Glycosylation and Glycodiversification in Polyketide Antibiotics: Unraveling Biosynthetic Steps in Nogalamycin Formation

Soil-dwelling Streptomyces bacteria are known for their ability to produce biologically active compounds such as antimicrobial, immunosuppressant, antifungal and anticancer drugs. S. nogalater is the producer of nogalamycin, a potential anticancer drug exhibiting high cytotoxicity and activity against human topoisomerases I and II. Nogalamycin is an anthracycline polyketide comprising a four-ring aromatic backbone,a neutral deoxy sugar at C7, and an amino sugar attached via an O–C bond at C1 and a C–C bond between C2 and C5´´. This kind of attachment of the amino sugar is unusual thus making the structure of the compound highly interesting. The sugar is also associated with the biological activity of nogalamycin, as it facilitates binding to DNA. Furthermore, the sugar moieties of anthracyclines are often crucial for their biological activity. Together the interesting attachment of the amino sugar and the general reliance of polyketides on the sugar moieties for bioactivity have made the study of the biosynthesis of nogalamycin attractive. The sugar moieties are typically attached by glycosyltransferases, which use two substrates: the donor and the acceptor. The literature review of the thesis is focused on the glycosylation of polyketides and the possibilities to alter their glycosylation patterns. My own thesis work revolves around the biosynthesis of nogalamycin. We have elucidated the individual steps that lead to its rather unique structure. We reconstructed the whole biosynthetic pathway in the heterologous host S. albus using a cosmid and a plasmid. In the process, we were able to isolate new compounds when the cosmid, which contains the majority of the nogalamycin gene cluster, was expressed alone in the heterologous host. The new compounds included true intermediates of the pathway as well as metabolites, which were most likely altered by the endogenous enzymes of the host. The biological activity of the most interesting new products was tested against human topoisomerases I and II, and they were found to exhibit such activities. The heterologous expression system facilitated the generation of mutants with inactivated biosynthetic genes. In that process, we were able to identify the functions of the glycosyltransferases SnogE and SnogD, solve the structure of SnogD, discover a novel C1-hydroxylase system comprising SnoaW and SnoaL2, and establish that the two homologous non-heme α-ketoglutarate and Fe2+ dependent enzymes SnoK and SnoN catalyze atypical reactions on the pathway. We demonstrated that SnoK was responsible for the formation of the additional C–C bond, whereas SnoN is an epimerase. A combination of in vivo and in vitro techniques was utilized to unravel the details of these enzymes. Protein crystallography gave us an important means to understand the mechanisms. Furthermore, the solved structures serve as platforms for future rational design of the enzymes.

Vieraannuttavat vieraskirjailijat- käsiteanalyyttinen tutkimus maahanmuuttajakirjallisuuden (lajista)

Tässä pro gradu-tutkielmassa tarkastelen kriittisesti maahanmuuttajakirjallisuuden (lajin) käsitettä ja tässä käsitteessä kielellistyvää ilmiötä. Tutkimuksen teoreettista pohjaa leimaa jälkikolonialistinen tutkimusote ja keskeisimpänä tutkimusmenetelmänä on käsiteanalyysi. Tutkielman aineisto koostuu tutkimushavaintoja tukevista teoreettisista ja journalistisista teksteistä sekä kaunokirjallisesta aineistosta, jonka tarjoamiin esimerkkeihin käsitteen dekonstruktiota peilataan. Tutkielman kaunokirjallinen valikoima sisältää kaunokirjallisia teoksia kuudelta Suomessa 2000- ja 2010-luvulla suomen kielellä julkaisseelta maahanmuuttajataustaiselta kirjailijalta. Käsiteanalyyttisesta tutkimusotteesta huolimatta tutkielma ei tähtää maahanmuuttajakirjallisuuden (lajin) käsitteen käsitteellistämiseen vaan ilmiön ja käsitteen merkityksellistymisen sekä käsitteellistämisen tarpeen problematisointiin. Käsiteanalyysin perustana on sanatason dekonstruktio (yhdyssanajohteen käsiteosasten tarkastelu merkitystasolla), joka tukeutuu kotimaisessa kirjallisuustieteessä jo esitettyihin käsitteellistämisen työhypoteeseihin (esim. Eila Rantonen 2006 ja 2010). Tutkimuksen agendana on maahanmuuttajakirjallisuuden (lajin) käsitteen avulla tapahtuvasta tarpeettomasta ja perusteettomasta erillistämisestä luopuminen, mutta tutkimuksessa arvioidaan myös käsitteen loogiseen perusmuotoon palauttamisen ja uudelleen haltuun ottamisen mahdollisuuksia. Aineiston maahanmuuttajakirjallisuuden (lajiin) nyt luettuja teoksia tarkastellaan toiseuttavasta lajista pois luettuina siten, että niiden kirjallisuudellisuus (joka tässä tutkimuskontekstissa näyttäytyy vieraannuttavana monikielisyytenä) asetetaan luentojen keskiöön. Tutkielma osoittaa maahanmuuttajakirjallisuuden (lajin) käsitteen moniongelmaisuuden ja perusteet tästä toiseuttavasta käsitteestä luopumiselle. Maahanmuuttajakirjallisuuden (lajiksi) nyt kutsutun ilmiön käsitteellistämisestä ei ole johdettu riittävän kattavaa kielellistä sopimusta ja siksi käsitteen käyttö on epämääräistynyt. Maahanmuuttajakirjallisuuden (laji) ei täytä kirjallisuustieteellisen lajijaottelun määreitä, sillä (lajiin) lukemista määrittää ainoastaan tekijän maahanmuuttotaustaisuus eikä lajia luonnehtiva, toisinnettava piirrejoukko (esim. kieli, muoto, rakenne ja tematiikka). Vaikka (laji) ehdottaa suppeaa maahanmuutto- ja tekijäkeskeistä luentaa, aineiston kaunokirjalliset teokset eivät muodoltaan, rakenteeltaan tai tematiikaltaan olennaisesti eroa muusta kansallisesta aikalaiskirjallisuudesta. Erillistämisen tarpeelliseksi kokeminen ja kolonialistinen toiseuttamisen halu estävät maahanmuuttajakirjallisuuden (lajin) käsitteestä luopumisen.

Burda Style -lehden käännökset. Funktionaalinen käännösanalyysi

Tässä tutkielmassa vertaillaan Burda Style -lehden käännöksiä alkuperäisestä saksan kielestä englannin, ranskan, suomen ja unkarin kielelle käännöstieteilijä Christiane Nordin käännöslähtöisen analyysimallin avulla. Tutkin erityisesti lehden ompeluohjeosiota, joka on lehdessä itsenäinen kokonaisuus. Tutkimuksen tarkoituksena on selvittää, miten ompeluohjeiden informaatio on säilynyt käännöksessä ja miten sitä on mahdollisesti muokattu uusi vastaanottaja huomioon ottaen. Burda Style on saksalainen lehti, jolla on pitkä historia. Lehti ilmestyy nykyään 99 maassa ja se on käännetty 17 kielelle. Christiane Nordin käännöslähteisessä analyysimallissa tarkastellaan tekstin ulkoisia ja sisäisiä tekijöitä. Analyysimalli on joustava ja tarkastelunkohteita voidaan käyttää niiden tarpeen mukaan. Tekstin ulkoisia tekijöitä ovat: lähettäjä, lähettäjän aikomus, vastaanottaja, väline, paikka aika, motiivi sekä funktio. Tekstin sisäisiä tekijöitä taas ovat: aihe, sisältö, presuppositiot, rakenne, nonverbaaliset elementit, sanasto, rakenne sekä suprasegmentaaliset piirteet. Nord esittelee nämä tekijät hyvin selkeästi teoksessaan Text Analysis in Translation: Theory, Methodology, and Didactic Application of a Model for Translation-Oriented Text Analysis (1991) ja tämä teos onkin tärkein teos tutkielmani kannalta. Lähestyn toisaalta aineistoani myös Katharina Reissin ja Hans J. Vermeerin funktionaalisen käännösanalyysimallin avulla, jonka mukaan kääntämisen ensisijainen tehtävä on mahdollistaan tekstin toimivuus uudessa tilanteessa. Tekstin skopos, eli funktio, määrää ensisijaisesti jokaisessa käännösvalinnan. Käytän työssäni Reissin ja Vermeerin teosta Mitä kääntäminen on: teoriaa ja käytäntöä (1986). Tutkielman empiirisessä osassa analysoin ompeluohjeet Nordin ulkoisten ja sisäisten tekijöiden avulla. Jotkut tekijät ovat toisia oleellisempia, siksi perehdyn tiettyihin tekijöihin enemmän. Tutkielmassa ilmeni, että lehtiä oli muokattu jonkin verran uutta vastaanottajaa huomioon ottaen. Ohjeisiin oli mm. tehty poistoja sekä lisäyksiä. Tekstilajin konventiot oli otettu hyvin huomioon eri käännöksissä ja ammattisanastoa oli tasapuolisesti. Suurimman muutoksen käännösprosessissa oli kokenut unkarinkielinen käännös, josta oli poistettu monia osakokonaisuuksia alkuperäiseen nähden.

Psykoterapian termistöä ranska–suomi: kaksikielinen deskriptiivinen sanastotyö

Tutkielmassa tutustutaan psykoterapian keskeiseen ranskankieliseen ja suomenkieliseen käsitteistöön ja termistöön terminologian näkökulmasta. Terminologisessa näkökulmassa yhdistyvät perinteinen käsitteellinen lähestymistapa, kielitiedettä painottava leksikaalis-semanttinen lähestymistapa ja sosioterminologinen deskriptiivisyys. Termistön pää- ja lähdekieli on ranska ja vastinekieli suomi. Kohderyhmä ovat ranska–suomi-suuntaan kääntävät ja tulkkaavat kieliasiantuntijat, joille psykoterapian erikoisala on vieras. Tutkielman tavoitteina on tarjota kohderyhmälle tietoa psykoterapian erikoisalan keskeisistä ominaiskäsitteistä ja näiden järjestäytymisestä käsitejärjestelmiksi, tarjota mahdollisimman kattava termistö, joilla valittuihin käsitteisiin viitataan erikoisalan nykyisessä diskurssissa sekä ennaltaehkäistä synonymiasta ja polysemiasta mahdollisesti aiheutuvia erikoisalan diskurssin tulkitsemisen ongelmia. Termistössä on 204 termitietuetta, 421 ranskankielistä termiä ja 508 suomenkielistä termiä tai termivastine-ehdotusta. Tutkielmassa esitellään lyhyesti terminologian tutkimusala, terminologian teorian keskeisiä käsitteitä, sanastotyön menetelmä ja periaatteita sekä psykoterapian erikoisala. Esiteltäväksi valitut terminologian teorian keskeiset käsitteet muodostavat tutkielman teoreettisen perustan. Tutkielman sanastotyön menetelmä perustuu pääosin Sanastokeskus TSK:n Sanastotyön käsikirjaan (1989), mutta kohdekielisten vastineiden hakuun on käytetty ensisijaisesti sosioterminologista tiedonkeruun menetelmää: erikoisalan kielenkäyttäjien puolistrukturoitua haastattelua. Termistön lähdekielisenä aineistona käytetään ensisijaisesti kahta teosta, Premiers pas en psychothérapie (Schmitt 2010) ja Pratiquer la psychothérapie (Delourme & Marc 2014). Kohdekielisenä aineistona käytetään ensisijaisesti kahdelta erikoisalan asiantuntijalta kerättyä suomenkielistä suullista sanastoa. Sanastotyön yhteydessä tutkielmassa on kiinnitetty huomiota ranskankielisen psykoterapian erikoiskielen piirteisiin. Tutkitun tekstiaineiston perusteella tärkeimpiä havainto-ja ranskankielisestä psykoterapian erikoiskielestä ovat seuraavat: Enin osa termeistä on substantiiveja ja rakenteeltaan moniosaisia substantiivilausekkeita. Moniosaisten termien tyypillisin rakenne on sanaliitto substantiivi + adjektiivi. Erikoiskielessä esiintyy delfisiä ja kryptisiä termejä, termien elliptisiä muotoja, synonymiaa ja polysemiaa. Termistössä esitetään erikoisalan asiantuntijoilta kerättyjä vastine-ehdotuksia ja lyhyitä selittäviä suomenkielisiä kuvauksia niille ranskankielisille termeille, joiden käsitettä ei ole olemassa suomeksi. Termistöä voidaan jatkossa laajentaa ottamalla mukaan enemmän erikoisalan osa-alueita sekä englannin kieli.