Optimization of the Sybr Green real time PCR for the detection of Human Herpes Virus type 6 (HHV-6)

HHV-6 is the etiological agent of Exanthem subitum which is considered the sixth most frequent disease in infancy. In immuno-compromised hosts, reactivation of latent HHV-6 infection may cause severe acute disease. We developed a Sybr Green Real Time PCR for HHV-6 and compared the results with nested conventional PCR. A 214 pb PCR derived fragment was cloned using pGEM-T easy from Promega system. Subsequently, serial dilutions were made in a pool of negative leucocytes from 10-6 ng/µL (equivalent to 2465.8 molecules/µL) to 10-9 (equivalent to 2.46 molecules/µL). Dilutions of the plasmid were amplified by Sybr Green Real Time PCR, using primers HHV3 (5' TTG TGC GGG TCC GTT CCC ATC ATA 3)'and HHV4 (5' TCG GGA TAG AAA AAC CTA ATC CCT 3') and by conventional nested PCR using primers HHV1 (outer): 5'CAA TGC TTT TCT AGC CGC CTC TTC 3'; HHV2 (outer): 5' ACA TCT ATA ATT TTA GAC GAT CCC 3'; HHV3 (inner) and HHV4 (inner) 3'. The detection threshold was determined by plasmid serial dilutions. Threshold for Sybr Green real time PCR was 24.6 molecules/µL and for the nested PCR was 2.46 molecules/µL. We chose the Real Time PCR for diagnosing and quantifying HHV-6 DNA from samples using the new Sybr Green chemistry due to its sensitivity and lower risk of contamination.

Metodologia BIM aplicada à conceção e produção de uma estrutura metálica

Este relatório apresenta o estágio curricular relativo ao curso de mestrado em engenharia civil na área de especialização de estruturas. O estágio decorreu no grupo O Feliz, S.A, uma metalomecânica sedeada em Braga. No âmbito do estágio, foi efetuada uma pesquisa e de seguida um projeto real aplicando a metodologia Building Information Modeling. Inicialmente, será feita uma apresentação da empresa e definidos os objetivos propostos para o estágio. Seguidamente, será apresentada toda a pesquisa realizada sobre o BIM para poder, seguidamente, realizar um projeto real utilizando esta metodologia, proposta pela empresa. Posteriormente é apresentado o projeto realizado com a metodologia BIM e todo o seu processo até chegar à sua construção. Por último, são apresentadas algumas das obras que estavam em curso durante a realização do presente trabalho e que houve a oportunidade de acompanhar, refletindo a experiência adquirida na área, durante o desenvolvimento do estágio.

Classificação Internacional de Funcionalidade (CIF): Conceitos, Preconceitos e Paradigmas. Contributo de um Construto para o Percurso Real em Meio Natural de Vida.

A autora aborda o historial, génese e objectivos da Classificação Internacional de Funcionalidade para crianças e jovens, implementada pela Organização Mundial de Saúdeem 2007. Sublinha o papel de complementaridadade da CIF relativamente a outras classificações como a Classificação Internacional de Doenças (CID), em que a primeira visa caracterizar as capacidades e dificuldades de crianças e jovens com deficiência, ou seja, caracterizar do ponto de vista funcional cada criança e jovem, independentemente do diagnóstico etiológico médico. Trata-se da mudança de paradigma bio-médico para a do indivíduo que apresenta determinadas competências e dificuldades, em que estas últimas são definidas em função do ambiente – facilitador ou actuando como barreira. Assim, é dado enfoque ao ambiente para que este seja modificado transformando os factores que actuam como barreira em facilitadores, que anulem ou atenuem as dificuldades. Sendo a deficiência e ou doença uma experiência universal, a CIF vem colmatar uma importante lacuna na dificuldade de comunicação e articulação entre os diversos actores intervenientes no apoio socio educativo e médico destas crianças,criando uma linguagem acessível aos técnicos envolvidos – educadores, terapeutas e outros profissionais ligados à infância, por força envolvidos, dando uma maior ênfase à interacção criança/meio numa perspectiva holística de bem estar bio-psico-social.

Cross-Layer Admission Control to Enhance the Support of Real-Time Applications in WSN

Real-time monitoring applications may be used in a wireless sensor network (WSN) and may generate packet flows with strict quality of service requirements in terms of delay, jitter, or packet loss. When strict delays are imposed from source to destination, the packets must be delivered at the destination within an end-to-end delay (EED) hard limit in order to be considered useful. Since the WSN nodes are scarce both in processing and energy resources, it is desirable that they only transport useful data, as this contributes to enhance the overall network performance and to improve energy efficiency. In this paper, we propose a novel cross-layer admission control (CLAC) mechanism to enhance the network performance and increase energy efficiency of a WSN, by avoiding the transmission of potentially useless packets. The CLAC mechanism uses an estimation technique to preview packets EED, and decides to forward a packet only if it is expected to meet the EED deadline defined by the application, dropping it otherwise. The results obtained show that CLAC enhances the network performance by increasing the useful packet delivery ratio in high network loads and improves the energy efficiency in every network load.

Profiling of real-world web applications

Dissertação para obtenção do Grau de Mestre em Engenharia Informática

Efficiency of strengthening techniques assessed for existing masonry buildings

The Azores archipelago is a zone with a vast cultural heritage, presenting a building stock mainly constructed in traditional stone masonry. It is known that this type of construction exhibits poor behaviour under seismic excitations; however it is extensively used in seismic prone areas, such as this case. The 9th of July of 1998 earthquake was the last seismic event in the islands, leaving many traditional stone constructions severely damaged or totally destroyed. This scenario led to an effort by the local government of improving the seismic resistance of these constructions, with the application of several reinforcement techniques. This work aims to study some of the most used reinforcement schemes after the 1998 earthquake, and to assess their effectiveness in the mitigation of the construction’s seismic vulnerability. A brief evaluation of the cost versus benefit of these retrofitting techniques is also made, seeking to identify those that are most suitable for each building typology. Thus, it was sought to analyze the case of real structures with different geometrical and physical characteristics, by establishing a comparison between the seismic performance of reinforced and non-reinforced structures. The first section contains the analysis of a total of six reinforcement scenarios for each building chosen. Using the recorded 1998 earthquake accelerograms, a linear time-history analysis was performed for each reinforcement scenario. A comparison was then established between the maximum displacements, inter-storey drift and maximum stress obtained, in order to evaluate the global seismic response of each reinforced structure. In the second part of the work, the examination of the performance obtained in the previous section, in relation to the cost of implementing each reinforcement technique, allowed to draw conclusions concerning the viability of implementing each reinforcement method, based on the book value of the buildings in study.

A real-time quantitative assay for hepatitis B DNA virus (HBV) developed to detect all HBV genotypes

Hepatitis B virus (HBV) is a major cause of chronic liver disease worldwide. Besides genotype, quantitative analysis of HBV infection is extensively used for monitoring disease progression and treatment. Affordable viral load monitoring is desirable in resource-limited settings and it has been already shown to be useful in developing countries for other viruses such as Hepatitis C virus (HCV) and HIV. In this paper, we describe the validation of a real-time PCR assay for HBV DNA quantification with TaqMan chemistry and MGB probes. Primers and probes were designed using an alignment of sequences from all HBV genotypes in order to equally amplify all of them. The assay is internally controlled and was standardized with an international HBV panel. Its efficacy was evaluated comparing the results with two other methods: Versant HBV DNA Assay 3.0 (bDNA, Siemens, NY, USA) and another real-time PCR from a reference laboratory. Intra-assay and inter-assay reproducibilities were determined and the mean of CV values obtained were 0.12 and 0.09, respectively. The assay was validated with a broad dynamic range and is efficient for amplifying all HBV genotypes, providing a good option to quantify HBV DNA as a routine procedure, with a cheap and reliable protocol.

Ontology methodology building criteria for crowdsourcing innovation intermediaries

Crowdsourcing innovation intermediaries are organizations that mediate the communication and relationship between companies that aspire to solve some problem or to take advantage of any business opportunity with a crowd that is prone to give ideas based on their knowledge, experience and wisdom. A significant part of the activity of these intermediaries is carried out by using a web platform that takes advantage of web 2.0 tools to implement its capabilities. Thus, ontologies are presented as an appropriate strategy to represent the knowledge inherent to this activity and therefore the accomplishment of interoperability between machines and systems. In this paper we present an ontology roadmap for developing crowdsourcing innovation ontology of the intermediation process. We start making a literature review on ontology building, analyze and compare ontologies that propose the development from scratch with the ones that propose reusing other ontologies, and present the criteria for selecting the methodology. We also review enterprise and innovation ontologies known in literature. Finally, are taken some conclusions and presented the roadmap for building crowdsourcing innovation intermediary ontology.

Potencialidades de uma abordagem com Interdisciplinaridade entre matemática e estudo do meio e centrada no ambiente

O presente estudo partiu do problema “Como promover aprendizagens da Matemática e do Estudo do Meio numa perspetiva interdisciplinar, explorando o mundo real?”. Neste sentido, tem como objetivos: selecionar recursos e atividades que se revelem motivadoras para os alunos; demonstrar a relevância da inter-relação de diferentes conceitos e a importância da sua ligação com as vivências dos alunos; ativar o envolvimento dos alunos para a aprendizagem da Matemática através do Estudo do meio e de situações do mundo real; estimular a perceção do aluno da presença da Matemática nos conteúdos de Estudo do Meio; fomentar a compreensão da relação dos conteúdos de Matemática e estudo do Meio. Com este propósito formularam-se as seguintes questões: (1) Que tipo de atividades se poderão proporcionar de forma a motivar os alunos para os conteúdos do Estudo do Meio e da Matemática? (2) De que forma a exploração das situações/conceções do quotidiano poderá promover o envolvimento dos alunos na aprendizagem da Matemática e do Estudo do Meio? (3) De que forma o Ensino Experimental das Ciências numa perspetiva interdisciplinar pode contribuir para desenvolver tanto as competências conceptuais (fatores do ambiente: temperatura e humidade/OTD/números racionais), como capacidades de pensamento crítico e tomada de decisão inerente? Tendo em vista os objetivos do estudo, desenvolveram-se, com uma turma do 2º ano de escolaridade, quatro situações formativas, que envolveram as disciplinas de Matemática e Estudo do Meio. O domínio de conteúdos preponderante na área de Estudo do Meio foi À descoberta do Ambiente Natural, enquanto na Matemática os domínios predominantes foram Organização e tratamento de dados e Números e operações. Foram realizadas diversas atividades experimentais, onde os alunos tiveram um papel ativo na construção dos seus conhecimentos. A investigação segue uma metodologia qualitativa, centrando-se num estudo de caso, onde se caracteriza uma experiência interdisciplinar que envolveu as disciplinas de Matemática e Estudo do Meio. Os dados foram recolhidos pela professora investigadora através de gravações de vídeo e áudio, fotografias, trabalhos dos alunos e de registos da professora investigadora. Os resultados demonstraram como os alunos mobilizaram e apropriaram os conteúdos de Matemática e Estudo do Meio. Os dados, através da análise de conteúdo, parecem iv sugerir que houve uma evolução no desempenho dos alunos a vários níveis, nomeadamente: no trabalho cooperativo, no envolvimento da tarefa, nas interações estabelecidas e na motivação para a aprendizagem da Matemática e Estudo do Meio.

Educação e formação de Adultos: novas rotas?

Ao longo do projeto encarou-se a Educação e Formação de Adultos como um motor para a liberdade, definida como a autonomia para se procurar e viver um destino. Destino que não é apenas o porto onde atraca o barco à chegada, mas o processo de destinação na rota. Hodiernamente vivemos atracados ao paradigma da Aprendizagem ao Longo da Vida, ancorados a processos económicos e ideológicos que ditam as orientações de atuação do Instituto de Emprego e Formação Profissional na forma com se planeiam e organizam os Cursos de Educação e Formação de Adultos. Traçaram-se as rotas que Portugal percorreu até desenvolver as políticas de Educação e Formação de Adultos atuais. Essas políticas influenciam sobremaneira a organização e planeamento dos Cursos de Educação e Formação de Adultos desenvolvidos pelo Instituto de Emprego e Formação de Vila Real que se vê agrilhoado aos ideais neoliberais, à falta de recursos, de ideais e de esperança. Procurou-se construir um projeto que conceba o planeamento e a organização dos cursos de Educação e Formação de Adultos numa ótica emancipadora da educação enraizada em contextos locais, em que as diretrizes do Estado se constituem como uma moldura mas não se restringem à rigidez do caixilho, assente em lógicas de responsabilidade comunitária em processos relacionais abertos, dialogados e críticos assentes em conteúdos vividos, aprendidos e transformados. Espera-se e deseja-se que aqueles processos comprometam de forma decisiva todos os que se vêem envolvidos neste feixe de relações a partir do qual cada um se forma, e desenvolvendo-se, se envolve na possibilidade de destinar a rota.

Das sombras de Platão ao realismo de Iracema: a representação do real no cinema

Dissertação apresentada para cumprimento dos requisitos necessários à obtenção do grau de Mestre em Ciências da Comunicação, vertente Cinema e Televisão,

A importância de Istar na legitimação da guerra e do poder real na Mesopotâmia

Istar é uma das divindades mais importantes na religião mesopotâmica e no panteão sumério-acádico. A sua identificação com a deusa suméria INANNA (INNIN) reflecte o fenômeno de sincretismo religioso que atravessa as teologias e as práticas religiosas na Mesopotâmia. A morfologia de INANNA poderá ser explicada pela expressão suméria NIN.AN.AK', que significa «senhora do céu». Efectivamente, ela é Dilbat (Vénus) e surge associada a outras divindades astrais como NANNA (Sin, deus identificado com a Lua), o seu pai, e como UTU (Samas, identificado com o Sol)2, o seu irmão, também elas divindades maiores do universo religioso da Mesopotâmia.

Lugar, espaço e geografia. Do real ao virtual na sociedade do conhecimento

A informação é um elemento preponderante para a tomada de decisões e quanto mais informação houver, mais ponderada será. SHANNON e WEAVER (1948:379-423) definem informação como "... aquilo que reduz a incerteza...", o que é discutível, já que inúmeras questões se poderão levantar, aumentando as incertezas em relação a outros pontos. BELL (1979:168) definiu informação como "... processamento de dados no seu sentido mais lato...", uma forma mais simples de explicar um conceito que se rodeia de inúmeros significados. Para MASON et ai. (1995:35), o Homem tem que existir para que haja informação, pois ela representa a forma através "... da qual uma mente consegue influenciar outra..."; em parte esta interpretação tem a ver com percepção e com o raciocínio humano. DAVIS e OHLSON (1985:200) definiram-na como "... dados de tal forma coligidos e processados, que se tomam úteis a um receptor, sendo valiosos para a análise de acções ou tomada de decisões..."; estes autores atribuem à informação um valor acrescentado, pois só a consideram como tal, se o seu uso beneficiar o saber e a decisão.

Building Smarter Cities through Social Entrepreneurship

The objective of the present study is to examine the extent to which social ventures are able to increase the smartness of the cities. To achieve this goal, we adopt a qualitative approach, based on the case study method to obtain valuable insights about different characteristics and strategies of Cais (a non-profit association dedicated to help disadvantaged people in urban areas). By focusing on the analysis of the Cais activities, we assess whether its social intervention match the dimensions proposed by Giffinger et al. (2007) to rank smart cities’ performance, namely if it has smart: (i) economy; (ii) people; (iii) governance; (iv) mobility; (v) environment; and (vi) living. The research shows that the action pursued comprises elements from all the above mentioned dimensions. Further, the analysis reveals that Cais reinforces the smartness of the city where it acts (attributes such as living, economy, people, and environment).