Análisis y sintonización de aplicaciones paralelas/distribuidas de bioinformática: caso de estudio mpiBLAST

En termes de temps d'execució i ús de dades, les aplicacions paral·leles/distribuïdes poden tenir execucions variables, fins i tot quan s'empra el mateix conjunt de dades d'entrada. Existeixen certs aspectes de rendiment relacionats amb l'entorn que poden afectar dinàmicament el comportament de l'aplicació, tals com: la capacitat de la memòria, latència de la xarxa, el nombre de nodes, l'heterogeneïtat dels nodes, entre d'altres. És important considerar que l'aplicació pot executar-se en diferents configuracions de maquinari i el desenvolupador d'aplicacions no port garantir que els ajustaments de rendiment per a un sistema en particular continuïn essent vàlids per a d'altres configuracions. L'anàlisi dinàmica de les aplicacions ha demostrat ser el millor enfocament per a l'anàlisi del rendiment per dues raons principals. En primer lloc, ofereix una solució molt còmoda des del punt de vista dels desenvolupadors mentre que aquests dissenyen i evaluen les seves aplicacions paral·leles. En segon lloc, perquè s'adapta millor a l'aplicació durant l'execució. Aquest enfocament no requereix la intervenció de desenvolupadors o fins i tot l'accés al codi font de l'aplicació. S'analitza l'aplicació en temps real d'execució i es considra i analitza la recerca dels possibles colls d'ampolla i optimitzacions. Per a optimitzar l'execució de l'aplicació bioinformàtica mpiBLAST, vam analitzar el seu comportament per a identificar els paràmetres que intervenen en el rendiment d'ella, com ara: l'ús de la memòria, l'ús de la xarxa, patrons d'E/S, el sistema de fitxers emprat, l'arquitectura del processador, la grandària de la base de dades biològica, la grandària de la seqüència de consulta, la distribució de les seqüències dintre d'elles, el nombre de fragments de la base de dades i/o la granularitat dels treballs assignats a cada procés. El nostre objectiu és determinar quins d'aquests paràmetres tenen major impacte en el rendiment de les aplicacions i com ajustar-los dinàmicament per a millorar el rendiment de l'aplicació. Analitzant el rendiment de l'aplicació mpiBLAST hem trobat un conjunt de dades que identifiquen cert nivell de serial·lització dintre l'execució. Reconeixent l'impacte de la caracterització de les seqüències dintre de les diferents bases de dades i una relació entre la capacitat dels workers i la granularitat de la càrrega de treball actual, aquestes podrien ser sintonitzades dinàmicament. Altres millores també inclouen optimitzacions relacionades amb el sistema de fitxers paral·lel i la possibilitat d'execució en múltiples multinucli. La grandària de gra de treball està influenciat per factors com el tipus de base de dades, la grandària de la base de dades, i la relació entre grandària de la càrrega de treball i la capacitat dels treballadors.

Straightening out the concept of direct and indirect input requirements

Gim & Kim (1998) proposed a generalization of Jeong (1982, 1984) reinterpretation of the Hawkins-Simon condition for macroeconomic stability to off-diagonal matrix elements. This generalization is conceptually relevant for it offers a complementary view of interindustry linkages beyond final or net output influence. The extension is completely similar to the 'total flow' idea introduced by Szyrmer (1992) or the 'output-to-output' multiplier of Miller & Blair (2009). However the practical implementation of Gim & Kim is actually faulty since it confuses the appropriate order of output normalization. We provide a new and elementary solution for the correct formalization using standard interindustry accounting concepts.

Diseño e implementación de un framework de persistencia

Los Frameworks constituyen el nuevo paradigma en cuanto al desarrollo de software se refiere. Entre sus principales características se encuentran la facilidad para la reutilización de código. En este marco específico proporcionados por la tecnología usaremos la tecnología JAVA y su extensión en cuanto a la persistencia de datos. El Framework de persistencia es el responsable de gestionar la lógica de acceso a los datos en un SGBD (Sistema de Gestión de Bases de Datos), ya sea de entrada o salida, y ocultando los detalles más pesados relativos a la estructura propia de la Base de Datos utilizada, de manera completa y transparentemente. En conclusión, este proyecto se basa en un análisis del los Frameworks existentes, analizando sus características y profundizando en los detalles concretos de su actividad y manejo en cuanto a la persistencia.

Consultoria del procés de logística interna del laboratori d'anàlisis clíniques a l'Hospital General de Vic

Com a resultat de les politiques i estratègies de col·laboració entre la universitat de Vic i de l’hospital i de la voluntat de realitzar activitats formatives conjuntes , s’estableix un línia de treball orientada a l’estudi i anàlisi de la situació logística interna actual del laboratori d’anàlisis clíniques de l’Hospital General de Vic. El treball es centra en el procés intern del laboratori i l’abast de l’estudi es troba limitat a les àrees especifiques d’hematologia i coagulació i bioquímica. D’aquestes dues àrees el treball realitza un estudi exhaustiu del seu procés intern, identifica les seves activitats i la seva metodologia de treball amb l’objectiu d’elaborar el Value Stream Map de cadascuna de les àrees. Les àrees de Microbiologia, Banc de Sang i Urgències resten fora d’aquest estudi exhaustiu tot i que són presents en el treball per la inevitable interacció que tenen en la globalitat del procés. El treball es centra bàsicament en els processos automatitzats tot i que els processos que es duen a terme en el laboratori són tant automatitzats com manuals. També es limita al sistema productiu intern del laboratori tot i la interacció que té aquest sistema intern amb altres centres productius del sistema com ara són els centres d’atenció primària, els diversos hospitals i centres d’atenció sociosanitària. El laboratori es troba immers en el moment de l’elaboració d’aquest treball en un situació de canvi i millora del seus processos interns que consisteixen principalment en la substitució de part la maquinària actual que obliguen a la definició d’un nou layout i d’una nova distribució de la producció a cada màquina. A nivell extern també s’estan produint millores en el sistema informàtic de gestió que afecten a part del seu procés. L’objectiu del treball és donar visibilitat total al procés de logística interna actual del laboratori, identificant clarament com són i quina seqüència tenen els processos logístics interns i els mètodes de treball actuals, tant de recursos màquina com recursos persona, per poder identificar sota una perspectiva de generació de valor, aquells punts concrets de la logística interna que poden ser millorats en quant a eficiència i productivitat amb l’objectiu que un cop identificats es puguin emprendre accions i/o projectes de millora. El treball finalitza amb un anàlisis final del procés logística interna des d’una òptica Lean. Per fer-ho, identifica aquelles activitats que no aporten valor al procés o MUDA i les classifica en set categories i es realitzen diverses propostes de millora com són la implantació d’un flux continu , anivellat i basat en un concepte pull , identifica activitats que poden ser estandarditzades i/o simplificades i proposa modificacions en les infraestructures físiques per donar major visibilitat al procés. L’aspecte humà del procés es planteja des d’un punt de vist de metodologia, formació, comunicació i aplicació de les 5S.

Análisis bibliométrico sobre el Aprendizaje Basado en Problemas (ABP) en la educación superior a partir de la base de datos ERIC

[spa]El estudio bibliométrico descriptivo que sigue presenta tendencias de investigación sobre el aprendizaje basado en problemas entre 1974 y 2009. Se sirve de la base de datos ERIC y trabaja con una muestra de 1007 documentos. Se analizan los registros a tenor de cuatro variables: el año de publicación o realización, la titulación, el área de conocimiento y la tipología de investigación. En cuanto a la producción científica, pueden diferenciarse tres fases: la primera, de 1974 a 1989, supone el inicio de las publicaciones y muestra escasa relevancia estadística; la segunda, de crecimiento, durante la década de los 90 del pasado siglo; y la última, de maduración, desde el año 2000 hasta el año 2009. La distribución de los registros por sectores de conocimiento destaca Ciencias de la Salud, Ciencias Sociales y Enseñanzas Técnicas. Las titulaciones en las que más ha proliferado el ABP son Medicina, Económicas, Empresariales, Pedagogía, Formación del Profesorado y el conjunto de las ingenierías.

Análisis bibliométrico sobre el Aprendizaje Basado en Problemas (ABP) en la educación superior a partir de la base de datos ERIC

[spa]El estudio bibliométrico descriptivo que sigue presenta tendencias de investigación sobre el aprendizaje basado en problemas entre 1974 y 2009. Se sirve de la base de datos ERIC y trabaja con una muestra de 1007 documentos. Se analizan los registros a tenor de cuatro variables: el año de publicación o realización, la titulación, el área de conocimiento y la tipología de investigación. En cuanto a la producción científica, pueden diferenciarse tres fases: la primera, de 1974 a 1989, supone el inicio de las publicaciones y muestra escasa relevancia estadística; la segunda, de crecimiento, durante la década de los 90 del pasado siglo; y la última, de maduración, desde el año 2000 hasta el año 2009. La distribución de los registros por sectores de conocimiento destaca Ciencias de la Salud, Ciencias Sociales y Enseñanzas Técnicas. Las titulaciones en las que más ha proliferado el ABP son Medicina, Económicas, Empresariales, Pedagogía, Formación del Profesorado y el conjunto de las ingenierías.

Factores no agronómicos: análisis de su influencia en los precios de la tierra agraria

El valor de la tierra agraria está determinado por las características agronómicas de este input. Pero el precio de la tierra agraria con frecuencia supera al alza o a la baja su valor, debido a la existencia de una serie de factores no agronómicos (endógenos y exógenos al sector) que ejercen presiones en la determinación y evolución del precio. Desde esta perspectiva, el objetivo que se persigue es analizar los principales factores no agronómicos determinantes del precio del suelo rústico a partir de los años ochenta. El ámbito de estudio se centra en la provincia de Lleida y se distingue entre tierras de secano y de regadío. Las estimaciones realizadas muestran que los principales factores que explican el comportamiento de los precios de la tierra agraria son .el considerar la tierra como un refugio del capital, las subvenciones recibidas de la PAC y las expectativas de plusvalía.

Estudio y análisis de los trastornos del comportamiento a través de las revistas científicas. Revisión blbliográfica de 2004 a 2008

El interés por la producción científica en relación con los trastornos del comportamiento alimentario (TCA) ha ido en aumento durante los últimos años, lo que puede ser atribuido a varios factores, entre ellos el surgimiento de nuevas publicaciones más selectivas y especializadas. La creciente investigación examina las preocupaciones de la imagen corporal y otras conductas asociadas, tales como el desarrollo de bajos niveles de autoestima y de trastornos del comportamiento alimentario entre otros. Este trabajo, muestra una revisión bibliográfica realizada a 136 artículos publicados en 60 revistas de ámbito internacional. Los artículos comprenden una selección realizada entre el año 2004 y el año 2008, como fruto de una revisión que sirvió de base para el desarrollo del proyecto I+D denominado “La publicidad de televisión entre otros factores socioculturales influyentes en los trastornos de la conducta alimentaria. Estudio en sanas, enfermas y expertos” (2007-2010), proyecto del cual las autoras forman parte. El artículo concluye que existe una amplia tendencia a examinar los medios de comunicación y su influencia en los Trastornos del Comportamiento Alimentario y que las muestras tienden a utilizar a mujeres en su mayoría jóvenes, las cuales presentan un mayor grado de incidencia hacia los trastornos alimentarios que los hombres, en grupos con una edad cada vez menor.

Consultoria del procés de logística interna del laboratori d'anàlisis clíniques a l'Hospital General de Vic

Com a resultat de les politiques i estratègies de col·laboració entre la universitat de Vic i de l’hospital i de la voluntat de realitzar activitats formatives conjuntes , s’estableix un línia de treball orientada a l’estudi i anàlisi de la situació logística interna actual del laboratori d’anàlisis clíniques de l’Hospital General de Vic. El treball es centra en el procés intern del laboratori i l’abast de l’estudi es troba limitat a les àrees especifiques d’hematologia i coagulació i bioquí… [+]mica. D’aquestes dues àrees el treball realitza un estudi exhaustiu del seu procés intern, identifica les seves activitats i la seva metodologia de treball amb l’objectiu d’elaborar el Value Stream Map de cadascuna de les àrees. Les àrees de Microbiologia, Banc de Sang i Urgències resten fora d’aquest estudi exhaustiu tot i que són presents en el treball per la inevitable interacció que tenen en la globalitat del procés. El treball es centra bàsicament en els processos automatitzats tot i que els processos que es duen a terme en el laboratori són tant automatitzats com manuals. També es limita al sistema productiu intern del laboratori tot i la interacció que té aquest sistema intern amb altres centres productius del sistema com ara són els centres d’atenció primària, els diversos hospitals i centres d’atenció sociosanitària. El laboratori es troba immers en el moment de l’elaboració d’aquest treball en un situació de canvi i millora del seus processos interns que consisteixen principalment en la substitució de part la maquinària actual que obliguen a la definició d’un nou layout i d’una nova distribució de la producció a cada màquina. A nivell extern també s’estan produint millores en el sistema informàtic de gestió que afecten a part del seu procés. L’objectiu del treball és donar visibilitat total al procés de logística interna actual del laboratori, identificant clarament com són i quina seqüència tenen els processos logístics interns i els mètodes de treball actuals, tant de recursos màquina com recursos persona, per poder identificar sota una perspectiva de generació de valor, aquells punts concrets de la logística interna que poden ser millorats en quant a eficiència i productivitat amb l’objectiu que un cop identificats es puguin emprendre accions i/o projectes de millora. El treball finalitza amb un anàlisis final del procés logística interna des d’una òptica Lean. Per fer-ho, identifica aquelles activitats que no aporten valor al procés o MUDA i les classifica en set categories i es realitzen diverses propostes de millora com són la implantació d’un flux continu , anivellat i basat en un concepte pull , identifica activitats que poden ser estandarditzades i/o simplificades i proposa modificacions en les infraestructures físiques per donar major visibilitat al procés. L’aspecte humà del procés es planteja des d’un punt de vist de metodologia, formació, comunicació i aplicació de les 5S.

La desigualdad en el consumo familiar. Diferencias de género en la España contemporánea (1850-1930)

In the last few years, Economic Theory has revised two basic ideas around the economics of the household: that family income is the result of the individual income of each of its members (income pooling), and that all family members living in the household have equal access to its resources. Unequal access to family resources (among women and men, on the one hand, and among the elderly, adults and children, on the other), is now understood as an input (for instance, that women eat less food and of worst quality than men), and as an output (for instance that women have poorer health, higher epidemic mortality, or are less tall than men as a result, among other things, of having received less food and poorer medical care, and/or of a heavier workload). Despite the fact that inequality in intra‐family consumption has become the center of attention in academic and international agencies, it can still not be found in the agenda of Economic History. In this paper we look at some of the resources consumed by Spanish families in the 19th century: food, alcoholic beverages, clothes and shoes. Medical topographies, our main source, suggest that unequal access to family resources among household members had a strong impact on their health and wellbeing.

Power semiconductor nonlinearities in active du/dt output filtering

This doctoral thesis introduces an improved control principle for active du/dt output filtering in variable-speed AC drives, together with performance comparisons with previous filtering methods. The effects of power semiconductor nonlinearities on the output filtering performance are investigated. The nonlinearities include the timing deviation and the voltage pulse waveform distortion in the variable-speed AC drive output bridge. Active du/dt output filtering (ADUDT) is a method to mitigate motor overvoltages in variable-speed AC drives with long motor cables. It is a quite recent addition to the du/dt reduction methods available. This thesis improves on the existing control method for the filter, and concentrates on the lowvoltage (below 1 kV AC) two-level voltage-source inverter implementation of the method. The ADUDT uses narrow voltage pulses having a duration in the order of a microsecond from an IGBT (insulated gate bipolar transistor) inverter to control the output voltage of a tuned LC filter circuit. The filter output voltage has thus increased slope transition times at the rising and falling edges, with an opportunity of no overshoot. The effect of the longer slope transition times is a reduction in the du/dt of the voltage fed to the motor cable. Lower du/dt values result in a reduction in the overvoltage effects on the motor terminals. Compared with traditional output filtering methods to accomplish this task, the active du/dt filtering provides lower inductance values and a smaller physical size of the filter itself. The filter circuit weight can also be reduced. However, the power semiconductor nonlinearities skew the filter control pulse pattern, resulting in control deviation. This deviation introduces unwanted overshoot and resonance in the filter. The controlmethod proposed in this thesis is able to directly compensate for the dead time-induced zero-current clamping (ZCC) effect in the pulse pattern. It gives more flexibility to the pattern structure, which could help in the timing deviation compensation design. Previous studies have shown that when a motor load current flows in the filter circuit and the inverter, the phase leg blanking times distort the voltage pulse sequence fed to the filter input. These blanking times are caused by excessively large dead time values between the IGBT control pulses. Moreover, the various switching timing distortions, present in realworld electronics when operating with a microsecond timescale, bring additional skew to the control. Left uncompensated, this results in distortion of the filter input voltage and a filter self-induced overvoltage in the form of an overshoot. This overshoot adds to the voltage appearing at the motor terminals, thus increasing the transient voltage amplitude at the motor. This doctoral thesis investigates the magnitude of such timing deviation effects. If the motor load current is left uncompensated in the control, the filter output voltage can overshoot up to double the input voltage amplitude. IGBT nonlinearities were observed to cause a smaller overshoot, in the order of 30%. This thesis introduces an improved ADUDT control method that is able to compensate for phase leg blanking times, giving flexibility to the pulse pattern structure and dead times. The control method is still sensitive to timing deviations, and their effect is investigated. A simple approach of using a fixed delay compensation value was tried in the test setup measurements. The ADUDT method with the new control algorithm was found to work in an actual motor drive application. Judging by the simulation results, with the delay compensation, the method should ultimately enable an output voltage performance and a du/dt reduction that are free from residual overshoot effects. The proposed control algorithm is not strictly required for successful ADUDT operation: It is possible to precalculate the pulse patterns by iteration and then for instance store them into a look-up table inside the control electronics. Rather, the newly developed control method is a mathematical tool for solving the ADUDT control pulses. It does not contain the timing deviation compensation (from the logic-level command to the phase leg output voltage), and as such is not able to remove the timing deviation effects that cause error and overshoot in the filter. When the timing deviation compensation has to be tuned-in in the control pattern, the precalculated iteration method could prove simpler and equally good (or even better) compared with the mathematical solution with a separate timing compensation module. One of the key findings in this thesis is the conclusion that the correctness of the pulse pattern structure, in the sense of ZCC and predicted pulse timings, cannot be separated from the timing deviations. The usefulness of the correctly calculated pattern is reduced by the voltage edge timing errors. The doctoral thesis provides an introductory background chapter on variable-speed AC drives and the problem of motor overvoltages and takes a look at traditional solutions for overvoltage mitigation. Previous results related to the active du/dt filtering are discussed. The basic operation principle and design of the filter have been studied previously. The effect of load current in the filter and the basic idea of compensation have been presented in the past. However, there was no direct way of including the dead time in the control (except for solving the pulse pattern manually by iteration), and the magnitude of nonlinearity effects had not been investigated. The enhanced control principle with the dead time handling capability and a case study of the test setup timing deviations are the main contributions of this doctoral thesis. The simulation and experimental setup results show that the proposed control method can be used in an actual drive. Loss measurements and a comparison of active du/dt output filtering with traditional output filtering methods are also presented in the work. Two different ADUDT filter designs are included, with ferrite core and air core inductors. Other filters included in the tests were a passive du/dtfilter and a passive sine filter. The loss measurements incorporated a silicon carbide diode-equipped IGBT module, and the results show lower losses with these new device technologies. The new control principle was measured in a 43 A load current motor drive system and was able to bring the filter output peak voltage from 980 V (the previous control principle) down to 680 V in a 540 V average DC link voltage variable-speed drive. A 200 m motor cable was used, and the filter losses for the active du/dt methods were 111W–126 W versus 184 W for the passive du/dt. In terms of inverter and filter losses, the active du/dt filtering method had a 1.82-fold increase in losses compared with an all-passive traditional du/dt output filter. The filter mass with the active du/dt method was 17% (2.4 kg, air-core inductors) compared with 14 kg of the passive du/dt method filter. Silicon carbide freewheeling diodes were found to reduce the inverter losses in the active du/dt filtering by 18% compared with the same IGBT module with silicon diodes. For a 200 m cable length, the average peak voltage at the motor terminals was 1050 V with no filter, 960 V for the all-passive du/dt filter, and 700 V for the active du/dt filtering applying the new control principle.

Input, integración y adquisición del inglés como lengua extranjera en el aula : fase de acceso.

Estudiar los modelos descriptivos del lenguaje más apropiado para la elaboración del currículum y que determinan la calidad del input. Tomar en consideración los rasgos y estrategias propios del proceso de aprendizaje. Efectuar un estudio psicolingüístico específico del aprendizaje del inglés como lengua extranjera en el aula a partir de una propuesta curricular concreta. Un aula de quinto de EGB: 26 niños y 7 niñas grupo experimental/dos cursos de BUP: 57 alumnas y alumnos. Alumnado de sexto, séptimo y octavo de EGB: 418. El estudio se centra en un aula de quinto de EGB que es donde se realiza de forma completa. Para comprobar las pruebas de comprensión auditiva se utilizan dos grupos de alumnos, uno de EGB y otro de BUP. A partir de ellas se sacan las conclusiones. Diario de clase, grabación en vídeos, pruebas de comprensión auditiva: Almadén 20I: listening, Almadén 25I: listening, Almadén 20PR: listening y un gráfico. Análisis de contenido de los diarios de clase. Porcentajes individuales y acumulados de frecuencias y porcentajes de medias en pruebas de comprensión, correlación de porcentajes entre las tres pruebas de comprensión. Conveniencia de establecer el código comunicativo básico de forma que aglutine nociones y destrezas dentro de un ámbito de clase y de subsistencia para la inicial competencia comunicativa. Efectos positivos de la hipótesis del input. Se constatan diferencias individuales considerables en cuanto a la participación verbal activa. Los criterios de secuenciación se confirman como válidos. Consecuencia de un planteamiento de objetivos en términos operativos sobre comprensión y expresión orales.

Un análisis empírico de la estabilización fosilización : la incorporación y la auto-corrección en unos sujetos chinos.

Se trata de plantear el estudio sobre el aprendizaje en el aula a segundas lenguas (de imigrantes o personas que viven durante un tiempo fuera), pero de forma distinta a los otros estudios. Son ocho informantes homogéneos en cuanto a su origen y lengua materna que para la investigación fueron divididos en dos grupos: el grupo A, fue de procedéncia baja y su característica básica es la enorme cantidad de formulaciones lingüísticamente desviantes. El otro grupo el B por el contrario, es de motivación y procedéncia altas, sus formulaciones por lo general són correctas. Después de diseñar el método de recopilación de evidencias y los criterios para seleccionar los informantes se inició un primer trabajo que se centró en analizar los errores cometidos por los aprendices de españos en su entorno natural. En la recogida de la información se hicieron nueve entrevistas, después de la grabación y transcripción de estas se hizo la recogida de los datos y el posterior analisis de éstos. Por último se obtuvieron unas conclusiones. Entrevistas, grabaciones, transcripciones. La utilización de la corrección o 'input' negativo depende de la preparacion y la receptividad de cada uno. Los informantes de mayor competencia són los que poseen mayour habilidad metalingüistica. Estos incorporan mejor las correcciones de los interlocutores nativos a la vez que destacan más en la auto-corrección morfosintáctica. El metalenguaje puede jugar un papel fundamental en el procesa de adquilisción, esto se comprobó gracias a la colaboración de los ocho informarmes.

Análisis de diferentes medidas de la eficiencia investigadora y factores explicativos en las universidades públicas españolas.

Resumen tomado de la publicación

El desarrollo de competencias para la innovación productiva en la universidad española : un análisis mediante ecuaciones de frontera estocástica.

Resumen tomado de la publicación