Biblioteca de referência de DNA barcodes de bivalves (Mollusca: Bivalvia) e gastrópodes (Mollusca: Gastropoda) da costa Portuguesa

Dissertação de mestrado em Ecologia

Activity of carvacrol against Coagulase-negative Staphylococci biofilm related infections

Dissertação de mestrado em Bioengenharia

The use of forensic polycyclic aromatic hydrocarbon signatures and Compound Ratio Analysis Techniques (CORAT) for the source characterisation of petrogenic/pyrogenic environmental releases.

This study utilised recent developments in forensic aromatic hydrocarbon fingerprint analysis to characterise and identify specific biogenic, pyrogenic and petrogenic contamination. The fingerprinting and data interpretation techniques discussed include the recognition of: The distribution patterns of hydrocarbons (alkylated naphthalene, phenanthrene, dibenzothiophene, fluorene, chrysene and phenol isomers), • Analysis of “source-specific marker” compounds (individual saturated hydrocarbons, including n-alkanes (n-C5 through 0-C40) • Selected benzene, toluene, ethylbenzene and xylene isomers (BTEX), • The recalcitrant isoprenoids; pristane and phytane and • The determination of diagnostic ratios of specific petroleum / non-petroleum constituents, and the application of various statistical and numerical analysis tools. An unknown sample from the Irish Environmental Protection Agency (EPA) for origin characterisation was subjected to analysis by gas chromatography utilising both flame ionisation and mass spectral detection techniques in comparison to known reference materials. The percentage of the individual Polycyclic Aromatic Hydrocarbons (PAIIs) and biomarker concentrations in the unknown sample were normalised to the sum of the analytes and the results were compared with the corresponding results with a range of reference materials. In addition, to the determination of conventional diagnostic PAH and biomarker ratios, a number of “source-specific markers” isomeric PAHs within the same alkylation levels were determined, and their relative abundance ratios were computed in order to definitively identify and differentiate the various sources. Statistical logarithmic star plots were generated from both sets of data to give a pictorial representation of the comparison between the unknown sample and reference products. The study successfully characterised the unknown sample as being contaminated with a “coal tar” and clearly demonstrates the future role of compound ratio analysis (CORAT) in the identification of possible source contaminants.

eNOS se correlaciona com a biogênese mitocondrial em corações com cardiopatia congênita e cianose

FUNDAMENTO: O programa de biogênese mitocondrial no coração parece apresentar remodelação adaptativa após estresse biomecânico e oxidativo. Os mecanismos adaptativos que protegem o metabolismo do miocárdio durante a hipóxia são coordenados, em parte, pelo óxido nítrico (NO). OBJETIVO: Observar a biogênese mitocondrial e expressão do óxido nítrico sintase (NOS) em corações de cardiopatia congênita com cianose; discutir a resposta mitocondrial à hipóxia crônica do miocárdio. MÉTODOS: Foram investigados 20 pacientes com defeitos cardíacos cianóticos (n = 10) ou acianóticos (n = 10). Foram estudadas amostras do miocárdio na via de saída ventricular direita, tomadas durante a operação. A análise morfométrica de mitocôndrias foi realizada por microscopia eletrônica de transmissão. A relação mtDNA/nDNA foi determinada com PCR em tempo real. Os níveis de transcrição da subunidade I da citocromo c oxidase (COXI), coativador-1α do receptor γ ativado por proliferador de peroxissoma (PGC-1α), o fator respiratório nuclear 1 (NRF1), e fator de transcrição mitocondrial A (Tfam) foram detectados por reação em cadeia da polimerase via transcriptase reversa (RT-PCR) ativado por fluorescência em tempo real. Os níveis proteicos de COXI e nNOS, iNOS e eNOS foram medidos por técnica de Western Blot. RESULTADOS: A densidade volumétrica mitocondrial (Vv) e a densidade numérica (Nv) foram significativamente elevadas em pacientes com cianose, em comparação com a cardiopatia congênita acianótica. MtDNA elevada e suprarregulação dos níveis de COXI, PGC-1 α, NRF1 e Tfam mRNA foram observadas em pacientes cianóticos. Os níveis de proteína de COXI e eNOS foram significativamente maiores no miocárdio de pacientes cianóticos que nos de acianóticos. Os níveis de transcrição do PGC-1α se correlacionam com os níveis de eNOS. CONCLUSÃO: A biogênese mitocondrial é ativada no miocárdio da via de saída ventricular na cardiopatia congênita com cianose, que poderia ser a resposta adaptativa à hipóxia crônica e possivelmente envolve suprarregulação da eNOS. (Arq Bras Cardiol. 2012; [online].ahead print, PP.0-0)

Métodos de análise orgânica do café. I. Comparação entre métodos de determinação do ácido clorogênico

Três métodos de determinação do ácido clorogênico em café verde foram comparados. Foram utilizadas seis amostras de café, sendo que três de qualidade de bebida Mole e três Rio. Os resultados obtidos com os três métodos para os cafés Rio não diferiram estatísticamente entre si, embora os métodos de MOORES et al. e WEISS (oficial da AOAC) deram valores menores para os cafés Mole em relação ao método cromatográfico de GNAGY modificado. É discutido uma provável interferência da alta atividade da polifenol oxidase geralmente encontrada nos cafés Mole que oxidaria o ácido clorogênico durante a extração pelos dois primeiros métodos.

Alterações nucleares das cellulas do figado nas infecções de Macacus Rhesus e M. Cynomolgus pelo virus da febre amarella

No figado de um Macacus rhesus inoculado por BEAUREPAIRE ARAGÃO com sangue deum caso benigno de febre amarella e no qual elle descreveu symptomas e lesões typicas semelhantes ás obidas por STOKES, BAUER e HUDSON pela inoculação com o virus africano no mesmo animal, encontrámos alterações nucleares da mesma natureza das assignaladas, no herpes zoster, herpes symptomatico, varicella e virus III do coelho e descriptas ora sob o nome de "inclusões acidophilas intranucleares" (LIPSCHÜTZ, GOODPASTURE), ora sob o de "degeneração oxychromatica" (LAUDA e LUGER). Alterações nucleares semelhantes da cellula hepatica encontrámos, posteriormente em 13 M. rhesus e 2 M. cynomolgus inoculados com e virus brasileiro da febre amarella o qual fôra isolado independentemente por BEAUREPAIRE ARAGÂO e depois por A. MARQUES DA CUNHA e J. MUNIZ de dois casos benignos de febre amarella, tendo sido um dos macacos injectado directamente com o sangue do doente; dois macacos foram inoculados com Aedes aegypti infectados em homem e em macaco; os animais foram anímaes empregados em passagens em serie do virus pelo macaco, e talvez esse facto explique até certo ponto, as notaveis differenças por vezes encontradas nas alterações histopathologicas do figado, visto como, em condições naturaes, o virus nunca passa directamente de homem para homem. A intensidade com que se apresenta a degeneração oxychromatica de modo algum está na dependencia das alterações do conteúdo gorduroso, necrose e necrobiose encontradas; em um caso, ella era a unica alteração presente no figado, sendo então particularmente intensa. As inclusões acidophilas intranucleares (degeneração oxychromatica) não foram encontradas em diversos M. rhesus não inoculados e mortos por causas obscuras; no entanto, em taes figados eram presentes infiltração e degeneração gordurosas associadas a alterações de necrose e necrobiose. Alguns estadios (figuras intranucleares "em borboleta" e "em ameba", v. fig. g e h, Est. colorida) sendo abundantes, facilitam, em virtude de sua configuração especial, o reconhecimento da degeneração oxychromatica em córtes feitos segundo uma technica rapida (pequenos fragmentos de figado fixados em formol aquecido a 60°C.-trinta minutos, córtes em congelação, hematoxylina, eosina, alcool absoluto, phenol-xylol-creosoto, xylol, balsamo), não tendo, afóra isso, importancia especial. Ao passo que a degeneração e infiltração gordurosa, bem como a necrose e a necrobiose da cellula hepatica apresentam variações consideraveis em sua intensidade de um para outro animal em uma passagem em serie não interrompida do virus pelo M. rhesus, chegando mesmo a faltar interamente em dois animaes cujo figado, no entanto, mostrou-se capaz de reproduzir symptomas e lesões typicas na passagem seguinte, as inclusões acidophilas intranucleares (degeneração oxychromatica), de regra, se encontram com muito maior regularidade...

Paper electrophoretic and enzimatic studies on blood serum, venom and liver of "Bothrops jararaca"

Fígado, veneno e sôro sanguíneo de "Bothrops jararaca" foram estudados por meio da eletroforese em papel e determinação de atividades enzimáticas. Xantina oxidase e deshidrogenase foram encontradas sòmente no fígado das cobras. A análise espectrográfica do veneno e do sôro confirmam os resultados negativos obtidos para xantina oxidase uma vez que não foi encontrado molibdêneo. L-amino ácido oxidase foi determinada no fígado, sÔro e veneno. A eletroforese em papel do sôro sanguíneo mostrou que existem 7 frações proteicas, sendo que duas apresentam fluorescência característica de flavinas, quando expostas à luz ultra-violeta. Em vista dos resultados obtidos é concluido que as flavinas do sôro e do veneno de Bothrops jararaca estão na maior parte ligadas às proteínas. Estas flavinas combinadas parecem estar sob a forma de FAD (flavina adenina dinucleotídeo) fazendo parte do grupo prostético da L-amino ácido oxidase, uma vez que não foi encontrada nenhuma atividade de xantina oxidase.

Caracterização de bactérias dos gêneros Mima e Herella (Tribo Mimeae, DeBord, 1942): 1) Propriedade morfo-bioquímicas e sensibilidade aos antibióticos

No presente trabalho, os autores estudaram as propriedades morfo-bioquímicas e a sinsibilidade aos antibióticos de 19 amostras de bactérias dos gêneros Mima e Herellea isoladas de material clínico e identificadas como Mima polymorpha variedade oxidans, Mima polymorpha e Herellea vaginicola. No estudo bioquímico observou-se que Herellea vaginicola foi oxidase negativa e em meio complexo nitrogenado, consistentemente ataca a glicose, galactose, manose, arabinose, xilose, lactose a 10% e irregularmente ataca a ramnose e a celobiose; em base sintética nitrogenada, além das atividades citadas, consistentemente produziu ácido a partir da lactose. Mima polymopha foi oxidase negativa, não apresentando atividade glicidolítica, quer em meio complexo nitrogenado, quer em base sintética nitrogenada. Mima polymorpha var. oxidans, foi oxidase positiva, não revelando nenhuma atividade glicidolítica. Herellea vaginicola e Mima polymorpha mostraram grande sensibilidade à gabromicina, knamicina, neomicina, colistin, sendo que a última também foi muito sensível ao cloranfenicol e rovamicina. Mima polymorpha var. oxidans, apresentou grande sensibilidade à knamicina, neomicina, colistin, cloranfenicol e wintomylon. A sensibilidade das amostras a 1 a 0,1 unidade de penicilina/ml, nas condições ensaiadas no presente trabalho, não foi absoluta, como a observada por Baumann, Doudoroff & Stanier (1968a) que permitisse uma separação entre amostras oxidase positiva e negativa ou uma diferenciação dentro do grupo das bactérias oxidase positiva.

Isolamento e caracterização de Pseudomonas maltophilia (Hugh & Ryschenkow, 1960) de material clínico humano, na cidade do Rio de Janeiro

Os autores estudaram as propriedades morfo-bioquímicas e a sensibilidade às substâncias antimicrobianas, de uma nova e rara espécie de Pseudomonas, a Pseudomonas maltophilia (Hugh & Ryschenkow, 1960), isolada de secração vaginal. Como características marcantes, dentre mais de 65 testadas, as amostras estudadas mostraram ser: oxidase negativa e lisina descarboxilase positiva; produziram desoxiribonuclease e um pigmento escuro que se difunde no meio; atacaram oxidativamente a maltose tanto em meio complexo nitrogenado como em meio de Hugh & Leifson e hidrolisaram a esculina. As amostras foram sensíveis ao cloranfenicol, gentamicina, kanamicina, colistin e gabromicina.

A selective medium for the isolation of the acinetobacter genus bacteria

A selective and differencial medium was developed for the isolation of Acinetobacter genus bacteria. This Acinobacter Agar Medium (p.H + 7.4) contains in grams per litre: thiotone, 10; yeast extract, 3; naC1, 5; saccharose, 10; mannitol, 10; sodium citrate, 0.5; sodium desoxycholate, 0.1; crystal violet, 0.00025; phenol red, 0.04 and agar-agar 15. This medium has the advantage of inhibiting the growth of cocci and Gram-positive bacilli, by the use of sodium citrate and sodium desoxycholate associated with the crystal violet; and of differentiating the Gram-negative bacilli from the Enterobacteriaceae, through the fermentative activity upon the saccharose and/or mannitol, contrasting with the complete inactivity of the Acinetobacter genus bacteria over those substances.

Endothelial mineralocorticoid receptor activation mediates endothelial dysfunction in diet-induced obesity.

AIMS: Aldosterone plays a crucial role in cardiovascular disease. 'Systemic' inhibition of its mineralocorticoid receptor (MR) decreases atherosclerosis by reducing inflammation and oxidative stress. Obesity, an important cardiovascular risk factor, is an inflammatory disease associated with increased plasma aldosterone levels. We have investigated the role of the 'endothelial' MR in obesity-induced endothelial dysfunction, the earliest stage in atherogenesis. METHODS AND RESULTS: C57BL/6 mice were exposed to a normal chow diet (ND) or a high-fat diet (HFD) alone or in combination with the MR antagonist eplerenone (200 mg/kg/day) for 14 weeks. Diet-induced obesity impaired endothelium-dependent relaxation in response to acetylcholine, whereas eplerenone treatment of obese mice prevented this. Expression analyses in aortic endothelial cells isolated from these mice revealed that eplerenone attenuated expression of pro-oxidative NADPH oxidase (subunits p22phox, p40phox) and increased expression of antioxidative genes (glutathione peroxidase-1, superoxide dismutase-1 and -3) in obesity. Eplerenone did not affect obesity-induced upregulation of cyclooxygenase (COX)-1 or prostacyclin synthase. Endothelial-specific MR deletion prevented endothelial dysfunction in obese (exhibiting high 'endogenous' aldosterone) and in 'exogenous' aldosterone-infused lean mice. Pre-incubation of aortic rings from aldosterone-treated animals with the COX-inhibitor indomethacin restored endothelial function. Exogenous aldosterone administration induced endothelial expression of p22phox in the presence, but not in the absence of the endothelial MR. CONCLUSION: Obesity-induced endothelial dysfunction depends on the 'endothelial' MR and is mediated by an imbalance of oxidative stress-modulating mechanisms. Therefore, MR antagonists may represent an attractive therapeutic strategy in the increasing population of obese patients to decrease vascular dysfunction and subsequent atherosclerotic complications.

Multimeric complexes of the PML-retinoic acid receptor alpha fusion protein in acute promyelocytic leukemia cells and interference with retinoid and peroxisome-proliferator signaling pathways.

The t(15;17) chromosomal translocation, specific for acute promyelocytic leukemia (APL), fuses the PML gene to the retinoic acid receptor alpha (RAR alpha) gene, resulting in expression of a PML-RAR alpha hybrid protein. In this report, we analyzed the nature of PML-RAR alpha-containing complexes in nuclear protein extracts of t(15;17)-positive cells. We show that endogenous PML-RAR alpha can bind to DNA as a homodimer, in contrast to RAR alpha that requires the retinoid X receptor (RXR) dimerization partner. In addition, these cells contain oligomeric complexes of PML-RAR alpha and endogenous RXR. Treatment with retinoic acid results in a decrease of PML-RAR alpha protein levels and, as a consequence, of DNA binding by the different complexes. Using responsive elements from various hormone signaling pathways, we show that PML-RAR alpha homodimers have altered DNA-binding characteristics when compared to RAR alpha-RXR alpha heterodimers. In transfected Drosophila SL-3 cells that are devoid of endogenous retinoid receptors PML-RAR alpha inhibits transactivation by RAR alpha-RXR alpha heterodimers in a dominant fashion. In addition, we show that both normal retinoid receptors and the PML-RAR alpha hybrid bind and activate the peroxisome proliferator-activated receptor responsive element from the Acyl-CoA oxidase gene, indicating that retinoids and peroxisome proliferator receptors may share common target genes. These properties of PML-RAR alpha may contribute to the transformed phenotype of APL cells.

Peroxisomal beta-oxidation--a metabolic pathway with multiple functions.

Fatty acid degradation in most organisms occurs primarily via the beta-oxidation cycle. In mammals, beta-oxidation occurs in both mitochondria and peroxisomes, whereas plants and most fungi harbor the beta-oxidation cycle only in the peroxisomes. Although several of the enzymes participating in this pathway in both organelles are similar, some distinct physiological roles have been uncovered. Recent advances in the structural elucidation of numerous mammalian and yeast enzymes involved in beta-oxidation have shed light on the basis of the substrate specificity for several of them. Of particular interest is the structural organization and function of the type 1 and 2 multifunctional enzyme (MFE-1 and MFE-2), two enzymes evolutionarily distant yet catalyzing the same overall enzymatic reactions but via opposite stereochemistry. New data on the physiological roles of the various enzymes participating in beta-oxidation have been gathered through the analysis of knockout mutants in plants, yeast and animals, as well as by the use of polyhydroxyalkanoate synthesis from beta-oxidation intermediates as a tool to study carbon flux through the pathway. In plants, both forward and reverse genetics performed on the model plant Arabidopsis thaliana have revealed novel roles for beta-oxidation in the germination process that is independent of the generation of carbohydrates for growth, as well as in embryo and flower development, and the generation of the phytohormone indole-3-acetic acid and the signal molecule jasmonic acid.

Importance of sequences adjacent to the terminal tripeptide in the import of a peroxisomal Candida tropicalis protein in plant peroxisomes.

The peroxisome targeting signal (PTS) required for import of the rat acyl-CoA oxidase (AOX; EC 1.3.3.6) and the Candida tropicalis multifunctional protein (MFP) in plant peroxisomes was assessed in transgenic Arabidopsis thaliana (L.) Heynh. The native rat AOX accumulated in peroxisomes in A. thaliana cotyledons and targeting was dependent on the presence of the C-terminal tripeptide S-K-L. In contrast, the native C. tropicalis MFP, containing the consensus PTS sequence A-K-I was not targeted to plant peroxisomes. Modification of the carboxy terminus to the S-K-L tripeptide also failed to deliver the MFP to peroxisomes while addition of the last 34 amino acids of the Brassica napus isocitrate lyase, containing the terminal tripeptide S-R-M, enabled import of the fusion protein into peroxisomes. These results underline the influence of the amino acids adjacent to the terminal tripeptide of the C. tropicalis MFP on peroxisomal targeting, even in the context of a protein having a consensus PTS sequence S-K-L.

Gas emission during laparoscopic colorectal surgery using a bipolar vessel sealing device: A pilot study on four patients.

BACKGROUND: Dissection during laparoscopic surgery produces smoke containing potentially toxic substances. The aim of the present study was to analyze smoke samples produced during laparoscopic colon surgery using a bipolar vessel sealing device (LigaSuretrade mark). METHODS: Four consecutive patients undergoing left-sided colectomy were enrolled in this pilot study. Smoke was produced by the use of LigaSuretrade mark. Samples (5,5l) were evacuated from the pneumoperitoneum in a closed system into a reservoir. Analysis was performed with CO2-laser-based photoacoustic spectroscopy and confirmed by a Fourier-transform infrared spectrum. The detected spectra were compared to the available spectra of known toxins. RESULTS: Samples from four laparoscopic sigmoid resections were analyzed. No relevant differences were noted regarding patient and operation characteristics. The gas samples were stable over time proven by congruent control measurements as late as 24 h after sampling. The absorption spectra differed considerably between the patients. One broad absorption line at 100 ppm indicating H2O and several unknown molecules were detected. With a sensitivity of alpha min ca 10-5 cm-1 no known toxic substances like phenol or indole were identified. CONCLUSION: The use of a vessel sealing device during laparoscopic surgery does not produce known toxic substances in relevant quantity. Further studies are needed to identify unknown molecules and to analyze gas emission under various conditions.