Type II aromatic polyketide biosynthetic tailoring enzymes: diversity and adaptation in Streptomyces secondary metabolism.

Members of the bacterial genus Streptomyces are well known for their ability to produce an exceptionally wide selection of diverse secondary metabolites. These include natural bioactive chemical compounds which have potential applications in medicine, agriculture and other fields of commerce. The outstanding biosynthetic capacity derives from the characteristic genetic flexibility of Streptomyces secondary metabolism pathways: i) Clustering of the biosynthetic genes in chromosome regions redundant for vital primary functions, and ii) the presence of numerous genetic elements within these regions which facilitate DNA rearrangement and transfer between non-progeny species. Decades of intensive genetic research on the organization and function of the biosynthetic routes has led to a variety of molecular biology applications, which can be used to expand the diversity of compounds synthesized. These include techniques which, for example, allow modification and artificial construction of novel pathways, and enable gene-level detection of silent secondary metabolite clusters. Over the years the research has expanded to cover molecular-level analysis of the enzymes responsible for the individual catalytic reactions. In vitro studies of the enzymes provide a detailed insight into their catalytic functions, mechanisms, substrate specificities, interactions and stereochemical determinants. These are factors that are essential for the thorough understanding and rational design of novel biosynthetic routes. The current study is a part of a more extensive research project (Antibiotic Biosynthetic Enzymes; www.sci.utu.fi/projects/biokemia/abe), which focuses on the post-PKS tailoring enzymes involved in various type II aromatic polyketide biosynthetic pathways in Streptomyces bacteria. The initiative here was to investigate specific catalytic steps in anthracycline and angucycline biosynthesis through in vitro biochemical enzyme characterization and structural enzymology. The objectives were to elucidate detailed mechanisms and enzyme-level interactions which cannot be resolved by in vivo genetic studies alone. The first part of the experimental work concerns the homologous polyketide cyclases SnoaL and AknH. These catalyze the closure of the last carbon ring of the tetracyclic carbon frame common to all anthracycline-type compounds. The second part of the study primarily deals with tailoring enzymes PgaE (and its homolog CabE) and PgaM, which are responsible for a cascade of sequential modification reactions in angucycline biosynthesis. The results complemented earlier in vivo findings and confirmed the enzyme functions in vitro. Importantly, we were able to identify the amino acid -level determinants that influence AknH and SnoaL stereoselectivity and to determine the complex biosynthetic steps of the angucycline oxygenation cascade of PgaE and PgaM. In addition, the findings revealed interesting cases of enzyme-level adaptation, as some of the catalytic mechanisms did not coincide with those described for characterised homologs or enzymes of known function. Specifically, SnoaL and AknH were shown to employ a novel acid-base mechanism for aldol condenzation, whereas the hydroxylation reaction catalysed by PgaM involved unexpected oxygen chemistry. Owing to a gene-level fusion of two ancestral reading frames, PgaM was also shown to adopt an unusual quaternary sturucture, a non-covalent fusion complex of two alternative forms of the protein. Furthermore, the work highlighted some common themes encountered in polyketide biosynthetic pathways such as enzyme substrate specificity and intermediate reactivity. These are discussed in the final chapters of the work.

Edelläkävijöiden kumppanuus : Jyväskylän ja Tampereen ammattikorkeakoulujen konsortio

Osa 1, Edelläkävijöiden kumppanuus : Jyväskylän ja Tampereen ammattikorkeakoulujen konsortion strategia vuosille 2009-1012 / Markku Lahtinen, Kaisa Lahtinen, Riikka Ahmaniemi, Jussi Halttunen, Johanna Heikkilä, Tapio Huttula, Päivi Karttunen, Olli Mikkilä, Jorma Sipilä

Tuotekehityksen haasteet projektiliiketoiminnassa

Toimivan tuotekehityksen avulla organisaatio pystyy turvaamaan liiketoimintansa jatkumisen. Tuotekehitykseen liittyy usein suuri riski ja se vaatii runsaasti resursseja saavuttaakseen hyviä tuloksia. Tästä johtuen tuotekehityksen vaiheisiin kannattaa kiinnittää huomiota. Tuotekehityksen tarkastelu prosessina auttaa ohjaamaan resursseja järkevästi ja näkemään ajoissa tuoteidean/-projektin menestymispotentiaalin. Projektimuotoinen työskentely on yleistynyt kaikenlaisissa organisaatioissa. Projektien avulla organisaatio pystyy vastaamaan ympäristön nopeisiin muutoksiin. Tuotekehityskin on alettu yhä useammin organisoida projekteihin. Projektien hyödyntäminen aiheuttaa haasteita yrityksen organisoinnissa. Projektien asema ja merkitys organisaatioissa vaihtelee paljon. Hiljalleen ne kuitenkin yleistyvät ja organisaatiot oppivat hyödyntämään paremmin niitä toiminnassaan. Verkosto- ja moniprojektiympäristö sekä asiakasnäkökulma ovat tyypillisiä projektiliiketoimintaan liittyviä asioita. Toimintojen ulkoistaminen on johtanut monimutkaisten yritysverkostojen syntyyn. Projektien toteuttaminen on verkostoissa haasteellista. Verkostoissa kaikilla osapuolilla pitää olla yhteinen näkemys projektin tavoitteista. Kommunikointi on avainasemassa yhteisen tavoitteen saavuttamisessa verkostoympäristössä. Moniprojektiympäristöstä voidaan puhua, kun organisaatiossa on useita projekteja yhtä aikaa käynnissä. Näiden projektien muodostamasta kokonaisuudesta käytetään nimitystä projektisalkku. Tämän projektikokonaisuuden hallinta on haasteellista. Kolmas merkittävä piirre projektiliiketoiminnalle on asiakasnäkökulman huomioiminen projektin aikana. Tuotekehitysprojekteissa asiakas on tyypillisesti organisaation sisällä. Loppukäyttäjä on myös välillisesti tuotekehityksen asiakas. Projektin onnistumisen kannalta on oleellista tuntea asiakkaiden näkemykset. Kaikkien näiden kolmen projektiliiketoiminnalle ominaisten piirteiden vaikutukset voidaan havaita tuotekehitysprosessin vaiheissa. Osa näihin ominaispiirteisiin liittyvistä haasteista korostuu tietyssä prosessin vaiheissa, mutta toiset haasteista heijastuu prosessin läpi useissa vaiheissa.

Sudenmorsian : radio-ooppera 1940 [!]

Äänitetty: 1968, Yleisradio.

Symplektisen integroinnin soveltaminen satelliittien suhteellisten ratojen laskemiseen

Maapalloa kiertävien satelliittien liikkeet toistensa suhteen eli satelliittien suhteelliset radat ovat keskeisessä asemassa satelliittimuodostelmien kannalta. Suhteellisten ratojen ratkaiseminen maapallon potentiaalikentässä on haastava ongelma, johon on kehitetty useita eri lähestymistapoja alkaen Hillin tekemästä matemaattisesta pohjatyöstä vuonna 1878. Eri lähestymistavat voidaan jakaa analyyttisiin ja numeerisiin menetelmiin. Analyyttisissa menetelmissä suhteellisen liikkeen liikeyhtälöt ratkaistaan approksimaatioiden avulla ja saadusta ratkaisuista voidaan suoraan lukea suhteellisen radan kehitys jonkin sopivan ajanluonteisen parametrin funktiona. Numeerisissa menetelmissä ratkaistaan liikeyhtälöt numeerisesti eli sovelletaan ratojen numeerista integrointia. Eräs moderni numeerinen menetelmä on soveltaa symplektisiä integrointimenetelmiä suhteellisen radan ratkaisemiseen. Tämän työn ensimmäisessä osassa kehitetään symplektisten integrointimenetelmien tarvitsema matemaattinen teoria lähtien differentiaaligeometrian alkeista. Teorian sovelluksena saadaan Zassenhausin kaavan avulla johdettua symplektisten leapfrog"-menetelmien lähtökohta. Työn toisessa osassa keskitytään suhteellisten satelliittiratojen ongelmaan. Ensin käsitellään yksittäisen satelliitin liikettä ja suhteellisten ratojen esittämisessä käytetyt koordinaatistot. Sen jälkeen esitellään analyyttiset Hillin--Clohessyn--Wiltshiren, Tschaunerin--Hempelin ja Halsallin--Palmerin suhteelliset ratalaskumenetelmät. Numeerisista menetelmistä tutkitaan S.~Mikkolan kehittämää logaritmisen Hamiltonin funktion menetelmää. Työssä kehitetään algoritmi menetelmän soveltamiseen suhteellisiin ratalaskuihin. Kehitettyä menetelmää verrataan analyyttisiin menetelmiin ja tarkkaan ellipsiratojen erotuksena saatuun suhteelliseen rataan. Vertailun tuloksena havaitaan logaritmisen Hamiltonin funktion menetelmä kehityskelpoiseksi ja huomattavasti analyyttisiä menetelmiä tarkemmaksi.

Yritysjärjestelyiden vaikutus lyhyen aikavälin osaketuottoihin ja pitkän aikavälin kannattavuuteen Suomen markkinoilla

Tutkimuksen tavoitteena on selvittää yritysjärjestelyiden vaikutuksia Suomen markkinoilla, sekä tutkia onko yritysjärjestelyiden eroavaisuuksilla vaikutusta menestymiseen. Yritysjärjestelyt ryhmitellään maksutavan, koon, kansainvälisyyden ja markkina-arvo/kirja-arvon perusteella. Tutkimuksen aineisto koostuu 31 yritysjärjestelystä, joissa ainakin toinen osapuoli on ilmoitushetkellä ollut listattuna Helsingin pörssiin. Tutkimukseen valitut yritysjärjestelyt ovat tapahtuneet vuosien 1999-2007 välillä. Tutkimus suoritetaan kahdella eri menetelmällä: markkinaperusteisia tuottoja ja yritysten taloudellista informaatiota analysoimalla. Markkinaperusteisia tuottoja tutkitaan epänormaaleiden tuottojen avulla. Taloudelliseen informaatioon perustuvaa kannattavuutta tutkitaan kassavirran ja operatiivisen tuloksen avulla, jotka suhteutetaan yritysten markkina-arvoon ja liikevaihtoon. Empiiristen tulosten mukaan yritysjärjestelyt tuottavat ostettavan yrityksen osakkeenomistajille epänormaaleita tuottoja ja ostavan yrityksen osakkeenomistajille nollatuottoja. Tulokset ovat samankaltaisia kuin kansainvälisellä aineistolla aiemmin saadut. Taloudelliseen informaatioon perustuvat tulokset ovat ristiriitaisia mutta niistä on havaittavissa heikohko menestyminen yhdistymisen jälkeen.

Jousikvartetto

Digitoitu 5. 9. 2007.

Kaarle Kuninkaan metsästys

Digitoitu 29. 12. 2008

De usu artium dicendi

Arkit: A4 B2.

De elementorum natura in genere

Arkit: 1 arkintunnukseton lehti, A4 B1.

De mansvetudine & virtutibus homileticis

Numerot 12862-67 ilmestyneet kirjana: Philosophia moralis sive Ethica, ex optimis quibusq[ue] philosophis per praecepta commentaria & quaestiones succint [et] dilucid tradita [et] ventilata in Acad. Aboensi, authore & praeside m. Axelio Kempe Acad. bibliothecario. Addita est ad calcem appedicis loco hexilogia codem authore. Aboae, impressâ â Petro Hansonio Acad. typogr. Anno 1656

De cultu Dei externo natura demonstrato

Invocatio: D.D.

Sapiens Stoicorum

Invocatio: I.N.J.

Método para determinação de carboidratos empregado na triagem de adulterações em café

The objective in this work was to validate a chromatography method for the determination of total carbohydrates in soluble coffee, using a HPLC-UV-VIS with postcolumn derivatization system, in order to verify adulterant additions. The validated method was accurate and robust. Adulteration could be observed by increasing xylose and glucose levels in samples with addition of coffee husks and starchy products while decreasing of galactose and mannose characteristic carbohydrates presenting in high concentration in soluble coffees produced by arabica and robusta coffee beans.