Docking, virtual high throughput screening and in silico fragment-based drug design.

ABSTRACT The drug discovery process has been profoundly changed recently by the adoption of computational methods helping the design of new drug candidates more rapidly and at lower costs. In silico drug design consists of a collection of tools helping to make rational decisions at the different steps of the drug discovery process, such as the identification of a biomolecular target of therapeutical interest, the selection or the design of new lead compounds and their modification to obtain better affinities, as well as pharmacokinetic and pharmacodynamic properties. Among the different tools available, a particular emphasis is placed in this review on molecular docking, virtual high throughput screening and fragment-based ligand design.

Possibilitats i límits de la democràcia deliberativa

La meva investigació s’articula entorn a l’obra del filòsof alemany Jürgen Habermas. L’aportació filosòfica més important de Habermas ha estat l’elaboració d’una racionalitat discursiva. Aquesta nova manera d’entendre la raó com a discurs ha tingut importants repercussions en l’àmbit de la filosofia i de les ciències socials en general. La primera part de la meva investigació analitza l’obra de Habermas, posant èmfasi en el procés de configuració d’aquesta racionalitat discursiva. Aquest primer període culmina amb la presentació de la tesina “Introducció al pensament i l’obra de Jürgen Habermas”. Com a resultat d’aquesta investigació, la meva recerca es centrarà, primer, en les nocions habermasianes de publicitat (Öffentlichkeit) i d’opinió pública (öffentliche Meinung) i, finalment, en l’anomenada democràcia deliberativa. Per tant, la recerca consta de dos part estretament relacionades: (1) un anàlisi del procés de configuració d’una raó discursiva en l’obra de Habermas; (2) una valoració crítica dels límits i les possibilitats de la democràcia deliberativa en les societats contemporànies. Aquesta darrera fase d’investigació –en la qual treballo actualment– s’endinsa en el debat dels “teòrics deliberatius”. Entre d’altres, aprofundeix en les repercussions ètiques i polítiques d’una relació problemàtica entre esfera pública i esfera privada. Desfer aquesta problemàtica passa per repensar l’exigència d’una racionalitat imparcial que, alhora, sigui Desfer aquesta problemàtica capaç de garantir la participació democràtica de la ciutadania en el context actual, on el pluralisme de valors ha esdevingut un dels fenòmens vertebradors de les societats contemporànies.

Sistema didàctic per millorar l'aprenetatge de la representació del espai arquitectònic amb ajuts "on line"

El projecte ha tingut com a finalitat cobrir un buit en la formació dels estudiants pel que respecta a les seves limitacions en l’aprenentatge de les diferents estratègies i metodologies de treball. Aquest buit ens ha fet pensar en l’elaboració d’un sistema didàctic que possibiliti una comunicació fluida amb l’alumne i que pugui anar més enllà de l’àmbit específic de les aules. Es per això que la nostra proposta té com a referent un aprofitament més racional del temps de treball de l’estudiant. Per tal d’arribar a aquesta finalitat ens hem plantejat un grup d’objectius concrets ordenats segons els dos nivells d’assoliment següents: Nivell 1: - Definir un material didàctic que pugui transmetre de la manera més objectiva possible les eines necessàries per tal que l’alumne resolgui un conjunt de problemes concrets. - Proporcionar a l’estudiant un procediment didàctic basat en un grup de tasques amb un material de suport on ha de posar a prova l’aplicabilitat dels conceptes donats a les classes teòriques. - Partir d’un sistema que permeti a l’alumne tenir una referència constant de recolzament teòric fora de les aules quan està resolent les pràctiques assignades en el curs. - Definir unes característiques funcionals del material utilitzat en l’activitat pràctica de tal manera que sigui un instrument efectiu per al control del propi estudiant sobre el seu procés d’avaluació. Nivell 2: - Fer servir una metodologia d’activitats pràctiques on es puguin accentuar les capacitats de resposta creativa individual de l’estudiant. - Plantejar l’intercanvi d’experiències i propostes d’estratègies per a la resolució dels temes pràctics mitjançant sessions de seminaris prèvies a les pràctiques. - Promoure unes relacions transversals amb altres àrees de coneixement de tal manera que l’alumne pugui vincular la seva resposta a les activitats pràctiques proposades per altres assignatures, amb els coneixements adquirits a la nostra assignatura.

Naturally acquired MAGE-A10- and SSX-2-specific CD8+ T cell responses in patients with hepatocellular carcinoma.

Immunotherapy is being proposed to treat patients with hepatocellular carcinoma (HCC). However, more detailed knowledge on tumor Ag expression and specific immune cells is required for the preparation of highly targeted vaccines. HCC express a variety of tumor-specific Ags, raising the question whether CTL specific for such Ags exist in HCC patients. Indeed, a recent study revealed CTLs specific for two cancer-testis (CT) Ags (MAGE-A1 and MAGE-A3) in tumor infiltrating lymphocytes of HCC patients. Here we assessed the presence of T cells specific for additional CT Ags: MAGE-A10, SSX-2, NY-ESO-1, and LAGE-1, which are naturally immunogenic as demonstrated in HLA-A2(+) melanoma patients. In two of six HLA-A2(+) HCC patients, we found that MAGE-A10- and/or SSX-2-specific CD8(+) T cells naturally responded to the disease, because they were enriched in tumor lesions but not in nontumoral liver. Isolated T cells specifically and strongly killed tumor cells in vitro, providing evidence that these CTL were selected in vivo for high avidity Ag recognition. Therefore, besides melanoma, HCC is the second solid human tumor with clear evidence for in vivo tumor recognition by T cells, providing the rational for specific immunotherapy, based on immunization with CT Ags such as MAGE-A10 and SSX-2.

Public and private learning from prices, strategic substitutability and complementarity, and equilibrium multiplicity

We study a general static noisy rational expectations model where investors have private information about asset payoffs, with common and private components, and about their own exposure to an aggregate risk factor, and derive conditions for existence and uniqueness (or multiplicity) of equilibria. We find that a main driver of the characterization of equilibria is whether the actions of investors are strategic substitutes or complements. This latter property in turn is driven by the strength of a private learning channel from prices, arising from the multidimensional sources of asymmetric information, in relation to the usual public learning channel. When the private learning channel is strong (weak) in relation to the public we have strong (weak) strategic complementarity in actions and potentially multiple (unique) equilibria. The results enable a precise characterization of whether information acquisition decisions are strategic substitutes or complements. We find that the strategic substitutability in information acquisition result obtained in Grossman and Stiglitz (1980) is robust. JEL Classification: D82, D83, G14 Keywords: Rational expectations equilibrium, asymmetric information, risk exposure, hedging, supply information, information acquisition.

Structural prediction of peptides bound to MHC class I.

An ab initio structure prediction approach adapted to the peptide-major histocompatibility complex (MHC) class I system is presented. Based on structure comparisons of a large set of peptide-MHC class I complexes, a molecular dynamics protocol is proposed using simulated annealing (SA) cycles to sample the conformational space of the peptide in its fixed MHC environment. A set of 14 peptide-human leukocyte antigen (HLA) A0201 and 27 peptide-non-HLA A0201 complexes for which X-ray structures are available is used to test the accuracy of the prediction method. For each complex, 1000 peptide conformers are obtained from the SA sampling. A graph theory clustering algorithm based on heavy atom root-mean-square deviation (RMSD) values is applied to the sampled conformers. The clusters are ranked using cluster size, mean effective or conformational free energies, with solvation free energies computed using Generalized Born MV 2 (GB-MV2) and Poisson-Boltzmann (PB) continuum models. The final conformation is chosen as the center of the best-ranked cluster. With conformational free energies, the overall prediction success is 83% using a 1.00 Angstroms crystal RMSD criterion for main-chain atoms, and 76% using a 1.50 Angstroms RMSD criterion for heavy atoms. The prediction success is even higher for the set of 14 peptide-HLA A0201 complexes: 100% of the peptides have main-chain RMSD values < or =1.00 Angstroms and 93% of the peptides have heavy atom RMSD values < or =1.50 Angstroms. This structure prediction method can be applied to complexes of natural or modified antigenic peptides in their MHC environment with the aim to perform rational structure-based optimizations of tumor vaccines.

The Political cost of reforms

This paper formalizes in a fully-rational model the popular idea that politicians perceive an electoral cost in adopting costly reforms with future benefits and reconciles it with the evidence that reformist governments are not punished by voters. To do so, it proposes a model of elections where political ability is ex-ante unknown and investment in reforms is unobservable. On the one hand, elections improve accountability and allow to keep well-performing incumbents. On the other, politicians make too little reforms in an attempt to signal high ability and increase their reappointment probability. Although in a rational expectation equilibrium voters cannot be fooled and hence reelection does not depend on reforms, the strategy of underinvesting in reforms is nonetheless sustained by out-of-equilibrium beliefs. Contrary to the conventional wisdom, uncertainty makes reforms more politically viable and may, under some conditions, increase social welfare. The model is then used to study how political rewards can be set so as to maximize social welfare and the desirability of imposing a one-term limit to governments. The predictions of this theory are consistent with a number of empirical regularities on the determinants of reforms and reelection. They are also consistent with a new stylized fact documented in this paper: economic uncertainty is associated to more reforms in a panel of 20 OECD countries.

Neither Bad Apple nor Bad Barrel: How the Societal Context Impacts Unethical Behavior in Organizations

Every time another corporate scandal captures media headlines, the 'bad apple vs. bad barrel' discussion starts anew. Yet this debate overlooks the influence of the broader societal context on organizational behavior. In this article, we argue that misbehaviors of organizations (the 'barrels') and their members (the 'apples') cannot be addressed properly without a clear understanding of their broader context (the 'larder'). Whereas previously, a strong societal framework dampened the practical application of the Homo economicus concept (business actors as perfectly rational and egocentric utility-maximizing agents without any moral concern), specialization, individualization and globalization led to a business world disembedded from broader societal norms. This emancipated business world promotes a literal interpretation of Homo economicus among business organizations and their members. Consequently, we argue that the first step toward 'healthier' apples and barrels is to sanitize the larder, that is, adapt the framework in which organizations and their members evolve.Chaque fois qu'un nouveau scandale fait la une des médias, la question de savoir si le problème se situe au niveau des individus (des 'pommes isolées') ou au niveau des organisations (les 'caisses de pommes') refait surface. Ce débat tend néanmoins à sous-estimer l'influence du contexte sociétal plus large sur le comportement dans les organisations. Dans cet article, nous soutenons l'idée que les scandales éthiques dans les organisations ou parmi leurs membres ne peuvent être compris correctement sans une vision plus précise de leur contexte plus large (la 'cave à pommes'). Si dans le passé un contexte sociétal fort permettait d'adoucir les applications pratiques de l'Homo economicus (qui considère l'acteur économique comme un agent parfaitement rationnel et égocentrique cherchant à maximiser son utilité sans réflexion morale), l'individualisation et la globalisation ont conduit à un monde économique désencastré et déconnecté des normes sociales plus larges. Ce monde économique autonome promouvoit une interprétation littérale de l'Homo economicus parmi les entreprises et leurs employés. Il en résulte que le premier pas vers des pommes moins pourries passe par un assainissement de la cave, c'est-à-dire l'adoption d'un cadre socio-normatif qui permet un recadrage du contexte dans lequel les organisations économiques et leurs acteurs agissent.

Evaluation of Insecticide Resistance and Biochemical Mechanisms in a Population of Culex quinquefasciatus (Diptera: Culicidae) from São Paulo, Brazil

To establish an insecticidal resistance surveillance program, Culex quinquefasciatus mosquitoes from São Paulo, Brazil, were colonized (PIN95 strain) and analyzed for levels of resistance. The PIN95 strain showed low levels of resistance to organophosphates [malathion (3.3-fold), fenitrothion (11.2-fold)] and a carbamate [propoxur (3.0-fold)]. We also observed an increase of 7.4 and 9.9 in a and b esterase activities, respectively, when compared with the reference IAL strain. An alteration in the sensitivity of acetylcholinesterase to insecticide inhibition was also found in the PIN95 mosquitoes. The resistant allele (Ace.1R), however, was found at low frequencies (0.12) and does not play an important role in the described insecticide resistance. One year later, Cx. quinquefasciatus mosquitoes were collected (PIN96 strain) at the same site and compared to the PIN95 strain. The esterase activity patterns observed for the PIN96 strain were similar to those of the PIN95 mosquitoes. However the occurrence of the Ace.1R allele was statistically higher in the PIN96 strain. The results show that esterase-based insecticide resistance was established in the PIN95 Cx. quinquefasciatus population and that an acethylcholinesterase based resistant mechanism has been selected for. A continuous monitoring of this phenomenon is fundamental for rational mosquito control and insecticide application programs.

Pharmacological Approaches to Antitrypanosomal Chemotherapy

There is an urgent need for new drugs for the chemotherapy of human African trypanosomiasis, Chagas disease and leishmaniasis. Progress has been made in the identification and characterization of novel drug targets for rational chemotherapy and inhibitors of trypanosomatid glycosomal enzymes, trypanothione reductase, ornithine decarboxylase, S-adenosylmethionine decarboxylase, cysteine proteases and of the purine and sterol biosynthetic pathways. However, less attention has been paid to the pharmacological aspects of drug design or to the use of drug delivery systems in the chemotherapy of African trypanosomiasis and Chagas disease. A review of research on pharmacology and drug delivery systems shows that there are new opportunities for improving the chemotherapy of these diseases.

Salvation goods and Canonization Logic : On two Popular Cults of Southern Italy

(Summary of the production) The idea that religion has to succeed in a «market», selling «salvation goods», has proved to be extremely attractive to scholars in sociology and the study of religion. Max Weber used the term «salvation good» to compare different religious traditions. Pierre Bourdieu employed the term in order to analyze «religious economy». And recently, an American group of researchers advocating «rational choice of religion» put the theme at the forefront of current debates. This book - the fruit of an International Congress in Lausanne in April 2005 - brings together leading specialists in the fields of sociology and the study of religion who discuss the terms «salvation goods» (or religious goods) and «religious market». The authors test the applicability of these concepts by using specific examples and they either deliberately advocate or criticize Weberian, Bourdieusian or rational-choice perspectives.

Medicinal products: regulation of biosynthesis in space and time

We live in a "Demon-Haunted World". Human health care requires the ever increasing resistance of pathogens to be confronted by a correspondingly fast rate of discovery of novel antibiotics. One of the possible strategies towards this objective involves the rational localization of bioactive phytochemicals. The conceptual basis of the method consists in the surprisingly little known gearings of natural products with morphology, ecology and evolution of their plant source, i. e. an introspection into the general mechanisms of nature.

Problemes derivats de la incidència de les normes europees en el Dret penal dels Estats membres

Projecte de recerca elaborat a partir d’una estada al Universitat de Bonn, Alemanya, entre juliol i desembre del 2008. Aquesta investigació conté algunes observacions sobre el fenomen de l’europeització del Dret penal dels Estats membres de la Unió Europea. En particular, tracta de profunditzar en les implicacions de la vinculació del legislador penal nacional tant a les regulacions europees com al principi de proporcionalitat i d’altres principis essencials del Dret penal. En primer lloc, la investigació descriu els instruments normatius que permeten a la Comunitat Europea i a la Unió Europea influir en el Dret penal dels Estats membres. Després, la investigació se centra en analitzar el exemple dels §§ 232 i 233 Codi penal alemany, els quals implementen la Decisió marc de 19 de juliol del 2002 respecte la lluita contra el tràfic d’éssers humans. En aquest cas, el legislador alemany ha complit els seus compromisos europeus, però no ha respectat el principi de proporcionalitat, ja que ha introduït incoherències dins el Dret penal alemany. Sobre la base dels resultats d’aquest anàlisi, aquesta investigació formula algunes propostes per una adequada “europeització” del Dret penal dels Estats membres de la Unió Europea i, en particular, per a una adequada tècnica legislativa dels Estats membres. En aquest context, el treball emfatitza la corresponsabilitat de la Comunitat Europea i la Unió Europea, per una banda, i els Estats membres, per l’altra, en aquest procés d’europeització. Per últim, la investigació conclou amb algunes observacions sobre la coordinació de la política criminal europea amb les polítiques criminals dels Estats membres.

Mètodes algebraics i de teoria de la prova per a la formalització del raonament vague

Projecte de recerca elaborat a partir d’una estada a la Università degli studi di Siena, Italy , entre 2007 i 2009. El projecte ha consistit en un estudi de la formalització lògica del raonament en presència de vaguetat amb els mètodes de la Lògica Algebraica i de la Teoria de la Prova. S'ha treballat fonamental en quatre direccions complementàries. En primer lloc, s'ha proposat un nou plantejament, més abstracte que el paradigma dominant fins ara, per l'estudi dels sistemes de lògica borrosa. Fins ara en l'estudi d'aquests sistemes l'atenció havia recaigut essencialment en l'obtenció de semàntiques basades en tnormes contínues (o almenys contínues per l'esquerra). En primer nivell de major abstracció hem estudiat les propietats de completesa de les lògiques borroses (tant proposicionals com de primer ordre) respecte de semàntiques definides sobre qualsevol cadena de valors de veritat, no necessàriament només sobre l'interval unitat dels nombres reals. A continuació, en un nivell encara més abstracte, s’ha pres l'anomenada jerarquia de Leibniz de la Lògica Algebraica Abstracta que classifica tots els sistemes lògics amb un bon comportament algebraic i s'ha expandit a una nova jerarquia (que anomenem implicacional) que permet definir noves classes de lògiques borroses que contenen quasi totes les conegudes fins ara. En segon lloc, s’ha continuat una línia d'investigació iniciada els darrers anys consistent en l'estudi de la veritat parcial com a noció sintàctica (és a dir, com a constants de veritat explícites en els sistemes de prova de les lògiques borroses). Per primer cop, s’ha considerat la semàntica racional per les lògiques proposicionals i la semàntica real i racional per les lògiques de primer ordre expandides amb constants. En tercer lloc, s’ha tractat el problema més fonamental del significat i la utilitat de les lògiques borroses com a modelitzadores de (part de) els fenòmens de la vaguetat en un darrer article de caràcter més filosòfic i divulgatiu, i en un altre més tècnic en què defensem la necessitat i presentem l'estat de l'art de l'estudi de les estructures algèbriques associades a les lògiques borroses. Finalment, s’ha dedicat la darrera part del projecte a l'estudi de la complexitat aritmètica de les lògiques borroses de primer ordre.

Criteris per la determinació de l'àmbit de la competència de Catalunya en Dret de les obligacions contractuals

Cal examinar dins dels marcs europeu, estatal i autonòmic l'actual distribució de competències en matèria d'obligacions contractuals, decidint el marge que li queda al legislador català en aquesta matèria en el moment en què s'està elaborant el llibre VI del Codi civil de Catalunya.