Prediction of operons in microbial genomes

Operon structure is an important organization feature of bacterial genomes. Many sets of genes occur in the same order on multiple genomes; these conserved gene groupings represent candidate operons. This study describes a computational method to estimate the likelihood that such conserved gene sets form operons. The method was used to analyze 34 bacterial and archaeal genomes, and yielded more than 7600 pairs of genes that are highly likely (P ≥ 0.98) to belong to the same operon. The sensitivity of our method is 30–50% for the Escherichia coli genome. The predicted gene pairs are available from our World Wide Web site http://www.tigr.org/tigr-scripts/operons/operons.cgi.

PDBsum: summaries and analyses of PDB structures

PDBsum is a web-based database providing a largely pictorial summary of the key information on each macromolecular structure deposited at the Protein Data Bank (PDB). It includes images of the structure, annotated plots of each protein chain’s secondary structure, detailed structural analyses generated by the PROMOTIF program, summary PROCHECK results and schematic diagrams of protein–ligand and protein–DNA interactions. RasMol scripts highlight key aspects of the structure, such as the protein’s domains, PROSITE patterns and protein–ligand interactions, for interactive viewing in 3D. Numerous links take the user to related sites. PDBsum is updated whenever any new structures are released by the PDB and is freely accessible via http://www.biochem.ucl.ac.uk/bsm/pdbsum.

Diferentes olhares acerca dos processos de participação docente na construção da política curricular em Itatiba (2001-2012)

A presente dissertação é fruto da pesquisa que teve como objetivo investigar a participação docente, do Ensino Fundamental II, no processo de formação continuada e principalmente na construção da política curricular do município de Itatiba, o qual tem o ensino municipalizado do 1º ao 9º ano desde 1999. Vale ressaltar que o estudo discorreu entre a gestão municipal de 2001 a 2008 e a gestão de 2009 até 2012. A investigação se desenvolveu a partir das seguintes fontes: entrevista com o Secretário de Educação que atuou entre 2001 e 2008 e com a Secretária de 2009 a 2012; entrevista com duas supervisoras que participaram de todo o processo de 2001 a 2012; entrevista com duas diretoras que atuaram desde a municipalização até 2012; entrevista com quatro professores que se efetivaram após a municipalização (2001), atuam até hoje e participaram do processo de formação até 2012; documentos oficiais: Constituição Federal de 1988, LDB (9394/96), Diretrizes Curriculares Nacionais, FUNDEF (1997), FUNDEB (2007), Deliberação CEE nº73/2008, Lei da municipalização (3110/99), Lei do Sistema de Ensino do município de Itatiba (3485/2001), Projeto Político Pedagógico da SE de 2008, assim como os documentos curriculares do município: de 2001 a 2008 Orientações Curriculares e de 2009 a 2012 Currículo do Ensino Fundamental do 6º ao 9º de todas as disciplinas. É por meio de uma pesquisa qualitativa que esta dissertação se delineia. Desse modo, com entrevistas semiestruturadas bem como roteiros previamente elaborados, tivemos como critérios de escolha dos sujeitos: profissionais da educação que atuaram desde a municipalização até 2012, que participaram de todo o processo de formação continuada e da construção da política curricular. Nessa perspectiva, as entrevistas foram gravadas em áudio e, posteriormente, transcritas para o processo de análise. Dessa forma, o processo de análise consistiu na organização dos dados em categorias e subcategorias, estas estabelecidas pelo próprio conteúdo das entrevistas colhidas dos sujeitos, como também no entrecruzamento do conteúdo das entrevistas com os dados documentais das diferentes fontes utilizadas, que foram, por sua vez, analisados e discutidos à luz do referencial teórico que fundamentou a pesquisa. O estudo foi realizado com base em contribuições de autores que discutem o currículo (Veiga, Silva, Apple, Moreira, Sacristán), os saberes docentes (Tardif), a formação continuada de professores (Nóvoa, Hargreaves), a municipalização (Azanha, Arelaro).Os resultados do trabalho revelam, entre outras coisas, que a participação docente ocorreu no ponto de vista principalmente dos professores na gestão de 2009 a 2012, uma vez que esses se sentiram parte de todo o processo de discussão e construção.

Avaliações e testes dos métodos MASW e ReMi por meio do tratamento de dados empíricos e sintéticos em um programa de processamento e inversão desenvolvido em MATLAB e sua implicação em um problema geológico na Bacia de Taubaté

Os métodos de ondas superficiais com ênfase nas ondas Rayleigh foram utilizados como o núcleo desse trabalho de Doutorado. Inicialmente, as ondas Rayleigh foram modeladas permitindo o estudo de sensibilidade de suas curvas de dispersão sob diferentes configurações de parâmetros físicos representando diversos modelos de camadas, em que pôde ser observado parâmetros com maior e menor sensibilidade e também alguns efeitos provocados por baixas razões de Poisson. Além disso, na fase de inversão dos dados a modelagem das ondas Rayleigh foi utilizada para a construção da função objeto, que agregada ao método de mínimos quadrados, a partir do método de Levenberg-Marquardt, permitiu a implementação de um algoritmo de busca local responsável pela inversão de dados das ondas superficiais. Por se tratar de um procedimento de busca local, o algoritmo de inversão foi complementado por uma etapa de pré-inversão com a geração de um modelo inicial para que o procedimento de inversão fosse mais rápido e eficiente. Visando uma eficiência ainda maior do procedimento de inversão, principalmente em modelos de camadas com inversão de velocidades, foi implementado um algoritmo de pós-inversão baseado em um procedimento de tentativa e erro minimizando os valores relativos da raiz quadrada do erro quadrático médio (REQMr) da inversão dos dados. Mais de 50 modelos de camadas foram utilizados para testar a modelagem, a pré-inversão, inversão e pós-inversão dos dados permitindo o ajuste preciso de parâmetros matemáticos e físicos presentes nos diversos scripts implementados em Matlab. Antes de inverter os dados adquiridos em campo, os mesmos precisaram ser tratados na etapa de processamento de dados, cujo objetivo principal é a extração da curva de dispersão originada devido às ondas superficiais. Para isso, foram implementadas, também em Matlab, três metodologias de processamento com abordagens matemáticas distintas. Essas metodologias foram testadas e avaliadas com dados sintéticos e reais em que foi possível constatar as virtudes e deficiências de cada metodologia estudada, bem como as limitações provocadas pela discretização dos dados de campo. Por último, as etapas de processamento, pré-inversão, inversão e pós-inversão dos dados foram unificadas para formar um programa de tratamento de dados de ondas superficiais (Rayleigh). Ele foi utilizado em dados reais originados pelo estudo de um problema geológico na Bacia de Taubaté em que foi possível mapear os contatos geológicos ao longo dos pontos de aquisição sísmica e compará-los a um modelo inicial existente baseado em observações geomorfológicas da área de estudos, mapa geológico da região e informações geológicas globais e locais dos movimentos tectônicos na região. As informações geofísicas associadas às geológicas permitiram a geração de um perfil analítico da região de estudos com duas interpretações geológicas confirmando a suspeita de neotectônica na região em que os contatos geológicos entre os depósitos Terciários e Quaternários foram identificados e se encaixaram no modelo inicial de hemi-graben com mergulho para Sudeste.

Avaliação do erro estático da ferramenta de uma máquina fresadora com arquitetura paralela.

Os mecanismos amplamente utilizados em aplicações industriais são de tipo serial, porém há algum tempo vem sendo desenvolvidos estudos sobre as vantagens que os mecanismos de arquitetura paralela oferecem em contraposição com os seriais. Rigidez, precisão, altas frequências naturais e velocidade são algumas características que os mecanismos paralelos atribuem a máquinas já consolidadas na indústria, destinadas principalmente nas operações de manipulação (pick and place). Nesse sentido, é relevante o estudo sobre a funcionalidade em outros tipos de operação como a usinagem e, particularmente o fresamento. Para isto, devem-se ainda explorar e desenvolver as capacidades dos mecanismos paralelos em relação à rigidez e à precisão nas operações mencionadas. Foi desenvolvido previamente o projeto e montagem do protótipo de uma máquina fresadora de arquitetura paralela. Também aracterizado pela redundância na atuação para o posicionamento da ferramenta. Com este intuito, pretende-se no trabalho atual, avaliar o erro estático de posicionamento da ferramenta por métodos experimentais, quantificar os deslocamentos, realizar um mapeamento experimental em diversas configurações dos membros. Por outro lado, pretende-se adaptar um modelo numérico simplificado que possa prever as deformações elásticas em diversas configurações, que contemple o efeito de juntas lineares flexíveis e que de alguma forma ajude a identificar as principais fontes de erro. Para tal, foram elaboradas rotinas de programação que através da cinemática inversa e o uso do método dos elementos finitos tentem prever o que de fato acontece nos experimentos. Foi proposta também uma implementação alternativa para o controle do mecanismo através de um software CNC e a conversão de coordenadas cartesianas em coordenadas dos atuadores, isto ajudaria na geração do código G. Finalmente, foram elaboradas algumas trajetórias que tentam avaliar a exatidão e repetitividade do mecanismo além de descrever outras trajetórias livres.

Levensschets van sulthan Ibrahiem, vorst van Eirakh: uit het Arabisch in het Maleisch vertaald door eenen Maleischen schriftgeleerden

en uit het Maleisch in het Nederduitsch overgebracht door Philippus Pieter Roorda van Eijsinga.

Mecmua : manuscript, undated

1. Turkish letter samples (ff. 1v-10v) -- 2. Risālah fī bayān ḥurmat shurb dukhān al-tunbāk / Mawlānā ʻAbd al-Nāfiʻ (ff. 11v-19v) -- 3. Risālah fī lubs al-aḥmar al-baḥt / Shaykh Qāsim (ff. 20v-21v) -- 4. Excerpt from Ibn al-ʻArabī (ff. 23v-24r) -- 5. Excerpt from Ayyuhā al-walad of al-Ghazzālī (ff. 26v-28r) -- 6. Excerpt from Kitāb Laṭāʼif al-adabīyah (ff. 30r-32r) -- 7. Şerh-i Hilyeti'n-Nebî (ff. 33r-35v) -- 8. Sharḥ Jannat al-asmāʼ wa-al-āyāt Allāh [sic] (ff. 35v-38v) -- 9. Fetvâlar (ff. 39v-96v) -- 10. ??? (ff. 98r-103v) -- 11. Persian and Turkish poems (ff. 104r-133r) -- 12. Manzume-i Nidâî Kaysûnîzâde (ff. 134v-157v) -- 13. Excerpts, hadiths and fatwas (ff. 158r-162r) -- Mā jāʼa fī ṭarīq al-taṣawwuf wa-arkānihi (ff. 162v-164v).

Dhoā:dhorûdhi:akbarī : manuscript, 1871

Prayer in Arabic invoking blessings of God on Prophet Muḥammad who is described with various epithets.

Epigraphia Indica.

A list of the inscriptions of Northern India in Brahmi and its derivative scripts, from about 200 A. C., by D. R. Bhandarkar, issued as appendix to v. 19-23.

Tax tips on tape : facilitator's kit /

Mode of access: Internet.

A Complementary Economy? National Markets and International Product in Early Australian Theatre Managements

The international circulation of commercial theatre in the early twentieth century was driven not only from the centres of Great Britain and the USA, but by the specific enterprise and habitus of managers in ‘complementary’ production sites such as Australia, South Africa, and New Zealand. The activity of this period suggests a de-centred competitive trade in theatrical commodities – whether performers, scripts, or productions – wherein the perceived entertainment preferences and geographies of non-metropolitan centres were formative of international enterprise. The major producers were linked in complex bonds of partnerships, family, or common experience which crossed the globe. The fractures and commonalities displayed in the partnerships of James Cassius Williamson and George Musgrove, which came to dominate and shape the fortunes of the Australian industry for much of the century, indicate the contradictory commercial and artistic pressures bearing upon entrepreneurs seeking to provide high-quality entertainment and form advantageous combinations in competition with other local and international managements. Clarke, Meynell and Gunn mounted just such spirited competition from 1906 to 1911, and their story demonstrates both the opportunities and the centralizing logic bearing upon local managements shopping and dealing in a global market. The author, Veronica Kelly, works at the University of Queensland. She is presently undertaking a study of commercial stars and managements in late nineteenth- and early twentieth-century Australia, with a focus on the star performer as model of history, gender, and nation.

Moving and dancing towards decolonisation in education: An example from an Indigenous Australian performance classroom

This paper explores the special type of thinking, moving and dancing place which is opened up for decolonisaton when students engage in an embodied pedagogical practice in Indigenous education. The author examines what decolonisation means in this context by describing the ways in which the curriculum, the students and teacher, and more generally the discipline of ethnomusicology itself, undergo a process to question, critique, and move aside the pedagogical script of colonialism in order to allow Indigenous ways of understanding music and dance to be presented, privileged and empowered. Key questions are: What is the relationship between embodiment and disembodiment and decolonisation and colonisation? In what ways is embodiment more than, or other than, the presence of moving bodies? In what ways is performativity an aspect of power/knowledge/subject formations? How can it be theorised? What could the pedagogical scripts of decolonisation look like?

Incorporating level set methods in Geographical Information Systems (GIS) for land-surface process modelling

Land-surface processes include a broad class of models that operate at a landscape scale. Current modelling approaches tend to be specialised towards one type of process, yet it is the interaction of processes that is increasing seen as important to obtain a more integrated approach to land management. This paper presents a technique and a tool that may be applied generically to landscape processes. The technique tracks moving interfaces across landscapes for processes such as water flow, biochemical diffusion, and plant dispersal. Its theoretical development applies a Lagrangian approach to motion over a Eulerian grid space by tracking quantities across a landscape as an evolving front. An algorithm for this technique, called level set method, is implemented in a geographical information system (GIS). It fits with a field data model in GIS and is implemented as operators in map algebra. The paper describes an implementation of the level set methods in a map algebra programming language, called MapScript, and gives example program scripts for applications in ecology and hydrology.

A profissão de pastor presbiteriano na cidade de São Paulo

A pesquisa realizada entre pastores pertencentes à Igreja Presbiteriana do Brasil (IPB) na cidade de São Paulo mostra que o pastor presbiteriano perdeu o privilegiado status de que gozava até o final da primeira metade do século XX. Longe se vão os dias em que o pastor era um profissional cuja ocupação era respeitada e valorizada e a carreira pastoral era vista como um caminho seguro para a ascensão social de muitos jovens, especialmente os oriundos de cidades pequenas e do mundo rural. Principalmente após os anos 50, mudanças de várias ordens ocorreram, alterando a antiga situação. O processo de secula rização e a conseqüente desvalorização das instituições religiosas tradicionais afetaram diretamente o pastor presbiteriano. Desde então, ganhou força a indagação: Para que serve o pastor? Por sua vez, o campo religioso brasileiro, particularmente nos últimos 25 anos do século XX, assistiu à irrupção de novos movimentos religiosos, aumentando então a competitividade. Surgiram, por exemplo, movimentos e igrejas neopentecostais lideradas por um novo tipo de pastor, que age conforme outros scripts, assumindo papéis mais adequados às regras de uma sociedade midiática. Nesse novo contexto, o pastor presbiteriano reagiu com perplexidade e foi buscar formas de recuperar o prestígio perdido. Um dos caminhos encontrados foi a profissionalização do papel de pastor, que assim se tornou um especialista em assistência social, ensino ou aconselhamento, estratégia aliás bastante valorizada na sociedade contemporânea. Entretanto, teológica e ideologicamente, esse especialista religioso continua se legitimando como um pastor ortodoxo e conservador, já que esse é o papel a ele atribuído na organização religiosa à qual pertence, a condição sine qua non para que ele siga desenvolvendo a sua carreira como pastor da IPB.

A REPRESENTAÇÃO MIDIÁTICA DO PROFESSOR BRASILEIRO NAS PÁGINAS BRANCAS E AMARELAS DE VEJA E CARTACAPITAL

Esta pesquisa fundamenta-se em uma perspectiva psicossocial da Teoria das Representações Sociais, sistematizada por Serge Moscovici, Denise Jodelet e demais colaboradores, com o objetivo de analisar como revistas informativas semanais (Veja e CartaCapital) representam questões relacionadas ao professor. A temática, do ponto de vista teórico, justifica-se em face do papel fundamental da mídia na sociedade contemporânea como difusora e produtora de informações. Foram levantados produtos jornalísticos publicados, durante um ano, na maior e mais importante revista semanal de informação do País (Veja) e em CartaCapital sobre a temática professor e suas variantes. O único critério para seleção dos textos foi que versassem sobre o professor brasileiro, independentemente do grau de ensino, sendo incluídas reportagens, entrevistas e/ou artigos opinativos. Esta investigação abarca ainda como recurso teórico-metodológico, o conceito de representações midiáticas conforme elaborado por Sary Calonge. Foram analisados 79 produtos jornalísticos entre janeiro de 2012 e janeiro de 2013 que indicaram que o professor é praticamente um ser invisível nas pautas de reportagens e artigos desses veículos de comunicação. Professor para falar sobre educação, só se for da área econômica. Nas poucas vezes em que é mencionado ou até aparece com algum destaque, percebe-se o uso de estereótipos e clichês, o que aponta a existência de um discurso naturalizado na mídia que ora o aponta como vilão, ora o trata como vítima das circunstâncias que permeiam a situação atual da Educação no Brasil.