Prediction of individual genetic risk to prostate cancer using a polygenic score

BACKGROUND Polygenic risk scores comprising established susceptibility variants have shown to be informative classifiers for several complex diseases including prostate cancer. For prostate cancer it is unknown if inclusion of genetic markers that have so far not been associated with prostate cancer risk at a genome-wide significant level will improve disease prediction. METHODS We built polygenic risk scores in a large training set comprising over 25,000 individuals. Initially 65 established prostate cancer susceptibility variants were selected. After LD pruning additional variants were prioritized based on their association with prostate cancer. Six-fold cross validation was performed to assess genetic risk scores and optimize the number of additional variants to be included. The final model was evaluated in an independent study population including 1,370 cases and 1,239 controls. RESULTS The polygenic risk score with 65 established susceptibility variants provided an area under the curve (AUC) of 0.67. Adding an additional 68 novel variants significantly increased the AUC to 0.68 (P = 0.0012) and the net reclassification index with 0.21 (P = 8.5E-08). All novel variants were located in genomic regions established as associated with prostate cancer risk. CONCLUSIONS Inclusion of additional genetic variants from established prostate cancer susceptibility regions improves disease prediction. Prostate 75:1467–1474, 2015. © 2015 Wiley Periodicals, Inc.

The effects of height and BMI on prostate cancer incidence and mortality: A Mendelian randomization study in 20,848 cases and 20,214 controls from the PRACTICAL consortium

Background Epidemiological studies suggest a potential role for obesity and determinants of adult stature in prostate cancer risk and mortality, but the relationships described in the literature are complex. To address uncertainty over the causal nature of previous observational findings, we investigated associations of height- and adiposity-related genetic variants with prostate cancer risk and mortality. Methods We conducted a case–control study based on 20,848 prostate cancers and 20,214 controls of European ancestry from 22 studies in the PRACTICAL consortium. We constructed genetic risk scores that summed each man’s number of height and BMI increasing alleles across multiple single nucleotide polymorphisms robustly associated with each phenotype from published genome-wide association studies. Results The genetic risk scores explained 6.31 and 1.46 % of the variability in height and BMI, respectively. There was only weak evidence that genetic variants previously associated with increased BMI were associated with a lower prostate cancer risk (odds ratio per standard deviation increase in BMI genetic score 0.98; 95 % CI 0.96, 1.00; p = 0.07). Genetic variants associated with increased height were not associated with prostate cancer incidence (OR 0.99; 95 % CI 0.97, 1.01; p = 0.23), but were associated with an increase (OR 1.13; 95 % CI 1.08, 1.20) in prostate cancer mortality among low-grade disease (p heterogeneity, low vs. high grade <0.001). Genetic variants associated with increased BMI were associated with an increase (OR 1.08; 95 % CI 1.03, 1.14) in all-cause mortality among men with low-grade disease (p heterogeneity = 0.03). Conclusions We found little evidence of a substantial effect of genetically elevated height or BMI on prostate cancer risk, suggesting that previously reported observational associations may reflect common environmental determinants of height or BMI and prostate cancer risk. Genetically elevated height and BMI were associated with increased mortality (prostate cancer-specific and all-cause, respectively) in men with low-grade disease, a potentially informative but novel finding that requires replication.

Letras, 1984, nº 10 (número completo)

Contenido: Los modos de producción y “reproducción” del texto literario y la noción de apertura / Diego Catalán – La poesía de Santiago Sylvester: entre la protección y el desamparo / Alicia Chibán – Cultura y espiritualidad: San Juan de Dios / María Rosa Saurín de la Iglesia – Sobre algunos problemas en el estudio del romancero español / Daniel Devoto – La música en Hermann Hesse y Thomas Mann / Dolores de Durañona y Vedia – En busca de Orélie Antoine Primero / Luis Martínez Cuitiño – Aproximaciones a Benito Lynch y su obra / María Luisa Montero – El suicidio de Melibea: ¿Voluntad personal o influencia mágica? / Iván Marco Pelicaric – Notas sobre la titulación de capítulos en Galdós / Beatriz Entenza de Solare – Reseñas bibliográficas

Arboles de sombra e intensidad del cultivo afectan el rendimiento de café (Coffea arabica L.) y la valoración ecológica en Masatepe, Nicaragua

En el año 2000 se establecieron dos repeticiones de un ensayo de café, en el Centro de Capacitación y Servicios Regionales del Café del Pacífico Sur – UNICAFE; una tercera repetición fue establecida en el año 2001 en el Centro Experimental Campos Azules (CECA) del INTA, en el Municipio de Masatepe, departamento de Masaya, Nicaragua. El propósito general del ensayo fue evaluar la influencia de diferentes tipos de sombra: Simaruba glauca + Tabebuia rosea (SGTR), Simaruba glauca + Inga laurina (SGIL), Samanea Saman + Tabebuia Rosea (SSTR), Inga laurina + Samanea saman (ILSG) y un cafetal a Pleno sol (PS), con dos niveles de insumo Convencional intensivo (CI) y Convencional moderado (CM), sobre la producción y rendimiento de café oro y la valoraron de los servicios ambientales como Biodiversidad, Captura de carbono, Conservación de suelo y de agua. Además, se incluyeron los tratamientos orgánico intensivo (OI) y Orgánico moderado (OM). Se determinó que la sombra afectó la producción de café oro, pero mejoró el rendimiento en comparación al cultivo a pleno sol. La combinación de sombra de SGTR interactuando con las aplicaciones de insumos orgánicos intensivos, registró mejor producción promedio (2674 kg oro ha -1 ) de la cosecha 5, superando al tratamiento a pleno sol con uso de insumos convencionales intensivo. Cafetales bajo especies arbóreas y nivel de sombra adecuada con un manejo orgánico intensivo pueden llegar a la misma producción que el cultivo a pleno sol con un tratamiento intensivo convencional. Adicional a esto, los sistemas con sombra mejoran la calidad y las condiciones ecológicas, también agregan valor por la madera, leña y frutos producidos y/o el pago por los servicios ambientales. El tratamiento SGTR brindó las mejores condiciones de hábitat y conservación de suelo, sin embargo, respecto a la fijación de carbono la combinación SSIL fue superior (24.41 SGTR vs 92.64 SSIL). Futuras investigaciones deberán evaluar más detalles sobre el efecto, uso y valor ecológico de especies de sombra y su influencia particular en la calidad en taza a diversas altitudes.

Manual: Diagnóstico, monitoreo y auditoria de las buenas prácticas agricolas en cafetales a través del sistema de semáforo

La Universidad Nacional Agraria (UNA), institución de educación superior, autónoma, que promueve el desarrollo y fortalecimiento de la sociedad nicaragüense, que forma profesionales en el campo agropecuario y forestal y genera conocimientos científicos, pone en manos de la sociedad nicaragüense el manual Diagnostico, Monitoreo y Auditoria de Buenas Prácticas Agrícolas en Cafetales a través del Sistema de Semáforo, que posee información práctica y perentoria para una gerencia del sistema agroforestal café con ética, y con responsabilidad social, ambiental, empresarial y profesional. La información que se presentan en el manual es fruto de la experiencia desarrollada por décadas de los connotados especialistas y académicos insignes Hermann Alfred Jürgen Pohlan, de origen alemán y profesor honorario de nuestra institución; y Dennis José Salazar Centeno, nicaragüense y actual Decano de la Facultad de Agronomía de esta alma mater. El objetivo de la serie GUÍAS TÉCNICAS es apoyar a productores, técnicos y estudiantes en la toma de decisiones sobre la producción de los cultivos, la producción forestal, el manejo pecuario y los procesos agroindustriales que den mayor competitividad al sector agropecuario y forestal. De igual forma, contribuir al manejo integral de las fincas, desde una perspectiva agro ecológica. La publicación de las GUÍAS TÉCNICAS, se constituye en una de las estrategias con que cuenta la UNA para la difusión de su quehacer universitario. Estas se unen al Centro Nacional de Documentación Agropecuaria (CENIDA), así como a la infraestructura y equipo para la investigación, (laboratorios y personal técnico), a los medios de divulgación de los resultados, eventos científicos y la revista científica La Calera. Las GUÍAS TÉCNICAS son publicadas con el propósito de hacerlas accesibles a una amplia audiencia, que incluye productores, profesionales, técnicos, y estudiantes, de tal forma que se constituyan en una herramienta de consulta, enseñanza y aprendizaje, que motiven la investigación y la adopción de tecnologías, y que contribuyan de la mejor manera al desarrollo agropecuario y forestal de Nicaragua. La publicación de esta obra es posible gracias al apoyo financiero del Centro Agronómico Tropical de Investigación y Enseñanza (CATIE) a través del Programa Agroambiental Mesoamericano (MAP), del Servicio Alemán de Intercambio Académico (DAAD), institución que garantizó el trabajo colaborativo entre ambos especialistas, lo que posibilitó la culminación exitosa del presente manual y del Consejo Nacional del Café (CONACAFE) por sus aportes en la revisión técnica de esta obra. Para ellos nuestra eterna gratitud.

Diário da Constituinte [gravação de vídeo] : [programa n. 148]

Chegou a Assembleia Nacional Constituinte uma emenda popular, com mais de sessenta e sete mil assinaturas, que propõe a manutenção do ensino religioso nas escolas de 1º e 2º graus. O Deputado Bernardo Cabral, Relator da Comissão de Sistematização, pede que as emendas populares não cheguem no último dia. Tão logo termine o prazo de apresentação de emendas, ele pretende iniciar a elaboração de uma espécie de rascunho do substitutivo, de tal forma que o Presidente da Assembleia Nacional Constituinte (ANC), Ulysses Guimarães, as lideranças partidárias e ele próprio possam trocar ideias sobre esse esboço . O Relator quer também a ajuda dos Ministros de Estado para ouvir setores da sociedade envolvidos em temas polêmicos. O Deputado Aloysio Teixeira (PMDB-RJ) teme que a nova Carta não dure, devido a sua grande extensão, com muitos detalhes. O Deputado Chagas Rodrigues (PMDB-PI) acredita que os trabalhos da Assembleia Nacional Constituinte (ANC), estão iniciando agora. O Deputado José Carlos Coutinho (PL-RJ) considera absolutamente necessário que, dentro de um espírito de patriotismo, haja um acordo para que todas essas grandes questões nacionais sejam resolvidas nesta Constituinte. O Deputado Victor Faccioni (PDS-RS) espera que a fase do Plenário seja mais objetiva, para se alcançar resultados concretos e de tal forma que a Constituição represente a média dos anseios da população. O Deputado João Hermann (PMDB-SP) apresentou emenda para que grande parte da receita do governo federal seja repassada para o município.

Diário da Constituinte [gravação de vídeo] : [programa n. 040]

Na Subcomissão da Educação, Cultura e Esportes da Assembleia Nacional Constituinte (ANC) João Calmon (PMDB-ES), relator da Subcomissão, explica sugestões para a educação no país que incluem a do ensino gratuito para todos, exceto no caso do ensino superior, com a possibilidade de não oferecer gratuidade aos alunos. A Subcomissão da Educação, Cultura e Esporte recebe Celso Furtado, Ministro da Cultura, que defende o fortalecimento da cultura nacional por meio do ensino. A Subcomissão de Defesa do Estado, da Sociedade e da sua Segurança discute o anteprojeto de Ricardo Fiuza (PFL-PE) que mantém os militares responsáveis pela ordem interna do país, desde que estejam submetidos à vontade do poder civil e que o serviço militar é obrigatório, salvo em casos de restrição religiosa. Na Subcomissão da Nacionalidade, da Soberania e das Relações Internacionais, João Hermann (PMDB-SP), o relator, explica a relação das empresas multinacionais, a tutela dos recursos naturais e o direitos dos falantes da língua portuguesa de se tornarem cidadãos brasileiros após um ano. Na Subcomissão do Sistema Eleitoral e Partidos Políticos, apresentado o anteprojeto de Francisco Rossi (PTB-SP), o relator sugere a livre formação de partidos e o voto distrital. Na Subcomissão de Orçamento e Fiscalização Financeira, José Luiz Maia (PDS-PI), o relator, propõe maior fiscalização dos gastos públicos.

Diário da Constituinte [gravação de vídeo] : [programa n. 316]

Conclusão das votações na Comissão de Sistematização. Na discussão sobre Anisitia, foram rejeitadas as propostas que previam o pagamento de atrasados aos anistiados. Uma delas foi a emenda do Deputado Brandão Monteiro (PDT-RJ), que estendia os benefícios da Anistia aos membros da Marinha e Aeronáutica. Aprovada emenda do Deputado José Maria Eymael (PDC-SP) estabelecendo que a lei ordinária irá criar uma compesação financeira para os pilotos da Força Aérea Brasileira (FAB) cassados depois de março de 1964. Aprovado destaque do Deputado José Costa (PMDB-AL), que possibilita às vítimas cassadas após 1964, recorrerem à justiça para terem seus direitos revistos. A Anistia foi também estendida aos trabalhadores do setor privado com a emenda do Deputado João Paulo Vasconcellos (PT-MG). Aprovada a emenda de Nelson Carneiro (PMDB-RJ), que regula a aplicação do parlamentarismo nos Estados. A Deputada Raquel Cândido (PFL-RO) tem a sua emenda aprovada, que cria o Código de Defesa do Consumidor. A duração do mandato do Presidente José Sarney gera polêmica entre os constituintes. Opinam os Deputados: Elizer Moreira (PFL-MA), João Carlos Barcelar (PMDB-BA) e João Hermann Neto (PMDB-SP).

Diário da Constituinte [gravação de vídeo] : [programa n. 706A]

Citados no vídeo: Ulysses Guimarães; Plínio Arruda Sampaio: Adolfo de Oliveira; Francisco Dornelles; Brandão Monteiro; Joâo Hermann; José Serra; Santinho Furtado; Ulysses Guimarães; Plínio Arruda Sampaio: Adolfo de Oliveira; Francisco Dornelles; Brandão Monteiro; Joâo Hermann; José Serra; Santinho Furtado;

Diário da Constituinte [gravação de vídeo] : [programa n. 724 ]

Trata de aspectos relacionados à situação da Empresa Nacional, que ficou consagrada no titulo que trata da Ordem Econômica.

Diário da Constituinte [gravação de vídeo] : [programa n. 688A]

Avanço na aprovação pelo Plenário de direitos coletivos e individuais. Inclusão no texto constitucional dos institutos do mandado de injunção, habeas data e mandado de segurança coletivo. Divergência quanto ao grau de amplitude dos direitos trabalhistas apreciados pelo Plenário.

From lakes to lungs : assessing microbial activity in diverse environments

All major geochemical cycles on the Earth’s surface are mediated by microorganisms. Our understanding of how these microbes have interacted with their environments (and vice versa) throughout Earth's history, and how they will respond to changes in the future, is primarily based on studying their activity in different environments today. The overarching questions that motivate the research presented in the two parts of this thesis -- how do microorganisms shape their environment (and vice versa)? and how can we best study microbial activity in situ? -- have arisen from the ultimate goal of being able to predict microbial activity in response to changes within their environments both past and future.

Part one focuses on work related to microbial processes in iron-rich Lake Matano and, more broadly, microbial interactions with the biogeochemical cycling of iron. Primarily, we find that the chelation of ferrous iron by organic ligands can affect the role of iron in anoxic environmental systems, enabling photomixotrophic growth of anoxygenic microorganisms with ferrous iron, as well as catalyzing the oxidation of ferrous iron by denitrification intermediates. These results imply that the ability to grow photomixotrophically on ferrous iron might be more widespread than previously assumed, and that the co-occurrence of chemical and biological processes involved in the coupled biogeochemical cycling of iron and nitrogen likely dominate organic-rich environmental systems.

Part two switches focus to in situ measurements of growth activity and comprises work related to microbial processes in the Cystic Fibrosis lung, and more broadly, the physiology of slow growth. We introduce stable isotope labeling of microbial membrane fatty acids and whole cells with heavy water as a new technique to measure microbial activity in a wide range of environments, demonstrate its application in continuous culture in the laboratory at the population and single cell level, and apply the tool to measure the in situ activity of the opportunistic pathogen Staphylococcus aureus within the environment of expectorated mucus from cystic fibrosis patients. We find that the average in situ growth rates of S. aureus fall into a range of generation times between ~12 hours and ~4 days, with substantial heterogeneity at the single-cell level. These data illustrate the use of heavy water as a universal environmental tracer for microbial activity, and highlight the crucial importance of studying the physiology of slow growth in representative laboratory systems in order to understand the role of these microorganisms in their native environments.

O verbo no livro dos Salmos: a semântica dos aspectos

Neste trabalho é feito um estudo dos aspectos do verbo no livro dos Salmos, considerando seus valores semântico-sintáticos. Para este fim, considera-se a evolução dos estudos da linguagem, fundamentado em Hermann Paul (1970); o desenvolvimento da ciência das significações através do trabalho de Bréal (1925) e enriquecido pela perspectiva de Marques (2001); a evolução da Linguística por meio do estruturalismo fundamentado em Ferdinand de Saussure e Leonor de Bloomfield, e do gerativismo de Noam Chomsky. Focaliza-se a dimensão textual discursiva com a função de realizar formulações sobre o verbo e articular relação entre teoria do texto e do discurso segundo a perspectiva de Travaglia (1991). Retrata-se a relação de significação que os verbos assumem no texto, embasado no estudo do aspecto segundo os pressupostos de Castilho (1968), Travaglia (1986, 1991) e Azeredo (2010). Para se estabelecer relações entre o aspecto verbal e a mensagem bíblica dos Salmos, fundamenta-se na visão semântica de Ilari (2001) e nos comentários semânticos e teológicos de Champlin (2000)

Decomposição do Spread Bancário no Brasil:uma análise do período recente (2000-2008)

Esta dissertação avalia a evolução e estrutura do spread bancário ex-post no Brasil, no período 2000-2008, usando o método de decomposição contábil. Esta avaliação é feita em três partes. Na primeira estuda-se o setor bancário como um todo utilizando uma amostra de 30 bancos representando 89,8% do total de ativos do Consolidado bancário I (bancos comerciais e bancos múltiplos que tenham uma carteira comercial) no ano 2008. Na segunda a análise é realizada levando em conta as especificidades dos diferentes segmentos de bancos (grandes bancos varejistas, bancos varejistas públicos e bancos especializados em crédito), definidos considerando características como tamanho, tipo de negócio e clientela, característica do funding, etc., e ainda o controle de capital (público, privado nacional e estrangeiro). Por fim, numa terceira parte, considera-se, sobretudo o nicho do mercado de crédito que o banco atua. Esta segmentação do setor bancário permite avaliar a evolução do spread e sua decomposição, assim como comparar os diferentes segmentos do mercado de crédito no Brasil. A principal conclusão da dissertação é que a diferenciação da amostra de bancos por segmento ou por nicho de mercado tem implicações importantes para análise do nível e decomposição do spread bancário.

A materialidade e o adverso nos Bólides de Hélio Oiticica

A pesquisa analisa a criação de adversidade através da materialidade crua e rústica utilizada nos Bólides de Hélio Oiticica. O papel da materialidade tornou-se evidente a partir da percepção de que os ditos objetos realizam um convite àquilo que chamamos de participação adversa. Ao mesmo tempo em que eram objetos capazes de despertar a curiosidade do espectador e incitá-lo à manipulação, o faziam através do toque de substâncias ásperas e pouco suaves, como por exemplo, pedaços de madeira mal pintada, telas de nylon, conchas e pigmento em pó. O despertar de sensações contrárias ao prazer sensorial sugeriu que não apenas a materialidade estaria no cerne da questão da criação de adversidade como um dos fios condutores da obra de Oiticica, como também que a captura de objetos descartados oriundos do cotidiano seria a maneira do artista estruturar a sua noção de adversidade (da vida e da arte). Para compreender o papel estrutural dos objetos despejados do dia-a-dia, realizamos a aproximação entre o adverso e o abjeto (KRAUSS, 2000), bem como o pensamento do informe como elemento operacional da obra (YVE-ALAIN BOIS, 2000). A materialidade rude foi vista ainda como criadora de uma temporalidade de instantes para os Bólides e aqueles que os manipulavam, como organizadora de fricção com o espaço e a cultura e ainda como elemento de rebaixamento da condição matérica e do espectador