Artificial zinc finger fusions targeting Sp1-binding sites and the trans-activator-responsive element potently repress transcription and replication of HIV-1.

Tat activates transcription by interacting with Sp1, NF-kappaB, positive transcription elongation factor b, and trans-activator-responsive element (TAR). Tat and Sp1 play major roles in transcription by protein-protein interactions at human immunodeficiency virus, type 1 (HIV-1) long terminal repeat. Sp1 activates transcription by interacting with cyclin T1 in the absence of Tat. To disrupt the transcription activation by Tat and Sp1, we fused Sp1-inhibiting polypeptides, zinc finger polypeptide, and the TAR-binding mutant Tat (TatdMt) together. A designed or natural zinc finger and Tat mutant fusion was used to target the fusion to the key regulatory sites (GC box and TAR) on the long terminal repeat and nascent short transcripts to disrupt the molecular interaction that normally result in robust transcription. The designed zinc finger and TatdMt fusions were targeted to the TAR, and they potently repressed both transcription and replication of HIV-1. The Sp1-inhibiting POZ domain, TatdMt, and zinc fingers are key functional domains important in repression of transcription and replication. The designed artificial zinc fingers were targeted to the high affinity Sp1-binding site, and by being fused with TatdMt and POZ domain, they strongly block both Sp1-cyclin T1-dependent transcription and Tat-dependent transcription, even in the presence of excess expressed Tat.

Test-retest reliability of thermal quantitative sensory testing on two sites within the L5 dermatome of the lumbar spine and lower extremity.

INTRODUCTION: Quantitative sensory testing (QST) is widely used in human research to investigate the integrity of the sensory function in patients with pain of neuropathic origin, or other causes such as low back pain. Reliability of QST has been evaluated on both sides of the face, hands and feet as well as on the trunk (Th3-L3). In order to apply these tests on other body-parts such as the lower lumbar spine, it is important first to establish reliability on healthy individuals. The aim of this study was to investigate intra-rater reliability of thermal QST in healthy adults, on two sites within the L5 dermatome of the lumbar spine and lower extremity. METHODS: Test-retest reliability of thermal QST was determined at the L5-level of the lumbar spine and in the same dermatome on the lower extremity in 30 healthy persons under 40 years of age. Results were analyzed using descriptive statistics and intraclass correlation coefficient (ICC). Values were compared to normative data, using Z-transformation. RESULTS: Mean intraindividual differences were small for cold and warm detection thresholds but larger for pain thresholds. ICC values showed excellent reliability for warm detection and heat pain threshold, good-to-excellent reliability for cold pain threshold and fair-to-excellent reliability for cold detection threshold. ICC had large ranges of confidence interval (95%). CONCLUSION: In healthy adults, thermal QST on the lumbar spine and lower extremity demonstrated fair-to-excellent test-retest reliability.

Cooperative kinking at distant sites in mechanically stressed DNA.

In cells, DNA is routinely subjected to significant levels of bending and twisting. In some cases, such as under physiological levels of supercoiling, DNA can be so highly strained, that it transitions into non-canonical structural conformations that are capable of relieving mechanical stress within the template. DNA minicircles offer a robust model system to study stress-induced DNA structures. Using DNA minicircles on the order of 100 bp in size, we have been able to control the bending and torsional stresses within a looped DNA construct. Through a combination of cryo-EM image reconstructions, Bal31 sensitivity assays and Brownian dynamics simulations, we have been able to analyze the effects of biologically relevant underwinding-induced kinks in DNA on the overall shape of DNA minicircles. Our results indicate that strongly underwound DNA minicircles, which mimic the physical behavior of small regulatory DNA loops, minimize their free energy by undergoing sequential, cooperative kinking at two sites that are located about 180° apart along the periphery of the minicircle. This novel form of structural cooperativity in DNA demonstrates that bending strain can localize hyperflexible kinks within the DNA template, which in turn reduces the energetic cost to tightly loop DNA.

Iniciativas públicas de redução da violência escolar no Brasil

Este artigo apresenta algumas ações do Poder Público que buscaram reduzir a violência em meio escolar. Tomando como exemplo as cidades de São Paulo, Porto Alegre e Belo Horizonte, examina algumas das modalidades de práticas que nascem a partir da década de 80, início do processo de democratização política do Brasil. Oscilando entre medidas de caráter educativo e iniciativas relacionadas à área de segurança, as ações ainda demandam continuidade e maior capacidade de impacto nas escolas públicas dessas cidades. No entanto, já é possível, a partir dessas experiências, traçar a trajetória emergente das políticas públicas destinadas à diminuição da violência nos estabelecimentos de ensino na sociedade brasileira.

Acesso de negros às universidades públicas

Neste artigo, restringirei a análise do movimento por ações afirmativas ao sistema de educação superior do país, setor mais visado pelas demandas dos militantes e, por isso mesmo, responsável pelo caráter de classe média dessas ações. Como veremos, tais demandas encontraram respostas quase que imediatas do sistema político brasileiro, tanto por parte do governo quanto por parte dos políticos, ainda que continuem despertando fortes resistências da sociedade civil. Meu propósito é compreender os motivos de reações tão díspares. Antes, porém, farei uma rápida apresentação dos problemas educacionais do país e também das medidas que vêm sendo adotadas pelo governo e pelo sistema político, em geral, para enfrentá-los.

High-throughput SELEX SAGE method for quantitative modeling of transcription-factor binding sites.

The ability to determine the location and relative strength of all transcription-factor binding sites in a genome is important both for a comprehensive understanding of gene regulation and for effective promoter engineering in biotechnological applications. Here we present a bioinformatically driven experimental method to accurately define the DNA-binding sequence specificity of transcription factors. A generalized profile was used as a predictive quantitative model for binding sites, and its parameters were estimated from in vitro-selected ligands using standard hidden Markov model training algorithms. Computer simulations showed that several thousand low- to medium-affinity sequences are required to generate a profile of desired accuracy. To produce data on this scale, we applied high-throughput genomics methods to the biochemical problem addressed here. A method combining systematic evolution of ligands by exponential enrichment (SELEX) and serial analysis of gene expression (SAGE) protocols was coupled to an automated quality-controlled sequence extraction procedure based on Phred quality scores. This allowed the sequencing of a database of more than 10,000 potential DNA ligands for the CTF/NFI transcription factor. The resulting binding-site model defines the sequence specificity of this protein with a high degree of accuracy not achieved earlier and thereby makes it possible to identify previously unknown regulatory sequences in genomic DNA. A covariance analysis of the selected sites revealed non-independent base preferences at different nucleotide positions, providing insight into the binding mechanism.

O gênero nas políticas públicas de educação no Brasil: 1988-2002

Orientado pela teoria das relações de gênero, este artigo examina as principais leis, planos e programas federais que especificam as diretrizes nacionais das políticas públicas de educação no Brasil. Entre os documentos privilegiados para análise destacam-se a Constituição Federal (CF/1988), a nova Lei de Diretrizes e Bases da Educação (LDB/1996), o Plano Nacional de Educação (PNE/2001) e os Parâmetros Curriculares Nacionais do Ensino Fundamental (PCN/1997). Mostramos que adotar a ótica de gênero para a análise dessas políticas permite avaliar como elas podem facilitar ou dificultar a aquisição de padrões democráticos, uma vez que a política educacional não tem um papel neutro, dissociado de preconceitos, entre os quais destacamos o de gênero.

O mal-estar do ensino religioso nas escolas públicas

O artigo apresenta os resultados de uma pesquisa realizada em 14 escolas da rede estadual do Rio de Janeiro, onde se analisou o processo de implementação do ensino religioso confessional como disciplina regular. Os depoimentos de 96 professores demonstraram que ainda que predomine o apoio à disciplina, há um mal-estar nas escolas quanto ao seu caráter confessional. O estudo mostrou também que a expectativa de reforço do controle social foi a base para a aceitação da disciplina pelos professores.

Different modulation of adipocytokine expression in four main white adipose tissue sites in the rat: mesenteric, perigonadal, retroperitoneal and subcutaneous

White adipose tissue (WAT) is a disperse organ acting as energy storage depot and endocrine/paracrine controlling factor in the management of energy availability and inflammation. WAT sites response under energy-related stress is not uniform. In the present study we have analyzed how different WAT sites respond to limited food restriction as a way to better understand the role of WAT in the pathogenesis of the metabolic syndrome.

The development of a web page for lipid science and research. Main web sites of interest

En internet encontramos gran cantidad de información científico-técnica cuya validez no suele estar controlada por comités correctores. Para aprovechar estos recursos es necesario filtrar y facilitar el acceso del usuario a la información. En este artículo se expone la experiencia práctica en el desarrollo de una página WEB centrada en las actividades del grupo de investigación «Calidad Nutricional y Tecnología de los Lípidos». Los objetivos de esta página WEB fueron los siguientes: difusión de las actividades del grupo de investigación, aprovechar los recursos que ofrece internet y fomentar y facilitar su uso. Esta experiencia permitió presentar una metodología de trabajo eficaz para conseguir estos objetivos. Finalmente, se presentan un gran número de direcciones WEB agrupadas por apartados en el ámbito de los lípidos. Estas direcciones han sido rigurosamente seleccionadas, entre un gran número de referencias consultadas, siguiendo una serie de criterios que se discuten en este trabajo, para ofrecer aquellas que presentan un mayor interés práctico.

Trabalho e maternidade na Europa, condições de trabalho e políticas públicas

Nosso objetivo é estudar qual será a atitude das mulheres em face da maternidade e do emprego conforme os efeitos que a presença de um filho venha a exercer sobre suas condições e perspectivas de trabalho; e medir os efeitos positivos ou negativos de políticas públicas sobre suas decisões. Apresentaremos alguns resultados referentes ao custo dos filhos em termos de emprego e de eficácia das políticas públicas. A primeira parte é dedicada às estimativas dos efeitos específicos da maternidade sobre a participação no mercado de trabalho e sua duração. A segunda parte refere-se às políticas públicas implementadas em 15 países europeus em apoio ao modelo da família onde ambos os cônjuges trabalham. Essa comparação baseia-se na construção de indicadores compatibilizados que sintetizam as informações de um conjunto exaustivo de dados quantitativos e qualitativos sobre três formas de intervenção pública: os serviços de educação e cuidado infantil, as licenças ligadas ao nascimento e as ajudas diretas às famílias.

Arenavirus envelope glycoproteins mimic autoprocessing sites of the cellular proprotein convertase subtilisin kexin isozyme-1/site-1 protease.

A crucial step in the arenavirus life cycle is the proteolytic processing of the viral envelope glycoprotein precursor (GPC) by the cellular proprotein convertase (PC) subtilisin kexin isozyme-1 (SKI-1)/site-1 protease (S1P). Here we conducted a systematic and quantitative analysis of SKI-1/S1P processing of peptides derived from the recognition sites of GPCs of different Old World and New World arenaviruses. We found that SKI-1/S1P showed a strong preference for arenaviral sequences resembling its autoprocessing sites, which are recurrent motifs in arenaviral GPCs. The African arenaviruses Lassa, Mobala, and Mopeia resemble the SKI-1/S1P autoprocessing C-site, whereas sequences derived from Clade B New World viruses Junin and Tacaribe have similarities to the autoprocessing B-site. In contrast, analogous peptides derived from cellular SKI-1/S1P substrates were remarkably poor substrates. The data suggest that arenavirus GPCs evolved to mimic SKI-1/S1P autoprocessing sites, likely ensuring efficient cleavage and perhaps avoiding competition with SKI-1/S1P's cellular substrates.

O coordenador pedagógico: aportes à proposição de políticas públicas

No âmbito das reflexões sobre as políticas públicas da educação básica, o artigo discute a função do coordenador pedagógico na escola, na perspectiva da melhoria da qualidade do ensino. Toma como subsídio pesquisa sobre a atividade desse profissional, propondo-se a identificar quem é ele e a analisar como seu trabalho é realizado em escolas de diferentes regiões brasileiras, buscando indicar as possibilidades e limitações que quem ocupa esse cargo enfrenta. O texto pretende demonstrar que o coordenador pedagógico tem um papel fundamental na gestão dos processos escolares, sobretudo na formação dos professores. Como pano de fundo, apresentam-se as condições de trabalho desse profissional, com destaque à sua formação e atribuições. Busca-se, assim, contribuir para a formulação de políticas publicas que viabilizem a presença de coordenadores pedagógicos nas escolas de todo o país, exercendo as funções articuladora, formadora e transformadora, algo que já está previsto em lei em muitos dos estados e municípios brasileiros.