SDAR: a package for plotting and analyzing stratigraphy data in R

Stratigraphic Columns (SC) are the most useful and common ways to represent the eld descriptions (e.g., grain size, thickness of rock packages, and fossil and lithological components) of rock sequences and well logs. In these representations the width of SC vary according to the grain size (i.e., the wider the strata, the coarser the rocks (Miall 1990; Tucker 2011)), and the thickness of each layer is represented at the vertical axis of the diagram. Typically these representations are drawn 'manually' using vector graphic editors (e.g., Adobe Illustrator��, CorelDRAW®, Inskape). Nowadays there are various software which automatically plot SCs, but there are not versatile open-source tools and it is very di cult to both store and analyse stratigraphic information. This document presents Stratigraphic Data Analysis in R (SDAR), an analytical package1 designed for both plotting and facilitate the analysis of Stratigraphic Data in R (R Core Team 2014). SDAR, uses simple stratigraphic data and takes advantage of the exible plotting tools available in R to produce detailed SCs. The main bene ts of SDAR are: (i) used to generate accurate and complete SC plot including multiple features (e.g., sedimentary structures, samples, fossil content, color, structural data, contacts between beds), (ii) developed in a free software environment for statistical computing and graphics, (iii) run on a wide variety of platforms (i.e., UNIX, Windows, and MacOS), (iv) both plotting and analysing functions can be executed directly on R's command-line interface (CLI), consequently this feature enables users to integrate SDAR's functions with several others add-on packages available for R from The Comprehensive R Archive Network (CRAN).

Overcoming the “European Paradox”: The role of Regional Innovation Systems (RIS) in translating R&D investments into economic and employment growth

The emergence of the so-called “European Paradox” shows that R&D investment is not maximally effective and that increasing the scale of public R&D expenditures is not sufficient to generate employment and sustained economic growth. Increasing Governmental R&D Investment is far from being a “panacea” for stagnant growth. It is worth noting that Government R&D Investment does not have a statistically significant impact on employment, indicating the need to assess the trade-offs of policies that could lead to significant increases in government expenditure. Surprisingly, Governmental R&D Employment does not contribute to “mass-market” employment, despite its quite important role in reducing Youth-Unemployment. Despite the negative side-effects of Governmental R&D Employment on both GVA and GDP, University R&D Employment appears to have a quite important role in reducing Unemployment, especially Youth-Unemployment, while it also does not have a downside in terms of economic growth. Technological Capacity enhancement is the most effective instrument for reducing Unemployment and is a policy without any downside regarding sustainable economical development. In terms of wider policy implications, the results reinforce the idea that European Commission Research and Innovation policies must be restructured, shifting from a transnational framework to a more localised, measurable and operational approach.

Estudo de implementação da NP EN ISO 22000:2005 na Cooperativa de Olivicultores de Fátima, C. R.L.

O conceito de “Segurança Alimentar��� faz sentido no momento em que o ser humano tem consciência de que o que ingere deve ser inócuo para a sua saúde e bem-estar. Para dar resposta a esta preocupação global, a indústria alimentar teve necessidade de adotar diretrizes orientadoras para a produção de alimentos seguros. Em consequência disso, surgiram as normas para os Sistemas de Gestão da Segurança Alimentar (SGSA) e a sua implementação é hoje em dia um elemento fundamental para a competitividade da empresa e dos produtos que comercializa. O trabalho desenvolvido na presente dissertação visa o estudo da implementação de um Sistema de Gestão da Segurança Alimentar com base no referencial de certificação NP EN ISO 22000:2005, na Cooperativa de Olivicultores de Fátima C. R. L.. A implementação de um sistema de gestão e a sua posterior certificação, é uma mais-valia para uma empresa. Ao obter a certificação, obtêm-se reconhecimento e satisfação dos clientes e outras partes interessadas, melhoria da imagem e prestigio, acesso a novos mercados, redução de custos de funcionamento através da melhoria do desempenho operacional e uma nova cultura com a sensibilização e motivação dos colaboradores, orientada para a melhoria continua e para a satisfação dos clientes e outras partes interessadas. Tendo por base os Códigos de Boas-pr��ticas e HACCP existentes, fez-se a revisão e atualização de todo o sistema. Reapreciou-se o processo de fabrico e reavaliaram-se os pontos cr��ticos. Reviram-se os Programas Pr��-requisitos e melhorou-se o sistema HACCP. Os SGSA têm uma elevada relevância nas organizações associadas ao sector alimentar também nas indústrias produtoras de azeite, uma vez que estas devem implementar metodologias capazes de assegurar que os perigos para a saúde dos consumidores são eliminados ou reduzidos a níveis aceitáveis. Os principais perigos na indústria do azeite numa fase inicial são a presença de microrganismos patogénicos e parasitas da azeitona (Ex.: Bactrocera oleae) que se podem desenvolver devido ao excessivo tempo de espera até à operação ou por temperaturas inadequadas, podendo este perigo ser resolvido através do controlo na receção, de fornecedores, e do tempo de operação; boas pr��ticas de fabrico e formação do pessoal. A presença de folhas, terra, pedras e metais diversos é outro dos perigos mais frequentes que são contornados através do controlo na receção; inspeção visual; avaliação dos fornecedores, limpeza e lavagem das azeitonas. Ao longo da produção e embalamento os principais perigos são os resíduos de produtos de higienização, incorporação de partículas estranhas ou restos de sujidade e a contaminação química por resíduos de massas e óleos de lubrificação, perigos estes que são colmatados através de boas pr��ticas de fabrico; plano de higiene e de manutenção dos equipamentos e do uso de lubrificantes homologados para a indústria alimentar.

Estudo anatômico das madeiras dos gêneros Anisophyllea R. Brow ex. sabine e Polygonanthus Ducke. (Rhizophoraceae)

Neste trabalho, é feito o estudo dos caracteres anatômicos de 1 (uma) espécie do gênero Anlsophylleae de 2 (duas) espécies do gênero Polygonanthus(Rhizophoraceae) e para cada espécie são apresentadas: caracter��sticas gerais, descrição macro e microscópía, macro e microfotografias dos cortes transversal, tangencial e radial, histogramas da variação de freqüência de fibras e elementos vasculares, um quadro slinóptico com as principais caracter��sticas de cada espécie e uma ficha biométrlca dos elementos anatômicos, para cada espécie. As espécies estudadas foram: Anlisophylea manausensisPires & Rodrigues, Polygonanthus amazonicusDucke e P. punctulatusKuhlmann.

Efeitos da exploração madeireira de baixo impacto sobre uma comunidade de aves de sub-bosque na Floresta Nacional do Tapajós, Par��, Brasil

Este estudo compara a resposta de uma comunidade aves à exploração madeireira de baixo impacto através da distribuição das espécies em floresta controle e manejada ao longo de cinco anos com amostragem pr�� e pós-exploração. O procedimento de ordenação mostrou que a similaridade da comunidade de aves após a exploração madeireira foi menor que a similaridade entre as amostras do per��odo de pr��-exploração. Além disso, a ordem das abundâncias das 43 espécies mais comuns foi alterada entre o per��odo anterior à exploração e 3 a 4 anos após a exploração na floresta manejada. A exploração afetou as taxas de captura de 20 espécies, diretamente ou através de uma interação com o tempo. Os insetívoros terrícolas e os insetívoros que seguem bandos mistos foram as guildas mais afetadas pela exploração madeireira. Ambas as guildas mostraram declínio, correlacionado com o tempo, em suas abundâncias em floresta manejada. Insetívoros seguidores de formigas e insetívoros arbor��colas não apresentaram diferenças entre a floresta manejada e controle, apesar de algumas espécies dessas guildas terem apresentado efeitos relacionados ao manejo florestal, diretamente ou através de uma interação entre o tempo e o manejo. Frugívoros também não apresentaram efeitos significativos relacionados ao manejo florestal. Nectar��voros aumentaram tanto na floresta explorada como na floresta controle. Efeitos temporais de aumento ou declínio observados em guildas e em 12 espécies ocorreram tanto na floresta controle como na floresta explorada. Este resultado sugere que mudanças temporais na área explorada podem estar relacionadas à sucessão enquanto que mudanças temporais na floresta controle podem estar relacionados à exploração com intensidade de 40m³/ha de parcelas adjacentes.

Primeiro registro de Phanoxyla hystrix (R. Felder, [1874]) (Lepidoptera, Sphingidae) para o estado de Rondônia, Brasil

Um macho de Phanoxyla hystrix (R. Felder, [1874]) foi coletado em Porto Velho, representando o primeiro registro para o estado de Rondônia, Brasil.

Acmella marajoensis G.A.R. Silva & J.U.M. Santos: uma nova espécie de Asteraceae para a Amazônia brasileira

Em decorrência dos estudos na subtribo Ecliptinae da Amazônia brasileira, é descrita uma nova espécie, Acmella marajoensis G.A.R. Silva & J.U.M. Santos. Até o presente momento, a espécie é considerada como endêmica da Ilha do Marajó. São apresentados diagnose em latim, descrição detalhada, comentários taxonômicos e ilustrações.

Sistema reprodutivo e polinização de Lepidagathis sessilifolia (Pohl) Kameyama ex Wassh. & J.R.I. Wood (Acanthaceae), em remanescente florestal da região sudoeste de Mato Grosso, Brasil

O gênero Lepidagathis apresenta distribuição pantropical com cerca de 100 espécies. No Brasil ocorrem 16 espécies, a maioria nas regiões Centro - Oeste e Sudeste. O estudo foi realizado em sub - bosque de remanescente florestal do município de Tangar�� da Serra - MT e teve como objetivo analisar a fenologia de floração, descrever a morfologia e biologia floral, verificar os visitantes florais e avaliar o sistema e o sucesso reprodutivo por meio de polinizações manuais. Lepidagathis sessilifolia apresenta inflorescências espiciformes, terminais, com cálice de cor r��sea vistosa e corola de coloração branco-r��sea. A floração ficou restrita aos meses de mar��o a abril, durante a estação chuvosa. A senescência floral ocorreu após 24 ou 48 horas. A viabilidade dos gr��os de pólen foi elevada (92,5%). O único polinizador observado visitando as flores de L. sessilifolia foi a abelha Partamona nhambiquara (Apidae - Meliponini). O sistema reprodutivo misto da espécie é caracterizado pela formação de frutos por meio de agamospermia, autopolinização e polinização cruzada. Esse sistema reprodutivo flexível é vantajoso, pois, garante a manutenção da espécie na área de estudo mesmo na ausência de polinizadores.

Inactivation of PNKP by mutant ATXN3 triggers apoptosis by activating the DNA damage-response pathway in SCA3.

Spinocerebellar ataxia type 3 (SCA3), also known as Machado-Joseph disease (MJD), is an untreatable autosomal dominant neurodegenerative disease, and the most common such inherited ataxia worldwide. The mutation in SCA3 is the expansion of a polymorphic CAG tri-nucleotide repeat sequence in the C-terminal coding region of the ATXN3 gene at chromosomal locus 14q32.1. The mutant ATXN3 protein encoding expanded glutamine (polyQ) sequences interacts with multiple proteins in vivo, and is deposited as aggregates in the SCA3 brain. A large body of literature suggests that the loss of function of the native ATNX3-interacting proteins that are deposited in the polyQ aggregates contributes to cellular toxicity, systemic neurodegeneration and the pathogenic mechanism in SCA3. Nonetheless, a significant understanding of the disease etiology of SCA3, the molecular mechanism by which the polyQ expansions in the mutant ATXN3 induce neurodegeneration in SCA3 has remained elusive. In the present study, we show that the essential DNA strand break repair enzyme PNKP (polynucleotide kinase 3'-phosphatase) interacts with, and is inactivated by, the mutant ATXN3, resulting in inefficient DNA repair, persistent accumulation of DNA damage/strand breaks, and subsequent chronic activation of the DNA damage-response ataxia telangiectasia-mutated (ATM) signaling pathway in SCA3. We report that persistent accumulation of DNA damage/strand breaks and chronic activation of the serine/threonine kinase ATM and the downstream p53 and protein kinase C-d pro-apoptotic pathways trigger neuronal dysfunction and eventually neuronal death in SCA3. Either PNKP overexpression or pharmacological inhibition of ATM dramatically blocked mutant ATXN3-mediated cell death. Discovery of the mechanism by which mutant ATXN3 induces DNA damage and amplifies the pro-death signaling pathways provides a molecular basis for neurodegeneration due to PNKP inactivation in SCA3, and for the first time offers a possible approach to treatment.

Searching for therapeutic strategies in a mouse modelo of Machado-Joseph disease: targeting proteostases

Tese de Doutoramento em Ciências da Saúde

An R package for the integrated analysis of metabolomics and spectral data

Recently, there has been a growing interest in the field of metabolomics, materialized by a remarkable growth in experimental techniques, available data and related biological applications. Indeed, techniques as Nuclear Magnetic Resonance, Gas or Liquid Chromatography, Mass Spectrometry, Infrared and UV-visible spectroscopies have provided extensive datasets that can help in tasks as biological and biomedical discovery, biotechnology and drug development. However, as it happens with other omics data, the analysis of metabolomics datasets provides multiple challenges, both in terms of methodologies and in the development of appropriate computational tools. Indeed, from the available software tools, none addresses the multiplicity of existing techniques and data analysis tasks. In this work, we make available a novel R package, named specmine, which provides a set of methods for metabolomics data analysis, including data loading in different formats, pre-processing, metabolite identification, univariate and multivariate data analysis, machine learning, and feature selection. Importantly, the implemented methods provide adequate support for the analysis of data from diverse experimental techniques, integrating a large set of functions from several R packages in a powerful, yet simple to use environment. The package, already available in CRAN, is accompanied by a web site where users can deposit datasets, scripts and analysis reports to be shared with the community, promoting the efficient sharing of metabolomics data analysis pipelines.

Pre-clinical trials for Machado-Joseph Disease: Hypothesis-based and hypothesis-free therapeutic approaches

Tese de Doutoramento em Ciências da Saúde

From perfect strangers to research partners: a study of relationships, resource sharing and perceived benefits within R&D cooperation networks

Doctoral thesis in Marketing and Strategy.

Aneurysmal dilation of the reimplant segment of the visceral vessels after thoracoabdominal aneurysm correction

We present a case of aneurysmal dilation of the aortic residual segment, involving abdominal vessels in corrective surgeries for thoracoabdominal aortic aneurysm, through the identification of risk groups for recurrent dilation, aiming at using a specific operative technique with a branched graft, to prevent aneurysm relapse.