Zooplankton - fish interaction in the littoral zone of Nyanza Gulf, Lake Victoria

The zooplankton community of the littoral zone of Nyanza Gulf, Lake Victoria, was studied between June 1998 and June 1999 to identify and quantify various zooplankton groups, and investigate the interactions that occur between them and the littoral fish through the food chain. Zooplankton samples were collected from five stations using a 83 micro-m mesh size plankton net hauled vertically through the water column. Fish samples were obtained by beach seine, except at Gingra (May 1999), where trawl samples were used. Gut/stomach analysis was carried out on the three major commercial species, Lates niloticus (L.), Oreochromis niloticus (L.) and Rastrineobola argentea (Pellegrin).

Robust Control of Evolutionary Dynamics

The application of principles from evolutionary biology has long been used to gain new insights into the progression and clinical control of both infectious diseases and neoplasms. This iterative evolutionary process consists of expansion, diversification and selection within an adaptive landscape - species are subject to random genetic or epigenetic alterations that result in variations; genetic information is inherited through asexual reproduction and strong selective pressures such as therapeutic intervention can lead to the adaptation and expansion of resistant variants. These principles lie at the center of modern evolutionary synthesis and constitute the primary reasons for the development of resistance and therapeutic failure, but also provide a framework that allows for more effective control.

A model system for studying the evolution of resistance and control of therapeutic failure is the treatment of chronic HIV-1 infection by broadly neutralizing antibody (bNAb) therapy. A relatively recent discovery is that a minority of HIV-infected individuals can produce broadly neutralizing antibodies, that is, antibodies that inhibit infection by many strains of HIV. Passive transfer of human antibodies for the prevention and treatment of HIV-1 infection is increasingly being considered as an alternative to a conventional vaccine. However, recent evolution studies have uncovered that antibody treatment can exert selective pressure on virus that results in the rapid evolution of resistance. In certain cases, complete resistance to an antibody is conferred with a single amino acid substitution on the viral envelope of HIV.

The challenges in uncovering resistance mechanisms and designing effective combination strategies to control evolutionary processes and prevent therapeutic failure apply more broadly. We are motivated by two questions: Can we predict the evolution to resistance by characterizing genetic alterations that contribute to modified phenotypic fitness? Given an evolutionary landscape and a set of candidate therapies, can we computationally synthesize treatment strategies that control evolution to resistance?

To address the first question, we propose a mathematical framework to reason about evolutionary dynamics of HIV from computationally derived Gibbs energy fitness landscapes -- expanding the theoretical concept of an evolutionary landscape originally conceived by Sewall Wright to a computable, quantifiable, multidimensional, structurally defined fitness surface upon which to study complex HIV evolutionary outcomes.

To design combination treatment strategies that control evolution to resistance, we propose a methodology that solves for optimal combinations and concentrations of candidate therapies, and allows for the ability to quantifiably explore tradeoffs in treatment design, such as limiting the number of candidate therapies in the combination, dosage constraints and robustness to error. Our algorithm is based on the application of recent results in optimal control to an HIV evolutionary dynamics model and is constructed from experimentally derived antibody resistant phenotypes and their single antibody pharmacodynamics. This method represents a first step towards integrating principled engineering techniques with an experimentally based mathematical model in the rational design of combination treatment strategies and offers predictive understanding of the effects of combination therapies of evolutionary dynamics and resistance of HIV. Preliminary in vitro studies suggest that the combination antibody therapies predicted by our algorithm can neutralize heterogeneous viral populations despite containing resistant mutations.

Faunistic studies

An update on the work undertaken by the authors, Macan and Hynes, over the past year. Macan provides details of additional work undertaken since his publication of faunistic work on adult animals, including details on additional field data, further developments of the conclusions intially drawn and further comparisons with fauna of the highlands of Scotland. Two histograms are provided showing succession of Corixidae in two separate waterbodies. Habitat conditions are also discussed for this species and a number of locations are mentioned including, Blelham Tarn, Derwentwater and Rusland Moss. An update on stonefly work undertaken by Hynes is provided, specifically stomach contents of nymphs and habitat preference. Details are also given of aquatic insects being breed by the staff for research.

Effects of Cow Green Reservoir upon downstream fish populations

Post impoundment observations on the fish populations of the River Tees, downstream from the Cow Green Reservoir were made between 1971 and 1980. Both bullhead (Cottus gobio L.) and brown trout (Salmo trutta L.) population densities increased in the river after impoundment but changes in growth rate were small. Investigations into the stomach contents of the two species reflects the results of other work on increases of benthos in the river. Following regulation there was an increase in the quantity of Ephemerella ignita found in trout stomachs while in the bullhead, regulation caused an increase in the importance of Mollusca and a decrease in importance of Ephemeroptera and Plecoptera.

The food of coarse fish

Remarkably little has been published on the feeding habits of the non-salmonid fishes of British fresh waters. The following report briefly summarizes the results obtained from the examination of the stomach contents of some 2,700 fish, belonging to 19 species, which were obtained during 1939. The results of all examinations of gut contents were analysed, species by species, upon a simple basis of the presence of different types of food. Foodstuffs were divided up into six main categories— fish, molluscs, insects, crustaceans, higher plants together with filamentous algae, and diatoms—and the occurrence of members of any of these categories was recorded for each fish.

Prevalência de doença celíaca em pacientes dispépticos sem diarreia atendidos na Disciplina de Gastroenterologia e Endoscopia Digestiva do Hospital Universitário Pedro Ernesto da UERJ

A Doença Celíaca (DC) é uma doença autoimune que afeta o intestino delgado de indivíduos geneticamente susceptíveis após contato com o glúten. Diversos estudos têm relatado aumento da prevalência ao longo dos anos. Objetivo: Determinar a prevalência de DC em pacientes adultos sem diarreia encaminhados à Disciplina de Gastroenterologia do HUPE da UERJ para serem submetidos a Endoscopia Digestiva Alta (EDA).Comparar os resultados do histopatológico das biópsias duodenais com os resultados sorológicos, utilizando o anticorpo antitransglutaminase tecidual IgA (ATGt IgA). Métodos: Pacientes que foram encaminhados ao nosso serviço para serem submetidos a EDA entre Julho de 2008 e Julho de 2010, com idade entre 18 e 85 anos foram aceitos no estudo. Critérios de exclusão foram cirrose, neoplasias do trato gastrointestinal, HIV, uso de imunossupressores e anticoagulantes, diarreia, hemorragia digestiva e DC. Coleta de sangue para pesquisa do anticorpo ATGt IgA (utilizando KIT ORGENTEC - Alemanha), avaliação endoscópica e exame histopatológico das biópsias de segunda porção duodenal foram feitos para cada paciente. Biópsias foram avaliadas de acordo com o critério de Marsh modificado. Resultados: Trezentos e noventa e nove pacientes consecutivos (112 homens, 287 mulheres), média de idade 49,616,4 anos, variando de 18-85 anos, sem diarreia, foram prospectivamente aceitos. Os sintomas clínicos mais prevalentes foram dor abdominal em 99,5%, pirose em 41,1%, plenitude pós prandial em 30,6%, náuseas e vômitos em 21,3%. Os achados endoscópicos foram: normais em 41,6%, lesões pépticas (esofagite, gastrite, duodenite e úlceras) em 41,6%, hérnia hiatal em 5,5%, pólipos gástricos em 3%, neoplasias em 1,3% e miscelânea em 7%. DC foi endoscopicamente diagnosticada em 13 pacientes (3,3%) com mucosa duodenal exibindo serrilhamento das pregas em 8 (2%), diminuição do pregueado em 2 (0,5%) e mucosa exibindo padrão nodular e mosaico em 3 (0,75%). Os achados histopatológicos de duodeno foram normais em 96,7%, duodenites inespecíficas em 2,7% e 3 pacientes (0,75%) confirmaram DC pelos critérios de Marsh modificado (IIIa, IIIb e IIIc). O anticorpo ATGt IgA foi positivo (>10 U/ml) em 1,3% (5/399). Conclusão: Este estudo mostrou que a prevalência de DC em pacientes dispépticos sem diarreia atendidos na Disciplina de Gastroenterologia e Endoscopia do HUPE/UERJ foi de 0,75% (1:133). A acurácia diagnóstica do anticorpo ATGt IgA é boa para pacientes com Marsh III e achados endoscópicos sugestivos. Nenhum dos pacientes tinha alterações Marsh I ou II. A EDA se mostrou um excelente método de triagem para definir os pacientes com graus mais acentuados de atrofia e que se beneficiariam de biópsia e sorologia para confirmação diagnóstica. Os resultados obtidos neste trabalho não justificam uma triagem rotineira de DC.

Dieta do boto-cinza (Sotalia guianensis Van Benédén, 1864) (Cetacea: Delphinidae) na Baía de Sepetiba (RJ)

O boto-cinza (Sotalia guianensis Van Benédén, 1864) é um pequeno cetáceo da família Delphinidae. Ocorre em águas costeiras da América do Sul e Central, associado à ambientes estuarinos, às baías e áreas protegidas. Estudos sobre hábitos alimentares são importantes para avaliar os padrões de relação entre presa e predador. Desta forma, o conhecimento da composição da dieta do predador pode fornecer informações a respeito de sua distribuição, padrões de migração e de seu comportamento, além de contribuir com informações sobre a biologia e comportamento de suas presas. Neste trabalho, são abordados aspectos da ecologia alimentar do boto-cinza da Baía de Sepetiba, com o objetivo de caracterizar a dieta e compará-la em relação ao sexo, classe etária e estações do ano, a partir da análise do conteúdo estomacal de 76 botos-cinza encalhados entre 2005 e 2011. Os itens alimentares recuperados dos estômagos como otólitos e ossos de peixes, bicos de cefalópodes, carapaças de crustáceos, foram identificados baseando-se em trabalhos de identificação e em uma coleção de referência. O comprimento e biomassa das presas foram estimados com o uso de equações de regressão encontradas na literatura para estas espécies. As amostras foram separadas em machos adultos, fêmeas adultas e juvenis, e em estações quente/chuvosa (out-abr) e fria/seca (mai-set), em que os estômagos foram recuperados. Um total de 1800 presas foi identificado, relativo a 23 espécies de teleósteo, quatro espécies de cefalópode e três de crustáceo. O boto-cinza da Baía de Sepetiba apresentou uma dieta tipicamente piscívora, com um hábito alimentar no qual, poucas espécies foram consumidas em alta frequencia. Todas as presas identificadas têm distribuição costeira sendo a maioria estuarina de pequeno porte ou juvenil. As presas mais importantes na dieta do boto-cinza, segundo o índice de importância relativa (IIR), foram Cetengraulis edentulus; Micropogonias furnieri; Mugil spp.; Chloroscombrus chrysurus; Cynoscion jamaicensis; Stellifer sp.; e Sciadeichthys luniscutis. Dentre os cefalópodes, a lula Doryteuthis plei foi à presa mais importante. Este estudo indica que o boto-cinza apresenta variações intra-específicas no seu hábito alimentar entre fêmeas adultas, machos adultos e juvenis, além de variações sazonais na composição de sua dieta. A partir do conhecimento do comportamento e hábito de suas presas, pode-se concluir que, Sotalia guianensis da Baía de Sepetiba se alimenta ao longo de toda a Baía, além de utilizar áreas costeiras próximas para atividades de alimentação e forrageio.

Associação entre a periodontite crônica e o câncer de boca e/ou orofaringe

O objetivo desse trabalho foi determinar a prevalência, extensão e severidade da periodontite crônica em pacientes com câncer de boca e/ou orofaringe e verificar se essa forma de doença periodontal é indicadora de risco para essas neoplasias. Trinta e cinco pacientes com câncer de boca e/ou orofaringe, atendidos no Instituto Nacional de Câncer (INCA) e 40 pacientes e/ou acompanhantes do ambulatório do Instituto Nacional de Traumatologia e Ortopedia (INTO), não portadores de neoplasias de boca e/ou orofaringe, foram avaliados por meio de anamnese, exame periodontal e índice de dentes cariados perdidos e obturados (CPOD). A população estudada foi formada predominante por indivíduos do sexo masculino, da raça branca, casados, que cursaram até o ensino fundamental e possuíam renda familiar de até 6 salários mínimos. Não houve diferença estatística significante para esses parâmetros entre os grupos. No grupo caso havia significativamente mais pacientes fumantes e que ingeriam mais bebidas alcoólicas. Pacientes do grupo controle praticavam mais exercícios físicos e tinham o índice de massa corporal (IMC) significantemente mais elevado. O consumo de frutas, legumes e vegetais foi maior para o grupo controle (p>0,05), enquanto o consumo de carne vermelha foi maior no grupo caso (p>0,05). O histórico de casos de câncer na família era baixo em ambos os grupos. O grupo caso apresentou mais sítios com placa e sangramento a sondagem e menos sítios com sangramento gengival. Somente o índice de placa teve diferença estatisticamente significante. O número de dentes presentes era significantemente menor no grupo caso embora não houvesse diferença estatística significante entre os grupos para o índice CPOD. As médias de profundidade de bolsa a sondagem (PBS) e nível de inserção clínica (NIC) foram significantemente maiores para o grupo caso. A prevalência da periodontite crônica generalizada foi de 100% nos pacientes com câncer de boca e ou orofaringe. Oitenta e nove por cento dos pacientes do grupo caso apresentaram periodontite crônica severa. A extensão ou a severidade da periodontite crônica permaneceram indicadores de risco para o câncer de boca e/ou orofaringe independentes mesmo após os ajustes para fatores de confusão, álcool e fumo.

Hábitos alimentares e análise de sobreposição trófica de elasmobrânquios no litoral sul do Rio de Janeiro, Brasil

O presente trabalho analisou o conteúdo estomacal de cinco espécies de elasmobrânquios, sendo 9 estômagos de Psammobatis rutrum, 83 de Psammobatis extenta, 59 de Atlantoraja cyclophora, 112 de Rioraja agassizi e 43 de Rhizoprionodon lalandii, com o objetivo de obter informações sobre os hábitos alimentares dessas espécies, além de verificar a formação de guildas tróficas entre as espécies estudadas. As coletas ocorreram entre janeiro de 2006 e agosto de 2007, no litoral sul do Rio de Janeiro, ao largo da Ilha Grande. Os itens alimentares encontrados foram analisados quanto a Frequência de Ocorrência, Peso Percentual e Índice Alimentar, sendo a dieta de cada espécie avaliada considerando toda amostra, de acordo com o sexo dos indivíduos, estádios de maturidade e épocas do ano. Para investigar a similaridade entre as dietas e verificar a formação de guildas tróficas foi realizada uma Análise de Escalonamento Multidimensional (MDS). As dietas de Psammobatis rutrum e Psammobatis extenta foram consideradas carcino-bentófagas, com grande importância de camarões. O principal item para Atlantoraja cyclophora foi o siri Portunus spinicarpus, sendo a dieta considerada principalmente carcino-bentófaga, mas também com grande importância de teleósteos. Em Rioraja agassizi, a dieta foi considerada principalmente carcino-bentófaga, mas também com forte influência ictiófaga. Já o comportamento alimentar de Rhizoprionodon lalandii foi considerado ictio-bentófago. A dieta entre os sexos apresentou uma alta sobreposição em P. extenta, A. cyclophora e R. lalandii, mas para R. agassizi essa sobreposição foi considerada baixa. Entre os estádios de maturidade a sobreposição foi pequena para P. extenta e R. agassizi, entretanto para A. cyclophora e R. lalandii essa sobreposição foi elevada. Os exemplares maiores, aparentemente apresentaram preferência a se alimentarem de peixes, enquanto que predadores de menor porte se restringem aos invertebrados, basicamente crustáceos. Para todas as espécies foram identificadas alterações sazonais na importância dos itens alimentares, que pode ser explicado pelas oscilações naturais na composição e abundancia das presas potenciais em consequência das variações das massas de água na plataforma continental do sul fluminense. Os resultados indicaram a formação de 2 guildas, sendo a guilda 1 composta por P. rutrum e P extenta e com uma dieta principalmente de crustáceos (camarões) e a guilda 2 composta por A. cyclophora, R. agassizi e R. lalandii apresentando uma alimentação em Crustáceos e em Teleósteos.

The MLH1 c.1852_1853delinsGC (p.K618A) Variant in Colorectal Cancer: Genetic Association Study in 18,723 Individuals

Colorectal cancer is one of the most frequent neoplasms and an important cause of mortality in the developed world. Mendelian syndromes account for about 5% of the total burden of CRC, being Lynch syndrome and familial adenomatous polyposis the most common forms. Lynch syndrome tumors develop mainly as a consequence of defective DNA mismatch repair associated with germline mutations in MLH1, MSH2, MSH6 and PMS2. A significant proportion of variants identified by screening these genes correspond to missense or noncoding changes without a clear pathogenic consequence, and they are designated as "variants of uncertain significance'', being the c.1852_1853delinsGC (p.K618A) variant in the MLH1 gene a clear example. The implication of this variant as a low-penetrance risk variant for CRC was assessed in the present study by performing a case-control study within a large cohort from the COGENT consortium-COST Action BM1206 including 18,723 individuals (8,055 colorectal cancer cases and 10,668 controls) and a case-only genotype-phenotype correlation with several clinical and pathological characteristics restricted to the Epicolon cohort. Our results showed no involvement of this variant as a low-penetrance variant for colorectal cancer genetic susceptibility and no association with any clinical and pathological characteristics including family history for this neoplasm or Lynch syndrome.

Le régime alimentaire de Dentex angolensis, Poll et Maul, 1953 (Sparidae)

The food of Dentex angolensis, studied from 386 stomachs, consists essentially of small epibenthic crustaceans and, with less importance, of fishes. A systematic list with abundance and occurrence is given here. It is noted that the composition of the stomach content can differ with depth and season.

Note sur le régime alimentaire de quelques poissons démérsaux de Côte d'Ivoire

Stomach contents from 21 species of demersal fish caught on Grand Bassam (Côte d'Ivoire) fishing grounds at 20 and 35 m depth are analyzed. The results are compared with those of Longhurst (1957, 1960). The great importance of Crustacea in the food of those species appears clearly. A representative scheme of the diet is suggested.

Zooplancton et micronecton dans la région du Dôme d'Angola en février-mars 1971 et rélation avec les thons

Diurnal variations and geographic distribution of zooplankton and micronekton are studied in the Angola Dome. The small zooplankton species (Copepodids, Copepods, Amphipods, Ostracods, Chaetognaths, etc.) undertake vertical migrations within a 100 m water layer. Most of the micronekton species are below this layer during the day and move towards the surface during the night. The whole region prospected is rich in zooplankton and micronekton species that are present in the upper 100 m layer during the day. Only the South-West region is poor. On the contrary, this latter region is abundant in species that migrate below this layer during the day. The authors think there are 3 main difficulties in establishing good relationships between micronekton and tunas distribution: 1 - inability of micronekton nets to catch the tunas preys; 2 - the great diversity of tunas food; and 3 - the too large delay between micronekton studies and those of stomach contents of tunas.

Efeito da hiperalimentação na lactação sobre a regulação da adiposidade corporal e sinalização da grelina no tecido adiposo branco de camundongos jovens e adultos

A obesidade é um dos maiores problemas de saúde pública que cresce em todo o mundo, resultante de um desequilíbrio entre ingestão alimentar e gasto energético. O aumento da adiposidade leva ao desenvolvimento de alterações funcionais. Pode-se dizer que a obesidade é o principal fator de risco para o desenvolvimento de doenças crônicas de maior prevalência como dislipidemias, doenças cardiovasculares e diabetes do tipo 2, acarretando na redução da qualidade e expectativa de vida. A Grelina é um hormônio sintetizado pelo estômago, que atua em diferentes tecidos através de um receptor específico (GHS-R1a), incluindo hipotálamo e tecido adiposo. A grelina tem uma ação direta sobre a regulação hipotalâmica da ingestão alimentar, induzindo um efeito orexígeno. Por outro lado, a grelina também modula o armazenamento de energia nos adipócitos. Esta dupla ação sugere que este hormônio pode atuar como uma ligação entre o sistema nervoso central e mecanismos periféricos. Portanto, considerando que a hiperalimentação neonatal induz obesidade na idade adulta por mecanismos desconhecidos, neste estudo foram pesquisados os efeitos da hiperalimentação no início da vida sobre o desenvolvimento da obesidade e, em particular, a sinalização da grelina no tecido adiposo em ratos jovens e adultos. Foram utilizados camundongos Swiss hiperalimentados através do modelo de redução da ninhada. Para induzir a hiperalimentação as ninhadas foram reduzidas a 3 filhotes machos por lactante no 30 dia de vida pós-natal. As ninhadas controles foram ajustadas em 9 filhotes por lactante. Foram avaliados parâmetros antropométricos como: massa corporal e massa do tecido adiposo visceral. A glicemia de jejum foi avaliada utilizando glicosímetro e fitas teste. A análise do conteúdo das proteínas envolvidas na via de sinalização da grelina foram detectadas pelo método de Western Blotting. Os grupos controle (C) e hiperalimentado (H) foram estudados aos 21 e 180 dias de vida. Os dados demonstram que a hipernutrição no início da vida induz um aumento significativo no peso corporal dos camundongos jovens, começando aos 10 dias, e este aumento de peso persistiu até à idade adulta (180 dias de idade). A glicemia e o peso da gordura visceral foram significativamente maiores no grupo hiperalimentado aos 21 e 180 dias, quando comparado com o grupo controle. Os níveis plasmáticos de grelina acilada apresentaram uma redução de 70% nos animais jovens e 49% adultos obesos. Além disso, no tecido adiposo branco, observamos um maior conteúdo (242%) do receptor de grelina (GHSR1a) nos animais hiperalimentados com 21 dias, e este aumento foi associado à modulação positiva do conteúdo e fosforilação de proteínas envolvidas no estoque e utilização de energia celular, tais como AKT, PI3K, AMPK, GLUT-4, e CPT1. No entanto, ao chegar à idade adulta os animais hiperalimentados não apresentaram diferença significativa no conteúdo de GHS-R1a e das proteínas AKT, PI3K, AMPK, GLUT-4, e CPT1. O conteúdo de PPARɣ foi menor no grupo obeso aos 21e 180 dias. Basicamente, mostramos que o metabolismo do tecido adiposo está alterado na obesidade adquirida no início da vida e, provavelmente, devido a essa modificação, ocorre um novo padrão da via de sinalização da grelina.

Regional variation in the annual feeding cycle of juvenile walleye pollock (Theragra chalcogramma) in the western Gulf of Alaska

Juvenile fish in temperate coastal oceans exhibit an annual cycle of feeding, and within this cycle, poor wintertime feeding can reduce body growth, condition, and perhaps survival, especially in food-poor areas. We examined the stomach contents of juvenile walleye pollock (Theragra chalcogramma) to explain previously observed seasonal and regional variation in juvenile body condition. Juvenile walleye pollock (1732 fish, 37–250 mm standard length) of the 2000 year class were collected from three regions in the Gulf of Alaska (Kodiak, Semidi, and Shumagin) representing an area of the continental shelf of ca. 100,000 km2 during four seasons (August 2000 to September 2001). Mean stomach content weight (SCW, 0.72% somatic body weight) decreased with fish body length except from winter to summer 2001. Euphausiids composed 61% of SCW and were the main determinant of seasonal change in the diets of fish in the Kodiak and Semidi regions. Before and during winter, SCW and the euphausiid dietary component were highest in the Kodiak region. Bioenergetics modeling indicated a relatively high growth rate for Kodiak juveniles during winter (0.33 mm standard length/d). After winter, Shumagin juveniles had relatively high SCW and, unlike the Kodiak and Semidi juveniles, exhibited no reduction in the euphausiid dietary component. These patterns explain previous seasonal and regional differences in body condition. We hypothesize that high-quality feeding locations (and perhaps nursery areas) shift seasonally in response to the availability of euphausiid