Genetic and maternal contributions to offspring viability under different environmental conditions in various salmonids

Summary : Due to anthropogenic impacts and natural fluctuations, fish usually have to cope with constantly changing and often hostile environments. Whereas adult fish have various possibilities to counteract unfavourable environmental conditions, embryos have much fewer options. Besides by their developing immune system, they are protected by the egg envelopes and several immune substances provided by their mothers. In addition to this, they may also adjust their hatching timing in reaction to various risks. However, individuals may vary in their defensive potential. This variation may be either based on their genetics and/or on differential maternal investments and may be dependent on the experienced stress. Nevertheless, in fish, the impact of such parental contributions on embryo and/or juvenile viability is still poorly investigated. The main objective of this thesis was to investigate the importance of paternal (i.e. genetic) and maternal (i.e. genetic + egg investment) contributions to offspring viability under different environmental conditions and at different life stages. In order to investigate this, we used gametes of various salmonids for in vitro fertilisation experiments based on full-factorial breeding designs. The individual studies are summarised in the following chapters: In the first chapter, we tested the effectiveness of the embryonic immune system in Lake whitefish (Coregonus palaea). Namely, we investigated paternal and maternal contributions to the embryos' tolerance to different kinds of pathogen exposure. Additionally, we tested whether an early sub-léthal exposure has a positive or a negative effect on an embryo's susceptibility to later pathogen exposures with the same pathogen. We found that pre-challenged embryos were more susceptible to future challenges. Moreover, pathogen susceptibility was dependent on maternal investments and/or the embryos' own genetics, depending on the challenge level. Chapter 2 summarises a similar study with brown trout (Salmo trutta). In addition to the previously described investigations, we analysed if genetic effects on offspring viability are mediated either by parental MHC genotypes or relatedness based on neutral microsatellite markers, and we tested if males signal their genetic quality either by their body size or their melanin-based skin colouration. We found that embryo survival was lower at higher stress levels and dependent on the embryos' genetics. Addirionally, parents with similar and/or, very common MHC genotypes had higher offspring viabilities. Finally, darker males produced more viable offspring. In the first two chapters we investigated the embryos' defensive potential based on their immune system, i.e. their pathogen tolerance. In chapter 3 we investigate whether hatching timing of Lake whitefìsh (C. palaea) is dependent on parental contributions and/or on pathogen pressure, and whether there are parental-environmental interactions. We found that whitefish embryos hatch earlier under increasing pathogen pressure. Moreover, hatching timing was affected by embryo genetics and/or maternally provided resources, but the magnitude of the effect was dependent on the pathogen. pressure. We also found a significant paternal-environmental interaction, indicating that the hatching efficiency of a certain sib group is dependent on the pathogen environment. Chapter 4 describes an analogous study with brown trout (S. trutta), with similar findings. In the former chapters, we only looked at offspring performance during the embryonic period, and only under semi-natural conditions. In chapter 5 we now test the performance and viability of embryonic and juvenile brown trout (S. trutta) under natural conditions. To measure embryo viability, we put them in brood boxes, buried them in the gravel of a natural river, and analysed survival after several months. To investigate juvenile survival and performance, wé reared embryos under different stress levels in the laboratory and subsequently released the resulting hatchlings in to a closed river section. Juvenile size and survival was then determined one year later. Additionally, we investigated if sires differ in their genetic quality, determined by embryo and juvenile survival as well as juvenile size, and if they signal their quality by either body size or melanin-based body darkness. We found hat juvenile size was dependent on genetic effects and on maternal investment, whereas this was neither the case for embryo nor for juvenile survival. Additionally, we found that offspring of darker males grew larger, and larger juveniles had also an increased survival. Finally, we found acarry-over effect of the early non-lethal challenge: exposing embryos to higher stress levels resulted in smaller juveniles. To evaluate the long-term performance of differently treated groups, mark-recapture studies are inevitable. For this purpose, effective mass-marking techniques are essential. In chapter 6 we tested the suitability of the fluorescent pigment spray marking method for the mass marking of European graylings (Thymallus thymallus), with very promising results. Our in vitro fertilisation studies on whitefish may reveal new insights on potential genetic benefits of mate choice, but the mating system of whitefish under natural conditions is still poorly investigated. In order to study this, we installed underwater cameras at the spawning place of a Coregonus suidteri population, recorded the whole mating period and subsequently analysed the recordings. Confirmations of previous findings as well as exciting new observations are listed and discussed in chapter 7. Dus aux impacts anthropogéniques et aux fluctuations naturelles, les poissons doivent faire face à des environnements en perpétuel changement. Ces changements font que les poissons doivent s'adapter à de nouvelles situations, souvent hostiles pour eux. Les adultes ont différentes possibilités d'échapper à un environnement peu favorable, ce n'est par contre pas le cas des embryons. Les embryons sont protégés d'une part par leur système immunitaire en développement, d'autre part, par la coquille de l'eeuf et différentes substances immunitaires fournies par leur mère. De plus, ils sont capables d'influencer leur propre date d'éclosion en réponse à différents facteurs de stress. Malgré tout, les individus varient dans leur capacité à se défendre. Cette variation peut être basé sur des facteurs génétiques et/ou sur des facteurs maternels, et est dépendante du stress subi. Néanmoins, chez les poissons, l'impact de telles contributions parentales sur la survie d'embryons et/ou juvéniles est peu étudié. L'objectif principal de cette thèse a été d'approfondir les connaissances sur l'importance de la contribution paternelle (c.a.d. génétique) et maternelle (c.a.d. génétique + investissement dans l'oeuf) sur la survie des jeunes dans différentes conditions expérimentales et stades de vie. Pour faire ces analyses, nous avons utilisé des gamètes de divers salmonidés issus de croisements 'full-factorial'. Les différentes expériences sont résumées dans les chapitres suivants: Dans le premier chapitre, nous avons testé l'efficacité du système immunitaire des embryons chez les corégones (Coregonus palea). Plus précisément nous avons étudié la contribution paternelle et maternelle à la tolérance des embryons à différents niveaux de stress pathogène. Nous avons aussi testé, si une première exposition non létale à un pathogène avait un effet positif ou négatif sur la susceptibilité d'un embryon a une deuxième exposition au même pathogène. Nous avons trouvé que des embryons qui avaient été exposés une première fois étaient plus sensibles au pathogène par la suite. Mais aussi que la sensibilité au pathogène était dépendante de l'investissement de la mère et/ou des gènes de l'embryon, dépendamment du niveau de stress. Le deuxième chapitre résume une étude similaire avec des truites (Salmo truffa). Nous avons examiné, si la survie des jeunes variait sous différentes intensités de stress, et si la variance observée était due aux gènes des parents. Nous avons aussi analysé si les effets génétiques sur la survie des juvéniles étaient dus au MHC (Major Histocompatibility Complex) ou au degré de parenté des parents. De plus, nous avons analysé si les mâles signalaient leur qualité génétique par la taille du corps ou par leur coloration noire, due à la mélanine. On a trouvé que la survie des embryons était plus basse quand le niveau de stress était plus haut mais que la variation restait dépendante de la génétique des embryons. De plus, les parents avec des MHC similaires et/ou communs avaient des embryons avec une meilleure survie. Par contre, des parents avec un degré de parenté plus haut produisent des embryons avec une survie plus mauvaise. Finalement nous avons montré que les mâles plus foncés ont des embryons qui survivent mieux, mais que la taille des mâles n'a pas d'influence sur la survie de ces mêmes embryons. Dans les deux premiers chapitres, nous avons étudié le potentiel de défense des embryons basé sur leur système immunitaire, c.a.d. leur tolérance aux pathogènes. Dans le troisième chapitre, nous nous intéressons à la date d'éclosion des corégones (C. palea), pour voir si elle est influencée par les parents ou par la pression des pathogènes, et si il y a une interaction entre ces deux facteurs. Nous avons trouvé que les jeunes naissent plus rapidement lorsque la pression en pathogènes augmente. La date d'éclosion est influencée par la génétique des embryons et/ou l'investissement des parents, mais c'est la magnitude des effets qui est dépendante de la pression du pathogène. Nous avons aussi trouvé une interaction entre l'effet paternel et l'environnement, ce qui indique que la rapidité d'éclosion de certains croisements est dépendante des pathogènes dans l'environnement. Le chapitre 4 décrit une étude analogue avec de truites (S. truffa), avec des résultats sitzimilaires. Dans les précédents chapitres nous nous sommes uniquement concentrés sur les performances des jeunes durant leur stade embryonnaire, et seulement dans des conditions semi naturelles. Dans le chapitre 5 nous testons la performance et la viabilité des embryons et de juvéniles de truites (S. truffa) dans des conditions naturelles. Nous avons trouvé que la taille des juvéniles était dépendante d'effets génétiques et de l'investissement maternel, mais ceci n'était ni les cas pour les survie des embryons et des juvéniles. De plus, nous avons trouvé que les jeunes des mâles plus foncés devenaient plus grands et que les grands ont un meilleur taux de survie. Finalement nous avons trouvé un 'carry-over effect' d'une première exposition non létale à un pathogène: exposer des embryons à des plus hauts niveaux de stress donnait des juvéniles plus petits. Pour évaluer la performance à long terme de groupes traités dé manières différentes, une méthode de marquage-recapture est inévitable. Pour cette raison, des techniques de marquage en masse sont nécessaires. Dans le chapitre 6, nous avons testé l'efficacité de la technique `fluorescent pigment spray marking' pour le marquage en masse de l'Ombre commun (Thymallus thymallus), avec des résultats très prometteurs. Les études de fertilisations in vitro avec les corégones nous donnent une idée du potentiel bénéfice génétique que représente la sélection d'un bon partenaire, même si le système d'accouplement des corégones en milieu naturel reste peu connu. Pour combler cette lacune, nous avons installé des caméras sous-marines autour de la frayère d'une population de corégones (C. suidteri), nous avons enregistré toute la période de reproduction et nous avons analysé les données par la suite. Ainsi, nous avons été capables de confirmer bien des résultats trouvés précédemment, mais aussi de faire de nouvelles observations. Ces résultats sont reportés dans le septième chapitre, où elles sont comparées avec des observations antérieures.

Fibromyalgie et autres douleurs neuropathiques : l'amitriptyline n'est pas la panacée

Les douleurs neuropathiques ou associées à la fibromyalgie sont difficiles à traiter et limitent la qualité de vie des personnes atteintes. La pratique actuelle tend à combiner des thérapies physiques et/ou cognitives avec des interventions pharmacologiques. L'amitriptyline est un antidépresseur tricyclique couramment utilisé pour traiter la fibromyalgie ou les douleurs neuropathiques, bien que son indication première ne soit pas le traitement de ces affections. Cette revue systématique mise à jour a évalué l'efficacité analgésique de l'amitriptyline dans le traitement des douleurs précitées ainsi que les effets indésirables associés.

Subthalamic nucleus deep brain stimulation for Parkinson's disease : "Are we where we think we are ?

ABSTRACT High frequency electrical deep brain stimulation (DBS) of the subthalamic nucleus (STN) is a worldwide recognized therapy for the motor symptoms of Parkinson's disease in fluctuating patients who are progressively disabled despite medical treatment adjustments. However, such improvements emerge despite a lack of understanding of either the precise role of STN in human motor control or the mechanism(s) of action of DBS. Through the question "are we where we think we are", this thesis is first dedicated to the control of the position of the preoperatively defined target and of the implanted electrodes on magnetic resonance imaging (MRI). This anatomical approach will provide a way to identify more precisely the structure(s) involved by electrical stimulation. Then, a study of the correlation existing between the position of the preoperative target and the position of the electrode is performed. In this part, a unique opportunity is given to identify factors that may affect these correlation results. Finally, the whole work represents a « quality assessment » of the crucial steps of STN DBS: first, the target and the implanted electrode localisation procedures that have been developed in collaboration with the Radiological department; second the implantation procedure that has been performed nowadays on more than 50 parkinsonian patients in the Neurosurgical department of the Centre Hospitalier Universitaire Vaudois in collaboration with the Neurological department. This work is especially addressed to the multidisciplinary medical team involved in the surgical treatment of movement disorders, including also neurophysiologists, neuropsychologists and psychiatrists. RESUME La stimulation électrique à haute fréquence du noyau sous-thalamique est à ce jour mondialement reconnue pour le traitement des symptômes moteurs de la maladie de Parkinson chez des patients sévèrement atteints et chez qui la réponse fluctuante au traitement médicamenteux ne peut être améliorée de façon satisfaisante. Cependant, les résultats observés surviennent malgré une compréhension approximative et controversée du rôle réel du noyau sous-thalamique dans le contrôle du mouvement volontaire aussi bien que des mécanismes d'action de la stimulation cérébrale profonde. A travers la question « sommes-nous où nous pensons être », cette thèse est tout d'abord consacrée à l'étude du contrôle de la position de la cible définie avant l'intervention et de la position des électrodes implantées sur l'imagerie par résonance magnétique (IRM). Cette approche anatomique permettra d'identifier plus précisément la (les) structure(s) influencées par la stimulation électrique. Ensuite, une étude de la corrélation existant entre la position de la cible préopératoire et la position des électrodes implantées est effectuée. Elle a pour but de mettre en évidence les facteurs influençant les résultats de cette corrélation. Enfin, le travail dans son ensemble est un « contrôle de qualité » des étapes cruciales de la stimulation du noyau sous-thalamique : premièrement, des méthodes de localisation de la cible et des électrodes implantées effectuées sur IRM, développées en collaboration avec le service de Radiologie ; deuxièmement, de la méthode d'implantation utilisée à ce jour chez plus de 50 patients dans le service de Neurochirurgie du Centre Hospitalier Universitaire Vaudois en collaboration avec le service de Neurologie. Ce travail s'adresse spécialement aux équipes médicales pluridisciplinaires impliquées dans le traitement chirurgical des mouvements anormaux, incluant également des neurophysiologistes, des neuropsychologues et des psychiatres.

Les interventions de soutien direct auprès des aidants naturels réduisent leur détresse psychologique: revue Cochrane pour le praticien.

Cet article présente les résultats de la revue systématique: Candy B, Jones L, Drake R, Leurent B, King M. Interventions for supporting informal caregivers of patients in the terminal phase of a disease. Cochrane Database Syst Rev. 2011 Jun 15;(6):CD007617. PMID: 21678368. Contexte : Les aidants naturels sont des personnes bénévoles qui dispensent des soins physiques et, ou un soutien émotionnel à l'un(e) de leur proche ou ami(e). Ceci peut générer un stress intense tant physique que psychique. Des interventions visant principalement à augmenter la qualité de vie et à soutenir la vie affective des aidants naturels ont été développées. Cette revue systématique évalue l'effet de ces interventions sur la santé physique et psychique des aidants naturels de patients en phase terminale. [Auteurs]

Comparaison de l'Ambu® aScope 2 versus fibroscope conventionnel pour l'intubation trachéale des patients avec colonne cervicale immobilisée par une minerve

La prise en charge des voies aériennes est un aspect majeur de l'anesthésie dont le défaut de gestion reste la première cause de mortalité per-anesthésique. La fibroscopie reste à l'heure actuelle une technique clé pour la gestion des situations d'intubation difficiles, mais les fibroscopes standards réutilisables sont couteux, fragiles et doivent être nettoyés et désinfectés entre chaque utilisation. L'apparition sur le marché de l'Ambu ®aScope?2, vidéoscope souple à usage unique pourrait servir d'alternative si ses capacités d'intubation dans des situations cliniques difficiles étaient démontrées. Plusieurs études existaient démontrant l'efficacité de cet appareil sur des mannequins en situation standard ou difficile simulée, mais aucune n'avait testé son efficacité dans des situations difficiles sur patients réels, l'expérience dans se domaine se limitant à quelques case reports. Le but de cette étude était de comparer l'Ambu ®aScope?2 au fibroscope conventionnel dans des situations d'intubation difficiles sur patients réels. Après leur accord, 100 patients prévus pour une chirurgie élective nécessitant une intubation oro-trachéale ont été répartis de façon aléatoire en deux groupes homogènes de 50. La difficulté d'intubation était induite par la mise en place d'une minerve semi-rigide après anesthésie générale, empêchant ainsi toute mobilisation cervicale et limitant grandement l'ouverture de bouche. Les points de comparaisons étaient : Succès ou échec d'intubation, temps nécessaire pour la procédure, difficulté subjective du geste et qualité de vision des structures anatomiques. Tous les patients ont été intubés avec succès dans les deux groupes dans des délais tout à fait satisfaisant. Cependant, le temps nécessaire à l'obtention d'un positionnement correct du tube dans la trachée était significativement plus long avec l'Ambu ®aScope?2. Par ailleurs, la qualité de vision, tout en restant suffisante pour permettre l'intubation était globalement moins bonne avec l'appareil à usage unique. Quand à la difficulté subjective du geste, elle était plus souvent classée intermédiaire ou difficile dans ce groupe, sans pour autant que la différence soit significative. Les difficultés étaient principalement dues à un manque de mobilité de la partie flexible, l'absence de canal d'aspiration des sécrétions et une lentille de moins bonne qualité, troublant la vision au contacte de la salive. Bien que le taux de succès des intubations soit identique dans les deux groupes, il est probable que la solide expérience de l'anesthésiste en matière de fibroscopie ait permis de contourner les conditions plus difficiles du groupe de l'Ambu ®aScope?2 et ses performances techniques inférieures. Il est donc difficile de le recommander comme alternative équivalentes au fibroscope conventionnel pour les diverses situations d'intubation difficiles que l'on peut rencontre en clinique.

La caisse unique n'est pas la potion miracle pour notre système de santé : [interview de Jean-Pierre Danthine et Michel Mougeot]

La prime d'assurance maladie reste un instrument de régulation intéressant à l'heure où tous les pays tâtonnent pour trouver le meilleur arbitrage entre qualité des soins et montant des dépenses. [Auteur]

Indicateurs de soins, attentes et préférences des personnes âgées non-institutionnalisées dans le canton de Vaud

Depuis 2004, la cohorte Lc65+, consacrée à l'étude du vieillissement, observe la santé des Lausannois nés entre 1934 et 1943 et produit des données utiles à l'accompagnement de la politique Vieillissement & Santé du canton de Vaud. En automne 2011, un financement de la Fondation Leenaards a permis d'étendre temporairement son échantillon à l'entier de la population âgée du canton, en incluant aussi des personnes vivant à Lausanne nées avant 1934 ainsi que des Vaudois vivant en dehors de la ville de Lausanne et nés avant 1944. Cette extension était destinée à l'étude de la qualité de vie et de ses liens avec la santé. L'observation a ainsi porté sur un large échantillon représentatif de la population âgée vivant à son domicile privé dans le canton de Vaud. Le mandat confié à l'Unité des services de santé de l'IUMSP est venu dans un troisième temps. Il a consisté à réinterroger en 2012 l'ensemble des personnes ayant participé à l'enquête sur la qualité de vie, alors âgées de 68 ans et plus. L'information recueillie est centrée sur leur expérience des soins, leur connaissance du domaine des prestations médico-sociales et leurs attentes. Le présent rapport présente les résultats de cette enquête sur les soins sous la forme d'indicateurs bruts, puis ventilés par région (Ville de Lausanne versus Hors Lausanne), par sexe et enfin par âge. Seules les différences atteignant le seuil de signification statistique de p<.005 sont présentées sous forme de graphiques et commentées. En annexe figure par ailleurs sous forme de tableau l'ensemble des résultats globaux chiffrés ainsi que, pour information, les résultats spécifiques par lieu du domicile, sexe et âge lorsque ces derniers montrent des différences répondant à un critère moins strict (p<.05); cependant, en raison du très grand nombre de comparaisons effectuées, les différences entre sous-groupes exposées dans ce tableau doivent être interprétées avec la prudence d'usage.

Les besoins des personnes vivant avec le VIH/sida en Suisse

[Table des matières] 1. Zusammenfassung. 2. Introduction et contexte de l'étude. 3. Méthode. 4. Besoins des personnes vivant avec le VIH/sida, amis et partenaires. 5. Etudes donnant des indications sur certaines catégories de besoins des personnes séropositives. 5.1.Programme national VIH/sida de 1999 à 2003. 5. 2. Test de dépistage du VIH. 5.3. Prophylaxie post exposition VIH (PEP). 5.4. La sexualité des personnes vivant avec le VIH/sida. 5.5. Discriminations institutionnelles à l'encontre des personnes vivant avec le VIH en Suisse. 5.6. Evaluation de la stratégie de prévention du sida en Suisse sur mandat de l'Office fédéral de la santé publique : sixième rapport de synthèse. 5.7. Activité de prévention du sida des médecins de premier recours, le counselling pré-test. 5.8. Comparaison 1989/1997 : est-ce que l'amélioration du traitement médical se répercute aussi sur la perception des patients de leur maladie ? 5.9. Histoires individuelles avec le VIH, bien-être psychophysique, coping, charge psychosociale. 5.10. Etude médico-ethnologique sur la prise en charge et les choix thérapeutiques. 5.11. Qualité des soins d'un service ambulatoire spécialisé dans le suivi des patients infectés par le VIH, le point de vue des patients. 5.12. Prévention de la transmission du VIH dans les prisons suisses : analyse secondaire sur la base de la littérature disponible. 5. 13. Recommandations. 5.14. Formation VIH/sida 1989-1999. 5.15. Etude sur les nouveaux traitements du VIH/sida dans la perspective des patients. 5.16. Projet SESAM. 5.17. Etude : Evaluation du site HivNet. 5.18. Etudes relatives à la paupérisation des personnes vivant avec le VIH. 5.19. Travail, revenu et pauvreté chez les personnes vivant avec le VIH/sida de la "Swiss Cohort Study". 5.20. Séropositivité, sida et les assurances sociales. 5.21. Politiques et pratqieus cantonales en matière de prévention VIH/sida et d'éducation sexuelle à l'école. 5.22. Données épidémiologiques sur le VIH/sida issues du système de surveillance. 5.23. Données descriptives issues de la Swiss HIV Cohort Study. 6. Tableau récapitulatif : conclusions et recommandations.

Comment commencer l'entretien médical ? Réflexions sur la phase sociale à partir d'enregistrements vidéo [How do we begin a medical interview? Reflections from videotapes]

L'entrevue médicale est constituée de plusieurs étapes, chacune d'entre elles comprenant des tâches et des objectifs particuliers pour le médecin. La partie initiale de la consultation médicale, la phase sociale, constitue la première pierre dans la construction d'une relation médecin-patient de confiance et de qualité. Si, d'un point de vue structurel, la littérature a répondu de façon claire et concordante, des questions demeurent ouvertes d'un point de vue procédural. De quelle manière le médecin parvient-il à établir le premier contact ? Comment procède-t-il pour accueillir son patient ? Des pistes pour répondre à ces questions se repèrent dans le travail de révision des enregistrements vidéo des consultations de médecine générale qui sont régulièrement pratiqués à la Policlinique médicale universitaire (PMU) de Lausanne. [Auteurs] The medical interview consists of several steps, each consisting of specific tasks and objectives for the doctor. The initial step of the medical consultation, the social phase, is the cornerstone in the construction of a doctor-patient relationship of trust and quality. If, in a structural point of view, the literature has responded in a clear and consistent way, questions remain openned in a procedural point of view. How successful is the physician to establish the first contact? How does he proceed to welcome his patient? We looked out ways to address these issues by the work of revising the video recordings of general medical consultations, which are regularly practiced at the Medical outpatient clinic of the University of Lausanne.

Les affects au coeur des préoccupations urbaines et urbanistiques : la réintroduction du sensible pour penser et concevoir la ville.

Les affects : un nouvel objet du savoir ? Les affects urbains (et leur corollaire le rapport affectif à la ville) mobilisent à côté des dimensions morphologiques, socio-démographiques et structuro-fonctionnelles, un nouveau référentiel en termes d'analyse urbaine : le registre socio-affectif. Notre propos vise ici à faire état de ce courant émergent et des perspectives de recherche s'y rapportant, à travers une explicitation des différents enjeux théoriques, pragmatiques et méthodologiques soulevés par la mobilisation de ce référentiel. Transversalement, il s'agira premièrement de proposer un modèle hypothétique de lecture des prises affectives potentielles offertes aux citadins pour tenter de modéliser conceptuellement la constitution des rapports affectifs des individus envers la ville. Deuxièmement, il s'agira de comprendre les relations parfois antagonistes que les citadins entretiennent avec leurs villes de manière à savoir si ce rapport peut être un moyen d'action susceptible d'améliorer ou de modifier la relation individu/ville et à terme les pratiques urbanistiques.

"Est-ce que je pourrai retravailler un jour, docteur ? " Les patients atteints de cancer et le travail: quel rôle pour le médecin ?

Contexte : Le retour au travail des personnes atteintes d'un cancer devient, depuis quelques années, un sujet de préoccupation au niveau de la santé publique. En effet, grâce aux nouvelles techniques de dépistage et de traitement, les taux de guérisons sont de plus en plus élevés, et avec eux la possibilité d'un retour dans la vie professionnelle. Il a cependant été constaté qu'un certain nombre de patients rencontraient des problèmes dans la réinsertion. Les facteurs rentrant en compte dans la problématique du retour au travail sont très variés, allant du type de cancer aux caractéristiques du patient et de son environnement de travail, en passant par la qualité de la prise en charge. Plusieurs études ont été faites en vue d'améliorer cette dernière. Certaines se sont penchées sur le rôle du médecin, en général du médecin du travail. La situation en Suisse est particulière car il y a peu de médecins du travail, la responsabilité d'aborder la question du retour au travail des patients repose donc sur les médecins oncologues ou généralistes.¦But de l'étude : Explorer le rôle des médecins dans la prise en charge de la problématique du travail chez les patients atteints de cancer ; en mettant en évidence de quelle manière ceci est abordé dans la littérature, puis en abordant avec des médecins leur attitude en pratique, l'importance qu'ils accordent à ce problème, de quelle manière ils essaient de le détecter et de le prendre en charge, et les difficultés qu'ils pourraient rencontrer dans cette démarche.¦Méthode : Revue de la littérature. Entretiens qualitatifs, semi-structurés, basés sur une grille d'entretien thématique, avec huit médecins de Suisse romande, oncologues et généralistes. Analyse qualitative des résultats selon la grille et mise en perspective des résultats par la littérature existante.¦Résultats : La majorité des médecins interrogés considère que c'est dans leur rôle d'aborder la problématique du travail, mais ils accordent aussi une grande importance à l'assistant social, qu'ils impliquent plus ou moins dans la prise en charge. Les participants confirment tous l'importance de la problématique, bien que la plupart pensent que le retour au travail se déroule bien pour la majorité des patients. Ils l'abordent pour la plupart avec leurs patients, cependant ceci se fait de manière peu systématique et est compliqué par le manque de connaissances sur l'impact du cancer sur le travail. Pour remédier à cela et repérer les situations à risque, ils se basent surtout sur leur expérience personnelle et sur l'évaluation avec le patient. Ils mettent en évidence la spécificité de chaque situation et la nécessité de personnaliser la discussion de ce problème, ceci fait qu'ils ont de la peine à imaginer l'utilité de guidelines ou de brochures d'information. Toutefois, les avis sont partagés, certains pointent des manques et seraient intéressés par des ressources supplémentaires.¦Conclusion : L'importance du rôle des médecins dans la problématique du travail chez les patients atteints de cancer a été prouvée dans plusieurs études. Cependant, peu d'études ont encore exploré le point de vue des médecins, ce qui rend cette étude intéressante. Celle-ci explore l'attitude des médecins en Suisse Romande, et révèle que le problème y est pris en charge de manière personnalisée, mais pas de manière systématique et que ceci pourrait potentiellement être amélioré. Dans ce but, il reste encore à définir des mesures concrètes.

Quality of assessement of CMR images in the setting of the European cardiovascular magnetic resonance registry : description and validation of standardized criteria

l'imagerie par résonance magnétique (IRMC) est une technologie utilisée depuis les aimées quatre¬-vingts dans le monde de la cardiologie. Cette technique d'imagerie non-invasive permet d'acquérir Ses images du coeur en trois dimensions, dans n'importe quel, plan, sans application de radiation, et en haute résolution. Actuellement, cette technique est devenue un référence dans l'évaluation et 'l'investigation de différentes pathologies cardiaques. La morphologie cardiaque, la fonction des ventricules ainsi que leur contraction, la perfusion tissulaire ainsi que la viabilité tissulaire peuvent être caractérisés en utilisant différentes séquences d'imagerie. Cependant, cette technologie repose sur des principes physiques complexes et la mise en pratique de cette technique se heurte à la difficulté d'évaluer un organe en mouvement permanent. L'IRM cardiaque est donc sujette à différents artefacts qui perturbent l'interprétation des examens et peuvent diminuer la précision diagnostique de cette technique. A notre connaissance, la plupart des images d'IRMC sont analysées et interprétées sans évaluation rigoureuse de la qualité intrinsèque de l'examen. Jusqu'à présent, et à notre connaissance, aucun critère d'évaluation de la qualité des examens d'IRMC n'a été clairement déterminé. L'équipe d'IRMC du CHUV, dirigée par le Prof J. Schwitter, a recensé une liste de 35 critères qualitatifs et 12 critères quantitatifs évaluant la qualité d'un examen d'IRMC et les a introduit dans une grille d'évaluation. L'objet de cette étude est de décrire et de valider la reproductibilité des critères figurant dans cette grille d'évaluation, par l'interprétation simultanée d'examens IRMC par différents observateurs (cardiologues spécialisés en IRM, étudiant en médecine, infirmière spécialisée). Notre étude a permis de démontrer que les critères définis pour l'évaluation des examens d'IRMC sont robustes, et permettent une bonne reproductibilité intra- et inter-observateurs. Cette étude valide ainsi l'utilisation de ces critères de qualité dans le cadre de l'imagerie par résonance magnétique cardiaque. D'autres études sont encore nécessaires afin de déterminer l'impact de la qualité de l'image sur la précision diagnostique de cette technique. Les critères standardisés que nous avons validés seront utilisés pour évaluer la qualité des images dans le cadre d'une étude à échelle européenne relative à l'IRMC : "l'EuroCMR registry". Parmi les autres utilités visées par ces critères de qualité, citons notamment la possibilité d'avoir une référence d'évaluation de la qualité d'examen pour toutes les futures études cliniques utilisant la technologie d'IRMC, de permettre aux centres d'IRMC de quantifier leur niveau de qualité, voire de créer un certificat de standard de qualité pour ces centres, d'évaluer la reproductibilité de l'évaluation des images par différents observateurs d'un même centre, ou encore d'évaluer précisément la qualité des séquences développées à l'avenir dans le monde de l'IRMC.

Elaboration d'un cadre d'évaluation de l'impact du processus communautaire sur la santé des aîné(e)s à Yverdon.

Contexte et cadre: L'Institut universitaire de médecine sociale et préventive (IUMSP) de Lausanne a été mandaté par la Fondation Leenaards pour élaborer un cadre pour l'évaluation de l'impact d'un processus communautaire sur la santé des aînés dans la ville d'Yverdon, appelé "Quartiers solidaires". "Quartiers solidaires" est une méthodologie de développement communautaire, créée par l'unité de travail social communautaire de Pro Senectute Vaud. Elle a pour but d'améliorer la qualité de vie actuelle et future des personnes âgées au sein de leur quartier. Pour atteindre cet objectif, les habitants, et en particulier les aînés, sont invités à devenir auteurs et acteurs de leurs propres projets en créant une communauté locale. Le projet "Quartiers solidaires" à Yverdon s'inscrit par ailleurs dans le cadre d'un projet communal de politique d'action sociale de la ville, Qualité de vie, s'appliquant au niveau de la ville et impliquant divers acteurs et instances. L'IUMSP propose, pour l'élaboration de ce cadre, d'utiliser un outil : le "modèle de catégorisation des résultats". Cet outil, appelé aussi SMOC (Swiss Model for Outcome Classification), permet à tous les partenaires impliqués dans le projet Quartiers solidaires d'établir ensemble un état de situation à laquelle ils sont confrontés (c'est à dire une analyse des problèmes auxquels ils doivent faire face), ainsi qu'une théorie d'action (c'est à dire un schéma qui structure les activités, en cours et planifiées, selon les divers objectifs visés). Cet outil, caractérisé par sa démarche participative, a été utilisé dans le cadre d'ateliers réunissant les différentes parties prenantes du projet. [...] Le modèle est basé sur la santé dans sa définition la plus large (telle que définie par l'OMS), englobant donc la qualité de vie, et est en adéquation avec l'approche écologique, qui repose sur une vision élargie des déterminants de la santé. [Auteurs, p. 7-8]

Time-lapse and probabilistic inversion strategies for plane-wave electromagnetic data.

L'utilisation efficace des systèmes géothermaux, la séquestration du CO2 pour limiter le changement climatique et la prévention de l'intrusion d'eau salée dans les aquifères costaux ne sont que quelques exemples qui démontrent notre besoin en technologies nouvelles pour suivre l'évolution des processus souterrains à partir de la surface. Un défi majeur est d'assurer la caractérisation et l'optimisation des performances de ces technologies à différentes échelles spatiales et temporelles. Les méthodes électromagnétiques (EM) d'ondes planes sont sensibles à la conductivité électrique du sous-sol et, par conséquent, à la conductivité électrique des fluides saturant la roche, à la présence de fractures connectées, à la température et aux matériaux géologiques. Ces méthodes sont régies par des équations valides sur de larges gammes de fréquences, permettant détudier de manières analogues des processus allant de quelques mètres sous la surface jusqu'à plusieurs kilomètres de profondeur. Néanmoins, ces méthodes sont soumises à une perte de résolution avec la profondeur à cause des propriétés diffusives du champ électromagnétique. Pour cette raison, l'estimation des modèles du sous-sol par ces méthodes doit prendre en compte des informations a priori afin de contraindre les modèles autant que possible et de permettre la quantification des incertitudes de ces modèles de façon appropriée. Dans la présente thèse, je développe des approches permettant la caractérisation statique et dynamique du sous-sol à l'aide d'ondes EM planes. Dans une première partie, je présente une approche déterministe permettant de réaliser des inversions répétées dans le temps (time-lapse) de données d'ondes EM planes en deux dimensions. Cette stratégie est basée sur l'incorporation dans l'algorithme d'informations a priori en fonction des changements du modèle de conductivité électrique attendus. Ceci est réalisé en intégrant une régularisation stochastique et des contraintes flexibles par rapport à la gamme des changements attendus en utilisant les multiplicateurs de Lagrange. J'utilise des normes différentes de la norme l2 pour contraindre la structure du modèle et obtenir des transitions abruptes entre les régions du model qui subissent des changements dans le temps et celles qui n'en subissent pas. Aussi, j'incorpore une stratégie afin d'éliminer les erreurs systématiques de données time-lapse. Ce travail a mis en évidence l'amélioration de la caractérisation des changements temporels par rapport aux approches classiques qui réalisent des inversions indépendantes à chaque pas de temps et comparent les modèles. Dans la seconde partie de cette thèse, j'adopte un formalisme bayésien et je teste la possibilité de quantifier les incertitudes sur les paramètres du modèle dans l'inversion d'ondes EM planes. Pour ce faire, je présente une stratégie d'inversion probabiliste basée sur des pixels à deux dimensions pour des inversions de données d'ondes EM planes et de tomographies de résistivité électrique (ERT) séparées et jointes. Je compare les incertitudes des paramètres du modèle en considérant différents types d'information a priori sur la structure du modèle et différentes fonctions de vraisemblance pour décrire les erreurs sur les données. Les résultats indiquent que la régularisation du modèle est nécessaire lorsqu'on a à faire à un large nombre de paramètres car cela permet d'accélérer la convergence des chaînes et d'obtenir des modèles plus réalistes. Cependent, ces contraintes mènent à des incertitudes d'estimations plus faibles, ce qui implique des distributions a posteriori qui ne contiennent pas le vrai modèledans les régions ou` la méthode présente une sensibilité limitée. Cette situation peut être améliorée en combinant des méthodes d'ondes EM planes avec d'autres méthodes complémentaires telles que l'ERT. De plus, je montre que le poids de régularisation des paramètres et l'écart-type des erreurs sur les données peuvent être retrouvés par une inversion probabiliste. Finalement, j'évalue la possibilité de caractériser une distribution tridimensionnelle d'un panache de traceur salin injecté dans le sous-sol en réalisant une inversion probabiliste time-lapse tridimensionnelle d'ondes EM planes. Etant donné que les inversions probabilistes sont très coûteuses en temps de calcul lorsque l'espace des paramètres présente une grande dimension, je propose une stratégie de réduction du modèle ou` les coefficients de décomposition des moments de Legendre du panache de traceur injecté ainsi que sa position sont estimés. Pour ce faire, un modèle de résistivité de base est nécessaire. Il peut être obtenu avant l'expérience time-lapse. Un test synthétique montre que la méthodologie marche bien quand le modèle de résistivité de base est caractérisé correctement. Cette méthodologie est aussi appliquée à un test de trac¸age par injection d'une solution saline et d'acides réalisé dans un système géothermal en Australie, puis comparée à une inversion time-lapse tridimensionnelle réalisée selon une approche déterministe. L'inversion probabiliste permet de mieux contraindre le panache du traceur salin gr^ace à la grande quantité d'informations a priori incluse dans l'algorithme. Néanmoins, les changements de conductivités nécessaires pour expliquer les changements observés dans les données sont plus grands que ce qu'expliquent notre connaissance actuelle des phénomenès physiques. Ce problème peut être lié à la qualité limitée du modèle de résistivité de base utilisé, indiquant ainsi que des efforts plus grands devront être fournis dans le futur pour obtenir des modèles de base de bonne qualité avant de réaliser des expériences dynamiques. Les études décrites dans cette thèse montrent que les méthodes d'ondes EM planes sont très utiles pour caractériser et suivre les variations temporelles du sous-sol sur de larges échelles. Les présentes approches améliorent l'évaluation des modèles obtenus, autant en termes d'incorporation d'informations a priori, qu'en termes de quantification d'incertitudes a posteriori. De plus, les stratégies développées peuvent être appliquées à d'autres méthodes géophysiques, et offrent une grande flexibilité pour l'incorporation d'informations additionnelles lorsqu'elles sont disponibles. -- The efficient use of geothermal systems, the sequestration of CO2 to mitigate climate change, and the prevention of seawater intrusion in coastal aquifers are only some examples that demonstrate the need for novel technologies to monitor subsurface processes from the surface. A main challenge is to assure optimal performance of such technologies at different temporal and spatial scales. Plane-wave electromagnetic (EM) methods are sensitive to subsurface electrical conductivity and consequently to fluid conductivity, fracture connectivity, temperature, and rock mineralogy. These methods have governing equations that are the same over a large range of frequencies, thus allowing to study in an analogous manner processes on scales ranging from few meters close to the surface down to several hundreds of kilometers depth. Unfortunately, they suffer from a significant resolution loss with depth due to the diffusive nature of the electromagnetic fields. Therefore, estimations of subsurface models that use these methods should incorporate a priori information to better constrain the models, and provide appropriate measures of model uncertainty. During my thesis, I have developed approaches to improve the static and dynamic characterization of the subsurface with plane-wave EM methods. In the first part of this thesis, I present a two-dimensional deterministic approach to perform time-lapse inversion of plane-wave EM data. The strategy is based on the incorporation of prior information into the inversion algorithm regarding the expected temporal changes in electrical conductivity. This is done by incorporating a flexible stochastic regularization and constraints regarding the expected ranges of the changes by using Lagrange multipliers. I use non-l2 norms to penalize the model update in order to obtain sharp transitions between regions that experience temporal changes and regions that do not. I also incorporate a time-lapse differencing strategy to remove systematic errors in the time-lapse inversion. This work presents improvements in the characterization of temporal changes with respect to the classical approach of performing separate inversions and computing differences between the models. In the second part of this thesis, I adopt a Bayesian framework and use Markov chain Monte Carlo (MCMC) simulations to quantify model parameter uncertainty in plane-wave EM inversion. For this purpose, I present a two-dimensional pixel-based probabilistic inversion strategy for separate and joint inversions of plane-wave EM and electrical resistivity tomography (ERT) data. I compare the uncertainties of the model parameters when considering different types of prior information on the model structure and different likelihood functions to describe the data errors. The results indicate that model regularization is necessary when dealing with a large number of model parameters because it helps to accelerate the convergence of the chains and leads to more realistic models. These constraints also lead to smaller uncertainty estimates, which imply posterior distributions that do not include the true underlying model in regions where the method has limited sensitivity. This situation can be improved by combining planewave EM methods with complimentary geophysical methods such as ERT. In addition, I show that an appropriate regularization weight and the standard deviation of the data errors can be retrieved by the MCMC inversion. Finally, I evaluate the possibility of characterizing the three-dimensional distribution of an injected water plume by performing three-dimensional time-lapse MCMC inversion of planewave EM data. Since MCMC inversion involves a significant computational burden in high parameter dimensions, I propose a model reduction strategy where the coefficients of a Legendre moment decomposition of the injected water plume and its location are estimated. For this purpose, a base resistivity model is needed which is obtained prior to the time-lapse experiment. A synthetic test shows that the methodology works well when the base resistivity model is correctly characterized. The methodology is also applied to an injection experiment performed in a geothermal system in Australia, and compared to a three-dimensional time-lapse inversion performed within a deterministic framework. The MCMC inversion better constrains the water plumes due to the larger amount of prior information that is included in the algorithm. The conductivity changes needed to explain the time-lapse data are much larger than what is physically possible based on present day understandings. This issue may be related to the base resistivity model used, therefore indicating that more efforts should be given to obtain high-quality base models prior to dynamic experiments. The studies described herein give clear evidence that plane-wave EM methods are useful to characterize and monitor the subsurface at a wide range of scales. The presented approaches contribute to an improved appraisal of the obtained models, both in terms of the incorporation of prior information in the algorithms and the posterior uncertainty quantification. In addition, the developed strategies can be applied to other geophysical methods, and offer great flexibility to incorporate additional information when available.

PROTEOMICS OF OXIDATIVE LESIONS OCCURRING DURING TRANSFUSION-PURPOSED STORAGE OF ERYTHROCYTE CONCENTRATES

Erythrocyte concentrates (ECs) are the major labile blood product being transfused worldwide, aiming at curing anemia of diverse origins. In Switzerland, ECs are stored at 4 °C up to 42 days in saline-adenine-glucose-mannitol (SAGM). Such storage induces cellular lesions, altering red blood cells (RBCs) metabolism, protein content and rheological properties. A hot debate exists regarding the impact of the storage lesions, thus the age of ECs on transfusion-related clinical adverse outcomes. Several studies tend to show that poorer outcomes occur in patients receiving older blood products. However, no clear association was demonstrated up to date. While metabolism and early rheological changes are reversible through transfusion of the blood units, oxidized proteins cannot be repaired, and it is likely such irreversible damages would affect the quality of the blood product and the efficiency of the transfusion. In vivo, RBCs are constantly exposed to oxygen fluxes, and are thus well equipped to deal with oxidative challenges. Moreover, functional 20S proteasome complexes allow for recognition and proteolysis of fairly oxidized protein, and some proteins can be eliminated from RBCs by the release of microvesicles. The present PhD thesis is involved in a global research project which goal is to characterize the effect of processing and storage on the quality of ECs. Assessing protein oxidative damages during RBC storage is of major importance to understand the mechanisms of aging of stored RBCs. To this purpose, redox proteomic-based investigations were conducted here. In a first part, cysteine oxidation and protein carbonylation were addressed via 2D-DIGE and derivatization-driven immunodetection approaches, respectively. Then, the oxidized sub- proteomes were characterized through LC-MS/MS identification of proteins in spots of interest (cysteine oxidation) or affinity-purified carbonylated proteins. Gene ontology annotation allowed classifying targets of oxidation according to their molecular functions. In a third part, the P20S activity was evaluated throughout the storage period of ECs, and its susceptibility to highly oxidized environment was investigated. The potential defensive role of microvesiculation was also addressed through the quantification of eliminated carbonylated proteins. We highlighted distinct protein groups differentially affected by cysteine oxidation, either reversibly or irreversibly. In addition, soluble extracts showed a decrease in carbonylation at the beginning of the storage and membrane extracts revealed increasing carbonylation after 4 weeks of storage. Engaged molecular functions revealed that antioxidant (AO) are rather reversibly oxidized at their cysteine residue(s), but are irreversibly oxidized through carbonylation. In the meantime, the 20S proteasome activity is decreased by around 40 % at the end of the storage period. Incubation of fresh RBCs extracts with exogenous oxidized proteins showed a dose-dependent and protein-dependent inhibitory effect. Finally, we proved that the release of microvesicles allows the elimination of increasing quantities of carbonylated proteins. Taken together, these results revealed an oxidative pathway model of RBCs storage, on which further investigation towards improved storage conditions will be based. -- Les concentrés érythrocytaires (CE) sont le produit sanguin le plus délivré au monde, permettant de traiter différentes formes d'anémies. En Suisse, les CE sont stocké à 4 °C pendant 42 jours dans une solution saline d'adénine, glucose et mannitol (SAGM). Une telle conservation induit des lésions de stockage qui altèrent le métabolisme, les protéines et les propriétés rhéologique du globule rouge (GR). Un débat important concerne l'impact du temps de stockage des CE sur les risques de réaction transfusionnelles, certaines études tentant de démontrer que des transfusions de sang vieux réduiraient l'espérance de vie des patients. Cependant, aucune association concrète n'a été prouvée à ce jour. Alors que les modifications du métabolisme et changement précoces des propriétés rhéologiques sont réversibles suite à la transfusion du CE, les protéines oxydées ne peuvent être réparées, et il est probable que de telles lésions affectent la qualité et l'efficacité des produits sanguins. In vivo, les GR sont constamment exposés à l'oxygène, et sont donc bien équipés pour résister aux lésions oxydatives. De plus, les complexes fonctionnels de proteasome 20S reconnaissent et dégradent les protéines modérément oxydées, et certaines protéines peuvent être éliminées par les microparticules. Cette thèse de doctorat est imbriquée dans un projet de recherche global ayant pour objectif la caractérisation des effets de la préparation et du stockage sur la qualité des GR. Evaluer les dommages oxydatifs du GR pendant le stockage est primordial pour comprendre les mécanismes de vieillissement des produits sanguin. Dans ce but, des recherches orientées redoxomique ont été conduites. Dans une première partie, l'oxydation des cystéines et la carbonylation des protéines sont évaluées par électrophorèse bidimensionnelle différentielle et par immunodétection de protéines dérivatisées. Ensuite, les protéines d'intérêt ainsi que les protéines carbonylées, purifiées par affinité, sont identifiées par spectrométrie de masse en tandem. Les protéines cibles de l'oxydation sont classées selon leur fonction moléculaire. Dans une troisième partie, l'activité protéolytique du protéasome 20S est suivie durant la période de stockage. L'impact du stress oxydant sur cette activité a été évalué en utilisant des protéines exogènes oxydées in vitro. Le potentiel rôle défensif de la microvesiculation a également été étudié par la quantification des protéines carbonylées éliminées. Dans ce travail, nous avons observé que différents groupes de protéines sont affectés par l'oxydation réversible ou irréversible de leurs cystéines. De plus, une diminution de la carbonylation en début de stockage dans les extraits solubles et une augmentation de la carbonylation après 4 semaines dans les extraits membranaires ont été montrées. Les fonctions moléculaires engagées par les protéines altérées montrent que les défenses antioxydantes sont oxydées de façon réversible sur leurs résidus cystéines, mais sont également irréversiblement carbonylées. Pendant ce temps, l'activité protéolytique du protéasome 20S décroit de 40 % en fin de stockage. L'incubation d'extraits de GR en début de stockage avec des protéines oxydées exogènes montre un effet inhibiteur « dose-dépendant » et « protéine-dépendant ». Enfin, les microvésicules s'avèrent éliminer des quantités croissantes de protéines carbonylées. La synthèse de ces résultats permet de modéliser une voie oxydative du stockage des GRs, à partir de laquelle de futures recherches seront menées avec pour but l'amélioration des conditions de stockage.