High-magnification vascular imaging to reject false-positive sites in situ during Hexvix® fluorescence cystoscopy.

Fluorescence imaging for detection of non-muscle-invasive bladder cancer is based on the selective production and accumulation of fluorescing porphyrins-mainly, protoporphyrin IX-in cancerous tissues after the instillation of Hexvix®. Although the sensitivity of this procedure is very good, its specificity is somewhat limited due to fluorescence false-positive sites. Consequently, magnification cystoscopy has been investigated in order to discriminate false from true fluorescence positive findings. Both white-light and fluorescence modes are possible with the magnification cystoscope, allowing observation of the bladder wall with magnification ranging between 30× for standard observation and 650×. The optical zooming setup allows adjusting the magnification continuously in situ. In the high-magnification (HM) regime, the smallest diameter of the field of view is 600 microns and the resolution is 2.5 microns when in contact with the bladder wall. With this cystoscope, we characterized the superficial vascularization of the fluorescing sites in order to discriminate cancerous from noncancerous tissues. This procedure allowed us to establish a classification based on observed vascular patterns. Seventy-two patients subject to Hexvix® fluorescence cystoscopy were included in the study. Comparison of HM cystoscopy classification with histopathology results confirmed 32?33 (97%) cancerous biopsies and rejected 17?20 (85%) noncancerous lesions.

Genomic determinants of the efficiency of internal ribosomal entry sites of viral and cellular origin

Summary : Internal ribosome entry sites (IRES) are used by viruses as a strategy to bypass inhibition of cap-dependent translation that commonly results from viral infection. IRES are also used in eukaryotic cells to control mRNA translation under conditions of cellular stress (apoptosis, heat shock) or during the G2 phase of the cell cycle when general protein synthesis is inhibited. Variation in cellular expression levels has been shown to be inherited. Expression is controlled, among others, by transcriptional factors and by the efficiency of cap-mediated translation and ribosome activity. We aimed at identifying genomic determinants of variability in IRES-mediated translation of two representative IRES [Encephalomyocarditis virus (EMCV) and X-linked Inhibitor-of-Apoptosis (XIAP) IRES]. We used bicistronic lentiviral constructions expressing two fluorescent reporter transgenes. Lentiviruses were used to transduce seven different laboratory cell lines and B lymphoblastoid cell lines from the Centre d'Etude du Polymorphisme Humain (CEPH; 15 pedigrees; n=209); representing an in vitro approach to family structure allowing genome scan analyses. The relative expression of the two markers was assessed by FACS. IRES efficiency varies according to cellular background, but also varies, for a same cell type, among individuals. The control of IRES activity presents an inherited component (h2) of 0.47 and 0.36 for EMCV and XIAP IRES, respectively. A genome scan identified a suggestive Quantitative Trait Loci (LOD 2.35) involved in the control of XIAP IRES activity. Résumé : Les sites internes d'entrée des ribosomes (IRES = internal ribosome entry sites) sont utilisés par les virus comme une stratégie afin d'outrepasser l'inhibition de traduction qui résulte communément d'une infection virale. Les IRES sont également utilisés par les cellules eucaryotes pour contrôler la traduction de l'ARN messager dans des conditions de stress cellulaire (apoptose, choc thermique) ou durant la phase G2 du cycle cellulaire, situations durant lesquelles la synthèse générale des protéines est inhibée. La variation des niveaux d'expression cellulaire de transcription est un caractère héréditaire. L'expression des gènes est contrôlée entre autre par les facteurs de transcription et par l'efficacité de la traduction initiée par la coiffe ainsi que par l'activité des ribosomes. Durant cette étude nous avons eu pour but d'identifier les déterminants génomiques responsables de la variabilité de la traduction contrôlée par l'IRES. Ceci a été effectué en étudiant deux IRES représentatifs : l'IRES du virus de l'encéphalomyocardite (EMCV) et l'IRES de l'inhibiteur de l'apoptose XIAP (X-linked Inhibitor-of-Apoptosis). Nous avons utilisés des lentivirus délivrant un transgène bicistronique codant pour deux gènes rapporteurs fluorescents. Ces lentivirus ont été utilisés pour transduire sept différentes lignées cellulaires de laboratoire et des lignées cellulaires lymphoblastoïdes B du Centre d'Etude du Polymorphisme Humain (CEPH; 15 pedigrees; n=209) qui représentent une approche in vitro de la structure familiale et qui permettent des analyses par balayage du génome. L'expression relative des deux marqueurs fluorescents a été analysée par FACS. Nos résultats montrent que l'efficacité des IRES varie en fonction du type de cellules. Il varie aussi, pour le même type de cellules, selon les individus. Le contrôle de l'activité de l'IRES est un caractère héritable (héritabilité h2) de 0.47 et 0.36 pour les IRES de EMCV et XIAP respectivement. Le balayage du génome a permis l'identification d'un locus à effets quantitatifs [QTL Quantitative Trait Loci (LOD 2.35)] impliqué dans le contôle de l'activité de l'IRES de XIAP.

Desenvolupament i publicació web del mòdul de consulta de camins integrat al servidor de mapes del consell comarcal del Vallès Occidental

L’objectiu del projecte és elaborar un mòdul de consulta de camins i publicar-lo al servidor de mapes del Consell Comarcal del Vallès Occidental. Des del visor del servidor web, aquest mòdul permet realitzar consultes clares i intuïtives sobre les característiques i situació dels camins. El projecte es diferencia en dues parts bàsiques: la construcció de la base de dades, gestionada a través PostgreSQL/PostGIS i, l’altra, el desenvolupament de l’aplicació de consulta, programada en els llenguatges HTML, Javascript i PHP, i que construeix i visualitza els mapes a través de la xarxa web amb la llibreria MapScript PHP de MapServer.

Configuración de la base de datos espacial de los servidores web del parque de collserola, y aplicación de la funcionalidad de los clientes web caso Incidencias faunística

El projecte d'incidències faunística està emmarcat a la 10 edició del Màster en Tecnologies de la Informació Geogràfica. Aquest projecte està realitzat pel consorci del Parc de Collserola i té dos objectius: el primer és muntar una base de dades en PostgreSQL amb arxius que es trobaven en format shapefile i van ser exportats a Postgis pel maneig de la cartografia i les seves taules que són les que constituïxen la base de dades. El segon objectiu va ser crear una eina on l'usuari del parc pogués reportar incidències faunístiques mitjançant la web i aquesta així mateix poder ser representada al mapa. Dins del projecte s’han fet servir eines de programació per a generar la interfície amb els mapes, emprant els llenguatges Javascript, php, html.

Aplicativo Web Intranet para la gestión catastral con programación Libre

La present memòria descriu el projecte final: Aplicativo Web Intranet per a la gestió cadastral amb programació lliure, la finalitat d'aquest projecte és la creació d'un aplicativo web intranet per a la consulta de la geoinformación del sistema de Gestió Cadastral de l'Ajuntament de Cerdanyola del Vallès utilitzant programació lliure. Es va utilitzar MapServer menjo servidor de mapes i OpenLayers para la realització del Visor

Desenvolupament d’una aplicació web del SIG d’accessibilitat territorial per persones de mobilitat reduïda

L’aplicació web del SIG d’accessibilitat territorial per persones amb mobilitat reduïda pretén ser un instrument que, a partir de la localització cartogràfica dels elements analitzats, ens dona a conèixer les barreres arquitectòniques existents i, d’aquesta manera, estudiar les possibilitats d’actuació i millora que s’haurien de proposar en cada cas

Estudio sobre la información de texto contenida en imágenes web

La indexació i la recerca de pàgines web es basa en l’anàlisi de text. La tecnologia actual encara no pot processar d’una manera eficient i suficientment ràpida el text contingut a les imatges de les pàgines web. Aquest fet planteja un problema important d’indexació però també d’inaccessibilitat. Per poder quantificar aquest problema hem desenvolupat una aplicació software que ens permet realitzar un estudi sobre aquesta situació. Hem utilitzat aquest software per analitzar un conjunt de pàgines web representatives de la situació actual a Internet. Aquests resultats obtinguts s’han analitzat i comparat amb estudis anteriors.

Protocol de comerç electrònic basat en serveis web

Protocol per autenticar a persones que sol·liciten un servei o producte en un web mitjançant un proveïdor d'identitats amb el DNI-E. El proveïdor d'identitats garanteix als proveïdors de serveis que les persones amb qui tracten són qui diuen ser i proporciona a més una reputació associada a cada persona. Aquesta comunicació es fa amb un servei web que prèvia autenticació del proveïdor de servei podrà realitzar les diferents peticions d'autenticitat i de reputació dels seus clients. Donat que es tracten amb dades personals, durant el protocol es protegeix en tot moment l'autèntica identitat de cada persona per tal de que pugui mantenir el seu anonimat.

Bioinformática: interfaz gráfica para comparación de genomas vía web

El proyecto consiste en un entorno gráfico cuyo fin es el de visualizar, estudiar e interpretar la conservación de código genético existente entre los diferentes genomas. Una interface que permite cargar hasta ocho genomas para ser comparados en detalle, por pares o entre todos ellos a la vez. El gráfico que se muestra en la interfaz, representa los Maximal Unique Matchings entre cada par de genomas, lo que significa coincidencias de la mayor longitud posible no repetidas, en las secuencias de ADN de las especies comparadas. La finalidad es el estudio de las evoluciones que han ido apareciendo entre diferentes organismos o los genes que comparten unas especies con otras.

Desenvolupament d'una plataforma web per a integrar serveis de neuroimatge al PIC (Port d'Informació Científica)

El projecte ha consistit en el disseny i implementació d'una arquitectura/plataforma d'integració dels serveis d'emmagatzemament i postprocessament d'imatge mèdica que oferix el grup així com la visualització, anonimització, transferència d'arxius... basat en una interfície web com a frontend de la plataforma. Els servis que requereixen interacció gràfica han estat implementats mitjançant tècniques d'exportació d'escriptori remotament a la web i altres s'han implementat per tal que funcionin amb el cluster de màquines del que disposa el PIC.

Web per a un club esportiu

Aquest Projecte Final de Carrera va sorgir per la necessitat que tenia el Club Esportiu Escola Sant Gervasi per poder tenir un control de la seva gestió esportiva mitjançant una aplicació web i poder també emmagatzemar les valoracions que es fan sobre els esportistes del Club. L’aplicació inclou altres funcionalitats com les de poder consultar horaris d’entrenament, calendaris o classificacions. Fent servir tecnologies tals com PHP, HTML, JavaScript i AJAX, s’ha implementat aquesta aplicació que serà de gran utilitat per als coordinadors, entrenadors i jugadors que formen part del Club.

Mapa web interactiu de Barcelona

L’objectiu principal d’aquest projecte és crear un sistema que permeti generar i gestionar un mapa de navegació interactiu per a la web i per qualsevol àmbit. Per aconseguir-ho, el projecte està dividit en dos parts: el mapa de navegació i el gestor de continguts. La primera part és una interfície gràfica on hi hauran diferents menús amb les seves categories, cadascuna amb els seus filtres, i per últim, un menú per seleccionar diferents nivells de zoom. El gestor de continguts, la segona part del projecte, és l’eina que permet gestionar via web tots els aspectes relacionats amb la configuració del mapa i la gestió de continguts (menús, punts del mapa, punts d’interès i rutes).

Heterologous desensitization of the glucagon-like peptide-1 receptor by phorbol esters requires phosphorylation of the cytoplasmic tail at four different sites.

Glucagon-like peptide-1 stimulates glucose-induced insulin secretion by binding to a specific G protein-coupled receptor that activates the adenylyl cyclase pathway. We previously demonstrated that heterologous desensitization of the receptor by protein kinase C correlated with phosphorylation in a 33-amino acid-long segment of the receptor carboxyl-terminal cytoplasmic tail. Here, we determined that the in vivo sites of phosphorylation are four serine doublets present at positions 431/432, 441/442, 444/445, and 451/452. In vitro phosphorylation of fusion proteins containing mutant receptor C-tails, however, indicated that whereas serines at position 431/432 were good substrates for protein kinase C (PKC), serines 444/445 and 451/452 were poor substrates, and serines 441/442 were not substrates. In addition, serine 416 was phosphorylated on fusion protein but not in intact cells. This indicated that in vivo a different PKC isoform or a PKC-activated kinase may phosphorylate the receptor. The role of phosphorylation on receptor desensitization was assessed using receptor mutants expressed in COS cells or Chinese hamster lung fibroblasts. Mutation of any single serine doublet to alanines reduced the extent of phorbol 12-myristate 13-acetate-induced desensitization, whereas substitution of any combination of two serine doublets suppressed it. Our data thus show that the glucagon-like peptide-1 receptor can be phosphorylated in response to phorbol 12-myristate 13-acetate on four different sites within the cytoplasmic tail. Furthermore, phosphorylation of at least three sites was required for desensitization, although maximal desensitization was only achieved when all four sites were phosphorylated.

Combining food web and species distribution models for improved community projections

The ability to model biodiversity patterns is of prime importance in this era of severe environmental crisis. Species assemblage along environmental gradient is subject to the interplay of biotic interactions in complement to abiotic environmental filtering. Accounting for complex biotic interactions for a wide array of species remains so far challenging. Here, we propose to use food web models that can infer the potential interaction links between species as a constraint in species distribution models. Using a plant-herbivore (butterfly) interaction dataset, we demonstrate that this combined approach is able to improve both species distribution and community forecasts. Most importantly, this combined approach is very useful in rendering models of more generalist species that have multiple potential interaction links, where gap in the literature may be recurrent. Our combined approach points a promising direction forward to model the spatial variation of entire species interaction networks. Our work has implications for studies of range shifting species and invasive species biology where it may be unknown how a given biota might interact with a potential invader or in future climate.