Simultaneous determination of antidementia drugs in human plasma: Procedure transfer from HPLC-MS to UPLC-MS/MS.

A previously developed high performance liquid chromatography mass spectrometry (HPLC-MS) procedure for the simultaneous determination of antidementia drugs, including donepezil, galantamine, memantine, rivastigmine and its metabolite NAP 226-90, was transferred to an ultra performance liquid chromatography system coupled to a tandem mass spectrometer (UPLC-MS/MS). The drugs and their internal standards ([(2)H(7)]-donepezil, [(13)C,(2)H(3)]-galantamine, [(13)C(2),(2)H(6)]-memantine, [(2)H(6)]-rivastigmine) were extracted from 250μL human plasma by protein precipitation with acetonitrile. Chromatographic separation was achieved on a reverse phase column (BEH C18 2.1mm×50mm; 1.7μm) with a gradient elution of an ammonium acetate buffer at pH 9.3 and acetonitrile at a flow rate of 0.4mL/min and an overall run time of 4.5min. The analytes were detected on a tandem quadrupole mass spectrometer operated in positive electrospray ionization mode, and quantification was performed using multiple reaction monitoring. The method was validated according to the recommendations of international guidelines over a calibration range of 1-300ng/mL for donepezil, galantamine and memantine, and 0.2-50ng/mL for rivastimgine and NAP 226-90. The trueness (86-108%), repeatability (0.8-8.3%), intermediate precision (2.3-10.9%) and selectivity of the method were found to be satisfactory. Matrix effects variability was inferior to 15% for the analytes and inferior to 5% after correction by internal standards. A method comparison was performed with patients' samples showing similar results between the HPLC-MS and UPLC-MS/MS procedures. Thus, this validated UPLC-MS/MS method allows to reduce the required amount of plasma, to use a simplified sample preparation, and to obtain a higher sensitivity and specificity with a much shortened run-time.

Interactive local bandwidth choice

A tool for user choice of the local bandwidth function for a kernel density estimate is developed using KDE, a graphical object-oriented package for interactive kernel density estimation written in LISP-STAT. The bandwidth function is a cubic spline, whose knots are manipulated by the user in one window, while the resulting estimate appears in another window. A real data illustration of this method raises concerns, because an extremely large family of estimates is available.

Using graphical probability analysis (Bayes Nets) to evaluate a conditional DNA inclusion

This paper discusses the analysis of cases in which the inclusion or exclusion of a particular suspect, as a possible contributor to a DNA mixture, depends on the value of a variable (the number of contributors) that cannot be determined with certainty. It offers alternative ways to deal with such cases, including sensitivity analysis and object-oriented Bayesian networks, that separate uncertainty about the inclusion of the suspect from uncertainty about other variables. The paper presents a case study in which the value of DNA evidence varies radically depending on the number of contributors to a DNA mixture: if there are two contributors, the suspect is excluded; if there are three or more, the suspect is included; but the number of contributors cannot be determined with certainty. It shows how an object-oriented Bayesian network can accommodate and integrate varying perspectives on the unknown variable and how it can reduce the potential for bias by directing attention to relevant considerations and distinguishing different sources of uncertainty. It also discusses the challenge of presenting such evidence to lay audiences.

Landscape structure affects dispersal in the greater white-toothed shrew: inference between genetic and simulated ecological distances

Animal dispersal in a fragmented landscape depends on the complex interaction between landscape structure and animal behavior. To better understand how individuals disperse, it is important to explicitly represent the properties of organisms and the landscape in which they move. A common approach to modelling dispersal includes representing the landscape as a grid of equal sized cells and then simulating individual movement as a correlated random walk. This approach uses a priori scale of resolution, which limits the representation of all landscape features and how different dispersal abilities are modelled. We develop a vector-based landscape model coupled with an object-oriented model for animal dispersal. In this spatially explicit dispersal model, landscape features are defined based on their geographic and thematic properties and dispersal is modelled through consideration of an organism's behavior, movement rules and searching strategies (such as visual cues). We present the model's underlying concepts, its ability to adequately represent landscape features and provide simulation of dispersal according to different dispersal abilities. We demonstrate the potential of the model by simulating two virtual species in a real Swiss landscape. This illustrates the model's ability to simulate complex dispersal processes and provides information about dispersal such as colonization probability and spatial distribution of the organism's path

MORM--a Petri net based model for assessing OH&S risks in industrial processes: modeling qualitative aspects.

Because of the increase in workplace automation and the diversification of industrial processes, workplaces have become more and more complex. The classical approaches used to address workplace hazard concerns, such as checklists or sequence models, are, therefore, of limited use in such complex systems. Moreover, because of the multifaceted nature of workplaces, the use of single-oriented methods, such as AEA (man oriented), FMEA (system oriented), or HAZOP (process oriented), is not satisfactory. The use of a dynamic modeling approach in order to allow multiple-oriented analyses may constitute an alternative to overcome this limitation. The qualitative modeling aspects of the MORM (man-machine occupational risk modeling) model are discussed in this article. The model, realized on an object-oriented Petri net tool (CO-OPN), has been developed to simulate and analyze industrial processes in an OH&S perspective. The industrial process is modeled as a set of interconnected subnets (state spaces), which describe its constitutive machines. Process-related factors are introduced, in an explicit way, through machine interconnections and flow properties. While man-machine interactions are modeled as triggering events for the state spaces of the machines, the CREAM cognitive behavior model is used in order to establish the relevant triggering events. In the CO-OPN formalism, the model is expressed as a set of interconnected CO-OPN objects defined over data types expressing the measure attached to the flow of entities transiting through the machines. Constraints on the measures assigned to these entities are used to determine the state changes in each machine. Interconnecting machines implies the composition of such flow and consequently the interconnection of the measure constraints. This is reflected by the construction of constraint enrichment hierarchies, which can be used for simulation and analysis optimization in a clear mathematical framework. The use of Petri nets to perform multiple-oriented analysis opens perspectives in the field of industrial risk management. It may significantly reduce the duration of the assessment process. But, most of all, it opens perspectives in the field of risk comparisons and integrated risk management. Moreover, because of the generic nature of the model and tool used, the same concepts and patterns may be used to model a wide range of systems and application fields.

High-throughput and sensitive quantitation of plasma catecholamines by ultraperformance liquid chromatography-tandem mass spectrometry using a solid phase microwell extraction plate.

Plasma catecholamines provide a reliable biomarker of sympathetic activity. The low circulating concentrations of catecholamines and analytical interferences require tedious sample preparation and long chromatographic runs to ensure their accurate quantification by HPLC with electrochemical detection. Published or commercially available methods relying on solid phase extraction technology lack sensitivity or require derivatization of catecholamine by hazardous reagents prior to tandem mass spectrometry (MS) analysis. Here, we manufactured a novel 96-well microplate device specifically designed to extract plasma catecholamines prior to their quantification by a new and highly sensitive ultraperformance liquid chromatography-tandem mass spectrometry (UPLC-MS/MS) method. Processing time, which included sample purification on activated aluminum oxide and elution, is less than 1 h per 96-well microplate. The UPLC-MS/MS analysis run time is 2.0 min per sample. This UPLC-MS/MS method does not require a derivatization step, reduces the turnaround time by 10-fold compared to conventional methods used for routine application, and allows catecholamine quantification in reduced plasma sample volumes (50-250 μL, e.g., from children and mice).

Bayesian Networks and the Value of the Evidence for the Forensic Two-Trace Transfer Problem

Forensic scientists face increasingly complex inference problems for evaluating likelihood ratios (LRs) for an appropriate pair of propositions. Up to now, scientists and statisticians have derived LR formulae using an algebraic approach. However, this approach reaches its limits when addressing cases with an increasing number of variables and dependence relationships between these variables. In this study, we suggest using a graphical approach, based on the construction of Bayesian networks (BNs). We first construct a BN that captures the problem, and then deduce the expression for calculating the LR from this model to compare it with existing LR formulae. We illustrate this idea by applying it to the evaluation of an activity level LR in the context of the two-trace transfer problem. Our approach allows us to relax assumptions made in previous LR developments, produce a new LR formula for the two-trace transfer problem and generalize this scenario to n traces.

Comparison of "Live High-Train Low" in Normobaric versus Hypobaric Hypoxia.

We investigated the changes in both performance and selected physiological parameters following a Live High-Train Low (LHTL) altitude camp in either normobaric hypoxia (NH) or hypobaric hypoxia (HH) replicating current "real" practices of endurance athletes. Well-trained triathletes were split into two groups (NH, n = 14 and HH, n = 13) and completed an 18-d LHTL camp during which they trained at 1100-1200 m and resided at an altitude of 2250 m (PiO2  = 121.7±1.2 vs. 121.4±0.9 mmHg) under either NH (hypoxic chamber; FiO2 15.8±0.8%) or HH (real altitude; barometric pressure 580±23 mmHg) conditions. Oxygen saturations (SpO2) were recorded continuously daily overnight. PiO2 and training loads were matched daily. Before (Pre-) and 1 day after (Post-) LHTL, blood samples, VO2max, and total haemoglobin mass (Hbmass) were measured. A 3-km running test was performed near sea level twice before, and 1, 7, and 21 days following LHTL. During LHTL, hypoxic exposure was lower for the NH group than for the HH group (220 vs. 300 h; P<0.001). Night SpO2 was higher (92.1±0.3 vs. 90.9±0.3%, P<0.001), and breathing frequency was lower in the NH group compared with the HH group (13.9±2.1 vs. 15.5±1.5 breath.min-1, P<0.05). Immediately following LHTL, similar increases in VO2max (6.1±6.8 vs. 5.2±4.8%) and Hbmass (2.6±1.9 vs. 3.4±2.1%) were observed in NH and HH groups, respectively, while 3-km performance was not improved. However, 21 days following the LHTL intervention, 3-km run time was significantly faster in the HH (3.3±3.6%; P<0.05) versus the NH (1.2±2.9%; ns) group. In conclusion, the greater degree of race performance enhancement by day 21 after an 18-d LHTL camp in the HH group was likely induced by a larger hypoxic dose. However, one cannot rule out other factors including differences in sleeping desaturations and breathing patterns, thus suggesting higher hypoxic stimuli in the HH group.

Dynamic Runtime Variation and Branding in S60 Software

Diplomityössä tutkitaan keinoja brändätä ja varioida S60-ohjelmistoja dynaamisesti ja ajonaikaisesti. S60 on kehitysalusta, jota käyttävät useat puhelinvalmistajat ja heidän puhelimiaan käyttävät lukuisat eri operaattorit. Operaattorit haluavat puhelimiensa tai osan puhelimen sovelluksista erottuvan kilpailijoista heidän omalla brändillään ja tämän takia täytyy olla keinot joko koko puhelimen, tai valittujen sovellusten brändäykselle. Osa sovelluksista saatetaan haluta vaihtavan käytettyä brändiä sen käyttämien resurssien, kuten verkkopalvelimen, mukaan. Variointidataa tulee myös pystyä jakamaan eri sovellusten tai sovellusten osien kesken. Työssä esitellään Symbian käyttöjärjestelmä ja S60 kehitysympäristö, sekä pohditaan Symbianin turvallisuuskäytäntöjen tuomia haasteita variointidatan jakamiseen eri sovellusten välillä. Olemassaolevia variointitapoja tutkitaan työn mahdolliseksi pohjaksi. Työ sisältää esittelyn projektista, jossa kehitettiin erään S60 sovelluksen dynaaminen brändäystoteutus, joka myös mahdollistaa variointidatan jakamisen eri sovellusten kanssa.

Reaaliaikainen virtuaalihydrauliikka osana todellista konejärjestelmää

Diplomityössä tutkittiin hydrauliikan reaaliaikasimulointia ja sen mahdollisuuksia tuotekehityksen apuvälineenä. Työssä käytettiin dSPACE:n reaaliaikasimulointiin valmistamia laitteita ja ohjelmia. Työssä luotiin Matlab/Simulink –ympäristöön tyypillisimmistä hydrauliikkakomponenttien puoliempiirisistä malleista koostuva komponenttikirjasto, joista kootut hydrauliikkapiirien mallit voitiin kääntää reaaliaikaympäristöön. Työn tavoitteena oli kehittää menetelmä, jonka avulla voidaan nopeuttaa ja helpottaa hydraulismekaanisten konejärjestelmien suunnittelua ja tuotekehitystä. Kehitetyt menetelmät perustuvat todellisen konejärjestelmän osaksi kytketyn reaaliaikaisen virtuaalihydrauliikan avulla laskettuun uuteen ohjaussignaaliin, jonka avulla voidaan todellisella hydrauliikalla kuvata virtuaalisen hydrauliikan vaikutukset todelliseen järjestelmään. Näin ollen muutokset voidaan siis tehdä virtuaaliseen hydrauliikkaan ja niiden vaikutukset nähdä todellisen järjestelmän käyttäytymisessä.

Oliopohjaisen mallinnuksen käyttömahdollisuudet erään ohjelmistotuotteen eri kehitysvaiheissa

Oliopohjainen lähestymistapa on varsin uusi toimintaperiaate käytännön ohjelmistotuotantoprosesseissa. Oliopohjaisuus mahdollistaa nopean ja tehokkaan ohjelmistotuotannon sekä tuottaa uudelleenkäytettäviä luokkia. Tässä työssä tutkitaan oliopohjaisen mallinnuksen käyttömahdollisuuksia erään ohjelmistotuotteen kehityksessä ja keskitytään tuotteen määrittely- ja suunnitteluvaiheisiin. Tavoitteena on konkretisoida tarkastelun kohteena olevalle yritykselle oliopohjaisen mallinnuksen käyttötavat ja -mahdollisuudet osana yrityksen ohjelmistotuotantoprosessia. Työssä tarkastellaan yleisiä oliopohjaisen mallinnuksen toimintoja määrittely- ja suunnitteluvaiheissa. Erityisesti tarkastellaan yrityksen omaa ohjelmistotuotantoprosessia, TE Objectia, ja sen yhtymäkohtia yleisen oliopohjaisen mallinnuksen kanssa. Työssä kuvataan ohjelmistotuote, mallinnetaan ohjelmistotuotteen osa TE Objectia hyödyntäen ja pohditaan TE Objectin soveltuvuutta kyseisen tuotteen määrittelyyn ja suunnitteluun. Oliopohjaisen mallinnuksen todetaan sopivan hyvin tarkastellun tuotepohjaisen ohjelmiston kehitykseen. Tarkasteltavan tuotteen kehityksen pääpaino on uudelleenkäytettävyydellä, jota oliopohjainen mallintaminen erityisesti tukee. Kohdeyrityksen oman ohjelmistotuotantoprosessin, TE Objectin, todetaan vastaavan hyvin yleistä oliopohjaista mallinnusta määrittely- ja suunnitteluvaiheissa ja sitä suositellaan hyödynnettävän tarkastellun tuotteen määrittelyyn ja suunnitteluun soveltuvin osin. Työssä mallinnettiin kohdeyrityksen tuotteen osa esimerkinomaisesti, mikä konkretisoi TE Objectin käyttömahdollisuuksia osana yrityksen ohjelmistotuotantoprosessia.

Oliorelaatiotietokannan käyttö energianhallintajärjestelmässä

Empower Oy on energia-alan palveluja tarjoava yritys. Energianhallintajärjestelmää käytetään energiatietojen hallintaan ja ylläpitoon sekä tietojen esittämiseen loppukäyttäjille. Palvelun näytöt ja raportit on toteutettu web-pohjaisen käyttöliittymän kautta. Yhtiössä käynnistyi suurprojekti vanhan energianhallintajärjestelmän korvaamiseksi. Vanha järjestelmä otettiin käyttöön vuonna 1995 ja EMS-projekti käynnistettiin vuonna 2001. Diplomityö tehtiin osana EMS-projektia ja työn tavoitteina oli selvittää perusjärjestelmän käyttämän tietokantaratkaisun toimivuutta ja soveltuvuutta tehtävään sekä tutkailla eri tietokantamalleja teoreettisesti. Lisäksi työhön kuului erillisten haku- ja muutoskomponenttien ja rajapintojen toteuttaminen. Näiden avulla voidaan hakea ja muuttaa tietoa perusjärjestelmän pohjalla toimivasta oliorelaatiotietokannasta. Perusjärjestelmän DOR-tietokannaksi (Domain Object Repository) kutsuttu kokonaisuus on olioläheinen tietovarasto, josta tietoa haetaan ilmoittamalla haettavan olion tyyppi ja siihen liitoksissa olevat tyypit. Hakutulokseen mukaan haluttavat ominaisuudet ilmoitetaan kultakin tyypiltä erikseen. Haettaessa ja muutettaessa oliopohjaista DOR-tietoa, tulee noudattaa järjestelmän käyttämiä tietomalleja. Haku- ja muutoskomponentit toteutettiin Microsoftin kehittämällä .NET-teknologialla. Tietokantamallien teoreettinen tarkastelu auttoi ymmärtämään järjestelmän pohjalla toimivaa tietokantaratkaisua. Työssä selvisi, että perusjärjestelmän hyödyntämä oliorelaatiotietokanta soveltuu varsin hyvin tarkoitukseensa. Haku- ja muutoskomponenttien toteutus onnistui ja ne toimivat helppokäyttöisenä rajapintana energianhallintajärjestelmän tietokantaan.

Oliopohjaisen ohjelmiston kehitysprosessi CASE: Sonera TradeXpress Mapper

Työ kartoittaa yleisemmin ohjelmistonkehitysprosesseille asetettavia vaatimuksia ja selvittää yksityiskohtaisemmin niiden soveltamista ja vaikutusta uusien ominaisuuksien suunnittelussa Soneran TradeXpress Mapper ohjelmistoon. Kyseinen työkalu mahdollistaa muun muassa EDI-viestien muokkaamisen graafisesti. Työn tuloksena syntyi selvitys ohjelmistonkehitysprosessien perusteista ja niiden soveltamisessa oliopohjaiseen systeemityöhön. Prosessin avulla voitiin ohjelma tehdä tarkemmin asiakkaan vaatimusten mukaiseksi ja uusien ominaisuuksien lisääminen onnistui helposti.

Use of the dried blood spot sampling process coupled with fast gas chromatography and negative-ion chemical ionization tandem mass spectrometry: application to fluoxetine, norfluoxetine, reboxetine, and paroxetine analysis.

The objective of this work was to combine the advantages of the dried blood spot (DBS) sampling process with the highly sensitive and selective negative-ion chemical ionization tandem mass spectrometry (NICI-MS-MS) to analyze for recent antidepressants including fluoxetine, norfluoxetine, reboxetine, and paroxetine from micro whole blood samples (i.e., 10 microL). Before analysis, DBS samples were punched out, and antidepressants were simultaneously extracted and derivatized in a single step by use of pentafluoropropionic acid anhydride and 0.02% triethylamine in butyl chloride for 30 min at 60 degrees C under ultrasonication. Derivatives were then separated on a gas chromatograph coupled with a triple-quadrupole mass spectrometer operating in negative selected reaction monitoring mode for a total run time of 5 min. To establish the validity of the method, trueness, precision, and selectivity were determined on the basis of the guidelines of the "Société Française des Sciences et des Techniques Pharmaceutiques" (SFSTP). The assay was found to be linear in the concentration ranges 1 to 500 ng mL(-1) for fluoxetine and norfluoxetine and 20 to 500 ng mL(-1) for reboxetine and paroxetine. Despite the small sampling volume, the limit of detection was estimated at 20 pg mL(-1) for all the analytes. The stability of DBS was also evaluated at -20 degrees C, 4 degrees C, 25 degrees C, and 40 degrees C for up to 30 days. Furthermore, the method was successfully applied to a pharmacokinetic investigation performed on a healthy volunteer after oral administration of a single 40-mg dose of fluoxetine. Thus, this validated DBS method combines an extractive-derivative single step with a fast and sensitive GC-NICI-MS-MS technique. Using microliter blood samples, this procedure offers a patient-friendly tool in many biomedical fields such as checking treatment adherence, therapeutic drug monitoring, toxicological analyses, or pharmacokinetic studies.

Design Patterns in EPOC Software Development

Työssä tutkittiin oliosuunnittelumalleja EPOC-käyttöjärjestelmässä. Työssä tutkittiin sekä yleisiä suunnittelumalleja että EPOC-ympäristössä esiintyviä oliorakenteita, niiden aiheuttamia vaatimuksia sovelluksille sekä niiden käyttämisestä saatavia hyötyjä. Työssä toteutettiin EPOC-ohjelmiston suunnittelu hyödyntäen suunnittelumalleja ja periaatteita. Oliosuunnittelumallit ovat yleistyneet huomattavasti viime vuosina. Suunnittelumallien lähtökohtana ovat sekä yleiset että ympäristökohtaiset suunnitteluperiaatteet ja säännöt. Suunnittelumallit ovat osa isompaa rakennekokonaisuutta, joka käsittää sekä prosessi-, analyysi-, arkkitehtuuri- ym. malleja. Oliosuunnittelumallit nopeuttavat ja helpottavat suunnittelua sekä parantavat uudelleenkäytettävyyttä korkeammalla abstraktiotasolla. EPOC on tulevaisuuden mobiililaitteiden yleisimpiä käyttöjärjestelmiä. EPOC on kokonaisuudessaan oliopohjainen ja sisältää lukuisia oliorakenteita, joiden ymmärtäminen on sovelluskehityksen kannalta elintärkeää. Koska ympäristöt, joissa EPOC-käyttöjärjestelmää käytetään, ovat yleensä resurssien puolesta rajoittuneita, on yleisten suunnittelumallien käytössä oltava tarkkana. EPOC vaatii yleisiin suunnittelumalleihin muutoksia ja estää joidenkin käytön kokonaan.