Caracterización de la necrosis sistémica inducida por la interacción sinérgica entre el Virus X de la patata y potyvirus en Nicotiana benthamiana

Los virus de plantas pueden causar enfermedades severas que conllevan serias pérdidas económicas a nivel mundial. Además, en la naturaleza son comunes las infecciones simultáneas con distintos virus que conducen a la exacerbación de los síntomas de enfermedad, fenómeno al que se conoce como sinergismo viral. Una de las sintomatologías más severas causadas por los virus en plantas susceptibles es la necrosis sistémica (NS), que incluso puede conducir a la muerte del huésped. Este fenotipo ha sido comparado en ocasiones con la respuesta de resistencia de tipo HR, permitiendo establecer una serie de paralelismos entre ambos tipos de respuesta que sugieren que la NS producida en interacciones compatibles sería el resultado de una respuesta hipersensible sistémica (SHR). Sin embargo, los mecanismos moleculares implicados en el desarrollo de la NS, su relación con procesos de defensa antiviral o su relevancia biológica aún no son bien entendidos, al igual que tampoco han sido estudiados los cambios producidos en la planta a escala genómica en infecciones múltiples que muestran sinergismo en patología. En esta tesis doctoral se han empleado distintas aproximaciones de análisis de expresión génica, junto con otras técnicas genéticas y bioquímicas, en el sistema modelo de Nicotiana benthamiana para estudiar la NS producida por la infección sinérgica entre el Virus X de la patata (PVX) y diversos potyvirus. Se han comparado los cambios producidos en el huésped a nivel genómico y fisiológico entre la infección doble con PVX y el Virus Y de la patata (PVY), y las infecciones simples con PVX o PVY. Además, los cambios transcriptómicos y hormonales asociados a la infección con la quimera viral PVX/HC‐Pro, que reproduce los síntomas del sinergismo entre PVX‐potyvirus, se han comparado con aquellos producidos por otros dos tipos de muerte celular, la PCD ligada a una interacción incompatible y la PCD producida por la disfunción del proteasoma. Por último, técnicas de genética reversa han permitido conocer la implicación de factores del huésped, como las oxilipinas, en el desarrollo de la NS asociada al sinergismo entre PVXpotyvirus. Los resultados revelan que, respecto a las infecciones con solo uno de los virus, la infección doble con PVX‐PVY produce en el huésped diferencias cualitativas además de cuantitativas en el perfil transcriptómico relacionado con el metabolismo primario. Otros cambios en la expresión génica, que reflejan la activación de mecanismos de defensa, correlacionan con un fuerte estrés oxidativo en las plantas doblemente infectadas que no se detecta en las infecciones simples. Además, medidas en la acumulación de determinados miRNAs implicados en diversos procesos celulares muestran como la infección doble altera de manera diferencial tanto la acumulación de estos miRNAs como su funcionalidad, lo cual podría estar relacionado con los cambios en el transcriptoma, así como con la sintomatología de la infección. La comparación a nivel transcriptómico y hormonal entre la NS producida por PVX/HC‐Pro y la interacción incompatible del Virus del mosaico del tabaco en plantas que expresan el gen N de resistencia (SHR), muestra que la respuesta en la interacción compatible es similar a la que se produce durante la SHR, si bien se presenta de manera retardada en el tiempo. Sin embargo, los perfiles de expresión de genes de defensa y de respuesta a hormonas, así como la acumulación relativa de ácido salicílico (SA), ácido jasmonico (JA) y ácido abscísico, en la interacción compatible son más semejantes a la respuesta PCD producida por la disfunción del proteasoma que a la interacción incompatible. Estos datos sugieren una contribución de la interferencia sobre la funcionalidad del proteasoma en el incremento de la patogenicidad, observado en el sinergismo PVX‐potyvirus. Por último, los resultados obtenidos al disminuir la expresión de 9‐LOX, α‐DOX1 y COI1, relacionados con la síntesis o con la señalización de oxilipinas, y mediante la aplicación exógena de JA y SA, muestran la implicación del metabolismo de las oxilipinas en el desarrollo de la NS producida por la infección sinérgica entre PVXpotyvirus en N. benthamiana. Además, estos resultados indican que la PCD asociada a esta infección, al igual que ocurre en interacciones incompatibles, no contiene necesariamente la acumulación viral, lo cual indica que necrosis e inhibición de la multiplicación viral son procesos independientes. ABSTRACT Plant viruses cause severe diseases that lead to serious economic losses worldwide. Moreover, simultaneous infections with several viruses are common in nature leading to exacerbation of the disease symptoms. This phenomenon is known as viral synergism. Systemic necrosis (SN) is one of the most severe symptoms caused by plant viruses in susceptible plants, even leading to death of the host. This phenotype has been compared with the hypersensitive response (HR) displayed by resistant plants, and some parallelisms have been found between both responses, which suggest that SN induced by compatible interactions could be the result of a systemic hypersensitive response (SHR). However, the molecular mechanisms involved in the development of SN, its relationship with antiviral defence processes and its biological relevance are still unknown. Furthermore, the changes produced in plants by mixed infections that cause synergistic pathological effects have not been studied in a genome‐wide scale. In this doctoral thesis different approaches have been used to analyse gene expression, together with other genetic and biochemical techniques, in the model plant Nicotiana benthamiana, in order to study the SN produced by the synergistic infection of Potato virus X (PVX) with several potyviruses. Genomic and physiological changes produced in the host by double infection with PVX and Potato virus Y (PVY), and by single infection with PVX or PVY have been compared. In addition, transcriptional and hormonal changes associated with infection by the chimeric virus PVX/HC‐Pro, which produces synergistic symptoms similar to those caused by PVX‐potyvirus, have been compared with those produced by other types of cell death. These types of cell death are: PCD associated with an incompatible interaction, and PCD produced by proteasome disruption. Finally, reverse genetic techniques have revealed the involvement of host factors, such as oxylipins, in the development of SN associated with PVX‐potyvirus synergism. The results revealed that compared with single infections, double infection with PVX‐PVY produced qualitative and quantitative differences in the transcriptome profile, mainly related to primary metabolism. Other changes in gene expression, which reflected the activation of defence mechanisms, correlated with a severe oxidative stress in doubly infected plants that was undetected in single infections. Additionally, accumulation levels of several miRNAs involved in different cellular processes were measured, and the results showed that double infection not only produced the greatest variations in miRNA accumulation levels but also in miRNA functionality. These variations could be related with transcriptomic changes and the symptomatology of the infection. Transcriptome and hormone level comparisons between SN induced by PVX/HCPro and the incompatible interaction produced by Tobacco mosaic virus in plants expressing the N resistance gene (SHR), showed some similarities between both responses, even though the compatible interaction appeared retarded in time. Nevertheless, the expression profiles of both defence‐related genes and hormoneresponsive genes, as well as the relative accumulation of salicylic acid (SA), jasmonic acid (JA) and abscisic acid in the compatible interaction are more similar to the PCD response produced by proteasome disruption. These data suggest that interference with proteasome functionality contributes to the increase in pathogenicity associated with PVX‐potyvirus synergism. Finally, the results obtained by reducing the expression of 9‐LOX, α‐DOX1 and COI1, related with synthesis or signalling of oxylipins, and by applying exogenously JA and SA, revealed that oxylipin metabolism is involved in the development of SN induced by PVX‐potyvirus synergistic infections in N. benthamiana. Moreover, these results also indicated that PVX‐potyvirus associated PCD does not necessarily restrict viral accumulation, as is also the case in incompatible interactions. This indicates that both necrosis and inhibition of viral multiplication are independent processes.

Sobre la comprobación por cálculo de las columnas de alumbrado

Como es sabido, el diseño de alumbrado está siendo sometido a un importante proceso de revisión con objeto de homogeneizar los métodos utilizados en los diferentes países de la Comunidad Económica Europea. Este proceso de codificación abarca detalles geométricos, tolerancias, definición de acciones, métodos de carga, etc., algunos de los cuales se encuentran todavía en discusión. En este artículo se comentan algunos puntos relativos a los métodos de comprobación por cálculo. En particular se comparan las propuestas de la legislación española con la británica y algunos esfuerzos comunitarios. En opinión de los autores, un posible código español debería estar basado: a) En un enfoque en Estados Límites congruente con el resto de la normativa española y los Eurocódigos recientemente elaborados; b) La norma inglesa BS 5649-7 es una base aceptable para el establecimiento de la Norma Española si se acepta la sustitución de los coeficientes de ponderación por los recomendados en la Norma MV-103 y se sustituye la fórmula de interacción lineal por otra parabólica; c) Sería muy importante el establecimiento de las características de la luminaria tipo de acuerdo con los datos de uso. En particular sería deseable relacionar las limitaciones de flecha con la funcionalidad de la luminaria.

Sobre la comprobación por cálculo de las columnas de alumbrado

Como es sabido, el diseño de alumbrado está siendo sometido a un importante proceso de revisión con objeto de homogeneizar los métodos utilizados en los diferentes países de la Comunidad Económica Europea. Este proceso de codificación abarca detalles geométricos, tolerancias, definición de acciones, métodos de carga, etc., algunos de los cuales se encuentran todavía en discusión. En este artículo se comentan algunos puntos relativos a los métodos de comprobación por cálculo. En particular se comparan las propuestas de la legislación española con la británica y algunos esfuerzos comunitarios. En opinión de los autores, un posible código español debería estar basado: a) En un enfoque en Estados Límites congruente con el resto de la normativa española y los Eurocódigos recientemente elaborados; b) La norma inglesa BS 5649-7 es una base aceptable para el establecimiento de la Norma Española si se acepta la sustitución de los coeficientes de ponderación por los recomendados en la Norma MV-103 y se sustituye la fórmula de interacción lineal por otra parabólica; c) Sería muy importante el establecimiento de las características de la luminaria tipo de acuerdo con los datos de uso. En particular sería deseable relacionar las limitaciones de flecha con la funcionalidad de la luminaria.

Estudio anatómico-funcional del pie

El estudio del pie, de su funcionamiento, de su estructuración, de sus arcos, de todo aquello que lo hace tan maravillosamente funcional, ha sido para mí una constante atracción desde que empecé los estudios en este Instituto. Mis conocimientos de anatomía adquiridos en los primeros años de carrera, el gusto personal hacia esta materia penetrante y casi agresiva, la importancia que tiene en la formación del profesor de Educación Física, el conocimiento de la funcionalidad de las diferentes partes del cuerpo humano, la importancia que en sí mismo tiene el pie, no ya en los deportes y actividades físicas , sino en el desenvolvimiento de la vicia cotidiana… son motivos suficientes que me llevan a ahondar un poco más en este tema y realizar así este trabajo fin de carrera. No pretendo con él realizar un estudio exhaustivo y profundo del tema, y mi intención queda muy lejos de ello. Simplemente quiero iniciar esta búsqueda de conocimientos. Será un comienzo de investigación personal que me sirva como complemento en la culminación de mis estudios como alumno de este Instituto, y a su vez base de partida para otros estudios posteriores como exalumno y futuro profesor de Educación Física. El tema no es nuevo ni mucho menos. Hay muchos estudios realizados y numerosos científicos , médicos y anatomistas han dedicado muchas horas a esclarecer problemas y descubrir nuevos conocimientos. Sin embargo estos trabajos están realizados, la mayor parte, desde un punto de vista médico, y con miras a una aplicación posterior en la patología del pie. Todos, o casi todos, se llevan a cabo en investigaciones hechas con cadáveres con todo tipo de radiografías o con electromiógrafos, en fin con una serie de medios que por supuesto no tengo a mi alcance, ni material ni intelectualmente. No puedo, entonces, pretender hacer algo nuevo, no puedo llegar más allá de donde, hasta ahora, se ha llegado. He de limitarme a lo que hay escrito. Mi labor no será otra que la de "resumir" o "aglomerar" lo que otros me dan, ordenarlo al nivel de mis conocimientos y explicarlo desde un punto de vista particular, y no médico. Trataré siempre de un pie sano, de un pie en vida, en ejercicio, en movimiento. (Los médicos trabajan con enfermos, nosotros, sin embargo, tratamos con personas más o menos sanas, aunque a veces podamos también mejorar su salud). No intento hacer ningún estudio de pies patológicos o simplemente con defectos (pie plano, cavo, equino, etc.), pues creo que es tema por sí solo de otra tesina. También podría orientarme hacia los defectos en los escolares, en nuestro medio de trabajo, en cómo tratarlos el profesor de Educación física, en fin, en multitud de temas que fueran de una aplicación más inmediata para nuestra labor. Todos serían temas adecuados en el estudio del pie, pero por ahora quedan dentro de ese futuro al que antes aludía. Será pues, un estudio anatómico-funcional basado en conocimientos anatómicos, en consultas o libros, trabajos realizados. Una vez terminado expondré unas conclusiones y lo que yo he sacado en limpio, lo que he ganado y las ventajas que creo haber adquirido.

Diseño de un sistema para el manejo a distancia de aeronaves construidas con arduino

El principal objetivo del proyecto es intentar reducir los costes de algunas de las operaciones de vigilancia llevadas a cabo por agencias o instituciones de seguridad. El proyecto consiste en diseñar y desarrollar un sistema informático que permita el manejo a distancia de un cuadricóptero a través de un ordenador, utilizando el teclado y visualizando las imágenes recibidas del módulo de la videocámara. Cada cuadricóptero estará compuesto de diferentes módulos y cada módulo tiene una funcionalidad característica. Se desarrollará un sistema de gestión de aeronaves para poder añadir nuevas unidades de cuadricópteros, así como un sistema de gestión de usuarios para administrar los usuarios en el sistema. Adicionalmente, se construirá un prototipo de cuadricóptero y se implementará su unidad controladora para poder realizar las pruebas del sistema desarrollado con ello. ---ABSTRACT---The aim of this project is to attempt to reduce the costs of some surveillance services offered by security agencies or institutions. The project consists in designing and developing a computer system to remotely control a drone or quad-copter through a computer, manipulating the drone through the keyboard and watching the images captured from the camera module. Each drone is built with one or more modules, and each module has its own functionality. Both new drones and new users can be added to the computer system through the drone management system and the user management system, respectively. Both of management systems are going to be developed. The project also includes the making of a quad-copter prototype and a controller unit implementation.

Sistema de e-learning en el entorno AFRICA BUILD Portal

Diversos estudios consideran que las claves para el desarrollo técnico, social y económico de los países en desarrollo, y en especial en África, son la educación, la investigación y la innovación. No obstante, en el ámbito sanitario en particular, la formación e investigación en África sigue siendo escasa por diversos motivos. Por un lado, los investigadores africanos encuentran dificultades añadidas para obtener financiación frente a investigadores en países de desarrollo. Y, por otro lado, los investigadores no disponen de las herramientas y tecnologías adecuadas para acceder a información relevante para su trabajo. En este contexto, el proyecto AFRICA BUILD tiene como principal objetivo mejorar y fomentar la investigación y educación sanitaria en África a través de las nuevas tecnologías. Uno de los resultados principales de este proyecto es el AFRICA BUILD Portal (ABP), que pretende ser un punto de encuentro para los investigadores africanos, donde podrán encontrar un amplio abanico de herramientas que les permita no sólo mejorar su educación, sino compartir conocimientos con otros investigadores. Este portal, que está actualmente en desarrollo, pretende fomentar la comunicación entre instituciones africanas y les proveerá herramientas biomédicas avanzadas. En este Trabajo de Fin de Grado se han marcado como principal objetivo la mejora del sistema de e-learning que existía en el ABP. El nuevo sistema será: (i) más potente, óptimo y rico en funcionalidades, (ii) tendrá una importante base social permitiendo a los usuarios aportar información y compartir conocimiento, y (iii) será distribuido y escalable, capaz de integrar distintos gestores de contenidos didácticos como fuentes de información. Los resultados obtenidos son positivos y el nuevo sistema de aprendizaje ha mejorado la usabilidad, funcionalidad y apariencia del anterior. Para concluir, la herramienta posee aún un gran margen de mejora, pero gracias al trabajo realizado el sistema de e-learning es ahora más social, distribuido, escalable e innovador. ---ABSTRACT---Several studies find that the keys to the technical, social and economic development of developing countries, especially in Africa, are education, research and innovation. However, in the health sector in particular, training and research in Africa remains low for various reasons. On the one hand, African researchers experience additional difficulties for funding against researchers in developing countries. And on the other hand, researchers do not have the right tools and technologies to access information relevant to their work. In this context, the AFRICA BUILD project's main objective is to improve and enhance research and health education in Africa through new technologies. One of the main results of this project is the AFRICA BUILD Portal (ABP), which aims to be a meeting point for African researchers, where they can find a wide range of tools that allows them to not only improve their education but to share knowledge with other researchers. This portal, which is currently under development, aims to promote communication between African institutions and will provide advanced biomedical tools. The main objective of this Final Year Project is the improvement of the former elearning system that already existed in the ABP. The new system will be: (i) more powerful, richer in features, (ii) will have an important social base allowing users to contribute information and knowledge sharing; and (iii) will be distributed and scalable, capable of integrating different learning management systems as sources of information. The final results obtained are fairly positive and the new e-learning system has improved its usability, functionality and appearance of the former. To conclude, the tool still has much room for improvement, but thanks to the new features of the improved elearning system has become more social, distributed, scalable and innovative.

Análisis de datos y modelado simbólico para aplicación de detección temprana de trastornos del lenguaje

Este Proyecto Fin de Grado trabaja en pos de la mejora y ampliación de los sistemas Pegaso y Gades, dos Sistemas Expertos enmarcados en el ámbito de la e-Salud. Estos sistemas, que ya estaban en funcionamiento antes del comienzo de este trabajo, apoyan la toma de decisiones en Atención Primaria. Esto es, permiten evaluar el nivel de adquisición del lenguaje en niños de 0 a 6 años a través de sus respectivas aplicaciones web. Además, permiten almacenar dichas evaluaciones y consultarlas posteriormente, junto con las decisiones del sistema asociadas a las mismas. Pegaso y Gades siguen una arquitectura de tres capas y están desarrollados usando fundamentalmente componentes Java y siguiendo. Como parte de este trabajo, en primer lugar se solucionan algunos problemas en el comportamiento de ambos sistemas, como su incompatibilidad con Java SE 7. A continuación, se desarrolla una aplicación que permite generar una ontología en lenguaje OWL desde código Java. Para ello, se estudia primero el concepto de ontología, el lenguaje OWL y las diferentes librerías Java existentes para generar ontologías OWL. Por otra parte, se mejoran algunas de las funcionalidades de los sistemas de partida y se desarrolla una nueva funcionalidad para la explotación de los datos almacenados en las bases de datos de ambos sistemas Esta nueva funcionalidad consiste en un módulo responsable de la generación de estadísticas a partir de los datos de las evaluaciones del lenguaje que hayan sido realizadas y, por tanto, almacenadas en las bases de datos. Estas estadísticas, que pueden ser consultadas por todos los usuarios de Pegaso y Gades, permiten establecer correlaciones entre los diversos conjuntos de datos de las evaluaciones del lenguaje. Por último, las estadísticas son mostradas por pantalla en forma de varios tipos de gráficas y tablas, de modo que los usuarios expertos puedan analizar la información contenida en ellas. ABSTRACT. This Bachelor's Thesis works towards improving and expanding the systems Pegaso and Gades, which are two Expert Systems that belong to the e-Health field. These systems, which were already operational before starting this work, support the decision-making process in Primary Care. That is, they allow to evaluate the language acquisition level in children from 0 to 6 years old. They also allow to store these evaluations and consult them afterwards, together with the decisions associated to each of them. Pegaso and Gades follow a three-tier architecture and are developed using mainly Java components. As part of this work, some of the behavioural problems of both systems are fixed, such as their incompatibility with Java SE 7. Next, an application that allows to generate an OWL ontology from Java code is developed. In order to do that, the concept of ontology, the OWL language and the different existing Java libraries to generate OWL ontologies are studied. On the other hand, some of the functionalities of the initial systems are improved and a new functionality to utilise the data stored in the databases of both systems is developed. This new functionality consists of a module responsible for the generation of statistics from the data of the language evaluations that have been performed and, thus, stored in the databases. These statistics, which can be consulted by all users of Pegaso and Gades, allow to establish correlations between the diverse set of data from the language evaluations. Finally, the statistics are presented to the user on the screen in the shape of various types of charts and tables, so that the expert users can analyse the information contained in them.

Desarrollo e implementación de espacios verdes inteligentes basados en tecnologías M2M

En esta memoria se muestra el desarrollo del proyecto realizado para la creación de un sistema implantado en espacios verdes de las ciudades. A partir del estudio previo del mercado en torno a las Smart Cities se plantea el desarrollo de un sistema que mejore la sostenibilidad, la eficiencia y la seguridad de sistemas de riego, de medidores de la calidad del aire o estaciones meteorológicas instalados en los espacios verdes y jardines de las ciudades. Sirve de demostrador de cómo mejorar la eficiencia del consumo de agua y energía, además de añadir la funcionalidad de monitorizar la información recibida por sensores instalados en estos espacios en tiempo real a través del sistema desarrollado. La finalidad de este proyecto es la de crear un demostrador que sirva de ejemplo e inspiración para proyectos futuros que se basen en las mismas herramientas que son ofrecidas por Telefónica. El demostrador consiste en el control, gestión y mantenimiento de estos espacios, de modo que se pueda realizar un control y un mantenimiento de los dispositivos y sensores instalados en cada localización y la monitorización de la información suministrada por dichos elementos gracias a la plataforma M2M mediante los simuladores de sensores que ofrece Telefónica para demostraciones. Desde la aplicación, y mediante tecnologías REST y WEB, se realiza la comunicación con los elementos ofrecidos por Telefónica. La información de los sensores almacenada se muestra mediante la creación de informes y gráficas, mostrando la información recibida de los distintos parámetros de medida posibles, como son consumo de agua, temperatura, humedad y medidas de calidad del aire entre otras disponibles. Además, hay un espacio disponible para localizar y gestionar los dispositivos de los que se disponga existiendo la posibilidad de creación de alertas y avisos en función de lo que requiera el usuario. La solución creada como demostrador tiene dos componentes realizados por el estudiante. El primer componente desarrollado consiste en una plataforma web mediante la cual se pueda gestionar en tiempo real los dispositivos instalados en estos espacios verdes, su localización, realizar informes y gráficas, mostrando la información recibida de los sensores y la gestión de reglas para controlar valores límites impuestos por el usuario. El segundo componente es un servicio REST al cual se accede desde la plataforma web creada en el anterior componente y realiza la comunicación con los servicios ofrecidos por Telefónica y la identificación del proveedor del servicio con Telefónica a través del uso de un certificado privado. Además, este componente lleva a cabo la gestión de usuarios, mediante la creación de un servicio de autenticación para limitar los recursos ofrecidos en el servicio REST a determinados usuarios. ABSTRACT. In this memorandum the development of the project carried out for the creation of an implanted into green spaces in cities system is shown. From the previous study of the market around the Smart Cities it arise development of a system to improve the sustainability, efficiency and safety of irrigation systems, meter air quality and green spaces installed weather stations and gardens of cities. It serves as a demonstrator of how to improve the efficiency of water and energy consumption, as well as adding functionality to monitor the information received by sensors installed in these spaces in real time through the system developed. The purpose of this project is to create a demonstrator to provide an example and an inspiration for future projects based on the same tools that are provided by Telefónica. The demonstrator consists of control, management and maintenance of these spaces, so that it can carry out checks and maintenance of devices and sensors installed at each location and monitoring of the information provided by these elements through the M2M platform sensor simulators offered by Telefónica. From the application, and using REST and Web technologies, communication with the items provided by Telefónica is performed. Information stored sensors is shown by creating reports and graphs showing information received from the different parameters as possible, such as water consumption, temperature, humidity and air quality measures among others available. Addition there is an available space to locate and manage devices which becomes available with the possibility of creating alerting and warnings based on what the user requires. The solution created as a demonstrator has two components made by the student. The first component consists of a developed web platform through which to manage real-time devices installed in these green spaces, displaying the information received from the sensors and management rules to control limit values by the user. The second component is a REST service which is accessible from the web platform created in the previous component and performs communication with the services provided by Telefónica and the identification of the service provider with Telefónica through the use of a private certificate. In addition, this component performs user management, by creating an authentication service to restrict the resources available on the REST service to certain users.

Simulación de evolución dirigida de bacteriófagos en poblaciones de bacterias en 2D

The research group is currently developing a biological computing model to be implemented with Escherichia Coli bacteria and bacteriophages M13, but it has to be modelled and simulated before any experiment in order to reduce the amount of failed attempts, time and costs. The problem that gave rise to this project is that there are no software tools which are able to simulate the biological process underlying that com- putational model, so it needs to be developed before doing any experimental implementation. There are several software tools which can simulate most of the biological processes and bacterial interactions in which this model is based, so what needs to be done is to study those available simulation tools, compare them and choose the most appropriate in order to be improved adding the desired functionality for this design. Directed evolution is a method used in biotechnology to obtain proteins or nucleic acids with properties not found in nature. It consists of three steps: 1) creating a library of mutants, 2) selecting the mutants with the desired properties, 3) replicating the variants identified in the selection step. The new software tool will be verified by simulating the selection step of a process of directed evolution applied to bacteriophages. ---ABSRACT---El grupo de investigación está desarrollando un modelo de computación biolóogica para ser implementado con bacterias Escherichia Coli y bacteriofagos M13, aunque primero tiene que ser modelizado antes de realizar cualquier experimento, de forma que los intentos fallidos y por lo tanto los costes se verán reducidos. El problema que dio lugar a este proyecto es la ausencia de herramientas software capaces de simular el proceso biológico que subyace a este modelo de computación biológica, por lo que dicha herramienta tiene que ser desarrollada antes de realizar cualquier implementación real. Existen varias herramientas software capaces de simular la mayoría de los procesos biológicos y las interacciones entre bacterias en los que se basa este modelo, por lo que este trabajo consiste en realizar un estudio de dichas herramientas de simulación, compararlas y escoger aquella más apropiada para ser mejorada añadiendo la funcionalidad deseada para este diseño. La evolución dirigida es un método utilizado en biotecnología para obtener proteínas o ácidos nucleicos con propiedades que no se encuentran en la naturaleza. Este método consiste en tres pasos: 1) crear una librería de mutantes, 2) seleccionar los mutantes con las propiedades deseadas, 3) Replicar los mutantes deseados. La nueva herramienta software será verificada mediante la simulación de la selección de mutantes de un proceso de evolución dirigida aplicado a bacteriofagos.

Plataforma de conocimiento evolutivo para detección temprana de transtornos del lenguaje

Este Proyecto Fin de Grado, es el primer paso para abordar la construcción de una plataforma de conocimiento evolutivo para dos sistemas que facilitan la detección precoz de trastornos del lenguaje en niños de 0 a 6 años. Concretamente, el objetivo principal de este proyecto es el diseño, desarrollo y puesta en explotación de un sistema de recogida de propuestas de mejora sobre la base de conocimiento de los sistemas de ayuda a la toma de decisiones Gades y Pegaso. Este sistema está formado fundamentalmente por una aplicación diseñada y construida mediante una arquitectura de componentes de software modular y reutilizable. La aplicación será usada por los usuarios de las plataformas Pegaso y Gades para realizar las propuestas de cambio sobre la base de conocimiento de dichos sistemas. El sistema es accesible vía web y almacena toda la información que maneja en una base de datos. Asimismo, expone un estudio de aplicaciones orientadas al trabajo colaborativo (CSCW) y a la toma de decisiones colaborativa, como paso previo al desarrollo de una funcionalidad futura del propio sistema. ABSTRACT. This Final Degree Project, is the first step to address the construction of a platform for two evolutionary knowledge systems that facilitate early detection of language disorders in children aged 0-6 years. Specifically, the main objective of this project is the design, development and start-up of a system that collect improvement proposals about the knowledge of decision support systems Gades and Pegaso. This system consists mainly of an application designed and built by a modular component architecture and reusable software. The application will be used by users of the Pegaso and Gades platforms for change proposals on the basis of knowledge of such systems. The system is accessible via web and stores all the information managed in a database. It also presents a study of collaborative work oriented applications (CSCW) and collaborative decision making, prior to the development of a future system functionality.

Prototipo de e-store para un ecosistema y un framework de provisión de servicios

El trabajo realizado se encuentra enmarcado dentro del proyecto de I+D+I del 7o programa marco de la Comisión Europea Fi-WARE: The future Internet core platform que forma parte de la iniciativa Future Internet PPP. En concreto, se ha desarrollado la especificación de un Generic Enabler con funcionalidad de tienda virtual que de soporte a la publicación y adquisición o subscripción de aplicaciones y servicios dentro del denominado Business Framework Ecosystem (BFE), además de una implementación de referencia de este Generic Enabler (GE) que ha sido utilizada para la realización de una prueba de concepto con el objetivo de comprobar la adecuación del comportamiento de la especificación dentro del BFE. La primera tarea realizada ha consistido en un estudio de otras stores (o tiendas digitales) existentes, mirando aspectos tales como la funcionalidad proporcionada, la información mostrada de los distintos productos ofrecidos o la organización de la interfaz de usuario y la metáfora visual. Este estudio ha tenido como objetivo establecer un punto de partida desde el que empezar a analizar las distintas funcionalidades que deberá proveer el sistema.Utilizando como base el estudio anterior y las necesidades concretas de la plataforma Fi-WARE se paso a la educación de los requisitos generales del sistema en los cuales se especifica a grandes rasgos la funcionalidad que debe proveer esta tienda digital así como algunos aspectos concretos de la experiencia de usuario. Una vez definida la funcionalidad de la store se ha abordado el diseño del sistema. Para realizar este diseño se ha trabajado en dos tareas principales: La primera de estas tareas ha consistido en realizar el diseño de la arquitectura del Store GE, en el que se especifican todos los módulos que debe contener el sistema para poder satisfacer los requisitos, así como las distintas conexiones del Store GE con otros componentes del proyecto Fi-Ware y de sus interrelaciones con el resto de componentes de dicho proyecto. Esto ofrece una visión global de la ubicación del Store GE dentro de la arquitectura general del proyecto Fi-Ware. La segunda tarea ha consistido en el desarrollo de la especicación abierta (Open specication) del Store GE. Esta tarea es probablemente la más relevante de cara a cumplir con los objetivos del proyecto Fi-Ware, ya que Fi-Ware se propone como objetivo principal proporcionar las especificaciones de una plataforma tecnológica abierta para la Internet del futuro, formada por un conjunto de componentes (denominados Generic Enablers), entre los que se encuentra el Store GE. En este documento ha quedado descrito con todo detalle en que consiste el Store GE y cuales son sus APIs, sobre las que se construirán las aplicaciones de la futura Internet basadas en Fi-Ware, de manera que sea posible que cualquier empresa pueda realizar una implementación diferente a la que se está desarrollando en este proyecto (si bien ésta será su implementación de referencia). Para esta Open specication se han desarrollado un modelo de gestión de usuarios y roles, un modelo de datos, diagramas de interacción que definen todas las posibles comunicaciones de la store con otros Generic Enablers del proyecto Fi-Ware, la definición del ciclo de vida de una oferta y las APIs REST del Store GE, incluyendo el contenido de las peticiones y los tipos MIME soportados. En este punto se pudo comenzar a trabajar en la implementación de referencia del Store GE. La primera tarea ha consistido en realizar la integración con el Marketplace GE, otro de los Generic Enablers del proyecto Fi-Ware, para ello se definieron unos requisitos específicos y se realizó un diseño de bajo nivel de este móodulo seguido de la propia implementación y un conjunto exhaustivo de pruebas unitarias para comprobar su correcto funcionamiento. A continuación se pasó a realizar la integracióon con el Repository GE siguiendo los mismos pasos que con la integración con el Marketplace GE. La siguiente tarea realizada ha consistido en la realización de los móodulos necesarios para permitir crear nuevas ofertas en la implementación de referencia de Store GE incluyendo nuevamente una fase de educación de requisitos específicos, un diseño de bajo nivel, la propia implementación y una serie de pruebas unitarias. Una vez implementada la creación de nuevas ofertas, se pasó a la realización de la funcionalidad necesaria para la recuperación y visualizacion de estas ofertas así como a la realización del soporte necesario para el registro de recursos y para la vinculación de estos a determinadas ofertas, siguiendo nuevamente la metodología antes mencionada. Finalmente se ha dado el soporte para la publicación y la adquisición de ofertas. En este caso la adquisición de ofertas se ha realizado tan solo en la parte servidora de la aplicación y no se ha llegado a dar soporte a esta funcionalidad en la interfaz Web al no ser necesaria para la realización de la prueba de concepto prevista. No obstante esta funcionalidad será implementada junto con otras funcionalidades como el soporte de características sociales, ya fuera del ámbito de este Trabajo de fin de grado. Como paso previo a la realización de la prueba de concepto se ha trabajado en la plataforma Wirecloud, que es una implementación de referencia del denominado Application Mashup GE, modicando su funcionalidad para integrarla con la API de compras realizada dentro de la implementación de referencia del Store GE. La úultima tarea realizada para este Trabajo de fin de grado ha consistido por fin en la realización de la prueba de concepto del Store GE integrando su implementación de referencia con las del resto de Generic Enablers, lo cual ha permitido comprobar así el fucionamiento de la arquitectura y modelo propuestos.

Planificación de usabilidad en el desarrollo de una aplicación móvil de microblogging

En la actualidad se ha experimentado un fuerte desarrollo en el campo de los ordenadores, teléfonos móviles y otros dispositivos, que hacen posible que la información sea más accesible para todo el mundo. Además, se han creado nuevas vías por la cual transmitir información, como las redes sociales. En especial, destaca Twitter, que posee millones de usuarios que se conectan cada día. Asimismo, los periodistas reconocen la importancia de Twitter y la facilidad y rapidez que ofrece para publicar información hace que esta red social sea ampliamente usada por muchísimos periodistas. En este contexto es donde se enmarca el proyecto “Red de microblogging para periodistas sobre dispositivos iOS” de la cátedra UPM-­‐El Mundo de comunicación digital que tiene como finalidad encontrar una solución nueva que integre las ventajas que nos proporciona la nueva tecnología, la rapidez y facilidad que tiene escribir algo en Twitter y que el periódico se beneficie de todo esto, así como el periodista que escriba la noticia. Para alcanzar estos objetivos, la usabilidad del sistema que se desarrolle es una parte fundamental, ya que tan importante como es la funcionalidad de un sistema es que los usuarios realmente lo usen y se sientan cómodos con él. Se ha llevado a cabo la planificación de las técnicas de usabilidad a aplicar con ayuda de la herramienta “Usability Planner”, considerando las restricciones concretas que se dan en el proyecto. A continuación se han aplicado las técnicas elegidas de forma integrada con el resto de actividades de desarrollo del proyecto. Entre estas técnicas destaca la realización de una evaluación de usabilidad, que ha mostrado que el producto ha cumplido en gran medida los objetivos de usabilidad establecidos, y los usuarios se han mostrado ampliamente satisfechos con los resultados obtenidos ---ABSTRACT---Nowadays, a strong growth in the field of personal computers, mobile phones and other devices has been experienced. This growth makes the information to be more reachable for everyone. In addition, new ways of transmitting information have been created, such as social networks, especially Twitter, which owns millions of users. Moreover, the journalists recognize the importance of Twitter, and its speed and ease to use and publish information makes Twitter widely used by them. This is the context in which the project “Red de microblogging para periodistas sobre dispositivos iOS” of the cathedra UPM-­‐El Mundo de comunicación digital takes part, whose aim is to find a new solution to incorporate the advantages of the new technology, the speed and the ease of Twitter to allow that newspapers, as well as journalists, are able to take benefit of it. In order to achieve it, the usability of the system which is going to be developed is an essential part, because the functionality of a system is as important as it is that the users really use and feel comfortable with the system. And in the latter is where this work takes part, the design and the evaluation of the usability of the system which is going to be developed. A planification of usability techniques has been performed with the support of the tool “Usability Planner”. There are a wide range of usability techniques and its choice in order to apply them into a project is not an easy task. Furthermore, the chosen techniques have been applied integrated with all the other activities of the project. Finally, a usability evaluation has been executed and it has shown that the established usability objectives have been accomplished and the users are widely satisfied with the project.

Predicción del remonte extremo en playas : aplicación a los sectores litorales de la costa española

El remonte extremo o remonte del 2% es un parámetro clave en la ingeniería costera dado que permite acometer actuaciones en las playas bajo criterios de sostenibilidad económico y socioambiental. Estas actuaciones van desde el diseño de estructuras en el trasdós de la playa a planes de actuación urbanística en la costa tal que se determine adecuadamente los límites de dominio público. El adecuado diseño de estas actuaciones adquiere más relevancia hoy en día debido a las nuevas amenazas que se ponen de relieve debido al cambio climático, y que en el caso concreto de la costa se materializa en inundaciones que provocan pérdidas económicas. Estudios precedentes han realizado ensayos in situ o en modelo físico para la determinación del remonte extremo en playas. Al comparar estas formulaciones la dispersión es alta lo que implica que la precisión en la obtención del remonte no sea suficiente. Esta dispersión se justifica debido al amplio espectro de playas existentes y la alta variabilidad del clima marítimo. Este problema cobra más relevancia debido a las actuaciones preventivas o correctivas a acometer frente al cambio climático bajo un criterio de sostenibilidad. Con el fin de realizar actuaciones sostenibles bajo el contexto actual del probable aumento de inundaciones costeras por cambio climático no deben obtenerse ni magnitudes sobredimensionadas con el consecuente consumo de recursos y afección a las actividades económicas, ni magnitudes subestimadas que pongan en riesgo la estabilidad y/o la funcionalidad de las actuaciones para un periodo de diseño. El principal objetivo de esta tesis es proponer una formulación de aplicación en la obtención del remonte extremo tal que se cumplan los criterios de seguridad para el servicio y funcionalidad de la obra y los criterios de sostenibilidad económico y socio-ambiental que se requieren hoy en día. Es decir, una fórmula que no sobredimensione el cálculo de este valor pero que pueda cubrir la casuística que acontece en las distintas tipologías de playas. Complementariamente a este objetivo se ejemplifica la aplicación de estas formulaciones en casos reales tal que se reduzca la incertidumbre y ambigüedad en la obtención de las variables independientes de las formulaciones. Para la consecución de estos objetivos se realiza un estado del arte en el que se estudia tanto los estudios estadísticos en la obtención de este parámetro como los modelos numéricos propuestos para ello, tal que se deduzca la mejor línea de investigación en la consecución del fin de esta tesis. Tras este estudio del arte se concluye que la mejor línea de investigación sigue la vía estadística y se diseña un modelo físico con fondo de arena en contraste con modelos físicos con fondo impermeable fijo. Los resultados de dicho modelo se han comparado con las formulaciones precedentes y se proponen las fórmulas de aplicación más convenientes para la obtención del remonte extremo. Complementariamente a la propuesta de formulaciones se desarrolla una metodología de aplicación de dichas formulaciones a casos de la costa española que ejemplifican convenientemente su uso para una adecuada predicción de este valor en las playas. The extreme runup is a key parameter in coastal management. This parameter allows to develop sustainability actions at the coast that meet economical and environmental criteria. At the coast the actions can be either design of structures at the shore or actions plans delimiting reclamation areas. The climate change has given more relevance to accomplish an appropriate design for the coastal management actions. At the coast the threaten are mainly focused on more frequent floods that cause economic losses. Previous studies have carried out field or physical model experiments to accomplish an equation for the extreme runup prediction. Although dispersion remains high when comparing the different proposals so the accuracy in the prediction might be risky. This scattering comes from the wide sort of beaches and the high variability of the maritime climate. The new actions that are needed to develop to counteract the effects of the climate change need a more efficient criteria. Hence formulations should not overestimate or underestimate the values of the extreme runup. The overestimation implies to consume resources that are not needed and the underestimation means in a structure risk to support safely the loads. The main goal of this thesis is to propose a formulation for the extreme runup prediction so the safety of the structure can be accomplished but at the same time the sustainability of the action is ensured under economical and environmental criteria that are demanded nowadays. So the formulation does not overestimate the extreme value but cover with enough confidence the different sort of beaches. The application of the formulation is also explained in order to reduce uncertainty when the input values are obtained. In order to accomplish the goal of this research firstly a literature review is done. Statistical and numerical models are studied. The statistical model is selected as the most convenient research guideline. In order to obtain runup results a physical model with sand bed is carried out. The bed differs from those that used impermeable slope in previous experiments. Once the results are obtained they are compared with the previous equations and a final formulation is proposed. Finally a methodology to apply the deduced formulation to the Spanish beaches is addressed.

Caracterización de la agitación local y la respuesta oscilatoria de un buque mediante el uso de técnicas de visión artificial : aplicación al análisis de los umbrales operativos en líneas de atraque y amarre

El desarrollo de actividades de carga y descarga son parte de la esencia de la naturaleza funcional de un puerto, de las cuales derivan en gran medida los ingresos del mismo y la eficiencia de la cadena logística en su conjunto. Las oscilaciones en el interior de una dársena y en un línea de atraque disminuyen la calidad de la estancia de las embarcaciones en puerto, reducen el rendimiento de la estiba de los buques y solicitan y fatigan las estructuras y los cuerpos flotantes amarrados. Si los parámetros que definen la agitación local se aproximan a regiones de fallo 0 parada, el subsistema pierde rendimiento, fiabilidad y finalmente se paralizan las operaciones, produciéndose de este modo tiempos de inactividad. Estas paradas operativas conllevan pérdidas económicas para la terminal y, consecuentemente, para el puerto. Hoy día se dispone vastas redes de monitorización destinadas a la caracterización del medio físico en el entorno de los puertos. Paralelamente, las operaciones de manipulación de cargas en las terminales se están dirigiendo hacia modelos de automatización o semi automatización, que permiten no sólo la sistematización de procesos, sino también un profundo conocimiento del flujo de tareas. En este contexto hay un déficit de información sobre cómo afectan los diferentes forzadores del medio físico al rendimiento, la seguridad funcionalidad del proceso de manipulación de carga y descarga. Esto se debe en gran medida a la falta de registros dilatados en el tiempo que permitan correlacionar todos los aspectos mencionados de un modo particularizado para cada línea de atraque y amarre de un puerto. En esta tesis se desarrolla una metodología de vídeo monitorización no intrusiva y de bajo coste basada en la aplicación de técnicas "pixel tool' y la obtención de los parámetros extrínsecos de una observación monofocal. Con ello pretende poner en valor las infraestructuras de vídeo vigilancia de los puertos y de los laboratorios de experimentación a escala reducida, con el objeto de facilitar el estudio los umbrales operativos de las áreas de atraque y amarre. The development of loading and unloading activities is an essential part of he functional nature of a port, which derive largely from he same income and the efficiency of he supply chain as a whole. The oscillations inside a dock and a mooring line diminish he quality of the stay of vessels in port reducing the performance of the stowage of ship and asking and fatigued structures and moored floating bodies. If the parameters defining the local al agitation regions are close to areas of failure or shutdown, he subsystem looses performance, reliability and eventually paralyzes the operations, thereby producing downtime. These operational stops entail economic 1osses to the terminal and, consequently for the port. Today vast networks of monitoring, aimed at he characterization of the physical environment in the vicinity of he ports, are available. In parallel, the cargo handling operations at terminals are moving towards automation or semi-automation models that allow not only the systematization of processes, but also a deep understanding of he workflow. In this context, there is a lack of information about how the different forcing agents of the physical environment affect the performance and he functional safety of the loading and unloading process. This is due largely to the lack of spread-over-time records which would allow to correlate all aspects mentioned, specifically, for each berthing and mooring of a port. This thesis develops a methodology for non-intrusive and low cost monitoring video based on the application of "pixel tool" techniques and on obtaining the extrinsic parameters of a monofocal observation. It seeks an enhancement of the video monitoring infrastructure at ports and at experimental laboratories of reduced scale, in order to facilitate the study of operational thresholds berthing and mooring areas.

Unidad de efectos de audio en Simulink

La tecnología moderna de computación ha permitido cambiar radicalmente la investigación tecnológica en todos los ámbitos. El proceso general utilizado previamente consistía en el desarrollo de prototipos analógicos, creando múltiples versiones del mismo hasta llegar al resultado adecuado. Este es un proceso costoso a nivel económico y de carga de trabajo. Es por ello por lo que el proceso de investigación actual aprovecha las nuevas tecnologías para lograr el objetivo final mediante la simulación. Gracias al desarrollo de software para la simulación de distintas áreas se ha incrementado el ritmo de crecimiento de los avances tecnológicos y reducido el coste de los proyectos en investigación y desarrollo. La simulación, por tanto, permite desarrollar previamente prototipos simulados con un coste mucho menor para así lograr un producto final, el cual será llevado a cabo en su ámbito correspondiente. Este proceso no sólo se aplica en el caso de productos con circuitería, si bien es utilizado también en productos programados. Muchos de los programas actuales trabajan con algoritmos concretos cuyo funcionamiento debe ser comprobado previamente, para después centrarse en la codificación del mismo. Es en este punto donde se encuentra el objetivo de este proyecto, simular algoritmos de procesado digital de la señal antes de la codificación del programa final. Los sistemas de audio están basados en su totalidad en algoritmos de procesado de la señal, tanto analógicos como digitales, siendo estos últimos los que están sustituyendo al mundo analógico mediante los procesadores y los ordenadores. Estos algoritmos son la parte más compleja del sistema, y es la creación de nuevos algoritmos la base para lograr sistemas de audio novedosos y funcionales. Se debe destacar que los grupos de desarrollo de sistemas de audio presentan un amplio número de miembros con cometidos diferentes, separando las funciones de programadores e ingenieros de la señal de audio. Es por ello por lo que la simulación de estos algoritmos es fundamental a la hora de desarrollar nuevos y más potentes sistemas de audio. Matlab es una de las herramientas fundamentales para la simulación por ordenador, la cual presenta utilidades para desarrollar proyectos en distintos ámbitos. Sin embargo, en creciente uso actualmente se encuentra el software Simulink, herramienta especializada en la simulación de alto nivel que simplifica la dificultad de la programación en Matlab y permite desarrollar modelos de forma más rápida. Simulink presenta una completa funcionalidad para el desarrollo de algoritmos de procesado digital de audio. Por ello, el objetivo de este proyecto es el estudio de las capacidades de Simulink para generar sistemas de audio funcionales. A su vez, este proyecto pretende profundizar en los métodos de procesado digital de la señal de audio, logrando al final un paquete de sistemas de audio compatible con los programas de edición de audio actuales. ABSTRACT. Modern computer technology has dramatically changed the technological research in multiple areas. The overall process previously used consisted of the development of analog prototypes, creating multiple versions to reach the proper result. This is an expensive process in terms of an economically level and workload. For this reason actual investigation process take advantage of the new technologies to achieve the final objective through simulation. Thanks to the software development for simulation in different areas the growth rate of technological progress has been increased and the cost of research and development projects has been decreased. Hence, simulation allows previously the development of simulated protoypes with a much lower cost to obtain a final product, which will be held in its respective field. This process is not only applied in the case of circuitry products, but is also used in programmed products. Many current programs work with specific algorithms whose performance should be tested beforehand, which allows focusing on the codification of the program. This is the main point of this project, to simulate digital signal processing algorithms before the codification of the final program. Audio systems are entirely based on signal processing, both analog and digital systems, being the digital systems which are replacing the analog world thanks to the processors and computers. This algorithms are the most complex part of every system, and the creation of new algorithms is the most important step to achieve innovative and functional new audio systems. It should be noted that development groups of audio systems have a large number of members with different roles, separating them into programmers and audio signal engineers. For this reason, the simulation of this algorithms is essential when developing new and more powerful audio systems. Matlab is one of the most important tools for computer simulation, which has utilities to develop projects in different areas. However, the use of the Simulink software is constantly growing. It is a simulation tool specialized in high-level simulations which simplifies the difficulty of programming in Matlab and allows the developing of models faster. Simulink presents a full functionality for the development of algorithms for digital audio processing. Therefore, the objective of this project is to study the posibilities of Simulink to generate funcional audio systems. In turn, this projects aims to get deeper into the methods of digital audio signal processing, making at the end a software package of audio systems compatible with the current audio editing software.