Consolidació de la Plataforma COMalaWEB com a eina Web d'autoaprenentatge per a l'EEES

La plataforma d’e-learning: COMalaWEB és una eina multimedia de suport a l’estudi, l’experimentació i l’adquisició de tècniques d’autoaprenentatge. COMalaWEB s’ofereix com a punt de trobada entre estudiants, professors i altres professionals relacionats amb el mon de les telecomunicacions i/o de la docència universitària. Mitjançant el present projecte s’ha dut a terme la consolidació de la plataforma COMalaWEB com a eina WWW d'autoaprenentatge per a l'EEES (Estudis de Bachelor i de Màster): Dins de la plataforma s’hi ha integrat un Laboratori Virtual per a comunicacions analògiques i digitals (LaViCAD) que ofereix activitats experimentals amb un gran ventall de possibilitats que van des de les demostracions teòriques fins a l’emulació de sistemes de comunicacions quotidians com per exemple la televisió digital o el sistema Wifi dels sistemes WLAN. L’altre gran component de la plataforma es la base de dades de continguts empaquetada en unitats bàsiques anomenades objectes de coneixement, organitzada en cursos, integren tant continguts teòrics com un conjunt d’exercicis proposats per a aprofundir cadascun dels temes tractats. Amb l’actual projecte s’ha treballat en les següents línies d’actuació: - Integració dels simuladors del laboratori LAVICAD a la plataforma d’autoaprenentatge. - Creació de base de dades de recursos docents basats en paquets SCORM per a oferir materials docents de tipus teòric i col·leccions d’exercicis resolts en el marc de les diferents assignatures participants en el projecte. - Creació de base de dades de tipus qüestionari per a oferir exercicis a treballar en el marc de les diferents assignatures participants en el projecte. - Inserció de metodologies docents basades en els anteriors recursos en diferents assignatures d’estudis d’enginyeria i de màster.

The InterPro database, an integrated documentation resource for protein families, domains and functional sites.

Signature databases are vital tools for identifying distant relationships in novel sequences and hence for inferring protein function. InterPro is an integrated documentation resource for protein families, domains and functional sites, which amalgamates the efforts of the PROSITE, PRINTS, Pfam and ProDom database projects. Each InterPro entry includes a functional description, annotation, literature references and links back to the relevant member database(s). Release 2.0 of InterPro (October 2000) contains over 3000 entries, representing families, domains, repeats and sites of post-translational modification encoded by a total of 6804 different regular expressions, profiles, fingerprints and Hidden Markov Models. Each InterPro entry lists all the matches against SWISS-PROT and TrEMBL (more than 1,000,000 hits from 462,500 proteins in SWISS-PROT and TrEMBL). The database is accessible for text- and sequence-based searches at http://www.ebi.ac.uk/interpro/. Questions can be emailed to interhelp@ebi.ac.uk.

DNA binding specificity of different STAT proteins. Comparison of in vitro specificity with natural target sites.

STAT transcription factors are expressed in many cell types and bind to similar sequences. However, different STAT gene knock-outs show very distinct phenotypes. To determine whether differences between the binding specificities of STAT proteins account for these effects, we compared the sequences bound by STAT1, STAT5A, STAT5B, and STAT6. One sequence set was selected from random oligonucleotides by recombinant STAT1, STAT5A, or STAT6. For another set including many weak binding sites, we quantified the relative affinities to STAT1, STAT5A, STAT5B, and STAT6. We compared the results to the binding sites in natural STAT target genes identified by others. The experiments confirmed the similar specificity of different STAT proteins. Detailed analysis indicated that STAT5A specificity is more similar to that of STAT6 than that of STAT1, as expected from the evolutionary relationships. The preference of STAT6 for sites in which the half-palindromes (TTC) are separated by four nucleotides (N(4)) was confirmed, but analysis of weak binding sites showed that STAT6 binds fairly well to N(3) sites. As previously reported, STAT1 and STAT5 prefer N(3) sites; however, STAT5A, but not STAT1, weakly binds N(4) sites. None of the STATs bound to half-palindromes. There were no specificity differences between STAT5A and STAT5B.

Simian malaria at two sites in the Brazilian Amazon - II: Vertical distribution and frequency of anopheline species inside and outside the forest

An anopheline survey was carried out in two simian malaria areas in the Brazilian Amazon, Balbina and Samuel, to determine the potential vectors of Plasmodium brasilianum. The most abundant and/or acrodendrophilic anophelines in the forest and the most likely vector were Anopheles mediopunctatus, An. nuneztovari, An. oswaldoi, An. triannulatus and An. shannoni. An. darlingi and An. marajoara were captured essentially in anthropic habitats outside the forest and are unlikely to be involved in the transmission of P. brasilianum among monkeys within the forests and from monkeys to man in their surroundings in the Amazon.

Bioinformática: identificar genes en una interfaz gráfica vía web para la comparación de genomas

Este trabajo desarrolla el proceso de diseño e implementación de una interfaz web que permite la exploración en detalle de las relaciones entre genomas completos. La interfaz permite la comparación simultánea de nueve genomas, representando en cada gráfica las relaciones entre cada par de genomas junto los genes identificados de cada uno de ellos. Es capaz de trabajar con genomas del dominio Eukaryota y se adapta a la capacidad de cómputo de la máquina cliente. La información representada son MUMs (Maximal Unique Matching, secuencia máxima y única encontrada en ambos genomas) y SuperMUMs (agrupación de MUMs mediante Approximate String Matching). Los datos son previamente calculados y accesibles desde un servidor web.

Implementación de aplicaciones y herramientas de post-procesamiento de imágenes médicas vía web

Con la creciente generación de resonancias magnéticas, los servicios de radiología necesitan aplicaciones que les faciliten el trabajo de acceso remoto a los datos y a las herramientas que utilicen para la extracción de datos para realizar sus diagnósticos. El objetivo de este proyecto es el de estudiar e integrar en la plataforma web del grupo de Imagen Médica del PIC llamada PICNIC (PIC NeuroImaging Center) un conjunto de aplicaciones para el estudio y procesamiento de neuroimagen con la implementación de herramientas software en la plataforma grid del PIC.

Dawn for the galaxy: creació d'un joc web d'estratègia en temps real, multijugador i massiu

“Dawn or the Galaxy” és un treball de final de carrera que té com a objectiu principal la creació i desenvolupament d’una versió de demostració per a un joc del tipus MMORTS (massive multiplayer online real-time strategy) tractant d’incloure elements innovadors en aquest gènere de jocs i oferint un ampli ventall estratègic des de l’inici del joc. Per tal d’assolir l’objectiu es realitzarà un petit sondeig de mercat inicial i un estudi de models de jocs d’estratègia. El joc estarà integrat per més de seixanta fitxers de codi, una base de dades amb catorze taules interrelacionades no normalitzades i podrà tenir cabuda per a uns cinc-cents jugadors. Un cop programat l’aplicatiu, el joc es provarà en un entorn real, amb usuaris reals. Per a resoldre els problemes durant el transcurs del joc de forma ràpida, la aplicació serà sotmesa a un seguiment exhaustiu. La col·laboració dels jugadors en aquest punt serà fonamental.

Creació d'un framework per aplicacions web amb la plataforma .NET

Hi ha moltes empreses que fan aplicacions de gestió Web. Una d’aquestes empreses és per la que s’ha fet el projecte. El problema és que tenen molts projectes per desenvolupar, per tant van decidir d’implementar un conjunt d’eines amb l’objectiu de facilitar la implementació de les aplicacions als programadors. S’ha desenvolupat una llibreria .dll, que conté aquestes noves eines. També s’ha utilitzat codi JavaScript i CSS per tal d’implementar alguna funcionalitat i donar una presentació amb aquestes noves eines.

The Infection Rates of Trypanosomes in Squirrel Monkeys at Two Sites in the Brazilian Amazon

A study was conducted to determine the prevalence of natural infections by trypanosome species in squirrel monkeys: Saimiri sciureus (Linnaeus) and Saimiri ustus (Geoffroy) caught respectively near 2 hydroelectric plants: Balbina, in the State of Amazonas, and Samuel, in the State of Rondônia, Brazil. A total of 165 squirrel monkeys were examined by thick and thin blood smears (BS), haemocultures and xenodiagnosis: 112 monkeys, 67.9%,(being 52.7% with mix infections) were positive to trypanosomes. Four species of trypanosomes were found in monkeys from the 2 areas: Trypanosoma (Tejeraia) rangeli Tejera or T. rangeli-like parasites in 58 squirrel monkeys (35.2%), Trypanosoma (Megatrypanum) minasense Chagas in 55 (33.3%), Trypanosoma (Herpetosoma) saimirii Rodhain or T. saimirii-like parasites in 53 (32.1%) and Trypanosoma (Schizotrypanum) cruzi Chagas in 17 (10.3%). As T. saimirii resembles T. minasense in blood-stream trypomastigotes and T. rangeli in cultural forms and in this survey almost all monkeys presenting trypanosomes morphologically indistinguishable from T. saimirii and/or T. minasense in BS were found through xenodiagnosis and/or haemoculture to be infected by T. rangeli, we suggest that the validity of T. saimirii needs to be evaluated

Transmisión de datos PDA - servidor web

En aquest projecte es visualitza la trajectòria d'un vehicle (aeri o terrestre) en una pàgina web. Per això es disposa d'una PDA (Personal Digital Assistant), en la qual es té informació actualitzada de la posició i de la velocitat d’aquest vehicle. Aquestes dades són obtingudes d'un sistema que combina la navegació inercial i el GPS (Global Position System), els quals estimen de manera precisa la trajectòria del vehicle. A fi d'oferir una visualització en temps real, versàtil, accessible i amigable a l'usuari de la trajectòria del vehicle, s'ha desenvolupat un sistema de visualització on-line que proporciona un millor rendiment en comparació amb la qual es venia fent en la PDA. Per a dur-lo a terme s'implementa una interfície d'usuari en la PDA que ens permet transmetre aquesta informació via WIFI a la pàgina web, d'igual forma al servidor web es crea una interfície que interpreta i gestiona aquestes dades per a posteriorment ser graficats a Google Maps.

Web col·laborativa del bàsquet català

Aplicación web que ofrece una solución a los jugadores que quieren encontrar un sitio para jugar a baloncesto y a los entrenadores que buscan un equipo para entrenar, así como a los clubs que tienen equipos federados, mediante una base de datos donde encontrar los jugadores y entrenadores que el equipo necesite.

Web para la gestión electrónica de una carpeta de aprendizaje

Aplicació web que té com a objectiu ser utilitzada com a eina d'aprenentatge en línia per part d'alumnes i professors de l'assignatura Robòtica i automatització industrial (Escola d'Enginyeria, UAB).

Mechanisms of formation and function of eosinophil lipid bodies: inducible intracellular sites involved in arachidonic acid metabolism

Lipid bodies, inducible lipid-rich cytoplasmic inclusions, are characteristically abundant in cells associated with inflammation, including eosinophils. Here we reviewed the formation and function of lipid bodies in human eosinophils. We now have evidence that the formation of lipid bodies is not attributable to adverse mechanisms, but is centrally mediated by specific signal transduction pathways. Arachidonic acid and other cis fatty acids by an NSAID-inhibitable process, diglycerides, and PAF by a 5-lipoxygenase dependent pathway are potent stimulators of lipid body induction. Lipid body formation develops rapidly by processes that involve PKC, PLC, and de novo mRNA and protein synthesis. These structures clearly serve as repositoires of arachidonyl-phospholipids and are more than inert depots. Specific enzymes, including cytosolic phospholipase A2, MAP kinases, lipoxygenases and cyclooxygenases, associate with lipid bodies. Lipid bodies appear to be dynamic, organelle-like structures involved in intracellular pathways of lipid mobilization and metabolism. Indeed, increases in lipid body numbers correlated with enhanced production of both lipoxygenase- and cyclooxygenase-derived eicosanoids. We hypothesize that lipid bodies are distinct inducible sites for generating eicosanoids as paracrine mediators with varied activities in inflammation. The capacity of lipid body formation to be specifically and rapidly induced in leukocytes enhances eicosanoid mediator formation, and conversely pharmacologic inhibition of lipid body induction represents a potential novel and specific target for anti-inflammatory therapy.

Structural and functional interaction sites between Na,K-ATPase and FXYD proteins.

Several members of the FXYD protein family are tissue-specific regulators of Na,K-ATPase that produce distinct effects on its apparent K(+) and Na(+) affinity. Little is known about the interaction sites between the Na,K-ATPase alpha subunit and FXYD proteins that mediate the efficient association and/or the functional effects of FXYD proteins. In this study, we have analyzed the role of the transmembrane segment TM9 of the Na,K-ATPase alpha subunit in the structural and functional interaction with FXYD2, FXYD4, and FXYD7. Mutational analysis combined with expression in Xenopus oocytes reveals that Phe(956), Glu(960), Leu(964), and Phe(967) in TM9 of the Na,K-ATPase alpha subunit represent one face interacting with the three FXYD proteins. Leu(964) and Phe(967) contribute to the efficient association of FXYD proteins with the Na,K-ATPase alpha subunit, whereas Phe(956) and Glu(960) are essential for the transmission of the functional effect of FXYD proteins on the apparent K(+) affinity of Na,K-ATPase. The relative contribution of Phe(956) and Glu(960) to the K(+) effect differs for different FXYD proteins, probably reflecting the intrinsic differences of FXYD proteins on the apparent K(+) affinity of Na,K-ATPase. In contrast to the effect on the apparent K(+) affinity, Phe(956) and Glu(960) are not involved in the effect of FXYD2 and FXYD4 on the apparent Na(+) affinity of Na,K-ATPase. The mutational analysis is in good agreement with a docking model of the Na,K-ATPase/FXYD7 complex, which also predicts the importance of Phe(956), Glu(960), Leu(964), and Phe(967) in subunit interaction. In conclusion, by using mutational analysis and modeling, we show that TM9 of the Na,K-ATPase alpha subunit exposes one face of the helix that interacts with FXYD proteins and contributes to the stable interaction with FXYD proteins, as well as mediating the effect of FXYD proteins on the apparent K(+) affinity of Na,K-ATPase.

Obtenció de jerarquies d'estats cel·lulars via web

Hi ha diversos mètodes d'anàlisi que duen a terme una agrupació global de la sèries de mostres de microarrays, com SelfOrganizing Maps, o que realitzen agrupaments locals tenint en compte només un subconjunt de gens coexpressats, com Biclustering, entre d'altres. En aquest projecte s'ha desenvolupat una aplicació web: el PCOPSamplecl, és una eina que pertany als mètodes d'agrupació (clustering) local, que no busca subconjunts de gens coexpresats (anàlisi de relacions linials), si no parelles de gens que davant canvis fenotípics, la seva relació d'expressió pateix fluctuacions. El resultats del PCOPSamplecl seràn les diferents distribucions finals de clusters i les parelles de gens involucrades en aquests canvis fenotípics. Aquestes parelles de gens podràn ser estudiades per trobar la causa i efecte del canvi fenotípic. A més, l'eina facilita l'estudi de les dependències entre les diferents distribucions de clusters que proporciona l'aplicació per poder estudiar la intersecció entre clusters o l'aparició de subclusters (2 clusters d'una mateixa agrupació de clusters poden ser subclusters d'altres clusters de diferents distribucions de clusters). L'eina és disponible al servidor: http://revolutionresearch.uab.es/