Mechanical cell lysis technique for plasmid recovery

Dissertação de Mestrado, Engenharia Biológica, Faculdade de Engenharia de Recursos Naturais, Universidade do Algarve, 2008

A biotecnologia no ensino das ciências do 3º ciclo: desenvolvimento de experiências didácticas utilizando a acção de biocatalisadores imobilizados

Dissertação mest., Biologia e Geologia, Universidade do Algarve, 2007

Sub-produtos de desinfecção da água: síntese e caracterização espectroscópica, implementação de metodologias analíticas e estudo da actividade genotóxica

Dissertação de mest., Engenharia Biológica, Faculdade de Engenharia e de Recursos Naturais, Univ. do Algarve, 2008

Aplicação de realidade aumentada para o ensino de sólidos geométricos

Soluções de realidade virtual e aumentada têm vindo a ser utilizadas no segmento de ensino explorando diferentes modalidades de interação de forma a proporcionar ao aluno acesso efetivo de informação em situações de experiências imersivas em tempo real. Na internet podemos encontrar variadíssimas aplicações educacionais, que nos ajudam a todos, desde as crianças em idade escolar até a profissionais de todas as áreas, proporcionando o estudo mais interativo, divertido e mais envolvente. Neste artigo, onde assumimos que o contexto de ensino é propício para a experimentação de novos modelos de ensino/aprendizagem, apresentamos uma aplicação educacional na área da geometria com o objetivo de potencializar a transferência de conhecimento, salientando as características dimensionais dos sólidos.

Estudo da qualidade bioquímica das posturas de progenitores "selvagens" de amêijoa-macha Venerupis senegalensis (Gmelin, 1791)

Dissertação de mest., Aquacultura e Pescas (Aquacultura), Faculdade de Ciências e Tecnologia, Univ. do Algarve, 2010

Desenvolvimento de uma infra-estrutura de dados espaciais municipal: implementação de um serviço de dados de endereços no município de Albufeira

Dissertação de mest., Geomática (Ciências da Informação Geográfica), Faculdade de Ciências e Tecnologia, Univ. do Algarve, 2011

O Algarve e a inovação: o perfil regional

A região do Algarve apresenta uma diminuta interacção entre produção e consumo de novo conhecimento, não se traduzindo a investigação gerada em ambiente universitário em novos (as)produtos/tecnologias/processos. A fraca relação existente entre estas duas vertentes não tem criado os mecanismos favoráveis à existência de uma articulação entre procura e oferta de I&D. O artigo apresenta o diagnóstico da região no que se refere aos processos de criação e transferência de conhecimento, tendo como referência um determinado modelo desenvolvimento regional, onde tem predominado uma ausência quase total de ligação, entre meio empresarial e meio universitário. O objectivo é contribuir para uma reflexão mais largada sobre a internalização da inovação na região, para que, com base na experiência do passado, possam surgir as condições necessárias à alteração do modelo vigente, privilegiando-se as relações de interface entre os diversos agentes económicos: públicos e privados. Visando propiciar as condições de base para uma superior assimilação da inovação por parte dos agentes económicos regionais, os processos de produção e de transferência de conhecimento deverão estar ajustados às necessidades do meio empresarial, ao mesmo tempo que capitalizam os recursos humanos altamente qualificados disponíveis em determinadas áreas do saber, em particular, nas ciências do mar, na biotecnologia, nas ciências agro-alimentares e no turismo.

Biogeoquímica do manganês, ferro, cobre e cádmio em sedimentos da Ria Formosa

A Ria Formosa é uma laguna costeira de características mesotidais, situada na costa Sul de Portugal, que apresenta pronunciadas variações sazonais de temperatura e radiação luminosa. As extensas zonas intertidais desta laguna são inundadas pela maré duas vezes por dia ficando, por isso, também sujeitas a flutuações semidiurnas de temperatura, pressão e radiação luminosa. Estas condições podem afectar os equilíbrios físico-químicos existentes no sedimento. Foi elaborado um esquema de amostragem de sedimentos em suspensão e de fundo em diversos locais da zona intertidal da Ria Formosa em duas escalas de tempo distintas: (a) uma escala sazonal, com o objectivo de estudar a influência das variações anuais de temperatura e os mecanismos por si desenvolvidos na composição elementar dos sedimentos; (b) ao longo de alguns minutos durante a inundação dos sedimentos pela água da maré, com objectivo de estudar o efeito da maré nos equilíbrios físico-químicos existentes no interior do sedimento. Nos sedimentos recolhidos sazonalmente foi medida a temperatura, o pH e o potencial redox, determinado o conteúdo em matéria orgânica e os teores de Al, Si, Mn, Fe, Cu e Cd na fracção sólida. Na água intersticial foram determinadas as concentrações de Mn(II), Fe, Cu e Cd totais dissolvidos. Nas amostras de água intersticial colhidas durante a inundação dos sedimentos foram determinadas as concentrações de Cl-, Mn(II), Fe(II), Fe(III), Cu e Cd totais dissolvidos. A variação do teor de cloretos na água intersticial indicou que a inundação dos sedimentos intertidais pela maré causa infiltração da água através da superfície do sedimento e movimentos de água intersticial no seu interior. Estes movimentos de fluídos ocorreram preferencialmente nas camadas de maior permeabilidade. As alterações ao equilíbrio dinâmico da água intersticial foram mais intensas nos primeiros 28 minutos de inundação, diminuindo ao longo do tempo. Os processos físicos acima referidos provocaram a exportação de Mn(II), Fe(III), Cu e Cd totais dissolvidos da água intersticial para a coluna de água e simultaneamente induziram a oxidação das espécies reduzidas de manganês e de ferro. O Mn(II) foi oxidado a Mn(IV) na camada superficial dos sedimentos e, também, exportado para a coluna de água. A oxidação do Fe(II) a Fe(III) ocorreu, por sua vez, no interior do sedimento numa curta escala de tempo (<7 min.), saindo para a coluna de água uma pequena porção de Fe(III). Estas alterações, provocadas pela inundação dos sedimentos intertidais, mascararam eventuais variações sazonais das concentrações de Mn e Fe na fracção intersticial dos sedimentos. Os perfis de Cu e Cd totais dissolvidos na água intersticial mostraram a existência de várias zonas de mobilização nos primeiros 4 cm de sedimento. A mobilização de Cu não apresentou uma variação sazonal enquanto que as concentrações de Cd mostraram um incremento no Verão. Neste período, o cálculo de fluxos difusivos indicou uma intensificação dos processos de transferência destes metais através da interface sedimento-água relativamente aos existentes no interior do sedimento. Os fluxos difusivos de Cu foram uma ordem de grandeza inferiores ao transporte advectivo associado à inundação pela maré, enquanto que para o Cd as estimativas dos fluxos difusivos e do transporte advectivo foram comparáveis. Em suma, os resultados obtidos mostraram que a distribuição destes elementos na água intersticial é reflexo do regime de transporte-reacção induzido pela inundação dos sedimentos intertidais, sendo para o Fe mais importantes os processos de reacção, enquanto que para o Mn, Cu e Cd os transportes advectivos são mais rápidos do que as reacções. Com base nestes resultados é proposto um modelo para os ciclos de Mn, Fe, Cu e Cd nas zonas intertidais de lagunas costeiras.

Biblioteca do Liceu de Faro (1836-1948): entre a história do liceu e os manuais escolares de ciências do seu fundo documental

As bibliotecas dos primeiros liceus constituem-se, na investigação em história da educação, como um recurso mas também como um objecto de pesquisa. A constatação do reduzido número de estudos biblioteconómicos sobre as bibliotecas liceais e a existência em Faro de um dos primeiros liceus do país concorreu para a formulação dos principais objectivos deste trabalho: contribuir para a construção da história da biblioteca do Liceu de Faro/ Liceu de João de Deus e divulgar os manuais escolares que fazem parte do seu património bibliográfico. A história da biblioteca encontra-se naturalmente interligada com a história do Liceu de Faro que se encontra, também ela, escassamente estudada. Neste trabalho é assim construída em paralelo a história da biblioteca e do liceu, no período 1836-1948. Foi possível apurar que o primeiro fundo documental da biblioteca do Liceu de Faro remonta a 1864 e é constituído por uma transferência de mais de mil obras do Depósito das Livrarias dos Extintos Conventos. A aquisição, em 1929, da biblioteca do reitor Teixeira Guedes constituiu um aumento significativo do fundo documental, permanecendo até hoje como um fundo autónomo na biblioteca da Escola Secundária de João de Deus. Procedeu-se a uma revisão bibliográfica da investigação sobre os manuais escolares e uma apresentação dos projectos e bases de dados que têm como objecto o manual escolar. Uma prospecção no fundo documental da biblioteca permitiu localizar 142 manuais do ensino liceal de Física-Química, Ciências Naturais e Geografia, e com data de edição entre 1867 e 1948, que foram registados na base de dados do projecto MANES. A comparação deste levantamento com as prospecções de manuais escolares efectuadas até ao momento permite, na nossa opinião, afirmar que a biblioteca da Escola Secundária João de Deus é detentora de um espólio de relevância nacional.

In vitro blood-brain barrier models to predict the permeation of gene therapy vectors into the brain

A terapia génica tem-se revelado uma alternativa relevante no tratamento de doenças neurodegenerativas (DN). Contudo, a entrega de vetores para transferência génica no cérebro representa ainda um enorme desafio devido à presença da barreira hemato-encefálica (BHE). A BHE é uma interface dinâmica e seletiva entre o sangue e o cérebro, constituída pelas células endoteliais cerebrais, astrócitos e pericitos, desempenhando um importante papel na regulação da homeostasia cerebral. A BHE representa um dos maiores obstáculos no tratamento de DN, uma vez que esta barreira impede o transporte para o cérebro da maioria das moléculas terapêuticas, incluindo os vetores para terapia génica. Embora tenham sido desenvolvidos diferentes modelos in vitro da BHE de forma a avaliar o transporte de fármacos através da BHE, muito poucos foram criados com o intuito de testar a permeabilidade desta barreira a vetores de terapia génica. O presente trabalho teve como objetivo principal o desenvolvimento e a avaliação de modelos in vitro de BHE que permitam a investigação da capacidade dos vetores de terapia génica de penetrarem no cérebro. No nosso estudo, foram testados diferentes modelos in vitro de BHE em monocultura, constituídos por células endoteliais de rato ou murganho (RBE4 e bEnd3, respetivamente), e modelos de co-cultura, que combinam células endoteliais com células neuronais (Neuro2a) ou astrócitos primários, cultivados num sistema transwell. Para caraterizar estes modelos foram realizados testes de permeabilidade e de resistência elétrica transendotelial, bem como estudos baseados na técnica de PCR quantitativo e na imunocitoquímica das proteínas das junções intercelulares. Verificámos que os modelos baseados na cultura de células bEnd3 e células neuronais ou astrócitos apresentavam as melhores propriedades de barreira. Posteriormente foi avaliada nos modelos selecionados a penetração de um vetor não-viral que reconhecidamente tem a capacidade de atravessar in vivo a BHE: o peptídeo da glicoproteína do vírus da raiva (RGV-9r). Os siRNAs marcados com um fluoróforo e acoplados ao peptídeo RVG-9r foram capazes de penetrar eficientemente as células bEnd3, localizadas no lado luminal do insert, via endocitose mediada por recetores, e ainda de penetrar os astrócitos ou células neuronais, previamente cultivadas no lado abluminal. Estes resultados correlacionam-se, de forma clara, com os resultados previamente descritos em estudos in vivo. Em conclusão, os modelos in vitro de BHE baseados na co-cultura de células bEnd3 com células Neuro2a ou astrócitos, têm grande potencial na seleção de candidatos a vetores de terapia génica para o cérebro, uma vez que apresentam importantes características da BHE e se baseiam num método fácil e reprodutível. Tal facto representa uma promessa significativa para a identificação de novas estratégias de terapia génica não invasiva para o tratamento de doenças neurológicas.

Development of a Piggybac based direct reprogramming system for derivation of integration free induced pluripotent stem cells

Induced pluripotent stem cells (iPSc) have great potential for applications in regenerative medicine, disease modeling and basic research. Several methods have been developed for their derivation. The original method of Takahashi and Yamanaka involved the use of retroviral vectors which result in insertional mutagenesis, presence in the genome of potential oncogenes and effects of residual transgene expression on differentiation bias of each particular iPSc line. Other methods have been developed, using different viral vectors (adenovirus and Sendai virus), transient plasmid transfection, mRNA transduction, protein transduction and use of small molecules. However, these methods suffer from low efficiencies; can be extremely labor intensive, or both. An additional method makes use of the piggybac transposon, which has the advantage of inserting its payload into the host genome and being perfectly excised upon re-expression of the transposon transposase. Briefly, a policistronic cassette expressing Oct4, Sox2, Klf4 and C-Myc flanked by piggybac terminal repeats is delivered to the cells along with a plasmid transiently expressing piggybac transposase. Once reprogramming occurs, the cells are re-transfected with transposase and subclones free of tranposon integrations screened for. The procedure is therefore very labor intensive, requiring multiple manipulations and successive rounds of cloning and screening. The original method for reprogramming with the the PiggyBac transposon was created by Woltjen et al in 2009 (schematized here) and describes a process with which it is possible to obtain insert-free iPSc. Insert-free iPSc enables the establishment of better cellular models of iPS and adds a new level of security to the use of these cells in regenerative medicine. Due to the fact that it was based on several low efficiency steps, the overall efficiency of the method is very low (<1%). Moreover, the stochastic transfection, integration, excision and the inexistence of an active way of selection leaves this method in need of extensive characterization and screening of the final clones. In this work we aime to develop a non-integrative iPSc derivation system in which integration and excision of the transgenes can be controlled by simple media manipulations, avoiding labor intensive and potentially mutagenic procedures. To reach our goal we developed a two vector system which is simultaneously delivered to original population of fibroblasts. The first vector, Remo I, carries the reprogramming cassette and GFP under the regulation of a constitutive promoter (CAG). The second vector, Eneas, carries the piggybac transposase associated with an estrogen receptor fragment (ERT2), regulated in a TET-OFF fashion, and its equivalent reverse trans-activator associated with a positive-negative selection cassette under a constitutive promoter. We tested its functionality in HEK 293T cells. The protocol is divided in two the following steps: 1) Obtaining acceptable transfection efficiency into human fibroblasts. 2) Testing the functionality of the construct 3) Determining the ideal concentration of DOX for repressing mPB-ERT2 expression 4) Determining the ideal concentration of TM for transposition into the genome 5) Determining the ideal Windows of no DOX/TM pulse for transposition into the genome 6) 3, 4 and 5) for transposition out of the genome 7) Determination of the ideal concentration of GCV for negative selection We successfully demonstrated that ENEAS behaved as expected in terms of DOX regulation of the expression of mPB-ERT2. We also demonstrated that by delivering the plasmid into 293T HEK cells and manipulating the levels of DOX and TM in the medium, we could obtain puromycin resistant lines. The number of puromycin resistant colonies obtained was significantly higher when DOX as absent, suggesting that the colonies resulted from transposition events. Presence of TM added an extra layer of regulation, albeit weaker. Our PCR analysis, while not a clean as would be desired, suggested that transposition was indeed occurring, although a background level of random integration could not be ruled out. Finally, our attempt to determine whether we could use GVC to select clones that had successfully mobilized PB out of the genome was unsuccessful. Unexpectedly, 293T HEK cells that had been transfected with ENEAS and selected for puromycin resistance were insensitive to GCV.

Design of neuro-fuzzy models by evolutionary and gradient-based algorithms

All systems found in nature exhibit, with different degrees, a nonlinear behavior. To emulate this behavior, classical systems identification techniques use, typically, linear models, for mathematical simplicity. Models inspired by biological principles (artificial neural networks) and linguistically motivated (fuzzy systems), due to their universal approximation property, are becoming alternatives to classical mathematical models. In systems identification, the design of this type of models is an iterative process, requiring, among other steps, the need to identify the model structure, as well as the estimation of the model parameters. This thesis addresses the applicability of gradient-basis algorithms for the parameter estimation phase, and the use of evolutionary algorithms for model structure selection, for the design of neuro-fuzzy systems, i.e., models that offer the transparency property found in fuzzy systems, but use, for their design, algorithms introduced in the context of neural networks. A new methodology, based on the minimization of the integral of the error, and exploiting the parameter separability property typically found in neuro-fuzzy systems, is proposed for parameter estimation. A recent evolutionary technique (bacterial algorithms), based on the natural phenomenon of microbial evolution, is combined with genetic programming, and the resulting algorithm, bacterial programming, advocated for structure determination. Different versions of this evolutionary technique are combined with gradient-based algorithms, solving problems found in fuzzy and neuro-fuzzy design, namely incorporation of a-priori knowledge, gradient algorithms initialization and model complexity reduction.

A tradução da Peregrinaçam de Fernão Mendes Pinto em Espanha, França, Inglaterra e Alemanha no século XVII

Este trabalho de investigação comparativista insere-se no âmbito das relações entretecidas pelos Estudos de Tradução e a Literatura Comparada, nomeadamente no que respeita ao conceito de tradução literária na Europa Ocidental do século XVII. Trata-se de um estudo intercultural, atendendo a que a tradução promove a mudança cultural decorrente de um processo de transferência intercultural com implicações literárias e ideológicas. Os textos que constituíram o nosso objeto de trabalho são a Peregrinaçam de Fernão Mendes Pinto (1614) e as primeiras traduções completas ou parciais para espanhol (1620), da autoria de Francisco de Herrera Maldonado, para francês (1628), de Bernard Figuier, para inglês (1653), de Henry Cogan, e para alemão (1671), dos editores Henrich e Dietrich Boom. No decorrer da análise comparativa, procurámos demonstrar o grau de (in)fidelidade de cada tradução, estabelecendo paralelismos e realçando os procedimentos tradutológicos adotados em cada versão, os quais revelam, claramente, contactos entre si e/ou condicionalismos culturais e ideológicos implícitos. Estudámos o modo como cada tradução adaptou a obra original ao gosto e aos códigos linguísticos e literários do seu público-alvo. No desenvolvimento do nosso trabalho, tivemos em mente os códigos tradutológicos do século XVII em Espanha, França, Inglaterra e Alemanha, em virtude de o nosso corpus ser constituído por textos publicados no decorrer desse período. Como metodologia de trabalho, delimitámos cinco momentos narrativos, no interior dos quais foram encontradas e analisadas comparativamente passagens consideradas exemplificativas das principais técnicas tradutivas características de cada texto e das inter-relações estabelecidas entre eles. Por fim, um outro objetivo nosso consistiu na avaliação do significado e da relevância da receção da tradução- -adaptação desta obra portuguesa naqueles contextos de chegada (no momento imediato e para além dele).

Antioxidant and phenolic compounds in sweet potato peels and leaves: food applications and health benefits

Tese de doutoramento, Ciências Biotecnológicas (Biotecnologia Alimentar), Faculdade de Ciências e Tecnologia, Universidade do Algarve, 2014

Development of non-viral vectors for gene therapy for pathologies of the retina

Tese de doutoramento, Ciências Biomédicas, Departamento de Ciências Biomédicas e Medicina, Universidade do Algarve, 2015