Abordagem multivariada na análise de diversidade genética em cruzamentos para alto teor de óleo em soja

The soybean crop is considered a high expression around the world. In plant breeding programs, knowledge of genetic diversity is extremely important and in this context, are frequently used multivariate analyzes. Thus, the aim of the present study was to evaluate the genetic divergence between soybean crosses through multivariate techniques. In total, 16 crosses were evaluated, which were in the F2 generation of inbreeding. The evaluated characteristics were plant height at maturity, height of the first pod, number of branches per plant, number of pods per plant, number of nodes per plant, hundred seed weight, grain yield and oil content. For the analyzes was used Euclidean distance, methods of hierarchical clustering UPGMA and Ward and principal component analysis. Genetic distances estimated using Euclidean distance ranged from 1.24 to 8.13, with the smallest distance observed between crosses C1 and C4, and the greatest distance between the C2 crosses and C6. The methods UPGMA clustering and Ward met crossings in five different groups. The principal component analysis explained 86.2% of the variance contained in the original eight variables with three main components. The APM characters, NV, NR, NN, PG% and oil were the main contributors to genetic divergence among traits. Multivariate techniques were crucial to the analysis of genetic diversity, and the methods of Ward and UPGMA clustering and principal components have consistent results in this way, the simultaneous use of these tools in genetic analysis of crosses is indicated

Análise de polimorfismos da região controle do DNA mitocondrial em indivíduos residentes na região da grande São Paulo para utilização na identificação humana

A identificação humana através da análise de DNA utiliza o perfil genético de um indivíduo baseado na combinação de diversos marcadores que são herdados de seus progenitores. Esses marcadores são geralmente diferenças nas sequências de DNA nuclear entre os indivíduos (polimorfismos). Em alguns casos, entretanto, a análise do DNA nuclear não pode ser aplicada, isso ocorre quando o DNA da amostra apresenta-se degradado ou em casos onde o material biológico não apresenta o DNA nuclear. Nestes casos, a análise do DNA mitocondrial (DNA mt) é o método de escolha (PANETO, 2010). O objetivo deste trabalho foi estudar os polimorfismos presentes na região controle do DNA mt em 60 indivíduos, residentes na região da Grande São Paulo, para utilização na identificação humana. A extração de sangue foi realizada utilizando o FTA Reagente e a região controle do DNA mt foi amplificada por PCR e sequenciada em ambas as fitas utilizando o BigDye v.3.1. Posteriormente, as amostras foram submetidas à eletroforese capilar em sequenciador ABI 3500. As amostras foram analisadas estatisticamente e classificadas em haplogrupos. De um total de 57 amostras com seqüenciamento de qualidade, 56 haplótipos diferentes foram encontrados quando analisamos toda a região hipervariável do DNA mt. E a análise da região HV3 associada às outras regiões hipervariáveis aumentou o poder discriminatório entre os indivíduos Assim, pretende-se utilizar os resultados do projeto no auxílio da elucidação de casos forenses pela polícia científica

Polimorfismo do gene IL6 candidato à predisposição à rotura prematura de membranas pré-termo e ao trabalho de parto pré-termo

Introduction: Preterm Labor (PTL) and Preterm Premature Rupture of Membranes (PPROM) cause severe complications for both mother and fetus. Among the risk factors associated with preterm labor and PPROM, genetic predisposition has been gaining importance. However, the association between polymorphic genes and the pathogenesis of PTL and PPROM remains elusive. A better understanding of the genetic mechanisms underlying these adverse pregnancy outcomes may enable the identification of high risk patients and allow new approaches to minimize the deleterious effects of prematurity. Aim: To determine the association between maternal IL-6 polymorphism gene and the occurrence of PTL and PPROM. Patients and Methods: The study included 109 patients with prior history of PL and/or PPROM that delivered prematurely at the Obstetrical Unit Care of Botucatu Medical School, UNESP between 2003 and 2012. The control group consisted of 68 patients that delivered at term, matched to the case group by age, ethnicity, and sex of the newborn. Oral swabs (Cath-AllTM – Epicentre Biotechnologies) were collected for analysis of genetic polymorphisms by PCR. Statistical tests were performed to compare genotype, clinical and socio-demographic data from the groups. A p-value of <0.05 was considered significant. Results: The sociodemographic characteristics in both groups were homogeneously distributed. The frequency of the polymorphic allele C, associated with less production of IL-6, and therefore thought to be protective against PTL and PPROM, was 32,5% in the study group and 30,9% in the control group, without statistically significant differences. Conclusion: Considering the sample size included in this study, the frequency of the mutated allele is similar in pregnant women who delivered at term and gestational complications as PTL and PPROM

Investigação dos genes CNR1 e AKT1 como possíveis fatores de risco/proteção para a esquizofrenia

A fisiopatologia da esquizofrenia parece envolver uma complexa interação entre vulnerabilidades genéticas e fatores de risco ambientais. O uso de Cannabis tem sido apontado como um destes fatores, que contribui para o surgimento de sintomas psicóticos em indivíduos predispostos e piora o curso da doença pré-estabelecida. O sistema endocanabinóide está envolvido neste processo, podendo apresentar possíveis implicações na manifestação de sintomas. O presente trabalho teve como objetivo geral verificar se variantes dos genes CNR1 (codificador do receptor endocanabinóide tipo 1) e AKT1 (codificador de proteína serina-treonina quinase), individualmente ou interativamente, e o uso de Cannabis podem ser fatores de risco para a esquizofrenia e para a refratariedade ao tratamento com antipsicóticos. Foram estudados 202 pacientes portadores de esquizofrenia e 277 indivíduos saudáveis. Os polimorfismos rs1049353 (G/A) e rs806380 (A/G) do gene CNR1 e os rs2494732 (C/T) e rs1130233 (A/G) do gene AKT1 foram genotipados por meio da técnica de PCR (polymerase chain reaction) em tempo real com sistema de detecção Taqman®. Tais polimorfismos foram correlacionados ao diagnóstico de esquizofrenia e a outras variáveis, tal como o uso de Cannabis, resposta ao tratamento e subtipos da doença. Também foi realizada análise de estratificação populacional a partir de marcadores genéticos escolhidos para a população brasileira a fim de correção estatística de fatores confundidores relacionados a diferenças étnicas. Foi visto uma influência positiva da idade de acometimento em pacientes refratários quando comparados com os pacientes respondedores (p = 0,006), confirmando os dados da literatura que sugerem uma idade de acometimento mais precoce da doença em portadores de esquizofrenia refratária. A interação dos genótipos AA do polimorfismo rs806380...(Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo)

Investigação sobre a construção das noções espaço-geométricas por alunos da educação infantil

This research aims to understand how students of Early Childhood Education (considering the range of 2-3 years) build the space - geometric notions from the interaction established with the school routine. The venue was a municipal school Miners Tietê, within the State of São Paulo. The interest in this research took place from two reasons: the first because of course taken “Mathematics in Early Childhood Education” and the second stemmed from my professional work in a school for early childhood education. This research is initially composed by bibliographic studies concerning the topic and was grounded in a qualitative interpretive approach, aiming to investigate the psychological process of building space - geometric notions in children. The procedures used in the initial research to collect data were interviews using the method of clinical type and Piagetian tests. Thus allows us to understand the construction of the geometric space by children in their topological, projective and Euclidean relations

Clonagem, expressão e purificação de três mutantes truncados da proteína LaRPA-1 de Leishmania amazonensis

A leishmaniose é uma doença que atinge milhões de pessoas no mundo e, de acordo com a FUNASA, está se espalhando por todas as regiões do Brasil. O tratamento desta zoonose é ineficaz, pois os fármacos utilizados apresentam muitos efeitos colaterais e colaboram com o aparecimento de parasitas e vetores resistentes. Portanto um maior conhecimento sobre a biologia molecular destes protozoários poderá facilitar o descobrimento de novas terapias e desenvolvimento de drogas antiparasitárias. O complexo telomérico é formado pela interação de DNA com proteínas, sendo que estas últimas podem também interagir entre si. A proteína RPA de eucariotos compreende um complexo trimérico subdividido em três subunidades. Este cumpre independentemente ou juntamente com outras proteínas diversas funções vitais para a célula, entre elas, auxiliar na manutenção dos telômeros e ajudar a recrutar a telomerase. Além disso, ela parece ser um dos principais componentes do complexo de proteínas que interagem com o terminal simples fita telomérico de protozoários tripanosomatídeos. Curiosamente, em Leishmania spp., as subunidades 2 e 3, ao contrário da subunidade 1 da RPA, não fazem parte do complexo telomérico. Portanto a LaRPA-1 pode apresentar comportamentos peculiares quando comparada a RPA dos outros eucariotos, e se tornar um importante alvo ao se estudar a biologia molecular do parasita. Este trabalho tem como objetivo clonar, expressar e purificar os três diferentes mutantes truncados da proteína LaRPA-1 para, futuramente, utilizar-se estas proteínas recombinantes como ligantes em ensaios de interação proteína:proteína, visando mapear possíveis sítios ou domínios na proteína LaRPA-1.O gene que codifica LaRPA-1 já encontrava-se clonado e sequenciado no laboratório de Telômeros da UNESP de Botucatu....(Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo)

Análise da expressão gênica de pequenos RNAs derivados de tRNAs (tRFs) em plantas

Small non coding RNAs emerged as important characters in several biology aspects. Among then, the most studied are microRNAs (miRNAs) and short interfering RNAs (siRNAs), that regulate their target gene post-transcriptionally in plants, animals and RNAi pathway intermediates, respectively. Both of classes have similar biogenesis being processed by Dicer enzymes and subsequent association with Argonaute enzymes. In plants, miRNAs and siRNAs have important functions in development, genome integrity and biotic and abiotic stress responses. The advances in high-throughtput sequencing and in silico analisys provide the uncover of new small non coding RNAs classes, many of them with unknown functions and biogenesis. tRNA derived small RNAs (tRFs) are a small non coding RNA class, that have as precursor a tRNA molecule. These were uncovers in the last decade in many organisms and, recently, in plants. Recent works detected tRFs from different sizes, with different source portions of the mature tRNA molecule (5’ end; 3’ end, anti-codon loop) and some from the tRNA precursor (pre-tRNA), suggesting that may be a novel class of small RNA and not random degradation products. Works in humans showed that some tRFs are processed by the Dicer enzymes, have association with the Argonaute enzymes and cell differentiation, tumor appearance and gene silencing related functions. Works in Arabidopsis and pumpkin (Cucurbita maxima) showed, respectively, that the tRFs have nutritional stress response possible functions and long distance signaling function between source and drain tissues, and may affect the translation. The tRFs biogenesis in plants are, until now an unknown, absence information about it in the literature and its possible biological functions are few studied yet, making then interesting target for studies among the small non coding RNAs in plants

Filogeografia e estrutura populacional de Astyanax paranae (Pisces: Characidae) na Bacia do rio Paranapanema

Atualmente, crescentes esforços vêm sendo desenvolvidos no sentido de se caracterizar a ictiofauna Neotropical de riachos do ponto de vista taxonômico e sistemático, porém a estrutura genética destas populações ainda é pouco conhecida, sendo escassos os estudos sobre filogeografia dessa ictiofauna. Considerando que Astyanax paranae representa a única espécie do complexo scabripinnis na bacia do Alto rio Paraná, a ausência de dados moleculares populacionais e as evidências citogenéticas e morfológicas de que esta espécie não represente uma unidade monofilética, faz-se necessário um amplo estudo filogeográfico e filogenético em Astyanax paranae. O presente projeto teve como objetivo caracterizar a variabilidade genética em populações de Astyanax paranae e estabelecer as relações filogenéticas filogeográficas entre as linhagens mitocondriais na bacia do rio Paranapanema. As análises foram realizadas através da análise de sequências do DNA mitocondrial a partir do gene Citocromo B (cyt b) que foram completamente seqüenciados. Foram analisadas 8 populações de Astyanax paranae: 2 populações da bacia do rio Pardo, 1 Córrego Hortelã, 2 Véu de Noiva, Botucatu/SP; 4 populações da bacia do rio Tibagi, 1 população Maria da Serra/PR; 1 Ponta Grossa/PR, 1 Cambé/PR, 1 Castrolanda/PR; 1 população do rio Itapetiniga, rio Itapetininga, Itapetiniga/SP.; o número de indivíduos por população variou de 1 a 5. Como grupo externo foram analisados 1 população de Astyanax altiparanae com 3 indivíduos (Véu de Noiva pt2, Botucatu/SP); 1 população de Astyanax fasciatus com 5 indivíduos (região de Itapetiniga/SP) e 1 população de Astyanax bockmanni com 2 indivíduos (Véu de Noiva pt2, Botucatu/SP); num total de 39 indivíduos. Entre as...(Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo)

Caracterização molecular de um promotor raiz-específico de eucalipto

A produção de eucalipto no Brasil, impulsionada pelo avanço na tecnologia florestal, tem alcançado índices satisfatórios a nível mundial nos últimos anos. No entanto, apesar de todo o desenvolvimento já obtido, a realização de novas pesquisas que tenham como objetivo aumentar a produtividade do eucalipto com áreas cultivadas reduzidas é muito relevante. A associação do melhoramento genético convencional com técnicas modernas de cunho biotecnológico é imprescindível para que tal benefício seja alcançado. Dentre as ferramentas moleculares necessárias para que tais objetivos sejam atingidos, a identificação e caracterização de promotores órgão-específico representa uma prioridade. Nesse contexto, um EST de eucalipto com expressão específica em raiz foi identificado pelo nosso grupo junto ao banco de dados do projeto FORESTs. A região promotora correspondente foi então amplificada usando a técnica de genome walking. A fim de dar continuidade ao processo de caracterização funcional deste promotor, no presente estudo o fragmento amplificado foi sequenciado, um cassete de expressão contendo o referido promotor foi construído, e plantas transgênicas de tabaco contendo tal cassete foram obtidas visando futuras análises funcionais

Dynamic behavior, stochasticity and enviromental heterogeneity in Tribolium castaneum

In this study we analyzed the influence of demographic parameters on the population dynamics of Tribolium castaneum, combining empiricism and population theory to analyze the different effects of environmental heterogeneity, by employing Ricker models, designed to study a two-patch system taking into account deterministic and stochastic analysis. Results were expressed by bifurcation diagrams and stochastic simulations. Dynamic equilibrium was widely investigated with results suggesting specific parametric spaces in response to environmental heterogeneity and migration. Population equilibrium patterns, synchrony and persistence in T. castaneum were discussed

Avaliação dos efeitos do alho (Allium sativum L.) sobre o colesterol plasmático em coelhos com hipercolesterolemia induzida

The use of plants in treatments of diseases or even in the cure of them is a high difused popular tradition, and several works talk about the therapeutic and pharmacological properties of garlic in the reduction of hyperlipidaemias. The objective of the present work was to investigate the influence of garlic (Allium sativum) aqueous extract treatment on the serum cholesterol of rabbits in experimental hypercholesterolemia. The animals were divided in G1 (control group) and G2 (group with garlic treatment). The experiment was developed in 3 phases: during the 1st phase, all the animals received regular diet for evaluation of basal cholesterol; in the 2nd phase all the animals received supplemented diet until the end of the experiment, in order to develop hypercholesterolemia and in the 3rd phase, the animals of G2 received the garlic treatment. The cholesterol registered on the 1st phase was 39,94 ± 9,57mg/dL. On the 2nd phase, there was an increase on the serum cholesterol level in both groups – higher than 100mg/dL. Concerning the treatment, garlic didn’t reduce the serum cholesterol in rabbits

Caracterização e validação de marcadores microssatélites para golfinhos-rotadores (Stenella longirostris)

A utilização de marcadores microssatélites tem auxiliado os programas de conservação, colaborando na definição de estratégias para proteção e manejo de populações de animais silvestres.Alguns microssatélites já foram desenvolvidos para algumas espécies de cetáceos, inclusive para os golfinhos-rotadores (Stenella longisrostris), aos quais recentemente foram publicados oito microssatélites espécie-específicos. A identificação e caracterização de novos SSR se faz necessário para ampliação das possibilidades de uso desses marcadores em estudos da Biologia e conservação dos golfinhos-rotadores. Deste modo, o presente projeto teve como objetivo dar continuidade a um trabalho de desenvolvimento de microssatélites para S. Longirostris iniciado no Departamento de Genética dessa Universidade, realizando a caracterização e validação de seis primers de microssatélites confeccionados para a espécie. O material tecido epidérmico de golfinhos-rotadores foi coletado no Arquipélago de Fernando de Noronha pelo método de raspagem da pele. A extração do DNA das amostras foi realizada com o uso da resina Chelex. Os primers de microssatélite foram avaliados em reação de PCR (Polymerase Chain Reaction) e validados na população natural. Dos seis primers avaliados quatro não apresentaram amplificação de produtos específicos (Slo5, Slo6, Slo7 e Slo12) e dois amplificaram bandas com tamanhos esperados (Slo8 e Slo10). O primer Slo10 foi monomórfico e o Slo8 apresentou-se polimórfico em gel de acrilamida. E, desta forma, os primers de microssatélites caracterizados neste trabalho contribuirão para a melhor compreensão da biologia da espécie, bem como no planejamento e monitoramento da população de Stenella longirostris

Polimorfismo genético-molecular de diferentes populações de cateto (Mammalia – Dicotylidae – Tayassu tajacu), Brasil

O estudo de populações naturais é imprescindível para compreendermos melhor a sua dinâmica, importância no ecossistema, necessidade de recursos, nível de preservação das espécies, entre outras. O cateto (Tayassu tajacu), apesar de possuir ampla distribuição geográfica e ocupar diversos tipos de habitats, pode sofrer alterações no equilíbrio de suas populações devido às grandes pressões sofridas pela caça e alterações ambientais. Vale lembrar que o sucesso reprodutivo de muitas espécies vegetais está ligado à disseminação de frutos e sementes realizada pelo cateto. Considerando a necessidade de preservação das espécies silvestres, a aplicação de metodologias moleculares é uma das formas de sabermos como se encontra a diversidade genética dessas populações e, a partir daí, criarmos medidas para trabalhos conservacionistas. Nesse sentido, o objetivo deste trabalho foi identificar o nível de polimorfismo genético-molecular entre diferentes populações de Tayassu tajacu no Brasil, demonstrando como essas populações, sujeitas a tantas interferências, encontram-se na natureza. Foram analisadas amostras de 17 indivíduos referentes a oito localidades do Brasil (Cascavel - PR, Foz do Iguaçu - PR, Cuiabá - MT, Ariquemes - RO, Rio Branco - AC, Manaus - AM, Belém - PA, e Carajás - PR). O polimorfismo foi identificado com marcadores de RAPD. Foram testados 38 primers, sendo que desses apenas nove forneceram as 30 marcas polimórficas para o estudo. Foi possível notar que a maioria dos indivíduos da mesma população ou de populações próximas não são os mais semelhantes entre si. Indivíduos de localidade distantes, como os de Foz de Iguaçu (PR) e Manaus (AM) mostraram-se mais semelhantes entre si do que com os animais das suas próprias populações. A variabilidade entre os indivíduos...(Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo)

Variabilidade e diversidade genética de populações de Ocotea notata (Nees & Mart.) Mez (Lauraceae)

O presente trabalho analisou os parâmetros genéticos populacionais de variabilidade e diversidade genética de diferentes populações de Ocotea notata (Nees & Mart.) Mez, através de marcadores de DNA do tipo ISSR (Inter Single Sequence Repeats). Para tanto, foram amostrados 243 indivíduos de 12 populações selecionadas na Bahia e Espírito Santo, que ocorrem em campos rupestres e vegetações de restinga, a saber, morfotipos de Ocotea glaucina (Meisn.) Mez: Morro do Chapéu: populações do Tabuleiro dos Guaribas, Ferro Doido, Cria Bode e Lajes; Umburanas; Jacobina; Lençóis: população da Serra das Paridas, e os morfotipos de O. notata, Esplanada: população de Baixios; Salvador: população das Dunas do Abaeté, Alcobaça, Mucuri, e Vila Velha, ES: população de Jacarenema. O DNA total já se encontrava extraído e quantificado em gel de agarose. Foram testados 20 primers de ISSR (University of British Columbia), dos quais quatro apresentaram resultados adequados para as análises, a saber: Manny, Mao, John e UBC 844. A otimização dos protocolos de reações de PCR foi feita no Laboratório de Evolução Molecular, da UNESP de Rio Claro, com a execução das reações de PCR para cada um dos primers, para cada população, e subsequentemente foram feitas as análises dos resultados sob o arcabouço teóricometodológico da genética de populações. A Análise de Variância Molecular (AMOVA) indicou que 23% da variabilidade ocorre entre populações dentro de regiões e 76% entre indivíduos dentro de populações, com variação significativa de 1% ocorrendo entre regiões (populações de Restinga vs. Campos Rupestres)

Estimativa da diversidade genética de Queixadas (Tayassu pecari) da região do Taboco (Corguinho, MS)

The Brazilian fauna has been constantly threatened by deforestation and forest fragmentation. As a result, many populations become isolated and small which negatively impacts their genetic diversity, putting them at a higher risk of extinction than large and stable populations. The aim of this work was to estimate the genetic diversity of white-lipped peccaries (Tayassu pecari) in the region of Taboco (Corguinho, MS), a fragmented area; and to compare these estimates with that obtained previously for two populations from Brazilian Pantanal, which is considered a relatively well-preserved biome and where the species is not threatened. A total of 18 blood and 72 hair samples of white-lipped peccaries had their DNA extracted and amplified for five polymorphic microsatellite loci. With the individuals identified, genetic diversity indicators (such as number of alleles, allelic richness, expected end and observed) and the inbreeding coefficient FIS were calculated. In addition, to verify if the population suffered a recent population bottleneck, we used the tests implemented in the program Bottleneck. The population of Taboco showed no evidence of recent population bottleneck (p > 0.05) or inbreeding (FIS = 0.008; p > 0.022). In addition, the levels of genetic diversity in this population (mean number of alleles = 2.60; mean allelic richness = 2.56 mean observed and expected heterozygosities = 0.45 and 0.47, respectively) were statistically similar to those found previously for the two populations from Pantanal (p > 0,05); although the region of Taboco is more impacted than the Pantanal. Even though we showed no evidence of loss of genetic diversity, it does not mean that the population is not suffering with fragmentation; but that there was not sufficient time to evidence the genetic changes. In addition, may be occurring gene flow with populations of nearby fragments, which is maintaining... (Complete abstract click electronic access below)