Programación y simulación de la comunicación intercelular mediante conjugación en el simulador multicelular GRO

Los conjuntos bacterianos son sistemas dinámicos difíciles de modelar debido a que las bacterias colaboran e intercambian información entre sí. Estos microorganismos procariotas pueden tomar decisiones por mayoría e intercambiar información genética importante que, por ejemplo, las haga resistentes a un antibiótico. El proceso de conjugación consiste en el intercambio de un plásmido de una bacteria con otra, permitiendo así que se transfieran propiedades. Estudios recientes han demostrado que estos plásmidos pueden ser reprogramados artificialmente para que la bacteria que lo contenga realice una función específica [1]. Entre la multitud de aplicaciones que supone esta idea, el proyecto europeo PLASWIRES está intentando demostrar que es posible usar organismos vivos como computadores distribuidos en paralelo y plásmidos como conexión entre ellos mediante conjugación. Por tanto, mediante una correcta programación de un plásmido, se puede conseguir, por ejemplo, hacer que una colonia de bacterias haga la función de un antibiótico o detecte otros plásmidos peligrosos en bacterias virulentas. El proceso experimental para demostrar esta idea puede llegar a ser algo lento y tedioso, por lo que es necesario el uso de simuladores que predigan su comportamiento. Debido a que el proyecto PLASWIRES se basa en la conjugación bacteriana, surge la necesidad de un simulador que reproduzca esta operación. El presente trabajo surge debido a la deficiencia del simulador GRO para reproducir la conjugación. En este documento se detallan las modificaciones necesarias para que GRO pueda representar este proceso, así como analizar los datos obtenidos e intentar ajustar el modelo a los datos obtenidos por el Instituto de Biomedicina y Biotecnología de Cantabria (IBBTEC). ---ABSTRACT---Bacterial colonies are dynamical systems difficult to model because bacteria collaborate and exchange information with each other. These prokaryotic organisms can make decisions by majority and exchange important genetic information, for example, make them resistant to an antibiotic. The conjugation process is the exchange of a plasmid from one bacterium to another, allowing both to have the same properties. Recent studies have shown that these plasmids can be artificially reprogrammed to make the bacteria that contain it to perform a specific function [1]. Among the multitude of applications involved in this idea, the European project PLASWIRES is attempting to prove that it is possible to use living organisms as parallel and distributed computers with plasmids acting as connectors between them through conjugation. Thus, by properly programming a plasmid, you can get a colony of bacteria that work as an antibiotic or detect hazardous plasmids in virulent bacteria. The experimental process to prove this idea can be slow and tedious, so the use of simulators to predict their behavior is required. Since PLASWIRES project is based on bacterial conjugation, a simulator that can reproduce this operation is required. This work arises due to the absence of the conjugation process in the simulator GRO. This document details the changes made to GRO to represent this process, analyze the data and try to adjust the model to the data obtained by the Institute of Biomedicine and Biotechnology of Cantabria ( IBBTEC ). This project has two main objectives, the first is to add the functionality of intercellular communication by conjugation to the simulator GRO, and the second is to use the experimental data obtained by the IBBTEC. To do this, the following points should be followed: • Study of conjugation biology as a mechanism of intercellular communication. • Design and implementation of the algorithm that simulates conjugation. • Experimental validation and model adjust to the experimental data on rates of conjugation and bacterial growth.

Material, espacio y color en Mies van der Rohe. Café Samt & Seide: Hacia una Propuesta Estructural

La aparición de varias fotografías del Café Samt & Seide no publicadas hasta 2008 en las que se observaba la luz natural de la exposición; los planos a escala de la nave donde se realizó la exposición textil; y los croquis inéditos de la instalación de la seda localizados durante el transcurso de la Tesis Doctoral por el doctorando en el plano de la Sala de Cristal, han sido las principales aportaciones de la búsqueda documental que ha tenido por objeto el conocimiento espacial e interpretación gráfica del proyecto expositivo realizada durante el transcurso de la Tesis Doctoral para poder profundizar en el alcance de la propuesta protoarquitectónica y, a través de ella, en la obra y pensamiento de Mies van der Rohe. Material, espacio y color son elementos propuestos como capítulos que estructuran la disertación y que son empleados por Mies van der Rohe como factores de una nueva expresión espacial en la exposiciones como ensayos identificados con su idea de arquitectura. En el Café Samt & Seide, Mies van der Rohe y Lilly Reich proponen una sensibilidad en el empleo del material y color trasladada al espacio mediante una atmósfera rítmica y en movimiento de superficies abstraídas e iluminadas. La estructura visual de opuestos nace del doble material textil de la exposición desplegándose en un orden espacial y constructivo de elementos independientes iniciado en los apartamentos de la Colonia Weissenhof y Sala de Cristal de Stuttgart 1926-1927, y que será trasladado desde los espacios experimentales de 1927 a las series de mármoles y cristales del Pabellón Alemán 1928-1929. La síntesis intelectual (arte-ciencia-filosofía) guía el proceso de formalización y la técnica en una intención que será trasladada a su arquitectura en el empleo de la tecnología. La creatividad y repercusión de las vanguardias en la instalación muestra la voluntad integradora de la exposición y arquitectura como arte total. Los aspectos interpretativos de las artes plásticas, visuales y musicales se integran como criterios y sensibilidades aplicadas a las estructuras yuxtapuestas material, espacial y de color. Modernidad y tradición tectónica convergen en este espacio construido cuyas superficies cubren un armazón metálico oculto. La construcción mínima textil será incorporada como idea de forma en la futura construcción del pilar metálico, la pared flotante de sus viviendas y pabellones abiertos a la naturaleza, y la gran fachada tecnológica del espacio público de sus agrupaciones en la ciudad. El espacio total del Café Samt & Seide dentro de la gran nave de Berlín anticipa las exposiciones artísticas e industriales realizadas junto a Lilly Reich en el interior de las espaciosas salas de estructura metálica como instalaciones conceptuales de gravedad y luz antecedentes de los pabellones de grandes dimensiones y espacio universal. Arquitectura, construcción y lugar son integrados en la instalación por el principio estructural como propuesta de una idea de arquitectura que es desarrollada en las exposiciones. Oscilador y bastidor son construcciones escaladas dentro de la gran nave iluminada, expresando el conjunto un orden de partes que reflejan un todo integrado en la naturaleza y lo universal. Las múltiples relaciones espaciales, constructivas y conceptuales de la exposición con su arquitectura desvelan al Café Samt & Seide como un exponente y antecedente de su obra e idea a la que definió como una propuesta estructural. La estructura, entendida como un conjunto de valores culturales y medios técnicos, es el concepto con el que Mies van der Rohe identifica la síntesis intelectualtecnológica de su tiempo, constituyendo la finalidad de su expresión material, espacial y de color. ABSTRACT The unpublished pictures of the Café Samt & Seide appeared in 2008 in which the natural light in the exhibition can be seen; the scaled plan of the nave where the textile exhibition was held; and the unpublished sketches of the silk exhibition located by the doctoral candidate while preparing his dissertation have been the main input of the data search aiming at a better understanding of the space and a graphic interpretation of the exhibition project made by the doctoral candidate during the dissertation as a basic requirement to deepen in the scope of this protoarchitectural proposal and, though it, into Mies van der Rohe’s work and thinking. Material, space and colour are the elements put forward as the chapters structuring this dissertation and were used by Mies van der Rohe as factors of a new spatial expression in expositions as tests identified with his idea of architecture. In Café Samt & Seide, Mies van der Rohe and Lilly Reich present material and colour sensitivity transferred to space though a rhythmic and moving atmosphere made up by abstracted and lit surfaces. Such a visual grammar and oppositions unfolds into a space and constructive order of independent elements originated with the apartments of the Weissenhof Colony and Glass Room in Stuttgart 1926-1927, and which were transferred these test spaces 1927 to the series of marble and glass in the German Pavilion 1928-1929. The intellectual and formal will (art-science-philosophy) guides the technical expression, which is transferred to architecture through technology. The creativity and impact of avant-gardes in the installation reflects exhibition and architecture’s will to integrate as a Total Art. The interpretative aspects of plastic, visual and musical arts are part of a sensitivity applied to the overlapped structures of material, space and colour. Tectonic modernity and tradition converge in this space built with surfaces covering a hidden metal framework. The minimal textile construction is integrated as a shape idea in his subsequent construction of the metal pillar, floating wall in his housing and pavilions open to nature, and the great technological façade of the public space of his urban clusters. The total space of the exhibition inside the great nave in Berlin anticipates the artistic and industrial exhibitions done together with Lilly Reich inside the spacious Halls built with exposed metal structures as conceptual installation of gravity and light prior to the big-dimensioned pavilions and universal space. Architecture, construction and place are integrated by the structural principle. Oscillator and framework are scaled constructions integrated inside the great, lit nave, and the whole conveys order of its parts reflecting a whole integrated in nature and the universal. The many conceptual, space and constructive link of the textile exhibition to his European and American architecture add a greater knowledge of the time when Mies van der Rohe stated he gained a “new awareness” 1926, revealing Café Samt & Seide as a valuable example and the experimental precursor of his work and idea defined by himself as a “structural proposal”. The structure, understood as a set of cultural and material values expressed by architecture, is the notion used by Mies van der Rohe to identify the intellectual-technological synthesis as the idea of a time and which is the goal of its material, space and colour expression.

Theophylacti Archiepiscopi Bulgariae, In omnes D. Pauli epistolas enarrationes, diligenter recognitae [Texto impreso]

Copia digital: Biblioteca Valenciana, 2011

Operum... Caecilii Cypriani Episcopi Carthaginensis [Texto impreso] : Volumen Primum

Copia digital: Biblioteca Valenciana, 2011

Enchiridion Controuersiarum Praecipuarum nostri temporis de Religione... [Texto impreso]

Copia digital: Biblioteca Valenciana, 2011

Herodoti Halicarnassei Historiographi libri nouem, musarum nominibus inscripti [Texto impreso]

Copia digital: Biblioteca Valenciana, 2011

Clementina, hoc est, B. Clementis romani, divorum Petri et Pauli... discipuli et in rom. sede successoris... Opera quae quidem in hunc usque diem a variis auctoribus collecta... [Texto impreso] : cum nova praefatione...

Colofón

Diseño y desarrollo de un modelo booleano probabilístico de regulación genética en el simulador de colonias bacterianas GRO

Resulta interesante comprender como microorganismos sencillos como la bacteria Escherichia coli poseen mecanismos no tan simples para responder al entorno en el que está gestionada por complicadas redes de regulación formadas por genes y proteínas, donde cada elemento de la red genética debe tomar parte en armonía, en el momento justo y la cantidad adecuada para dar lugar a la respuesta celular apropiada. La biología sintética es un nuevo área de la biología y la tecnología que fusiona la biolog ía molecular, la ingeniería genética y las herramientas computacionales, para crear sistemas biológicos con funcionalidades novedosas. Los sistemas creados sintéticamente son ya una realidad, y cada vez se acumulan más trabajos alrededor del mundo que muestran su factibilidad. En este campo no solo se hacen pequeñas modificaciones en la información genética, sino que también se diseñan, manipulan e introducen circuitos genéticos a los organismos. Actualmente, se hace un gran esfuerzo para construir circuitos genéticos formados por numerosos genes y caracterizar la interacción de los mismos con otras moléculas, su regulaci ón, expresión y funcionalidad en diferentes organismos. La mayoría de los proyectos de biología sintética que se han desarrollado hasta ahora, se basan en el conocimiento actual del funcionamiento de los organismos vivos. Sin embargo, la información es numerosa y creciente, por lo que se requiere de herramientas computacionales y matem áticas para integrar y hacer manejable esta gran cantidad de información. El simulador de colonias bacterianas GRO posee la capacidad de representar las dinámicas más simples del comportamiento celular, tales como crecimiento, división y comunicación intercelular mediante conjugación, pero carece de la capacidad de simular el comportamiento de la colonia en presencia de un circuito genético. Para ello, se ha creado un nuevo módulo de regulación genética que maneja las interaciones entre genes y proteínas de cada célula ejecutando respuestas celulares específicas. Dado que en la mayoría de los experimentos intervienen colonias del orden de 105 individuos, es necesario un módulo de regulación genética simplificado que permita representar de la forma más precisa posible este proceso en colonias de tales magnitudes. El módulo genético integrado en GRO se basa en una red booleana, en la que un gen puede transitar entre dos estados, on (expresado) o off (reprimido), y cuya transición viene dada por una serie de reglas lógicas.---ABSTRACT---It is interesting to understand how simple organisms such as Escherichia coli do not have simple mechanisms to respond to the environment in which they find themselves. This response is managed by complicated regulatory networks formed by genes and proteins, where each element of the genetic network should take part in harmony, at the right time and with the right amount to give rise to the appropriate cellular response. Synthetic biology is a new area of biology and technology that combines molecular biology, genetic engineering and computational tools to create biological systems with novel features. The synthetically created systems are already a reality, and increasingly accumulate work around the world showing their feasibility. In this field not only minor changes are made in the genetic information but also genetic circuits designed, manipulated and introduced into the organisms. Currently, it takes great effort to build genetic circuits formed by numerous genes and characterize their interaction with other molecules, their regulation, their expression and their function in different organisms. Most synthetic biology projects that have been developed so far are based on the current knowledge of the functioning of living organisms. However, there is a lot of information and it keeps accumulating, so it requires computational and mathematical tools to integrate and manage this wealth of information. The bacterial colonies simulator, GRO, has the ability to represent the simplest dynamics of cell behavior, such as growth, division and intercellular communication by conjugation, but lacks the ability to simulate the behavior of the colony in the presence of a genetic circuit. To this end, a new genetic regulation module that handles interactions between genes and proteins for each cell running specific cellular responses has been created. Since most experiments involve colonies of about 105 individuals, a simplified genetic module which represent cell dynamics as accurately and simply as possible is needed. The integrated genetic GRO module is based on a Boolean network, in which a gene can be in either of two states, on (expressed) or off (repressed), and whose transition is given by a set of logical rules.

Divi Prosperi Aquitanici Episcopi regiensis, opera, accurata vetustorum exemplarium collatione per viros eruditos a mendis penè innumeris repurgata [Texto impreso]

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Antonio Palacios Ramilo (1874-1945): la arquitectura del metropolitano y su idea de metrópoli

Este póster es un resumen de mi tesis, que se ocupa del estudio de las intervenciones arquitectónicas que Antonio Palacios realizó para la Compañía Metropolitano Alfonso XIII entre los años 1917 y 1945. Los objetivos contemplados son: - Análisis de los espacios arquitectónicos, tanto subterráneos (estaciones, pasillos, vestíbulos), como exteriores (bocas y templetes, edificios auxiliares, subestaciones, cocheras...). -Estudio formal y constructivo de elementos característicos; materiales, sistemas, procedimientos. - Elementos estratégicos, decorativos, de diseño... empleados por Palacios en la configuración de la red del metropolitano; la constitución de una imagen corporativa. - Relación de la intervención de Palacios con actuaciones similares en otras ciudades europeas. - Repercusión urbana del tendido de la red de Metro en el momento en que trabaja Palacios; su relación con Otamendi, operaciones urbanas como la nueva avenida de Reina Victoria y la colonia Metropolitana. -Vinculación del arquitecto con la nueva escala metropolitana, reflejada ésta en singulares y, por lo general, "ideales", proyectos urbanos del autor. -Contribución, en definitiva, a un mejor conocimiento de la figura de Palacios, a través de su obra industrial construida.

La vivienda social como patrimonio urbano: análisis de la patrimonialización de tres Barrios de Promoción Oficial madrileños

Aunque los conjuntos de vivienda social carecen en Europa de un nivel de protección patrimonial comparable a otras áreas urbanas, las negociaciones que surgen a raíz del anuncio de su remodelación o rehabilitación resultan inexplicables si no se supone su aceptación como patrimonio por parte de algunos de los actores implicados. Nos encontraríamos entonces no con un repertorio patrimonial consolidado, sino ante un proceso de patrimonialización, entendido no sólo como el paso de la categoría de no-patrimonio a la de patrimonio mediante la protección jurídica o urbanística, sino también como la construcción del consenso social suficiente en torno la posesión de ciertos valores preexistentes, así como la producción y reproducción social e histórica de estos valores. Ante el incipiente proceso de patrimonialización de determinados Barrios de Promoción Oficial madrileños, la tesis aborda dos cuestiones fundamentales, los mecanismos que conducen a su construcción social e histórica como nuevos elementos patrimoniales, y la evolución y estado actual del conjunto de elementos eventualmente patrimonializables, los Barrios de Promoción Oficial madrileños. De esta forma, propone un modelo teórico del proceso de patrimonialización de los conjuntos de vivienda social, basado en la identificación de discursos, valores, sujetos y etapas, así como de su relación con las características físicas y sociales originales de los barrios y su evolución hasta la actualidad. Para ello, se reconstruye la evolución física, social y de la protección patrimonial de los Barrios de Promoción Oficial madrileños, y se analizan tres procesos concretos de patrimonialización, la participación de la Colonia del Tercio y Terol en la defensa ciudadana de las Colonias Históricas madrileñas (1973-1979), la incorporación de criterios patrimoniales en la rehabilitación integral del Poblado Dirigido de Caño Roto (1991-2004), y la protección patrimonial como obstáculo para la remodelación de la U.V.A. de Hortaleza (2004-2015). ABSTRACT Comparatively speaking, few social housing estates are legally protected as cultural heritage in Europe. However, when a physical intervention is announced, the ensuing negotiation often defies explanation unless one assumes that the estate is regarded as cultural heritage by some of the players involved. Therefore, one should not so much talk of social housing as heritage, but of the process of patrimonialisation, which refers not only to the change of these estates from the status of non-heritage to that of cultural heritage through their legal recognition, but also to the process that leads to the acknowledgment of certain values in these estates, and even the social and cultural shaping of these values. This thesis tackles two main issues: the mechanisms that lead to the social and historical construction of new heritage elements or repertoires, and the evolution and current status of the Barrios de Promoción Oficial in Madrid. It proposes a theoretical model of the process of patrimonialisation of social housing estates, based on the identification of discourses, values, subjects and phases, as well as its relationship with the original physical and social features of these estates and their further evolution up to the present. In order to do so, the changes in the physical and social features of the Barrios de Promoción Oficial and in their heritage protection are reconstructed, and three particular processes are analysed. These are the role of Colonia del Tercio y Terol in the citizens’ movement for the preservation of the Colonias Históricas in Madrid (1973-1979), the incorporation of conservation criteria in the refurbishment of Poblado Dirigido de Caño Roto (1991-2004), and heritage as an obstacle to urban renewal in U.V.A. de Hortaleza (2004-2015).

Hieronymi Osorii... De regis institutione et disciplina libri octo. [Texto impreso]

Marca tip. en port

Traité de la monarchie uniuerselle [Texto impreso] : pour répondre aux espagnols qui osent aleguer que le roy y aspire

Sign.: []1, A-D12, E10

Feedback-inducible nuclear-receptor-driven reporter gene expression in transgenic mice

Understanding nuclear receptor signaling in vivo would be facilitated by an efficient methodology to determine where a nuclear receptor is active. Herein, we present a feedback-inducible expression system in transgenic mice to detect activated nuclear receptor effector proteins by using an inducible reporter gene. With this approach, reporter gene induction is not limited to a particular tissue, and, thus, this approach provides the opportunity for whole-animal screens. Furthermore, the effector and reporter genes are combined to generate a single strain of transgenic mice, which enables direct and rapid analysis of the offspring. The system was applied to localize sites where the retinoic acid receptor ligand-binding domain is activated in vivo. The results identify previously discovered sources of retinoids in the embryo and indicate the existence of previously undiscovered regions of retinoic acid receptor signaling in vivo. Notably, the feedback-inducible nuclear-receptor-driven assay, combined with an independent in vitro assay, provides evidence for a site of retinoid synthesis in the isthmic mesenchyme. These data illustrate the potential of feedback-inducible nuclear-receptor-driven analyses for assessing in vivo activation patterns of nuclear receptors and for analyzing pharmacological properties of natural and synthetic ligands of potential therapeutic value.

Crime, pena e sociedade no Brasil pré-republicano

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