A framework for scientific computing with GPUs

Dissertação para obtenção do Grau de Mestre em Engenharia Informática

New strategies to detect and understand genotype-by-environment interactions and QTL-by-environment interactions

Dissertação para obtenção do Grau de Doutor em Estatística e Gestão do Risco, especialidade em Estatística

gvSIG An Open Source GIS solution for the Android Platform

Dissertation submitted in partial fulfilment of the requirements for the Degree of Master of Science in Geospatial Technologies

POLYCLONAL OUTBREAK OF BLOODSTREAM INFECTIONS CAUSED BY Burkholderia cepacia COMPLEX IN HEMATOLOGY AND BONE MARROW TRANSPLANT OUTPATIENT UNITS

Aim: The objective was to describe an outbreak of bloodstream infections by Burkholderia cepacia complex (Bcc) in bone marrow transplant and hematology outpatients.Methods: On February 15, 2008 a Bcc outbreak was suspected. 24 cases were identified. Demographic and clinical data were evaluated. Environment and healthcare workers' (HCW) hands were cultured. Species were determined and typed. Reinforcement of hand hygiene, central venous catheter (CVC) care, infusion therapy, and maintenance of laminar flow cabinet were undertaken. 16 different HCWs had cared for the CVCs. Multi-dose heparin and saline were prepared on counter common to both units.Findings: 14 patients had B. multivorans(one patient had also B. cenopacia), six non-multivorans Bcc and one did not belong to Bcc. Clone A B. multivorans occurred in 12 patients (from Hematology); in 10 their CVC had been used on February 11/12. Environmental and HCW cultures were negative. All patients were treated with meropenem, and ceftazidime lock-therapy. Eight patients (30%) were hospitalized. No deaths occurred. After control measures (multidose vial for single patient; CVC lock with ceftazidime; cleaning of laminar flow cabinet; hand hygiene improvement; use of cabinet to store prepared medication), no new cases occurred.Conclusions: This polyclonal outbreak may be explained by a common source containing multiple species of Bcc, maybe the laminar flow cabinet common to both units. There may have been contamination by B. multivorans (clone A) of multi-dose vials.

Automatic Small Bowel Tumor Diagnosis by Using Multi-Scale Wavelet-Based Analysis in Wireless Capsule Endoscopy Images

BACKGROUND: Wireless capsule endoscopy has been introduced as an innovative, non-invasive diagnostic technique for evaluation of the gastrointestinal tract, reaching places where conventional endoscopy is unable to. However, the output of this technique is an 8 hours video, whose analysis by the expert physician is very time consuming. Thus, a computer assisted diagnosis tool to help the physicians to evaluate CE exams faster and more accurately is an important technical challenge and an excellent economical opportunity. METHOD: The set of features proposed in this paper to code textural information is based on statistical modeling of second order textural measures extracted from co-occurrence matrices. To cope with both joint and marginal non-Gaussianity of second order textural measures, higher order moments are used. These statistical moments are taken from the two-dimensional color-scale feature space, where two different scales are considered. Second and higher order moments of textural measures are computed from the co-occurrence matrices computed from images synthesized by the inverse wavelet transform of the wavelet transform containing only the selected scales for the three color channels. The dimensionality of the data is reduced by using Principal Component Analysis. RESULTS: The proposed textural features are then used as the input of a classifier based on artificial neural networks. Classification performances of 93.1% specificity and 93.9% sensitivity are achieved on real data. These promising results open the path towards a deeper study regarding the applicability of this algorithm in computer aided diagnosis systems to assist physicians in their clinical practice.

An Open Source BI Approach: Concept Proof Tracking Fleet

É possível assistir nos dias de hoje, a um processo tecnológico evolutivo acentuado por toda a parte do globo. No caso das empresas, quer as pequenas, médias ou de grandes dimensões, estão cada vez mais dependentes dos sistemas informatizados para realizar os seus processos de negócio, e consequentemente à geração de informação referente aos negócios e onde, muitas das vezes, os dados não têm qualquer relacionamento entre si. A maioria dos sistemas convencionais informáticos não são projetados para gerir e armazenar informações estratégicas, impossibilitando assim que esta sirva de apoio como recurso estratégico. Portanto, as decisões são tomadas com base na experiência dos administradores, quando poderiam serem baseadas em factos históricos armazenados pelos diversos sistemas. Genericamente, as organizações possuem muitos dados, mas na maioria dos casos extraem pouca informação, o que é um problema em termos de mercados competitivos. Como as organizações procuram evoluir e superar a concorrência nas tomadas de decisão, surge neste contexto o termo Business Intelligence(BI). A GisGeo Information Systems é uma empresa que desenvolve software baseado em SIG (sistemas de informação geográfica) recorrendo a uma filosofia de ferramentas open-source. O seu principal produto baseia-se na localização geográfica dos vários tipos de viaturas, na recolha de dados, e consequentemente a sua análise (quilómetros percorridos, duração de uma viagem entre dois pontos definidos, consumo de combustível, etc.). Neste âmbito surge o tema deste projeto que tem objetivo de dar uma perspetiva diferente aos dados existentes, cruzando os conceitos BI com o sistema implementado na empresa de acordo com a sua filosofia. Neste projeto são abordados alguns dos conceitos mais importantes adjacentes a BI como, por exemplo, modelo dimensional, data Warehouse, o processo ETL e OLAP, seguindo a metodologia de Ralph Kimball. São também estudadas algumas das principais ferramentas open-source existentes no mercado, assim como quais as suas vantagens/desvantagens relativamente entre elas. Em conclusão, é então apresentada a solução desenvolvida de acordo com os critérios enumerados pela empresa como prova de conceito da aplicabilidade da área Business Intelligence ao ramo de Sistemas de informação Geográfica (SIG), recorrendo a uma ferramenta open-source que suporte visualização dos dados através de dashboards.

Adaptation and Localization of Open Source ERPs - The case of Parties in OFBiz

O software tem vindo a tornar-se uma parte importante de qualquer empresa, cobrindo várias áreas funcionais, tais como manufaturação, vendas ou recursos humanos. O facto de uma empresa possuir um software capaz de ligar todas ou a maior parte das suas áreas funcionais e de acomodar as suas regras de negócio permite que estas tenham acesso a dados em tempo real nos quais se podem basear para tomar decisões. Estes tipos de software podem ser categorizados como Enterprise resource planning (ERP). Tendo em conta que estes tipos de software têm um papel importante dentro de uma empresa, a aquisição dos mesmos é algo que deve ser bem estudado. As grandes empresas normalmente optam pela aquisição de soluções comerciais uma vez que estas tendem a ter mais funcionalidades, maior suporte e certificações. Os ERPs comerciais representam, no entanto, um esforço elevado para que a sua compra possa ser feita, o que limita a possibilidade de aquisição dos mesmos por parte de pequenas ou médias empresas. No entanto, tal como acontece com a maior parte dos tipos de software, existem alternativas open-source. Se nos colocássemos na posição de uma pequena empresa, a tentar iniciar o seu negócio em Portugal, que tipo de ERP seria suficiente para os nossos requisitos? Teríamos que optar por comprar uma solução comercial, ou uma solução open-source seria suficiente? E se optássemos por desenvolver uma solução à medida? Esta tese irá responder a estas questões focando-se apenas num dos componentes base de qualquer ERP, a gestão de entidades. O componente de gestão de entidades é responsável por gerir todas as entidades com as quais a empresa interage abrangindo colaboradores, clientes, fornecedores, etc. A nível de funcionalidades será feita uma comparação entre um ERP comercial e um ERP open-source. Como os ERPs tendem a ser soluções muito genéricas é comum que estes não implementem todos os requisitos de um negócio em particular, como tal os ERPs precisam de ser extensíveis e adaptáveis. Para perceber até que ponto a solução open-source é extensível será feita uma análise técnica ao seu código fonte e será feita uma implementação parcial de um gerador de ficheiros de auditoria requerido pela lei Portuguesa, o SAF-T (PT). Ao estudar e adaptar a solução open-source podemos especificar o que teria que ser desenvolvido para podermos criar uma solução à medida de raiz.

Interictal Spike EEG Source Analysis in Hypothalamic Hamartoma Epilepsy

Objective: The epilepsy associated with the hypothalamic hamartomas constitutes a syndrome with peculiar seizures, usually refractory to medical therapy, mild cognitive delay, behavioural problems and multifocal spike activity in the scalp electroencephalogram (EEG). The cortical origin of spikes has been widely assumed but not specifically demonstrated. Methods: We present results of a source analysis of interictal spikes from 4 patients (age 2–25 years) with epilepsy and hypothalamic hamartoma, using EEG scalp recordings (32 electrodes) and realistic boundary element models constructed from volumetric magnetic resonance imaging (MRIs). Multifocal spike activity was the most common finding, distributed mainly over the frontal and temporal lobes. A spike classification based on scalp topography was done and averaging within each class performed to improve the signal to noise ratio. Single moving dipole models were used, as well as the Rap-MUSIC algorithm. Results: All spikes with good signal to noise ratio were best explained by initial deep sources in the neighbourhood of the hamartoma, with late sources located in the cortex. Not a single patient could have his spike activity explained by a combination of cortical sources. Conclusions: Overall, the results demonstrate a consistent origin of spike activity in the subcortical region in the neighbourhood of the hamartoma, with late spread to cortical areas.

O pluri-multi-linguismo no conexto actual europeu

Aplicando o provérbio eslovaco “aprende línguas e serás alguém”, pensamos que não há melhor expressão que este aforismo popular da Eslováquia, para definir a realidade em que todos os cidadãos do mundo se encontram e, em particular, os Europeus. Se não dominarmos outros idiomas para além da língua materna seremos considerados, muito em breve, tecnicamente iletrados. Esta tese vai abordar a temática das línguas oficiais na União Europeia e a dinâmica de algumas a nível europeu. Ademais, será abordada a perspectiva e o futuro das mesmas ao nível das Instituições Europeias, em especial da língua portuguesa. Para além desta referência, tentar-se-á decifrar também se na Europa há uma crescente preocupação para preservar a interpretação e a tradução de todas as línguas europeias, independentemente do número de cidadãos que as falam à escala europeia, ou se, pelo contrário, devido a preocupações financeiras, as línguas menos representativas começarão, num futuro próximo, a ser menos utilizadas no seio das Instituições Europeias. Tentaremos apresentar e defender que a tradução é o veículo principal para a defesa das línguas a nível europeu, para que na realidade o inglês não se torne cada vez mais a lingua franca não só numa perspectiva europeia como também mundial. Temos visto a tendência de as próprias Instituições Europeias (I. E.), nomeadamente a Comissão Europeia (C. E.), terem começado internamente a preterir as outras línguas a favor da língua inglesa. De seguida, será discutida a questão mais exclusiva da língua portuguesa, não apenas por ser um dos objectivos desta dissertação, mas principalmente porque continua a ser uma das línguas mais faladas no mundo em termos de números de falantes nativos. Veremos se devido à globalização o número reduzido de falantes nativos na Europa começará a incentivar a perda do poder estratégico do português no campo de acção europeu e até no mundo. Antes de terminar, será aflorado o porquê de a Comissão Europeia ter lançado um repto aos estabelecimentos de ensino dos 27 Estados-Membros, para começarem a preparar cada vez mais profissionais nas áreas das línguas, da tradução e da interpretação. No entanto, será que este desafio proposto pela Comissão Europeia funcionará se os países do espaço único europeu não começarem a tornar o ensino de línguas estrangeiras obrigatório desde o início da escolaridade de qualquer cidadão europeu? Estas e outras questões, tais como a questão do multilinguismo e a sua diferenciação de multiculturalidade como forma de preservação e de evolução da Europa neste século serão abordadas. O multilinguismo e a multiculturalidade são dois princípios essenciais e fundamentais na construção de uma Europa igualitária e plural, que já teve início no século passado, assim como fizeram sempre parte dos acordos capitais da Europa Unida e serão defendidas nesta exposição.

Investigation and Control of a Large Outbreak of Multi-Drug Resistant Tuberculosis at a Central Lisbon Hospital

An increase in the number of new cases of tuberculosis (TB) combined with poor clinical outcome was identified among HIV-infected injecting drug users attending a large HIV unit in central Lisbon. A retrospective epidemiological and laboratory study was conducted to review all newly diagnosed cases of TB from 1995 to 1996 in the HIV unit. Results showed that from 1995 to 1996, 63% (109/173) of the Mycobacterium tuberculosis isolates from HIV-infected patients were resistant to one or more anti-tuberculosis drugs; 89% (95) of these were multidrug-resistant, i.e., resistant to at least isoniazid and rifampicin. Eighty percent of the multidrug-resistant strains (MDR) available for restriction fragment length polymorphism (RFLP) DNA fingerprinting clustered into one of two large clusters. Epidemiological data support the conclusion that the transmission of MDR-TB occurred among HIV-infected injecting drug users exposed to infectious TB cases on open wards in the HIV unit. Improved infection control measures on the HIV unit and the use of empirical therapy with six drugs once patients were suspected to have TB, reduced the incidence of MDR-TB from 42% of TB cases in 1996 to 11% in 1999.

Serviços pós-4G em redes de satélite LEO com recepção multi-pacote e com handover

Dissertação para obtenção do Grau de Mestre em Engenharia Electrotécnica e de Computadores

BRAIN ABSCESS DUE TO Staphylococcus aureus OF CRYPTOGENIC SOURCE IN AN HIV-1 INFECTED PATIENT IN USE OF ANTIRETROVIRAL THERAPY

The spectrum of neurological complications associated with human immunodeficiency virus type 1 (HIV-1) infection is broad. The most frequent etiologies include primary diseases (caused by HIV itself) or secondary diseases (opportunistic infections or neoplasms). Despite these conditions, HIV-infected patients are susceptible to other infections observed in patients without HIV infection. Here we report a rare case of a brain abscess caused by Staphylococcus aureus in an HIV-infected patient. After drainage of the abscess and treatment with oxacilin, the patient had a favorable outcome. This case reinforces the importance of a timely neurosurgical procedure that supported adequate management of an unusual cause of expansive brain lesions in HIV-1 infected patients.

A Idade é uma Variável Preditora da Funcionalidade após Acidente Vascular Cerebral? Um Estudo Multi-Análises

Existem diversos factores que podem influenciar o prognóstico funcional nos doentes com Acidente Vascular Cerebral (AVC), nomeadamente o hemisfério afectado, severidade do deficit neurológico inicial, presença de comorbilidades, etiologia, entre outros. A idade como factor preditivo na reabilitação destes doentes tem sido alvo de controvérsia. O objectivo deste trabalho foi avaliar a idade como variável preditiva de funcionalidade após AVC. Os autores recolheram retrospectivamente os dados dos processos clínicos dos doentes internados para reabilitação no Serviço de MFR do Hospital de Curry Cabral durante o ano de 2008, tendo como critério de inclusão diagnóstico de AVC. A funcionalidade foi avaliada à entrada e à saída do internamento, com a Medida de Independência Funcional (MIF) e o Índice de Barthel (IB). Os doentes com idade igual ou inferior a 45 anos foram considerados jovens adultos. Foi realizado o emparelhamento de doentes em casos-controlo. Para cada caso de AVC no adulto jovem os critérios de emparelhamento foram: idade> 45 anos, o mesmo tipo de AVC e hemisfério envolvido e igual MIF à entrada (mais ou menos três pontos). Para tratamento estatístico foi utilizado o programa SPSS 13.0. Foram recolhidos dados de 69 doentes com AVC, dos quais 12 foram considerados adultos jovens (38 +-5 anos). Quando comparados com os doentes mais velhos, os adultos jovens saíram com uma MIF maior (101 Vs 88 pontos; p=0,04), sem que se verificassem diferenças estatisticamente significativas em relação a: MIF à entrada, IB à entrada e saída, eficiência da MIF ou duração do internamento. A idade jovem associou-se com um melhor valor de MIF à saída (r=0,33, p=0,006), mesmo quando se controlou para a MIF à entrada (r=0,23, p=0,05). Em relação à análise dos nove pares caso-controlo, não se verificaram diferenças entre os grupos nas medidas de funcionalidade à entrada e à saída, nem na duração do internamento. A idade correlacionou-se com funcionalidade à saída, sendo que os doentes mais jovens saíram mais funcionais. No entanto, na análise caso-controlo, quando se controlou para outras variáveis (e.g. tipo de AVC), a variável perdeu o seu valor preditivo. Estes resultados podem dever-se ao facto de o AVC no jovem adulto ter diferentes características, como um maior número de eventos hemorrágicos. Nesta amostra, os jovens adultos tiveram igual número de AVC isquémicos e hemorrágicos (seis) e o grupo mais velho teve apenas 23% eventos hemorrágicos (p=0,07). É conhecido o melhor prognóstico funcional deste tipo de AVC, quando não associados a mortalidade precoce. Este estudo apresenta algumas limitações: o tamanho da amostra; o facto de a MIF e o IB não serem medidas de funcionalidade desenvolvidas especificamente para doentes com AVC; um viés de selecção, pois somente alguns doentes são incluídos em programa de reabilitação em internamento; o momento de avaliação da funcionalidade residual foi á saída do internamento, apenas algumas semanas pós-AVC. A idade jovem parece associar-se a um melhor prognóstico funcional. Este aspecto pode estar associado ao facto de o AVC nos doentes mais novos ter características diferentes (e.g. maior proporção de AVC hemorrágico), normalmente associadas a uma recuperação mais favorável.

Serviços pós-4G em redes de satélite com recepção multi-pacote de acesso com agendamento

Dissertação para obtenção do Grau de Mestre em Engenharia Eletrotécnica e Computadores

Dimensions of source credibility in the case of user-generated advertisements

A Work Project, presented as part of the requirements for the Award of a Masters Degree in Management from the NOVA – School of Business and Economics