824 resultados para Genomica Funcional


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Director: Ernesto Martín Rodríguez. Codirector: José Barrios García. Programa de doctorado: Historiografía, fuentes y métodos de la investigación histórica

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rograma de doctorado: Avances en Traumatología, Medicina del Deporte, Cuidados de Heridas (Interdepartamental). Bienio 2007/2008.

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Programa de doctorado: Avances en Traumatología, Medicina del Deporte, Cuidado de Heridas (Interdepartamental). Bienio 2004/2006. La fecha de publicación es la fecha de lectura

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The Poxviruses are a family of double stranded DNA (dsDNA) viruses that cause disease in many species, both vertebrate and invertebrate. Their genomes range in size from 135 to 365 kbp and show conservation in both organization and content. In particular, the central genomic regions of the chordopoxvirus subfamily (those capable of infecting vertebrates) contain 88 genes which are present in all the virus species characterised to date and which mostly occur in the same order and orientation. In contrast, however, the terminal regions of the genomes frequently contain genes that are species or genera-specific and that are not essential for the growth of the virus in vitro but instead often encode factors with important roles in vivo including modulation of the host immune response to infection and determination of the host range of the virus. The Parapoxviruses (PPV), of which Orf virus is the prototypic species, represent a genus within the chordopoxvirus subfamily of Poxviridae and are characterised by their ability to infect ruminants and humans. The genus currently contains four recognised species of virus, bovine papular stomatitis virus (BPSV) and pseudocowpox virus (PCPV) both of which infect cattle, orf virus (OV) that infects sheep and goats, and parapoxvirus of red deer in New Zealand (PVNZ). The ORFV genome has been fully sequenced, as has that of BPSV, and is ~138 kb in length encoding ~132 genes. The vast majority of these genes allow the virus to replicate in the cytoplasm of the infected host cell and therefore encode proteins involved in replication, transcription and metabolism of nucleic acids. These genes are well conserved between all known genera of poxviruses. There is however another class of genes, located at either end of the linear dsDNA genome, that encode proteins which are non-essential for replication and generally dictate host range and virulence of the virus. The non-essential genes are often the most variable within and between species of virus and therefore are potentially useful for diagnostic purposes. Given their role in subverting the host-immune response to infection they are also targets for novel therapeutics. The function of only a relatively small number of these proteins has been elucidated and there are several genes whose function still remains obscure principally because there is little similarity between them and proteins of known function in current sequence databases. It is thought that by selectively removing some of the virulence genes, or at least neutralising the proteins in some way, current vaccines could be improved. The evolution of poxviruses has been proposed to be an adaptive process involving frequent events of gene gain and loss, such that the virus co-evolves with its specific host. Gene capture or horizontal gene transfer from the host to the virus is considered an important source of new viral genes including those likely to be involved in host range and those enabling the virus to interfere with the host immune response to infection. Given the low rate of nucleotide substitution, recombination can be seen as an essential evolutionary driving force although it is likely underestimated. Recombination in poxviruses is intimately linked to DNA replication with both viral and cellular proteins participate in this recombination-dependent replication. It has been shown, in other poxvirus genera, that recombination between isolates and perhaps even between species does occur, thereby providing another mechanism for the acquisition of new genes and for the rapid evolution of viruses. Such events may result in viruses that have a selective advantage over others, for example in re-infections (a characteristic of the PPV), or in viruses that are able to jump the species barrier and infect new hosts. Sequence data related to viral strains isolated from goats suggest that possible recombination events may have occurred between OV and PCPV (Ueda et al. 2003). The recombination events are frequent during poxvirus replication and comparative genomic analysis of several poxvirus species has revealed that recombinations occur frequently on the right terminal region. Intraspecific recombination can occur between strains of the same PPV species, but also interspecific recombination can happen depending on enough sequence similarity to enable recombination between distinct PPV species. The most important pre-requisite for a successful recombination is the coinfection of the individual host by different virus strains or species. Consequently, the following factors affecting the distribution of different viruses to shared target cells need to be considered: dose of inoculated virus, time interval between inoculation of the first and the second virus, distance between the marker mutations, genetic homology. At present there are no available data on the replication dynamics of PPV in permissive and non permissive hosts and reguarding co-infetions there are no information on the interference mechanisms occurring during the simultaneous replication of viruses of different species. This work has been carried out to set up permissive substrates allowing the replication of different PPV species, in particular keratinocytes monolayers and organotypic skin cultures. Furthermore a method to isolate and expand ovine skin stem cells was has been set up to indeep further aspects of viral cellular tropism during natural infection. The study produced important data to elucidate the replication dynamics of OV and PCPV virus in vitro as well as the mechanisms of interference that can arise during co-infection with different viral species. Moreover, the analysis carried on the genomic right terminal region of PCPV 1303/05 contributed to a better knowledge of the viral genes involved in host interaction and pathogenesis as well as to locate recombination breakpoints and genetic homologies between PPV species. Taken together these data filled several crucial gaps for the study of interspecific recombinations of PPVs which are thought to be important for a better understanding of the viral evolution and to improve the biosafety of antiviral therapy and PPV-based vectors.

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I sottotipi H1N1, H1N2 e H3N2 di influenza A virus sono largamente diffusi nella popolazione suina di tutto il mondo. Nel presente lavoro è stato sviluppato un protocollo di sequenziamento di c.d. nuova generazione, su piattaforma Ion Torrent PGM, idoneo per l’analisi di tutti i virus influenzali suini (SIV). Per valutare l’evoluzione molecolare dei SIV italiani, sono stati sequenziati ed analizzati mediante analisi genomica e filogenetica un totale di sessantadue ceppi di SIV appartenenti ai sottotipi H1N1, H1N2 e H3N2, isolati in Italia dal 1998 al 2014. Sono stati evidenziati in sei campioni due fenomeni di riassortimento: tutti i SIV H1N2 esaminati presentavano una neuraminidasi di derivazione umana, diversa da quella dei SIV H1N2 circolanti in Europa, inoltre l’emoagglutinina (HA) di due isolati H1N2 era originata dal riassortimento con un SIV H1N1 avian-like. L’analisi molecolare dell’HA ha permesso di rivelare un’inserzione di due amminoacidi in quattro SIV H1N1 pandemici e una delezione di due aminoacidi in quattro SIV H1N2, entrambe a livello del sito di legame con il recettore cellulare. E’ stata inoltre evidenziata un’elevata omologia di un SIV H1N1 con ceppi europei isolati negli anni ’80, suggerendo la possibile origine vaccinale di questo virus. E’ stato possibile, in aggiunta, applicare il nuovo protocollo sviluppato per sequenziare un virus influenzale aviare altamente patogeno trasmesso all’uomo, direttamente da campione biologico. La diversità genetica nei SIV esaminati in questo studio conferma l’importanza di un continuo monitoraggio della costellazione genomica dei virus influenzali nella popolazione suina.

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In questo lavoro analizzeremo la generalizzazione ad oligonucleotidi della seconda regola di Chargaff. Ripercorreremo gli approcci matematico-statistici più significativi per quantificare la simmetria reverse-complement all'interno di sequenze genomiche, presenteremo le prove della trasversalità di tale fenomeno e cercheremo di far luce sulle origini evolutive di questa simmetria nascosta nei nostri geni.

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El sistema de evaluación de desempeño docente está reglamentado desde 1993 en la Universidad Nacional de Cuyo, año en que se puso en vigencia en la Facultad de Ciencias Agrarias. La normativa que lo rige menciona la situación funcional como elemento a evaluar, sin embargo no aporta criterios para ello. El objetivo de este trabajo fue relevar variables que, solas o en la forma de indicadores, permitieran detectar causas de actividad diferenciada por categoría, dedicación y ubicación curricular de los docentes. Se utilizó una encuesta autogestionada, asignada a los docentes mediante muestreo aleatorio estratificado. Los datos se procesaron mediante técnicas uni, bi y multivariadas. Con relación a las cuatro categorías establecidas en el Estatuto no se advirtieron diferencias notables en los tipos de actividades realizadas. Se hallaron diferencias para la dedicación docente y los ciclos curriculares (básico, instrumental y profesional). Se concluyó que: a) las categorías trabajan en forma pareja, pero los Profesores Titulares tienen mayor participación en posgrado; b) sólo los docentes de dedicación exclusiva cuentan con tiempo para realizar tareas de investigación, servicios y extensión; c) los docentes de los ciclos básico e instrumental desarrollan actividad más intensa en todas las áreas que los del ciclo profesional.

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Con la finalidad de mejorar el manejo de suelos regadíos se propone, en reemplazo de los modelos teóricos, un método empírico de laboratorio que pretende ofrecer una visión más realista de los cambios cuanticualitativos de la solución edáfica por la acumulación de agua de riegos sucesivos de reposición. Para cada combinación específica agua-suelo se determina un Requerimiento de Lixiviación Funcional (RLF), definido como la inversa del número de veces, 1/n, que una cuota de riego (CR) -o su equivalente como la cantidad de agua por volumen de suelopodría ser aplicada consecutivamente hasta que fuere necesario lixiviar para limitar en la solución edáfica el nivel de salinidad total, o el de algún ión en particular. El valor de n es determinado experimentalmente por el análisis de los extractos de saturación del suelo, cuyas condiciones iniciales son conocidas, después de evaporar en horno de microondas un número creciente de CR. Este método fue aplicado regionalmente en 40 combinaciones de 5 suelos y 8 aguas de riego y sus RLF fueron comparados con los RL calculados como simple consecuencia de la concentración, sin considerar otros fenómenos posibles durante el proceso. Los resultados muestran que en algunas combinaciones de agua-suelo los RLF pueden diferir significativamente de los teóricos simples, no sólo con respecto a la evolución de la salinidad total (ya prevista en los modelos citados) sino también en la concentración de boro en solución. Una primera prueba de aplicación en cultivo del método propuesto se realizó en un ensayo en macetas, con clones de vid de un año, empleando la misma agua de riego en dos suelos de características funcionales distintas, según la apreciación previa del RLF en laboratorio. Los resultados obtenidos validaron los esperados de acuerdo con el procedimiento indicado. Complementariamente se analizaron las hojas y se calcularon regresiones entre los índices edáficos al final del ensayo y los contenidos foliares de B, Cl y Na, así como estos últimos entre ellos.

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Objetivos: Analizar el estado funcional y su relación con morbimortalidad en pacientes con neoplasias internados en Cínica Médica. Material y métodos: Estudio descriptivo, protocolizado y observacional. Se analizaron variables clínicas, estado funcional, situación anímica y morbimortalidad en pacientes oncológicos hospitalizados y se compararon pacientes con Índice de Karnofsky <40 puntos (grupo A) y >40 puntos (grupo B). Los datos fueron analizados en EPI Info 6.04. Informe de los primeros 3 meses. Resultados: En el período de estudio, ingresaron 66 pacientes con neoplasias, 21 (31.8%) en A, con Karnofsky promedio de 25 puntos (DS±12.09) y 45 (68.2%) en B, con Karnofsky promedio de 77 puntos (DS±16.65). El 77.3% presentó tumores sólidos y el 22.7% hematológicos y las neoplasias más frecuentes fueron del tracto gastrointestinal (19.6%), mama (12.1%), pulmón (9.1%) y primario oculto (7.6%). El estadio tumoral IV fue el más frecuente en ambos grupos (89.5% de A y 88.9% de B)(pNS). La edad media en A fue de 59.57 (DS±13.71) y 52.48 años (DS±15.65) en B (pNS) y el género masculino fue más frecuente en A (66.7 y 44.4% respectivamente) (p<0.05). La permanencia media fue de 17.57 en A (DS±20.84) y de 13.53 días (DS±16.29) en B (pNS). La evaluación de Actividades Básicas de la Vida Diaria [0.81 (DS±1.25) vs 4.57 puntos (DS±1.15)] y Actividades Instrumentales [0.57 (DS±0.74) vs 4 puntos (DS±1.37)] fue superior en B (p<0.05) y no hubo diferencias en la comorbilidad (85.7 vs 82.2%)(pNS). Las infecciones (52.4 vs 26.7%), causa social (38.1 vs 4.4%), complicaciones neoplásicas (81 vs 51.1%) y dolor (81 vs 51.1%) fueron los motivos de internación más frecuentes en A (p<0.05). Los pacientes de A recibieron con mayor frecuencia cuidados paliativos (90.5 vs46.7%) y quimioterapia (90.5 vs 46.7%)(p<0.05), sin diferencias en radioterapia (23.8 vs 13.3%) y cirugía (33.3 vs 33.3%)(pNS). No hubo diferencias entre ambos grupos en la presencia de depresión clínica (69.9 vs 53.3%) y pérdida de peso (86.4 vs 84.2%)(pNS). El síndrome confusional (85.7 vs 11.1%), postración (61.9 vs 6.7%) y escaras (23.8 vs 4.4%) fueron más frecuentes en A (p<0.05). La mortalidad hospitalaria fue 52.4% en A y 8.9% en B (p<0.05). Conclusiones: El grado de estado funcional evaluado por Karnofsky menor de 40 puntos se asoció significativamente a: mayor mortalidad, uso de quimioterapia, cuidados paliativos, internación por infecciones, dolor y complicaciones neoplásicas y presencia de síndrome confusional, postración y escaras de decúbito (p<0.05).

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Este libro da cuenta de estudios realizados entre 1999 y 2008 en el marco del proyecto “RedACTe: Modelización contextual y lingüística del artículo de investigación, y desarrollo de un sistema de escritura asistida" (Fases I-V: UNCuyo y CONICET).

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Bactericera cockerelli (Sulc) (Homoptera: Psyllidae) es una plaga importante de solanaceas en México; para su control, la utilización de plaguicidas es el principal método, por lo que el uso de enemigos naturales bajo un sistema de manejo integrado, ha sido poco utilizado. Tal es el caso de Chrysoperla carnea (Stephens) (Neuroptera: Chrysopidae), agente de control biológico reportado para esta plaga; sin embargo, se carece de estudios para conocer su potencial. El objetivo del presente trabajo consistió en determinar el tipo y los parámetros de respuesta funcional de C. carnea sobre ninfas de B. cockerelli. El análisis de regresión logística reveló que la respuesta funcional de los tres instares larvales de C. carnea sobre ninfas de B. cockerelli fue de tipo II. Los tres instares consumieron ninfas de B. cockerelli, sin embargo el tercer instar tuvo mayor consumo, menor tiempo de manipuleo y mayor coeficiente de ataque. Estos resultados demostraron que C. carnea fue voraz y su capacidad depredadora está en función de su estado de desarrollo. El tercer instar reveló altas posibilidades para reducir las poblaciones de esta plaga, lo que sugiere que puede ser incluido en sistemas de manejo integrado de plagas basados en el control biológico aumentativo.

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En la última década numerosos trabajos de investigación científica han logrado dejar en claro la ventajas generadas a partir del entrenamiento de las capacidades condicionales de manera funcional, dejando atrás las tendencias en donde los patrones fundamentales de movimiento humano quedaban fuera del análisis del rendimiento deportivo. El interés que ha despertado en nuestro equipo de trabajo, como readaptadores del movimiento, nos lleva a indagar bajo esta perspectiva y las metodologías implementadas para su programación. El presente artículo intenta dar una perspectiva de trabajo a partir del desarrollo de un perfil preventivo, desarrollado en base a un screening funcional de movimiento. Utilizamos para ello, una matriz de datos diseñada a partir del análisis del movimiento su correcta y eficiente ejecución. Como contrapartida esto nos facilita la detección de patrones de movimiento afuncionales, patrones que no supongan una ejecución eficaz, que devendrá en puntos débiles para nuestros deportistas. Nuestro Universo de investigación son jugadores del Plantel Superior de clubes de Rugby de la ciudad de La Plata, que se desempeñan en la Primera División de la Unión de Rugby de Buenos Aires. La matriz de datos presentada utiliza como bases el Functional Movement Screen, diseñado por el fisioterapeuta Gray Cook y el Dr. Lee Burton, con adaptaciones desarrolladas, para objetivar datos en el análisis de los patrones biomecánicos humanos, con respecto al desempeño funcional y la prevención de lesiones deportivas

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El estudio de la sintaxis, en su tradición, viene aislada en si misma, disociada del texto, y los estudios clásicos de análisis del discurso, sobretodo los de línea francesa, no han propiciado condiciones para cambiar ese escenario. Lo mismo se puede decir de los estudios clásicos de la lingüística cognitiva. Recientemente, todavía, ese modelo empezó a "salir de la cabeza" para incorporar una perspectiva interdiscursiva. Ese cambio de foco agregado al hecho de ver el lenguaje como un sistema adaptativo complexo resultó en una nueva perspectiva, en un nuevo punto de vista funcional para describir los fenómenos sintácticos. Este trabajo tiene, desde luego, el objetivo de ilustrar algunos resultados de este cambio, proponiendo un estudio de la aposición, de las cláusulas adjetivas y de las que funcionan como complemento directo, a partir de diferentes necesidades interdiscursivas que incluyen conceptualización, inclusión de otras voces al texto y sociabilidad