Sexual dimorphism of the human mandible: demonstration by elliptical Fourier analysis.

A new quantitative approach of the mandibular sexual dimorphism, based on computer-aided image analysis and elliptical Fourier analysis of the mandibular outline in lateral view is presented. This method was applied to a series of 117 dentulous mandibles from 69 male and 48 female individuals native of Rhenish countries. Statistical discriminant analysis of the elliptical Fourier harmonics allowed the demonstration of a significant sexual dimorphism in 97.1% of males and 91.7% of females, i.e. in a higher proportion than in previous studies using classical metrical approaches. This original method opens interesting perspectives for increasing the accuracy of sex identification in current anthropological practice and in forensic procedures.

Anàlisi, disseny i implementació d'una aplicació web per catalogar còmics : CatalogadorDeComics.com

Aquest projecte pertany a l'àrea J2EE de l'assignatura TFC. Consisteix en el desenvolupament d'una aplicació web per catalogar còmics de qualsevol tipus. Aquesta aplicació té com a objectiu donar un servei còmode i funcional per satisfer les necessitats dels col·leccionistes de còmics, incorporant funcionalitats no existents en altres aplicacions actuals. La seva arquitectura principal està basada en Struts 2 i Hibernate, i fa servir diversos patrons com MVC, Generic Data Acces Objects o Abstract Factory.

To Monty Kier, a friendly tribute.

In 2008 we published the first set of guidelines for standardizing research in autophagy. Since then, research on this topic has continued to accelerate, and many new scientists have entered the field. Our knowledge base and relevant new technologies have also been expanding. Accordingly, it is important to update these guidelines for monitoring autophagy in different organisms. Various reviews have described the range of assays that have been used for this purpose. Nevertheless, there continues to be confusion regarding acceptable methods to measure autophagy, especially in multicellular eukaryotes. A key point that needs to be emphasized is that there is a difference between measurements that monitor the numbers or volume of autophagic elements (e.g., autophagosomes or autolysosomes) at any stage of the autophagic process vs. those that measure flux through the autophagy pathway (i.e., the complete process); thus, a block in macroautophagy that results in autophagosome accumulation needs to be differentiated from stimuli that result in increased autophagic activity, defined as increased autophagy induction coupled with increased delivery to, and degradation within, lysosomes (in most higher eukaryotes and some protists such as Dictyostelium) or the vacuole (in plants and fungi). In other words, it is especially important that investigators new to the field understand that the appearance of more autophagosomes does not necessarily equate with more autophagy. In fact, in many cases, autophagosomes accumulate because of a block in trafficking to lysosomes without a concomitant change in autophagosome biogenesis, whereas an increase in autolysosomes may reflect a reduction in degradative activity. Here, we present a set of guidelines for the selection and interpretation of methods for use by investigators who aim to examine macroautophagy and related processes, as well as for reviewers who need to provide realistic and reasonable critiques of papers that are focused on these processes. These guidelines are not meant to be a formulaic set of rules, because the appropriate assays depend in part on the question being asked and the system being used. In addition, we emphasize that no individual assay is guaranteed to be the most appropriate one in every situation, and we strongly recommend the use of multiple assays to monitor autophagy. In these guidelines, we consider these various methods of assessing autophagy and what information can, or cannot, be obtained from them. Finally, by discussing the merits and limits of particular autophagy assays, we hope to encourage technical innovation in the field.

A dramatic lung cancer course in a patient with a rare EGFR germline mutation exon 21 V843I: Is EGFR TKI resistance predictable?

We report on the medical history of a Caucasian smoker woman diagnosed with a stage IV NSCLC adenocarcinoma, characterized by a rare epidermal growth factor receptor (EGFR) point mutation in exon 21 codon 843 (p.V843I/c.2527G>A/COSMIC ID 85894). This genetic alteration revealed to be germline, after its presence was demonstrated in chondroblasts from the bone biopsy. While it is the first description of germline V843I mutation without concomitant additional known EGFR activating mutation, we modeled the EGFR ATP catalytic domain in complex with ATP, gefitinib and erlotinib using computer-aided approaches to estimate possible changes in affinity upon the V843I mutation.

Embedding objects into Matlab/Simulink for process supervision

This paper introduces how artificial intelligence technologies can be integrated into a known computer aided control system design (CACSD) framework, Matlab/Simulink, using an object oriented approach. The aim is to build a framework to aid supervisory systems analysis, design and implementation. The idea is to take advantage of an existing CACSD framework, Matlab/Simulink, so that engineers can proceed: first to design a control system, and then to design a straightforward supervisory system of the control system in the same framework. Thus, expert systems and qualitative reasoning tools are incorporated into this popular CACSD framework to develop a computer aided supervisory system design (CASSD) framework. Object-variables an introduced into Matlab/Simulink for sharing information between tools

Exploring unfrequent events with accelerated molecular dynamics simulations: from photochemistry to drug design

La meva incorporació al grup de recerca del Prof. McCammon (University of California San Diego) en qualitat d’investigador post doctoral amb una beca Beatriu de Pinós, va tenir lloc el passat 1 de desembre de 2010; on vaig dur a terme les meves tasques de recerca fins al darrer 1 d’abril de 2012. El Prof. McCammon és un referent mundial en l’aplicació de simulacions de dinàmica molecular (MD) en sistemes biològics d’interès humà. La contribució més important del Prof. McCammon en la simulació de sistemes biològics és el desenvolupament del mètode de dinàmiques moleculars accelerades (AMD). Les simulacions MD convencionals, les quals estan limitades a l’escala de temps del nanosegon (~10-9s), no son adients per l’estudi de sistemes biològics rellevants a escales de temps mes llargues (μs, ms...). AMD permet explorar fenòmens moleculars poc freqüents però que son clau per l’enteniment de molts sistemes biològics; fenòmens que no podrien ser observats d’un altre manera. Durant la meva estada a la “University of California San Diego”, vaig treballar en diferent aplicacions de les simulacions AMD, incloent fotoquímica i disseny de fàrmacs per ordinador. Concretament, primer vaig desenvolupar amb èxit una combinació dels mètodes AMD i simulacions Car-Parrinello per millorar l’exploració de camins de desactivació (interseccions còniques) en reaccions químiques fotoactivades. En segon lloc, vaig aplicar tècniques estadístiques (Replica Exchange) amb AMD en la descripció d’interaccions proteïna-lligand. Finalment, vaig dur a terme un estudi de disseny de fàrmacs per ordinador en la proteïna-G Rho (involucrada en el desenvolupament de càncer humà) combinant anàlisis estructurals i simulacions AMD. Els projectes en els quals he participat han estat publicats (o estan encara en procés de revisió) en diferents revistes científiques, i han estat presentats en diferents congressos internacionals. La memòria inclosa a continuació conté més detalls de cada projecte esmentat.

La percepció per part de l’alumnat del caràcter motivador d’un entorn virtual en l’aprenentatge d’una llengua estrangera

Aquest treball presenta una proposta d’investigació mitjançant la qual es pretendràanalitzar com percep l’aprenent la incidència de l’ús de les eines comunicatives de l’entornvirtual en la motivació envers l’aprenentatge d’una llengua estrangera. L’objectiu delprojecte d’investigació serà indagar com l’alumnat es relaciona amb l’ús d’eines decomunicació de l’entorn virtual com a recurs en l’aprenentatge de l’anglès i com percep elgrau en que aquestes estimulen el seu interès en adquirir la llengua.Aquesta indagació es durà a terme mitjançant una investigació bàsicament qualitativa. Elsresultats seran extrets a partir de dos grups de subjectes, que expressaran la seva pròpiapercepció del caràcter motivador de les eines de comunicació de l’entorn virtual. A partirde l’anàlisi i comparació dels resultats, s’inferirà quins estímuls resulten incitadors per al’estudiant, i si aquests estan relacionats amb les eines comunicatives de l’entorn virtual; o,al contrari, si en són independents.

Entorn de programació pel robot Stäubli mitjantçant MatLab, aplicació a un sistema de recol·lecció de peces basat en visió artificial

Els objectius del projecte són: realitzar un intèrpret de comandes en VAL3 que rebi les ordres a través d’una connexió TCP/IP; realitzar una toolbox de Matlab per enviar diferents ordres mitjançant una connexió TCP/IP; adquirir i processar mitjançant Matlab imatges de la càmera en temps real i detectar la posició d’objectes artificials mitjançant la segmentació per color i dissenyar i realitzar una aplicació amb Matlab que reculli peces detectades amb la càmera. L’abast del projecte inclou: l’estudi del llenguatge de programació VAL3 i disseny de l’ intèrpret de comandes, l’estudi de les llibreries de Matlab per comunicació mitjançant TCP/IP, per l’adquisició d’imatges, pel processament d’imatges i per la programació en C; el disseny de la aplicació recol·lectora de peces i la implementació de: un intèrpret de comandes en VAL3, la toolbox pel control del robot STAUBLI en Matlab i la aplicació recol·lectora de peces mitjançant el processament d’imatges en temps real també en Matlab

Desenvolupament d’una biblioteca per a la generació de diagrames vectorials basat en l’entorn gràfic de JAVA2D i aplicació d’aquesta biblioteca per a la implementació d’una eina per al desenvolupament de diagrames d’E/R

En aquest projecte es vol implementar una llibreria en Java, que proporcioni leseines necessàries per a crear diagrames i esquemes. Es vol proporcionar a la llibreria unconjunt d’objectes bàsics, també mètodes i funcionalitats suficients per a gestionaraquests objectes. Per altra part, es vol implementar una aplicació per a dissenyar diagrames Entitat-Relació que utilitzi aquesta llibreria

Estudo de caso: o uso da língua portuguesa por jovens provindos de outros países no domínio privado, público e educativo

A afluência de imigrantes a Portugal, nas últimas três décadas transformou radicalmente todo o tecido social português, caracterizando-se hoje pela sua heterogeneidade. Até ao início da década de 90 do século XX, os fluxos migratórios provinham essencialmente dos Países de Língua Oficial Portuguesa, com maior incidência de Cabo Verde, Brasil e Angola. É nessa década que se registam movimentos bastante significativos de imigrantes provenientes da Europa Central e Oriental, principalmente da Ucrânia, Rússia, Roménia e Moldávia, assim como da Ásia, destacando-se os naturais da China, Índia, Paquistão e das antigas repúblicas soviéticas. De acordo com a análise apresentada pelo Instituto Nacional de Estatística em Dezembro de 2006, residiam de forma legal em Portugal 329 898 cidadãos de nacionalidade estrangeira, sendo as maiores comunidades de Cabo Verde (57 349), Brasil (41 728) e Angola (28 854). A sociedade portuguesa do século XXI, distancia-se cada vez mais do conceito de monolinguismo, tal como se evidencia no Projecto Gulbenkian “Diversidade Linguística na Escola Portuguesa”, que, segundo o estudo feito, onze por cento dos alunos residentes na área da Grande Lisboa nasceram fora de Portugal e têm como línguas maternas cinquenta e oito idiomas. É urgente uma intervenção diferente no que corresponde a esta nova realidade linguística em Portugal e sobretudo no que concerne à integração do “outro”, reconhecendo e respeitando as várias línguas maternas e culturas, como também a sua preservação a fim de possibilitar o desenvolvimento íntegro e harmonioso da identidade. A heterogeneidade da actual sociedade portuguesa impõe um olhar atento para com esta nova realidade no país, sobretudo em muitas das escolas onde a par do uso da língua portuguesa outras línguas são também usadas como forma de comunicação entre os mesmos pares, situação esta perfeitamente desajustada da realidade escolar madeirense Estudo de caso: O uso da Língua Portuguesa por jovens oriundos de outros países nos domínios privado, público e educativo. 10 de inícios da década de 90 do século XX, à excepção dos alunos provenientes da Venezuela, os denominados luso-descendentes. A escola mudara, tudo se alterara, havia que tentar perceber o que estava a ocorrer, um novo Mundo “invadira” as turmas, prontas a aprender, a saber, a descobrir. Era preciso preencher o silêncio expectante. Aprender uma nova língua, a portuguesa, decorrente da obrigatoriedade implícita de tratar-se da língua oficial, obrigava a repensar o ensino, a continuamente desvendar novos caminhos possibilitadores de encontro entre a língua materna e a segunda, de reencontro com a identidade linguística e cultural que não se quer perdidas, só tornado possível na diferença. A par de uma escola que se apresentava de forma diferente, cuja intervenção teria de ser oposta à de então, uma vez que a aprendizagem do português era feita como língua segunda (L2), muitas foram e são as inquietações, um turbilhão de interrogações decorriam deste contacto constante de uma língua que se diz minha, fonte de partilha com outros jovens. O uso da língua portuguesa confinar-se-á unicamente à escola com os professores e colegas ou despoletará curiosidades, vontades, interesses, motivados por objectivos confinados ao percurso e à história humana? Muitas são as interrogações que ocorrem, muitos são também os momentos de sabedoria mútua de línguas e países a desvendar num contínuo ininterrupto e é essa constante procura que determina a busca de respostas. Entre muitas interrogações uma afigurava-se de forma latente, quiçá fonte de resposta para outras interrogações inerentes à língua portuguesa como língua segunda. A sua utilização por parte dos alunos de outras nacionalidades nos domínios privado, público e educativo engloba domínios diversos capazes de informar acerca do uso dessa mesma língua. Importa no entanto reforçar que estes alunos constituem um grupo heterogéneo sob diversos pontos de vista: etário, linguístico e cultural. Do ponto de vista linguístico a população que tem o português como língua segunda abrange alunos falantes de diferentes línguas maternas, umas mais próximas, outras mais afastadas do português, propiciando diferentes graus de transferência de conhecimentos linguísticos e de experiências comunicativas, como também em diferentes estádios de aquisição e que fora da escola o usam em maior ou menor número de contextos e com um grau de frequência desigual. Estudo de caso: O uso da Língua Portuguesa por jovens oriundos de outros países nos domínios privado, público e educativo. 11 Dispõem também de diferentes capacidades individuais para discriminar, segmentar e produzir sequências linguísticas. Já do ponto de vista cultural apresentam diferentes hábitos de aprendizagem, bem como diferentes representações e expectativas face à escola. Todos estes factores determinarão ritmos de progressão distintos no que respeita à aprendizagem do português como língua segunda. As oportunidades de aprendizagem e de uso que cada indivíduo tem ao longo da vida, determinantes no processo de aquisição, desenvolvimento e aprendizagem de uma língua, variam bastante de indivíduo para indivíduo. Os alunos podem viver num mesmo contexto no entanto razões variadíssimas determinarão diferentes oportunidades de aprendizagem e de uso. Viver-se num contexto de imersão não é suficiente para que todos tenham o mesmo grau de exposição a material linguístico rico e variado da L2. Essas oportunidades também se relacionam com a distância linguística entre língua primeira (L1) e a língua segunda, quanto mais afastadas são as duas línguas mais os falantes da L2 se refugiam na sua língua materna, assim como também se associam aos hábitos culturais da comunidade e da família.

Estudo de caso : o uso da língua portuguesa por jovens provindos de outros países no domínio privado, público e educativo

A afluência de imigrantes a Portugal, nas últimas três décadas transformou radicalmente todo o tecido social português, caracterizando-se hoje pela sua heterogeneidade. Até ao início da década de 90 do século XX, os fluxos migratórios provinham essencialmente dos Países de Língua Oficial Portuguesa, com maior incidência de Cabo Verde, Brasil e Angola. É nessa década que se registam movimentos bastante significativos de imigrantes provenientes da Europa Central e Oriental, principalmente da Ucrânia, Rússia, Roménia e Moldávia, assim como da Ásia, destacando-se os naturais da China, Índia, Paquistão e das antigas repúblicas soviéticas. De acordo com a análise apresentada pelo Instituto Nacional de Estatística em Dezembro de 2006, residiam de forma legal em Portugal 329 898 cidadãos de nacionalidade estrangeira, sendo as maiores comunidades de Cabo Verde (57 349), Brasil (41 728) e Angola (28 854). A sociedade portuguesa do século XXI, distancia-se cada vez mais do conceito de monolinguismo, tal como se evidencia no Projecto Gulbenkian “Diversidade Linguística na Escola Portuguesa”, que, segundo o estudo feito, onze por cento dos alunos residentes na área da Grande Lisboa nasceram fora de Portugal e têm como línguas maternas cinquenta e oito idiomas. É urgente uma intervenção diferente no que corresponde a esta nova realidade linguística em Portugal e sobretudo no que concerne à integração do “outro”, reconhecendo e respeitando as várias línguas maternas e culturas, como também a sua preservação a fim de possibilitar o desenvolvimento íntegro e harmonioso da identidade. A heterogeneidade da actual sociedade portuguesa impõe um olhar atento para com esta nova realidade no país, sobretudo em muitas das escolas onde a par do uso da língua portuguesa outras línguas são também usadas como forma de comunicação entre os mesmos pares, situação esta perfeitamente desajustada da realidade escolar madeirense Estudo de caso: O uso da Língua Portuguesa por jovens oriundos de outros países nos domínios privado, público e educativo. 10 de inícios da década de 90 do século XX, à excepção dos alunos provenientes da Venezuela, os denominados luso-descendentes. A escola mudara, tudo se alterara, havia que tentar perceber o que estava a ocorrer, um novo Mundo “invadira” as turmas, prontas a aprender, a saber, a descobrir. Era preciso preencher o silêncio expectante. Aprender uma nova língua, a portuguesa, decorrente da obrigatoriedade implícita de tratar-se da língua oficial, obrigava a repensar o ensino, a continuamente desvendar novos caminhos possibilitadores de encontro entre a língua materna e a segunda, de reencontro com a identidade linguística e cultural que não se quer perdidas, só tornado possível na diferença. A par de uma escola que se apresentava de forma diferente, cuja intervenção teria de ser oposta à de então, uma vez que a aprendizagem do português era feita como língua segunda (L2), muitas foram e são as inquietações, um turbilhão de interrogações decorriam deste contacto constante de uma língua que se diz minha, fonte de partilha com outros jovens. O uso da língua portuguesa confinar-se-á unicamente à escola com os professores e colegas ou despoletará curiosidades, vontades, interesses, motivados por objectivos confinados ao percurso e à história humana? Muitas são as interrogações que ocorrem, muitos são também os momentos de sabedoria mútua de línguas e países a desvendar num contínuo ininterrupto e é essa constante procura que determina a busca de respostas. Entre muitas interrogações uma afigurava-se de forma latente, quiçá fonte de resposta para outras interrogações inerentes à língua portuguesa como língua segunda. A sua utilização por parte dos alunos de outras nacionalidades nos domínios privado, público e educativo engloba domínios diversos capazes de informar acerca do uso dessa mesma língua. Importa no entanto reforçar que estes alunos constituem um grupo heterogéneo sob diversos pontos de vista: etário, linguístico e cultural. Do ponto de vista linguístico a população que tem o português como língua segunda abrange alunos falantes de diferentes línguas maternas, umas mais próximas, outras mais afastadas do português, propiciando diferentes graus de transferência de conhecimentos linguísticos e de experiências comunicativas, como também em diferentes estádios de aquisição e que fora da escola o usam em maior ou menor número de contextos e com um grau de frequência desigual. Estudo de caso: O uso da Língua Portuguesa por jovens oriundos de outros países nos domínios privado, público e educativo. 11 Dispõem também de diferentes capacidades individuais para discriminar, segmentar e produzir sequências linguísticas. Já do ponto de vista cultural apresentam diferentes hábitos de aprendizagem, bem como diferentes representações e expectativas face à escola. Todos estes factores determinarão ritmos de progressão distintos no que respeita à aprendizagem do português como língua segunda. As oportunidades de aprendizagem e de uso que cada indivíduo tem ao longo da vida, determinantes no processo de aquisição, desenvolvimento e aprendizagem de uma língua, variam bastante de indivíduo para indivíduo. Os alunos podem viver num mesmo contexto no entanto razões variadíssimas determinarão diferentes oportunidades de aprendizagem e de uso. Viver-se num contexto de imersão não é suficiente para que todos tenham o mesmo grau de exposição a material linguístico rico e variado da L2. Essas oportunidades também se relacionam com a distância linguística entre língua primeira (L1) e a língua segunda, quanto mais afastadas são as duas línguas mais os falantes da L2 se refugiam na sua língua materna, assim como também se associam aos hábitos culturais da comunidade e da família.

O Erro, uma Análise Necessária: sua Implicação no Ensino da Língua Portuguesa em Cabo Verde

O trabalho de investigação que ora se apresenta entronca nas preocupações do dia a dia enquanto profissional e dirigente da educação que tem experimentado e acompanhado de perto a prática pedagógica e docente. Por esses imperativos, senti-me na obrigação de procurar uma resposta, refletir sobre as dificuldades do ensino da língua portuguesa e perceber melhor esses obstáculos, nomeadamente o erro linguístico nas práticas letivas, as causas subjacentes e, eventualmente, a quota-parte de responsabilidades dos outros intervenientes no processo, nomeadamente, dos professores de língua portuguesa e do próprio sistema. Nesta sequência, o presente estudo aborda o erro como conceito, marcado pela polissemia da sua definição, abordado pelas múltiplas metodologias de ensino, mas também como elemento central no ensino e aprendizagem de uma língua segunda, no ensino básico, em contextos de coabitação de línguas muito próximas como o português e a língua cabo-verdiana; pretendemos também elencar os procedimentos e atitudes dos atores no processo, bem como os meios didático-pedagógicos essenciais com vista a sua deteção, análise e tratamento do mesmo. A aprendizagem de uma língua segunda como o português, num contexto como o de Cabo Verde, constitui uma tarefa complexa e por vezes demorada, que não pode ser resumida a atos corriqueiros e previsíveis de sala de aula, ignorando as necessidades, disposições e interesses dos aprendentes que são colocados perante uma encruzilhada, o de aprender uma língua que não é sua, mas que não pode recusar. A aparente aproximação entre as duas línguas constitui um obstáculo acrescido, por propiciar a interferência, principal causa do erro, apesar do avanço verificado no desenvolvimento de metodologias e materiais de apoio que auxiliam e tornam mais eficiente o processo de aquisição de uma língua segunda. Para operacionalização do assunto foi elaborado um estudo com recurso à análise de erros, em quarenta e um (41) textos produzidos por alunos do 6.º ano de escolaridade de cinco escolas do ensino básico do Tarrafal, Cabo Verde, com o intuito de recolher informações, analisá-las e, após uma reflexão sobre os resultados, concluir sobre as suas implicações no ensino aprendizagem da língua portuguesa.

SwissParam: a fast force field generation tool for small organic molecules.

The drug discovery process has been deeply transformed recently by the use of computational ligand-based or structure-based methods, helping the lead compounds identification and optimization, and finally the delivery of new drug candidates more quickly and at lower cost. Structure-based computational methods for drug discovery mainly involve ligand-protein docking and rapid binding free energy estimation, both of which require force field parameterization for many drug candidates. Here, we present a fast force field generation tool, called SwissParam, able to generate, for arbitrary small organic molecule, topologies, and parameters based on the Merck molecular force field, but in a functional form that is compatible with the CHARMM force field. Output files can be used with CHARMM or GROMACS. The topologies and parameters generated by SwissParam are used by the docking software EADock2 and EADock DSS to describe the small molecules to be docked, whereas the protein is described by the CHARMM force field, and allow them to reach success rates ranging from 56 to 78%. We have also developed a rapid binding free energy estimation approach, using SwissParam for ligands and CHARMM22/27 for proteins, which requires only a short minimization to reproduce the experimental binding free energy of 214 ligand-protein complexes involving 62 different proteins, with a standard error of 2.0 kcal mol(-1), and a correlation coefficient of 0.74. Together, these results demonstrate the relevance of using SwissParam topologies and parameters to describe small organic molecules in computer-aided drug design applications, together with a CHARMM22/27 description of the target protein. SwissParam is available free of charge for academic users at www.swissparam.ch.

Bases de datos XML nativas

Conèixer les diferents opcions a l'hora d'emmagatzemar dades i documents amb format XML. Familiaritzar-se amb els SGBD nadius i l'accés i maneig de la informació. Conèixer diferents formes d'accés al SGBD, conèixer les APIs disponible Centre en el llenguatge Java. Integració de tots els coneixements adquirits, desenvolupant una aplicació que accedeixi i gestioni dades emmagatzemades al SGBD.

R commands secondary production

R commands to calculate the secondary production estimates using the size-frequency method after Hynes and Coleman (1968), Benke (1979) and Huryn (1996).