Cork stoppers industry: defining appropriate mould colonization

Aims: The main aims of this work were the study of cork slabs moulds colonization and the evaluation of the moulds diversity during cork processing steps, in different cork stoppers factories. Simultaneously, it was envisaged to perform an evaluation of the air quality. Methods and Results: Moulds were isolated and identified from cork slabs and cork samples in four cork stoppers factories. The identification was based on morphological characters and microscopic observation of the reproductive structures. Airborne spore dispersion was assessed using a two stage Andersen sampler. It was observed that Chrysonilia sitophila was always present on cork slabs during the maturing period, but mould diversity appeared to be associated to the different factory configurations and processing steps. Conclusions: Spatial separation of the different steps of the process, including physical separation of the maturation step, is essential to guarantee high air quality and appropriate cork slabs colonization, i.e. C. sitophila dominance. The sorting and cutting of the edges of cork slabs after boiling and before the maturing step is also recommended. Significance and Impact of the Study: This study is very important for the cork stopper industry as it gives clear indications on how to keep high quality manufacturing standards and how to avoid occupational health problems.

Cork stoppers industry: defining appropriate mould colonization

Aims: The main aims of this work were the study of cork slabs moulds colonization and the evaluation of the moulds diversity during cork processing steps, in different cork stoppers factories. Simultaneously, it was envisaged to perform an evaluation of the air quality. Methods and Results: Moulds were isolated and identified from cork slabs and cork samples in four cork stoppers factories. The identification was based on morphological characters and microscopic observation of the reproductive structures. Airborne spore dispersion was assessed using a two stage Andersen sampler. It was observed that Chrysonilia sitophila was always present on cork slabs during the maturing period, but mould diversity appeared to be associated to the different factory configurations and processing steps. Conclusions: Spatial separation of the different steps of the process, including physical separation of the maturation step, is essential to guarantee high air quality and appropriate cork slabs colonization, i.e. C. sitophila dominance. The sorting and cutting of the edges of cork slabs after boiling and before the maturing step is also recommended. Significance and Impact of the Study: This study is very important for the cork stopper industry as it gives clear indications on how to keep high quality manufacturing standards and how to avoid occupational health problems.

Predation of Biomphalaria glabrata during the development of Belostoma anurum (Hemiptera, Belostomatidae)

Belostoma anurum was reared under laboratory conditions. Specimens were exposed to semi-natural conditions of photo period. The mortality rate was 26.3% during the post embryonic period (38.6 ± 0.7 days). During this time the average predation of Biomphalaria glabrata was of 99.0 ± 9.4 snails. The mean increment ratio of length and dry weight per instar was of 1.4 ± 0.1 and 2.8 ± 0.5, respectively. The predation by B. anurum adults can be divided into two different periods: phase I (4.8 ± 1.4 snails/day) and phase II (1.8 ± 0.5 snails/day). The higher predation in phase I suggested the sexual maturation of the belostomatid.

Proposta metodológica para avaliação preliminar de jazigos de shale gas

O potencial de um reservatório de shale gas e influenciado por um grande número de fatores, tais como a sua mineralogia e textura, o seu tipo e maturação de querogénio, a saturação de fluidos, os mecanismos de armazenamento de gás, a profundidade do reservatório e a temperatura e pressão de poros. Nesse sentido, o principal objetivo desta tese foi estabelecer uma metodologia de avaliação preliminar de potenciais jazigos de shale gas (estudo de afloramentos com base numa litoestratigrafia de alta resolução), que foi posteriormente aplicada na Formação de Vale das Fontes (Bacia Lusitânica, Portugal). Esta tese tem a particularidade de contribuir, não só para o aprofundamento da informação a nível geoquímico do local, mas também na abordagem inovadora que permitiu a caracterização petrofísica da Formação de Vale das Fontes. Para a aplicação da metodologia estabelecida, foi necessária a realização dos seguintes ensaios laboratoriais: Rock-Eval 6, picnometria de gás hélio, ensaio de resistência a compressão simples, Darcypress e a difracção de raios-X, aplicando o método de Rietveld. Os resultados obtidos na análise petrofísica mostram uma formação rochosa de baixa porosidade que segundo a classificação ISRM, e classificada como ”Resistente”, para alem de revelar comportamento dúctil e elevado índice de fragilidade. A permeabilidade média obtida situa a Formação no intervalo correspondente as permeabilidades atribuídas aos jazigos de tigh gas, indicando a necessidade de fracturação hidráulica, no caso de uma eventual exploração de hidrocarbonetos, enquanto a difracção de raios-X destaca a calcite, o quartzo e os filossilicatos como os minerais mais presentes na Formação. Do ponto de vista geoquímico, os resultados obtidos mostram que apesar do considerável teor médio de carbono orgânico total, a natureza da matéria orgânica analisada e maioritariamente imatura, composta, principalmente, por querogénio do tipo IV, o que indica a incapacidade de a formação gerar hidrocarbonetos em quantidades economicamente exploráveis.

Sex Determination and Female Reproductive Development in the Genus Schistosoma: A Review

Parasites of the genus Schistosoma were among the first metazoans to develop separate sexes, which is chromosomally determined in the fertilized egg. Despite the occurrence of specific sex chromosomes, the females of most Schistosomatidae species do not complete their somatic development and reach no sexual maturity without the presence of males. Indeed, the most controversial and at the same time most fascinating aspect about the sexual development of Schistosoma females lies on discover the nature of the stimulus produced by males that triggers and controls this process. Although the nature of the stimulus (physical or chemical) is a source of controversy, there is agreement that mating is a necessary requirement for maturation to occur and for migration of the female to a definitive final site of residence in the vascular system of the vertebrate host. It has also been proposed that the stimulus is not species-specific and, in some cases, not even genus-specific. Despite a vast literature on the subject, the process or processes underlying the meeting of males and females in the circulatory system have not been determined and as yet no consensus exists about the nature of the stimulus that triggers and maintains female development. In the studies about their role, Schistosoma males have been considered, at times pejoratively, the brother, the muscles or even the liver of females. Indeed, it still remains to be determined whether the stimulus responsible for female maturation involves the transfer of hormones, nutrients, neuromediators, mere tactile stimulation or a combination of chemotactic and thigmotactic factors

Novel Secretion Apparatus Maintains Spore Integrity and Developmental Gene Expression in Bacillus subtilis

Plos Genetics, 5(7): ARTe1000566

Functional and structural characterization of the RNase II-family of enzymes

Dissertation presented to obtain a Doctoral Degree in Biology by Instituto de Tecnologia Química e Biológica, Universidade Nova de Lisboa

The role of ribonuclease R in bacterial adaptation to cold shock

RESUMO:Os microrganismos reagem à súbita descida de temperatura através de uma resposta adaptativa específica que assegura a sua sobrevivência em condições desfavoráveis. Esta adaptação inclui alterações na composição da membrana, na maquinaria de tradução e transcrição. A resposta ao choque térmico pelo frio induz uma repressão da transcrição. No entanto, a descida de temperatura induz a produção de um grupo de proteínas específicas que ajudam a ajustar/re-ajustar o metabolismo celular às novas condições ambientais. Em E. coli o processo de adaptação demora apenas quatro horas, no qual um grupo de proteínas específicas são induzidas. Depois desde período recomeça lentamente a produção de proteínas.A ribonuclease R, uma das proteínas induzidas durante o choque térmico pelo frio, é uma das principais ribonucleases em E. coli envolvidas na degradação do RNA. É uma exoribonuclease que degrada RNA de cadeia dupla, possui funções importantes na maturação e “turnover” do RNA, libertação de ribossomas e controlo de qualidade de proteínas e RNAs. O nível celular desta enzima aumenta até dez vezes após exposição ao frio e estabiliza em células na fase estacionária. A capacidade de degradar RNA de dupla cadeia é importante a baixas temperaturas quando as estruturas de RNA estão mais estáveis. No entanto, este mecanismo é desconhecido. Embora a resposta específica ao “cold shock” tenha sido descoberta há mais de duas décadas e o número de proteínas envolvidas sugerirem que esta adaptação é rápida e simples, continuamos longe de compreender este processo. No nosso trabalho pretendemos descobrir proteínas que interactuem com a RNase R em condições ambientais diferentes através do método “TAP-tag” e espectrometria de massa. A informação obtida pode ser utilizada para deduzir algumas das novas funções da RNase R durante a adaptação bacteriana ao frio e durante a fase estacionária. Mais importante ainda, RNase R poderá ser recrutada para um complexo de proteínas de elevado peso molecular durante o “cold-shock”.------------ABSTRACT:Microorganisms react to the rapid temperature downshift with a specific adaptative response that ensures their survival in unfavorable conditions. Adaptation includes changes in membrane composition, in translation and transcription machinery. Cold shock response leads to overall repression of translation. However, temperature downshift induces production of a set of specific proteins that help to tune cell metabolism and readjust it to the new environmental conditions. For Escherichia coli the adaptation process takes only about four hours with a relatively small set of specifically induced proteins involved. After this time, protein production resumes, although at a slower rate. One of the cold inducible proteins is RNase R, one of the main E. coli ribonucleases involved in RNA degradation. RNase R is an exoribonuclease that digest double stranded RNA, serves important functions in RNA maturation and turnover, release of stalled ribosomes by trans-translation, and RNA and protein quality control. The level of this enzyme increases about ten-fold after cold induction, and it is also stabilised in cells growing in stationary phase. The RNase R ability to digest structured RNA is important at low temperatures where RNA structures are stabilized but the exact role of this mechanism remains unclear. Although specific bacterial cold shock response was discovered over two decades ago and the number of proteins involved suggests that this adaptation is fast and simple, we are still far from understanding this process. In our work we aimed to discover the proteins interacting with RNase R in different environmental conditions using TAP tag method and mass spectrometry analysis. The information obtained can be used to deduce some of the new functions of RNase R during adaptation of bacteria to cold and in stationary growth phase. Most importantly RNase R can be recruited into a high molecular mass complex of protein in cold shock.

Drug trials for treatment of human angiostrongyliasis

Abdominal and cerebral angiostrongyliasis are two important infections produced by metastrongylid worms, the former occurring in Central and South America and the later in Asia and Pacific Islands. Drug treatment is a challenge since the worms and its evolving larvae live or migrate inside vessels and efficient killing of the parasites may produce more severe lesions. Larvicidal effect of certain drugs appears to be more easily accomplished but this outcome is not useful in abdominal angiostrongyliasis since clinical manifestations appear to result from sexual maturation of the worms. We review the drug trials in murine experimental models and conclude that most of them could not be considered good candidates for treatment of human infection, except for PF1022A, pyrantel and flubendazole.

Acompanhamento do Processo de Compostagem e Identificação de Hipóteses de Melhoria, Tendo em Vista a Valorização do Produto Comercializado

A compostagem tem-se revelado uma boa alternativa na gestão, tratamento e valorização de resíduos sólidos urbanos. Dependendo das matérias-primas usadas no processo, os produtos podem ser considerados fertilizantes/corretivos orgânicos com utilidade agrícola. A Suldouro, Valorização e Tratamento de Resíduos Sólidos Urbanos, S.A., é responsável pela gestão, valorização, recuperação e destino final dos Resíduos Sólidos Urbanos (RSU) produzidos em Vila Nova de Gaia e Santa Maria da Feira. Um dos processos do sistema de gestão é a valorização orgânica, que através da compostagem dos resíduos biodegradáveis origina um corretivo orgânico, denominado comercialmente de Agrovida. O objetivo deste trabalho foi caracterizar o composto produzido na Suldouro através da análise de alguns metais, nomeadamente cobre, zinco e chumbo, pois o seu teor condiciona a classe em que o composto está inserido, e da avaliação da razão C/N, visto ser um parâmetro importante para o desenvolvimento dos microrganismos. Um outro objetivo foi a determinação do tempo ótimo de compostagem, através da avaliação da temperatura máxima, recorrendo ao teste de auto-aquecimento usando vasos de Dewar. O estudo da presença de chumbo não chegou a ser realizado, pois a sua concentração era muito baixa (da ordem dos ppb), ou seja, não era limitativa para a utilização do composto. Quanto à análise de cobre e zinco no composto verificou-se que era necessário fazer alterações no processo, no sentido de reduzir estes valores, tanto a nível da qualidade dos resíduos usados como matéria-prima como a nível da limpeza, essencial depois das operações de manutenção aos pulpers. Em relação à razão C/N esta apresenta valores muito elevados, ou seja, uma quantidade de azoto total muito baixa, indicativa de que seria necessário acrescentar, no início do processo, resíduos mais ricos em azoto. A análise do teste de auto-aquecimento indica que o tempo necessário para a estabilização e maturação das pilhas de compostagem é superior a 3 meses. Assim, sugerem-se melhorias a nível da qualidade do resíduo, tentando incluir resíduos mais facilmente biodegradáveis, uma redução da altura da pilha proporcionando um melhor arejamento ou em alternativa proceder periodicamente ao seu revolvimento como complemento à insuflação de ar. Para concluir, neste trabalho foi realizada uma pesquisa sobre processos de valorização energética, alternativas potenciais à valorização orgânica, tendo sido dado especial relevo a um dos processos, a carbonização hidrotérmica (HTC).

Serology using rROP2 antigen in the diagnostic of toxoplasmosis in pregnant women

Toxoplasma gondii causes severe fetal disease during acute infection in pregnant women, thus demanding early diagnosis for effective treatment and fetus preservation. Fetal tests are inefficient and risky, and diagnosis is based on maternal IgM serology, which had weak screening ability due to increased sensitivity, with alternative IgG avidity tests. Here, we performed ELISA and avidity assays using a recombinant T. gondii antigen, rROP2, in samples from 160 pregnant women screened from a large public hospital who were referred due to positive IgM assays. IgG serology and avidity assays were compared using whole T. gondii extract or rROP2. ELISA IgG detection with rROP2 showed good agreement with assays performed with T. gondii extract, but rROP2 IgG avidity assays were unrelated to whole extract antigen IgG avidity, regardless of the chaotrope used. These data show that avidity maturation is specific to individual antigen prevalence and immune response during infection. ELISA rROP2 IgG assays may be an alternative serological test for the diagnosis of toxoplasmosis during pregnancy, although our data do not support their use in avidity assays.

Development of novel human cellular models for neurotoxicity studies

Dissertation to obtain master degree in Genética Molecular e Biomedicina

Sialyl Tn-Expressing Bladder Cancer Cells Induce a Tolerogenic Phenotype in Innate and Adaptive Immune Cells

Despite the wide acceptance that glycans are centrally implicated in immunity, exactly how they contribute to the tilt immune response remains poorly defined. In this study, we sought to evaluate the impact of the malignant phenotype-associated glycan, sialyl-Tn (STn) in the function of the key orchestrators of the immune response, the dendritic cells (DCs). In high grade bladder cancer tissue, the STn antigen is significantly overexpressed and correlated with the increased expression of ST6GALNAC1 sialyltransferase. Bladder cancer tissue presenting elevated expression of ST6GALNAC1 showed a correlation with increased expression of CD1a, a marker for bladder immature DCs and showed concomitant low levels of Th1-inducing cytokines IL-12 and TNF-α. In vitro, human DCs co-incubated with STn+ bladder cancer cells, had an immature phenotype (MHC-IIlow, CD80low and CD86low) and were unresponsive to further maturation stimuli. When contacting with STn+ cancer cells, DCs expressed significantly less IL-12 and TNF-α. Consistent with a tolerogenic DC profile, T cells that were primed by DCs pulsed with antigens derived from STn+ cancer cells were not activated and showed a FoxP3high IFN-γlow phenotype. Blockade of STn antigens and of STn+ glycoprotein, CD44 and MUC1, in STn+ cancer cells was able to lower the induction of tolerance and DCs become more mature. Overall, our data suggest that STn-expressing cancer cells impair DC maturation and endow DCs with a tolerogenic function, limiting their capacity to trigger protective anti-tumour T cell responses. STn antigens and, in particular, STn+ glycoproteins are potential targets for circumventing tumour-induced tolerogenic mechanisms.

Green IT adoption via virtualization

Dissertação apresentada como requisito parcial para obtenção do grau de Mestre em Estatística e Gestão de Informação

Establishment of environmental and biological bases to optimise the production of the European clam Ruditapes decussatus (Linnaeus, 1758)

Dissertação para obtenção do Grau de Doutor em Ambiente