Analyzing the effect of homogeneous frustration in protein folding

The energy landscape theory has been an invaluable theoretical framework in the understanding of biological processes such as protein folding, oligomerization, and functional transitions. According to the theory, the energy landscape of protein folding is funneled toward the native state, a conformational state that is consistent with the principle of minimal frustration. It has been accepted that real proteins are selected through natural evolution, satisfying the minimum frustration criterion. However, there is evidence that a low degree of frustration accelerates folding. We examined the interplay between topological and energetic protein frustration. We employed a Cα structure-based model for simulations with a controlled nonspecific energetic frustration added to the potential energy function. Thermodynamics and kinetics of a group of 19 proteins are completely characterized as a function of increasing level of energetic frustration. We observed two well-separated groups of proteins: one group where a little frustration enhances folding rates to an optimal value and another where any energetic frustration slows down folding. Protein energetic frustration regimes and their mechanisms are explained by the role of non-native contact interactions in different folding scenarios. These findings strongly correlate with the protein free-energy folding barrier and the absolute contact order parameters. These computational results are corroborated by principal component analysis and partial least square techniques. One simple theoretical model is proposed as a useful tool for experimentalists to predict the limits of improvements in real proteins. © 2013 Wiley Periodicals, Inc.

Aplicação da transformada integral generalizada no escoamento potencial em contrações

Pós-graduação em Engenharia Mecânica - FEIS

Análise da estampagem de chapas metálicas utilizando elementos finitos

Pós-graduação em Engenharia Mecânica - FEG

Towards an integrative approach to sustainability: exploring potential synergies between gender and environment

Includes bibliography.

A study on energy issues in the Caribbean: potential for mitigating climate change

The United Nations Economic Commission for Latin America and the Caribbean (ECLAC) is seeking to provide support to the Governments of Guyana, Jamaica and Barbados in researching the potential for employing renewable energy technologies to mitigate climate change. This exercise involves the study of different types of renewable technologies and mitigative strategies, with the aim of making recommendations to the governments on the development of their renewable energy sector. The recommendations may also assist in achieving their long-term objectives of reducing poverty and promoting healthy economies and sustainable livelihoods in keeping with the Millennium Development Goals. Guyana, Jamaica and Barbados each face common and specific challenges in their efforts to adequately define and implement their energy and climate policies, in a way that allows them to contribute to the mitigation effort against climate change, while promoting sustainable development within their countries. Each country has demonstrated an understanding of the global and national challenges pertaining to climate change. They have attempted to address these challenges through policies and various programmes implemented by local and international agencies. Documented and undocumented policies have sought to outline the directions to be taken by each territory as they seek to deploy new technologies to address issues related to energy and the environment. While all territories have sought to deploy multiple alternate and renewable technologies simultaneously, it is clear that, given their sizes and resource limitations, no one territory can achieve excellence in all these areas. Guyana has demonstrated the greatest potential for hydro energy and should pursue it as their main area of expertise. The country also has an additional major strategy that includes forest credits and the Reduced Emissions from Deforestation and Degradation (REDD) programme. This approach will be brought to the negotiation table in the upcoming climate change meeting in Copenhagen in December 2009. Of the three countries, Jamaica has the only active significant wind farm deployment, while Barbados has a long tradition in solar energy. Each country might then supplement their energy and fuel mix with other energy and fuel sources and draw from the experience of other countries. Given the synergies that might accrue from adopting a regional approach, the Caribbean Community Climate Change Centre (CCCCC) might be well positioned to play a coordinating role. This focus on renewable energy and biofuels should yield good, long-term results as it relates to mitigation against climate change, and good, short- and medium-term results as it relates to the development of sustainable economies. Each country might also achieve energy security, reduced oil dependence, significant reduction in harmful emissions and better foreign exchange management if they pursue good policies and implementation practices. Human and financial resources are critical to the success of planned interventions, and it will be necessary to successfully mobilize these resources in order to be effective in executing key plans.

Literatura e cinema: representações do feminino em Washington Square, Daisy Miller e The Europeans

Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES)

Soroepidemiologia de Chlamydia trachomatis, Chlamydia pneumoniae e Treponema pallidum em portadores do Vírus da imunodeficiência humana (HIV), no Estado do Pará

A Chlamydia trachomatis e o Treponema pallidum compartilham com o HIV uma importante forma de transmissão: a via sexual. Por conta do comprometimento imunológico dos portadores de HIV, a C. pneumoniae pode apresentar um papel potencial em infecções respiratórias. Este trabalho objetivou a descrição da soroprevalência destes três agentes em portadores de HIV do Estado do Pará, Brasil. Entre setembro de 2007 a junho de 2008, foram coletadas 430 amostras de portadores de HIV em Belém, Pará. Estas foram submetidas a um ELISA para detecção de anticorpo IgG e IgM anti-Chlamydia e, dentre os positivos, uma amostragem aleatória foi escolhida e submetida à microimunofluorescência para sorotipagem. Para a detecção de anticorpos anti-Treponema pallidum foi feito um teste não treponêmico (RPR) e um teste treponêmico (ELISA). Os resultados obtidos foram analisados pelo teste do χ². A prevalência geral de anticorpos anti-Chlamydia foi 64,2% (51,6% para IgG e 4% para IgM). A sorotipagem mostrou uma alta prevalência de C. trachomatis (100% tanto para IgG como IgM), e C. pneumoniae (73,5% IgG e 70,5% IgM), sendo que houve uma larga disseminação dos sorotipos que causam infecções genitais da Chlamydia trachomatis. A prevalência geral de anticorpos contra o Treponema pallidum foi de 34,9%, sendo que 7,3% apresentaram resultado laboratorial indicativo de sífilis. As variáveis que apresentaram associação com a infecção por Chlamydia e Treponema pallidum foram: o gênero masculino, maior idade, baixa escolaridade, número de parceiros por semana, a prática de sexo anal, homossexualismo/bissexualismo, uso de droga não-endovenosa, histórico de IST. Faz-se necessário tanto a conscientização como o monitoramento da população, para impedir a transmissão destes agentes e para a melhoria da qualidade de vida dos indivíduos portadores de HIV.

Modelagem 1D e 2,5D de dados do método CSEM marinho em meios com anisotropia transversal inclinada

Neste trabalho apresentamos a solução do campo eletromagnético gerado por um dipolo elétrico horizontal em meios transversalmente isotrópicos com eixo de simetria vertical (TIV) e com eixo de simetria inclinado (TII). Para modelos unidimensionais, o campo eletromagnético foi obtido por duas metodologias distintas: (1) solução semi-analítica das equações de Maxwell com auxílio de potenciais vetores no caso TIV e (2) em modelos com anisotropia transversal inclinada o campo eletromagnético foi separado em primário e secundário, e então, o campo secundário foi calculado pelo método de elementos finitos no domínio (k_x, k_y, z) da transformada de Fourier. Para estruturas bidimensionais, foi aplicada a mesma metodologia usado nos modelos TII unidimensionais, onde o campo secundário foi calculado pelo método de elementos finitos no domínio (x, k_y, z), da transformada de Fourier, com a utilização de malhas não estruturadas para discretização dos modelos. Estas respostas foram usados para avaliar os efeitos da anisotropia elétrica nos dados CSEM marinho 1D e 2,5D.

Square-wave voltammetric determination of rutin in pharmaceutical formulations using a carbon composite electrode modified with copper (II) phosphate immobilized in polyester resin

Descreve-se um eletrodo de carbono modificado com fosfato de cobre (II) imobilizado em uma resina de poliéster (Cu₃(PO₄)₂-Poly) para a determinação de rutina em amostras farmacêuticas por voltametria de onda quadrada. O eletrodo modificado permite a determinação de rutina em potencial (0.20 V vs Ag / AgCl (3,0 mol L^-1 KCl)) menor que o observado em um eletrodo não modificado. Verificou-se que a corrente de pico foi linear com a concentração de rutina na faixa de 9,9 × 10^-8 a 2,5 × 10^-6 mol L^-1, com um limite de detecção de 1,2 × 10^-8 mol L^-1. A resposta do eletrodo foi estável, sem variação significativa dentro de várias horas de operação contínua. A morfologia da superfície do eletrodo modificado foi caracterizada por microscopia eletrônica de varredura (MEV) e pelo sistema de energia dispersiva de raios-X (EDX). Os resultados obtidos foram precisos e exatos. Ademais, estes resultados estão de acordo com aqueles obtidos pelo método cromatográfico a um nível de confiança de 95%.

Preparação, caracterização e aplicação de carbono polimérico vítreo em sensores eletroquímicos

Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES)

Determinação de Cd, Pb e Cu em particulados atmosféricos da região de Presidente Prudente por análise voltamétrica utilizando eletrodo de mercúrio

Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES)

TWIST1 Is a Molecular Marker for a Poor Prognosis in Oral Cancer and Represents a Potential Therapeutic Target

Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)

Magnetic susceptibility and diffuse reflectance spectroscopy to characterize the spatial variability of soil properties in a Brazilian Haplustalf

Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)

Manganese(II) complexes with thiosemicarbazones as potential anti-Mycobacterium tuberculosis agents

Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)

Novel Chemically Modified Bacterial Cellulose Nanocomposite as Potential Biomaterial for Stem Cell Therapy Applications

Bacterial cellulose (BC) has become established as a remarkably versatile biomaterial and can be used in a wide variety of applied scientific applications, especially for medical devices. In this work, the bacterial cellulose fermentation process is modified by the addition of hyaluronic acid and gelatin (1% w/w) to the culture medium before the bacteria is inoculated. Hyaluronic acid and gelatin influence in bacterial cellulose was analyzed using Transmission Infrared Spectroscopy (FTIR) and Scanning Electron Microscopy (SEM). Adhesion and viability studies with human dental pulp stem cells using natural bacterial cellulose/hyaluronic acid as scaffolds for regenerative medicine are presented for the first time in this work. MTT viability assays show higher cell adhesion in bacterial cellulose/gelatin and bacterial cellulose/ hyaluronic acid scaffolds over time with differences due to fiber agglomeration in bacterial cellulose/gelatin. Confocal microscopy images showed that the cell were adhered and well distributed within the fibers in both types of scaffolds.