A rigorous approach to facilitate and guarantee the correctness of the genetic testing management in human genome information systems

Abstract Background Recent medical and biological technology advances have stimulated the development of new testing systems that have been providing huge, varied amounts of molecular and clinical data. Growing data volumes pose significant challenges for information processing systems in research centers. Additionally, the routines of genomics laboratory are typically characterized by high parallelism in testing and constant procedure changes. Results This paper describes a formal approach to address this challenge through the implementation of a genetic testing management system applied to human genome laboratory. We introduced the Human Genome Research Center Information System (CEGH) in Brazil, a system that is able to support constant changes in human genome testing and can provide patients updated results based on the most recent and validated genetic knowledge. Our approach uses a common repository for process planning to ensure reusability, specification, instantiation, monitoring, and execution of processes, which are defined using a relational database and rigorous control flow specifications based on process algebra (ACP). The main difference between our approach and related works is that we were able to join two important aspects: 1) process scalability achieved through relational database implementation, and 2) correctness of processes using process algebra. Furthermore, the software allows end users to define genetic testing without requiring any knowledge about business process notation or process algebra. Conclusions This paper presents the CEGH information system that is a Laboratory Information Management System (LIMS) based on a formal framework to support genetic testing management for Mendelian disorder studies. We have proved the feasibility and showed usability benefits of a rigorous approach that is able to specify, validate, and perform genetic testing using easy end user interfaces.

A holistic approach to model-based testing of Web service compositions

The behavior of composed Web services depends on the results of the invoked services; unexpected behavior of one of the invoked services can threat the correct execution of an entire composition. This paper proposes an event-based approach to black-box testing of Web service compositions based on event sequence graphs, which are extended by facilities to deal not only with service behavior under regular circumstances (i.e., where cooperating services are working as expected) but also with their behavior in undesirable situations (i.e., where cooperating services are not working as expected). Furthermore, the approach can be used independently of artifacts (e.g., Business Process Execution Language) or type of composition (orchestration/choreography). A large case study, based on a commercial Web application, demonstrates the feasibility of the approach and analyzes its characteristics. Test generation and execution are supported by dedicated tools. Especially, the use of an enterprise service bus for test execution is noteworthy and differs from other approaches. The results of the case study encourage to suggest that the new approach has the power to detect faults systematically, performing properly even with complex and large compositions. Copyright © 2012 John Wiley & Sons, Ltd.

Intangible resources and organization capital: measurement and economic evaluation

Intangible resources have raised the interests of scholars from different research areas due to their importance as crucial factors for firm performance; yet, contributions to this field still lack a theoretical framework. This research analyses the state-of-the-art results reached in the literature concerning intangibles, their main features and evaluation problems and models. In search for a possible theoretical framework, the research draws a kind of indirect analysis of intangibles through the theories of the firm, their critic and developments. The heterodox approaches of the evolutionary theory and resource-based view are indicated as possible frameworks. Based on this theoretical analysis, organization capital (OC) is identified, for its features, as the most important intangible for firm performance. Empirical studies on the relationship intangibles-firm performance have been sporadic and have failed to reach firm conclusions with respect to OC; in the attempt to fill this gap, the effect of OC is tested on a large sample of European firms using the Compustat Global database. OC is proxied by capitalizing an income statement item (Selling, General and Administrative expenses) that includes expenses linked to information technology, business process design, reputation enhancement and employee training. This measure of OC is employed in a cross-sectional estimation of a firm level production function - modeled with different functional specifications (Cobb-Douglas and Translog) - that measures OC contribution to firm output and profitability. Results are robust and confirm the importance of OC for firm performance.

Modelo para planificar e implantar la BPM en la Administración Pública: estudio del caso en la Administración Pública de la Comunidad Autónoma de Canarias

Programa de doctorado: Administración y dirección de empresas. La fecha de publicación es la fecha de lectura

Specification and Verification of Declarative Open Interaction Models - A Logic-based framework

The advent of distributed and heterogeneous systems has laid the foundation for the birth of new architectural paradigms, in which many separated and autonomous entities collaborate and interact to the aim of achieving complex strategic goals, impossible to be accomplished on their own. A non exhaustive list of systems targeted by such paradigms includes Business Process Management, Clinical Guidelines and Careflow Protocols, Service-Oriented and Multi-Agent Systems. It is largely recognized that engineering these systems requires novel modeling techniques. In particular, many authors are claiming that an open, declarative perspective is needed to complement the closed, procedural nature of the state of the art specification languages. For example, the ConDec language has been recently proposed to target the declarative and open specification of Business Processes, overcoming the over-specification and over-constraining issues of classical procedural approaches. On the one hand, the success of such novel modeling languages strongly depends on their usability by non-IT savvy: they must provide an appealing, intuitive graphical front-end. On the other hand, they must be prone to verification, in order to guarantee the trustworthiness and reliability of the developed model, as well as to ensure that the actual executions of the system effectively comply with it. In this dissertation, we claim that Computational Logic is a suitable framework for dealing with the specification, verification, execution, monitoring and analysis of these systems. We propose to adopt an extended version of the ConDec language for specifying interaction models with a declarative, open flavor. We show how all the (extended) ConDec constructs can be automatically translated to the CLIMB Computational Logic-based language, and illustrate how its corresponding reasoning techniques can be successfully exploited to provide support and verification capabilities along the whole life cycle of the targeted systems.

Analisi e riprogettazione dei processi aziendali: aspetti metodologici ed esperienze applicative

Il lavoro tratta l’applicazione di due progetti di Reengineering, in un caso l’obiettivo era quello di ottimizzare il processo di fatturazione passiva di un’azienda operante nel settore della ceramica, nell’altro quello di supportare un Gruppo, operante nel settore logistico, nella valutare l’opportunità di accentramento dei servizi ICT, mitigando gli impatti derivati dai possibili cambiamenti. Questo lavoro è stato preparato durante un periodo di Stage della durata di sei mesi effettuato presso la società di consulenza Revision SRL. Nella prima parte della tesi, attraverso un’analisi della letteratura di riferimento, si sono indagati i principali fattori che interagiscono in un processo di Change management, si è anche effettuato un approfondimento delle tematiche di Business Process Reengineering, i cui principi hanno guidato l’intervento effettuato. La ricerca ha teso ad evidenziare da un lato le radici e gli elementi innovativi che contraddistinguono questo approccio metodologico e dall’altro a sottolineare le possibili cause di insuccesso di un progetto di BPR. La sezione si conclude con la formalizzazione delle metodologia e degli strumenti utilizzati nella conduzione dei progetti. Nella seconda parte del lavoro, insieme alla descrizione del primo caso vengono presentate le varie fasi della riprogettazione, dalla analisi della situazione iniziale, effettuata tramite un questionario e delle interviste dirette al personale addetto, alla identificazione delle criticità, fino alla presentazione e alla valutazione delle nuove configurazioni del processo. Il lavoro è arricchito dall’analisi e dall’applicazione delle tecnologie informatiche/informative di supporto alla nuova configurazione descritta. Nella terza parte, a completamento dell’elaborato, viene presentato il secondo progetto analizzato dove, dopo una fase di analisi della situazione iniziale ancora tramite questionario ed interviste dirette, si riportano le considerazioni fatte in merito alla possibilità di accentramento dei servizi ICT del gruppo analizzato.

Workflow Patterns for Service Oriented Computing in JOLIE

Il presente lavoro di tesi ha come punto focale la descrizione, la verifica e la dimostrazione della realizzabilità dei Workflow Patterns di Gestione del Flusso(Control-Flow) e Risorse (Resource) definiti da parte della Workflow Pattern Initiative (WPI)in JOLIE, un innovativo linguaggio di programmazione orientato ai servizi nato nell'ambito del Service Oriented Computing. Il Service Oriented Computing (SOC) è un nuovo modo di pensare la programmazione di applicazioni distribuite, i cui concetti fondamentali sono i servizi e la composizione. L’approccio SOC definisce la possibilità di costruire un’applicazione in funzione dei servizi che ne realizzano il comportamento tramite una loro composizione, definita secondo un particolare flusso di lavoro. Allo scopo di fornire la necessaria conoscenza per capire la teoria, le meccaniche e i costrutti di JOLIE utilizzati per la realizzazione dei pattern, il seguente lavoro di tesi è stato diviso in quattro parti, corrispondenti ad altrettanti capitoli. Nel primo capitolo viene riportata una descrizione generale del SOC e della Business Process Automation (BPA), che costituisce l’ambiente in cui il SOC è inserito. Per questo viene fatta una disamina della storia informatica sui sistemi distribuiti, fino ad arrivare ai sistemi odierni, presentando in seguito il contesto del BPA e delle innovazioni derivanti dalle sue macro-componenti, di cui il SOC fa parte. Continuando la descrizione dell’approccio Service Oriented, ne vengono presentati i requisiti (pre-condizioni) e si cerca di dare una definizione precisa del termine “servizio”, fino all'enunciazione dei principi SOC declinati nell’ottica delle Service Oriented Architectures, presentando in ultimo i metodi di composizione dei servizi, tramite orchestrazione e coreografia. L’ultima sezione del capitolo prende in considerazione il SOC in un’ottica prettamente industriale e ne evidenzia i punti strategici. Il secondo capitolo è incentrato sulla descrizione di JOLIE, gli aspetti fondamentali dell’approccio orientato ai servizi, che ne caratterizzano profondamente la definizione concettuale (SOCK), e la teoria della composizione dei servizi. Il capitolo non si pone come una descrizione esaustiva di tutte le funzionalità del linguaggio, ma considera soprattutto i concetti teorici, le strutture di dati, gli operatori e i costrutti di JOLIE utilizzati per la dimostrazione della realizzabilità dei Workflow Pattern del capitolo successivo. Il terzo capitolo, più lungo e centrale rispetto agli altri, riguarda la realizzazione dei workflow pattern in JOLIE. All'inizio del capitolo viene fornita una descrizione delle caratteristiche del WPI e dei Workflow Pattern in generale. In seguito, nelle due macro-sezioni relative ai Control-Flow e Resource pattern vengono esposte alcune nozioni riguardanti le metodologie di definizione dei pattern (e.g. la teoria sulla definizione delle Colored Petri Nets) e le convezioni adottate dal WPI, per passare in seguito al vero e proprio lavoro (sperimentale) di tesi riguardo la descrizione dei pattern, l’analisi sulla loro realizzabilità in JOLIE, insieme ad un codice di esempio che esemplifica quanto affermato dall'analisi. Come sommario delle conclusioni raggiunte sui pattern, alla fine di ognuna delle due sezioni definite in precedenza, è presente una scheda di valutazione che, con lo stesso metodo utilizzato e definito dalla WPI, permette di avere una rappresentazione generale della realizzabilità dei pattern in JOLIE. Il quarto capitolo riguarda gli esiti tratti dal lavoro di tesi, riportando un confronto tra le realizzazioni dei pattern in JOLIE e le valutazioni del WPI rispetto agli altri linguaggi da loro considerati e valutati. Sulla base di quanto ottenuto nel terzo capitolo vengono definite le conclusioni del lavoro portato avanti sui pattern e viene delineato un’eventuale scenario riguardante il proseguimento dell’opera concernente la validazione ed il completamento della studio. In ultimo vengono tratte alcune conclusioni sia riguardo JOLIE, nel contesto evolutivo del linguaggio e soprattutto del progetto open-source che è alla sua base, sia sul SOC, considerato nell’ambito del BPA e del suo attuale ambito di sviluppo dinamico.

Supporto alla creazione di un ecosistema di aziende: change management e design thinking - il caso Centergross

Il lavoro tratta la progettazione di un intervento tecnologico e organizzativo in grado di guidare la creazione di un ecosistema di imprese per un distretto commerciale: Centergross (Funo d’Argelato, Bologna). Tale lavoro è stato preparato durante un periodo di Stage della durata di cinque mesi effettuato presso Epoca S.r.l (Bologna) a seguito della necessità, riscontrata dalla direzione del distretto, di ripensare il proprio modello di business. L’obiettivo del progetto di intervento di Epoca è quello di supportare il distretto in questa fase di cambiamento, da “condominio” di imprese autonome a ecosistema, grazie all’identificazione e alla realizzazione di strumenti organizzativi e tecnologici che possano costruire opportunità di sinergie, aumentare la completezza dell’offerta e sfruttare economie di scopo. Per questo è stato realizzato un nuovo sistema informatico (social network e applicazione mobile) in grado di supportare la strategia ed evolvere con essa. La tesi si struttura in tre parti. Nella prima parte, attraverso un’indagine della letteratura di riferimento, si sono indagati i principali modelli di cambiamento organizzativo e il ruolo dei sistemi informativi all’interno delle organizzazione. Un approfondimento circa gli approcci, i processi e la gestione del cambiamento in relazione all’introduzione di un nuovo sistema informativo all’interno delle organizzazioni con riferimento alle tematiche del Business Process Reengineering. La seconda parte è dedicata all’evoluzione del Web con la rivoluzione culturale causata dagli strumenti del web partecipativo, semantico e potenziato: social network e applicazione mobile nello specifico; e all’approccio di progettazione: il Design Thinking. Una tecnica che si prefigge di: trovare il miglior fit fra obiettivi, risorse e tecnologie disponibili; favorire lo sviluppo di nuove idee innovative entrando in empatia con il contesto del problema proponendo soluzioni centrate sui bisogni degli utenti. L’ultima parte del lavoro consiste nella descrizione del caso. Vengono presentate la fase di analisi della situazione attuale e i successivi step di progettazione del sistema informatico: la definizione dei prototipi, la popolazione del database, il modello di dominio, le interfacce utente e le esperienze di navigazione all’interno della piattaforma software proposta. L’approccio prevede che il progetto proceda per iterazioni successive e un adattamento continuo alle esigenze del cliente.

Analisi e riprogettazione dei processi aziendali in Tema Sinergie SpA

La tesi presenta delle metodologie per l'analisi e il miglioramento dei processi, con particolare riferimento all'applicazione del BPR - Business Process Reengineering all'interno di un contesto aziendale reale. L'obiettivo principale è lo sviluppo di una mappatura dei processi attuali in Tema Sinergie e l'analisi delle principali criticità evidenziate dal suddetto lavoro. Infine, si evidenzia come la progettazione e l'integrazione di un sistema CRM, per la gestione dei servizi post-vendita, possa portare notevoli benefici in termini di costi, tempi e livello di servizio fornito al cliente.

Ict security: Defence strategies against targeted attacks

L’avanzare delle tecnologie ICT e l’abbattimento dei costi di produzione hanno portato ad un aumento notevole della criminalità informatica. Tuttavia il cambiamento non è stato solamente quantitativo, infatti si può assistere ad un paradigm-shift degli attacchi informatici da completamente opportunistici, ovvero senza un target specifico, ad attacchi mirati aventi come obiettivo una particolare persona, impresa o nazione. Lo scopo della mia tesi è quello di analizzare modelli e tassonomie sia di attacco che di difesa, per poi valutare una effettiva strategia di difesa contro gli attacchi mirati. Il lavoro è stato svolto in un contesto aziendale come parte di un tirocinio. Come incipit, ho effettuato un attacco mirato contro l’azienda in questione per valutare la validità dei sistemi di difesa. L’attacco ha avuto successo, dimostrando l’inefficacia di moderni sistemi di difesa. Analizzando i motivi del fallimento nel rilevare l’attacco, sono giunto a formulare una strategia di difesa contro attacchi mirati sotto forma di servizio piuttosto che di prodotto. La mia proposta è un framework concettuale, chiamato WASTE (Warning Automatic System for Targeted Events) il cui scopo è fornire warnings ad un team di analisti a partire da eventi non sospetti, ed un business process che ho nominato HAZARD (Hacking Approach for Zealot Attack Response and Detection), che modella il servizio completo di difesa contro i targeted attack. Infine ho applicato il processo all’interno dell’azienda per mitigare minacce ed attacchi informatici.

Il cambiamento organizzativo nel settore ospedaliero. Il caso del Policlinico sant'Orsola. Ridisegno dei processi di supporto all'attività sanitaria.

Il progetto ha lo scopo di proporre soluzioni migliorative all'attuale gestione dei processi di supporto, all'attività sanitaria, nel Policlinico. Il modus operandi adottato si ispira agli affermati principi del Business Process Reengineering.

Analisi di una piattaforma di sviluppo per BPMN: Activiti

Si tratta di un'analisi della piattaforma di sviluppo per BPMN Activiti. Viene prima spiegata la notazione del Business Process Modeling e poi viene descritto il funzionamento e la struttura di Activiti. Infine viene spiegato come usare le API fornite insieme al motore.

Beitrag zur Prozessstandardisierung in der Intralogistik

Ein dynamisches Umfeld erforderte die permanente Anpassung (intra-)logistischer Prozesse zur Aufrechterhaltung der Leistungs- und Wettbewerbsfähigkeit von Unternehmen. In der Standardisierung von Prozessen und in unternehmensübergreifenden Prozessmodellen wurden Schlüsselfaktoren für ein effizientes Geschäftsprozessmanagement gesehen, insbesondere in Netzwerken. In der Praxis fehlten wissenschaftlich fundierte und detaillierte Referenzprozessmodelle für die (Intra-)Logistik. Mit der Erforschung und Entwicklung eines Referenzprozessmodells und der prototypischen Realisierung einer Prozess-Workbench zur generischen Erstellung wandelbarer Prozessketten wurde ein Beitrag zur Prozessstandardisierung in der Logistik geleistet. Im Folgenden wird der beschrittene Lösungsweg dargestellt, der erstens aus der Entwicklung eines Metamodells für die Referenzmodellierung, zweitens aus dem empirischen Nachweis der Generierung eines Referenzprozessmodells aus „atomaren“ Elementen und drittens aus der Modellevaluation bestand.

Enterprise Integration of Smart Objects using Semantic Service Descriptions

Integrating physical objects (smart objects) and enterprise IT systems is still a labor intensive, mainly manual task done by domain experts. On one hand, enterprise IT backend systems are based on service oriented architectures (SOA) and driven by business rule engines or business process execution engines. Smart objects on the other hand are often programmed at very low levels. In this paper we describe an approach that makes the integration of smart objects with such backends systems easier. We introduce semantic endpoint descriptions based on Linked USDL. Furthermore, we show how different communication patterns can be integrated into these endpoint descriptions. The strength of our endpoint descriptions is that they can be used to automatically create REST or SOAP endpoints for enterprise systems, even if which they are not able to talk to the smart objects directly. We evaluate our proposed solution with CoAP, UDP and 6LoWPAN, as we anticipate the industry converge towards these standards. Nonetheless, our approach also allows easy integration with backend systems, even if no standardized protocol is used.

Modelling of the TICS Catalyse : Realization of a project

An action of modelling of the Territorial Intelligence Community Systems or TICS began in 2009 at the end of the CaEnti project. It has several objectives: - Establish a set of documents understandable by computer specialists who are in charge of software developments, and by territorial intelligence specialists. - Lay the foundation of a vocabulary describing the main notions of TICS domain. - Ensure the evolution and sustainability of tools and systems, in a highly scalable research context. The definition of models representing the data manipulated by the tools of the suitcase Catalyse is not sufficient to describe in a complete way the TICS domain. We established a correspondence between this computer vocabulary and vocabulary related to the theme to allow communication between computer scientists and territorial intelligence specialists. Furthermore it is necessary to describe the roles of TICS. For that it is interesting to use other kinds of computing models. In this communication we present the modelling of TICS project with business process