Structural characterization of a mitochondrial 3-ketoacyl-CoA (T1)-like thiolase from Mycobacterium smegmatis

Thiolases catalyze the degradation and synthesis of 3-ketoacyl-CoA molecules. Here, the crystal structures of a T1-like thiolase (MSM-13 thiolase) from Mycobacterium smegmatis in apo and liganded forms are described. Systematic comparisons of six crystallographically independent unliganded MSM-13 thiolase tetramers (dimers of tight dimers) from three different crystal forms revealed that the two tight dimers are connected to a rigid tetramerization domain via flexible hinge regions, generating an asymmetric tetramer. In the liganded structure, CoA is bound to those subunits that are rotated towards the tip of the tetramerization loop of the opposing dimer, suggesting that this loop is important for substrate binding. The hinge regions responsible for this rotation occur near Val123 and Arg149. The L alpha 1-covering loop-L alpha 2 region, together with the N beta 2-N alpha 2 loop of the adjacent subunit, defines a specificity pocket that is larger and more polar than those of other tetrameric thiolases, suggesting that MSM-13 thiolase has a distinct substrate specificity. Consistent with this finding, only residual activity was detected with acetoacetyl-CoA as the substrate in the degradative direction. No activity was observed with acetyl-CoA in the synthetic direction. Structural comparisons with other well characterized thiolases suggest that MSM-13 thiolase is probably a degradative thiolase that is specific for 3-ketoacyl-CoA molecules with polar, bulky acyl chains.

Four- and five-component molecular solids: crystal engineering strategies based on structural inequivalence

A synthetic strategy is described for the co-crystallization of four-and five-component molecular crystals, based on the fact that if any particular chemical constituent of a lower cocrystal is found in two different structural environments, these differences may be exploited to increase the number of components in the solid. 2-Methylresorcinol and tetramethylpyrazine are basic template molecules that allow for further supramolecular homologation. Ten stoichiometric quaternary cocrystals and one quintinary cocrystal with some solid solution character are reported. Cocrystals that do not lend themselves to such homologation are termed synthetic dead ends.

Quaternary cocrystals: combinatorial synthetic strategies based on long-range synthon Aufbau modules (LSAM)

A synthetic strategy is outlined whereby a binary cocrystal may be developed in turn into a ternary and finally into a quaternary cocrystal. The strategy hinges on the concept of the long-range synthon Aufbau module (LSAM) which is a large supramolecular synthon containing more than one type of intermolecular interaction. Modulation of these interactions may be possible with the use of additional molecular components so that higher level cocrystals are produced. We report six quaternary cocrystals here. All are obtained as nearly exclusive crystallization products when four appropriate solid compounds are taken together in solution for crystallization.

Hydrogen Bonds Computing Server (HBCS): an online web server to compute hydrogen-bond interactions and their precision

Hydrogen bonds in biological macromolecules play significant structural and functional roles. They are the key contributors to most of the interactions without which no living system exists. In view of this, a web-based computing server, the Hydrogen Bonds Computing Server (HBCS), has been developed to compute hydrogen-bond interactions and their standard deviations for any given macromolecular structure. The computing server is connected to a locally maintained Protein Data Bank (PDB) archive. Thus, the user can calculate the above parameters for any deposited structure, and options have also been provided for the user to upload a structure in PDB format from the client machine. In addition, the server has been interfaced with the molecular viewers Jmol and JSmol to visualize the hydrogen-bond interactions. The proposed server is freely available and accessible via the World Wide Web at http://bioserver1.physics.iisc.ernet.in/hbcs/.

A systematic asymptotic approach to determine the dispersion characteristics of structural-acoustic waveguides with arbitrary fluid loading

Structural-acoustic waveguides of two different geometries are considered: a 2-D rectangular and a circular cylindrical geometry. The objective is to obtain asymptotic expansions of the fluid-structure coupled wavenumbers. The required asymptotic parameters are derived in a systematic way, in contrast to the usual intuitive methods used in such problems. The systematic way involves analyzing the phase change of a wave incident on a single boundary of the waveguide. Then, the coupled wavenumber expansions are derived using these asymptotic parameters. The phase change is also used to qualitatively demarcate the dispersion diagram as dominantly structure-originated, fluid originated or fully coupled. In contrast to intuitively obtained asymptotic parameters, this approach does not involve any restriction on the material and geometry of the structure. The derived closed-form solutions are compared with the numerical solutions and a good match is obtained. (C) 2016 Elsevier Ltd. All rights reserved.

Insectos y enemigos naturales asociados que colonizan troncos de pino en el municipio de San Fernando, Nueva Segovia, 2009

Con el objetivo de conocer los insectos que colonizan troncos cortados de pino y sus enemigos naturales asociados, se realizó el presente estudio en tres sitios: la Unión, Las Tapias y San José del municipio de San Fernando en Nueva Segovia durante el periodo comprendido entre Diciembre 06 a Mayo 07. Varios tipos de insectos descortezadores, barrenadores y descomponedores de la madera a ser: Ips sp, Xyleborus sp, Lochmaeocles sp y termites fueron encontrados. Comparativamente Ips sp fue mas abundante en el sitio Las Tapias con un total de 179 emergencias, que representó el 44,58 % de los Ips sp que emergieron de los tres sitios de estudio. Asociados a Ips sp tres tipos de enemigos naturales fueron encontrados: el depredador Medetera sp (Diptera: Dolich opodidae), el parasitoide Heterospilus sp (Hymenoptera: Braconidae) y un parasitoide de identificado (Hymenoptera: Eulophidae). En los tres sitios de estudio el depredador Medetera sp fue el más abundante con 170 individuos que representaron el 88,54 % del total de todos los parasitoides emergidos en los tres sitios. El periodo y patrón de emergencia de Ips sp y los tres enemigos naturales observados fue similar para los tres sitios de estudio. La referencia de los dos parasitoides observados constituye la primera referencia de estos insectos afectando insectos descortezadores en Nicaragua, así también lo constituye la primer referencia del cerambicido Lochmaeocles sp como colonizador de trozas de pino en nuestro país.

Material properties and tribological performance of rf-PECVD deposited DLC coatings

Diamond-like carbon (DLC) coatings were deposited on to silicon, glass and metal substrates, using an rf-plasma enhanced chemical vapour deposition (rf-PECVD) process. The resultant film properties were evaluated in respect of material and interfacial property control, based on bias voltage variation and the introduction of inert (He and Ar) and reactive (N2) diluting gases in a CH4 plasma. The analysis techniques used to assess the material properties of the films included AFM, EELS, RBS/ERDA, spectroscopic, electrical, stress, microhardness, and adhesion. These were correlated to the tribological performance of the coatings using wear measurements. The most important observation is that He dilution (>90%) promotes enhanced adhesion with respect to all substrate material studies. Coatings typically exhibit a microhardness of the order of 10-20 GPa in films 0.190%) promotes enhanced adhesion with respect to all substrate materials studied. Coatings typically exhibit a microhardness of the order of 10-20 GPa in films 0.1 < d < 2 μm thick, with associated electrical resistivity in the range 108 < ρ < 1012 Ω·cm, coefficient of friction <0.1 and surface RMS roughness as low as 2 A. The results are discussed with respect to surface pre-treatment, ion surface bombardment, interfacial reactivity and changes in plasma gas breakdown processes.

Efecto de la sombra y fertilización sobre el crecimiento, estructura productiva, rendimiento y calidad del café (Coffea arabica) vr. Costa Rica 95

El ensayo se realizó en la Finca San Francisco, propiedad de Inversiones Generales S. A., ubicada en el km 39 ½ de la carretera San Marcos, Carazo, desde agosto del 2002 hasta junio del 2004, un estudio cuyo objetivo general fue evaluar tres sistemas de manejo del café sobre el crecimiento, estructura productiva, acumulación de biomasa y nitrógeno en la planta; producción y calidad del grano de café. El ensayo se estableció en tres franjas cuyos tratamientos correspondieron a: a) Café bajo sombra de madero negro (Glericidia sepium jacquin kunth ex walpers) y fertilización química, b) Café a plena explosión solar y fertilización química y c) Café bajo sombra sin fertilización. En cada parcela se seleccionaron 48 plantas de las cuales se tomaron 8 plantas en cada una de las 6 fechas para realizar las mediciones correspondientes. Una muestra de café oro por tratamiento de cada una de las cosechas de cada año fue tomada y enviada a laboratorio de CERCAFENIC de UNICAFE en Managua para determinar los aspectos físicos y organolépticos.Empleando el método destructivo se midió la biomasa y cantidad de Nitrógeno acumulado en laraíz, tallo, ramas, hojas y frutos de cada una de las 8 plantas seleccionadas por fecha. Las variables de crecimiento y rendimiento se presentan a través de figuras y la acumulación de biomasa en los diferentes componentes de la planta de café se explica de acuerdo a resultados de la prueba de t-stundent.Para los meses junio 2003, septiembre 2003, diciembre 2003, y junio 2004 el sistema café sombra con fertilizante obtuvo la mayor altura con 166, 170.25, 179.87 y 204 cm respectivamente mientras este mismo tratamiento en el mes de diciembre 2003 obtuvo el mayor diámetro con 4.87 cm, en septiembre y diciembre 2003 obtuvo una mayor proyección de copa con 2.63 y 2.46m, el mayor números de nudos totales lo obtuvo en diciembre 2003 con 42.50 el mayor número de ramas primarias totales se encontraron en diciembre 2003 con 74.87 y las terciarias totales en diciembre 2002 con 11.50, el mayor número de ramas terciarias productivas se encontraron en junio 2003 con 6, estas en el sistema café a pleno sol. En agosto del 2002 las plantas del sistema café sombra sin fertilizante presentaron la mayor biomasa de raíces con 21.75%; mayor contenido de nitrógeno en raíces con 19.73%; en hojas con 52.02% y en tallos con 8.71% el sistema café a pleno sol obtuvo la mayor biomasa del tallo con 18.87%, en septiembre 2003, el sistema a pleno sol obtuvo la mayor biomasa de raíces con 20.49% en cambio para el junio 2004 el mayor contenido de biomasa fue para el tallo en el sistema café sombra sin fertilizante con 27.63% y el mayor cantidad total de nitrógeno fue para las hojas en el sistema café sombra con fertilizante con 38.41%. El sistema de café sombra sin fertilizante obtuvo el mayor rendimiento en el 2002 con 438 kg oro ha–1 y el sistema a pleno sol obtuvo el mayor rendimiento en 2003 con 2952 kg oro ha–1 . La calidad 2003 fue buena en los tres sistemas pero la cosecha seis para los tres tratamientos presento una taza OK, tipo SHG y calidad como café lavado Matagalpa /Jinotega o estrictamente de altura.

El caso del cáncer avanzado del cuello uterino

Resumen: Se analiza el caso de una mujer de 42 años que padece un cáncer localmente avanzado de cuello uterino, asociado a una insuficiencia renal obstructiva, a la luz de las consideraciones éticas respecto al uso de los medios de preservación de la vida. Se discute la proporcionalidad y ordinariedad del uso de la derivación urinaria, en función de las condiciones clínicas evolutivas de estos pacientes.

Caracterización y evaluación preliminar de diez clones de camote (Ipomoea batata L.)

El presente trabajo se refiere a la caracterización y evaluación preliminar de diez clones de camote Ipomea batatas L. para su realización de inicio con la colecta del germoplasma criollo y/o introducción de diferentes regiones del país. Se elaboró una guía preliminar de 46 descriptores para la caracterización de este material. Para su validación se realizaron dos ciclos de siembra, una en la finca Las Mercedes y la otra en las áreas experimentales del programa de Recursos Genéticos Nicaragüense (REGEN), localizadas en EL rodeo km 12 ½ carretera Norte , Managua. Mediante la investigación se eléboro una guía define de 36 descriptores, donde se eliminaron los que no definieron clones de la población estudiada. Se proponen además descriptores que deben tomarse en otros trabajos. Los descriptores se definieron en principales, secundarios e inútiles, de acuerdo a su variación presentada dentro de la población, así como su importancia para la diferenciación de los clones: los descriptores principales se consideran suficientes para realizar un buen trabajo de caracterización. Se presenta un catálogo de los 10 clones estudiados en que se anotan para valores mínimos, máximos, desviación estándar y la media para los descriptores cuantitativos, y la moda para los cualitativos. Para estos últimos se dan los códigos, pudiéndose observar sus estados en la guía de descriptores. Los clones sobresalientes por su rendimiento fueron N-77, N-1383, N1433 y N-178. Se recomienda a los clones N-179, N177 y N1437 para trabajos de investigación con fines forrajeros. Por último se recomienda a los clones de mayor contenido de materia seca para buscar materiales con porcentajes altos de almidón, sobresaliendo en este caso N-1301, N179, N1384 y N-177.

Effects of entry conditions on cracked kerosene-fueled supersonic combustor performance

Supersonic combustion of thermally cracked kerosene was experimentally investigated in two model supersonic combustors with different entry cross-section areas. Effects of entry static pressure, entry Mach number, combustor entry geometry, and injection scheme on combustor performance were systematically investigated and discussed based on the measured static pressure distribution and specific thrust increment due to combustion. In addition, the methodology for characterizing flow rate and composition of cracked kerosene was detailed. Using a pulsed Schlieren system, the interaction of supercritical and cracked kerosene jet plumes with a Mach 2.5 crossflow was also visualized at different injection temperatures. The present experimental results suggest that the use of a higher combustor entry Mach number as well as a larger combustor duct height would suppress the boundary layer separation near the combustor entrance and avoid the problem of inlet un- start.

Prevalencia de huevos nematelmintos parásitos en heces de gallinas (Gallus gallus) en el departamento de Managua

Con el propósito de hacer un estudio cualitativo de los géneros parásitos de Nematelmintos gastrointestinales en las heces de gallinas del Departamento de Managua, se llevo a cabo durante los meses de julio y octubre de 1968, en los laboratorios de la Escuela Nacional de Agricultura y Ganadería, los análisis coprologico-microscópicos de heces de gallinas. Fueron recolectadas y examinadas 504 muestras de heces tomadas en diferentes pueblos y granjas del Departamento de Managua. Las muestras fueron recolectadas en 19 diferentes lugares, de las cuales en 7 granjas se tomaron 179 muestras, y las 325 muestras restantes se recolectaron en 12 localidades entre caseríos, pueblos y barrios periféricos de la capital. La técnica usada para diagnosticar los diferentes huevos de parásitos Nematelmintos gastro-intestinales, fue la solución saturada de azúcar con formalina, usada por Benbrook. Los géneros de parásitos Nematelmintos gastro-intestinales encontrados fueron seis: Ascaridis sp., Capillaria sp., Heterakis sp., Tetramaras sp., Diepharyns sp., y Syngamus sp. El genero Ascaridis sp. fue el que se encontro en mayor porcentaje con 48.80%, seguido del genero Capillaria sp. con 28.76%. El genero que presento menor porcentaje de frecuencia fue el Syngamus sp. con 0.59%.