Electrochemical genosensors for the detection of Bonamia parasite. Selection of single strand-DNA (ssDNA) probes by simulation of the secondary structure folding

A post-PCR nucleic acid work by comparing experimental data, from electrochemical genosensors, and bioinformatics data, derived from the simulation of the secondary structure folding and prediction of hybridisation reaction, was carried out in order to rationalize the selection of ssDNA probes for the detection of two Bonamia species, B. exitiosa and B. ostreae, parasites of Ostrea edulis.Six ssDNA probes (from 11 to 25 bases in length, 2 thiolated and 4 biotinylated) were selected within different regions of B. ostreae and B. exitiosa PCR amplicons (300 and 304 bases, respectively) with the aim to discriminate between these parasite species. ssDNA amplicons and probes were analyzed separately using the "Mfold Web Server" simulating the secondary structure folding behaviour. The hybridisation of amplicon-probe was predicted by means of "Dinamelt Web Server". The results were evaluated considering the number of hydrogen bonds broken and formed in the simulated folding and hybridisation process, variance in gaps for each sequence and number of available bases. In the experimental part, thermally denatured PCR products were captured at the sensor interface via sandwich hybridisation with surface-tethered probes (thiolated probes) and biotinylated signalling probes. A convergence between analytical signals and simulated results was observed, indicating the possibility to use bioinformatic data for ssDNA probes selection to be incorporated in genosensors. (C) 2011 Elsevier B.V. All rights reserved.

Anti-inflammatory activity of Alchornea triplinervia ethyl acetate fraction: Inhibition of H2O2, NO and TNF-alpha

Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)

Efeito cariostático de restaurações adesivas em superfícies radiculares: estudo in vitro

Materiais restauradores que liberam íons flúor e/ou promovem adesão à estrutura dental têm sido relacionados com a inibição do desenvolvimento de lesões de cárie adjacentes às restaurações. A hipótese testada neste estudo foi a de que o uso de resina composta/sistema adesivo tem efeito cariostático semelhante a um material adesivo que libera íons flúor - cimento de ionômero de vidro - sobre a superfície radicular adjacente às restaurações. Foram utilizadas 20 raízes de terceiros molares humanos extraídos, embutidas em resina de poliestireno e planificadas. Cavidades padronizadas foram preparadas e restauradas aleatoriamente com (a) Chelon-Fil (Espe) ou (b) Z100/SingleBond (3M). Valores iniciais (KHNi) de microdureza superficial Knoop da dentina foram obtidos a 100, 200 e 300 mim da margem oclusal das restaurações. Uma área de 2,0 mm ao redor da restauração foi delimitada e submetida à indução de cárie artificial. Obtiveram-se, então, os valores finais (KHNf) de microdureza, nas mesmas condições e localizações da leitura inicial. As diferenças entre KHNi e KHNf foram consideradas para a análise estatística. As medianas de KHNi - KHNf nas distâncias de 100, 200 e 300 mim foram para (a): -3,8; -0,3; -1,0; e para (b): 3,3; 2,5; 1,7. O teste de Kruskal-Wallis não evidenciou diferença significativa entre as distâncias dentro de cada grupo. Às distâncias de 200 e 300 mim, não houve diferença significativa entre os materiais avaliados. À distância de 100 mim, (a) diferiu significativamente de (b) (p < 0,05). Sob as condições deste estudo, o cimento de ionômero de vidro apresentou maior potencial cariostático que a resina composta com sistema adesivo dentinário.

Stream fish, water and habitat quality in a pasture dominated basin, southeastern Brazil

Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)

Temporary fragmentation of a marginal lake and its effects on zooplankton community structure and organization

Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)

Aortic aneurysm surgery: problems and innovations

Um longo caminho foi percorrido desde as primeiras intervenções cirúrgicas feitas para o tratamento do aneurisma de aorta abdominal. Ao longo deste tempo, várias inovações foram criadas, no sentido de reduzir a invasividade dos procedimentos e melhorar sua segurança e durabilidade. Nesta revisão, são discutidos os principais e recentes avanços em intervenções sobre aneurismas aórticos, incluindo a restauração aórtica endovascular, a cirurgia aórtica videolaparoscópica, as técnicas híbridas convencionais e endovasculares, as técnicas combinadas videolaparoscópicas e endovasculares, bem como as perspectivas futuras, tanto para aorta torácica como abdominal. Diante de tantas transformações e evolução, o cirurgião vascular moderno terá que ter sua mente aberta para as novidades e desenvolver capacitação ampla com diferentes técnicas para proporcionar a melhor opção terapêutica para seus pacientes.

Avaliação econômica de sistemas agroflorestais implantados para recuperação de reserva legal no Pontal do Paranapanema, São Paulo

O Pontal do Paranapanema, extremo oeste do Estado de São Paulo, é conhecido em todo o Brasil devido aos conflitos pela posse da terra, protagonizados pelo Movimento dos Trabalhadores Rurais Sem Terra (MST), que transformou significativamente a paisagem da região, onde atualmente se observam pequenas ilhas de assentamentos rurais imersos numa matriz de grandes pastagens. O Código Florestal prevê que esses assentamentos, assim como qualquer propriedade rural, deve manter 20% de sua área com cobertura vegetal arbórea. Essa área, conhecida como Reserva Florestal Legal, deve ser restaurada, caso não exista. Assim, esta pesquisa se desenvolveu no assentamento Santa Zélia, Município de Teodoro Sampaio, São Paulo, numa área de 15 ha de Reserva Legal. Seis famílias desse assentamento foram responsáveis pela restauração da área, através de módulos agroflorestais (Taungya) temporários. Dois indicadores foram utilizados para avaliação econômica da produção agrícola na área: Valor Presente Líquido (VLP) e Relação Benefício-Custo (RB/C). Os resultados indicaram valores positivos em todas as famílias analisadas, levando à conclusão de que sistemas agroflorestais podem ser adotados na recuperação de áreas de reserva legal em propriedades rurais. Sua maior ou menor viabilidade econômica irá depender de um manejo mais intenso na área para produção agrícola e de preços satisfatórios para venda no mercado.

Regeneração natural em remanescentes florestais e áreas reflorestadas da várzea do rio Mogi-Guaçu, Luiz Antônio - SP

O trabalho objetivou descrever e avaliar a estrutura da regeneração de espécies arbóreas em dois remanescentes naturais e em três áreas reflorestadas com espécies nativas e em um povoamento de Eucalyptus robusta, situados em área de várzea do rio Mogi-Guaçu, Luiz Antônio, SP (21º31'S e 47º55'W). Foram amostradas 40 subparcelas de 2 m² em cada remanescente natural e sub-bosque de eucalipto e 60 subparcelas de 3,5 m² em cada área reflorestada. Foram amostrados todos os indivíduos arbóreos de regeneração com altura > a 10 cm e diâmetro do caule até a altura do peito (DAP) < 5,0 cm e analisados separadamente, em quatro classes de altura, a diversidade florística, a regeneração natural (Rn%), o valor de importância (VI) e a similaridade da regeneração com indivíduos de DAP > 5 cm. Foram identificados 1.990 indivíduos, pertencentes a 24 famílias, 46 gêneros e 51 espécies. Cabralea canjerana, Psidium cattleyanum, Nectandra megapotamica, Acacia polyphylla e Syzygium cumini estavam entre as espécies mais representadas nas quatro categorias de tamanho. O reflorestamento com espécies nativas em áreas degradadas da várzea do rio Mogi-Guaçu promoveu a regeneração natural com biodiversidade superior aos remanescentes naturais de florestas ciliares sob efeito de borda e contribuiu para com o processo de restauração de ecossistemas florestais. O povoamento de Eucalyptus robusta com cerca de 20 anos de idade favoreceu a regeneração de espécies climácicas e secundárias.

Combinação linear ponderada na definição de áreas prioritárias à conectividade entre fragmentos florestais em ambiente SIG

Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq)

Caracterização eletroforética e análise de subgrupo de rotavírus em rebanhos bovinos leiteiros do Estado de São Paulo

Foi realizado um estudo para determinar a ocorrência de infecção por rotavírus em rebanhos bovinos leiteiros. Foram analisadas 375 amostras de fezes de bezerros, na faixa etária 1 a 45 dias, provenientes de animais pertencentes a nove propriedades rurais, situadas em seis municípios da região nordeste do Estado de São Paulo. Destas, 193 pertenciam a animais com diarréia e 182 foram obtidas de animais clinicamente sadios. As técnicas utilizadas para a detecção de rotavírus foram o ensaio imunoenzimático (EIE) e a eletroforese em gel de poliacrilamida (EGPA). Por meio do EIE foram detectadas 11,2% (42/375) de amostras positivas, 15% delas (29/193) obtidas de animais com diarréia e 7,1% (13/182) colhidas de animais sem diarréia. A análise do perfil do genoma indicou a presença de seis eletroferótipos distintos, característicos de rotavírus do grupo A. Um único eletroferótipo foi detectado em três rebanhos, o qual permaneceu constante durante o período de amostragem. em dois rebanhos diferentes eletroferótipos foram detectados, embora com maior prevalência de um dado perfil. A caracterização das amostras positivas em subgrupos foi realizada por meio do EIE com duplo sanduíche, utilizando-se anticorpos monoclonais (MAb) específicos para antígenos de subgrupo (I e II). Foram caracterizadas como subgrupo I 52,4% (22/42) das amostras testadas, nenhuma reagiu com MAb de subgrupo II, enquanto as demais, 47,6% (20/42), não reagiram com nenhum dos dois subgrupos.

Genetic diversity between and within populations of Handroanthus heptaphyllus (Vell.) Mattos using microsatellite markers

Handroanthus heptaphyllus (Vell.) Mattos, popularmente conhecida por ipê-roxo, é uma espécie pertencente à família Bignoneaceae, muito apreciada por sua beleza, madeira de excelente qualidade e utilizada em produtos medicinais e programas de reflorestamento de áreas degradadas, paisagismo e restauração. Neste trabalho, objetivou-se estudar a diversidade genética entre e dentro das populações de H. heptaphyllus por meio de marcadores microssatélites. Foram estudadas 192 plântulas, formadas a partir de sementes colhidas de duas populações, em um total de 30 árvores, de fragmentos florestais naturais na região de Botucatu - SP. Foram analisados oito locos microssatélites, com polimorfismo alélico, variando de seis alelos para o loco TAU22 a 14 alelos para os locos TAU12, TAU30 e TAU31, com número efetivo médio de alelos por loco (Âe) igual a 4,9. As médias para a heterozigosidade esperada (Ĥe), para as duas populações foi de 0,785, a heterozigosidade observada (Ĥo)foi de 0,609 e o índice de fixação (^F) variou pouco entre as populações, com média de 0,222. O valor médio da divergência genética entre as duas populações (Ĝst') foi de 0,100. Conclui-se que a maior diversidade genética ocorre dentro das populações; portanto, em programa de coleta de germoplasma, para a região de Botucatu, é recomendado realizar uma maior amostragem de indivíduos dentro das populações, o que possibilitaria uma boa representatividade genética. As populações estudadas possuem diversidade genética para subsidiar programas de melhoramento genético e conservação de germoplasma.

Estudo Comparativo de Três Diferentes Modalidades de Elisa para Medir os Anticorpos Contra o Vírus da Bronquite Infecciosa em Frangos Vacinados e Não Vacinados

No presente estudo, foram vacinados 150 frangos de corte de um dia de idade com sorotipo H120, e, após 28 dias desafiados à vacinação com o sorotipo M 41 do vírus da bronquite infecciosa das aves. da mesma forma, foram obtidos 150 soros de aves não vacinadas para a análise. Os respectivos soros foram analisados 28, 34 e 46 dias após o desafio, examinados através das técnicas de ELISA indireto (ELISA-I), Sandwich ELISA (S-ELISA) e ELISA com bloqueio de fase líquida (ELISA-BFL) e comparados com a técnica padrão de soroneutralização (SN) para efeito de cálculo da especificidade e sensibilidade relativas, bem como os valores predictivos positivos e negativos. O cálculo do coeficiente de correlação também foi empregado para a análise de concordância. Assim, os valores da correlação encontrados foram r = 0.98 entre ELISA-BFL x SNT, r = 0.79 entre S-ELISA x SNT e r = 0.74 ELISA-I x SNT. No entanto, quando comparamos as técnicas de ELISA entre si, ELISA-BFL x S-ELISA, ELISA-BFL x ELISA-I e S-ELISA x ELISA-I os valores encontrados foram r = 0.75, r = 0.69 e r = 0.79. A técnica de ELISA-BFL demonstrou melhor sensibilidade relativa que as técnicas de S-ELISA e ELISA-I, mesmo 46 dias após o desafio com a estirpe heteróloga. Entretanto, apesar das técnicas de S-ELISA e ELISA-I apresentarem especificidade realtiva superiores, a melhor correlação observada foi entre as técnicas de ELISA-BFL e a SN.

Synthesis and properties of branched polyethylene/high-density polyethylene blends using a homogeneous binary catalyst system composed of early and late transition metal complexes

Branched polyethylene/high-density polyethylene blends (BPE/HDPE) with a wide range of molecular weights, melt flow indexes (MFI), and intrinsic viscosity were prepared using the homogeneous binary catalyst system composed by Ni(alpha-diimine)Cl-2 (1) (alpha-diimine = 1,4-bis(2,6-diisopropylphenyl)-acenaphthenediimine) and {Tp(Ms*)} TiCl3 (2) (Tp(Ms*)=hydridobis(3-mesitylpyrazol-1-yl)(5-mesityl-pyrazol-1-yl)) activated with MAO and/or TIBA in hexane at two different polymerization temperatures (30 and 55 degreesC) and by varying the nickel loading molar fraction (x(Ni)). At all Temperatures, a non-linear correlation between the x(Ni) and the productivity was observed, suggesting the occurrence of a synergistic effect between the nickel and the titanium catalyst precursors, which is more pronounced at 55 degreesC. The molecular weight of the BPE/HDPE blends considerably decreases with increasing Al/M molar ratio. The melt flow indexes (MFI) and intrinsic viscosities (eta) are strongly affected by x(Ni), but the melting temperatures are nearly constant, 132 +/- 3 degreesC. Dynamic mechanical thermal analysis (DMTA) shows the formation of different polymeric materials where the stiffness vanes according, to the x(Ni) and temperature used in the polymerization reaction. The surface morphology of the BPE/HDPE blends studied by scanning electron microscopy (SEM) revealed a low miscibility between the PE phases resulting in the formation of a sandwich structure after etching with o-xylene.

Magneto Immunoassays for Plasmodium falciparum Histidine-Rich Protein 2 Related to Malaria based on Magnetic Nanoparticles

Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq)

Distribution of Xylella fastidiosa in citrus rootstocks and transmission of citrus variegated chlorosis between sweet orange plants through natural root grafts

To study translocation of Xylella fastidiosa to citrus rootstocks, budsticks from citrus variegated chlorosis (CVC)-affected cv. Pera sweet orange (Citrus sinenesis (L.) Osb.) were top grafted on 15 citrus rootstocks. Disease symptoms were conspicuous 3 months later on all 15 rootstocks tested. The presence of X. fastidiosa was confirmed by light microscopy, double-antibody sandwich enzyme-linked immunosorbent assays, and polymerase chain reaction in rootlets and main roots of CVC-symptomatic Pera sweet orange in 11 of the 15 rootstocks tested. These results suggest that bacterial translocation from the aerial plant parts to the root system occurs but is not essential for X. fastidiosa to induce symptoms in the aerial parts. Bacterial translocation to the roots was not correlated with CVC leaf-symptom severity in the Pera scion. To determine if CVC disease could be transmitted by natural root grafts, two matched seedlings of each of four sweet orange cultivars (Pera, Natal, Valencia, and Caipira) were transplanted into single pots. One seedling rootstock of each pair was inoculated by top grafting with a CVC-contaminated budstick while the other seedling rootstock was cut but not graft inoculated. Transmission of X. fastidiosa from an inoculated plant to a noninoculated plant sharing the same pot was observed in all four sweet orange cultivars tested. Transmission was confirmed by observation of natural roots grafts between the two plants, presence of X. fastidiosa in the root grafts, and disease development in the uninoculated plants. This is the first report of transmission of CVC disease through natural root grafts.