Transactional filesystems

Dissertação de Mestrado em Engenharia Informática

Ensaios de coagulação floculação da água residual afluente à Etar de Avis

Dissertação apresentada na Faculdade de Ciências e Tecnologia da Universidade Nova de Lisboa para obtenção do grau de Mestre em Engenharia do Ambiente, Perfil Engenharia Sanitária

An optimal boundary fair scheduling

Nowadays, many real-time operating systems discretize the time relying on a system time unit. To take this behavior into account, real-time scheduling algorithms must adopt a discrete-time model in which both timing requirements of tasks and their time allocations have to be integer multiples of the system time unit. That is, tasks cannot be executed for less than one time unit, which implies that they always have to achieve a minimum amount of work before they can be preempted. Assuming such a discrete-time model, the authors of Zhu et al. (Proceedings of the 24th IEEE international real-time systems symposium (RTSS 2003), 2003, J Parallel Distrib Comput 71(10):1411–1425, 2011) proposed an efficient “boundary fair” algorithm (named BF) and proved its optimality for the scheduling of periodic tasks while achieving full system utilization. However, BF cannot handle sporadic tasks due to their inherent irregular and unpredictable job release patterns. In this paper, we propose an optimal boundary-fair scheduling algorithm for sporadic tasks (named BF TeX ), which follows the same principle as BF by making scheduling decisions only at the job arrival times and (expected) task deadlines. This new algorithm was implemented in Linux and we show through experiments conducted upon a multicore machine that BF TeX outperforms the state-of-the-art discrete-time optimal scheduler (PD TeX ), benefiting from much less scheduling overheads. Furthermore, it appears from these experimental results that BF TeX is barely dependent on the length of the system time unit while PD TeX —the only other existing solution for the scheduling of sporadic tasks in discrete-time systems—sees its number of preemptions, migrations and the time spent to take scheduling decisions increasing linearly when improving the time resolution of the system.

Accumulation, responses and genotoxicity of trace elements in octopus vulgaris

Dissertação apresentada para obtenção do Grau de Doutor em Bioquímica pela Universidade Nova de Lisboa, Faculdade de Ciências e Tecnologia

Embedded system for individual recognition based on ECG biometrics

Biometric recognition is emerging has an alternative solution for applications where the privacy of the information is crucial. This paper presents an embedded biometric recognition system based on the Electrocardiographic signals (ECG) for individual identification and authentication. The proposed system implements a real-time state-of-the-art recognition algorithm, which extracts information from the frequency domain. The system is based on a ARM Cortex 4. Preliminary results show that embedded platforms are a promising path for the implementation of ECG-based applications in real-world scenario.

Sistema localizador interior de baixo custo

Projeto para obtenção do grau de Mestre em Engenharia Informática e de Computadores

A atividade dos estabilizadores da omoplata e movimento compensatório do tronco no gesto de alcance em indivíduos pós AVE

Introdução: Lesões como o AVE interferem com a capacidade de recrutar níveis adequados de atividade muscular, podendo levar ao aparecimento de movimentos compensatórios como a excessiva translação anterior do tronco, associada ao gesto de alcance. Objetivos: Descrever a relação entre a atividade dos estabilizadores da omoplata e o movimento compensatório do tronco no gesto de alcance, em 4 indivíduos pós AVE. Pretendeu-se também analisar o papel dos estabilizadores da omoplata na função do membro superior. Métodos: Quatro indivíduos com diagnóstico de AVE, que apresentavam alterações no nível de actividade dos estabilizadores da omoplata contralesional, foram sujeitos a uma avaliação realizada em três momentos, antes (M0), durante (M1) e após (M2) e a um período de intervenção, segundo os princípios do Conceito de Bobath. Recorreu-se à electromiografia de superfície para avaliar a atividade e o timming dos músculos grande dorsal, trapézio superior e trapézio inferior do hemicorpo contralesional e ao software de Avaliação Postural (SAPO) para analisar o deslocamento do tronco no sentido anterior, associados à realização do gesto de alcance. Foram aplicadas as escalas RPS e MESUPES para avaliar as componentes de movimento do gesto de alcance e a função do membro superior, respetivamente. Recorreu-se ao registo fotográfico para análise dos componentes de movimento na posição de sentado e em pé.Resultados: Os dados eletromiográficos registam atividade dos estabilizadores da omoplata unicamente num indivíduo em M2. A análise do deslocamento anterior do tronco revela melhorias em M1 em todos os indivíduos, sendo que em M2 essa evolução positiva não foi observada em três dos participantes. Entre M0 e M2, na escala RPS registam-se melhorias de 7 a 9 pontos no alvo próximo e de 5 a 10 pontos no alvo distante. Na escala MESUPES verificam-se melhorias entre 5 a 18 pontos na sub-escala braço e entre 5 a 8 pontos na sub-escala mão, em M2. A avaliação do registo fotográfico revela modificações nos componentes de movimento dos quatro indivíduos, nomeadamente na integração dos MI na base de suporte, na atividade do tronco inferior e superior e no alinhamento do MS contralesional. Conclusão: A melhoria do nível da atividade dos estabilizadores dinâmicos da omoplata sugere ter influência na diminuição do movimento compensatório do tronco no gesto de alcance e parece ter um papel na melhoria da eficácia distal do MS do mesmo lado.

The malarial impact on the nutritional status of Amazonian adult subjects

The anthropometric (body weight, height, upper arm circumference, triceps and subescapular skinfolds; Quetelet index and arm muscle circunference) and blood biochemistry (proteins and lipids) parameters were evaluated in 93 males and 27 females, 17-72 years old voluntaries living in the malarial endemic area of Humaita city (southwest Amazon). According to their malarial history they were assembled in four different groups: G1-controls without malarial history (n:30); G2 - controls with malarial history but without actual manifestation of the disease (n:40); G3 - patients with Plasmodium vivax (n:19) and G4 - patients with Plasmodium falciparum (n:31). The malarial status was stablished by clinical and laboratory findings. The overall data of anthropometry and blood biochemistry discriminated the groups differently. The anthropometric data were low sensitive and contrasted only the two extremes (G1>G4) whereas the biochemistry differentiated two big groups, the healthy (G1+G2) and the patients (G3+G4). The nutritional status of the P. falciparum patients was highly depressed for most of the studied indices but none was sensitive enough to differentiate this group from the P. vivax group (G3). On the other hand the two healthy groups could be differentiated through the levels of ceruloplasmin (G1G2). Thus it seems that the malaria-malnourishment state exists and the results could be framed either as a consequence of nutrient sink and/or the infection stress both motivated by the parasite.

Evaluation of nutritional status in patients with endemic pemphigus foliaceus

Sixteen patients with endemic pemphigus foliaceus were submitted to nutritional evaluation. Ten had the localized form of the disease (Group G1) and six the disseminated form (Group G2). The patients were submitted to anthropometric measurements (weight, height, Quetelét index, tricipital skin fold, subscapular skin fold, arm circumference, arm muscle circumference, arm area, arm muscle area, and arm adipose area) and to laboratory evaluation by protein electrophoresis. Arm circumference, arm area and arm muscle area showed lower values in G2 than in G1. Weight and arm muscle circumference tended to the lower in G2 than in G1. Protein electrophoresis showed decreased albumin levels in both groups, with lower values in G2. Overall analysis of the results permits us to conclude that patients with endemic pemphigus foliaceus present signs and symptoms of protein, but not calorie, malnutrition and that this malnutrition is more marked in patients with disseminated pemphigus foliaceus.

Studies on human anti-rabies immunization in Brazil: II - Preliminary evaluation of the 2-1-1 schedule for human pre-exposure anti-rabies immunization, employing suckling mouse brain vaccine

This study reports preliminary results of virus neutralizing antibody (VNA) titers obtained on different days in the course of human anti-rabies immunization with the 2-1-1 schedule (one dose is given in the right arm and one dose in the left arm at day 0, and one dose is apllied on days 7 and 21), recommended by WHO for post-exposure treatment with cell culture vaccines. A variant schedule (double dose on day zero and another on day 14) was also tested, both employing suckling mouse brain vaccine. A complete seroconversion rate was obtained after only 3 vaccine doses, and almost all patients (11 of 12) presented titers higher than 1.0 IU/ml. Both neutralizing response and seroconversion rates were lower in the group receiving only 3 doses, regardless of the sample collecting day. Although our results are lower than those found with cell culture vaccines, the geometry mean of VNA is fully satisfactory, overcoming the lower limit recommended by WHO of 0.5 IU/ml. The 2-1-1 schedule could be an alternative one for pre exposure immunization, shorter than the classical 3+1 regimen (one dose on days 0, 2, 4 and 30) with only three visits to the doctor, instead of four.

Validação da antropometria e ultrassonografia do braço, para medição dos respectivos compartimentos, em lactentes nascidos pré-termo : contributo para a avaliação corporal do recem-nascido e do lactente

RESUMO: Contexto: Indicadores fidedignos da composição corporal são importantes na orientação das estratégias nutricionais de recém-nascidos e pequenos lactentes submetidos a cuidados intensivos. O braço é uma região acessível para avaliar a composição corporal regional, pela medida dos seus compartimentos. A antropometria e a ultrassonografia (US) são métodos não invasivos, relativamente económicos, que podem ser usados à cabeceira do paciente na medição desses compartimentos, embora esses métodos não tenham ainda sido validados neste subgrupo etário. A ressonância magnética (RM) pode ser usada como método de referência na validação da medição dos compartimentos do braço. Objectivo: Validar em lactentes pré-termo, as medidas do braço por antropometria e por US. Métodos: Foi estudada uma coorte de recém-nascidos admitidos consecutivamente na unidade de cuidados intensivos neonatais, com  33 semanas de idade de gestação e peso adequado para a mesma, sem anomalias congénitas major e não submetidas a diuréticos ou oxigenoterapia no momento da avaliação. Nas vésperas da alta, foram efectuadas medições do braço, com ocultação, pelos métodos antropométrico, ultrassonográfico e RM. As medidas antropométricas directas foram: peso (P), comprimento (C), perímetro cefálico (PC), perímetro braquial (PB) e prega cutânea tricipital (PT). As área braquial total, área muscular (AM) e área adiposa foram calculadas pelos métodos de Jeliffee & Jeliffee e de Rolland-Cachera. Utilizando uma sonda PSH-7DLT de 7 Hz no ecógrafo Toshiba SSH 140A foram medidos os perímetros braquial e muscular e calculadas automaticamente as áreas braquial e muscular, sendo a área adiposa obtida por subtracção. Como método de referência foi utilizada a RM – Philips Gyroscan ACS-NT, Power-Track 1000 ®, 1.5 Tesla com uma antena de quadratura do joelho. Na análise estatística foram utilizados os métodos paramétricos e não paramétricos, conforme adequado. Resultados: Foram incluídas 30 crianças, nascidas com ( ±DP) 30.7 ±1.9 semanas de gestação, pesando 1380 ±325g, as quais foram avaliadas às 35.4 ±1.1 semanas de idade corrigida, quando pesavam 1786 ±93g. Nenhuma das medidas antropométricas, individualmente, constitui um indicador aceitável (r2 <0.5) das medições por RM. A melhor e mais simples equação alternativa encontrada é a que estima a AM (r2 = 0.56), derivada dos resultados da análise de regressão múltipla: AMRM = (P x 0.17) + (PB x 5.2) – (C x 6) – 150, sendo o P expresso em g, o C e o PB em cm. Nenhuma das medidas ultrassonográficas constitui um indicador aceitável (r2 <0.4) das medições por RM. Conclusões: A antropometria e as medidas ultrassonográficas do braço não são indicadores fidedignos da composição corporal regional em lactentes pré-termo, adequados para a idade de gestação.----------ABSTRACT: Background: Accurate predictors for body composition are valuable tools guiding nutritional strategies in infants needing intensive care. The upper-arm is a part of the body that is easily accessible and convenient for assessing the regional body composition, throughout the assessment of their compartments. Anthropometry and by ultrasonography (US) are noninvasive and relatively nonexpensive methods for bedside assessment of the upper-arm compartments. However, these methods have not yet been validated in infants. Magnetic resonance imaging (MRI) may be used as gold standard to validate the measurements of the upper-arm compartments. Objective: To validate the upper-arm measurements by anthropometry and by US in preterm infants. Methods: A cohort of neonates consecutively admitted at the neonatal intensive care unit, appropriate for gestational age, with  33 weeks, without major congenital abnormalities and not subjected to diuretics or oxygen therapy, was assessed. Before the discharge, the upper-arm was blindly measured by anthropometry, US and MRI. The direct anthropometric parameters measured were: weight (W), length (L), head circumference (HC), mid-arm circumference (MAC), and tricipital skinfold thickness. The arm area (AA), arm muscle area (AMA) and arm fat area were calculated applying the methods proposed by Jeliffee & Jeliffee and by Rolland-Cachera. Using the sonolayer Toshiba SSH 140A and the probe PSH-7DLT 7Hz, the arm and muscle perimeters were measured by US, the arm and muscle areas included were automatically calculated, and the fat area was calculated by subtraction. The MR images were acquired on a 1.5-T Philips Gyroscan ACS-NT, Power-Track 1000 scanner, and a knee coil was chosen for the upper-arm measurements. For statistical analysis parametric and nonparametric methods were used as appropriate. Results: Thirty infants born with ( ±SD) 30.7 ±1.9 weeks of gestational age and weighing 1380 ±325g were included in the study; they were assessed at 35.4 ±1.1 weeks of corrected age, weighing 1786 ±93g. None of the anthropometric measurements are individually acceptable (r2 <0.5) for prediction of the measurements obtained by MRI. The best and simple alternative equation found is the equation for prediction of the AMA (r2 = 0.56), derived from the results of multiple regression analysis: AMARM = (W x 0.17) + (MAC x 5.2) – (L x 6) – 150, being the W expressed in g, and L and MAC in cm. None of the ultrasonographic measurements are acceptable (r2 <0.5) predictors for the measurements obtained by MRI. Conclusions: The measurements of the upper-arm by anthropometry and by US are not accurate predictors for the regional body composition in preterm appropriate for gestational age infants.

Integração modular em visualizadores médicos e aposição da marcação CE do Dispositivo Médico

Neste documento ´e feita a descrição detalhada da integração modular de um script no software OsiriX. O objectivo deste script ´e determinar o diâmetro central da artéria aorta a partir de uma Tomografia Computorizada. Para tal são abordados conceitos relacionados com a temática do processamento de imagem digital, tecnologias associadas, e.g., a norma DICOM e desenvolvimento de software. Como estudo preliminar, são analisados diversos visualizadores de imagens médica, utilizados para investigação ou mesmo comercializados. Foram realizadas duas implementações distintas do plugin. A primeira versão do plugin faz a invocação do script de processamento usando o ficheiro de estudo armazenado em disco; a segunda versão faz a passagem de dados através de um bloco de memória partilhada e utiliza o framework Java Native Interface. Por fim, é demonstrado todo o processo de aposição da Marcação CE de um dispositivo médico de classe IIa e obtenção da declaração de conformidade por parte de um Organismo Notificado. Utilizaram-se os Sistemas Operativos Mac OS X e Linux e as linguagens de programação Java, Objective-C e Python.

Randomized, double-blind trial comparing indinavir alone, zidovudine alone and indinavir plus zidovudine in antiretroviral therapy-naive hiv-infected individuals with CD4 cell counts between 50 and 250/mm3

Treatment with indinavir has been shown to result in marked decreases in viral load and increases in CD4 cell counts in HIV-infected individuals. A randomized double-blind study to evaluate the efficacy of indinavir alone (800 mg q8h), zidovidine alone (200 mg q8h) or the combination was performed to evaluate progression to AIDS. 996 antiretroviral therapy-naive patients with CD4 cell counts of 50-250/mm3 were allocated to treatment. During the trial the protocol was amended to add lamivudine to the zidovudine-containing arms. The primary endpoint was time to development of an AIDS-defining illness or death. The study was terminated after a protocol-defined interim analysis demonstrated highly significant reductions in progression to a clinical event in the indinavir-containing arms, compared to the zidovudine arm (p<0.0001). Over a median follow-up of 52 weeks (up to 99 weeks), percent reductions in hazards for the indinavir plus zidovudine and indinavir groups compared to the zidovudine group were 70% and 61%, respectively. Significant reductions in HIV RNA and increases in CD4 cell counts were also seen in the indinavir-containing groups compared to the zidovudine group. Improvement in both CD4 cell count and HIV RNA were associated with reduced risk of disease progression. All three regimens were generally well tolerated.

Como integrar as TIC em contexto didático das Artes explorando a distribuição EVTux na área do cinema de animação

Com a implementação do Plano Tecnológico da Educação e consequente apetrechamento das Escolas com recursos tecnológicos avançados, surge agora a necessidade de criar condições favoráveis para a efetiva integração das TIC no currículo, nomeadamente na área das Artes. Decorrente das características singulares desta área curricular, são muitas as ferramentas digitais que podemos utilizar em contexto educativo mobilizando-as para experiências de aprendizagem baseadas em projetos que integrem as tecnologias. Este é o caso do EVTux, uma distribuição livre de Linux que permite a criação efetiva de projetos de cinema de animação em contexto educativo com recurso às tecnologias, caso que agora se apresenta como exemplo neste artigo e que atualmente faz parte de uma síntese do trabalho que se integra no projeto europeu TACCLE2 no qual participamos.

Aplicação para intervenção em terapia ocupacional com o Leap Motion

O projeto “À Descoberta das Ilhas” surge das lacunas de atenção e motivação por parte das crianças na realização de exercícios na terapia ocupacional, aliadas a uma subjetividade na análise do seu progresso. Direcionado para crianças com dificuldades de integração bilateral motora, com idades compreendidas entre os cinco e nove anos, este projeto tem como base um jogo 3D para as plataformas Windows, Mac OS X e Linux, controlado com os movimentos dos membros superiores através do dispositivo Leap Motion. Através do controlo de um avião, a criança descobre várias ilhas e desbloqueia componentes do mesmo, alcançando os diversos bónus e checkpoints ao longo de cada percurso. Ao terapeuta são apresentados gráficos com dados obtidos pelo dispositivo aquando do momento lúdico da criança que permitem acompanhar a sua evolução a cada nível. O sucesso no cumprimento dos objetivos do projeto permitiu confirmar a utilidade da aplicação na intervenção e avaliação do público-alvo.