Pipeline for macro- and microarray analyses

The pipeline for macro- and microarray analyses (PMmA) is a set of scripts with a web interface developed to analyze DNA array data generated by array image quantification software. PMmA is designed for use with single- or double-color array data and to work as a pipeline in five classes (data format, normalization, data analysis, clustering, and array maps). It can also be used as a plugin in the BioArray Software Environment, an open-source database for array analysis, or used in a local version of the web service. All scripts in PMmA were developed in the PERL programming language and statistical analysis functions were implemented in the R statistical language. Consequently, our package is a platform-independent software. Our algorithms can correctly select almost 90% of the differentially expressed genes, showing a superior performance compared to other methods of analysis. The pipeline software has been applied to 1536 expressed sequence tags macroarray public data of sugarcane exposed to cold for 3 to 48 h. PMmA identified thirty cold-responsive genes previously unidentified in this public dataset. Fourteen genes were up-regulated, two had a variable expression and the other fourteen were down-regulated in the treatments. These new findings certainly were a consequence of using a superior statistical analysis approach, since the original study did not take into account the dependence of data variability on the average signal intensity of each gene. The web interface, supplementary information, and the package source code are available, free, to non-commercial users at http://ipe.cbmeg.unicamp.br/pub/PMmA.

Trans fatty acid intake is associated with insulin sensitivity but independently of inflammation

High saturated and trans fatty acid intake, the typical dietary pattern of Western populations, favors a proinflammatory status that contributes to generating insulin resistance (IR). We examined whether the consumption of these fatty acids was associated with IR and inflammatory markers. In this cross-sectional study, 127 non-diabetic individuals were allocated to a group without IR and 56 to another with IR, defined as homeostasis model assessment-IR (HOMA-IR) >2.71. Diet was assessed using 24-h food recalls. Multiple linear regression was employed to test independent associations with HOMA-IR. The IR group presented worse anthropometric, biochemical and inflammatory profiles. Energy intake was correlated with abdominal circumference and inversely with adiponectin concentrations (r = -0.227, P = 0.002), while saturated fat intake correlated with inflammatory markers and trans fat with HOMA-IR (r = 0.160, P = 0.030). Abdominal circumference was associated with HOMA-IR (r = 0.430, P < 0.001). In multiple analysis, HOMA-IR remained associated with trans fat intake (β = 1.416, P = 0.039) and body mass index (β = 0.390, P < 0.001), and was also inversely associated with adiponectin (β = -1.637, P = 0.004). Inclusion of other nutrients (saturated fat and added sugar) or other inflammatory markers (IL-6 and CRP) into the models did not modify these associations. Our study supports that trans fat intake impairs insulin sensitivity. The hypothesis that its effect could depend on transcription factors, resulting in expression of proinflammatory genes, was not corroborated. We speculate that trans fat interferes predominantly with insulin signaling via intracellular kinases, which alter insulin receptor substrates.

Microglia and neurons in the hippocampus of migratory sandpipers

The semipalmated sandpiper Calidris pusilla and the spotted sandpiper Actitis macularia are long- and short-distance migrants, respectively. C. pusilla breeds in the sub-arctic and mid-arctic tundra of Canada and Alaska and winters on the north and east coasts of South America. A. macularia breeds in a broad distribution across most of North America from the treeline to the southern United States. It winters in the southern United States, and Central and South America. The autumn migration route of C. pusilla includes a non-stop flight over the Atlantic Ocean, whereas autumn route of A. macularia is largely over land. Because of this difference in their migratory paths and the visuo-spatial recognition tasks involved, we hypothesized that hippocampal volume and neuronal and glial numbers would differ between these two species. A. macularia did not differ from C. pusilla in the total number of hippocampal neurons, but the species had a larger hippocampal formation and more hippocampal microglia. It remains to be investigated whether these differences indicate interspecies differences or neural specializations associated with different strategies of orientation and navigation.

Alterações estruturais in vivo dos isômeros todo-trans, 9-cis e 13-cis do beta-caroteno

Com o objetivo de verificar alterações estruturais nos isômeros todo-trans, 9- e 13-cis do beta-caroteno foi realizado um ensaio biológico baseado no modelo de esgotamento das reservas hepáticas de carotenóides em ratos. Animais depletados desses carotenóides receberam, durante quinze dias, os isômeros puros todo-trans, 9-cis e 13-cis do beta-caroteno. Ao final deste período, verificou-se a ocorrência de re-isomerização in vivo desses isômeros, a partir da quantificação dos mesmos depositados no fígado dos animais. Foi observada re-isomerização do 9-cis em todo-trans, do todo-trans em 9-cis, do 13-cis em 9-cis e todo-trans. O 13-cis foi mais susceptível à isomerização que o 9-cis, pois este último passou a todo-trans e nunca a 13-cis. Já o 13-cis, tanto pode se transformar em 9-cis quanto em todo-trans.

Determination of trans-10-hydroxy-2-decenoic acid (10-HDA) in royal jelly from São Paulo State, Brazil

The 10-HDA content in Brazilian samples (São Paulo State) of royal jelly (RJ) was analyzed using an HPLC method based on the work by BLOODWORTH et al. [2]. The chromatographic conditions were: isocratic system, reversed phase C18-H column, auto sampler, diode array UV-VIS detector adjusted to 225nm, mobile phase composed by methanol/water (45:55) at pH= 2.5 adjusted with phosphoric acid; a-naphtol was used as internal standard, and the running time was 30min. By statistical analysis of the results, the 10-HDA contents of the samples analyzed seem to have two ranges: 1.8% and 3% (w/w), that would be useful to qualify the RJ. This is the first data regarding 10-HDA content of Brazilian RJ.

Perfil de ácidos graxos trans de óleo e gordura hidrogenada de soja no processo de fritura

O objetivo desse estudo foi avaliar as alterações dos ácidos graxos e a formação de isômeros trans, durante o aquecimento de óleo de soja (OS) e gordura parcialmente hidrogenada de soja (GPHS) no processo de fritura de batata por 100 horas com reposição lipídica. O perfil de ácidos graxos foi avaliado através de cromatografia gasosa em coluna capilar de 100m. Os ácidos graxos monoinsaturados trans foram os predominantes entre os isômeros trans. A partir de 10 horas de fritura, o OS formou 2,1% de isômeros mono trans e ao final de 50 horas este valor passou a 14,3% contra uma diminuição do total de ácidos graxos poliinsaturados, que passou de 59,9% antes do processamento para 32,6% após 50h de fritura. Entretanto, a GPHS apresentou 20,2% de ácidos graxos mono trans antes de ser submetida à fritura e após 50 horas apresentou uma concentração de 28%. Houve também, uma diminuição do total de ácidos graxos essenciais séries ômega6 e ômega3, de 12,8% para 7,3% no mesmo período. Os resultados obtidos revelaram que isômeros trans são formados no óleo e na gordura durante o processo de fritura, sendo que a formação de isômeros trans, ocorreu em menor proporção na GPHS, confirmando a sua maior estabilidade em relação ao OS. Estes resultados indicam a importância de se identificar os ácidos graxos trans nos óleos e gorduras ulizadas em processos de fritura.

Desenvolvimento de salgadinhos com teores reduzidos de gordura saturada e de ácidos graxos trans

A gordura vegetal hidrogenada, veículo convencional para aromatização de salgadinhos, foi substituída parcial ou totalmente por óleo de canola, gerando um novo salgadinho com 73,8% de redução da gordura saturada em relação aos salgadinhos disponíveis no mercado e eliminação dos ácidos graxos trans. Foi avaliado o impacto desta substituição sobre as características sensoriais do produto. Ao se substituir totalmente a gordura, a alteração de cor, medida pela variação da somatória dos atributos de cor deltaE, foi de 2,04. A substituição da gordura em até 50% não alterou a textura significativamente (p<0,05); entretanto, quando esta substituição foi igual ou superior a 75% houve diferença em relação à amostra padrão. Foi percebida alteração de textura pelos provadores quando a amostra padrão (22% gordura) foi confrontada com a amostra aromatizada com 22% de óleo. A amostra padrão apresentou maior aceitabilidade sensorial. Pelos resultados, concluiu-se que as características sensoriais do produto são fracamente afetadas pela substituição da gordura vegetal hidrogenada pelo óleo de canola. Abordagens como esta podem ser utilizadas em escala industrial, gerando produtos diferenciados e contribuindo para diminuição da ingestão dos ácidos graxos saturados e ácidos graxos trans.

Perfil lipídico de ovos desidratados com ênfase no seu teor de gorduras trans

O presente trabalho objetivou a determinação do perfil lipídico de ovos integrais desidratados, bem como de gemas desidratadas, a fim de enfatizar seu conteúdo de ácidos graxos de configuração trans. A fração lipídica das amostras foi extraída com hexano/isopropanol e, a seguir, metilada. Os ácidos graxos foram identificados via cromatografia gasosa. Constatou-se que a natureza lipídica dos ovos tem caráter predominantemente insaturado: 63,65% dos lipídios totais nos ovos integrais e 62,63% nas gemas. Além disso, foram identificados apenas traços de gorduras trans (0,24% nos ovos integrais e 0,27% nas gemas).

Avaliação do consumo e análise da rotulagem nutricional de alimentos com alto teor de ácidos graxos trans

Nas últimas décadas, diversos estudos vêm sendo realizados visando avaliar os efeitos dos ácidos graxos trans sobre o organismo e identificar seu mecanismo de ação. Entretanto, somente a cerca de um ano, este item foi incluído na rotulagem nutricional obrigatória brasileira, permitindo ao consumidor controlar o consumo de ácidos graxos trans. Assim, o objetivo deste estudo foi avaliar a adequação de alguns alimentos com alto teor de ácidos graxos trans (biscoitos, sorvetes, chocolates e fast-food) frente à legislação pertinente e, ainda, o consumo diário por adultos e crianças observando a recomendação da OMS. A avaliação da rotulagem nutricional demonstrou que a maioria das amostras analisadas ainda não se adequou à nova legislação. Com base na análise dos questionários de consumo, identificou-se que 39,7% dos adultos e 41,4% das crianças consomem, diariamente, pelo menos um alimento com alto teor de ácidos graxos trans. Observou-se ainda, através do consumo estimado, que a ingestão parcial ou total destes produtos ultrapassa a recomendação diária para adultos (2 g) e crianças (1 ano-0,8 g e 10 anos-1,9 g). Assim, uma atuação efetiva dos órgãos de fiscalização e a promoção de ações educativas visando à menor utilização desses produtos na alimentação deveriam ser estimuladas.

Ácidos graxos trans em óleos vegetais refinados poli-insaturados comercializados no estado de São Paulo, Brasil

Neste trabalho são apresentados os resultados da composição de ácidos graxos, principalmente trans, de óleos vegetais poli-insaturados refinados, coletados no comércio do estado de São Paulo entre os anos de 2005 e 2007. Foram analisadas 34 amostras de óleo de soja, 7 de girassol, 2 de canola e 6 de milho. Os ésteres metílicos de ácidos graxos foram preparados por transesterificação alcalina a frio e analisados por cromatografia gasosa em coluna capilar de 100 m (SP 2560), após a otimização das condições analíticas. Dezesseis amostras de óleo de soja, duas de canola e quatro de girassol apresentaram níveis de ácidos graxos trans acima de 2,0% (p/p de ésteres metílicos). De acordo com a Resolução RDC 360/2003 da ANVISA/MS, é obrigatória a declaração dos níveis de ácidos graxos trans na rotulagem dos alimentos embalados quando os teores forem superiores a 0,2 g na porção do alimento. No caso de óleos vegetais, a porção é de 13 mL (uma colher de sopa) e, portanto, na rotulagem nutricional de várias amostras deverá constar valor superior a zero. A melhoria no processo de refino dos óleos vegetais insaturados como soja, canola e girassol, pelo controle das temperaturas de desodorização, poderá contribuir para atender às recomendações da Organização Mundial de Saúde, no sentido de minimizar os níveis de ácidos graxos trans dos alimentos preservando a saúde da população.

Storage stability of snacks with reduced saturated and trans fatty acids contents

Partially hydrogenated vegetable oil has been used in snack flavoring for its ability to entrap hydrophobic aroma compounds. However, increasing concerns about the health risks of saturated and trans fatty acids (TFA) consumption led to the development of alternative agents for this use. We studied the use of rapeseed oil (O) as a replacement for partially hydrogenated vegetable oil (F) in snack flavoring. Products with several different rapeseed oil contents were designed, packed, and then stored for twenty weeks at room temperature. Fatty acids compositions, TBA reactive substances (TBARS), shear strength and sensory acceptability were assessed throughout storage time. Total replacement reduced saturated fat by 72.5% in relation to market available snacks. TFA were initially absent in these products, but their production occurred spontaneously on the 8th week with gradual increase during storage up to levels still lower than those observed in commercially available snacks. Low TBARS levels and stability of shear strength during the twenty-week of storage were also observed. Snacks flavored with F or O were equally well accepted during the storage period. It is feasible to develop a storage stable snack with reduced saturated and trans fatty acid contents while maintaining the high sensory acceptability typical of this food product.

(A) Photoregulation of DNA Functions by Cyclic Azobenzene-tethered Oligonucleotides (B) Site-specific Fluorescent Labeling of DNA using Inverse Electron Demand Diels-Alder Reaction between trans-Cyclooctene Derivatives and BODIPY-Tetrazine Adducts

(A) Most azobenzene-based photoswitches require UV light for photoisomerization, which limit their applications in biological systems due to possible photodamage. Cyclic azobenzene derivatives, on the other hand, can undergo cis-trans isomerization when exposed to visible light. A shortened synthetic scheme was developed for the preparation of a building block containing cyclic azobenzene and D-threoninol (cAB-Thr). trans-Cyclic azobenzene was found to thermally isomerize back to the cis-form in a temperature-dependent manner. cAB-Thr was transformed into the corresponding phosphoramidite and subsequently incorporated into oligonucleotides by solid phase synthesis. Melting temperature measurement suggested that incorporation of cis-cAB into oligonucleotides destabilizes DNA duplexes, these findings corroborate with circular dichroism measurement. Finally, Fluorescent Energy Resonance Transfer experiments indicated that trans-cAB can be accommodated in DNA duplexes. (B) Inverse Electron Demand Diels-Alder reactions (IEDDA) between trans-olefins and tetrazines provide a powerful alternative to existing ligation chemistries due to its fast reaction rate, bioorthogonality and mutual orthogonality with other click reactions. In this project, an attempt was pursued to synthesize trans-cyclooctene building blocks for oligonucleotide labeling by reacting with BODIPY-tetrazine. Rel-(1R-4E-pR)-cyclooct-4-enol and rel-(1R,8S,9S,4E)-Bicyclo[6.1.0]non-4-ene-9-ylmethanol were synthesized and then transformed into the corresponding propargyl ether. Subsequent Sonogashira reactions between these propargylated compounds with DMT-protected 5-iododeoxyuridine failed to give the desired products. Finally a methodology was pursued for the synthesis of BODIPY-tetrazine conjugates that will be used in future IEDDA reactions with trans-cyclooctene modified oligonucleotides.

Daños a la salud en enfermeras (os) con exposición crónica agaes de residuo en unidades trans-operatorias [por] Oralia Pacheco Montes

Tesis (Maestría en enfermería, con especialidad en Administración de Servicios de Enfermería) U.A.N.L.