947 resultados para exome capture


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This document presents a tool able to automatically gather data provided by real energy markets and to generate scenarios, capture and improve market players’ profiles and strategies by using knowledge discovery processes in databases supported by artificial intelligence techniques, data mining algorithms and machine learning methods. It provides the means for generating scenarios with different dimensions and characteristics, ensuring the representation of real and adapted markets, and their participating entities. The scenarios generator module enhances the MASCEM (Multi-Agent Simulator of Competitive Electricity Markets) simulator, endowing a more effective tool for decision support. The achievements from the implementation of the proposed module enables researchers and electricity markets’ participating entities to analyze data, create real scenarios and make experiments with them. On the other hand, applying knowledge discovery techniques to real data also allows the improvement of MASCEM agents’ profiles and strategies resulting in a better representation of real market players’ behavior. This work aims to improve the comprehension of electricity markets and the interactions among the involved entities through adequate multi-agent simulation.

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From March 1994 to November 1995 24 cases of human parvovirus B19 infection were seen at the Infectious Diseases Department of the Hospital Universitário Antônio Pedro, Niterói - RJ. Serum samples for IgM detection (capture enzyme immunoassay) were positive from the 1st to the 27th day after the onset of the exathema. The classical features of erythema infectiosum (slapped cheecked syndrome) were observed in 8 (33.3%) cases all of them children. Eight patients (6 adults and 2 children) presented a symmetrical polyartropathy, seen more frequently in women. These results show that B19 infection diagnosis is difficult when the disease does not present the classical features and because of the frequent involvement of the joints this infection should be considered in the differential diagnosis of early rheumatoid arthritis.

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Dissertation presented at the Faculdade de Ciências e Tecnologia da Universidade Nova de Lisboa to obtain the Master degree in Electrical and Computer Engineering.

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The persistence, in some subjects, of specific IgM antibodies to Toxoplasma gondii for several months after the acute phase of infection has complicated the interpretation of serological test results for toxoplasmosis. Several reports have emphasized the value of the detection of Toxoplasma-specific IgA antibodies for the diagnosis of acute toxoplasmosis. In this article, we report the follow-up profiles of Toxoplasma-specific IgM and IgA antibodies in serum samples obtained from 12 patients at various intervals after the onset of the clinical manifestations of infection. IgM antibodies were detected by the indirect immunofluorescence (IIF) test, antibody capture enzyme-linked immunosorbent assay (cELISA) and enzyme-mediated chemilluminescent technique (CmL). IgA antibodies were quantified by the direct ELISA (dELISA) and cELISA procedures. As defined by the manufacturer of the cELISA test for IgA used, most patients with acute toxoplasmosis have antibody levels > 40 arbritary units per ml (AU/ml). At values > 40 AU/ml, the cELISA for IgA detected significant antibody levels for a shorter time than the other techniques used for IgM and IgA detection. However, IgA levels £ 40 AU/ml do not exclude the possibility of acute toxoplasmosis since such levels can be reached very soon after infection with T. gondii. The results obtained in the present study show that the serological diagnosis of acute toxoplasmosis may not be such an easy task. Our data suggest that use of the IgA-cELISA concomitantly with IgM antibody screening could permit, in some circumstances, a more efficient diagnosis of acute acquired toxoplasmosis

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A constante evolução da tecnologia permitiu ao ser humano a utilização de dispositivos electrónicos nas suas rotinas diárias. Estas podem ser afetadas quando os utilizadores sofrem de deficiências ou doenças que afetam as suas capacidades motoras. Com o intuito de minimizar este obstáculo surgiram as Interfaces Homem-Computador (HCI). É neste panorama que os sistemas HCI baseados em Eletroculografia (EOG) assumem um papel preponderante na melhoria da qualidade de vida destes indivíduos. A Eletroculografia é o resultado da aquisição do movimento ocular, que pode ser adquirido através de diversos métodos. Os métodos mais convencionais utilizam elétrodos de superfície para aquisição dos sinais elétricos, ou então, utilizam sistemas de gravação de vídeo, que gravam o movimento ocular. O objetivo desta tese é desenvolver um sistema HCI baseado em Eletroculografia, que adquire o sinal elétrico do movimento ocular através de elétrodos de superfície. Para tal desenvolveu-se um circuito eletrónico para a aquisição do sinal de EOG, bem como um algoritmo em Python para análise do mesmo. O circuito foi desenvolvido recorrendo a seis módulos diferentes, cada um deles com uma função específica. Para cada módulo foi necessário desenhar e implementar placas de circuito impresso, que quando conectadas entre si permitem filtrar, amplificar e digitalizar os sinais elétricos, adquiridos através de elétrodos de superfície, originados pelo movimento ocular. O algoritmo criado em Python permite analisar os dados provenientes do circuito e converte-os para coordenadas. Através destas foi possível determinar o sentido e a amplitude do movimento ocular.

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Dissertação apresentada para obtenção do Grau de Doutor em Ciências do Ambiente, pela Universidade Nova de Lisboa, Faculdade de Ciências e Tecnologia

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Dissertação apresentada para a obtenção do Grau de Doutor em Informática pela Universidade Nova de Lisboa, Faculdade de Ciências e Tecnologia

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We report the detection of specific IgA antibodies and the determination of IgG avidity in sequential serum samples from a patient exhibiting significant levels of Toxoplasma-specific IgM antibodies for seven years after the onset of the clinical symptoms of toxoplasmosis. IgM antibodies were detected by an indirect immunofluorescence test and by three commercial enzyme-linked immunosorbent assays (ELISA). Anti-T. gondii IgA was quantified by the a-capture ELISA technique using a commercial kit. As defined by the manufacturer of the IgA ELISA test used, most patients with acute toxoplasmosis have antibody levels > 40 arbitrary units per ml (AU/mL). At this cut-off level, the patient still had a positive ELISA result (45 AU/mL) in a serum sample taken one year after the beginning of clinical manifestations. The IgG avidity-ELISA test was performed with the Falcon assay screening test (F.A.S.T.®) - ELISA system. Avidity indices compatible with a recent Toxoplasma infection were found only in serum samples taken during the first 5 months after the onset of the clinical symptoms of toxoplasmosis. These results show that the interpretation of positive IgM results as indicative of recently acquired toxoplasmosis requires additional laboratory confirmation either by other tests or by the demonstration of a significant rise in the antibody titers in sequential serum samples.

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Structure and Infrastructure Engineering, 1-17

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O cancro é uma das principais causas de morte em todo o mundo. Entre as mulheres, o cancro da mama é o mais frequente. A deteção precoce do cancro é de extrema importância na medida em que pode aumentar as possibilidades de cura dos pacientes e contribuir para a diminuição da taxa de mortalidade desta doença. Um método que tem contribuído para a deteção precoce do cancro é a análise de biomarcadores. Biomarcadores associados ao cancro da mama, como o Recetor 2 do Fator de Crescimento Epidérmico Humano (HER2) e o Antigénio Carbohidratado 15-3 (CA 15-3), podem ser detetados através de dispositivos como os biossensores. Neste trabalho foram desenvolvidos dois imunossensores eletroquímicos para a análise de HER2 e CA 15-3. Para ambos os sensores foram utilizados, como transdutores, elétrodos serigrafados de carbono. A superfície destes transdutores foi nanoestruturada com nanopartículas de ouro. Foram realizados imunoensaios não-competitivos (do tipo sandwich) em ambos os imunossensores, cuja estratégia consistiu na (i) imobilização do respetivo anticorpo de captura na superfície nanoestruturada dos elétrodos, (ii) bloqueio da superfície com caseína, (iii) incubação com uma mistura do analito (HER2 ou CA 15-3) e o respetivo anticorpo de deteção biotinilado, (iv) adição de estreptavidina conjugada com fosfatase alcalina (S-AP; a AP foi utilizada como marcador enzimático), (v) adição de uma mistura do substrato enzimático (3-indoxil fosfato) e nitrato de prata, e (vi) deteção do sinal analítico através da redissolução anódica, por voltametria de varrimento linear, da prata depositada enzimaticamente. Com as condições experimentais otimizadas, foi estabelecida a curva de calibração para a análise de HER2 em soro, entre 15 e 100 ng/mL, obtendo-se um limite de deteção de 4,4 ng/mL. Para o CA 15-3 a curva de calibração (em solução aquosa) foi estabelecida entre 15 e 250 U/mL, obtendo-se um limite de deteção de 37,5 U/mL. Tendo em conta o valor limite (cutoff value) estabelecido para o HER2 (15 ng/mL) pode-se comprovar a possível utilidade do imunossensor desenvolvido para o diagnóstico precoce e descentralizado do cancro da mama. No caso do CA 15-3 serão necessários estudos adicionais para se poder avaliar a utilidade do imunossensor para o diagnóstico do cancro da mama.

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Este documento foi redigido no âmbito da Tese, do Mestrado em Engenharia Informática na área de Tecnologias do Conhecimento e Decisão, do Departamento de Engenharia Informática, do ISEP, cujo tema é classificação de sons cardíacos usando motifs. Neste trabalho, apresenta-se um algoritmo de classificação de sons cardíacos, capaz de identificar patologias cardíacas. A classificação do som cardíaco é um trabalho desafiante dada a dificuldade em separar os sons ambiente (vozes, respiração, contacto do microfone com superfícies como pele ou tecidos) ou de ruído dos batimentos cardíacos. Esta abordagem seguiu a metodologia de descoberta de padrões SAX (motifs) mais frequentes, em séries temporais relacionando-os com a ocorrência sistólica (S1) e a ocorrência diastólica (S2) do coração. A metodologia seguida mostrou-se eficaz a distinguir sons normais de sons correspondentes a patologia. Os resultados foram publicados na conferência internacional IDEAS’14 [Oliveira, 2014], em Julho deste ano. Numa fase seguinte, desenvolveu-se uma aplicação móvel, capaz de captar os batimentos cardíacos, de os tratar e os classificar. A classificação dos sons é feita usando o método referido no parágrafo anterior. A aplicação móvel, depois de tratar os sons, envia-os para um servidor, onde o programa de classificação é executado, e recebe a resposta da classificação. É também descrita a arquitetura aplicacional desenhada e as componentes que a constituem, as ferramentas e tecnologias utilizadas.

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Os agentes quelantes, como é o caso do EDTA, são utilizados numa ampla variedade de indústrias como a indústria têxtil, da pasta de papel, alimentar, de cosméticos ou de detergentes. Contudo, os agentes complexantes sintéticos, habitualmente usados, não são biodegradáveis, pelo que a sua acumulação no meio ambiente constitui motivo de preocupação. Deste modo, existe um interesse crescente na substituição destes compostos por compostos similares biodegradáveis sendo, deste modo, ambientalmente amigáveis. Alguns microrganismos são capazes de produzir moléculas com capacidade de captar metais. Um desses exemplos são os sideróforos: compostos produzidos por bactérias, fungos e plantas gramíneas, com capacidade de formar quelatos muito estáveis com o ferro. A presente dissertação teve como objetivo estudar o efeito de diferentes condições culturais e nutricionais na produção de sideróforo pela bactéria Bacillus megaterium. A avaliação da produção de sideróforo, utilizando o método colorimétrico Chrome Azurol S (CAS), durante o crescimento da bactéria, em meio de cultura deficiente em ferro, na presença de 5 ou de 20 g/L de glucose, mostrou que o início da sua produção ocorre, durante a fase exponencial de crescimento, não está relacionada com a esporulação e não é afetada pela concentração de glucose. Contudo, o crescimento da bactéria na presença de diferentes fontes de carbono (glicerol, frutose, galactose, glucose, manose, lactose, maltose ou sacarose) evidenciou que a produção de sideróforo é afetada pelo tipo de fonte de carbono. O crescimento na presença de glicerol promoveu a maior produção de sideróforo; efeito inverso foi observado na presença de manose. A bactéria B. megaterium, quando crescida na presença de frutose, galactose, glucose, lactose, maltose ou sacarose, produziu concentrações similares de sideróforo. O aumento da concentração de arginina, no meio de cultura, não aumentou a produção de sideróforo. A agitação apresentou um efeito positivo na produção de sideróforo; o crescimento em condições estáticas atrasou e diminuiu a produção de sideróforo. Em conclusão, o glicerol parece constituir uma fonte de carbono alternativa, aos monossacáridos e dissacáridos, para a produção de sideróforo. A agitação apresenta um efeito positivo na produção de sideróforo pela bactéria B. megaterium ATCC 19213.

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A monitorização da atividade física é um tema que tem adquirido cada vez mais importância. Tal deve-se ao crescente sedentarismo da população em geral e adquirindo níveis muito elevados de importância devido a vários fatores como por exemplo o enorme crescimento tecnológico e menor tempo de lazer. Cada vez mais a população tem a tendência de substituir atividades como uma simples caminhada para o trabalho ou escola por algum tipo de tecnologia que reduz o consumo energético do corpo, sendo paradigmático o uso (excessivo) de viaturas automóveis. Em consequência da escassez de atividade física, doenças como a obesidade e problemas cardíacos têm vindo a aumentar nas várias faixas etárias, mas assume uma particular relevância em crianças. Nas últimas décadas têm aumentado as iniciativas de investigação com o objetivo de compreender os fatores que afetam a prática de atividade física para posteriormente a potenciar. Existem diversos métodos contudo, destaca-se preferencialmente os de observação direta, com observadores presentes. No entanto estes apresentam algumas limitações. Consequentemente são necessários esforços de investigação adicionais e novas técnicas ou metodologias. Nesta dissertação pretende-se contribuir ativamente para a investigação na área da promoção de atividade física através da utilização de vídeo, com uma análise realizada sobre dois pontos principais. Primeiro são analisadas métodos do estado de arte que requerem a presença de observadores e de que forma a captura de vídeos pode ser utilizada como alternativa ou complemento. De seguida, é realizado um estudo e avançada uma proposta inicial para utilizar mecanismos de processamento e classificação automática da atividade em alternativa ao observador humano.

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Two passive methods in the assessment of intradomiciliary infestation by Rhodnius ecuadoriensis were tested: (i) the Gomes Nuñez sensor box (GN), (ii) sheets of white typing paper and (iii) one active timed manual method. The study was carried out in the Alto Chicama River Valley, Province of Gran Chimú, Department of La Libertad. The study design consisted of an initial searching of triatomines inside of the domestic environment by the manual capture active procedure (man/hour) covering all the studied houses. Then, matched pairs of GN boxes and paper sheets were simultaneously installed in the bedrooms of 207 households distributed in 19 localities. A comparative prospective trial of these passive detection devices were monitored at 2, 4 and, finally 6 months follow-up. Parasitological Trypanosoma rangeli and/or T. cruzi infections were investigated in two houses with high level of infestation by R. ecuadoriensis. 16.9% of the 207 households investigated by an initial active manual method were infested with R. ecuadoriensis. The proportion of infested houses fluctuated from 6.2 to 55.5% amongst the 19 localities investigated. T. rangeli natural infection was detected in R. ecuadoriensis specimens collected in two households. Parasite rates in the bugs ranged from 16.6 to 21.7% respectively. The most striking fact was an average rate of salivary gland infection ranging from 7.4 to 8.3%. At the end of the sixth month period, a cumulative incidence of 31.4% of positive GN boxes against 15.9% for paper sheets was recorded. All three methods combined detected domestic infestation in 129 (62.3%) of the 207 houses studied in the 19 localities. The range of houses infested varies from 6.7% to 92.9%. In areas with low bug density infestation rates, the methodology experienced in our studies, seems to be the best choice for investigations on domestic R. ecuadoriensis populations.

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Accepted in 13th IEEE Symposium on Embedded Systems for Real-Time Multimedia (ESTIMedia 2015), Amsterdam, Netherlands.