Multi-component assessment of chronic obstructive pulmonary disease : an evaluation of the ADO and DOSE indices and the global obstructive lung disease categories in international primary care data sets

Funding The International Primary Care Respiratory Group (IPCRG) provided funding for this research project as an UNLOCK group study for which the funding was obtained through an unrestricted grant by Novartis AG, Basel, Switzerland. The latter funders had no role in study design, data collection and analysis, decision to publish or preparation of the manuscript. Database access for the OPCRD was provided by the Respiratory Effectiveness Group (REG) and Research in Real Life; the OPCRD statistical analysis was funded by REG. The Bocholtz Study was funded by PICASSO for COPD, an initiative of Boehringer Ingelheim, Pfizer and the Caphri Research Institute, Maastricht University, The Netherlands.

The TIGR Gene Indices: analysis of gene transcript sequences in highly sampled eukaryotic species

While genome sequencing projects are advancing rapidly, EST sequencing and analysis remains a primary research tool for the identification and categorization of gene sequences in a wide variety of species and an important resource for annotation of genomic sequence. The TIGR Gene Indices (http://www.tigr.org/tdb/tgi.shtml) are a collection of species-specific databases that use a highly refined protocol to analyze EST sequences in an attempt to identify the genes represented by that data and to provide additional information regarding those genes. Gene Indices are constructed by first clustering, then assembling EST and annotated gene sequences from GenBank for the targeted species. This process produces a set of unique, high-fidelity virtual transcripts, or Tentative Consensus (TC) sequences. The TC sequences can be used to provide putative genes with functional annotation, to link the transcripts to mapping and genomic sequence data, to provide links between orthologous and paralogous genes and as a resource for comparative sequence analysis.

Produção de biomassa e eficiência no uso da água para oito variedades de cana-de-açúcar irrigadas por gotejamento em dois ciclos de cultivo

A irrigação quando bem manejada, pode minimizar os riscos econômicos da atividade sucroalcooleira, particularmente em safras com presença de instabilidade climática onde a restrição hídrica, promovida pela diminuição no volume de chuvas, pode reduzir a produtividade dos canaviais. Dentre as ferramentas disponíveis para a gestão eficiente da água na agricultura irrigada, a técnica de irrigação sob déficit pode se tornar uma escolha acertada para a cana-de-açúcar, desde que sejam identificadas as fases fenológicas e épocas de cultivo onde a limitação da oferta de água não implique em reduções antieconômicas no rendimento da cultura. Diante disso, a hipótese que norteia essa pesquisa, é a de que existe uma estratégia de irrigação sob déficit, que associada a uma variedade com características específicas, possibilite a expressão de indicadores de produtividade tão satisfatórios quanto os obtidos em condições de irrigação plena. Nessa linha, os objetivos da pesquisa envolveram o estudo da dinâmica foliar, acúmulo e particionamento de biomassa e ainda, índices de produtividade da água para biomassa, açúcar e etanol de 1ª e 2ª geração de oito variedade de cana-de-açúcar, submetidas a diferentes condições de disponibilidade hídrica no solo em dois ciclos de cultivo (cana-planta e cana-soca). A pesquisa foi realizada na Escola Superior de Agricultura \"Luiz de Queiroz\", em Piracicaba/SP, onde foram estudados os dois primeiros ciclos de cultivo da cana-de-açúcar, sendo estes abordados nesta tese como Experimento 1 (cana-planta) e Experimento 2 (cana-soca). O delineamento experimental adotado para ambos os ciclos foi o de blocos casualizados, com três blocos completos. Os tratamentos foram compostos por três fatores em esquema de parcelas sub-subdivididas. Estas parcelas foram formadas por duas plantas (touceiras) alocadas em um vaso com aproximadamente 330 litros de solo. No Experimento 1, foram estudados três fatores, sendo o primeiro e segundo com quatro níveis e o terceiro com oito (4x4x8), totalizando assim 128 tratamentos, sendo eles: quatro níveis de irrigação ao longo do ciclo (125, 100, 75 e 50% da ETc); oito variedades comerciais de cana-de-açúcar e quatro procedimentos de maturação, impostos por meio de variações na intensidade do déficit hídrico aplicado. Para o Experimento 2, substitui-se o fator Maturação por Épocas de Corte, o qual consistiu em colheitas de um quarto do experimento a cada 90 dias. Os resultados encontrados apontaram que a área foliar responde positivamente a maior disponibilidade hídrica no solo, tendo sido verificado uma relação proporcional entre estes. Quanto ao acúmulo de biomassa, verificou-se que para as oito variedades estudadas houve incremento de biomassa a medida em que se aumentou o volume de água disponibilizado às variedades. No tocante ao particionamento, as folhas foram os drenos principais de fotoassimilados da planta até os 100 dias de cultivo, sendo que após este período, os colmos ocuparam o lugar de dreno preferencial. Os indicadores de produtividade da água apresentaram diferenças significativas para o fator lâmina, o que indica a existência de cultivares de cana-de-açúcar mais eficientes no uso da água. Por fim, observou-se que a produtividade da água para etanol total apresentou valores expressivos, com média para essa variável igual a 1,81 L m-3, o que denota o potencial de rendimento de etanol (1G + 2G) a partir da cana-de-açúcar quando é adotado o aproveitamento integral das plantas.

Histoire et archéologie de la transition en al‐Andalus: les indices matériels de l’islamisation à Tudmīr

El objetivo de este trabajo es el reconocimiento material de la islamización en la Cora o provincia de Tudmīr, a partir de la investigación arqueológica. Se realiza un balance crítico de una década de investigaciones individuales y colectivas, presentando las últimas novedades sobre el poblamiento y las formas de implantación territorial en el sudeste de al-Andalus. La arqueología, entendida como una de las fuentes históricas más innovadoras en la discusión sobre la formación de al-Andalus, se convierte en un valioso instrumento de caracterización material de la sociedad islámica y permite reconocer los indicadores sociales (urbanismo y espacios domésticos), culturales (islamización religiosa y arabización lingüística) y cronológicos (moneda, cerámica, etc.) del proceso de islamización.

A methodology for applying Taxonomic Sufficiency and benthic biotic indices in two Mediterranean areas

Biotic indices have been developed to summarise information provided by benthic macroinvertebrates, but their use can require specialized taxonomic expertise as well as a time-consuming operation. Using high taxonomic level in biotic indices reduces sampling processing time but should be considered with caution, since assigning tolerance level to high taxonomic levels may cause uncertainty. A methodology for family level tolerance categorization based on the affinity of each family with disturbed or undisturbed conditions was employed. This family tolerance classification approach was tested in two different areas from Mediterranean Sea affected by sewage discharges. Biotic indices employed at family level responded correctly to sewage presence. However, in areas with different communities among stations and high diversity of species within each family, assigning the same tolerance level to a whole family could imply mistakes. Thus, use of high taxonomic level in biotic indices should be only restricted to areas where homogeneous community is presented and families across sites have similar species composition.

Screening Subclinical Keratoconus With Placido-Based Corneal Indices

Purpose. To assess in a sample of normal, keratoconic, and keratoconus (KC) suspect eyes the performance of a set of new topographic indices computed directly from the digitized images of the Placido rings. Methods. This comparative study was composed of a total of 124 eyes of 106 patients from the ophthalmic clinics Vissum Alicante and Vissum Almería (Spain) divided into three groups: control group (50 eyes), KC group (50 eyes), and KC suspect group (24 eyes). In all cases, a comprehensive examination was performed, including the corneal topography with a Placidobased CSO topography system. Clinical outcomes were compared among groups, along with the discriminating performance of the proposed irregularity indices. Results. Significant differences at level 0.05 were found on the values of the indices among groups by means of Mann-Whitney-Wilcoxon nonparametric test and Fisher exact test. Additional statistical methods, such as receiver operating characteristic analysis and K-fold cross validation, confirmed the capability of the indices to discriminate between the three groups. Conclusions. Direct analysis of the digitized images of the Placido mires projected on the cornea is a valid and effective tool for detection of corneal irregularities. Although based only on the data from the anterior surface of the cornea, the new indices performed well even when applied to the KC suspect eyes. They have the advantage of simplicity of calculation combined with high sensitivity in corneal irregularity detection and thus can be used as supplementary criteria for diagnosing and grading KC that can be added to the current keratometric classifications.