la nature des travaux, les objectifs des travaux et les effets de ces derniers. Malgré certaines divergences de points de vue et quelques difficultés dans l’application des travaux, les acteurs sont pour la plupart satisfait de cette mesure.

Implication de la voie alternative NF-kappa B dans le cancer de la prostate

Le cancer de la prostate (CaP) est le plus diagnostiqué chez les hommes au Canada et représente le troisième cancer le plus meurtrier au sein de cette population. Malgré l’efficacité des traitements de première ligne, de nombreux patients finiront par développer une résistance et, le cas échéant, verront leur CaP progresser vers une forme plus agressive. Plusieurs paramètres, essentiellement cliniques, permettent de prédire la progression du CaP mais leur sensibilité, encore limitée, implique la nécessité de nouveaux biomarqueurs afin de combler cette lacune. Dans cette optique nous nous intéressons au facteur de transcription NF-κB. Des études réalisées au laboratoire et ailleurs, associent RelA(p65) à un potentiel clinique dans le CaP, soulignant ainsi l’importance de la voie classique NF-κB. L’implication de la voie alternative NF-κB dans la progression du CaP a aussi été suggérée dans une de nos études illustrant la corrélation entre la distribution nucléaire de RelB et le score de Gleason. Alors que la voie classique est largement documentée et son implication dans la progression du CaP établie, la voie alternative, elle, reste à explorer. La présente thèse vise à clarifier l’implication de la voie alternative NF-κB dans le CaP et répond à deux objectifs fixés dans ce but. Le premier objectif fut d’évaluer l’impact de l'activation de la voie alternative NF-κB sur la biologie des cellules cancéreuses prostatiques. L’étude de la surexpression de RelB a souligné les effets de la voie alternative NF-κB sur la prolifération et l'autophagie. Étant ainsi impliquée tant dans la croissance tumorale que dans un processus de plus en plus associée à la progression tumorale, quoique potentiellement létal pour les cellules cancéreuses, son impact sur la tumorigénèse du CaP reste encore difficile à définir. Il n'existe, à ce jour, aucune étude permettant de comparer le potentiel clinique des voies classique et alternative NF-κB. Le second objectif de ce projet fut donc l'analyse conjointe de RelA(p65) et RelB au sein de mêmes tissus de patients atteints de CaP afin de déterminer l'importance clinique des deux signalisations NF-κB, l'une par rapport à l'autre. Le marquage immunofluorescent de RelA(p65) et RelB en a permis l'analyse quantitative et objective par un logiciel d'imagerie. Nos travaux ont confirmé le potentiel clinique associé à RelA(p65). La variable RelA(p65)/RelB s’est, elle, avérée moins informative que RelA(p65). Par contre, aucune corrélation entre RelB et les paramètres cliniques inclus dans l'étude n’est ressortie. En définitive, mon projet de thèse aura permis de préciser l'implication de la voie alternative NF-κB sur la biologie du CaP. Son impact sur la croissance des cellules cancéreuses prostatiques ainsi que sur l'autophagie, dénote l’ambivalence de la voie alternative NF-κB face à la tumorigénèse du CaP. L’étude exhaustive de la signalisation NF-κB souligne davantage l'importance de la voie classique dont l’intérêt clinique est principalement associé au statut de RelA(p65). Ainsi, bien que RelB n’affiche aucun potentiel en tant que biomarqueur exploitable en clinique, l’analyse de l’intervention de la voie alternative NF-κB sur la biologie des cellules cancéreuses prostatiques reste d’intérêt pour la compréhension de son rôle exact dans la progression du CaP.

An Ethical Analysis of Neoliberal Capitalism: Alternative Perspectives from Development Ethics

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Au-delà et à côté de la Quality TV : une alternative esthétique brésilienne

Tout en voulant inclure la fiction télévisuelle brésilienne parmi les fictions de qualité, cette recherche analyse l’émergence et l’évolution du concept de qualité dans le panorama télévisuel brésilien. Examinant l’histoire de la télédramaturgie au Brésil, depuis les téléthéâtres jusqu’aux microséries réalisées par Luiz Fernando Carvalho, en particulier la microsérie Capitu (2008), nous suggérons que la production fictionnelle brésilienne a atteint un niveau de qualité sophistiquée et avant-gardiste qui illustre une alternative au style préconisé par la formule des séries télévisées américaines qui se regroupent sous l’étiquette de la Quality TV. De plus, le raffinement de la microsérie contribue à la légitimation de la valeur artistique de la télévision à partir de caractéristiques télévisuelles, contrairement à la production fictionnelle américaine dont l’esthétique plutôt cinématographique finit par discréditer davantage le petit écran. Finalement, nous souhaitons démontrer l’importance des innovations esthétiques que cette microsérie a apportées au sein d’une sphère médiatique qui semble se diriger progressivement et rapidement vers l’uniformisation du langage télévisuel et de son contenu.

Le traitement de la toxicomanie comme alternative à l’incarcération : un sentier rocailleux

Toxicomanie et criminalité sont des comportements fréquemment associés. Dans un objectif de réduction de la récidive, le traitement des toxicomanes apparaît dans la littérature américaine comme une solution plus efficace que l'incarcération et beaucoup moins dispendieuse. Qu'en est-il au Québec ? Pour répondre à cette question, 20 intervenants de la région de Montréal et de Trois-Rivières œuvrant dans le domaine de la justice, de la sécurité publique et de la santé et des services sociaux ont été rencontrés dans le cadre de groupes de discussion. Les résultats de la consultation montrent que si le traitement des toxicomanes judiciarisés est une idée intéressante en soi, plusieurs difficultés surgissent dans son application en raison notamment de la différence de culture des milieux impliqués. Cependant, une bonne communication, le respect des expertises de chacun, et une certaine tolérance vis-à-vis des objectifs de ses partenaires constituent des conditions qui rendraient possible, du moins sur papier, les expériences de déjudiciarisation en matière de toxicomanie.

The Financial Statement Insurance Alternative to Auditor Liability

These articles evaluate using financial statement insurance (FSI) to reduce the frequency and magnitude of audit failure. The FSI concept was pioneered by Josh Ronen, NYU Accounting Professor, who has modeled its economic aspects. My paper examines FSI’s efficacy from policy and legal perspectives. I conclude that while the model is not perfect, it promises considerable advantages over the current model. While some of the existing system’s imperfections are sustained or reappear in different guises, none of the existing imperfections appears to be aggravated and the rest likely are mitigated significantly. So I prescribe a framework to permit companies, on an experimental-basis and with investor approval, to use FSI as an optional alternative to financial statement auditing backed by auditor liability.

Comparison of Electromagnetic Band Gap and Split-Ring Resonator Microstrip Lines as Stop Band Structures

In this paper, microstrip lines magnetically coupled to splitring resonators (SRRs) are conquved to electromagnetic bundgup (EBG) nr,rrostrip lines in terns q/ their stop-heard penjbrnmrnce and dimensions. In bath types o/ trunsmis•siou lines, signal propagation is inhibited in it certain jequency bwuL For EBG microstrip lines, the central frequency of such a forbidden band is determined by the period of the structure, whereas in SRR-hased microstrip lines the position of the frequency gap depends on the quasi-static resonant frequency of the rings. The main relevant conrributiun of this paper is to provide a tuning procedure to control the gap width in SRR microstrip lines, and to show that by using SRRs, device dimensions ale much smaller than those required by EBGs in order to obtain similar stop-banal performance. This has been demonstrated by fill-wave electromagnetic simulations and experimentally verified from the characterization ql two fabricated microstrip lines: one with rectangular SRRs etched on the upper substrate side, and the other with a periodic perturbation cf'strip width. For similar rejection and 1-(;H,. gap width centered at 4.5 Gllz, it has been found that the SRR microstrip line is•,fve times shorter. In addition, no ripple is appreciable in the allowed band for the .SRR-hared structure, whereas due to dispersion, certain mismatch is expected in the EBG prototype. Due to the high-frequency selectivity, controllable gap width, and small dimensions, it is believed that SRR coupled to planar transmission lines can have an actual impact on the design of stop-band filters compatible with planar technology, and can be an alternative to present solutions based on distributed approaches or EBG