967 resultados para Phylogenetic Characters


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Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)

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The 18S rDNA phylogeny of Class Armophorea, a group of anaerobic ciliates, is proposed based on an analysis of 44 sequences (out of 195) retrieved from the NCBI/GenBank database. Emphasis was placed on the use of two nucleotide alignment criteria that involved variation in the gap-opening and gap-extension parameters and the use of rRNA secondary structure to orientate multiple-alignment. A sensitivity analysis of 76 data sets was run to assess the effect of variations in indel parameters on tree topologies. Bayesian inference, maximum likelihood and maximum parsimony phylogenetic analyses were used to explore how different analytic frameworks influenced the resulting hypotheses. A sensitivity analysis revealed that the relationships among higher taxa of the Intramacronucleata were dependent upon how indels were determined during multiple-alignment of nucleotides. The phylogenetic analyses rejected the monophyly of the Armophorea most of the time and consistently indicated that the Metopidae and Nyctotheridae were related to the Litostomatea. There was no consensus on the placement of the Caenomorphidae, which could be a sister group of the Metopidae + Nyctorheridae, or could have diverged at the base of the Spirotrichea branch or the Intramacronucleata tree.

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DNA barcoding is a recently proposed global standard in taxonomy based on DNA sequences. The two main goals of DNA barcoding methodology are assignment of specimens to a species and discovery of new species. There are two main underlying assumptions: i) reciprocal monophyly of species, and ii) intraspecific divergence is always less than interspecific divergence. Here we present a phylogenetic analysis of the family Potamotrygonidae based on mitochondrial cytochrome c oxidase I gene, sampling 10 out of the 18 to 20 valid species including two non-described species. Potamotrygonidae systematics is still not fully resolved with several still-to-be-described species while some other species are difficult to delimit due to overlap in morphological characters and because of sharing a complex color patterns. Our results suggest that the family passed through a process of rapid speciation and that the species Potamotrygon motoro, P. scobina, and P. orbignyi share haplotypes extensively. Our results suggest that systems of identification of specimens based on DNA sequences, together with morphological and/or ecological characters, can aid taxonomic studies, but delimitation of new species based on threshold values of genetic distances are overly simplistic and misleading.

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Edessinae é uma das maiores subfamílias de Pentatomidae com cerca de 300 espécies conhecidas e mais de 300 ainda não descritas, distribuídas em apenas seis gêneros - Edessa, Brachystethus, Peromatus, Olbia, Pantochlora e Doesburgedessa. A maior parte das espécies pertence ao gênero Edessa que concentra também quase a totalidade dos problemas taxonômicos da subfamília. Esse gênero é usado como depósito de espécies da subfamília, sendo que tal fato se deve à confusão entre os limites da própria subfamília e do gênero Edessa. A solução desses problemas passa necessariamente pela reavaliação dos subgêneros de Edessa e mudanças taxonômicas em Edessinae. O presente trabalho objetivou reavaliar o status taxonômico de Ascra até então subgênero de Edessa, e seu posicionamento filogenético em Edessinae. Foram estudados 411 exemplares obtidos por empréstimos de várias instituições e coleções particulares. Foram apresentadas descrições, medidas e fotografias das espécies, desenhos de estruturas com importância sistemática como o processo metasternal e genitália de ambos os sexos, chave dicotômica e mapa de distribuição. Para a análise cladística foram incluídos 28 táxons e levantados 33 caracteres morfológicos, dos quais oito multiestados que foram tratados como não aditivos. O grupo externo, foi composto por 14 espécies representando todos os gêneros de Edessinae e subgêneros de Edessa. Edessinae resultou como monofilético, no entanto Edessa saiu como parafilético. Ascra foi reconhecido como monofilético, apoiado por duas sinapomorfias. Esse gênero passou a ser formado pelas espécies: A. bifida, A. cordifera, A. petersii, A. abdita, A. championi, A. privata, A. conspersa, A. morbosa e por mais seis espécies novas. Dois novos grupos de espécies foram propostos para Ascra: bifida e privata. Os machos de A. abdita, A. morbosa e A. cordifera e as fêmeas de A. championi e A. privata, desconhecidos até o momento, foram descritos. Novos arranjos nomenclaturais foram realizados. O lectótipo de Edessa abdita foi designado. As espécies Edessa cornuta, Edessa densata, Edessa picata e Edessa florida foram consideradas sinônimos-juniores de A. bifida.

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Leptodeira é um gênero Neotropical de serpentes com nove espécies, dividido em quatro grupos morfológicos: annulata com as espécies L. annulata (L. a. annulata, L. a. ashmeadi, L. a. cussiliris, L. a. pulchriceps, L. a. rhombifera), L. bakeri, L. maculata, L. frenata (L. f. frenata, L. f. malleisi, L. f. yucatanensis), L. uribei; septentrionalis com L. septentrionalis (L. s. septentrionalis, L. s. larcorum, L. s. ornata, L. s. polysticta), L. splendida (L. s. splendida, L. s. bressoni, L. s. ephippiata); nigrofasciata com apenas a espécie L. nigrofasciata; e grupo punctata representado por L. punctata. Na última revisão taxonômica do gênero, várias espécies foram consideradas como subespécies, sendo caracterizadas principalmente com base no padrão de cor. No entanto, recentes análises moleculares não corroboraram o arranjo taxonômico proposto anteriormente. As duas espécies com distribuição geográfica mais ampla e maior número de subespécies, L. annulata e L. septentrionalis, não tiveram monofila validada. Na mais recente proposta filogenética de Leptodeira, a monofilia do complexo L. annulata/septentrionalis foi obtida a partir de caracteres moleculares, sendo recuperados dois clados geograficamente distintos: um clado Norte presente no sul da América do Norte e norte da América Central (L. s. polysticta ((L. rubricata - L. a. rhombifera) ((L. a. cussiliris - L. maculata) L. a. cussiliris))); e outro clado Sul-americano presente no sul da América Central e toda América do Sul ((L. s. ornata–L. a. annulata) (L. s. ornata (L. bakeri (L. a. ashmeadi–L. a. annulata)))). Neste trabalho, apresento uma hipótese filogenética para Leptodeira e reviso taxonomicamente o clado Sul do complexo L. annulata/septentrionalis, apresentando um novo arranjo taxonômico para o grupo. Desta forma, a presente tese está organizada em: Introdução Geral, onde foram apresentadas informações sobre taxonomia e sistemática de Leptodeira, especialmente do complexo L. annulata/septentrionalis; Capítulo 1 intitulado “Análise filogenética de Leptodeira (Serpentes, Dipsadidae)”, com o objetivo de propor uma hipótese filogenética para o gênero, com base em caracteres moleculares; e o Capítulo 2 intitulado “Taxonomia das espécies do clado Sul do complexo L. annulata/septentrionalis (Serpentes, Dipsadidae)”, que teve como objetivo caracterizar morfologicamente os clados obtidos a partir da análise molecular e propor um novo arranjo taxonômico para o grupo.

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Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES)

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Pós-graduação em Ciências Biológicas (Zoologia) - IBRC

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Pós-graduação em Ciências Biológicas (Zoologia) - IBB

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Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)

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Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)

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Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)

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Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq)

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Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)