742 resultados para Predador de topo
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The late Miocene to early Pliocene carbonate-rich sediments recovered at Integrated Ocean Drilling Program (IODP) Site U1338 during the Expedition 320/321 Pacific Equatorial Age Transect (PEAT) program contain abundant calcareous nanno- and microfossils. Geochemical proxies from benthic and planktonic foraminiferal and coccolithophore calcite could be very useful at this location; however, good preservation of the calcite is crucial for the proxies to be robust. Here, we evaluate the preservation of specific benthic and planktonic foraminifer species and coccolithophores in fine fraction sediment at Site U1338 using backscattered electron (topography mode) scanning electron microscopy (BSE-TOPO SEM). Both investigated foraminiferal species, Cibicidoides mundulus and Globigerinoides sacculifer, have undergone some alteration. The C. mundulus show minor evidence for dissolution, and only some specimens show evidence of overgrowth. The Gs. sacculifer show definite signs of alteration and exhibit variable preservation, ranging from fair to poor; some specimens show minor overgrowth and internal recrystallization but retain original features such as pores, spine pits, and internal test-wall growth structure, whereas in other specimens the recrystallization and overgrowth disguise many of the original features. Secondary electron and BSE-TOPO SEM images show that coccolith calcite preservation is moderate or moderate to poor. Slight to moderate etching has removed central heterococcolith features, and a small amount of secondary overgrowth is also visible. Energy dispersive spectroscopy analyses indicate that the main sedimentary components of the fine fraction sediment are biogenic CaCO3 and SiO2, with some marine barite. Based on the investigations in this data report, geochemical analyses on benthic foraminifers are unlikely to be affected by preservation, although geochemical analyses on the planktonic foraminifers should be treated cautiously because of the fair to poor and highly variable preservation.
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The overarching goal of the Yamal portion of the Greening of the Arctic project is to examine how the terrain and anthropogenic factors of reindeer herding and resource development combined with the climate variations on the Yamal Peninsula affect the spatial and temporal patterns of vegetation change and how these changes are in turn affecting traditional herding of the indigenous people of the region. The purpose of the expeditions was to collect groundobservations in support of remote sensing studies at four locations along a transect that traverses all the major bioclimate subzones of the Yamal Peninsula. This data report is a summary of information collected during the 2007 and 2008 expeditions. It includes all the information from the 2008 data report (Walker et al. 2008) plus new information collected at Kharasavey in Aug 2008. The locations included in this report are Nadym (northern taiga subzone), Laborovaya (southern tundra = subzone E of the Circumpolar Arctic Vegetation Map (CAVM), Vaskiny Dachi (southern typical tundra = subzone D), and Kharasavey (northern typical tundra = subzone C). Another expedition is planned for summer 2009 to the northernmost site at Belyy Ostrov (Arctic tundra = subzone B). Data are reported from 10 study sites - 2 at Nadym, 2 at Laborovaya, and 3 at Vaskiny Dachi and 3 at Kharasavey. The sites are representative of the zonal soils and vegetation, but also include variation related to substrate (clayey vs. sandy soils). Most of the information was collected along 5 transects at each sample site, 5 permanent vegetation study plots, and 1-2 soil pits at each site. The expedition also established soil and permafrost monitoring sites at each location. This data report includes: (1) background for the project, (2) general descriptions and photographs of each locality and sample site, (3) maps of the sites, study plots, and transects at each location, (4) summary of sampling methods used, (5) tabular summaries of the vegetation data (species lists, estimates of cover abundance for each species within vegetation plots, measured percent ground cover of species along transects, site factors for each study plot), (6) summaries of the Normalized Difference Vegetation Index (NDVI) and leaf area index (LAI) along each transect, (7) soil descriptions and photos of the soil pits at each study site, (8) summaries of thaw measurements along each transect, and (9) contact information for each of the participants. One of the primary objectives was to provide the Russian partners with full documentation of the methods so that Russian observers in future years could repeat the observations independently.
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Los rebollares de Quercus pyrenaica son formaciones casi exclusivas de la península ibérica cuya regeneración sexual se encuentra fuertemente comprometida como consecuencia de su estructura dominada por rebrotes de cepa y raíz (monte bajo). El abandono del aprovechamiento histórico de estos rebrotes (leña, carbón, etc.) ha provocado que, actualmente, muchos rebollares se hayan convertido en ecosistemas degradados con exceso de espesura, puntisecado y estancamiento del crecimiento. Este trabajo trata de resumir el estado del conocimiento de las principales interacciones planta-animal en la regeneración sexual de los bosques dominados por el rebollo, con el fin de proporcionar bases científicas para una mejor gestión y conservación de estos ecosistemas. Algunas especies animales (arrendajo, ratón de campo, trepador azul) juegan un papel importante en la dispersión efectiva de las bellotas, lo que contribuye a un mejor flujo génico y a la colonización de nuevos lugares. Sin embargo, la creciente densidad de ungulados silvestres (ciervo, jabalí, etc.) es uno de los factores de mayor amenaza para estos bosques al reducir drásticamente el número de bellotas disponibles para la germinación y limitar el crecimiento y la supervivencia de las nuevas plántulas. Además, existen interacciones multi-tróficas (p. ej. bellota-predador-dispersor) y fenómenos de facilitación (plántula-matorral) que revelan la importancia de las relaciones múltiples en la regeneración de los rebollares. Finalmente, se exponen posibles medidas de gestión encaminadas a facilitar la regeneración sexual de estos sistemas de manera que pueda revertirse la actual situación de estancamiento y decaimiento de muchos rebollares.
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O presente trabalho analisa o papel da religião no conflito entre Israel e Palestina, principalmente no contexto da implantação do Estado de Israel, em 1948. A análise toma como delimitação histórica do conflito o período de 1896 a 1948, quando ocorre a migração das primeiras levas de judeus para os territórios palestinos. A pergunta inicial é sobre como judeus e muçulmanos se relacionavam nos primeiros anos de imigração até a criação do Estado de Israel. O problema principal a ser esclarecido é como a construção cultural ocidental em relação aos palestinos interferiu no conflito, principalmente no que tange à tomada da terra e à construção de um novo país dentro de um já existente, socialmente, religiosamente e culturalmente. Finalmente a pesquisa pergunta pela repercussão do conflito entre israelenses e palestinos no campo religioso protestante, principalmente entre grupos conservadores e fundamentalistas deste ramo do cristianismo. A pesquisa é totalmente bibliográfica e toma como referência as teorias pós-coloniais para debater a história do território, no que se refere aos aspectos religiosos do conflito.
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We present a helical unwinding assay for reversibly binding DNA ligands that uses closed circular DNA, topoisomerase I (Topo I), and two-dimensional agarose gel electrophoresis. Serially diluted Topo I relaxation reactions at constant DNA/ligand ratio are performed, and the resulting apparent unwinding of the closed circular DNA is used to calculate both ligand unwinding angle (φ) and intrinsic association constant (Ka). Mathematical treatment of apparent unwinding is formally analogous to that of apparent extinction coefficient data for optical binding titrations. Extrapolation to infinite DNA concentration yields the true unwinding angle of a given ligand and its association constant under Topo I relaxation conditions. Thus this assay delivers simultaneous structural and thermodynamic information describing the ligand–DNA complex. The utility of this assay has been demonstrated by using calichearubicin B (CRB), a synthetic hybrid molecule containing the anthraquinone chromophore of (DA) and the carbohydrate domain of calicheamicin γ1I. The unwinding angle for CRB calculated by this method is −5.3 ± 0.5°. Its Ka value is 0.20 × 106 M−1. For comparison, the unwinding angles of ethidium bromide and DA have been independently calculated, and the results are in agreement with canonical values for these compounds. Although a stronger binder to selected sites, CRB is a less potent unwinder than its parent compound DA. The assay requires only small amounts of ligand and offers an attractive option for analysis of DNA binding by synthetic and natural compounds.
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In Bacillus subtilis, parE and parC were shown to be essential genes for the segregation of replicated chromosomes. Disruption of either one of these genes resulted in failure of the nucleoid to segregate. Purified ParE and ParC proteins reconstituted to form topoisomerase IV (topo IV), which was highly proficient for ATP-dependent superhelical DNA relaxation and decatenation of interlocked DNA networks. By immunofluorescence microscopy and by directly visualizing fluorescence by using green fluorescence protein fusions, we determined that ParC is localized at the poles of the bacteria in rapidly growing cultures. The bipolar localization of ParC required functional ParE, suggesting that topo IV activity is required for the localization. ParE was found to be distributed uniformly throughout the cell. On the other hand, fluorescence microscopy showed that the GyrA and GyrB subunits of gyrase were associated with the nucleoid. Our results provide a physiologic distinction between DNA gyrase and topo IV. The subcellular localization of topo IV provides physical evidence that it may be part of the bacterial segregation machinery.
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Like all hyperthermophiles yet tested, the bacterium Thermotoga maritima contains a reverse gyrase. Here we show that it contains also a DNA gyrase. The genes top2A and top2B encoding the two subunits of a DNA gyrase-like enzyme have been cloned and sequenced. The Top2A (type II DNA topoisomerase A protein) is more similar to GyrA (DNA gyrase A protein) than to ParC [topoisomerase IV (Topo IV) C protein]. The difference is especially striking at the C-terminal domain, which differentiates DNA gyrases from Topo IV. DNA gyrase activity was detected in T. maritima and purified to homogeneity using a novobiocin-Sepharose column. This hyperhermophilic DNA gyrase has an optimal activity around 82–86°C. In contrast to plasmids from hyperthermophilic archaea, which are from relaxed to positively supercoiled, we found that the plasmid pRQ7 from Thermotoga sp. RQ7 is negatively supercoiled. pRQ7 became positively supercoiled after addition of novobiocin to cell cultures, indicating that its negative supercoiling is due to the DNA gyrase of the host strain. The findings concerning DNA gyrase and negative supercoiling in Thermotogales put into question the role of reverse gyrase in hyperthermophiles.
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Some topoisomerase inhibitors trap covalent topoisomerase–DNA complexes as topoisomerase–drug–DNA ternary complexes. Ternary complex formation results in inhibition of DNA replication and generation of permanent double-strand breaks. Recent demonstrations of the stimulation of covalent topoisomerase–DNA complex formation by DNA lesions suggest that DNA damage may act as an endogenous topoisomerase poison. We have investigated the effects of abasic (AP) sites on topoisomerase IV (Topo IV). AP sites can stimulate the formation of covalent Topo IV–DNA complexes when they are located either within the 4 base overhang generated by DNA scission or immediately 5′ to the point of scission (the –1 position). Thus, the AP site acts as a position-specific, endogenous topoisomerase poison. Both EDTA and salt can reverse covalent Topo IV–DNA complexes induced by AP sites located within the 4 base overhang. Interestingly, an AP site at the –1 position inhibits EDTA-mediated reversal of formation of the covalent Topo IV–DNA complex. Furthermore, we find that, unlike quinolone-induced covalent Topo IV–DNA complexes, AP site-induced covalent Topo IV–DNA complexes do not inhibit the helicase activities of the DnaB and T7 Gene 4 proteins. These results suggest that the AP site-induced poisoning of Topo IV does not arrest replication fork progression.
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Previously we have characterized type IB DNA topoisomerase V (topo V) in the hyperthermophile Methanopyrus kandleri. The enzyme has a powerful topoisomerase activity and is abundant in M. kandleri. Here we report two characterizations of topo V. First, we found that its N-terminal domain has sequence homology with both eukaryotic type IB topoisomerases and the integrase family of tyrosine recombinases. The C-terminal part of the sequence includes 12 repeats, each repeat consisting of two similar but distinct helix-hairpin-helix motifs; the same arrangement is seen in recombination protein RuvA and mammalian DNA polymerase β. Second, on the basis of sequence homology between topo V and polymerase β, we predict and demonstrate that topo V possesses apurinic/apyrimidinic (AP) site-processing activities that are important in base excision DNA repair: (i) it incises the phosphodiester backbone at the AP site, and (ii) at the AP endonuclease cleaved AP site, it removes the 5′ 2-deoxyribose 5-phosphate moiety so that a single-nucleotide gap with a 3′-hydroxyl and 5′-phosphate can be filled by a DNA polymerase. Topo V is thus the prototype for a new subfamily of type IB topoisomerases and is the first example of a topoisomerase with associated DNA repair activities.
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We have demonstrated that, in Escherichia coli, quinolone antimicrobial agents target topoisomerase IV (topo IV). The inhibition of topo IV becomes apparent only when gyrase is mutated to quinolone resistance. In such mutants, these antibiotics caused accumulation of replication catenanes, which is diagnostic of a loss of topo IV activity. Mutant forms of topo IV provided an additional 10-fold resistance to quinolones and prevented drug-induced catenane accumulation. Drug inhibition of topo IV differs from that of gyrase. (i) Wild-type topo IV is not dominant over the resistant allele. (ii) Inhibition of topo IV leads to only a slow stop in replication. (iii) Inhibition of topo IV is primarily bacteriostatic. These differences may result from topo IV acting behind the replication fork, allowing for repair of drug-induced lesions. We suggest that this and a slightly higher intrinsic resistance of topo IV make it secondary to gyrase as a quinolone target. Our results imply that the quinolone binding pockets of gyrase and topo IV are similar and that substantial levels of drug resistance require mutations in both enzymes.
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A number of studies have suggested that topoisomerase I (topo I) activity may be important in human immunodeficiency virus type 1 (HIV-1) replication. Specifically it has been reported that purified virus particles have topo I activity and that inhibitors of this enzyme can inhibit virus replication in vitro. We have investigated a possible association of HIV-1 gag proteins with topo I activity. We found that whereas the gag-encoded proteins by themselves do not have activity, the nucleocapsid protein p15 can interact with and enhance the activity of cellular topo I. Furthermore it could be demonstrated that topo I markedly enhanced HIV-1 reverse transcriptase activity in vitro and that this could be inhibited by the topo I-specific inhibitor camptothecin. The findings suggest that cellular topo I plays an important role in the reverse transcription of HIV-1 RNA and that the recruitment of this enzyme may be an important step in virus replication.
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Previous biochemical studies have suggested a role for bacterial DNA topoisomerase (TOPO) I in the suppression of R-loop formation during transcription. In this report, we present several pieces of genetic evidence to support a model in which R-loop formation is dynamically regulated during transcription by activities of multiple DNA TOPOs and RNase H. In addition, our results suggest that events leading to the serious growth problems in the absence of DNA TOPO I are linked to R-loop formation. We show that the overexpression of RNase H, an enzyme that degrades the RNA moiety of an R loop, can partially compensate for the absence of DNA TOPO I. We also note that a defect in DNA gyrase can correct several phenotypes associated with a mutation in the rnhA gene, which encodes the major RNase H activity. In addition, we found that a combination of topA and rnhA mutations is lethal.
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O exossomo é um complexo multiproteico conservado evolutivamente de archaea a eucariotos superiores que desempenha funções celulares essenciais tais como: atividade exoribonucleolítica 3\'→5\', regulação dos níveis de mRNA, maturação de RNAs estruturais e controle de qualidade de RNAs durante os vários estágios do mecanismo de expressão gênica. Em Archaea, o exossomo é composto por até quatro subunidades diferentes, duas com domínios de RNase PH, aRrp41 e aRrp42, e duas com domínios de ligação a RNAs, aCsl4 e aRrp4. Três cópias das proteínas aRrp4 e/ou aCsl4 se associam com o núcleo hexamérico catalítico do anel de RNase PH e completam a formação do complexo. A proteína PaNip7 é um cofator de regulação do exossomo da archaea Pyrococcus abyssi e atua na inibição do complexo enzimático ligando-se simultaneamente ao exossomo e a RNAs. Neste projeto, a reconstituição in vitro do exossomo da archaea Pyrococcus abyssi formado pela proteína de topo PaCsl4 foi obtida. Para tanto foram realizadas análises de interação proteica usando as técnicas de cromatografia de afinidade, gel filtração e SDS-PAGE. Em adição à formação da isoforma PaCsl4-exossomo, um fragmento peptídico correspondente à região C-terminal da PaNip7 foi sintetizado pelo método da fase sólida, purificado por RP-HPLC e o purificado foi caracterizado por LC/ESI-MS almejando realizar futuros experimentos de interação com o exossomo.
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Diante da evolução da composição das resinas compostas e do lançamento de compósitos do tipo bulk fill, faz-se necessário o estudo do desempenho dessa nova classe de materiais. Para isso, o presente estudo teve como objetivo avaliar propriedades como grau de conversão (GC) , dureza Knoop (KHN), resistência à flexão (RF) e tenacidade à fratura (KIC) de sete compósitos bulk fill (EverX Posterior, EXP; Filtek Bulk Fill Flow, FBFF; Fill-Up!, FU; SonicFill, SF; Surefil SDR, SDR; Tetric EvoCeram Bulk Fill, TECBF; Venus Bulk Fill, VBF) e um compósito nanohíbrido convencional (Charisma Diamond, CD). De forma complementar, foi realizado tratamento térmico a 170 °C por 10 minutos para melhor compreensão do comportamento desses materiais quanto ao potencial de conversão e à indução de tensões na interface carga/matriz. A avaliação do GC (n=3) foi realizada através de espectroscopia FTIR, a leitura da dureza Knoop foi realizada nas superfícies do topo e da base (n=3), e os ensaios de RF de três pontos (n=10) e KIC (n=10) em máquina de ensaios universais. Os resultados obtidos foram submetidos à analise de variância (complementados pelo teste de Tukey) ou teste Kruskal-Wallis, com nível de significância de 5%. A análise do GC (%) revelou diferença entre os materiais testados, sendo que todas as resinas bulk fill apresentaram valores maiores que a resina convencional: SF (75,7) > VBF (66,7) = EXP (66,4) = SDR (62,8), sendo esta também semelhante a FU (60,0); FU, TECBF (56,6), FBFF (56,6) e CD (54,5) apresentaram conversão semelhante. Os valores de KHN variaram de acordo com o material e com a superfície: apenas SF apresentou KHN semelhante (na superfície do topo) a CD, entretanto não foi possível realizar a leitura da superfície da base deste último material; SF, TECBF e FBFF apresentaram valores de KHN diferentes nas superfícies topo e base; EXP, FU, SDR e VBF mantiveram os valores de dureza do topo semelhantes à superfície da base. Para a RF (MPa), os resultados variaram de acordo com o material: EXP (122,54) = SF (101,09) = CD (99,15), sendo estes dois últimos semelhantes a FU (83,86) e TECBF (82,71), os quais não diferiram da resina SDR (65,18); esta última também mostrou comportamento semelhante a FBFF (60,85) e VBF (59,90). Quanto ao KIC (MPa.mm0,5), EXP (3,35) apresentou o maior valor, semelhante a SF (2,42), que por sua vez também foi igual ao compósito convencional CD (2,01); CD apresentou KIC semelhante a SDR (1,74); SDR = VBF (1,59) = TECBF (1,57); TECBF, FU (1,54) e FBFF (1,37) apresentaram valores semelhantes. Na dependência do material, o tratamento térmico aumentou os valores dos parâmetros estudados, apontando limitações da reação de polimerização dos compósitos estudados. Com base nos resultados obtidos, podese concluir que: resinas bulk fill apresentam elevado GC, superior à resina convencional estudada; a nova classe de materiais restauradores é capaz de polimerizar em profundidade e alguns materiais apresentam KHN semelhantes no topo e na base de espécimes de 4 mm de profundidade; RF e KIC variaram de acordo com o material, e o compósito EXP apresentou os maiores valores para ambos os testes.
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O presente trabalho tem por finalidade estudar as relações estratigráficas das rochas consideradas do Grupo Passa Dois no Estado do Rio Grande do Sul. Este estudo foi feito através de levantamento de secções geológicas perpendiculares ao mergulho das camadas, em regiões cujo reconhecimento preliminar determinou serem as mais propícias para a demonstração das variações faciológicas das unidades. Foi completado com o estudo de testemunhos e perfis de sondagens e estabelecimento de secções colunares em áreas consideradas interessantes e que não se prestavam para um perfil contínuo. Foram feitas cinco seções, estudadas três áreas complementares e sete sondagens, cedidas pela Companhia Riograndense de Mineração - CRM. Os trabalhos de campo foram completados com estudos de laboratório que incluíram análises granulométricas, lâminas delgadas, testes colorimétricos e difração de Raios X. A integração dos dados de campo e de laboratório mostrou que: 1 - O grupo Passa Dois está constituído pelas Formações Irati e Estrada Nova, estando ausente a Formação Rio do Rasto, na faixa aflorante no Estado; 2 - A espessura do Grupo Passa Dois, na faixa aflorante no Estado varia ao redor de 100 metros; 3 - A Formação Irati apresenta duas fácies litológicas no Rio Grande do Sul. A primeira, quando presente, ocupa a posição basal e é caracterizada pela ocorrência de duas camadas de folhelhos pretos pirobetuminosos, associados com lentes calcárias fossilíferas. As camadas de folhelhos pretos contêm, entre elas, um pacote de folhelhos cinza com fratura concóide, com concreções calcárias de coloração amarelo-palha. Estas três camadas estão sobrepostas a um folhelho semelhante ao que está intercalado aos folhelhos pretos e contêm as mesmas lentes calcárias. A essa fácies é aqui proposta a designação fácies Tiaraju, indicando como área tipo a região a sul e a leste da estação Tiaraju, no município de São Gabriel. A segunda fácies, parcialmente sincrônica com a primeira, e que encerra a sedimentação Irati no Estado, é atípica da Formação Irati do resto da Bacia e pode ser descrita como folhelhos cinza-claros e cinza-escuros, às vezes com ritmitos na base, com laminação cruzada, com lentes calcárias de cor amarelo-palha. Em algumas áreas, como a Mina do Leão, os folhetos estão intercalados com siltitos e arenitos finos, de cor cinza, micáceos. A parte superior, a oeste de Pântano Grande, é cortada por veios verticalizados, espessura de 2 a 15 cm, preenchidos por sílica. Para esta fácies é proposta a designação fácies Valente e indicada como área-tipo a região a 5 quilômetros a norte do Passo do Valente, na estrada Bagé-Aceguá; 4 - O conteúdo fossilífero destas fácies da Formação Irati, no Rio Grande do Sul, é o mesmo; 5 - A Formação Estrada Nova também se apresenta com duas fácies litológicas bem distintas, sendo uma pelítica e outra arenosa. Em todas as regiões em que ambas ocorrem a arenosa situa-se no topo; 6 - O contato inferior da Formação Estrada Nova, com a Formação Irati, é marcado pelo aparecimento das cores vermelhas de alteração, que se intercalam com cores cinza-esverdeadas nos folhelhos e folhelhos sílticos. É considerado como topo da fácies inferior o aparecimento de arenitos muito finos em camadas lenticulares de pequena espessura que se alternam com lamitos vermelhos. Para a litofácies é aqui proposto o termo fácies Caveiras, sendo indicada como área tipo a região do Cerro das Caveiras no Município de Dom Pedrito; 7 - O contato superior da Formação Estrada Nova é com a Formação Rosário do Sul, sendo caracterizado pela ocorrência de arenitos médios, de coloração rosa, com estratificação cruzada planar ou acanalada, com conglomerados intraformacionais, ou de arenitos com estratificação ondulada. Este contato é, na maioria dos casos, erosivo sobre os sedimentos da Formação Estrada Nova, sendo aqui interpretado como discordante; 8 - O membro superior é caracterizado pela incidência de corpos lenticulares de arenitos muito finos e pela ocorrência de lentes calcárias com bordos irregulares, e de concreções calcárias elipsoidais de diâmetros de mais de dois metros. A este conjunto é aqui proposto o termo fácies Armada, sendo indicada como área tipo a região a leste do Rio Ibicuí da Armada, na estrada BR-293, no Município de Dom Pedrito; 9 - O conteúdo fossilífero da Formação Estrada Nova no Rio Grande do Sul, presentemente conhecido, não permite caracterizar qualquer das duas fácies.