The relationship between stem-form, stand-closure and site -conditions : the influence of environmental conditions on tree allometry and forest structure in west-central Alberta

Changes in the configuration of a tree stern result insignificant differences in its total volume and in the proportion of that volume that is merchantable timber. Tree allometry, as represented by stem-fo~, is the result of the vertical force of gravity and the horizontal force of wind. The effect of wind force is demonstrated in the relationship between stem-form, standclosure and site-conditions. An increase in wind force on the individual tree due to a decrease in stand density should produce a more tapered tree. The density of the stand is determined by the conditions that the trees are growing under. The ability of the tree to respond to increased wind force may also be a function of these conditions . This stem-form/stand-closure/site-conditions relationship was examined using a pre-existing database from westcentral Alberta. This database consisted of environmental, vegetation, soils and timber data covering a wide range of sites. There were 653 sample trees with 82 variables that formed the basis of the analysis. There were eight tree species consisting of Pinus contorta, Picea mariana, Picea engelmannii x glauca, Abies lasiocarpa, Larix laricina, Populus tremuloides, Betula papyrifera and Populus balsamifera plus a comprehensive all-species data set. As the actual conformation of the stern is very individual, stem-fo~was represented by the diameter at breast height to total height r~tio. The four stand-closure variables, crown closure, total basal area, total volume and total number of stems were reduced to total basal area and total number of stems utilizing a bivariate correlation matrix by species. Site-conditions were subdivided into macro, meso and micro variables and reduced in number 3 using cross-tabulations, bivariate correlation and principal components analysis as screening tools. The stem-fo~/stand-closure relationship was examined using bivariate correlation coefficients for stem-fo~ with total number of stems and stem-fo~ with total basal area. The stem-fo~/site-conditions and the stand-closure/site- conditions relationships were examined using multiple correlation coefficients. The stem-form/stand-closure/site-conditions relationship was examined using multiple correlation coefficients in separate analyses for both total number of stems and total basal area. An increase in stand-closure produced a decrease in stem-form for both total number of stems and total basal area for most species. There was a significant relationship between stem-form and site-conditions and between stand-closure and site-conditions for both total number of stems and total basal area for most species. There was a significant relationship between the stemform and site-conditions, including the stand-closure, for most species; total number of stems was involved independently of the site-conditions in the prediction of stem-form and total basal area was not. Larix laricina and Betula papyrifera were the exceptions to the trends observed with most species. The influence of both stand-closure (total number of stems in particular) and site-conditions (elevation in particular) suggest that forest management practices should include these- ecological parameters in determining appropriate restocking levels.

Joyce Chapman posing by an orange tree, 1998

Joyce Chapman posing by an orange tree, West Covina, California, 1998.

Excavating a fossilized tree that is now in front of Hashinger Hall

Excavating a fossilized tree, which was later placed in front of Hashinger Hall, Chapman University, 346 N. Center Street, Orange, California. The late Dr. Edward H. Hashinger, former trustee and past chairman of the board is the man whose name has graced the walls of this building since 1969. The Hashinger Science Center (3 floors, 65,364 sq.ft.) houses all science departments including biology, natural and applied sciences, environmental and chemical sciences, food science and nutrition, kinesiology and physical therapy.

Placing a fossilized tree in front of Hashinger Hall, Chapman College, Orange, California

Placing a fossilized tree in front of Hashinger Hall, Chapman College, 346 N. Center Street, Orange, California. The late Dr. Edward H. Hashinger, former trustee and past chairman of the board is the man whose name has graced the walls of this building since 1969. The Hashinger Science Center (3 floors, 65,364 sq.ft.) houses all science departments including biology, natural and applied sciences, environmental and chemical sciences, food science and nutrition, kinesiology and physical therapy.

Tree Fruit (peach) Nursery - Report done for the University of Guelph

A report done by Donald Ziraldo on the topic of Tree Fruit, specifically peach, in nurseries. The report was likely done while he was a student of the University of Guelph in the 1970s.

Photograph - Percy Band standing by a tree

A photograph of Percy Band wearing a suit as he stands in front of a large tree. A house can be seen just behind the tree.

Photograph - Woman Standing by a Large Tree Trunk

A woman wearing a hat and holding a small purse. She is standing next to a large tree trunk and there are benches behind her.

The tree of knowledge ; a document by a woman

UANL

Représentation et recherche de motifs cycliques et structuraux d’ARN connus dans les structures secondaires

L'acide désoxyribonucléique (ADN) et l'acide ribonucléique (ARN) sont des polymères de nucléotides essentiels à la cellule. À l'inverse de l'ADN qui sert principalement à stocker l'information génétique, les ARN sont impliqués dans plusieurs processus métaboliques. Par exemple, ils transmettent l’information génétique codée dans l’ADN. Ils sont essentiels pour la maturation des autres ARN, la régulation de l’expression génétique, la prévention de la dégradation des chromosomes et le ciblage des protéines dans la cellule. La polyvalence fonctionnelle de l'ARN résulte de sa plus grande diversité structurale. Notre laboratoire a développé MC-Fold, un algorithme pour prédire la structure des ARN qu'on représente avec des graphes d'interactions inter-nucléotidiques. Les sommets de ces graphes représentent les nucléotides et les arêtes leurs interactions. Notre laboratoire a aussi observé qu'un petit ensemble de cycles d'interactions à lui seul définit la structure de n'importe quel motif d'ARN. La formation de ces cycles dépend de la séquence de nucléotides et MC-Fold détermine les cycles les plus probables étant donnée cette séquence. Mon projet de maîtrise a été, dans un premier temps, de définir une base de données des motifs structuraux et fonctionnels d'ARN, bdMotifs, en terme de ces cycles. Par la suite, j’ai implanté un algorithme, MC-Motifs, qui recherche ces motifs dans des graphes d'interactions et, entre autres, ceux générés par MC-Fold. Finalement, j’ai validé mon algorithme sur des ARN dont la structure est connue, tels que les ARN ribosomaux (ARNr) 5S, 16S et 23S, et l'ARN utilisé pour prédire la structure des riborégulateurs. Le mémoire est divisé en cinq chapitres. Le premier chapitre présente la structure chimique, les fonctions cellulaires de l'ARN et le repliement structural du polymère. Dans le deuxième chapitre, je décris la base de données bdMotifs. Dans le troisième chapitre, l’algorithme de recherche MC-Motifs est introduit. Le quatrième chapitre présente les résultats de la validation et des prédictions. Finalement, le dernier chapitre porte sur la discussion des résultats suivis d’une conclusion sur le travail.

Synthèse stéréosélective de motifs polypropionates via la chimie des radicaux : application à l'élaboration de l'hémisphère ouest de la narasine

Cet ouvrage traite principalement de la synthèse de motifs polypropionates de type stéréopentade ainsi qu’une application à la synthèse d’une molécule naturelle possèdant des propriétés biologiques. La stratégie envisagée pour l’élaboration de ces motifs récurrents dans plusieurs structures d’origine naturelle fait appel à la chimie des radicaux. Cette thèse se divise en différents chapitres dans lesquels la versatilité de la méthodologie développée sera démontrée. En premier lieu, il sera question de présenter l’importance de la synthèse de motifs polypropionates. Le domaine couvert par la chimie de ces molécules complexes hautement fonctionnalisées a contribué énormément à l’avancement de nos connaissances en synthèse organique, particulièrement dans le contexte des réactions impliquant des molécules acyliques. Une brève description des méthodes connues est présentée afin de saisir l’étendue des défis restants pour construire efficacement tous les isomères possibles des polypropionates de type stéréopentade. La stratégie proposée est basée sur une approche contrôlée entièrement par le substrat. Ce contrôle s’appuie sur le choix judicieux de l’acide de Lewis activant les deux réactions impliquées, soit la réaction de Mukaiyama et le transfert d’hydrogène. La seconde section de cette thèse concerne principalement le développement d’une réaction de Mukaiyama impliquant un éther d’énol silylé portant un lien pouvant être homolytiquement brisé dans la réaction suivante et un aldéhyde de type propionate. Le contrôle de l’aldolisation provient de la nature de l’acide de Lewis. Une espèce monodentate (BF3·OEt2) génère une relation 3,4-syn selon le modèle dit Felkin-Anh tandis que les acides de Lewis bidentates mènent à la relation 3,4-anti via un état de transition définit comme Cram-chélate. Une optimisation des conditions réactionnelles en variant l’acidité et la stoechiométrie de l’acide de Lewis de titane a permis de construire diastéréosélectivement le produit de Mukaiyama ayant une relation 3,4-anti. En outre, la nature des complexes impliqués dans ces réactions a été élucidée par des études RMN 13C à basse température. Une fois les précurseurs radicalaires synthétisés, notre méthodologie de réduction par transfert d’hydrogène contrôlée également par les acides de Lewis s’avère très efficace. Les acides de Lewis dérivés d’aluminium mènent sélectivement à la relation 2,3-syn selon un contrôle endocyclique tandis que les acides de Lewis de bore permettent la création des relations 2,3-anti en se basant sur une stabilisation par les divers facteurs de contrôle de molécules acycliques. Cette stratégie novatrice nous a ainsi permis de construire efficacement les 16 diastéréoisomères possibles. Le chapitre suivant concerne l’application de cette méthodologie à la synthèse de l’hémisphère ouest de la salinomycine et de la narasine. Plusieurs défis synthétiques ont été relevés à cette occasion par la présence de nombreux centres stéréogènes contigus. Nous avons réalisé que la relation stéréochimique 2,3-anti de la salinomycine n’est pas accessible sélectivement par la chimie des radicaux via l’effet exocyclique. Des études ont été entreprises afin de comprendre cette perte de sélectivité. Les conclusions suggèrent que les substituants sur le cycle imposent un biais conformationnel conduisant à des faibles sélectivités. Une alternative utilisant un réactif de crotylsilane chiral a été développée pour arriver à la molécule cible. Cette situation est différente dans le cas de la narasine où la présence du méthyle sur le carbone en position β du radical bloque efficacement l’approche d’une des faces d’attaque par l’hydrure. Des sélectivités impressionnantes nous ont permis de construire le fragment C1-C9 de la narasine de manière expéditive et efficace. Finalement, l’élongation sélective utilisant à nouveau la séquence d’aldolisation de Mukaiyama/réduction radicalaire suivie d’un couplage de type aldol stéréosélectif conduit au fragment C1-C17 de la narasine (hémisphère ouest)en 19 étapes avec un rendement global de l’ordre de 7 %. En dernier lieu, nous nous sommes penchés sur la réactivité des α-bromo-β- alkoxycétones lors de transfert d’hydrogène. Nous avons découvert que la chimie de ces derniers pourrait s’avérer utile dans le contexte de la synthèse de motifs complexes polypropionates. La présence d’un centre stéréogène de l’autre coté de la cétone semble avoir un impact sur la sélectivité.

Découverte et application de nouveaux motifs d'association propres à l'hexaphénylbenzène et à ses dérivés

Les propriétés des matériaux moléculaires proviennent à la fois de la structure des composantes individuelles et de la façon dont elles s’associent. Ce dernier aspect reste difficile à contrôler, malgré de grandes avancées en science des matériaux. Pour mieux comprendre la relation structure-propriétés, nous avons entrepris une étude systématique de l'hexaphénylbenzène et de ses dérivés, qui offrent une charpente symétrique et rigide. En premier lieu, nous avons attaché six groupements diaminotriazinyles sur l’hexaphénylbenzène afin de produire des réseaux tridimensionnels hautement poreux maintenus par des ponts hydrogène. En modifiant systématiquement le coeur moléculaire, nous avons excisé près du tiers de la molécule-mère, générant des réseaux supramoléculaires dont la porosité s’est élevée graduellement jusqu’à 75%, équivalant ainsi le record pour ce type de matériaux. Ensuite, nous avons étudié le comportement de l’hexakis(4-nitrophényl)benzène. Dans les structures cristallines obtenues, des interactions non-covalentes entre groupements nitro démontrent leur potentiel en chimie supramoléculaire. Le coeur moléculaire ne joue qu’un rôle secondaire dans l’empilement des molécules : seules quelques interactions C-H•••π impliquant le cycle aromatique central de l’hexaphénylbenzène sont évidentes. Cette dernière observation nous a poussés à étudier le comportement à l’état cristallin de l’hexaphénylbenzène et ses dérivés. En scrutant attentivement neuf structures cristallines de ces composés, nous avons décerné la présence récurrente d’interactions C-H•••π impliquant le cycle aromatique central. Cette association caractéristique a été exploitée pour créer des réseaux supramoléculaires maintenus par des interactions C-H•••π sélectives entre un groupement éthynyle et le cycle aromatique central de l’hexaphénylbenzène. Finalement, nous avons joint le côté sombre de l’ingénierie cristalline en utilisant nos connaissances dans le but d’empêcher la formation d’interactions directionnelles. En protégeant le cycle aromatique central de l’hexaphénylbenzène à l’aide de groupements alkyles, les interactions C-H•••π ont été pratiquement éliminées. Ces résultats offrent la possibilité de créer de nouveaux matériaux amorphes. Dans ces études, focalisées sur le système hexaphénylbenzène, nous avons mis en relief des phénomènes qui sont obscurcis dans d'autres familles de molécules. De plus, ce système a grandement facilité l’utilisation d’une approche méthodique pour explorer la relation structure-propriétés. Nos travaux nous ont amenés à des conclusions de valeur universelle en science des matériaux moléculaires.