Improving Short DNA Sequence Alignment with Parallel Computing

Variations in different types of genomes have been found to be responsible for a large degree of physical diversity such as appearance and susceptibility to disease. Identification of genomic variations is difficult and can be facilitated through computational analysis of DNA sequences. Newly available technologies are able to sequence billions of DNA base pairs relatively quickly. These sequences can be used to identify variations within their specific genome but must be mapped to a reference sequence first. In order to align these sequences to a reference sequence, we require mapping algorithms that make use of approximate string matching and string indexing methods. To date, few mapping algorithms have been tailored to handle the massive amounts of output generated by newly available sequencing technologies. In otrder to handle this large amount of data, we modified the popular mapping software BWA to run in parallel using OpenMPI. Parallel BWA matches the efficiency of multithreaded BWA functions while providing efficient parallelism for BWA functions that do not currently support multithreading. Parallel BWA shows significant wall time speedup in comparison to multithreaded BWA on high-performance computing clusters, and will thus facilitate the analysis of genome sequencing data.

Groove, Fanfare & Finale pour quintette de cuivres ; Voyage pour orchestre ; et Fantaisie pour piano et orchestre

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« Autour de la musique narrative » ; « Les musiques de concert, de ballet et de film»

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De l'ethnicité dans les langages musicaux contemporains : au-delà de l'exotisme : processus de composition de quatre oeuvres : Deux tempêtes et une langueur, Sept gestes ludiques, Azabache, Landocinogena

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Les relations d’accords : proposition pour un système d’organisation harmonique structurelle au sein d’un discours non-tonal

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Trois soupirs pour ensemble sonate pour piano et un souvenir du présent pour orchestre À la recherche d'un langage personnel

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The expression and production of piano timbre : gestural control and technique, perception and verbalisation in the context of piano performance and practice

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Neural substrates and functional connectivity associated with sleep-dependent and independent consolidation of new motor skills

La mémoire n’est pas un processus unitaire et est souvent divisée en deux catégories majeures: la mémoire déclarative (pour les faits) et procédurale (pour les habitudes et habiletés motrices). Pour perdurer, une trace mnésique doit passer par la consolidation, un processus par lequel elle devient plus robuste et moins susceptible à l’interférence. Le sommeil est connu comme jouant un rôle clé pour permettre le processus de consolidation, particulièrement pour la mémoire déclarative. Depuis plusieurs années cependant, son rôle est aussi reconnu pour la mémoire procédurale. Il est par contre intéressant de noter que ce ne sont pas tous les types de mémoire procédurale qui requiert le sommeil afin d’être consolidée. Entre autres, le sommeil semble nécessaire pour consolider un apprentissage de séquences motrices (s’apparentant à l’apprentissage du piano), mais pas un apprentissage d’adaptation visuomotrice (tel qu’apprendre à rouler à bicyclette). Parallèlement, l’apprentissage à long terme de ces deux types d’habiletés semble également sous-tendu par des circuits neuronaux distincts; c’est-à-dire un réseau cortico-striatal et cortico-cérébelleux respectivement. Toutefois, l’implication de ces réseaux dans le processus de consolidation comme tel demeure incertain. Le but de cette thèse est donc de mieux comprendre le rôle du sommeil, en contrôlant pour le simple passage du temps, dans la consolidation de ces deux types d’apprentissage, à l’aide de l’imagerie par résonnance magnétique fonctionnelle et d’analyses de connectivité cérébrale. Nos résultats comportementaux supportent l’idée que seul l’apprentissage séquentiel requiert le sommeil pour déclencher le processus de consolidation. Nous suggérons de plus que le putamen est fortement associé à ce processus. En revanche, les performances d’un apprentissage visuomoteur s’améliorent indépendamment du sommeil et sont de plus corrélées à une plus grande activation du cervelet. Finalement, en explorant l’effet du sommeil sur la connectivité cérébrale, nos résultats démontrent qu’en fait, un système cortico-striatal semble être plus intégré suite à la consolidation. C’est-à-dire que l’interaction au sein des régions du système est plus forte lorsque la consolidation a eu lieu, après une nuit de sommeil. En opposition, le simple passage du temps semble nuire à l’intégration de ce réseau cortico-striatal. En somme, nous avons pu élargir les connaissances quant au rôle du sommeil pour la mémoire procédurale, notamment en démontrant que ce ne sont pas tous les types d’apprentissages qui requièrent le sommeil pour amorcer le processus de consolidation. D’ailleurs, nous avons également démontré que cette dissociation de l’effet du sommeil est également reflétée par l’implication de deux réseaux cérébraux distincts. À savoir, un réseau cortico-striatal et un réseau cortico-cérébelleux pour la consolidation respective de l’apprentissage de séquence et d’adaptation visuomotrice. Enfin, nous suggérons que la consolidation durant le sommeil permet de protéger et favoriser une meilleure cohésion au sein du réseau cortico-striatal associé à notre tâche; un phénomène qui, s’il est retrouvé avec d’autres types d’apprentissage, pourrait être considéré comme un nouveau marqueur de la consolidation.

La voix et le bruit, processus et parcours de création de mes œuvres.

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Learn music with Pipo. 'Aprende música con Pipo'.

Con el tercer número de la colección de Pipo los niños a partir de los dos años se iniciarán en el mundo de la música de la manera más divertida. Contiene juegos y actividades relacionados con notas, tonos, melodías, pentagramas, instrumentos, composición, memoria auditiva, notación musical y midi. dición realizada con apoyo de la Conselleria d'Educació, Cultura i Esports del Govern Balear. Incluye un cuento, adhesivos y una plantilla de piano.

Virginia Apgar and string music

Virginia Apgar (1909-1974) is one of the most recognized American doctors, worldwide known by his contribution as the developer of the "Apgar test" a method used for the evaluation of newborns all over the world. She had many interests. She was anesthesiologist, a brilliant teacher and researcher, but she also loved lecture, basketball, fishing, golf, philately, and music. She played violin and cello and she interpreted that instruments in various chamber groups. Being motivated by one of her patients, Carleen Hutchinson, a science and music teacher, she made four instruments, viola, violin, cello, and mezzo violin. Nearly twenty years of her death, on October 24 1994, on the occasion of the annual meeting of the American Academy of Pediatrics and the issue by American Postal Service of a stamp honoring her, some of the preferred Dr. Apgar music pieces where performed with the instruments she made. Her life mixed different activities and let invaluable contributions for humanity.

Prevalencia de síntomas osteomusculares en miembros superiores y los probables factores de riesgo asociados en los estudiantes de musica en una institución universitaria de Bogotá,Colombia, 2013

Los músicos por su práctica instrumental tienen una alta demanda de desempeño físico, especialmente de los miembros superiores y están expuestos a varios factores de riesgo biomecánico que pueden resultar en problemas de salud. Objetivo: determinar la prevalencia de sintomatología osteomuscular de miembros superiores y los probables factores de riesgo asociados, en los estudiantes expuestos a la actividad musical durante el segundo semestre del año 2013 en una institución universitaria de Bogotá, Colombia. Método: se realizó un estudio descriptivo de corte trasversal en 134 estudiantes de todos los semestres de música en una institución universitaria. Se aplicó el Cuestionario nórdico estandarizado para análisis de síntomas músculo esqueléticos y una encuesta ad hoc que contemplaba aspectos sociodemográficos y antecedentes académicos, patológicos, factores de exposición y hábitos. Resultados: Las prevalencias generales encontradas en el estudio, son similares a las que refieren algunos estudios revisados que contemplan ciertas variables afines a las que se estudiaron. La prevalencia de síntomas osteomusculares cervico-braquial fue de 77.9%. La prevalencia de molestias en cuello fue mayor en las mujeres (64.3%) que en los hombres (37.4%) (OR=3.02, IC 95%=1.26, 7.18). La prevalencia de síntomas en manos/muñecas que le impidió hacer su trabajo en los últimos 12 meses fue mayor en los estudiantes que refirieron alguna enfermedad (29.4%) que en los que no la manifestaron (10.2%), (OR=3.69, IC 95%=1.34, 10.19). La prevalencia de molestias en cuello que les impidió hacer su trabajo en los últimos 12 meses fue mayor en los estudiantes que practicaron algún pasatiempo con sus brazos (10.4%) versus los que no lo practicaron, cuya frecuencia fue 0.0%. Los instrumentos musicales de mayor práctica fueron cuerda y percusión y se asociaron a prevalencia de síntomas osteomusculares cérvico-braquiales con una distribución por segmentos similar. Los tiempos de práctica semanales y la antigüedad en la práctica, conduce a síntomas cervico-braquiales. Conclusiones: Este estudio coincide con la distribución de las prevalencias encontradas en poblaciones de estudiantes de música revisadas, con respecto a la sintomatología, a los segmentos cervico-braquiales de mayor afectación, a la significancia del género femenino con respecto al masculino, al tipo de instrumentos y a los tiempos de práctica entre otros. Esto plantea la necesidad de educar a nuestros músicos en la detección temprana de síntomas desde su formación de pregrado o quizás mucho antes.

Visual motion interferes with lexical decision on motion words

Embodied theories of cognition propose that neural substrates used in experiencing the referent of a word, for example perceiving upward motion, should be engaged in weaker form when that word, for example ‘rise’, is comprehended. Motivated by the finding that the perception of irrelevant background motion at near-threshold, but not supra-threshold, levels interferes with task execution, we assessed whether interference from near-threshold background motion was modulated by its congruence with the meaning of words (semantic content) when participants completed a lexical decision task (deciding if a string of letters is a real word or not). Reaction times for motion words, such as ‘rise’ or ‘fall’, were slower when the direction of visual motion and the ‘motion’ of the word were incongruent — but only when the visual motion was at nearthreshold levels. When motion was supra-threshold, the distribution of error rates, not reaction times, implicated low-level motion processing in the semantic processing of motion words. As the perception of near-threshold signals is not likely to be influenced by strategies, our results support a close contact between semantic information and perceptual systems.

Counting in Egyptian children with Down Syndrome

This exploratory study is concerned with the performance of Egyptian children with Down syndrome on counting and error detection tasks and investigates how these children acquire counting. Observations and interviews were carried out to collect further information about their performance in a class context. Qualitative and quantitative analysis suggested a notable deficit in counting in Egyptian children with Down syndrome with none of the children able to recite the number string up to ten or count a set of five objects correctly. They performed less well on tasks which added more load on memory. The tentative finding of this exploratory study supported previous research findings that children with Down syndrome acquire counting by rote and links this with their learning experiences.

An integer linear programming approach for approximate string comparison

We introduce a problem called maximum common characters in blocks (MCCB), which arises in applications of approximate string comparison, particularly in the unification of possibly erroneous textual data coming from different sources. We show that this problem is NP-complete, but can nevertheless be solved satisfactorily using integer linear programming for instances of practical interest. Two integer linear formulations are proposed and compared in terms of their linear relaxations. We also compare the results of the approximate matching with other known measures such as the Levenshtein (edit) distance. (C) 2008 Elsevier B.V. All rights reserved.