Break-induced replication: A review and an example in budding yeast

Break-induced replication (BIR) is a nonreciprocal recombination-dependent replication process that is an effective mechanism to repair a broken chromosome. We review key roles played by BIR in maintaining genome integrity, including restarting DNA replication at broken replication forks and maintaining telomeres in the absence of telomerase. Previous studies suggested that gene targeting does not occur by simple crossings-over between ends of the linearized transforming fragment and the target chromosome, but involves extensive new DNA synthesis resembling BIR. We examined gene targeting in Saccharomyces cerevisiae where only one end of the transformed DNA has homology to chromosomal sequences. Linearized, centromere-containing plasmid DNA with the 5′ end of the LEU2 gene at one end was transformed into a strain in which the 5′ end of LEU2 was replaced by ADE1, preventing simple homologous gene replacement to become Leu2+. Ade1+ Leu2+ transformants were recovered in which the entire LEU2 gene and as much as 7 kb of additional sequences were found on the plasmid, joined by microhomologies characteristic of nonhomologous end-joining (NHEJ). In other experiments, cells were transformed with DNA fragments lacking an ARS and homologous to only 50 bp of ADE2 added to the ends of a URA3 gene. Autonomously replicating circles were recovered, containing URA3 and as much as 8 kb of ADE2-adjacent sequences, including a nearby ARS, copied from chromosomal DNA. Thus, the end of a linearized DNA fragment can initiate new DNA synthesis by BIR in which the newly synthesized DNA is displaced and subsequently forms circles by NHEJ.

Targeted disruption of the mouse beta1-adrenergic receptor gene: developmental and cardiovascular effects.

At least three distinct beta-adrenergic receptor (beta-AR) subtypes exist in mammals. These receptors modulate a wide variety of processes, from development and behavior, to cardiac function, metabolism, and smooth muscle tone. To understand the roles that individual beta-AR subtypes play in these processes, we have used the technique of gene targeting to create homozygous beta 1-AR null mutants (beta 1-AR -/-) in mice. The majority of beta 1-AR -/- mice die prenatally, and the penetrance of lethality shows strain dependence. Beta l-AR -/- mice that do survive to adulthood appear normal, but lack the chronotropic and inotropic responses seen in wild-type mice when beta-AR agonists such as isoproterenol are administered. Moreover, this lack of responsiveness is accompanied by markedly reduced stimulation of adenylate cyclase in cardiac membranes from beta 1-AR -/- mice. These findings occur despite persistent cardiac beta 2-AR expression, demonstrating the importance of beta 1-ARs for proper mouse development and cardiac function, while highlighting functional differences between beta-AR subtypes.

Identification, purification, and molecular cloning of autonomously replicating sequence-binding protein 1 from fission yeast Schizosaccharomyces pombe.

Autonomously replicating sequence (ARS) elements of the fission yeast Schizosaccharomyces pombe contain multiple imperfect copies of the consensus sequence reported by Maundrell et al. [Maundrell K., Hutchison, A. & Shall, S. (1988) EMBO J. 7, 2203-2209]. When cell free extracts of S. pombe were incubated with a dimer or tetramer of an oligonucleotide containing the ARS consensus sequence, several complexes were detected using a gel mobility-shift assay. The proteins forming these complexes also bind ars3002, which is the most active origin in the ura4 region of chromosome III of S. pombe. One protein, partly responsible for the binding activity observed with crude extracts, was purified to near homogeneity. It is a 60-kDa protein and was named ARS-binding protein 1 (Abp1). Abp1 preferentially binds to multiple sites in ARS 3002 and to the DNA polymer poly[d(A.T)]. The cloning and sequence of the gene coding for Abp1 revealed that it encodes a protein of 59.8 kDa (522 amino acids). Abp1 has significant homology (25% identity, 50% similarity) to the N-terminal region (approximately 300 amino acids) of the human and mouse centromere DNA-binding protein CENP-B. Because centromeres of S. pombe contain a high density of ARS elements, Abp1 may play a role connecting DNA replication and chromosome segregation.

G protein beta gamma subunits stimulate phosphorylation of Shc adapter protein.

The mechanism of mitogen-activated protein (MAP) kinase activation by pertussis toxin-sensitive Gi-coupled receptors is known to involve the beta gamma subunits of heterotrimeric G proteins (G beta gamma), p21ras activation, and an as-yet-unidentified tyrosine kinase. To investigate the mechanism of G beta gamma-stimulated p21ras activation, G beta gamma-mediated tyrosine phosphorylation was examined by overexpressing G beta gamma or alpha 2-C10 adrenergic receptors (ARs) that couple to Gi in COS-7 cells. Immunoprecipitation of phosphotyrosine-containing proteins revealed a 2- to 3-fold increase in the phosphorylation of two proteins of approximately 50 kDa (designated as p52) in G beta gamma-transfected cells or in alpha 2-C10 AR-transfected cells stimulated with the agonist UK-14304. The latter response was pertussis toxin sensitive. These proteins (p52) were also specifically immunoprecipitated with anti-Shc antibodies and comigrated with two Shc proteins, 46 and 52 kDa. The G beta gamma- or alpha 2-C10 AR-stimulated p52 (Shc) phosphorylation was inhibited by coexpression of the carboxyl terminus of beta-adrenergic receptor kinase (a G beta gamma-binding pleckstrin homology domain peptide) or by the tyrosine kinase inhibitors genistein and herbimycin A, but not by a dominant negative mutant of p21ras. Worthmannin, a specific inhibitor of phosphatidylinositol 3-kinase (PI3K) inhibited phosphorylation of p52 (Shc), implying involvement of PI3K. These results suggest that G beta gamma-stimulated Shc phosphorylation represents an early step in the pathway leading to p21ras activation, similar to the mechanism utilized by growth factor tyrosine kinase receptors.

Estudo sistêmico da geração de conhecimento no IPEN

Com o escopo de fornecer subsídios para compreender como o processo de colaboração científica ocorre e se desenvolve em uma instituição de pesquisas, particularmente o IPEN, o trabalho utilizou duas abordagens metodológicas. A primeira utilizou a técnica de análise de redes sociais (ARS) para mapear as redes de colaboração científica em P&D do IPEN. Os dados utilizados na ARS foram extraídos da base de dados digitais de publicações técnico-científicas do IPEN, com o auxílio de um programa computacional, e basearam-se em coautoria compreendendo o período de 2001 a 2010. Esses dados foram agrupados em intervalos consecutivos de dois anos gerando cinco redes bienais. Essa primeira abordagem revelou várias características estruturais relacionadas às redes de colaboração, destacando-se os autores mais proeminentes, distribuição dos componentes, densidade, boundary spanners e aspectos relacionados à distância e agrupamento para definir um estado de redes mundo pequeno (small world). A segunda utilizou o método dos mínimos quadrados parciais, uma variante da técnica de modelagem por equações estruturais, para avaliar e testar um modelo conceitual, apoiado em fatores pessoais, sociais, culturais e circunstanciais, para identificar aqueles que melhor explicam a propensão de um autor do IPEN em estabelecer vínculos de colaboração em ambientes de P&D. A partir do modelo consolidado, avaliou-se o quanto ele explica a posição estrutural que um autor ocupa na rede com base em indicadores de ARS. Nesta segunda parte, os dados foram coletados por meio de uma pesquisa de levantamento com a utilização de um questionário. Os resultados mostraram que o modelo explica aproximadamente 41% da propensão de um autor do IPEN em colaborar com outros autores e em relação à posição estrutural de um autor na rede o poder de explicação variou entre 3% e 3,6%. Outros resultados mostraram que a colaboração entre autores do IPEN tem uma correlação positiva com intensidade moderada com a produtividade, da mesma forma que, os autores mais centrais na rede tendem a ampliar a sua visibilidade. Por fim, vários outros indicadores estatísticos bibliométricos referentes à rede de colaboração em P&D do IPEN foram determinados e revelados, como, a média de autores por publicação, média de publicações por autores do IPEN, total de publicações, total de autores e não autores do IPEN, entre outros. Com isso, esse trabalho fornece uma contribuição teórica e empírica aos estudos relacionados à colaboração científica e ao processo de transferência e preservação de conhecimento, assim como, vários subsídios que contribuem para o contexto de tomada de decisão em ambientes de P&D.

Os muitos nomes de Silvana: contribuições clínico-políticas da psicanálise sobre mulheres negras

Esta pesquisa aponta alguns dos efeitos subjetivos e estratégias singulares de resistência frente à desigualdade racial no nosso país, abordando as vicissitudes de inscrição no laço social de mulheres negras e pobres. É fruto de uma intervenção clínico-política com um grupo de adolescentes em uma Escola Municipal de Ensino Fundamental de São Paulo na qual foi se evidenciando, para nós, a necessidade de cada um desses adolescentes de defender intransigentemente a honra e o valor de suas mães frente aos outros membros do grupo. Tanto pelo seu excesso como pela sua repetição, essa situação nos sugeria um mal-estar e um não dito referido às configurações familiares e à posição destas mulheres nesta comunidade escolar, que nos levou a escutá-las. Tomando a indicação freudiana de que a psicologia individual seria também psicologia social e a formulação lacaniana de que podemos considerar o Inconsciente como sendo a Política, acreditamos ser indispensável escutar o sujeito levando em consideração o Outro, entendido tanto do ponto de vista sócio-histórico, como libidinal. Isso significa que não poderíamos escutar estas mulheres sem considerar o campo de desigualdades sociais e raciais no qual estavam inscritas discursivamente, o que nos exigiu uma interlocução fundamental tanto com pesquisas da antropologia social e da sociologia, como da história. A fala destas mulheres foi nos revelando que, além de outras identificações contingentes, o fato de serem reconhecidas e se reconhecerem como mulheres negras era um elemento fundamental nas suas vivências cotidianas. Uma vez que nosso passado escravista não teria sido suficientemente lembrado e admitido, alguns traços se fariam presentes através de uma transmissão simbólica, pelos subterrâneos da cultura, de uma posição de servidão a elas atribuída. Permaneceria de uma forma atualizada e insidiosa uma divisão racializada da nossa sociedade, ancorada na herança de uma cisão entre a mulher mundana cujo corpo seria visto como um corpo de gozo, mas sem valor social, a mucama, e a que seria valorizada socialmente à custa de um corpo assexuado, casta e educada, esposa do senhor de escravos. Apesar de tantos avanços, as conquistas femininas das últimas décadas não seriam totalmente estendidas a essas mulheres, negras e pobres, que seguiriam, frequentemente, apresentando no imaginário social um corpo ao qual se atribuiria a capacidade de satisfazer os desejos mais inconfessáveis de um homem à custa de ser visto como propriedade e domínio deste. A atitude racista se faria presente em relação a elas, entendida como o ato de segregação do gozo inadmitido de um sujeito no corpo de um outro, ou ainda, como Lacan apontou, impondo a um outro, seu modo de gozo. Mais do que uma identidade das mulheres negras, consideramos fundamental conceber a particularidade de um laço que se estabeleceria na relação com elas, na medida em que seu corpo seria capaz de despertar e revelar a relação do sujeito com o mais íntimo e insuportável de si mesmo: ela seria a estrangeira frente a um homem, por ser mulher; e seria estrangeira frente a uma mulher ou homem branco, por ser negra. A sua condição de estrangeira a deixaria assim como figura paradigmática de um Outro sexo, um sexo Outro, um gozo Outro, recaindo sobre ela as reações mais violentas de extirpação desse gozo. As estratégias de como manter o que seria próprio do gozo feminino não balizado pelo gozo fálico, posto que seria suplementar a ele frente a essa injunção de segregação e depreciação, seriam sempre singulares. Apresentamos um caso clínico, Silvana, apontando suas estratégias de resistência frente a um discurso social que a desqualificaria tentando lhe impor um estreitamento de sua vida erótica e sua redução a um modo único de gozo

Modelos de desarrollo y sistemas de gestión pública: el SNIP peruano, 2000-2014

Esta Tesis tiene dos partes. La Primera Parte es Teórica y Metodológica y trata de la actual crisis de paradigma en las Ciencias Sociales, y de cómo se puede remontar con la Teoría del Pensamiento Complejo, siempre que sus propuestas se centren en modelos empíricos de Análisis de Redes Sociales debidamente matematizados y estadísticamente refrendados. La propuesta del tesista propone enriquecer el actual homo economicus, incorporando la importancia de las relaciones con el grupo (coactivas, coercitivas o motivacionales), a través de un nuevo objeto de estudio: los Proyectos. Es mediante los Proyectos, donde los individuos y los grupos en los que interactúan, transan y organizan sus esfuerzos. El problema reside en que, no existe hasta la fecha, una sistematización y modelización de los Proyectos como objeto de estudio en las Ciencias Sociales. Sin embargo, hay una amplia experiencia de análisis y sistematización de Proyectos tanto en la Economía de la Empresa (Management, Business Administration), como en la Economía Pública. En esta Tesis se estudia todo lo publicado recientemente sobre los Proyectos de Inversión Pública (PIPs) y su eficiencia en Latinoamérica. En la Segunda Parte, centrada en un Trabajo Empírico y su modelización, el tesista crea una Base de Datos (BdD) primaria, a partir del Banco de Proyectos (BdP) del Ministerio de Economía y Finanzas (MEF) del Perú (2001-2014), que recoge todos los Proyectos de Inversión Pública (PIP), cerca de 400.000 PIPs Iniciales, los tabula en 48 categorías y posteriormente, “deja hablar a los datos” jugando a relacionar, correlacionar, inducir hipótesis y verificarlas mediante un sistema que se centra en la operativa tipo “Big Data”. A esto le denomina “triangular” porque mezcla en el esfuerzo, herramientas de Estadística Descriptiva, Estadística Inferencial y Econometría para poder refrendar el conocimiento inducido, que siempre en ciencia, es una mera certeza probabilística. El tesista concluye que en el caso del Sistema Nacional de Inversión Pública del Perú (SNIP) y más específicamente, de los procesos administrativos que emplea -denominados “Ciclo PIP”-, queda claro que se está trabajando con “fenómenos emergentes” cuyo comportamiento no se adapta a una Distribución Normal. Y que dicho comportamiento errático se debe a que la Inversión Pública es cíclica (Ecuación Evolutiva de Price) y a que el “Ciclo PIP” opera a todo nivel (GN, GR, GL) en función de las relaciones entre los miembros que componen su red. Ergo, es un tema a Analizar con Social Network Analysis (Análisis Social de Redes, ARS). El tesista concluye que las redes de “Ciclo PIP” en el Perú fallan principalmente por problemas de escasez de personal técnico multisectorial debidamente cualificado. A manera de conclusión, propone la creación de una Plataforma Web 3.0 (metadatos), que utilice un Sistema de Razonamiento Basado en Casos (SRBC) para aprovechar el conocimiento que dimana de los éxitos y fracasos de los propios PIPs, con el fin de facilitar las gestiones de los miembros de la red que formulan, evalúan y ejecutan los PIPs en el Perú, tanto a nivel Municipal (GP) como Regional (GR) y Nacional (GN).

Risālat al-Surūr fī ḥaqq wālidayhi ʻalayhi al-salām : manuscript, 1737

Title from f. 1r.

[al-Qurʼān, late 8th century?].

Fragment from an early ʻAbbāsid Qurʼān on parchment dyed orange-red (compare cat.11, p.58 in Déroche, The Abbasid tradition, Nasser D. Khalili collection of Islamic art, v.1 and Metropolitan Museum of Art accession nos. 40.164.1a and 40.164.1b) carrying Sūrat Hūd (11) verses 88 through 103 (11:88-11:103).

[al-Qurʼān, 9th or 10th century].

Fragment from an Early ʿAbbāsid Qur’ān carrying final words of Sūrat al-Mulk (67) verse 23 through opening word of Sūrat al-Qalam (68) verse 19.

Proceedings of the International Symposium on Water Quality Modeling of Agricultural Non-Point Sources : June 19-23, 1988, Utah State University, Logan, Utah /

PB90 258 781.

Literaturnyi︠a︡ kharakteristiki

In Cyrillic characters

The effects of the natural environment in cislunar space important to the simulation of space vehicles

ARS paper no. 2140-61: "Space flight report to the nation."