Characterization of a plant-derived peptide displaying water clarifying and antimicrobial activities

SUMMARY Drinking water is currently a scarce world resource, the preparation of which requires complex treatments that include clarification of suspended particles and disinfection. Seed extracts of Moringa oleifera Lam., a tropical tree, have been proposed as an environment- friendly alternative, due to their traditional use for the clarification of drinking water. However, the precise nature of the active components was unknown. Here, we show that recombinant or synthetic forms of a cationic seed polypeptide mediate efficient sedimentation of suspended mineral particles and bacteria. Unexpectedly, the polypeptide was also found to possesses a bactericidal activity capable of disinfecting heavily contaminated water. Furthermore, the polypeptide has been shown to efficiently kill several pathogenic bacteria, including antibiotic-resistant isolates of Pseudomona, Streptococcus and Legionella species. Structural modeling of the peptide coupled to the functional analysis of synthetic peptide derivatives delineated distinct structural determinants for the flocculation and antibacterial activities. Our results suggest that a glutamine-rich portion of the polypeptide is involved in the sedimentation process; alternatively, the antibacterial activity depends on a amphiphilic loop. Assembly of multiple copies of this loop into a branched peptide derivative strongly enhances antibacterial activity without displaying hemolytic effect. In conclusion, this polypeptide displays the unprecedented feature of combining efficient water purification and disinfectant properties indicating different molecular mechanisms involved in each case. This work not only identified the features responsible for these activities but also provides useful information that has implications for the further development of this cationic polypeptide as a potent antibacterial agent. RESUME L'eau potable est actuellement une ressource limitée dans le monde. La production d'eau propre à la consommation exige des traitements complexes, incluant la clarification des particules en suspension ainsi que sa désinfection par des additifs chimiques. Les extraits de la graine d'un arbre tropical, Moringa oleifera, sont utilisés traditionnellement en Afrique afin de clarifier l'eau. Quoique la nature exacte des composants actifs était inconnue, on a pu mettre en évidence un polypeptide cationique contenu dans ces graines, capable de sédimenter de manière efficace des particules minérales en suspension ainsi que des bactéries. Ce travail a aussi mis en évidence que ce polypeptide a une activité bactéricide, permettant une désinfection d'eau fortement contaminée. De plus, nous avons démontré que ce polypeptide est efficace contre de nombreuses souches bactériennes pathogènes, également celles résistantes aux antibiotiques comme Pseudomonas, Streptococcus et Legionella. L'analyse de la structure moléculaire de ce polypeptide, couplée à son analyse fonctionnelle a mis en évidence deux domaines structuraux distinct, un pour l'activité de floculation et l'autre pour l'activité antibactérienne. Nos résultats suggèrent que le domaine riche en glutamine est impliqué dans le processus de sédimentation et que l'activité antimicrobienne dépend d'un domaine formant une boucle amphiphilique. En ramifiant plusieurs copies de cette boucle on a pu augmenter de manière significative l'activité antibactérienne. En conclusion, nous avons pu démontrer que ce polypeptide à la capacité unique de combiner des propriétés de purification et de désinfection de l'eau, ce qui implique des mécanismes moléculaires distincts pour ces deux activités. Ce travail a permis d'identifier les domaines du polypeptide qui sont responsables de ses activités et offre une perspective pour le développement d'un nouvel agent antimicrobien.

Risk assessment of recurrence in sporadic retinoblastoma using a molecular-based algorithm

Le rétinoblastome (Rb) est une tumeur provenant des cellules rétiniennes progénitrices des photorécepteurs. C'est la tumeur pédiatrique maligne la plus fréquente avec une incidence par naissance évaluée entre 1/15Ό00 et 1/20Ό00. Les enfants atteints de Rb sont diagnostiqué dans leur grande majorité avant l'âge de 4 ans, soit le temps nécessaire à la différentiation et à la maturation des photorécepteurs et donc à la disparition de la cellule d'origine du Rb. La survie du patient, la sauvegarde oculaire et le pronostic visuel restent excellents pour autant que le traitement ne soit pas différé. Dans sa variante non héréditaire (60%) le Rb est toujours unilatéral et sporadique. Le Rb héréditaire de transmission dominante autosomique (40%), se décline sous toutes les formes, familiale (10%) ou sporadique (30%), que l'atteinte soit unilatérale ou bilatérale. La majorité des mutations causales sont uniques et distribuées de façon aléatoire sur la totalité du gène RB1 sans région prédisposante. La détection de ces mutations est couteuse et chronophage, tout en présentant un taux de détection relativement bas; surtout dans les cas de Rb sporadiques unilatéraux. Dans le but d'identifier les patients présentant un risque réel de développer un Rb, et de réduire le nombre d'examens sous narcose requis pour le dépistage de la maladie chez les sujets à risque, nous avons développé une stratégie sensible, rapide, efficace et peu couteuse basée sur une analyse de l'haplotype intragénique. Cet algorithme prend en compte a) la perte d'hétérozygotie intratumorale du gène RB1, b) l'origine paternelle préférentielle des nouvelles mutations germinales et c) un risque a priori dérivé des données empiriques de Vogel. Pendant la période allant de janvier 1994 à décembre 2006, nous avons comparé l'apparition de nouveau Rb parmi la fratrie et la descendance de patient atteints au nombre de nouveaux cas attendus calculé par notre algorithme. 134 familles ont été étudiées. L'analyse moléculaire a été effectuée chez 570 personnes dont 99 patients âgés de moins de 4 ans et donc à risque de développer un Rb. Parmi cette cohorte, nous avons observé l'apparition d'un cas de Rb, alors que les risques cumulés a posteriori calculé par notre algorithme prédisait l'apparition de 1.77 nouveau cas. Dans cette étude, nous avons pu valider notre algorithme prédisant la récurrence de Rb chez les parents de 1er degré de patients atteints. Cet outil devrait grandement faciliter le conseil génétique ainsi que le suivi des patients à risque de développer un Rb, surtout dans les cas ou le séquençage direct du gène RB1 n'est pas disponible ou est resté non informatif. - Purpose: Most RBI mutations are unique and distributed throughout the RBI gene. Their detection can be time-consuming and the yield especially low in cases of conservatively-treated sporadic unilateral retinoblas-toma (Rb) patients. In order to identify patients with true risk of developing Rb, and to reduce the number of unnecessary examinations under anesthesia in all other cases, we developed a universal sensitive, efficient and cost-effective strategy based on intragenic haplotype analysis. Methods: This algorithm allows the calculation of the a posteriori risk of developing Rb and takes into account (a) RBI loss of heterozygosity in tumors, (b) preferential paternal origin of new germline mutations, (c) a priori risk derived from empirical data by Vogel, and (d) disease penetrance of 90% in most cases. We report the occurrence of Rb in first degree relatives of patients with sporadic Rb who visited the Jules Gonin Eye Hospital, Lausanne, Switzerland, from January 1994 to December 2006 compared to expected new cases of Rb using our algorithm. Results: A total of 134 families with sporadic Rb were enrolled; testing was performed in 570 individuals and 99 patients younger than 4 years old were identified. We observed one new case of Rb. Using our algorithm, the cumulated total a posteriori risk of recurrence was 1.77. Conclusions: This is the first time that linkage analysis has been validated to monitor the risk of recurrence in sporadic Rb. This should be a useful tool in genetic counseling, especially when direct RBI screening for mutations leaves a negative result or is unavailable.

Integrating receptor interactions and dynamics and Interference with endocrine disruptors in the mechanisms of action of PPAR nuclear receptors

Abstract Peroxisome Proliferator-Activated Receptors (PPARs) form a family of three nuclear receptors regulating important cellular and metabolic functions. PPARs control gene expression by directly binding to target promoters as heterodimers with the Retinoid X Receptor (RXR), and their transcriptional activity is enhanced upon activation by natural or pharmacological ligands. The binding of PPAR/RXR heterodimers on target promoters allows the anchoring of a series of coactivators and corepressors involved in promoter remodeling and the recruitment of the transcription machinery. The transcriptional output finally depends on a complex interplay between (i) the respective expression levels of PPARs, RXRs and of other nuclear receptors competing for DNA binding and RXR recruitment, (ii) the availability and the nature of PPAR and RXR ligands, (iii) the expression levels and the nature of the different coactivators and corepressors and (iv) the sequence and the epigenetic status of the promoter. Understanding how all these factors and signals integrate and fine-tune transcription remains a challenge but is necessary to understand the specificity of the physiological functions regulated by PPARs. The work presented herein focuses on the molecular mechanisms of PPAR action and aims at understanding how the interactions and mobility of the receptor modulate transcription in the physiological context of a living cell: Such observations in vivo rely on the use of engineered fluorescent protein chimeras and require the development and the application of complementary imaging techniques such as Fluorescence Recovery After Photobleaching (FRAP), Fluorescence Resonance Energy Transfer (FRET) and Fluorescence Correlation Spectroscopy (FCS). Using such techniques, PPARs are shown to reside solely in the nucleus where they are constitutively associated with RXR but transcriptional activation by ligand binding -does not promote the formation of sub-nuclear structures as observed with other nuclear receptors. In addition, the engagement of unliganded PPARs in large complexes of cofactors in living cells provides a molecular basis for their ligand-independent activity. Ligand binding reduces receptor diffusion by promoting the recruitment of coactivators which further enlarge the size of PPAR complexes to acquire full transcriptional competence. Using these molecular approaches, we deciphered the molecular mechanisms through which phthalates, a class of pollutants from the plastic industry, interfere with PPARγ signaling. Mono-ethyl-hexyl-phthalate (MEHP) binding induces the recruitment of a specific subset of cofactors and translates into the expression of a specific subset of target genes, the transcriptional output being strongly conditioned by the differentiation status of the cell. This selective PPARγ modulation induces limited adipogenic effects in cellular models while exposure to phthalates in animal models leads to protective effects on glucose tolerance and diet-induced obesity. These results demonstrate that phthalates influence lipid and carbohydrate metabolism through complex mechanisms which most likely involve PPARγ but also probably PPARα and PPARß, Altogether, the molecular and physiological demonstration of the interference of pollutants with PPAR action outlines an important role of chemical exposure in metabolic regulations. Résumé Les PPARs (Peroxisome Proliferator-Activated Receptors) forment une famille de récepteurs nucléaires qui régulent des fonctions cellulaires et métaboliques importantes. Les PPARs contrôlent l'expression des gènes en se liant directement à leurs promoteurs sous forme d'hétérodimères avec les récepteurs RXR (Retinoid X Receptor), et leur activité transcriptionnelle est stimulée par la liaison de ligands naturels ou pharmacologiques. L'association des hétérodimères PPAR/RXR avec les promoteurs des gènes cibles permet le recrutement de coactivateurs et de corépresseurs qui vont permettre le remodelage de la chromatine et le recrutement de la machinerie transcriptionnelle. Les actions transcriptionnelles du récepteur dépendent toutefois d'interactions complexes qui sont régulées par (i) le niveau d'expression des PPARs, des RXRs et d'autres récepteurs nucléaires entrant en compétition pour la liaison à l'ADN et l'association avec RXR, (ii) la disponibilité et la nature de ligands de PPAR et de RXR, (iii) les niveaux d'expression et la nature des différents coactivateurs et corépresseurs et (iv) la séquence et le marquage épigénétique des promoteurs. La compréhension des mécanismes qui permettent d'intégrer ces aspects pour assurer une régulation fine de l'activité transcriptionnelle est un défi qu'il est nécessaire de relever pour comprendre la spécificité des fonctions physiologiques régulées par les PPARs. Ce travail concerne l'étude des mécanismes d'action moléculaire des PPARs et vise à mieux comprendre comment les interactions du récepteur avec d'autres protéines ainsi que la mobilité de ce dernier régulent son activité transcriptionnelle dans le contexte physiologique des cellules vivantes. De telles observations reposent sur l'emploi de protéines fusionnées à des protéines fluorescentes ainsi que sur le développement et l'utilisation de techniques d'imagerie complémentaires telles que le FRAP (Fluorescence Recovery After Photobleaching), le FRET (Fluorescence Resonance Energy Transfer) ou la FCS (Fluorescence Corrélation Spectroscopy). En appliquant ces méthodes, nous avons pu montrer que les PPARs résident toujours dans le noyau où ils sont associés de manière constitutive à RXR, mais que l'ajout de ligand n'induit pas la formation de structures sub-nucléaires comme cela a pu être décrit pour d'autres récepteurs nucléaires. De plus, les PPARs sont engagés dans de larges complexes protéiques de cofacteurs en absence de ligand, ce qui procure une explication moléculaire à leur activité ligand-indépendante. La liaison du ligand réduit la vitesse de diffusion du récepteur en induisant le recrutement de coactivateurs qui augmente encore plus la taille des complexes afin d'acquérir un potentiel d'activation maximal. En utilisant ces approches moléculaires, nous avons pu caractériser les mécanismes permettant aux phtalates, une classe de polluants provenant de l'industrie plastique, d'interférer avec PPARγ. La liaison du mono-ethyl-hexyl-phtalate (NERF) à PPARγ induit un recrutement sélectif de cofacteurs, se traduisant par l'induction spécifique d'un sous-ensemble de gènes qui varie en fonction du niveau de différentiation cellulaire. La modulation sélective de PPARγ par le MEHP provoque une adipogenèse modérée dans des modèles cellulaires alors que l'exposition de modèles animaux aux phtalates induit des effets bénéfiques sur la tolérance au glucose et sur le développement de l'obésité. Toutefois, les phtalates ont une action complexe sur le métabolisme glucido-lipidique en faisant intervenir PPARγ mais aussi probablement PPARα et PPARß. Cette démonstration moléculaire et physiologique de l'interférence des polluants avec les récepteurs nucléaires PPAR souligne un rôle important de l'exposition à de tels composés dans les régulations métaboliques.

Genetic variability in Arbuscular Mycorrhizal Fungi : effect on gene transcription of "Oryza Sativa"

AbstractArbuscular Mycorrhizal Fungi (AMF) form obligate symbioses with the majority of land plants. These fungi influence the diversity and productivity of plants. AMF are unusual organisms, harbouring genetically different nuclei in a common cytoplasm (known as heterokaryosis). Genetic variability has been shown between AMF individuals coming from the same population. Recent findings showed that genetic exchange between genetically different AMF individuals was possible. Additionnaly, segregation was shown to occur at spore formation in AMF. These two processes were shown to increase genetic variability between AMF individuals.Because of the difficulty to study these organisms, almost nothing is known about the effect of intra-specific genetic variability in AMF on the plant transcriptome. The aim of this thesis was to bring insights into the effect of intra-specific genetic variability in AMF on plant gene transcription. We demonstrated that genetic exchange could influence expression of some symbiosis specific plant genes and the timing of the colonization of the fungi in plant roots. We also showed that segregation could have a large impact on plant gene transcription. Taken together, these results demonstrated that AMF intra-specific variability could profoundly affect the life of plants by altering various molecular pathways. Moreover, results obtained on rice open a field of research on AMF genetics in impromvment of growth in agricultural plants and should be taken into account for future experiments.RésuméLes champignons endomycorhiziens arbusculaires (CEA) forment une symbiose obligatoire avec la majorité des plantes sur terre. Ces champignons peuvent influencer la diversité et la productivité des plantes avec lesquelles ils forment la symbiose. Les CEA sont des organismes particuliers de part le fait qu'ils possèdent des noyaux génétiquement différents (appelés hétérocaryosis) dans un cytoplasme commun. Il a été montré qu'il existait de la variabilité génétique intra-specific chez les CEA. De plus, des études recentes ont montré que l'échange génétique chez les CEA était possible entre des individus génétiquement différents tout comme la ségrégation qui a aussi été démontrée au moment de la formation des nouvelles spores chez les CEA. Ces deux processus ont été montrés comme pouvant créer aussi de la variabilité génétique intra-specific.Du fait de la difficulté de travailler avec les CEA et à cause de la nouveauté de ces recherches, très peu de choses sont connues sur l'effet de l'échange génétique et de la ségrégation chez les CEA sur les plantes, et particulièrement au niveau moléculaire. Le but de cette thèse a été d'apporter la lumière sur les effets de la viariabilité génétique intra-specific chez les CEA, sur la transcription des gènes chez la plante. Nous avons pu montrer que l'échange génétique pouvait avoir des effets sur l'expression de gènes spécifiques à cette symbiose mais aussi pouvait influencer le timing de colonisation des racines de plantes par les CEA. Nous avons aussi montré que la ségrégation pouvait grandement influencer le transcriptome complet de la plante, et pas seulement les voies métaboliques spécifiques à la symbiose comme cela avait été montré auparavant.L'ensemble de ces résultats démontre l'importance de la variation intra-specific chez les CEA sur les plantes et leur implication sur leur cycle de vie en changeant l'expression de voies métaboliques. De plus, ces résultats obtenus sur le riz ouvrent un champ de recherches sur les plantes destinées à l'agriculture et devraient être pris en compte pour des expériences futures.

The quality of primary care in a country with universal health care coverage

Cet article a été réalisé dans le but d'évaluer la qualité des soins fournie à une population âgée de 50 à 80 ans suivie dans 4 policliniques médicales universitaires de Suisse, à savoir Bâle, Zurich, Genève et Lausanne. Nous avons sélectionné 37 indicateurs de qualité qui ont été développés et préalablement évalués au Etats-Unis. Ces indicateurs ont été divisés en 2 sous-groupes distincts : les indicateurs de prévention et les indicateurs concernant les facteurs de risque cardiovasculaires.¦L'étude a inclus des patients âgés de 50 à 80 ans avec un suivi d'un minimum de 1 an par un médecin dans l'une des policliniques de Suisse. Nous avons limité notre étude à ce groupe d'âge, afin d'avoir une prévalence élevée de facteur de risque cardiovasculaire et plus d'indications à des tests de dépistages. Les dossiers médicaux des patients ont été sélectionnés selon un mode aléatoire en prenant 250 dossiers par centre.¦L'enjeu principal de cette étude était de déterminer le niveau de soins fournis en Suisse dans les policliniques médicales universitaires. Il a été également possible de mettre en évidence les secteurs de prévention pour lesquels le taux d'application est encore insuffisant. Nous avons par la même occasion comparé nos résultats à ceux obtenus aux Etats-Unis, sachant que ce pays a un système d'évaluation de la qualité des soins qui fournit chaque années des statistiques à ce sujet.¦Les résultats de notre étude montrent qu'en Suisse les adultes reçoivent 69% des mesures de prévention recommandées mais que ces taux diffèrent d'un indicateur à l'autre. Les indicateurs à propos de la tension artérielle et de la mesure du poids (les 2 95%) ont plus souvent été réalisés durant les consultations que les indicateurs concernant l'arrêt du tabagisme (72%), les cancers du sein (40%), du colon (35%) et la vaccination annuelle contre la grippe (35.2% chez les patients de >65 ans et 29.3% chez les patient de <65 ans avec une maladie chronique). 83% des patients reçoivent les mesures préventives concernant les facteurs de risque cardiovasculaire, avec >75% pour l'hypertension, le diabète et la dyslipidémie. Cependant, l'examen des pieds est effectué chez seulement 50% des patients présentant un diabète.¦De même, nous avons pu démontrer que les femmes (65.3%) et les personnes âgées de plus de 65 ans (68.0%) reçoivent moins de mesures préventives que les hommes (72.2%) et les personnes plus jeunes (70.1%).¦Ce travail de recherche a donc permis de mettre en évidence les domaines de la prévention encore insuffisamment proposés aux patients et de rendre attentif le personnel médical sur le fait qu'il existe en Suisse des groupes de personnes qui reçoivent moins de prévention que d'autres groupes. Dans le futur, l'accent devrait être d'avantage mis durant les études de médecine et lors de la formation post-graduée sur les mesures préventives pas assez exploitées en Suisse en particulier le dépistage des cancers et la vaccination annuelle contre la grippe.

The role of dentritic cells in leishmania infection : use of novel DC lines for the development of monoclonal antibodies

Les cellules dendritiques (DCs) sont des cellules multifonctionnelles qui font le lien entre le sytème immunitaire inné et adaptatif chez les mammifères. Il existe plusieurs sous-types de DCs basés sur leurs fonctions et l'endroit où elles se situent dans le corps. Dans le cadre de cette thèse, nous avons étudié le rôle de ces cellules face à une infection parasitaire. La Leishmania est un parasite causant une maladie appelée Leishmaniose, maladie endémique de l'Afrique, de l'Asie et de certaines régions de l'Amérique du Sud. Certaines espèces causent des lésions cutanées, alors que d'autres causent des lésions dans les muqueuses ou dans les organes internes. Le système immunitaire répond en générant une réponse inflammatoire qui élimine l'infection. Lors d'une réponse non-inflammatoire (de type cytokines, chemokines), cela va amener à une persistance du parasite sur le long terme. Les DC s'activant en présence du parasite dans la peau, vont le transporter vers un ganglion. A cet endroit, se trouvent différents sous-types de DC qui ont la particularité de présenter l'antigène (spécifique à la Leishmaniose) aux lymphocytes T, ce qui va alors amener à une réponse immunitaire puissante contre le parasite. Nous avons comparé différentes espèces de Leishmaniose dans leur façon d'activer les DC et différents modèles de souris ont été utilisé dans ce but-là. Les souris du type C57BL/6 sont connues pour être résistantes à L. major et sensibles à L. mexicana, alors qu'au contraire, les souris Balb/c sont connues pour être sensibles à ces deux espèces. En utilisant des parasites fluorescents transgéniques, nous avons comparé ces deux espèces de parasites (L. major et L. mexicana) en recherchant quelles cellules elles sont capables d'infecter in-vivo dans un modèle murin. Le rôle général des DC dans une infection à L. major a déjà été décrit. Dans notre étude, nous avons étudié le besoin en DC CD8a+ dans les ganglions afin d'engendrer une réponse face à une infection à L. major. Les souris qui n'ont pas ce sous-type de DC sont beaucoup plus sensibles à l'infection : elles ont des marqueurs inflammatoires plus bas et des lésions plus grandes. Nous avons également remarqué que les DC CD8a+ jouent un rôle crucial dans une phase plus avancée de l'infection. Dans notre laboratoire, nous avons la chance d'avoir une source illimitée de DCs de sous-type CD8a+ provenant d'une souris génétiquement modifiée par nos soin. Grâce à cela, nous avons utilisé ces cellules CD8a+ pour immuniser des rats afin de produire des anticorps monoclonaux ayant des propriétés spécifiques comme l'identification de protéines uniques présentes à la surface des DC et qui ensuite, modulent une réponse immunitaire in-vivo. Nous sommes actuellement en phase de caractérisation de plus de 750 hybridomes générés dans notre laboratoire. - Les cellules dendritiques (DCs) constituent le lien entre le système inné et adaptatif de la réponse immunitaire, car elles sont capables de présenter l'antigène, de donner la co- stimulation et de relâcher des cytokines et chimokines. Au cours de cette thèse, nous avons exploré différentes familles de DC lors d'infections parasitaires, telles que la Leishmaniose, parasite intracellulaire qui infecte les mammifères. La plupart des lésions cutanées résistantes sont caractérisées par une réponse pro-inflammatoire générée par l'IL-12. A l'inverse, pour la forme non résistante, la réponse est générée par l'IL-4 et l'IL-10, dans les modèles murins vulnérables. L'infection avec Lmajor a été caractérisée chez la souris C57BL/6 (Thl) et chez la souris Balb/c (Th2). Chez la souris C57BL/6 la lésion guérit, alors que chez la souris Balb/c, la lésion est au contraire non-cicatrisante. Nous avons comparé l'activation causée dans l'ensemble des DC par différentes espéces de Leishmania, et plus spécifiquement dans les DC CD8a+ présentes dans les ganglions lymphatiques et leur rôle dans la vulnérabilité à L. major. Ces cellules sont spécialisées dans la présentation croisée d'antigènes exogènes par le CMH-I et le haut taux de production d'IL-12 après activation. En utilisant des DC dérivées de moelle osseuse, nous avons constaté que L. guyanensis V+ (transportant un retrovirus) était le plus efficace pour l'activation des DC in-vitro comparé à L. major, L. mexicana et L. guyanensis (V-). Toutefois, in-vivo, les souris infectées avec L. major ont vu la taille de leur ganglions lymphatiques drainants augmentée, 3-6 semaines après l'infection dans les deux espèces de souris (les C57BL/6 résistantes et les Balb/c sensibles). En utilisant un parasite fluorescent transgénique, nous avons trouvé que les souris C57BL/6 sensibles à Lmexicana ont un nombre plus important de cellules Β infectées et un plus petit nombre de DC dérivées des monocytes inflammatoires, comparé au souris infectées avec L. major. Les conséquences de ces observations sont encore à l'étude. Des souris déficientes en CD8ct+DC et CD103+ sont plus sensibles à L. major que les souris WT: leurs lésions sont plus grandes et la charge parasitaire est plus importante. Nous avons généré une chimère de moelles osseuse CD11-DTR et Batf3-/- en mélangeant les moelles de ces deux souris, afin de déterminer le temps après infection où le manque de DC's CD8a+ contribue le plus à l'augmentation de la vulnérabilité chez la souris KO. Ces souris produisent plus d'IgG1 et IgE, font une réponse Th2 plus forte et Thl moins forte. Nous avons constaté que les souris déficientes en DC CD8a+ au début de la réponse immunitaire adaptive (trois semaines après injection) maintiennent un haut taux de lésions de grande taille, semblable à celui des souris chez qui les cellules ont été déplétées avant l'injection. Cela indique que les DC CD8a+ sont nécessaires pour l'efficacité de l'immunité dans la phase chronique de l'infection à L. major. Parallèlement à cela, nous avons aussi commencé une génération d'anticorps monoclonaux dirigés contre les DC CD8a+ activés en utilisant des souches établies dans notre laboratoire. En partant d'une librairie de 763 hybridomes, nous avons identifié plusieurs clones dignes d'intérêt avec une capacité fonctionnelle à moduler la prolifération et la sécrétion de cytokines des cellules T, ainsi que les molécules de co-stimulation présentes à la surface des DC activées elle-même. - Dendritic cells (DCs) are the bridge between the innate and the adaptive arms of the immune systems. They are professional antigen presentation cells and have important cytokine/chemokine release functions. In this dissertation we have focussed on the study of the different subsets of DCs in parasitic infection immunity. Leishmania are intra-cellular parasites of many different species that infect mammals. Most cutaneous lesions that are self- healing are characterized with a pro-inflammatory response with IL-12 while high levels of cytokines such as IL-4 and IL-10 characterized in susceptible mouse models. In mice L. major infection has been well characterized in C57BL/6 mice (Thl) that form healing lesions while Balb/c mice (Th2) form non-healing lesions. This thesis is focussed on comparing DC activation at large by different strains of Leishmania and more specifically, dLN resident CD8a+ DCs and their role in L. major susceptibility. This subset is specialized in cross- presentation of exogenous antigens in the MHC-I pathway and produce high levels of EL-12. Using bone marrow derived DCs we found that L. guyanensis V+ (carrying a retro-virus) was the most efficient at activating DCs in-vitro. In-vivo however L. major infected mice had the largest dLNs 3-6 weeks after infection in both genetically resistant C57BL/6 and susceptible Balb/c mice. Using transgenic fluorescent parasites, we found that C57BL/6 mice which are susceptible to L. mexicana had more number of infected Β cells and fewer number of infected inflammatory monocyte derived DCs in contrast to L. major infection. Using mice deficient in CD8a+ DCs, we found that these mice were more susceptible to L. major than their WT counterparts. They made larger lesions, had higher parasite burdens, higher levels of Th2 indicating immunolgloblins as measured by higher serie IgE levels and lower CD4+ IFNy+ cells. A mixed bone marrow chimera system of CDllc-DTR and Batf3~'~ was generated to determine the time point at which the lack of CD8a+ DCs most contributes to the increased susceptibility in KO mice. We found that mice depleted of CD8a+ DCs at the advent of the adaptive response (3 weeks after infection) maintained the significantly higher lesion size similar to mice whose cells were depleted from the onset of infection. This indicates that CD8a+ DCs are required for effective immunity in the chronic phase of L. major infection. We also began the generation of a valuable tool of monoclonal antibodies against activated CD8a+ DCs using our in-house DC line. From a library of 763 hybridomas we have identified several interesting clones with a functional ability to modulate Τ cell proliferation and cytokine secretion as well as down-modulating co-stimulatory molecules on activated DC cells themselves.

Gregorius IX, papa, Decretales, libri I-II.

Cet exemplaire de la Lectura d’Henri de Suso sur les Décrétales, dont il ne reste que le premier volume, présente la particularité de contenir aussi le texte des Décrétales, chacune d’elles étant suivie par le commentaire correspondant. Certaines anomalies de la copie permettent de préciser que les copistes avaient comme modèle deux manuscrits différents, un pour la Lectura et l’autre pour les Décrétales dans une édition augmentée des Novelles d'Innocent IV, qui devaient être insérées à la suite des titres correspondants, selon la prescription pontificale de 1245. Le texte même des Novelles qui n’était pas commenté dans la Lectura n’a pas été repris dans la copie, sauf l’Extravagante Quia frequenter, au f. 37v, et Sext. I, 13, 1, au f. 133. F. 1-360v. F. 1-177v. "Apparatus [HENRICI de SEGUSIO cardinalis] Ostiensis super textum Decretalium". [Prooemium:] "[A]d Dei omnipotentis gloriam et universalis ecclesie decus et decorem necnon rei publice et maxime scolasticorum utilitatem... - ...emendate"; — [In epistola dedicatoria Gregorii IX:] "Vicarius regis pacifici ad communem utilitatem et maxime studencium quinque compilationes... - ...et punit" (éd.Venise, I, 3-3v). — "Incipit liber primus Decretalium". [GREGORIUS IX papa, Epistola dedicatoria, salutatio] ; suivi de [HENRICUS DE SEGUSIO, Lectura :] "Gregorius episcopus. Omnes sunt episcopi licet vocentur archiepiscopi, primates vel patriarche... de manu apud eum"; — [GREGORIUS IX papa, Epistola dedicatoria] terminée par l'inscription rubriquée de la première Décrétale; suivi de: [HENRICUS DE SEGUSIO, Lectura in epistola dedicatoria :] "Rex. Regum et omnium potestatum. VIII di. que contra mores... - ...super verbo hac tantum"; et de [ID., Lectura in prima rubrica : ]"Quoniam omne quod non est in fine... - ...de fide catholica" (éd.Venise, I, 3v-5) (1-2v). — Extra 1, 1, 1 ; suivi de [ID., Lectura : ] "Firmiter credimus. Bene dicit nam dubius in fine... - ...Extra 1, 37, 1 ; suivi de [ID., Lectura : ] "Clerici... Et si beneficio etc. careant... de foro compe.", incomplet de la fin par lacune matérielle (éd.Venise, I, 5-182, § 10) (2v-177v). A noter: var. de plusieurs lignes à l'explicit des commentaires sur Extra 1, 1, 2 et 1, 3, 11. A noter les anomalies suivantes :L’inscription de chaque Décrétale, à quelques exceptions près, a été inscrite à la fin du texte de la Décrétale précédente. Le libellé: "Innocentius IIIIus" ou bien "Innocentius IIIIus in concil. Lugdun", qui a été inscrit à la fin des titres I, 3 (25v), 6, (85), 10 (103), 28 (132v), 29 (153), 30 (155v), 31 (164) correspond, en fait, à l'inscription des Novelles d'Innocent IV éditées dans le Sexte, livre I, en tête des titres 3, 6, 8, 13, 14, 15, 16.Au f. 37v, à la suite d'Extra 1, 6, 6, le texte de la constitution d'Innocent IV Quia frequenter a été copié, puis exponctué en marge par un correcteur avec la mention "vacat": "Quia frequenter in electione summorum pontificum colupna Dei... - ...minime computato" avec l'inscription: "Idem" écrite à la fin de la Décrétale précédente qui renvoie à Alexandre III. Sur ce texte qui n’a pas été repris dans le Sexte ; cf. H. Singer, Zeitschrift der Savigny-Stiftung für Rechtesgeschichte, Kan. Abt., VI (1916), 1-140 (éd. Friedberg, 946, Sext. 1, 6, 3, note c). Autres manuscrits recensés : Londres, B.L. ms. Add. 18368, f. 8v ; Paris, BNF ms. latin 14324, f. 234 ; Paris, Bibl. Sainte-Geneviève ms. 339, f. 90 ; Prague, I-B4, f. ? (renseignement aimablement communiqué par Michèle Bégou-Davia).Au f. 133, le titre I, 28 est suivi du texte de Sext. I, 13, 1.Au f.114v, le texte d’Extra 1, 15, 1 §1-6 a été copié une première fois dans le module de la glose à la fin d'un cahier, puis exponctué en marge avec la mention "vacat" et recopié dans le gros module habituel sur un feuillet additionnel (115).Aux ff. 133v-134, les Décrétales 1, 29, 3 et 4, suivies de leurs commentaires, ont été interverties ; de même que les Décrétales 1, 29, 42 et 43, aux ff. 152v-153v. F. 178-360v. "Incipit liber secundus". Extra 2, 1, 1 ; suivi de [HENRICUS DE SEGUSIO, Lectura:] "[D]e Quovultdeo etc. Supple ita statutum est d. n. sed propter hoc plene non subvenitur constronccioni [sic].." - ... Extra 2, 30, 6 "... archid. c. fi. § fi". "Explicit liber secundus. Benedictus sit Deus." (éd.Venise, II, 2-209v). Comme dans le livre I, le libellé inscrit à la fin des titres II, 1 (187), 2 (196v), 5 (202), 13 (240), 14 (247), 15 (249), 18 (252v), 25 (312v), 27 (329v), 28 (357v) correspond à l'inscription des Novelles d'Innocent IV éditées dans le Sexte, livre II, en tête des titres 1-3, 5-7, 9, 12, 14, 15.Au f. 196v, le copiste a copié à la suite les commentaire sur Extra 2, 2, 19 et 20, omettant le texte de Extra 2, 20 qu'il a dû ajouter ensuite dans la marge. Au f. 205, le copiste a mal apprécié l’espace réservé pour Extra 6, 2, le texte commencé normalement en gros module d'écriture, se poursuit en petit module et se termine dans la marge inférieure. De même, au f. 227, les dernières lignes d’ Extra 12, 7 ont dû être écrites dans la marge, avec un signe de renvoi. F. 360v-362. Commentaire anonyme sur Extra 2, 28, 59 De appellationibus: "Ut debitus honor etc. More solito dominus Innocencius premittit causam constitutionis exprimens duas causas motivas: qualiter hec constitutio promulgatur antipophornando... - ... se scit et c. arguta". A noter, f. 1-72v, en marge. PETRUS DE SAMPSONA, Distinctiones super Decretalibus 1, 1, 1-1, 6, 44, excerpta; cf. M. Bertram, "Pierre de Sampson et Bernard de Montmirat...", dans L'Eglise et le droit dans le Midi (XIIIe-XIVe s.) (Cahiers de Fanjeaux, 29), Toulouse, 1994, 37-74 et part. 66, parmi les mss recensés. En marge de l'inscription de l'épitre de Grégoire IX: "Greg. ep. etc. Dominus papa Christi universitatis vicarius set episcopus dicitur singularis quare dominus papa dicatur servus... - ...a papa"; en marge de l'épitre dédicatoire: "Rex pacificus quarum alique propter nimiam similitudinem quedam propter contrarietatem sed numquid in hac compilacione... - ...per totum", incipit A de M. Bertram, art. cit., 64 (1) ; — en marge de la Lectura sur l'épitre dédicatoire: Rex pacificus dicitur esse pacificus et Christus pacem diligit temporalem... - ...approbatur" (1v). — Dernière glose en marge d'Extra 1, 6, 44: "Itaque interim etc. Hii etiam qui pape... - ... et similibus" (72v). A noter, au f. 55v, à la fin de la glose, la signature "P. Sampsone" et au f. 67, "P. Samp.". F. 1-69v, passim et 124v-125. Gloses marginales ajoutées par une main cursive anglaise, contemporaine de la copie. « Doctoribus. Qui faciunt universitatem... - ...dilectus. [signé] Abb(at)is" (Bernardus de Montmirat, Lectura in Decretales, ed. Venise, 1588, I, 2) (1). —En marge de la Lecture sur Extra 1, 6, 42: "B. in apostillis suis dicit quod si aliquis potestatem... - ...commento Hostiensis" (69v).

Medulloblastomas in adults : lessons from pediatrics

Buts de la revue: Les Médulloblastomes sont des tumeurs rares chez l'adulte. Le traitement habituel comprend une radiothérapie de tout l'axe cranio-spinal avec ou sans chimiothérapie. Beaucoup d'efforts sont actuellement entrepris pour mieux comprendre la biologie tumorale, afin de mieux stratifier les patients en différents groupes à risques et de les traiter en fonction. Cette revue discute les nouveaux facteurs de risques cliniques et moléculaires qui peuvent aider à optimiser le traitement des patients adultes avec des médulloblastomes. Découvertes récentes: Jusqu'à présent les patients étaient divisés en groupes à bas risque ou à haut risque sur la base de facteurs cliniques (âge, maladie résiduelle après chirurgie, dissémination dans le système nerveux central et l'histologie). Cette classification devrait être complétée par des facteurs pronostics moléculaires. Le profilage de l'expression des gènes a permis d'identifier six sous-groupes moléculaires de médulloblastomes. Le WNT sous-groupe montre une activation des gènes de la voie de signalisation WNT/wingless avec des mutations fréquentes du gène CNNTB1, une perte du chromosome 6 et une accumulation de β-catenine nucléaire. Ce sous-groupe est rencontré le plus souvent chez les enfants avec des médulloblastomes avec une histologie classique. Ils ont un bon pronostic. Une activation de la voie de signalisation du sonic hedgehog montre des mutations fréquentes des gènes PTCH et SUFU, une perte du 9q et une positivité pour GLI1 et SFRP1 et est rencontré plus fréquemment chez les enfants de moins de 3 ans et chez les adultes. Ce sous-groupe est souvent associé à une histologie de type desmoplastique. D'autre sous-groupes sont moins bien délimités et présentent des caractéristiques qui se chevauchent. Cependant une amplification MYC/MYCN, un gain du 17p et une histologie de type grandes cellules/anaplasique sont des facteurs de mauvais pronostic. Résumé: Des nouveaux sous-groupes moléculaires vont dorénavant aider à mieux adapter les traitements aux différents groupes de risque et permettront à développer de nouvelles thérapies ciblées. Des études prospectives et si possibles randomisées devraient être effectuées comprenant une stratification dans des sous-groupes moléculaires, afin d'identifier au mieux le meilleur traitement pour chaque groupe à risque.

Postilles sur S. Mathieu (15), l'épitre aux Romains (135) et le Cantique (163), précédées d'un traité sur l'Ecriture.

Au haut du fol. 1, une main du XIVe s. a écrit: Pos. fratris. Jo. Petri.

Le contact Gondwana - péri-Gondwana dans le Zanskar oriental (Ladakh-Himalaya)

A l'Est du fleuve Zanskar (Ladakh), la zone de suture de l'Indus sépare les nappes de la bordure nord-indienne du Gondwana (Haut-Himalaya, nappes du Zanskar, cristallin de Tso Morari) des éléments péri·gondwaniens du Trans-himalaya. Des recherches géologiques entreprises entre l'Indus el la Tsarap ont montré que: - la molasse autochlone du Ladakh est surmontée par un édifice de flysch et molasses tertiaires, rétrocharrié vers le NordEst et coiffé par les conglomérats post· éocène moyen du Stok Kangri et une formation eontinentale de molasse rouge; - - la zone de suture comprend deux unités. principales : a) au Nord et au Nord-Ouest, l'unité volcano-sédimentaire de Dras-Nindam avec des conglomérats et flysch crétacés, des brèches massives à radiolarHes et roches vertes; cette unité est accompagnée d'un mélange coloré à roches ultra-basiques, blocs exoti(Iues divers et une méga lentille de brèche carbonatée polygénique à grands Foraminifères (Nummulites ?) ; b) au Sud, l'unité de la Markha, un flysch à lentilles de calcaires plus ou moins marmoréens datée de la base du Jurassique moyen et que nons corrélons avec le Oysch de Lamayuru ; - l'unité complexe de Nimaling représente la terminaison occidentale du crist allin de Rupshn (Tso MOI'ari) ; il comprend un socle gneissique, des roches vert.es et une couverture de schistes quartzitiques, quartzites el dolomies. Cet ensemble est intrudé pal' un granite porphyrique et il est surmonté, en contact tectonique, par une épaisse série métamorphique de calcschistes, shales et grès de faciès schistes lustrés, d'âge inconnu; dans ce tte série, on note au moins trois phases de fortes déformaljons superposées (linéations replissées) ; le long de la vallée de la Markha, le style st.ructural évoque, avec des plis isoclinaux de 2" phase à axes verticaux, une « zone de racine" et pourrait également témoigner de mouvements horizontaux importants; - l'édifice des napp es du Zanskar a été subdivisé en trois unités; il surmonte vers le Nord-Est les schistes lustrés du groupe de Langtang et vient buter vers le Sud-Ouest, le long d'un aceident chevauchant, contre la nappe de Zangla (Haut Himalaya). Les séries sédimentaires (Trias - Crétacé supérieur) sont d'affinité téthysienne. De nouvelles datations sont apportées et nous mettons en évidence, directement à l'Est du fleuve Zanskar, la présence de Crétacé sous faciès calcaires multicolores à microfaune planctique ; transgressif sur les grès de Giumal, ce faciès calcaire déhut.e déjà dans l'Alhien supérieur, c'est-à-dire nellement plus tôt que dans les régions plus orientales de l 'Himalaya; - les nappes du Haut Himalaya comprennent du Nord-Est vers le Sud-Ouest la nappe de Zangla qui chevauche par l'intermédiaire d'une semelle de « Panjal Traps » des témoins écaillés de Paléozoïque inférieur, puis la nappe de cristallin. La nappe de Zangla correspond à l'unité qui, à l 'Ouest du Zanskar supporte la klippe ophiolitique de Spongtang.

Evaluation de l'efficacité clinique de la prise en charge pédopsychiatrique par l'Antenne d'Intervention dans le Milieu pour Adolescents (AIMA)

Contexte : Depuis les années 60, en lien avec la vague de désinstitutionalisation, un peu partout dans le monde, des équipes mobiles ont vu le jour. L'Antenne d'Intervention dans le Milieu pour Adolescents (AIMA) a été fondée en 2005, elle est destinée aux adolescents à haut risque psychopathologique qui échappent au système classique des soins pédopsychiatriques. Etant donné que ce dispositif est amené à se développer, il est souhaitable d'évaluer les résultats obtenus. Méthode : Etude ouverte prospective sur un échantillon comprenant 20 adolescents de 13 à 18 ans suivis par l'AIMA. Des données cliniques et sociodémographiques ont été collectées, différentes échelles ont été utilisées, dont l' « Health of Nation Outcome Scale for Children and Adolescents » (HoNOSCA) et la « Crisis Triage Rating Scale » en évaluation pré-­‐ et post-­‐suivi dans le milieu. L'effet de l'intervention est évalué à travers les données de l'HoNOSCA et de la « Crisis Triage Rating Scale » et nous avons également étudié l'effet dose-­‐réponse. Nous nous sommes intéressés à l'effet des événements de vie indésirables dans l'enfance sur les changements des scores de l'HoNOSCA. Résultats : On retrouve une nette amélioration clinique évaluée par l'HoNOSCA et de certains de ses sous-­‐scores (symptômes et contexte social). Par contre nous n'avons pas observé d'effet dose-­‐ réponse de l'intervention AIMA. L'amélioration de l'HoNOSCA est corrélée avec la diminution de la dangerosité et l'amélioration du réseau de soutien, mais pas avec la capacité à coopérer de l'adolescent. Les adolescents ayant subi plusieurs événements de vie indésirables pendant l'enfance bénéficient de manière significative de l'intervention de l'AIMA. Conclusion : Cette étude est en faveur de l'efficacité clinique de la prise en charge pédopsychiatrique par l'AIMA. Elle suggère que les adolescents ayant été confrontés à des événements de vie indésirables bénéficient grandement de ce type d'intervention. Ces conclusions mériteraient d'être confirmées par d'autres études (plus puissantes) et avec plus de sujets.

Excision of the Staphylococcal Cassette Chromosome mec (SCCmec) and its crucial role in the horizontal transfer of methicillin resistance in staphylococci.

Staphylococcus aureus est un pathogène humain majeur ayant développé des résistances contre la quasi totalité des antibiotiques disponibles, incluant la très importante famille des β- lactamines. La résistance à cette classe d'antibiotiques est conférée par la « Staphylococcal Cassette Chromosome mec » (SCCmec), qui est un élément génétique mobile capable de s'insérer dans le chromosome bactérien et capable d'être transféré horizontalement chez d'autres staphylocoques. Le mécanisme moléculaire impliqué dans ce transfert horizontal demeure largement inconnu. L'une des premières étapes du transfert est l'excision du SCC mec du chromosome bactérien. Cette excision est promue par des enzymes codées par l'élément SCCmec lui- même et appelées de ce fait « Cassette Chromosome Recombinases » (Ccr). L'un des buts de ce travail de thèse a été de comprendre la régulation de l'expression des gènes codant pour les Ccr recombinases. En utilisant des outils moléculaires originaux, nous avons été en mesure de démontrer en premier lieu que les Ccr recombinases étaient exprimées de façon « bistable », c'est à dire qu'uniquement quelques pourcents de cellules dans une population exprimaient ces gènes à un temps donné. Dans un deuxième temps, nous avons également démontré que l'expression de ces gènes était régulée par des facteurs étrangers au SCC mec. L'expression bistable des recombinases est un concept important. Effectivement, cela permet à la majorité des cellules d'une population de conserver l'élément SCC mec, alors que seulement une petite fraction le perd afin de le rendre disponible pour un transfert. Ainsi, alors que l'élément SCC mec continue de se propager avec la multiplication des bactéries Staphylococcus aureus résistant à la méticilline (SARM), il peut être simultanément transmis à des souches susceptibles (Staphylococcus aureus susceptible à la méticilline, SASM), entraînant l'apparition de nouveaux SARM. De façon très intéressante, le fait que cette bistabilité est contrôlée par les bactéries, et non le SCCmec lui-même, montre que la décision de transférer ou non la cassette SCC mec appartient à la bactérie. En conséquence, il doit exister dans la nature des souches qui sont plus ou moins aptes à effectuer ce transfert. En nous appuyant sur ces observations, nous avons montré que l'excision du SCC mec était effectivement régulée de façon très étroite au cours de la division cellulaire, et ne se passait que pendant un temps limité au début de la croissance. Ce résultat est compatible avec une régulation génétique commandée par la densité cellulaire, qui pourrait être dépendante de la production de signaux extracellulaires, du type que l'on rencontre dans le quorum sensing. Les signaux hypothétiques entraînant l'excision du SCC mec restent inconnus à l'heure actuelle. La connaissance de ces signaux pourrait se révéler très importante afin de développer des stratégies pour interférer avec la dissémination de la résistance au β-lactamines. Deux sujets additionnels ont été logiquement investigués au vu de ces premiers résultats. Premièrement, si certaines souches de SARM sont plus ou moins aptes à déclencher l'excision du SCC mec, de même certaines souches de SASM devraient être plus ou moins aptes à acquérir cet élément. Deuxièmement, afin d'étudier ces mécanismes de transfert au niveau épidémiologique, il nous a été nécessaire de développer des outils nous permettant d'explorer le phénomène à une plus large échelle. Concernant le premier point, il a été postulé que certains SASM seraient réfractaires à l'intégration génomique d'un SCC mec en raison de polymorphismes particuliers à proximité du site d'insertion chromosomique (attB). En étudiant plus de 40 isolais de S. aureus, provenant de porteurs sains, nous avons confirmé ce polymorphisme dans l'environnement à'attB. De plus, nous avons pu montrer que ces régions polymorphiques ont évolué parallèlement à des groupes phylogénétiques bien connus. Ainsi, si des telles régions réfractaires à l'intégration de SCC mec existent, celles-ci devraient ségréger dans des complexes clonaux bien définis qui devraient être facilement identifiables au niveau épidémiologique. Concernant le second point, nous avons été capables de construire un système rapporteur de l'excision du SCCmec, en utilisant un plasmide à faible copie. Ce système consistait en un promoteur fort et un gène codant pour une protéine verte fluorescente (GFP) sous le contrôle d'un promoteur fort séparés à l'aide d'un élément SCC artificiel portant trois terminateurs de transcription. Ainsi, la fluorescence ne s'exprime que si l'élément SCC est excisé du plasmide. Ce système a été testé avec succès dans plusieurs types de staphylocoques, et est actuellement évalué dans d'autres souches et conditions stimulant ou inhibant l'excision. De manière générale, cette dissertation représente parcours scientifique à travers plusieurs aspects d'un problème de santé publique majeur en rapport avec la résistance bactérienne aux antibiotiques. Ce travail s'attaque à des problèmes fondamentaux concernant le transfert horizontal de l'élément SCC mec. De plus, il s'intéresse à des aspects plus généraux de cet élément génétique mobile qui pourraient se révéler très importants en terme de mouvement de gènes au sein des staphylocoques, voir d'autres bactéries gram-positives. Finalement ce travail de thèse met en place le fondamentaux requis pour des recherches futures visant à interférer avec le transfert horizontal de la résistance aux β-lactamines. - Staphylococcus aureus is a major human pathogen. Moreover, S. aureus have developed resistance to almost all available antibiotics, including the important family of β-lactam molecules. Intrinsic resistance to β-lactams is conferred by the Staphylococcal Cassette Chromosome mec (SCCmec), which is a mobile genomic island that inserts into the staphylococcal chromosome and can be horizontally transferred into other staphylococci. However, little is known about the molecular mechanisms involved in this horizontal transfer into naïve strains. One of the first steps in SCC mec horizontal transfer is its excision from the chromosome. Excision is mediated by recombinase enzymes that are encoded by SCC mec itself, and named accordingly Ccr recombinases - for Cassette Chromosome recombinases. One goal of this thesis was to understand the regulation these recombinase genes. By using original molecular tools we could demonstrate first that the Ccr recombinases were expressed in a "bistable" manner, i.e. in only few percentages of the bacterial cells at a given time, and second that they were regulated by determinants that were not encoded on the SCC mec element, but elsewhere on the staphylococcal genome. "Bistable" expression Ccr recombinases is an important concept. It allows SCC mec to be excised and thus available for horizontal transfer, while ensuring that only some cells, but not the whole population, loose their valuable SCC mec genes. Thus, while the SCC mec element expands with the multiplication of the MRSA colony, it can simultaneously be transmitted into methicillin-susceptible S. aureus (MSSA), which convert into new MRSA. Most interestingly, the fact that bistability was regulated by the cells, rather than by SCC mec, indicates that it was the choice of the bacteria to trigger or not SCC mec transfer. As a consequence, there must be, in nature, staphylococcal strains that are more or less prone to sustain SCC mec transfer. Following these seminal observations we found that excision was indeed tightly regulated during bacterial division, and occurred only during a limited period of time at the beginning of bacterial growth. This is compatible with cell-density mediated gene regulation, and may depend on the production of extracellular signal molecules that transmit appropriate orders to neighboring cells, such as in quorum sensing. The potential signal triggering SCCmec excision is as yet unknown. However, it could be critical in promoting the horizontal transfer of methicillin resistance, or for the possible development of means to interfere with it. Two additional hypothesis were logically investigated in the view of these first results. First, if some strains of MRSA might be more prone than others to promote SCC mec excision, then some strains of MS SA might be more or less prone to acquire the element as well. Second, to investigate these multiple mechanisms at an epidemiological level, one would need to develop tools amenable to explore S. aureus strains at a larger scale. Regarding the first issue, it was postulated by others that some MSSA might be refractory to SCC mec integration because they had peculiar DNA polymorphisms in the vicinity of the site-specific chromosomal entry point {attB) of SCC mec. By studying >40 S. aureus isolates from healthy carriers, we confirmed the polymorphism of the attB environment. Moreover, we could show that these polymorphic regions co-evolved with well-known phylogenic clonal clusters. Therefore, if SCCwec-refractory attB environments exist, then they would segregate in well- defined S. aureus clonal clusters that would be easy to identify at the epidemiological level. Regarding the second issue, we were able to construct a new excision reporter system in a low copy number S. aureus plasmid. The reporter system consists in a strong promoter driving a green fluorescent protein {gfp) gene, separated by an artificial SCC-like element carrying three transcriptional terminators. Thus, fluorescence is not expressed unless the SCC-like element is excised. The system has been successfully tested in several aureus and non- aureus staphylococci, and is now being applied to more strains and various excision- triggering or inhibiting conditions. Altogether the dissertation is a scientific journey through various aspects of a salient medical problem with regard to antibiotic resistance and public health threat. The research work tackles fundamental issues about the mechanisms of horizontal transfer of the SCC mec element. Moreover, it also addresses more general features of this mobile element, which could be of larger importance with regard to gene trafficking in staphylococci, and maybe other gram-positive bacteria. Finally, the dissertation sets the fundamentals for future work and possible new ways to interfere with the horizontal transfer of methicillin resistance.

Automatització d’una piscina de natació contínua contracorrent de 6 carrils

L’objecte d’aquest projecte és fer l’automatitazció d’una piscina de natació contínua contracorrent de 6 carrils. L’automatització haurà de controlar en tot moment l’estat de l’aigua de la piscina per mantenir-la en bones condicions. Això es durà a terme mitjançant el citcuit de recircuació i el circuit de dosificació. A part de tasques de mantenimen, l’automatització hautà de permètre que mitjançant unes pantalles tàctils els usuaris puguin controlar el corrent que surt per la bomba contracorrent i puguin crear els seus propis programes d’entrenamnent. La piscina serà d’obra, d’unes dimensions 15,4x4x2 que emplenarem d’aigua dolça calenta i la tractarem amb clor. Per poder mantenir la piscina i la seva aigua en bones condicions haurem de controlar certs paràmetres com el clor, el pH i la temperatura

Adaptively weighted maximum likelihood estimation of discrete distributions

SummaryDiscrete data arise in various research fields, typically when the observations are count data.I propose a robust and efficient parametric procedure for estimation of discrete distributions. The estimation is done in two phases. First, a very robust, but possibly inefficient, estimate of the model parameters is computed and used to indentify outliers. Then the outliers are either removed from the sample or given low weights, and a weighted maximum likelihood estimate (WML) is computed.The weights are determined via an adaptive process such that if the data follow the model, then asymptotically no observation is downweighted.I prove that the final estimator inherits the breakdown point of the initial one, and that its influence function at the model is the same as the influence function of the maximum likelihood estimator, which strongly suggests that it is asymptotically fully efficient.The initial estimator is a minimum disparity estimator (MDE). MDEs can be shown to have full asymptotic efficiency, and some MDEs have very high breakdown points and very low bias under contamination. Several initial estimators are considered, and the performances of the WMLs based on each of them are studied.It results that in a great variety of situations the WML substantially improves the initial estimator, both in terms of finite sample mean square error and in terms of bias under contamination. Besides, the performances of the WML are rather stable under a change of the MDE even if the MDEs have very different behaviors.Two examples of application of the WML to real data are considered. In both of them, the necessity for a robust estimator is clear: the maximum likelihood estimator is badly corrupted by the presence of a few outliers.This procedure is particularly natural in the discrete distribution setting, but could be extended to the continuous case, for which a possible procedure is sketched.RésuméLes données discrètes sont présentes dans différents domaines de recherche, en particulier lorsque les observations sont des comptages.Je propose une méthode paramétrique robuste et efficace pour l'estimation de distributions discrètes. L'estimation est faite en deux phases. Tout d'abord, un estimateur très robuste des paramètres du modèle est calculé, et utilisé pour la détection des données aberrantes (outliers). Cet estimateur n'est pas nécessairement efficace. Ensuite, soit les outliers sont retirés de l'échantillon, soit des faibles poids leur sont attribués, et un estimateur du maximum de vraisemblance pondéré (WML) est calculé.Les poids sont déterminés via un processus adaptif, tel qu'asymptotiquement, si les données suivent le modèle, aucune observation n'est dépondérée.Je prouve que le point de rupture de l'estimateur final est au moins aussi élevé que celui de l'estimateur initial, et que sa fonction d'influence au modèle est la même que celle du maximum de vraisemblance, ce qui suggère que cet estimateur est pleinement efficace asymptotiquement.L'estimateur initial est un estimateur de disparité minimale (MDE). Les MDE sont asymptotiquement pleinement efficaces, et certains d'entre eux ont un point de rupture très élevé et un très faible biais sous contamination. J'étudie les performances du WML basé sur différents MDEs.Le résultat est que dans une grande variété de situations le WML améliore largement les performances de l'estimateur initial, autant en terme du carré moyen de l'erreur que du biais sous contamination. De plus, les performances du WML restent assez stables lorsqu'on change l'estimateur initial, même si les différents MDEs ont des comportements très différents.Je considère deux exemples d'application du WML à des données réelles, où la nécessité d'un estimateur robuste est manifeste : l'estimateur du maximum de vraisemblance est fortement corrompu par la présence de quelques outliers.La méthode proposée est particulièrement naturelle dans le cadre des distributions discrètes, mais pourrait être étendue au cas continu.

Les élites omeyyades en Palmyrène : contribution à l'étude des aspects fonctionnels et économiques des établissements aristocratiques omeyyades du Bilād al-Shām

Cette thèse se présente en deux parties de nature et de propos différents. La première consiste en une présentation synthétique de l'ensemble des travaux archéologiques et études qui ont été menés par l'auteur entre 2002 et 2009 sur la Palmyrène à l'époque omeyyade (41-60 H/661-750 AD): à Palmyre même, à al-Bakhrā' (un établissement de transition entre Antiquité tardive et Islam), à Qaṣr al-Ḥayr al-Sharqī (une ville neuve) et sur plusieurs autres établissements aristocratiques ruraux. La seconde partie regroupe trois essais traitant des aspects formels et fonctionnels des établissements aristocratiques omeyyades du Bilād al-Shām, les fameux «châteaux du désert». Le premier s'attache à définir les différentes composantes des établissements et à proposer une forme de typologie. Leur rôle économique est analysé dans le second. Après une exploitation la plus exhaustive possible des données archéologiques, il est démontré que plus de la moitié d'entre eux avaient une composante dévolue à l'agriculture et que cette dernière était souvent importante. Une majorité des établissements aristocratiques omeyyades a donc eu un rôle économique et, en tant que propriétés foncières, ceux-ci ont été un moyen d'investissement et une source de revenu alternative pour les nouvelles élites islamiques. Ce rôle économique n'était toutefois pas toujours présent et ne permet pas d'expliquer l'émergence d'établissements aristocratiques un peu partout dans les zones steppiques du Bilād al-Shām. Le troisième essai fait donc le point de manière plus générale sur leurs fonctions multiples et montre que ce furent d'abord les lieux de résidence et de vie des nouvelles élites islamiques. Il met enfin l'accent sur leur fonction la plus importante, qui était politique et diplomatique et relevait d'une conception du pouvoir reposant sur la régionalisation et une forme de mobilité, ainsi que sur le poids pris par les grands groupes tribaux arabes.