Studies of MHC class I antigen presentation & the origins of the immunopeptidome

La présentation d'antigène par les molécules d'histocompatibilité majeure de classe I (CMHI) permet au système immunitaire adaptatif de détecter et éliminer les agents pathogènes intracellulaires et des cellules anormales. La surveillance immunitaire est effectuée par les lymphocytes T CD8 qui interagissent avec le répertoire de peptides associés au CMHI présentés à la surface de toutes cellules nucléées. Les principaux gènes humains de CMHI, HLA-A et HLA-B, sont très polymorphes et par conséquent montrent des différences dans la présentation des antigènes. Nous avons étudié les différences qualitatives et quantitatives dans l'expression et la liaison peptidique de plusieurs allotypes HLA. Utilisant la technique de cytométrie de flux quantitative nous avons établi une hiérarchie d'expression pour les quatre HLA-A, B allotypes enquête. Nos résultats sont compatibles avec une corrélation inverse entre l'expression allotypique et la diversité des peptides bien que d'autres études soient nécessaires pour consolider cette hypothèse. Les origines mondiales du répertoire de peptides associés au CMHI restent une question centrale à la fois fondamentalement et dans la recherche de cibles immunothérapeutiques. Utilisant des techniques protéogénomiques, nous avons identifié et analysé 25,172 peptides CMHI isolées à partir des lymphocytes B de 18 personnes qui exprime collectivement 27 allotypes HLA-A,B. Alors que 58% des gènes ont été la source de 1-64 peptides CMHI par gène, 42% des gènes ne sont pas représentés dans l'immunopeptidome. Dans l'ensemble, l’immunopeptidome présenté par 27 allotypes HLA-A,B ne couvrent que 17% des séquences exomiques exprimées dans les cellules des sujets. Nous avons identifié plusieurs caractéristiques des transcrits et des protéines qui améliorent la production des peptides CMHI. Avec ces données, nous avons construit un modèle de régression logistique qui prédit avec une grande précision si un gène de notre ensemble de données ou à partir d'ensembles de données indépendants génèrerait des peptides CMHI. Nos résultats montrent la sélection préférentielle des peptides CMHI à partir d'un répertoire limité de produits de gènes avec des caractéristiques distinctes. L'idée que le système immunitaire peut surveiller des peptides CMHI couvrant seulement une fraction du génome codant des protéines a des implications profondes dans l'auto-immunité et l'immunologie du cancer.

Design et synthèse d’inhibiteurs d’une ectonucléotide pyrophosphatase/phosphodiestérase de type 1 (ENPP1) et leur activité anticancéreuse

La calcification de la valve aortique (CVA) est une maladie cardiovasculaire de plus en plus répandue, particulièrement en Amérique du Nord. Elle cause le rétrécissement de la valve aortique et le seul traitement actuellement disponible est le remplacement chirurgical. Des études menées par le Dr Patrick Mathieu (Institut de Cardiologie et de Pneumologie de Québec) ont montré qu’une surexpression d’une ectonucléotide pyrophosphatase/phosphodiestérase de type 1 (ENPP1) est à l’origine de cette sténose. Une solution à cette maladie serait donc de trouver un inhibiteur d’ENPP1. Inspirées des travaux du groupe de Pfizer visant ENPP1 pour le traitement de la chondrocalcinose articulaire et l’ostéoarthrite, quelques familles d’inhibiteurs de type quinazoline-4-pipéridine sulfamides (QPS) ont été synthétisés et testées in vitro. Une étude en modélisation moléculaire sur le site potentiel de liaison des inhibiteurs sur ENPP1 est en cours, en collaboration avec le Pr Patrick Lagüe (Université Laval, Département de biochimie, microbiologie et bio-informatique) et son équipe pour optimiser le design de la structure des composés. Les composés d’une des familles, les QPS-pyrimidine, ont été testés in vitro sur quelques lignées cellulaires cancéreuses (HT-1080, HT-29, M21 et MCF-7) pour mesurer leur activité antiproliférative. Ces composés ont une inhibition de croissance médiane (IC50) de l’ordre du micromolaire et représentent donc un point de départ intéressant pour la mise au point de nouveaux traitements anticancéreux.

Est-ce que l’aversion au risque cyclique et la richesse immobilière peuvent aider à expliquer les rendements boursiers?

Dans les modèles d’évaluation d’actifs financiers, la stratégie de placement d’un individu est liée à la distribution des rendements des actifs inclus dans son portefeuille. Le modèle intertemporel d’évaluation des actifs financiers basé sur la consommation (C-CAPM) permet d’intégrer la dimension temporelle dans le cadre d’analyse et de comprendre l’arbitrage entre les décisions de consommation et d’épargne d’un individu. La prédiction fondamentale de ce modèle est l’existence d’un lien entre les rendements des actifs financiers et leur covariance avec le taux marginal de substitution intertemporel (TMSI). Dans un cadre théorique, l’énigme de la prime de risque est mise en évidence lorsqu’une fonction d’utilité de type CRRA est utilisée afin de représenter les préférences du consommateur. La rigidité de cette modélisation impose cependant un coefficient d’aversion au risque fixe réconciliant difficilement le modèle avec les données réelles. Ce mémoire a pour objectif de résoudre cette problématique en modifiant les formulations classiques du TMSI. Dans un contexte canadien, nous modifions la forme CRRA afin de déterminer, entre autres, si les variations du produit intérieur brut ont un effet sur le niveau d’aversion au risque d’un agent. Par la suite, nous insérons la richesse immobilière dans une forme d’utilité non-séparable comme proxy du rendement de la richesse. Nos résultats suggèrent qu’il est pertinent, sur une longue période, de tenir compte de la richesse immobilière dans le programme de consommation de l’agent.

Approche basée sur des patrons pour concevoir des logiciels d’enseignement adaptés aux technologies du Web

Les applications Web en général ont connu d’importantes évolutions technologiques au cours des deux dernières décennies et avec elles les habitudes et les attentes de la génération de femmes et d’hommes dite numérique. Paradoxalement à ces bouleversements technologiques et comportementaux, les logiciels d’enseignement et d’apprentissage (LEA) n’ont pas tout à fait suivi la même courbe d’évolution technologique. En effet, leur modèle de conception est demeuré si statique que leur utilité pédagogique est remise en cause par les experts en pédagogie selon lesquels les LEA actuels ne tiennent pas suffisamment compte des aspects théoriques pédagogiques. Mais comment améliorer la prise en compte de ces aspects dans le processus de conception des LEA? Plusieurs approches permettent de concevoir des LEA robustes. Cependant, un intérêt particulier existe pour l’utilisation du concept patron dans ce processus de conception tant par les experts en pédagogie que par les experts en génie logiciel. En effet, ce concept permet de capitaliser l’expérience des experts et permet aussi de simplifier de belle manière le processus de conception et de ce fait son coût. Une comparaison des travaux utilisant des patrons pour concevoir des LEA a montré qu’il n’existe pas de cadre de synergie entre les différents acteurs de l’équipe de conception, les experts en pédagogie d’un côté et les experts en génie logiciel de l’autre. De plus, les cycles de vie proposés dans ces travaux ne sont pas complets, ni rigoureusement décrits afin de permettre de développer des LEA efficients. Enfin, les travaux comparés ne montrent pas comment faire coexister les exigences pédagogiques avec les exigences logicielles. Le concept patron peut-il aider à construire des LEA robustes satisfaisant aux exigences pédagogiques ? Comme solution, cette thèse propose une approche de conception basée sur des patrons pour concevoir des LEA adaptés aux technologies du Web. Plus spécifiquement, l’approche méthodique proposée montre quelles doivent être les étapes séquentielles à prévoir pour concevoir un LEA répondant aux exigences pédagogiques. De plus, un répertoire est présenté et contient 110 patrons recensés et organisés en paquetages. Ces patrons peuvent être facilement retrouvés à l’aide du guide de recherche décrit pour être utilisés dans le processus de conception. L’approche de conception a été validée avec deux exemples d’application, permettant de conclure d’une part que l’approche de conception des LEA est réaliste et d’autre part que les patrons sont bien valides et fonctionnels. L’approche de conception de LEA proposée est originale et se démarque de celles que l’on trouve dans la littérature car elle est entièrement basée sur le concept patron. L’approche permet également de prendre en compte les exigences pédagogiques. Elle est générique car indépendante de toute plateforme logicielle ou matérielle. Toutefois, le processus de traduction des exigences pédagogiques n’est pas encore très intuitif, ni très linéaire. D’autres travaux doivent être réalisés pour compléter les résultats obtenus afin de pouvoir traduire en artéfacts exploitables par les ingénieurs logiciels les exigences pédagogiques les plus complexes et les plus abstraites. Pour la suite de cette thèse, une instanciation des patrons proposés serait intéressante ainsi que la définition d’un métamodèle basé sur des patrons qui pourrait permettre la spécification d’un langage de modélisation typique des LEA. L’ajout de patrons permettant d’ajouter une couche sémantique au niveau des LEA pourrait être envisagée. Cette couche sémantique permettra non seulement d’adapter les scénarios pédagogiques, mais aussi d’automatiser le processus d’adaptation au besoin d’un apprenant en particulier. Il peut être aussi envisagé la transformation des patrons proposés en ontologies pouvant permettre de faciliter l’évaluation des connaissances de l’apprenant, de lui communiquer des informations structurées et utiles pour son apprentissage et correspondant à son besoin d’apprentissage.

Constructivisme et manuel scolaire au niveau collégial : Rencontre réflexive, interactive et sociale avec l’objet d’apprentissage

Cet essai est divisé en quatre chapitres et porte sur la conception, l'expérimentation et l'adaptation d'un modèle de rédaction d'un manuel de référence de facture constructiviste. Cette modélisation servira de guide à la rédaction d'un manuel en santé dentaire publique à l'intention des étudiantes) en techniques d'hygiène dentaire. L'hygiéniste dentaire en santé publique travaille prioritairement auprès des enfants et de leur milieu familial. Elle fait partie intégrante d'un programme national de santé dentaire publique établi à l'intérieur de chaque Centre de santé et services sociaux. Au Québec, les enfants les plus vulnérables à la carie dentaire sont de l'ordre de 25 % et cumulent à eux seuls plus de 65 % des problèmes de carie dentaire (Payette et coll., 1989). C'est à partir d'un programme créé par le ministère de la Santé et des Services sociaux que l'hygiéniste dentaire procède à un dépistage scientifique qui lui permet de prédire que certains enfants seront susceptibles à la carie dentaire avant même l'apparition des dents permanentes et de classer ces enfants. Par la suite, ces enfants, parmi les plus vulnérables, sont suivis pour changer le cours de leur histoire dentaire et leur permettre d'avoir la même chance que leurs camarades. Ces rencontres de suivi visent à sensibiliser l'enfant et les parents à l'hygiène buccodentaire ainsi qu'à l'application de la thérapie clinique à l'école (applications de fluorure, d'agents de scellement des dents, etc.). Selon les particularités de chaque région du Québec, les hygiénistes dentaires interviendront auprès de différentes clientèles. Bien que la majorité des diplômées en techniques d'hygiène dentaire exerceront leur profession en clinique privée, quelques finissantes travailleront dans les CSSS. Pour permettre aux étudiantes d'acquérir la compétence en santé dentaire publique, le programme de formation prévoit un cours et un stage totalisant environ 135 heures réparties sur deux trimestres, selon la spécificité propre à chaque collège. À Saint-Hyacinthe, le cours et les laboratoires sont d'une durée de 90 heures. Le stage de 45 heures est effectué en majeure partie auprès des hygiénistes dentaires des CSSS. On peut aisément conclure que le nombre d'heures prévu au programme est à peine suffisant face à la complexité de la tâche et au type de responsabilités que l'hygiéniste dentaire doit assumer en santé publique et comprendre l'importance d'offrir un outil de référence complet et adapté à l'apprentissage et aux besoins du marché du travail. Le présent ouvrage est divisé en quatre parties permettant une réflexion sur la possibilité d'intégrer une approche constructiviste à l'intérieur d'un manuel scolaire. La première partie traite d'abord notre cheminement à titre d'auteure de cet essai. Par la suite, elle expose la problématique à laquelle nous sommes confrontée à titre de rédactrice scientifique. Nous présenterons les compétences visées par le programme de la discipline concernée, l'écart ressenti avec la pratique en classe et l'écriture d'un manuel scolaire au collégial. Nous tenterons de dégager des étapes et des conditions à respecter pour en greffer ensuite un style d'écriture applicable dans une perspective constructiviste. La deuxième partie s'intéresse à la recension des écrits et dégage des définitions relatives au constructivisme. Elle couvre les fondements qui permettent d'entrevoir la possibilité d'écrire différemment le manuel scolaire. Le troisième chapitre concerne la méthodologie utilisée durant l'expérimentation didactique. Nous présentons le modèle choisi pour concevoir notre chapitre expérimental. Nous avons aussi sélectionné des activités à facture constructiviste. Nous avons présenté des principes pour appuyer l'écriture d'un manuel scolaire afin de dégager un modèle d'écriture constructiviste. Nous avons procédé à l'écriture du chapitre en conformité avec ces principes et nous avons vérifié la fécondité de cette écriture auprès d'expertes et d'étudiantes du milieu collégial. Dans le quatrième chapitre, la présentation et l'analyse des résultats font état de l'estimation d'une écriture constructiviste jugée souhaitable pour l'écriture de notre chapitre. La préoccupation centrale est de dégager des caractéristiques qui s'articulent autour de notre pratique constructiviste. Il s'agit aussi de discuter sur les possibilités d'application de ces principes en exposant sommairement les impacts d'un tel changement de paradigme de l'écriture.

Les manifestations d’autodétermination par les élèves ayant participé à la TÉVA sur les plans scolaire, professionnel et personnel

Cet essai s’intéresse à l’autonomie des jeunes adultes ayant un handicap moteur, physique, sensoriel ou intellectuel et qui ont participé à la démarche de la transition de l’école à la vie active (TÉVA). L’objectif de l’essai est de répertorier les manifestations d’autodétermination dans leur vie professionnelle, scolaire et personnelle. Le contenu des 23 entrevues conduites auprès d’élèves ayant participé à la TÉVA ou de leurs proches dans le cadre d’une étude de Bourdon et Lessard (2015) portant sur la modélisation de la démarche TÉVA en Estrie a été analysé afin d’en extraire les manifestations d’autodétermination. L’analyse thématique des entrevues a permis d’identifier des manifestations d’autodétermination issues d’une régulation externe, d’une régulation introjectée et d’une régulation identifiée. Les résultats obtenus révèlent que les jeunes adultes ayant participé à la TÉVA semblent avoir une bonne connaissance d’eux-mêmes, de leurs intérêts scolaires et professionnels. En contrepartie, le sentiment de compétence, la fierté personnelle et la connaissance des actions à poser pour atteindre leurs objectifs semblent se présenter moins fréquemment en termes de manifestation d’autodétermination chez les jeunes adultes de l’échantillon. Dans peu de cas, les élèves ont rapporté avoir entamé de leur propre chef des démarches pour obtenir un milieu de stage pour lequel ils entretenaient de l’intérêt. L'analyse des entrevues a également révélé que la conseillère ou le conseiller d'orientation ne semble pas être une professionnelle ou un professionnel particulièrement sollicité pour soutenir les élèves en difficulté dans l'élaboration d'un projet professionnel. Bien que l’implication de la famille et du milieu scolaire des jeunes à propos de la transition à la vie adulte et de l’élaboration de projets soit sans aucun doute essentielle, les compétences du conseiller d’orientation en matière d’accompagnement des élèves dans l’élaboration et la mise en œuvre d’un projet scolaire ou professionnel pourraient être également mises à profit pour mieux préparer et accompagner les jeunes adultes dans leur transition. Ainsi, les données analysées dans le cadre de cet essai indiquent qu’il y a une place à prendre pour les conseillers d’orientation dans le soutien des élèves vivant avec un handicap.

Étude vibroacoustique d'une suspension arrière de motoneige

La problématique liée au bruit des motoneiges est un enjeu important dans l’industrie des véhicules récréatifs. Il est donc nécessaire de trouver de nouvelles solutions technologiques qui permettront de concevoir des motoneiges plus silencieuses. La suspension arrière est un élément contribuant aux transferts des vibrations du véhicule qui, par la suite, peuvent créer un rayonnement sonore. Pour identifier les chemins de transfert vibroacoustique une méthodologie type TPA (Transfer Path Analysis) et OTPA (Operational Transfer Path Analysis) est mise en place. Cela consiste à utiliser des procédés expérimentaux pour obtenir une modélisation matricielle vibroacoustique de la suspension. Les résultats obtenus seront ensuite validés expérimentalement et permettront de proposer des solutions technologiques qui pourront être intégrées sur les nouveaux prototypes de motoneige.

Amélioration de la représentation des processus stochastiques pour l'optimisation appliquée à la gestion des systèmes hydriques

Dans un contexte de pression toujours plus grande sur les ressources naturelles, une gestion rationnelle des ressources hydriques s'impose. La principale difficulté de leur gestion provient du caractère aléatoire des apports en eau dans le système. Le sujet de cette recherche consiste à développer des méthodes d'optimisation stochastique capable de bien représenter les processus aléatoires. Le cas de Kemano, située en Colombie-Britannique (Canada), illustre les travaux de recherche. L'importante accumulation de neige sur les bassins versants engendre une hydrologie complexe, rendant la gestion du système délicate. La programmation dynamique stochastique est la méthode la plus utilisée pour déterminer la politique de gestion des réservoirs. Mais, son étude fait ressortir que cette méthode ne peut gérer que des modèles simplifiés des processus stochastiques, ne rendant pas compte des complexes corrélations spatio-temporelles des apports hydriques. Ainsi, la politique obtenue peut être de mauvaise qualité. Cette méthode est comparée avec la recherche directe de politique qui n'utilise pas de modèles pour représenter les processus stochastiques, mais évalue la politique sur des scénarios d'apports. Ainsi la recherche directe de politique se révèle globalement plus performante en prenant bien en considération la complexité des apports, mais est limitée par la forme prédéterminée de la politique. De plus, l'optimisation des paramètres en utilisant un algorithme évolutionnaire s'avère lente. La conception d'un algorithme de descente par gradient, combinée à une architecture "acteur-critique" appropriée, permet de réduire notablement le temps d'optimisation. Combinée à une fonction plus complexe employée pour la paramétrisation de la politique de gestion, la méthode permet d'obtenir une politique de qualité significativement supérieure à celle obtenue avec la programmation dynamique stochastique. Les travaux effectués dans le cadre de cette thèse ouvrent la voie à une application opérationnelle de la méthode de recherche directe de politique. L'évaluation en simulation devrait être appréciée des opérateurs en permettant une bonne représentation du système et des apports.

Cinétique de photolyse d’oxydes d’azote sous rayonnement UV

Le smog photochimique est un phénomène qui prend de l'ampleur dans les grandes villes industrialisées. Il est la cause de plusieurs maladies respiratoires. Son apparition provient majoritairement des polluants émis par les véhicules automobiles, soit les hydrocarbures et les oxydes d'azote. Le rayonnement du soleil interagit avec ces espèces chimiques et le dioxygène présent dans l'atmosphère pour mener à une production d'ozone troposphérique importante. L'ozone en basse altitude endommage les écosystèmes et est nocif pour la santé humaine. Le sujet de recherche est d'abord axé sur la réaction limitante du processus qui crée le smog photochimique : la photolyse du dioxyde d'azote. Quoique cette réaction est assez bien connue dans la littérature en phase gazeuse, les données expérimentales en phase condensée sont manquantes. Les travaux ont été effectués dans le but de combler le manque d'information à ce sujet. En premier lieu, les conditions optimales pour l'isolation du NO[indice inférieur 2] par matrice de gaz rare ont été déterminées. Par la suite, l'irradiation des échantillons du mélange NO[indice inférieur 2] et gaz rare a été effectuée. Par spectroscopie infrarouge à angle rasant, il a été possible de suivre l'évolution de la destruction des molécules de NO[indice inférieur 2] en fonction du temps. Différentes hypothèses sont émises afin d'interpréter les données de cinétique obtenues. Ces hypothèses sont alors testées à partir d'expériences sous-jacentes ou expliquées selon des principes théoriques. Finalement, un modèle exprimant le profil du champ électrique à l'intérieur de films minces a été construit. Ce modèle s'inspire des effets d'interférences observés par spectroscopie d'absorption-réflexion. En guise de conclusion, une proposition d'expérience pour supporter le modèle du champ électrique est décrite. La portée du modèle s'étend à tous les processus impliquant un rayonnement lumineux sur une surface réfléchissante. Bien qu'il serve principalement à expliquer le taux de photolyse observé dans le cadre du projet de maîtrise, le modèle est applicable à plusieurs spectroscopies en réflexion.

Conception, fabrication et validation d'un banc d'essais pour la caractérisation de cellules photovoltaïques sur une large plage de température

L'énergie solaire est une source d'énergie renouvelable et naturellement disponible partout sur terre. Elle est donc tout indiquée pour remplacer à long terme une part importante des combustibles fossiles dans le portrait énergétique mondial. Comme toutes les formes d'énergie utilisées par la société, l'énergie solaire n'échappe pas aux lois économiques et son adoption dépend directement du coût par unité d'énergie produite. Plusieurs recherches et développements technologiques cherchent à réduire ce coût par différents moyens. Une de ces pistes est l'intégration de deux technologies solaires, la technologie photovoltaïque et la technologie thermique, au sein d'un même système. La conception d'un tel système pose plusieurs défis technologiques, le plus important étant sans contredit la compétition entre la quantité d'électricité produite et la qualité de la chaleur. En effet, ces deux variables varient de manière opposée par rapport à la température~: le rendement des cellules photovoltaïques a tendance à diminuer à haute température alors que la valeur utile de l'énergie thermique tend à augmenter. Une conception judicieuse d'un système photovoltaïque/thermique (PV/T) devra donc prendre en compte et connaître précisément le comportement d'une cellule à haute température. Le présent projet propose de concevoir un système permettant la caractérisation de cellules photovoltaïques sur une large plage de température. Premièrement, une revue de littérature pose les bases nécessaires à la compréhension des phénomènes à l'origine de la variation de la performance en fonction de la température. On expose également différents concepts de système PV/T et leur fonctionnement, renforçant ainsi la raison d'être du projet. Deuxièmement, une modélisation théorique d'une cellule photovoltaïque permet de définir grossièrement le comportement attendu à haute température et d'étudier l'importance relative de la variation du courant photogénéré et de la tension en circuit ouvert. Ce modèle sera plus tard comparé à des résultats expérimentaux. Troisièmement, un banc d'essais est conçu et fabriqué d'après une liste de critères et de besoins. Ce banc permet d'illuminer une cellule, de faire varier sa température de -20 °C à 200 °C et de mesurer la courbe I-V associée. Le système est partiellement contrôlé par un PC et la température est asservie par un contrôleur de type PID. Le banc a été conçu de manière à ce que la source de lumière soit aisément échangeable si un spectre différent est désiré. Finalement, le comportement du montage est validé en caractérisant une cellule au silicium et une autre à base de InGaP. Les résultats sont comparés aux prédictions du modèle et aux données de la littérature. Une étude d'incertitude permet également de cibler la source principale de bruit dans le système et propose des pistes d'améliorations à ce propos.