Yrityskulttuurianalyysi organisaatiomuutoksen tukena, case: Yksityis- ja Yritys-Sampo

Tutkimuksen ensisijaisena tarkoituksena on tutkia organisaatioiden kulttuurieroihin, kulttuureista löytyviin yrityksen strategisia - ja muutostavoitteita tukeviin tai haittaaviin tekijöihin sekä siihen, mitä kulttuurisia seikkoja muutoksen valmistelussa tulee ottaa huomion. Teoreettisesti tutkimusta lähestyttiin yrityskulttuuria, organisaation muutosta ja muutosjohtajuutta käsittelevällä kirjallisuudella, joiden pohjalta määriteltiin kulttuuridimensiot ja pohja Sammon kulttuuritutkimukselle. Tutkielma suoritettiin kvantitatiivisena case - tutkimuksena. Informaatio kerättiin sisäisen Intranetin välityksellä koko Yksityis- ja Yritys- Sammon henkilöstöltä. Merkittävimpänä tuloksena vahvistui käsitys siitä, että kahta täysin samanlaista yrityskulttuuria ei ole olemassa. Tulosten perusteella yksiköiden välillä on ajoittain merkittäviäkin eroja, kun yksiköiden omia vastauksia verrattiin keskenään. Mielikuvavastausten perusteella toisen yhtiön tilanne arvioidaan huomattavasti heikommaksi kuin oman lähes kaikissa väittämissä.

Regulation of bistable ICEclc transfer in pseudomonas knackmussii B13

L'élément génétique intégratif et conjugatif auto-transférable de 103 kb qui se trouve dans le génome de Pseudomonas knackmussii B13 (ICEc/c) confère la capacité de dégrader le 3-chlorobenzoate et le 2-aminophénol. L'élément ICE c/c peut être transféré par conjugaison de la souche B13 à diverses bêta- et gamma- protéobactéries. Seule une sous-population de 3 à 5% des cellules transfère l'élément, les cellules dites "compétentes pour le transfert". L'acquisition de la compétence pour le transfert est vraisemblablement la conséquence d'une régulation bistable, conduisant une partie des cellules au transfert de l'élément ICE c/c tandis que, dans les autres, l'élément reste quiescent et ne se transfère pas. À ce jour, les mécanismes et les acteurs moléculaires qui régulent l'activation bistable de l'élément sont restés inconnus. Mon travail de doctorat visait à identifier les éléments bistables du régulon de la compétence pour le transfert et d'analyser les fondements moléculaires de la bistabilité de l'élément ICE c/c chez P. knackmussii. Le premier chapitre introduit le thème du transfert génétique horizontal avec un accent particulier sur les éléments intégratifs et conjugatifs (ICE) et ICEcIc. L'état actuel des connaissances sur l'organisation génétique, la régulation, l'intégration et le transfert de différents modèles de ICEs est exposé en détail. En outre, je m'étends sur les phénomènes d'hétérogénéité et de bistabilité phénotyplques, qu'on peut distinguer dans une population isogénique dans des conditions de culture homogènes, et qui sont susceptibles de jouer un rôle dans le transfert de l'élément ICE c/c, dans la mesure où il ne s'active et n'est transférable que dans une très petite sous-population de cellules. Dans le chapitre 2, je présente une analyse globale des régions promotrices minimales des gènes appartenant au régulon de la compétence pour le transfert de l'élément ICE c/c. Nous avons étudié les caractéristiques d'expression des promoteurs et, s'ils s'avéraient bistables, leur activation dans le temps par comparaison avec le mutant lntB13. Pour ce faire, nous avons utilisé des fusions de promoteurs avec des gènes rapporteurs et testé l'expression bistable chez P. knackmussii par microscopie à épifluorescence. Pour six promoteurs présentant une expression bistable, nous avons employé de la microscopie temporelle pour déterminer la chronologie de leur expression par rapport à Pint et PinR. Parmi eux, nous avons identifié deux gènes exprimés précocement et trois gènes exprimés tardivement dans le processus d'acquisition de la compétence de transfert. Dans le chapitre 3, j'expose une analyse d'expression génétique pour l'un des groupes de gènes dont la transcription est la plus élevée dans la région conservée de ICE c/c, les gènes orf81655-orf68241 contenus dans une région de 14 kb. Nous montrons d'abord que cet opéron fait partie du même régulon bistable que intB13 et inrR et analysons les caractéristiques génétiques qui conduisent à une transcription élevée. Nous étudions les fonctions biologiques de ce groupe de gènes par des délétlons ciblées et montrons que certaines d'entre elles empêchent le transfert de l'élément. Nous approfondissons la caractérlsatlon de I'orf8l655 en construisant une fusion transcrlptionnelle avec le gène codant pour la protéine fluorescente verte (egfp) (en utilisant le système minl-Tn5). L'expression de Vorf81655 dans des cellules individuelles est comparée au signal mesuré par hybridation in situ en fluorescence (FISH) sur le ARN messager du gène. En utilisant FISH, des délétlons du promoteur et de l'analyse directe de transcription, nous avons localisé la région promotrice du groupe de gènes. En outre, nous avons utilisé des mutations dirigées pour comprendre la bistabilité de cette région promotrice, caractérisée par une transcription très élevée et une traduction lente de l'ARN messager.  Dans le chapitre 4, nous nous efforçons de comprendre comment la bistabilité est générée au sein du régulon te de l'élément ICE c/c. Pour ce faire, nous avons tenté de reconstituer une expression bistable, dans un hôte qui ne présente pas de bistabilité naturellement, à partir d'éléments génétiques individuels. L'hôte choisi est Pseudomonas putida dans lequel nous avons introduit une copie unique de Pint, PinR ou PaipA fusionnés à la egfp, construits qui permettent d'observer l'apparition de bistabilité. Nous avons ensuite construit différents assemblages de composants génétiques de l'élément ICE c/c, en nous concentrant sur la région parA-inrR. En effet, nous avons pu démontrer qu'une expression bistable apparaît dans P. putida grâce à ces éléments en l'absence de l'élément ICE c/c complet. À noter que la plupart des construits génétiques activent PaipA ou P|,,R, mais qu'un seul recrée la bistabilité de Pint, ce qui suggère que la région parA-inrR permet à la fois d'engendrer la bistabilité et d'opérer la transition entre les promoteurs précoces et les promoteurs tardifs du régulon de la bistabilité. Dans le chapitre 5, nous concluons sur une discussion de la pertinence de nos résultats et sur de futures perspectives de recherche. -- The 103-kb self-transmissible integrative and conjugative element (ICE) of Pseudomonas knackmussii B13 (ICEc/c) confers the capacity to degrade 3- chlorobenzoate and 2-aminophenol. ICEc/c can be conjugated from strain B13 to a variety of Beta- and Gammaproteobacteria. Interestingly, ICE c/c transfer is observed in a subpopulatlon of cells (3-5%) only, the so-called 'transfer competent' cells. The formation of transfer competence (tc) is thought to be the consequence of a 'bistable' decision, which forces those cells to follow the developmental path which leads to ICEc/c transfer, whereas in others ICE c/c remains silent and does not transfer. So far, the mechanisms and molecular partners generating this bistable transfer activation in cells of P. knackmussii B13 remain mostly unidentified. This thesis aimed at understanding the extent of the tc bistability regulon and to dissect the molecular basis of bistabillty formation of ICEc/c in P. knackmussii. The first chapter is a general Introduction on horizontal gene transfer (HGT) with particular emphasis on ICEs and ICE c/c. The emphasis is made on the current knowledge about the HGT gene organization, regulation and specific integration and transfer aspects of the different ICEs models. Furthermore, I focus on the phenomena of phenotypic heterogeneity and bistability (the property of two distinguishable phenotypes existing within an isogenic population under homogeneous conditions), which may play a particular role in ICEc/c behaviour, since ICE activation and transfer only occurs in a very small subpopulation of cells. In Chapter Two, I focus on a global analysis of the different core promoters that might belong to the ICEc/c tc pathway regulon. We studied both expression patterns of ICEc/c promoters and, once being identified as "bistable", their temporal activation compared to that of intB13. In order to do this, we used promoter reporter fusions and tested blstability expression in P. knackmussii using epifluorescence microscopy. For the 6 promoters that showed bistable expression, we used time-lapse microscopy to study the timing of promoter expression in comparison to that of P,,,t or PlnR. We could establish two "early" and 3 "late" phase promoters in the process of transfer competence. In Chapter Three, I focused my attention on analysis of gene expression of one of the most highly transcribed gene clusters in the conserved core region of ICEc/c, a 14-kb gene cluster formed by the genes orf81655-orf68241. First we showed that this operon is part of the same bistability 'regulon' as intB13 and inrR, and analysed the genetic features that lead to high transcription. We studied the potential biological function of this cluster for ICE c/c by making specific gene deletions, showing that some interrupt ICEc/c transfer. We further analysed the orfdl655 promoter by constructing transcriptional egfp fusion reporter strains using the miniTn5 delivery system. Expression of the orf81655 promoter in single cells was compared to signals measured by Fluorescence In Situ Hybridization (FISH) on orfSl655 mRNA. We localized the promoter region of the gene cluster using FISH, promoter deletions, and by direct transcript analysis. We further used site-directed mutagenesis to understand the bistability character of the promoter region and the extremely high transcription but low translation from this mRNA. In Chapter Four, we set out to understand how bistability is generated in the tc pathway of ICEc/c. For this we tried rebuilding bistable expression from ICEc/c individual gene components in a host, which normally does not display bistability. As host we used P. putida without ICEc/c but with a single copy Pint-, PlnR- or PalpA- egfp fusion that enabled us to verify bistability formation. Subsequently, we built different assemblages of ICEc/c gene components, focusing on the parA-inrR region. Indeed, we found that bistable expression can be build from those components in P. putida without ICEc/c. Interestingly, most genetic constructs activated PaipA or PlnR, but only one resulted in bistable activation of PinT. This suggests that the parA-inrR region acts as a bistability "generator", but also as a bistability "relay" from early to late promoters in the tc pathway hierarchy. In the final fifth chapter, we conclude with a discussion of the relevance of the present thesis and the resulting perspectives for future studies.

Micrornas involvement in cortical plasticity in adult mouse barrel cortex

In rodents, sensory experience alters the whisker representation in layer IV of the barrel cortex (Woolsey and Van der Loos, 1970). Excitatory and inhibitory interneurons, together with the astrocytic network, modify the functional representation in an integrated manner. Our group showed that continuous whisker stimulation induces structural and functional changes in the corresponding barrel. These modifications include the depression of neuronal responses and an insertion of new inhibitory synapses on dendritic spines (Knott et al., 2002; Genoud et al., 2006; Quairiaux et al., 2007). This form of cortical plasticity is controlled by several gene regulatory mechanisms including the activation of genetic programs controlling the expression of microRNAs (miRNAs). The transitory and localized expression of miRNAs in dendrites and their capacity to respond in an activity-dependent manner make them ideal candidates for the fine tuning of gene expression associated with neural plasticity. In a previous study of our group (Johnston- Wenger, 2010) using microarray analysis on laser-dissected barrels in order to compare the gene expression levels in stimulated and non-stimulated barrels after whisker stimulation, 261 genes were found significantly regulated, among these genes there were two miRNAs (miR- 132 and miR-137). In this study I tested the initial observation on the up-regulation of miR-132 and miR-137 after whisker stimulation and the possible involvement of two other miRNAs (miR-138 and miR-125b) that are known play a role in other form of synaptic plasticity. I used in situ hybridization (ISH) after unilateral stimulation of three whiskers (Cl-3) in the adult mouse. We found that sensory stimulation increases the expression, of miR-132 after 3hours of stimulation (p<0.01) and miR-137 (pO.Ol; 24 hrs of stim.), whereas it reduces the level of miR-125b (pO.Ol; 9 hrs of stim.). No significant difference was detected for miR-138. We further determined a correlation between the level of expression of the four selected miRNAs in the cortical barrels (measured by ISH) and in blood plasma (measured by qPCR). In addition to this quantitative comparison, we combined miRNAs ISH and immunolabeling for various neuronal markers that were chosen for the localization in both excitatory and inhibitory circuits as well as in astrocytes. Analysis of three-dimensional confocal acquisitions showed that stimulation alters significantly the degree of co-localization in the stimulated barrel of miR-132 with GAD65/67 and VGLUT2; miR-125b with GAD65/67 and parvalbumin; miR-138 with parvalbumin, VGLUT1 and PSD95; and miR-137 with VGLUT1 and astrocytic markers (GS; GFAP and SlOOß). To conclude, using increased neuronal activity in the whisker-to-barrel pathway; our results suggest that miRNAs can be regulated in an activity-dependent manner and they may regulate local mRNA translation to shape neuronal responses. These findings motivate further investigation of the different modes in which miRNAs may regulate cortical plasticity. -- Chez les rongeurs, l'expérience sensorielle modifie la représentation des vibrisses au niveau du cortex somatosensoriel primaire (Woolsey and Van der Loos, 1970). Les interneurones excitateurs et inhibiteurs, en collaboration avec le réseau astrocytaire, modifient la représentation fonctionnelle d'une manière intégrée. Notre groupe a montré que la stimulation continue des vibrisses induit des changements structuraux et fonctionnels dans le tonneau correspondant. Ces modifications incluent la dépression des réponses neuronales et une insertion de nouvelles synapses inhibitrices sur les épines dendritiques (Knott et al., 2002 ; Genoud et al., 2006 ; Quairiaux et al., 2007). Cette forme de plasticité corticale est contrôlée par plusieurs mécanismes de régulation génique dont l'activation des programmes géniques contrôlant l'expression des microARNs (miARNs). Par leur expression transitoire et localisée dans les dendrites et leur capacité à réagir d'une manière dépendante de l'activité, les miARNs sont des candidats idéaux pour le réglage fin de l'expression des gènes associée à la plasticité neuronale. Afin de comparer le niveau d'expression des gènes dans les tonneaux stimulés et non-stimulés après stimulation des vibrisses, une étude antérieure dans notre groupe (Johnston-Wenger, 2010), utilisant l'analyse par microarray sur des tonneaux disséqués par laser, a montré l'altération significative de 261 gènes. Parmi ces gènes, il y avait deux miARNs (miR-132 et miR-137). Dans la présente étude, j'ai testé l'observation initiale sur la régulation de miR-132 et miR-137 après stimulation des vibrisses et la possible implication de deux autres miARNs (miR-138 et miR-125b) connus avoir jouer un rôle important dans d'autres formes de plasticité synaptique. J'ai utilisé l'hybridation in situ (ISH) après stimulation unilatérale de trois vibrisses (Cl-3) chez la souris adulte. J'ai trouvé que la stimulation sensorielle augmente l'expression, de miR-132 après 3 heures de stimulation (p < 0.01) et miR-137 (p < 0.01 ; 24 hrs de stim.), alors qu'elle réduit le niveau de miR-125b (p < 0.01; 9 hrs de stim.). Aucune différence significative n'a été détectée pour miR-138. J'ai aussi déterminé une corrélation entre le niveau d'expression des quatre miARNs sélectionnés dans les tonneaux (mesurés par ISH) et dans le plasma sanguin (mesuré par qPCR). En plus de cette comparaison quantitative, j'ai combiné le miR-ISH et l'immunomarquage pour divers marqueurs neuronaux qui ont été choisis pour étudier la localisation dans les circuits excitateurs et inhibiteurs, ainsi que dans les astrocytes. Les acquisitions tridimensionnelles montrent que la stimulation modifie considérablement le degré de co-localisation dans le tonneau stimulé de miR-132 avec GAD65/67 et VGLUT2; miR-125b avec GAD65/67 et parvalbumine; miR-138 avec parvalbumine, VGLUT1 et PSD95; et miR-137 avec VGLUT1 et les marqueurs astrocytaires (GS ; GFAP et SlOOß). En conclusion, à l'aide de l'activité neuronale accrue dans la voie de vibrisses-au-baril; les résultats suggèrent que les miARNs peuvent être régulé d'une manière dépendante de l'activité et peuvent résulter la stabilité des ARNm et la traduction pour façonner les réponses neuronales ultérieures. Ces résultats incitent d'investiguer davantage les voies importantes par lesquels les miARNs peuvent réguler la plasticité corticale.

Effect of aerobic exercise on skeletal muscle mitochondrial content and function in older adults

Regular aerobic exercise training, which is touted as a way to ameliorate metabolic diseases, increases aerobic capacity. Aerobic capacity usually declines with advanced age. The decline in aerobic capacity is typically associated by a decrease in the quality of skeletal muscle. At the molecular level, this decreased quality comes in part from perturbations in skeletal muscle mitochondria. Of particular is a decrease in the total amount of mitochondria that occupy the skeletal muscle volume. What is not well established is if this decrease in mitochondrial content is due to inactive lifestyle or the process of aging. Herein, the work of the thesis shows a clear connection between mitochondrial content and aerobic capacity. This indicates that active individuals with higher VChmax levels also contain higher volumes of mitochondria inside their muscle as opposed to sedentary counterparts who have lower levels of mitochondrial content. Upon taking these previously sedentary individuals and entering them into an aerobic exercise intervention, they are able to recover their mitochondrial content as well as function to similar levels of lifelong athletes of the same age. Furthermore, the results of this thesis show that mitochondrial content and function also correlate with exercise efficiency. If one is more efficient, he/she is able to expend less energy for a similar power output. Furthermore, individuals who increase in efficiency also increase in the ability to oxidize and utilize fat during pro-longed exercise. This increased reliance on fat after the intervention is associated with an increased amount of mitochondria, particularly in the intermyofibrillar region of skeletal muscle. Therefore, elderly adults who were once sedentary were able to recover mitochondrial content and function and are able to reap other health benefits from regular aerobic exercise training. Aging per se does not seem to be the culprit that will lead to metabolic diseases but rather it seems to be a lack of physical activity. -- Un entraînement sportif d'endurance, connu pour réduire le risque de développer des maladies métaboliques, augmente notre capacité aérobie. La capacité aérobie diminue généralement avec l'âge. Ce déclin est typiquement associé d'une diminution de la qualité du muscle squelettique. Au niveau moléculaire, cette diminution est due à des perturbations dans les mitochondries du muscle squelettique,, ce qui conduit à une diminution de la quantité totale des mitochondries présentes dans le muscle squelettique. Il n'a pas encore été établi si cette diminution de la teneur mitochondriale est due à un mode de vie sédentaire ou au processus du vieillissement. Ce travail de thèse montre un lien clair entre le contenu mitochondrial et la capacité aérobie. Il indique que des personnes âgées actives, avec des niveaux de V02max plus élevés, possèdent également un volume plus élevé de mitochondries dans leurs muscles en comparaison à leurs homologues sédentaires. En prenant des individus sédentaires et leur faisant pratiquer une activité physique aérobie, il est possible d'accroître leur contenu de même que leur fonction mitochondriale à des niveaux similaires à ceux d'athlètes du même âge ayant pratiqué une activité physique tout au long de leur vie. De plus, les résultats de ce travail démontrent que le contenu et la fonction mitochondriale sont en corrélation avec l'efficiscience lors d'exercice physique. En agumentant l'effiscience, les personnes sont alors capables de dépenser moins d'énergie pour une puissance d'exercice similaire. Donc, un volume mitochondrial accru dans le muscle squelettique, associé à une fonction mitochondriale améliorée, est associté à une augmentation de l'effiscience. En outre, les personnes qui augmentent leur effiscience, augmentent aussi leur capacité à oxyder les graisses durant l'exercice prolongé. Une augmentation du recours au graisses après l'intervention est associée à une quantité accrue de mitochondries, en particulier dans la région inter-myofibrillaire du muscle squelettique. Par conséquent, les personnes âgées autrefois sédentaires sont en mesure de récupérer leur contenu et leur fonction mitochondriale ainsi que d'autres avantages pour la santé grâce à un entraînement aérobie régulier. Le vieillissement en soi ne semble donc pas être le coupable conduisant aux maladies métaboliques qui semblent plutôt être lié à un manque d'activité physique.

Error models in hydrogeology applications

Notre consommation en eau souterraine, en particulier comme eau potable ou pour l'irrigation, a considérablement augmenté au cours des années. De nombreux problèmes font alors leur apparition, allant de la prospection de nouvelles ressources à la remédiation des aquifères pollués. Indépendamment du problème hydrogéologique considéré, le principal défi reste la caractérisation des propriétés du sous-sol. Une approche stochastique est alors nécessaire afin de représenter cette incertitude en considérant de multiples scénarios géologiques et en générant un grand nombre de réalisations géostatistiques. Nous rencontrons alors la principale limitation de ces approches qui est le coût de calcul dû à la simulation des processus d'écoulements complexes pour chacune de ces réalisations. Dans la première partie de la thèse, ce problème est investigué dans le contexte de propagation de l'incertitude, oú un ensemble de réalisations est identifié comme représentant les propriétés du sous-sol. Afin de propager cette incertitude à la quantité d'intérêt tout en limitant le coût de calcul, les méthodes actuelles font appel à des modèles d'écoulement approximés. Cela permet l'identification d'un sous-ensemble de réalisations représentant la variabilité de l'ensemble initial. Le modèle complexe d'écoulement est alors évalué uniquement pour ce sousensemble, et, sur la base de ces réponses complexes, l'inférence est faite. Notre objectif est d'améliorer la performance de cette approche en utilisant toute l'information à disposition. Pour cela, le sous-ensemble de réponses approximées et exactes est utilisé afin de construire un modèle d'erreur, qui sert ensuite à corriger le reste des réponses approximées et prédire la réponse du modèle complexe. Cette méthode permet de maximiser l'utilisation de l'information à disposition sans augmentation perceptible du temps de calcul. La propagation de l'incertitude est alors plus précise et plus robuste. La stratégie explorée dans le premier chapitre consiste à apprendre d'un sous-ensemble de réalisations la relation entre les modèles d'écoulement approximé et complexe. Dans la seconde partie de la thèse, cette méthodologie est formalisée mathématiquement en introduisant un modèle de régression entre les réponses fonctionnelles. Comme ce problème est mal posé, il est nécessaire d'en réduire la dimensionnalité. Dans cette optique, l'innovation du travail présenté provient de l'utilisation de l'analyse en composantes principales fonctionnelles (ACPF), qui non seulement effectue la réduction de dimensionnalités tout en maximisant l'information retenue, mais permet aussi de diagnostiquer la qualité du modèle d'erreur dans cet espace fonctionnel. La méthodologie proposée est appliquée à un problème de pollution par une phase liquide nonaqueuse et les résultats obtenus montrent que le modèle d'erreur permet une forte réduction du temps de calcul tout en estimant correctement l'incertitude. De plus, pour chaque réponse approximée, une prédiction de la réponse complexe est fournie par le modèle d'erreur. Le concept de modèle d'erreur fonctionnel est donc pertinent pour la propagation de l'incertitude, mais aussi pour les problèmes d'inférence bayésienne. Les méthodes de Monte Carlo par chaîne de Markov (MCMC) sont les algorithmes les plus communément utilisés afin de générer des réalisations géostatistiques en accord avec les observations. Cependant, ces méthodes souffrent d'un taux d'acceptation très bas pour les problèmes de grande dimensionnalité, résultant en un grand nombre de simulations d'écoulement gaspillées. Une approche en deux temps, le "MCMC en deux étapes", a été introduite afin d'éviter les simulations du modèle complexe inutiles par une évaluation préliminaire de la réalisation. Dans la troisième partie de la thèse, le modèle d'écoulement approximé couplé à un modèle d'erreur sert d'évaluation préliminaire pour le "MCMC en deux étapes". Nous démontrons une augmentation du taux d'acceptation par un facteur de 1.5 à 3 en comparaison avec une implémentation classique de MCMC. Une question reste sans réponse : comment choisir la taille de l'ensemble d'entrainement et comment identifier les réalisations permettant d'optimiser la construction du modèle d'erreur. Cela requiert une stratégie itérative afin que, à chaque nouvelle simulation d'écoulement, le modèle d'erreur soit amélioré en incorporant les nouvelles informations. Ceci est développé dans la quatrième partie de la thèse, oú cette méthodologie est appliquée à un problème d'intrusion saline dans un aquifère côtier. -- Our consumption of groundwater, in particular as drinking water and for irrigation, has considerably increased over the years and groundwater is becoming an increasingly scarce and endangered resource. Nofadays, we are facing many problems ranging from water prospection to sustainable management and remediation of polluted aquifers. Independently of the hydrogeological problem, the main challenge remains dealing with the incomplete knofledge of the underground properties. Stochastic approaches have been developed to represent this uncertainty by considering multiple geological scenarios and generating a large number of realizations. The main limitation of this approach is the computational cost associated with performing complex of simulations in each realization. In the first part of the thesis, we explore this issue in the context of uncertainty propagation, where an ensemble of geostatistical realizations is identified as representative of the subsurface uncertainty. To propagate this lack of knofledge to the quantity of interest (e.g., the concentration of pollutant in extracted water), it is necessary to evaluate the of response of each realization. Due to computational constraints, state-of-the-art methods make use of approximate of simulation, to identify a subset of realizations that represents the variability of the ensemble. The complex and computationally heavy of model is then run for this subset based on which inference is made. Our objective is to increase the performance of this approach by using all of the available information and not solely the subset of exact responses. Two error models are proposed to correct the approximate responses follofing a machine learning approach. For the subset identified by a classical approach (here the distance kernel method) both the approximate and the exact responses are knofn. This information is used to construct an error model and correct the ensemble of approximate responses to predict the "expected" responses of the exact model. The proposed methodology makes use of all the available information without perceptible additional computational costs and leads to an increase in accuracy and robustness of the uncertainty propagation. The strategy explored in the first chapter consists in learning from a subset of realizations the relationship between proxy and exact curves. In the second part of this thesis, the strategy is formalized in a rigorous mathematical framework by defining a regression model between functions. As this problem is ill-posed, it is necessary to reduce its dimensionality. The novelty of the work comes from the use of functional principal component analysis (FPCA), which not only performs the dimensionality reduction while maximizing the retained information, but also allofs a diagnostic of the quality of the error model in the functional space. The proposed methodology is applied to a pollution problem by a non-aqueous phase-liquid. The error model allofs a strong reduction of the computational cost while providing a good estimate of the uncertainty. The individual correction of the proxy response by the error model leads to an excellent prediction of the exact response, opening the door to many applications. The concept of functional error model is useful not only in the context of uncertainty propagation, but also, and maybe even more so, to perform Bayesian inference. Monte Carlo Markov Chain (MCMC) algorithms are the most common choice to ensure that the generated realizations are sampled in accordance with the observations. Hofever, this approach suffers from lof acceptance rate in high dimensional problems, resulting in a large number of wasted of simulations. This led to the introduction of two-stage MCMC, where the computational cost is decreased by avoiding unnecessary simulation of the exact of thanks to a preliminary evaluation of the proposal. In the third part of the thesis, a proxy is coupled to an error model to provide an approximate response for the two-stage MCMC set-up. We demonstrate an increase in acceptance rate by a factor three with respect to one-stage MCMC results. An open question remains: hof do we choose the size of the learning set and identify the realizations to optimize the construction of the error model. This requires devising an iterative strategy to construct the error model, such that, as new of simulations are performed, the error model is iteratively improved by incorporating the new information. This is discussed in the fourth part of the thesis, in which we apply this methodology to a problem of saline intrusion in a coastal aquifer.

Evaluation in vitro de la fonction hémostatique des concentrés plaquettaires traités par inactivation des pathogènes par amotosalem-UVA

La transfusion de concentrés plaquettaires, dès 1958, a permis d'augmenter l'espérance et la qualité de vie des patients dans le domaine de l'onco-hématologie, notamment en réduisant les risques hémorragiques induits par les chimiothérapies intensives. Après le traumatisme de l'affaire du sang contaminé dans les années 1980-1990, la médecine transfusionnelle a adopté des exigences de sécurité et de qualité très strictes et régulées dans plusieurs pays par les instances politiques. Cependant même les mesures de qualité les plus strictes n'ont permis d'atteindre le risque « zéro », notamment en ce qui concerne les contaminations bactériennes. De plus, la prise de conscience de l'existence de nouveaux pathogènes (West Nile Virus, Chikungunya, Prions) a stimulé le développement de 3 techniques d'inactivation des pathogènes pouvant s'appliquer au plasma et aux concentrés plaquettaires : la technique INTERCEPT utilisant l'amotosalen/UVA, la technique MIRASOL avec la riboflavine/UV et la technique THERAFLEX avec les UVC. La Suisse a fait office de pionnière en étant le premier pays au monde à adopter de manière généralisée l'inactivation des pathogènes par la technique INTERCEPT pour les concentrés plaquettaires dès 2011 après sa validation par Swissmedic en 2009 et son implémentation réussie dans plusieurs centres de transfusion pilotes. Coïncidence? Le décès tragique d'un patient pédiatrique en 2009 suite à une contamination bactérienne par une transfusion de concentré plaquettaire a précédé cette décision. Les cliniciens ont besoin de disposer de concentrés plaquettaires sûrs d'un point de vue microbiologique mais également sur le plan hémostatique, d'où la nécessité de disposer de preuves solides sur l'efficacité thérapeutique de ces nouveaux produits. Ceci a fait l'objet de la revue publiée dans Blood Reviews « The clinical and biological impact of new pathogen inactivation technologies on platelets concentrates » dont l'originalité est de couvrir l'étude de l'effet des processus d'inactivation des pathogènes sur la fonction plaquettaire sous toutes ses facettes allant de la protéomique aux études d'hémovigilance. Ce travail montre l'efficacité de ces méthodes et leur sécurité et souligne que l'observation de taux de recirculation moindre peut être compensée par une augmentation du statut d'activation des plaquettes. Le deuxième article publié comme co-auteur dans le journal Blood Transfusion « In vitro evaluation of pathogen-inactivated buffy coat-derived platelet concentrates during storage: The psoralen-based photochemical treatment step-by-step » se pose la question de la modification des propriétés fonctionnelles des plaquettes dans une étude à deux bras (par comparaison entre plaquettes traitées et non traitées). En plus de deux tests utilisés en pratique clinique (agrégation plaquettaire et cytométrie de flux) un test expérimental d'adhésion plaquettaire au fibrinogène en condition statique a été développé en collaboration avec le Prof Angelillo-Scherrer dans le cadre du laboratoire de recherche et développement du SRTS-VD. Les résultats obtenus démontrent la conservation du métabolisme plaquettaire et des changements mineurs dans la capacité d'agrégation mais une augmentation de la capacité d'adhésion au fibrinogène des plaquettes traitées probablement via une augmentation de la conversion de l'intégrine ailb(B3 dans sa forme activée. Les techniques d'inactivation des pathogènes appliqués aux concentrés plaquettaires représentent un important progrès dans le domaine de la médecine transfusionnelle. Leur impact au niveau moléculaire reste cependant encore en partie inconnu et fait l'objet d'études. Le défi actuel consiste à réussir à les adopter aux concentrés érythrocytaires, ce qui révolutionnerait la médecine transfusionnelle.

Opérationnaliser la théorie de la justice sociale d'Amartya Sen au champ de l'orientation scolaire : les apports d'une étude multicas qualitative et comparative

Nos travaux traitent des dispositifs d'orientation scolaire et professionnelle (DOSP) voués au soutien et à l'accompagnement de jeunes inégalement dotés dans leur parcours d'orientation au moment de la transition aux études supérieures. Des innovations méthodologiques étaient requises afin d'étudier cette question dans la perspective théorique de justice sociale d'Amartya Sen. Nous avons procédé à l'élaboration et à la vérification des qualités scientifiques d'outils de récolte de données dans une étude comparative internationale. Notre étude multicas se fonde sur cinq pays (Burkina Faso, Canada, France, Turquie, Suisse). Dans chacun des cas, des données qualitatives ont été récoltées sur le système éducatif, l'organisation des services et les prestations de service d'orientation. Vingt-six entretiens semi-structurés ont été menés auprès de responsables de service, de conseillères et conseillers d'orientation psychologues ainsi que de jeunes en transition vers le supérieur. La validité interne ou crédibilité des outils a été assurée tout au long de l'élaboration et des révisions du protocole de recherche, empruntant les procédés propres à l'étude de cas. La vérification de la validité de construit et de la validité externe ou transférabilité, effectuée à partir des données de la préenquête, a mis en lumière la valeur heuristique de nos outils. Au final, le cadre comparatif des DOSP, présenté en annexe, compte parmi les toutes premières formes d'opérationnalisation du cadre théorique de Sen au champ de l'orientation.

Environmental activity of bacteria degrading pollutants

Une des meilleures techniques pour décontaminer l'environnement d'éléments toxiques (comme par exemple le dibenzofuan, DBF et le 4-chlorophenol, 4CP) déposés par l'homme, à bas coûts et sans le perturber considérablement, est sans doute la biorémédiation, et particulièrement la bioaugmentation. Malheureusement, si plusieurs microorganismes ont démontré leur efficacité à dégrader les composés toxiques en conditions de laboratoire, plusieurs tentatives afin de les utiliser dans l'environnement n'ont pas abouti. Ces échecs sont probablement le résultat des pauvres connaissances des réactions de ces mêmes microorganismes dans l'environnement. L'objectif de mon travail a été de mieux comprendre les réponses de ces bactéries au niveau de leurs gènes lorsqu'elles sont introduites ou prospèrent dans des conditions plus proches de la réalité, mais encore suffisamment contrôlées pour pouvoir élucider leur comportement. Le fait de résister à des conditions de sécheresse a été considéré en tant que facteur clé dans la survie des bactéries amenées à être utilisées pour la biorémédiation; cela implique une série de mécanismes utilisés par la cellule pour faire face au stress hydrique. Le chapitre II, par une approche métagénomique, compare les réactions de trois souches prometteuses pour la biorémédiation (Arthrobacter chlorophenolicus A6, Sphingomonas wittichii RW1 and Pseudomonas veronii 1YdBTEX2) vis-à-vis du stress hydrique simulé en conditions de laboratoire. L'objectif ici est de découvrir et de décrire les stratégies de résistance au stress, communes ou spécifiques, employées par les bactéries. Mes résultats montrent que les trois souches ont des sensibilités différentes au stress hydrique. Entre les traits communs trouvés, il y a une diminution de l'expression des gènes flagellaires ainsi qu'une augmentation de l'expression de solutes compatibles, mais qui sont souche-spécifiques. J'ai étudié plus en détail la réponse génomique de RW1 par rapport aux inoculations ainsi que sa croissance dans le sable contaminé et non-stérile (chapitre III), et je les ai comparé à des cultures en milieu liquide. Mes résultats indiquent que RW1 peut résister efficacement et peut croître dans des conditions presque sèches et peut également dégrader le contaminant (DBF, dans le cas présent) si les pré-cultures sont réalisées dans le même type de contaminant. Par contre, notre hypothèse du chapitre II se révèle fausse car le comportement de RW1 est très diffèrent de celui observé dans des conditions avec stress hydrique induit par l'addition de sel ou de PEG. Plus intéressant, les réponses de RW1 en milieu liquide sont très différentes de celles observées dans le sable, révélant ainsi que cette souche peut reconnaître le milieu dans lequel elle se trouve. Les mêmes expériences en sable contaminé, cette fois-ci avec 4CP, ont été réalisées pour A6 (chapitre IV) dans l'espoir de compléter la comparaison entre le stress hydrique et l'adaptation dans le sol. Malheureusement, il n'a pas été possible d'obtenir d'échantillons de bonne qualité pour les hybridations des microarrays afin d'étudier la réponse transcriptionnelle dans les différentes phases de croissance dans le sable (contaminé ou non). Toutefois, j'ai appris qu'Arthrobacter ne peut pas croitre dans les sols hautement contaminés si les conditions du sol sont très sèches, elles ont en effet besoin de suffisamment d'eau pour dégrader des quantités importantes de 4CP. Ces observations dirigent l'attention sur le fait que les études sur l'efficacité de l'inoculation de bactéries doivent être testées dans des conditions le plus proche possible de l'environnement ciblé, tout comme les concentrations optimales pour l'inoculum. Finalement, nous avons étudié le comportement de A6 dans la phytosphère avec deux dégrés d'humidité (chapitre V). A6 ne montre pas de réaction particulière face aux changements d'humidité, et à nouveau, ces réponses ne peuvent être liées aux changements d'expression des gènes observées dans les conditions de stress hydrique simulées. Cette étude a permis d'identifier la présence de composés phénoliques dans les feuilles qui peuvent potentiellement améliorer les propriétés de dégradation ou qui permettent d'effectuer de façon plus rapide la réaction de dégradation des contaminants dans un processus de phytoremédiation par A. chlorophenolicus.

La surveillance bancaire belge de 1935 façonnée sur le modèle suisse: un discret transfert de politique publique?

Suite aux graves crises bancaires et financières qui ont secoué la plupart de sociétés occidentales au début des années 1930, on assiste à un foisonnement de réglementations publiques sur les activités bancaires. Parmi les très nombreux pays qui mettent en place des législations bancaires, l'on compte notamment la Suisse et la Belgique. Plus précisément, la loi fédérale suisse sur les banques de novembre 1934 précède de quelques mois l'arrêté royal belge no 185 de juillet 1935. Alors que le contexte historique et l'élaboration respective de chacune de ces réglementations ont déjà fait l'objet de plusieurs analyses, la comparaison et la question des éventuels liens entre ces deux régimes de surveillance bancaire très proches sont encore largement inexplorées. Une analyse détaillée du processus d'élaboration de la réglementation bancaire belge révèle que la loi suisse a joué un rôle de modèle mis en avant en premier chef par les représentants du monde bancaire. Cette influence helvétique a contribué à façonner la régulation bancaire dans une perspective libérale ; elle répondait ainsi à deux besoins essentiels: limiter l'interventionnisme étatique au minimum, et court-circuiter le pouvoir de la banque centrale. Cette parenté de naissance entre les deux lois bancaires trouve son pendant dans les activités clés deux organismes de surveillance créés pour l'occasion, la Commission fédérale des banques à Berne et la Commission bancaire à Bruxelles. Disposant toutes deux de moyens d'actions limités, ces deux instances ont connu des parcours analogues au cours de leurs premières années d'activité.

L'examen des plumes en science forensique

L'investigateur forensique est confronté à une vaste typologie de traces qui comprend notamment les plumes d'oiseaux. La présente contribution a pour but de fournir les éléments nécessaires pour mieux discerner le potentiel informatif de ces dernières et donner un aperçu global des différents examens pouvant être réalisés sur les plumes dans un contexte forensique. Il s'agit également de mettre en évidence les avantages et les limitations de chaque méthode ainsi que leur capacité de discrimination. Cet article présente finalement plusieurs exemples d'affaires dans lesquelles un examen de plumes a contribué de manière non négligeable à l'enquête et propose des pistes de réflexion sur le traitement et l'exploitation de ce type particulier de traces dans le futur.

Analyse comparée et synthèse des lois sanitaires cantonales suisses

1. Introduction. 2. Matériel et méthode (tableau 1). 3. Résultats. 4. Comparaison. 4.1. Cadre général de la loi (tableau 2). 4.2. Prévention des maladies et accidents (PMA) au sein des lois (tableau 3). 4.3. Domaines abordés I et II (tableaux 4 et 5). 4.4. Autorisation de pratique (tableau 6). 5. Conclusions. Annexes: tableaux 1 à 6

Entraînement à faire face au stress professionnel pour les personnes avec un retard intellectuel : une étude pilote / Training to cope with workplace stress for people with mild intellectual disability: a pilot study

Cette étude pilote cherche à tester la faisabilité de l'entraînement à la cohérence cardiaque avec des personnes atteintes d'un retard intellectuel dans le cadre d'un atelier protégé. Un entraînement à la cohérence cardiaque est proposé aux participants volontaires pour une durée de deux semaines à la prise de travail, matin et après-midi. Une appréciation des effets de ces exercices respiratoires est effectuée avant et après entraînement par la mesure d'indices de variabilité cardiaque et une évaluation de la perception du stress professionnel. La comparaison des valeurs récoltées pré et post-entraînement révèle une amélioration significative dans l'activation de la branche parasympathique. L'évaluation des valeurs du RMSSD sont inversement corrélées à l'évaluation des participants de leurs stress perçu. Ensemble, nos résultats indiquent que la population atteinte de retard intellectuel est réceptive à l'apprentissage de la cohérence cardiaque et que la baisse de leur stress est liée à une hausse de l'activité inhibitrice parasympathique, plutôt qu'à une diminution de l'activité excitatrice sympathique. Les considérations offertes par cette étude exploratoire doivent être étayées, mais permettent d'ores et déjà d'ouvrir de nouvelles perspectives dans la prise en charge de populations pour lesquelles la gestion du stress est mal adaptée.

Les anticoagulants oraux directs en 2015 chez le patient âgé: focus chez le sujet fragile

Depuis les études princeps de phase III de non-inf ériorité comparant les anticoagulants oraux directs (AOD) à la warfarine, de nombreuses études ont essayé de répondre à la question de l'efficacité et de la sécurité d'utilisation des AOD chez les patients âgés. Ces études sont des études de sous-groupes complémentaires issues des études princeps ou des études de pharmacovigilance en postmarketing utilisant des données médicoéconomiques à grande échelle. De nombreux biais, par définition, peuvent entraîner une distorsion des résultats dans de telles études, rendant leur interprétation prudente. Aucun essai randomisé contrôlé n'a à ce jour comparé les AOD à la warfarine chez des patients de 80 ans ou plus et a fortiori chez des sujets âgés fragiles. En pratique, chez le patient âgé fragile, il n'y a pas de consensus quant au choix des anticoagulants à prescrire en cas de fibrillation atriale (FA) et de la maladie thromboembolique veineuse (MTEV). Quant au choix de l'AOD à privilégier chez le sujet âgé, faute d'études de comparaison directe disponibles à ce jour, il apparaît difficile de se prononcer. Toutefois, les données disponibles, tant sur le plan pharmacologique que celles issues des études complémentaires, semblent montrer que le dabigatran offre un profil bénéfice/risque moins favorable que les autres AOD. Néanmoins, les résultats prometteurs de l'idarucizumab, antidote du dabigatran, pourraient contribuer à améliorer ce rapport à l'avenir.

Evolution et ampleur de la violence parmi les jeunes : résultats d'une étude comparative entre les cantons de Vaud et de Zurich : rapport dans le cadre du programme nationale Jeunes et violence

La violence parmi les jeunes est un thème récurrent dans les médias qui suscite de nombreuses inquiétudes dans la population. Les enquêtes standardisées répétées auprès des jeunes sur la violence qu'ils ont expérimentée, en tant qu'auteurs ou victimes, constituent une source précieuse de données pour étudier l'évolution de ce phénomène ainsi que d'autres formes de délinquance et de comportements à risque. Elles permettent également de décrire et de mieux comprendre les contextes dans lesquels les incidents violent se produisent et quelles sont les causes potentielles du passage à l'acte. Ces enquêtes sont un moyen efficace de dresser un état des lieux qui va bien au-delà de ce que peuvent montrer les statistiques officielles de la police et de la justice. En vue des enquêtes de 2014, les méthodologies des deux études cantonales ont été harmonisées de manière à augmenter les possibilités de comparaison. Ce processus d'harmonisation ainsi que la présente étude comparative ont été financés par l'Office fédéral des assurances sociales (OFAS). Par ailleurs, les habitudes des jeunes ayant évolué au cours des dix dernières années, un certain nombre de comportements ont été intégrés dans les questionnaires vaudois et zurichois de 2014, comme le cyber-harcèlement et la violence au sein des jeunes couples. La présente étude cherche à répondre à deux questions fondamentales : 1. Comment la violence parmi les jeunes ainsi que ses contextes et facteurs de risque ont-ils évolué ces dernières années ? 2. Quelles similarités et différences trouvons-nous entre les cantons de Vaud et de Zurich en 2014 ? Par conséquent, l'étude est divisée en deux parties : la première traite de l'évolution de la violence et d'autres problèmes comportementaux entre 1999 (Zurich) respectivement 2004 (Lausanne) et 2014 chez les jeunes habitants la ville de Lausanne ou de Zurich ; la seconde partie dresse le portrait de la situation en 2014 dans les cantons de Vaud et de Zurich. Pour des raisons d'échantillonnage les analyses dans le temps sont limitées à des comparaisons inter-villes plutôt qu'inter-cantonales.