Anomalous power law decay in solvation dynamics of DNA: a mode coupling theory analysis of ion contribution

Several time dependent fluorescence Stokes shift (TDFSS) experiments have reported a slow power law decay in the hydration dynamics of a DNA molecule. Such a power law has neither been observed in computer simulations nor in some other TDFSS experiments. Here we observe that a slow decay may originate from collective ion contribution because in experiments DNA is immersed in a buffer solution, and also from groove bound water and lastly from DNA dynamics itself. In this work we first express the solvation time correlation function in terms of dynamic structure factors of the solution. We use mode coupling theory to calculate analytically the time dependence of collective ionic contribution. A power law decay in seen to originate from an interplay between long-range probe-ion direct correlation function and ion-ion dynamic structure factor. Although the power law decay is reminiscent of Debye-Falkenhagen effect, yet solvation dynamics is dominated by ion atmosphere relaxation times at longer length scales (small wave number) than in electrolyte friction. We further discuss why this power law may not originate from water motions which have been computed by molecular dynamics simulations. Finally, we propose several experiments to check the prediction of the present theoretical work.

Architectural plan of transcriptional regulation in Mycobacterium tuberculosis

Transcriptional regulation enables adaptation in bacteria. Typically, only a few transcriptional events are well understood, leaving many others unidentified. The recent genome-wide identification of transcription factor binding sites in Mycobacterium tuberculosis has changed this by deciphering a molecular road-map of transcriptional control, indicating active events and their immediate downstream effects.

The contribution of grain boundary sliding in tensile deformation of an ultrafine-grained aluminum alloy having high strength and high ductility

An as-cast Al-7 % Si alloy was processed by high-pressure torsion (HPT) for up to 10 turns at temperatures of 298 or 445 K. The HPT-processed samples had ultrafine-grained structures and they were tested in tension at room temperature at various strain rates in the range from 1.0 x 10(-4) to 1.0 x 10(-2) s(-1). The contributions of grain boundary sliding (GBS) to the total strain were measured directly using atomic force microscopy. Samples simultaneously showing both high strength and high ductility contained the highest fractions of high-angle grain boundaries (HAGB) and exhibited the highest contributions from GBS, whereas samples showing high strength but low ductility gave negligible values for the sliding contributions. It is concluded that high strength and high ductility require both an ultrafine grain size and a high fraction of HAGB.

Identification of local variations within secondary structures of proteins

Secondary-structure elements (SSEs) play an important role in the folding of proteins. Identification of SSEs in proteins is a common problem in structural biology. A new method, ASSP (Assignment of Secondary Structure in Proteins), using only the path traversed by the C atoms has been developed. The algorithm is based on the premise that the protein structure can be divided into continuous or uniform stretches, which can be defined in terms of helical parameters, and depending on their values the stretches can be classified into different SSEs, namely -helices, 3(10)-helices, -helices, extended -strands and polyproline II (PPII) and other left-handed helices. The methodology was validated using an unbiased clustering of these parameters for a protein data set consisting of 1008 protein chains, which suggested that there are seven well defined clusters associated with different SSEs. Apart from -helices and extended -strands, 3(10)-helices and -helices were also found to occur in substantial numbers. ASSP was able to discriminate non--helical segments from flanking -helices, which were often identified as part of -helices by other algorithms. ASSP can also lead to the identification of novel SSEs. It is believed that ASSP could provide a better understanding of the finer nuances of protein secondary structure and could make an important contribution to the better understanding of comparatively less frequently occurring structural motifs. At the same time, it can contribute to the identification of novel SSEs. A standalone version of the program for the Linux as well as the Windows operating systems is freely downloadable and a web-server version is also available at .

Establecimiento de plan sanitario y profilactico en la Granja Cunicula Artesanal de Nindiri, departamento de Masaya, Nicaragua

Dado que en Nicaragua la producción cunícula se está convirtiendo en una alternativa de consumo para la población, es necesario que en las granjas cunícula se implementen medidas profilácticas para mejorar las condiciones de salud y por ende la calidad de su carne, por lo cual se propuso este trabajo de investigación que lleva por titulo: Establecimiento de Plan Sanitario y Profiláctico en la Granja Cunícula Artesanal de Nindirí, Departamento de Masaya, Nicaragua. Por lo cual se procedió a establecer los siguientes objetivos: Validar la aplicación de minerales y vitaminas en granjas cuniculas de explotación artesanal, validar la aplicación de Coccidiostáticos en los conejos de diferentes categorías, validar la aplicación de desparasitantes externos e internos en los conejos de diferentes categorías. Este estudio se realizó en un período de seis meses mediante laaplicación de cuatro tipos de tratamiento con frecuencia de aplicación TA (Sulfaprin) mensual, TB (Levamisol) cada tres meses, TC (Ivermectina) cada tres meses, TD (Vitaminas AD3E) semanal, en total se estudiaron 80 animales de diferentes categorías. Los tratamientos aplicados demostraron efectividad en el control de las patologías en la granja. Así el plan sanitario permitió mejorar casi en su totalidad patologías predisponentes. En conclusión se puede decir que la aplicación del plan sanitario acompañado de medidas higiénicas, controló en un 95% la presencia de patologías, disminuyó la tasa de mortalidad y los costos de producción, además se obtuvo mejor calidad de la carne.

Estudio de la implementación del plan de bioseguridad en granjas de engorde de cuatro empresas avícolas de Nicaragua

El estudio del plan de bioseguridad de granjas de engorde de las cuatro empresas avícolas de engorde de Nicaragua se realizó con el objetivo de evaluar las medidas de bioseguridad, permitiéndonos: conocer las fortalezas y debilidades, desarrollo tecnológico y distribución de las cuatro empresas por departamento. La información se recopiló en el formato de encuesta de medidas de bioseguridad del MAGFOR, que consiste en un stop de 86 preguntas dirigidas a investigar su cumplimiento, las respuestas se analizaron mediante incorporación de datos en hoja electrónica en Excel y procesadas en Acces para estudiarlas con la formula V/TP x 100; El nivel tecnológico se calculó agregando un valor a cada pregunta con un puntaje de 2 a 5 para dar un peso o ponderación especifica, 2 las de menor tecnología y 5 las de mayor nivel ténológico. Encontrándose que el 78% de la encuestas del plan de bioseguridad es aprobado con rango de 98 a 60% de cumplimiento, estas son consideradas fortalezas para las granjas y el 22% tienen un menor nivel de aceptación considerándose las debilidades de las mismas. En el nivel tecnológico 26 de 44 granjas poseen la categoría alta que es mayor o igual al 80% de tecnología, 13 tienen una categoría media del 60% a 79% y 4 poseen un nivel bajo menor al 59%. Todas ellas ubicadas en los departamentos de Carazo, Estelí, Granada, León, Madríz, Managua. Masaya, Matagalpa y nueva Segovia, siendo Masaya la que presenta mayor cantidad de granjas.

Assessment of the contribution of surface roughness to airframe noise

The generation of sound by turbulent boundary-layer flow at low Mach number over a rough wall is investigated by applying a theoretical model that describes the scattering of the turbulence near field into sound by roughness elements. Attention is focused on the numerical method to approximately quantify the absolute level of far-field radiated roughness noise. Models for the source statistics are obtained by scaling smooth-wall data by the increased skin friction velocity and boundary-layer thickness for a rough surface. Numerical integration is performed to determine the roughness noise, and it reproduces the spectral characteristics of the available empirical formula and experimental data. Experiments are conducted to measure the radiated sound from two rough plates in an open jet The measured noise spectra of the rough plates are above that of a smooth plate in 1-2.5 kHz frequency and exhibit reasonable agreement with the predicted level. Estimates of the roughness noise for a Boeing 757 sized aircraft wing with idealized levels of surface roughness show that hi the high-frequency region the sound radiated from surface roughness may exceed that from the trailing edge, and higher overall sound pressure levels are observed for the roughness noise. The trailing edge noise is also enhanced by surface roughness somewhat A parametric study indicates that roughness height and roughness density significantly affect the roughness noise with roughness height having the dominant effect The roughness noise directivity varies with different levels of surface roughness. Copyright © 2007 by the American Institute of Aeronautics and Astronautics, Inc. All rights reserved.

Efecto de la eliminación de hospederos sobre la dinámica poblacional de gusano rosado del algodonero Pectinophora gossypiella (Saunders) lepidoptera, Gelechidae en plan de erradicación

El presente trabajo es un análisis descriptivo preliminar, sobre las actividades llevadas acabo en el plan de erradicación y contención del gusano rosado del algodonero Pectinophora gossypiella (Saunders), el cual se llevó a cabo en la “Isla del Maiz” (Corn lsland). localizada en el Océano Atlántico, en la Región Autónoma Atlantíco Sur (RAAS) de la República de Nicaragua. El objetivo principal de este trabajo consistió en determinar el efecto de la eliminación de los hospederos principales del "Gusano Rosado”, que son : Algodón Silvestre (Gossypium barbadense), Higuerilla (Ricinus communis) y algunos hospederos alternos que interactúan sobra su biologia y dinámica Poblacional. Se ubicaron trampas DELTAS de PRISMA con feromonas, con el objetivo de capturar adultos machos de Pectinophora gossypiella (Saunders). Esta plaga es facilmente confundible con el falso Gusano Rosado Colombiano (Sacacioces piralis). Gusano rosado, es una plaga cuarentenada en Nicaragua y restos de países del área Centro Americana; este insecto vive en malvaceas silvestres y cultivadas, atacando órganos reproductivos (Botones florales, flores, bellotas y motas), provoca la destrucción de semillas y las fibras, a la vez que sus daños y residuos fecales pueden ser fuente de infestación de hongos y bacterias fitopatogenas. Se realizaron inspeccionas de manera visual en diferentes áreas de la Isla para ubicar los focos de los hospederos ya determinados y posteriormente eliminarlos de forma mecanico-quimica, aplicándole al herbicida TORDON -101 (Pichloran 2, 4•D) a los tocones cortados y en ocasiones arrancar las plantas de forma manual desde sus raices, esto en dependencia de las dimensiones del tallo y tamaño de la planta en la medida que fuese posible arrancarlo del suelo. De la eliminación mecanico-quimica efectuado sobre los hospederos alimenticios de la plaga ya determinados (Algodón Silvestre e Higuerilla), se puede promediar un 95% de plantas huespedes eliminadas, para ambas especies, durante todo el periodo que duro nuestro trabajo. De igual forma se instalaron un total de 100 trampas DELTAS distribuidas en 5 rutas procurando cubrir el 95 % del territorio de la Isla del Maiz. Producto del monitoreo y el alto indice de capturas de adultos machos efecto de la actividad confucionista de la feromona sexual ubicada en cada una de las trampas, utilizado como método de control y erradicación de la plaga, nos indicaron que la población de adultos de gusano rosado presentaba una reducción considerable; lo cual demuestra que la eliminación de los hospederos afecta eficazmente la dinámica poblacional de esta plaga.

Monitoreo aplicado a la elaboración de un plan de conservación de Calycophyllum candidissimum en fragmentos de bosque seco del suroeste de Nicaragua

La fragmentación de bosques por actividades antropogénicas ha generado cambios drásticos en las características poblacionales de algunas especies, hasta el punto de presentar altos niveles de amenaza en ciertas localidades. A partir de la elaboración y análisis de una línea base de monitoreo se propone la implementación en la zona Sur de un plan de conservación de la especie Calycophyllum candidissimum. La línea base está constituida por información de parámetros poblacionales de la especie; elementos que forman parte de tres criterios y 12 indicadores definidos para la ejecución de un monitoreo efectivo y a largo plazo que enriquezca los elementos del plan de conservación. Los resultados del monitoreo sugieren baja densidad de la especie en fragmentos de 0.5 a 10 hectáreas. La relación entre mortalidad y reclutamiento muestra pérdida progresiva de los individuos en las poblaciones monitoreadas; aun cuando datos de regeneración natural indican un cambio positivo en la densidad en un periodo de tres años. La propuesta de plan de conservación está constituida por cuatro estrategias que reflejan la necesidad de completar monitoreo, la protección del hábitat, y el restablecimiento de la población de Calycophyllum candidissimum; además de un modelo que define buenas prácticas de manejo y conservación de la especie; y establece actividades puntuales para operativizar la estrategia.

Impacto del plan comunal universitario en el fortalecimiento del sistema de extensión y promotoria rural en Nicaragua

El Plan Comunal Universitario (PCU) fue iniciado de Mayo a Diciembre del año de 2009 entre las universidades del Consejo Nacional de Universidades (CNU) y la Oficina de Desarrollo Institucional (ODI) del Instituto Nicaragüense de Tecnología Agropecuaria (INTA). El financiamiento fue obtenido del Fondo para el Desarrollo de Capacidades del PRORURAL (FADECAPRO). Se involucraron un total de 136 egresados y graduados de las carreras de Agronomía, Veterinaria, Zootecnia, Ingeniería Agrícola, Economía, comunicación, Ingeniería en Sistemas y Antropología de la Universidad Nacional Agraria (UNA), Universidad Nacional de Ingeniería (UNI), Universidad Nacional Autónoma de Nicaragua Managua (UNAN Managua), Universidad Nacional Autónoma de Nicaragua de León (UNAN León), Universidad Católica del Trópico Seco (UCATSE), Escuela internacional de Agricultura y Ganadería de Rivas (EIAG), Universidad Centroamerciana (UCA), Bluefield Indian and Caribbean Universitiy (BICU) y la Universidad de las Regiones Autónomas de la Costa Caribe Nicaragüense (URACCAN). El curso de inducción, el curso de promotoría rural y demás capacitaciones fueron impartidas en el CNIAB – INTA Managua, Campos Azules INTA Masatepe, INTA Juigalpa, Centro del Valle de Sébaco -CEVAS INTA Matagalpa y en el Centro Experimental de Occidente -CEO León. Los objetivos del PCU fueron los de capacitar a recién egresados y graduados de las Universidades, fortalecer la red de promotores rurales, aumentar la cobertura de asistencia técnica del INTA y mejorar la seguridad alimentaria y nutricional de las familias campesinas. Se logró organizar a un total de 588 promotores y beneficiar a través del proceso de capacitación y transferencia tecnológica a un total de 10 571 productores de los cuáles 42% fueron mujeres. Se logró incrementar en un 12% el número de beneficiarios o cobertura del INTA con los servicios de asistencia técnica pública. La vitalidad de estos jóvenes, protagonizó una faena técnica y humana y cuyas repercusiones dejaron una profunda huella en las comunidades y cooperativas que ellos atendieron y una huella en sus propias vidas, lo cual se resalta en un incremento de la autoestima y la buena voluntad de un relevo generacional responsable y comprometido con el desarrollo de Nicaragua.