Routine libraries for pattern recognition in quasispecies.

The results obtained through biological research usually need to be analyzed using computational tools, since manual analysis becomes unfeasible due to the complexity and size of these results. For instance, the study of quasispecies frequently demands the analysis of several, very lengthy sequences of nucleotides and amino acids. Therefore, bioinformatics tools for the study of quasispecies are constantly being developed due to different problems found by biologists. In the present study, we address the development of a software tool for the evaluation of population diversity in quasispecies. Special attention is paid to the localization of genome regions prone to changes, as well as of possible hot spots.

A medical information system to manage a cancer database

Cancer is the second main cause of death in Brazil, and according to statistics disclosed by INCA - National Cancer Institute 466,730 new cases of the disease are forecast for 2008. The storage and analysis of tumour tissues of various types and patients' clinical data, genetic profiles, characteristics of diseases and epidemiological data may provide more precise diagnoses, providing more effective treatments with higher chances for the cure of cancer. In this paper we present a Web system with a client-server architecture, which manages a relational database containing all information relating to the tumour tissue and their location in freezers, patients, medical forms, physicians, users, and others. Furthermore, it is also discussed the software engineering used to developing the system.

Automatic code generation for microcontrollers from place-transition Petri net models

This paper describes a program for the automatic generation of code for Intel's 8051 microcontroller. The code is generated from a place-transition Petri net specification. Our goal is to minimize programming time. The code generated by our program has been observed to exactly match the net model. It has also been observed that no change is needed to be made to the generated code for its compilation to the target architecture. © 2011 IFAC.

Packaging controlled experiments using an evolutionary approach based on ontology

A body of knowledge in Software Engineering requires experiments replications. The knowledge generated by a study is registered in the so-called lab package, which, must be reviewed by an eventual research group with the intention to replicate it. However, researchers face difficulties reviewing the lab package, what leads to problems in share knowledge among research groups. Besides that, the lack of standardization is an obstacle to the integration of the knowledge from an isolated study in a common body of knowledge. In this sense, ontologies can be applied, since they can be seen as a standard that promotes the shared understanding of the experiment information structure. In this paper, we present a workflow to generate lab packages based on EXPEiiQntology, an ontology of controlled experiments domain. In addition, by means of lab packages instantiation, it is possible to evolve the ontology, in order to deal with new concepts that may appear in different lab packages. The iterative ontology evolution aims at achieve a standard that is able to accommodate different lab packages and, hence, facilitate to review and understand their content.

Web system to aid project management

This work describes a new web system to aid project management that was created to correct the principal deficiencies identified in systems having a common purpose which are at present available, as well as to follow the guidelines that are proposed in the Project Management Body of Knowledge (PMBoK) and the quality characteristics described in the ISO/IEC 9126 norm. As from the adopted methodology, the system was structured to attend the real necessities of project managers and also to contribute towards obtaining quality results from the projects. The validation of the proposed solution was done with the collaboration of professionals that used the functions available in it for a period of 15 days. Results attested to the quality and adequacy of the developed system.

Efficiency and portability: Guidelines to develop websites

The use of the Internet as a means of ensuring greater visibility for products, services and information offered by companies is gaining strength in recent decades. However, it is known that to ensure satisfaction and subsequent virtual customer loyalty, it is necessary to guarantee the quality of the websites, allowing indiscriminate access regardless of the resources used, as well as rapid responses to possible requests. In order to assist this process, this paper presents a set of guidelines for the development of websites having quality characteristics, efficiency and portability as per ISO 9126 norms. An observational analysis of e-commerce websites was done which showed that they are inadequate as to the proposed guidelines, making them difficult to access available content. Therefore, the adoption of the proposed guidelines can greatly contribute to increasing the quality of websites and, consequently, enable quick and effective access regardless of the resources used.

Speeding up optimum-path forest training by path-cost propagation

In this paper we present an optimization of the Optimum-Path Forest classifier training procedure, which is based on a theoretical relationship between minimum spanning forest and optimum-path forest for a specific path-cost function. Experiments on public datasets have shown that the proposed approach can obtain similar accuracy to the traditional one but with faster data training. © 2012 ICPR Org Committee.

Constrained intervals and interval spaces

Constrained intervals, intervals as a mapping from [0, 1] to polynomials of degree one (linear functions) with non-negative slopes, and arithmetic on constrained intervals generate a space that turns out to be a cancellative abelian monoid albeit with a richer set of properties than the usual (standard) space of interval arithmetic. This means that not only do we have the classical embedding as developed by H. Radström, S. Markov, and the extension of E. Kaucher but the properties of these polynomials. We study the geometry of the embedding of intervals into a quasilinear space and some of the properties of the mapping of constrained intervals into a space of polynomials. It is assumed that the reader is familiar with the basic notions of interval arithmetic and interval analysis. © 2013 Springer-Verlag Berlin Heidelberg.

Interface gráfica no contexto de teoria dos jogos sob a forma de Java Apples

Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES)

Desenvolvimento de um sistema de laudos histopatológicos baseado na plataforma microsoft .net 2.0

Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES)

Diretrizes para a criação de aplicações web com ênfase em portabilidade e eficiência

Pós-graduação em Ciência da Computação - IBILCE

LABSQL: laboratório de ensino de SQL

Este trabalho apresenta uma nova abordagem para avaliação automática de consultas SQL. Essa abordagem propõe uma solução para o desafio de estimular o aprendiz a aperfeiçoar a sua solução: buscando, além de uma resposta que retorna o resultado correto, uma consulta com complexidade próxima da solução ótima. Essa proposta pode ser utilizada em ambientes de educação a distancia ou na educação presencial em atividades de laboratório, incluindo as avaliações. A solução proposta tem como vantagens: (1) o aprendiz recebe um feedback instantâneo durante a atividade prática de programação, o qual permite ao aprendiz refatorar a sua solução em direção a uma solução ótima; (2) completa integração entre o ensino de conceitos de programação com exemplo de fragmentos de programas executáveis on-line; (3) monitoramento das atividades do aprendiz (quantos exemplos foram executados; em cada exercício quantas tentativas de execução foram feitas, etc). Este trabalho é um primeiro passo na direção de construção de um ambiente totalmente assistido (por exemplo com avaliação automática) para ensino da linguagem de programação SQL, onde o professor é liberado do árduo trabalho de correção de comandos SQL podendo realizar tarefas pedagógicas mais relevantes. O método, fundamentado em estatística e métricas da Engenharia de Software, pode ser adaptado para outras linguagens tais como Java e Pascal. Além disso, o LabSQL serve com um laboratório para experimentação de duas novas técnicas, uma de avaliação e outra de acompanhamento, que estão sendo pesquisadas em trabalhos em paralelos: (a) avaliação automática de questões conceituais discursivas, além de permitir as tradicionais perguntas objetivas, (b) método de acompanhamento através de montagem de uma rubrica de avaliação.

Desenvolvimento de Interface gráfica como suporte para soluções numéricas das equações de Maxwell em coordenadas gerais – 3D

Neste trabalho, é implementada uma interface gráfica de usuários (GUI) usando a ferramenta Qt da Nokia (versão 3.0). A interface visa simplificar a criação de cenários para a realização de simulações paralelas usando a técnica numérica Local Nonorthogonal Finite Difference Time-Domain (LN-FDTD), aplicada para solucionar as equações de Maxwell. O simulador foi desenvolvido usando a linguagem de programação C e paralelizado utilizando threads. Para isto, a biblioteca pthread foi empregada. A visualização 3D do cenário a ser simulado (e da malha) é realizada por um programa especialmente desenvolvido que utiliza a biblioteca OpenGL. Para melhorar o desenvolvimento e alcançar os objetivos do projeto computacional, foram utilizados conceitos da Engenharia de Software, tais como o modelo de processo de software por prototipagem. Ao privar o usuário de interagir diretamente com o código-fonte da simulação, a probabilidade de ocorrência de erros humanos durante o processo de construção de cenários é minimizada. Para demonstrar o funcionamento da ferramenta desenvolvida, foi realizado um estudo relativo ao efeito de flechas em linhas de baixa tensão nas tensões transitórias induzidas nas mesmas por descargas atmosféricas. As tensões induzidas nas tomadas da edificação também são estudadas.

Metodologia de desenvolvimento de ambientes informacionais digitais a partir dos princípios da arquitetura da informação

Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES)

Metodologia para aplicação de reuso e reengenharia nos softwares de aquisição e redução de dados de um túnel de vento

Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES)