L’occupation amérindienne tardive du site Rioux (DaEi-19), île Verte : iroquoienne ou algonquienne?

Ce projet de recherche a comme objectif général de déterminer l’identité culturelle des occupants amérindiens qui se sont établis sur le site Rioux (DaEi-19), île Verte, au cours du Sylvicole supérieur tardif. Plusieurs groupes culturels sont reconnus pour avoir transité dans la région de l’estuaire du Saint-Laurent pendant cette période, dont les Iroquoiens du Saint-Laurent, les Malécites, les Mi’kmaq et les Innus (Montagnais). Il est depuis longtemps accepté que les Stadaconiens se rendaient régulièrement dans l’estuaire et le golfe pour y exploiter les ressources marines et y faire la guerre. L’influence de ce groupe sur les Algonquiens de la région, et vice versa, fait encore l’objet de débats. L’identité culturelle des Amérindiens qui ont occupé les sites à caractère iroquoïde dans l’estuaire est toujours une question délicate, puisque les nombreux échanges ont pu, de part et d’autre, transformer la culture matérielle des différents groupes. La méthodologie préconisée pour répondre à la question de l’identité culturelle est une approche holistique dans laquelle nous avons mis à contribution une foule d’informations provenant de diverses sources archéologiques et ethnohistoriques. Ce projet nous a permis de proposer que de petits groupes iroquoiens du Saint-Laurent se soient arrêtés au site Rioux pour y exploiter intensivement les ressources de la mer au cours du Sylvicole supérieur tardif. Bien que la recherche n’ait pas permis d’établir la présence d’un groupe algonquien sur place, l’influence algonquienne se fait toutefois sentir dans les matières premières utilisées sur le site. Ceci laisse croire que les Iroquoiens du site Rioux, et de la Côte-Sud en général, n’étaient pas intrusifs à la région et qu’ils participaient à un important réseau d’échange avec les Algonquiens des provinces maritimes. Notre projet de recherche nous a aussi permis de constater les limites de notre méthodologie et de critiquer l’approche archéologique classique basée essentiellement sur l’identification stylistique, la typologie et l’identification macroscopique.

La cartographie des sites de régulation génétique à partir de données de débalancement allélique

En 1975, Wilson et King ont proposé que l'évolution opère non seulement via des changements affectant la structure des protéines, mais aussi via des mutations qui modifient la régulation génétique. L'étude des éléments régulateurs de l'expression génétique a un rôle important dans la compréhension de l'expression de différentes maladies et de la réponse thérapeutique. Nous avons développé un algorithme bio- informatique qui nous permet rapidement de trouver des sites de régulation génétique à travers tout le génome et pour une grande quantité de gènes. Notre approche consiste à trouver des sites polymorphes (SNPs) qui sont en déséquilibre de liaison avec le débalancement allélique (AI) afin de cartographier la région régulatrice et le site responsable. Notre méthode est avantageuse par rapport à d'autres méthodes, car elle n'a pas besoin des données « phasées». De plus, les données de débalancement allélique ne sont pas affectées par des facteurs externes étant donné qu'ils sont mesurés dans la même cellule. Nous avons démontré que notre approche est fiable et qu'elle peut détecter des sites loin du gène. De plus, il peut être appliqué à des données de génotypage sans avoir besoin de les « phaser » .

Rôle différentiel des cellules épithéliales intestinales et pulmonaires dans le recrutement des cellules Th17 vers les sites de réplication du virus de l'immunodéficience humaine de type 1

L’infection à VIH-1 est associée à une forte déplétion des lymphocytes T CD4+ à polarisation Th17 au niveau des tissus lymphoïdes associés aux muqueuses intestinales (GALT, gut-associated lymphoid tissues). Ceci conduit à la translocation microbienne, qui est une cause d’activation immunitaire chronique et de progression de la maladie. Les cellules épithéliales (CE) jouent un rôle critique dans le maintien de l’intégrité et de l’homéostasie au niveau des muqueuses intestinales via le recrutement des cellules de l’immunité innée (e.g., neutrophiles) et adaptative (e.g., cellules Th17). Les neutrophiles produisent des molécules antivirales (e.g., défensines-) et ont la capacité de limiter la réplication virale au niveau des muqueuses. Les cellules Th17 jouent un double rôle lors de l’infection à VIH. Elles contribuent d’une part à la défense contre différents pathogènes opportunistes en augmentant, via la production d’IL-17, la capacité des CE à attirer les cellules Th17 et les neutrophiles. D’autre part, les cellules Th17 jouent un rôle délétère en tant que cibles de réplication virale et sources de cytokines pro-inflammatoires. La fréquence des cellules Th17 est diminuée dans les GALT mais pas dans les poumons des patients infectés par le VIH, suggérant qu’il existe des mécanismes différents par lesquels les cellules Th17 sont recrutées vers ces sites anatomiques. Nous avons testé l’hypothèse selon laquelle le VIH interfère avec la capacité des CE intestinales et non pas pulmonaires à produire des chimiokines (CK) responsables de l’attraction des cellules Th17 et des neutrophiles. Nous avons démontré que les CE intestinales et pulmonaires produisent des CK spécifiques pour les cellules Th17 (CCL20) et les neutrophiles (CXCL8) en réponse à des stimuli pro-inflammatoires tels que l’IL-1 et le TNF-. Le TNF- agit en synergie avec l’IL-17, un « signal de danger » récemment identifié, et augmente la capacité des CE intestinales mais pas pulmonaires à produire la chimiokine CCL20. Cette synergie s’explique par l’augmentation préférentielle de l’expression du récepteur à l’IL-17 à la surface des CE intestinales suite à la stimulation par le TNF-. L’exposition au VIH n’affecte pas la production de CCL20 et de CXCL8 par les CE intestinales, mais altère la capacité des CE alvéolaires à produire ces chimiokines en accord avec la permissivité sélective de ces dernières à l’infection par le VIH. En conclusion, nos résultats démontrent que (i) le VIH n’interfère pas directement avec la capacité des CE intestinales à recruter des cellules Th17 et des neutrophils et que (ii) la production de CCL20 par ces cellules est dépendantes de la synergie entre le TNF- et l’IL-17. Ainsi, la déplétion des cellules Th17 et la pénurie en IL-17 dans les GALT des sujets infectés pourrait causer de façon préférentielle des altérations fonctionnelles au niveau des CE intestinales, se traduisant par l’altération du recrutement des cellules Th17 en réponse au CCL20.

Déficits sensoriels et névralgies chroniques aux sites guéris de brûlures

Thèse diffusée initialement dans le cadre d'un projet pilote des Presses de l'Université de Montréal/Centre d'édition numérique UdeM (1997-2008) avec l'autorisation de l'auteur.

La chasse aux trésors subaquatiques : portrait d'une industrie marginale à l'ère de l'internet

En marge des recherches archéologiques traditionnelles, nous retrouvons aujourd’hui des compagnies privées qui contractent des accords et obtiennent des permis leur donnant le droit de prélever des objets à des fins lucratives sur les vestiges archéologiques submergés. Ces pratiques commerciales causent une controverse vive et enflammée au sein du monde archéologique. Le principal point de litiges concerne la mise en vente des objets extraits lors de fouille. La mise en marché du patrimoine archéologique éveille les fibres protectionnistes. Cela incite certains organismes à poser des gestes pour la protection du patrimoine. C’est le cas pour l’UNESCO qui fait la promotion depuis 2001 d’une Convention pour la protection du patrimoine submergé. Malgré tous les arguments à l’encontre des compagnies de « chasse aux trésors », cette Convention est loin de faire l’unanimité des gouvernements à travers le monde, qui ne semblent pas prêts à rendre ces pratiques illégales. Les méthodes utilisées par ces compagnies semblent aussi représenter un point de friction avec les archéologues. Toutefois, la connaissance de leurs pratiques sur le terrain semble très incomplète. De plus, contrairement à une certaine idée préconçue, ces compagnies ne sont pas des « pilleurs de tombes » œuvrant sous le couvert de l’anonymat, mais bien des compagnies dûment enregistrées, œuvrant en toute légalité et passant même des contrats avec les gouvernements. Ce mémoire a donc pour objectif de mettre en lumière les actions réelles des compagnies de chasse aux trésors subaquatiques en regardant leurs méthodes et leur fonctionnement, tels qu’on les voit dans les 10 dernières années. Pour mieux conceptualiser les pratiques de ces compagnies, nous nous interrogerons sur le rapport entre légalité et éthique et, plus précisément, sur l’éthique commerciale et archéologique.

El Tropel, un sitio arqueológico del Clásico en el Occidente Mesoamericano.

Cette recherche doctorale a été réalisée dans le cadre d’un projet de sauvetage archéologique à Villa de Álvarez, dans l’état de Colima (Mexique). Dans la zone géographique à l’étude, plusieurs traces indiquant la présence de contextes funéraires ont été relevées par le passé, mais aucun de ces sites n’a fait l’objet d’un rapport archéologique. L’état de Colima est connu pour ses tombes à puits (tumbas de tiro), ses céramiques de manufacture typique, ainsi que pour les fameux « chiens de Colima ». Malgré la relation entre ces objets et les contextes funéraires, peu d’études se sont attardées à comprendre la composante biologique de ces contextes, c’est-à-dire les êtres humains. Ainsi, la richesse du projet de sauvetage archéologique nous a donné l’opportunité de structurer un projet de recherche de thèse doctorale beaucoup plus profond en ce qui concerne un des sujets les plus importants de cette région mésoaméricaine : les traditions funéraires. C’est de cette façon, à la lumière des résultats particuliers obtenus sur le site du Tropel, que nous avons décidé de travailler les liens culturels existants entre ce dernier, la région de Colima, l’Ouest mésoaméricain et l’aire culturelle dans son ensemble. La campagne de fouille ainsi menée a permis la récupération de vingt-six individus de différents sexes et âges. Au moins quatre périodes d’occupation ont été enregistrées sur le site. La présence humaine sur le site s’étend donc de 339AD à 682 AD (datations au radiocarbone sur trois individus du site El Tropel), ce qui correspond à la phase archéologique Comala à Colima. L’abondance d’artefacts de cette phase dans les quatre strates culturelles du site a permis de réaliser une datation relative en relation avec l’apparition et la fréquence de céramiques d’autres phases culturelles connues : Ortices, Colima, Armería y Chanal. Concernant les pratiques funéraires, la fouille a permis de constater le traitement des cadavres avant, pendant et après l’enterrement des défunts. Bien que des contextes funéraires similaires aient déjà été mentionnés dans la région, aucun d’entre eux n’a pu être identifié clairement. Ces traitements funéraires démontrent l’existence chez les anciens habitants de Colima d’une transmission des connaissances concernant l’anatomie, les processus de décomposition des cadavres, et même possiblement d’un culte des os humains. Une étude ostéologique a été menée sur les squelettes afin de documenter les aspects démographiques, pathologiques, sociaux et économiques de la population du site. Parmi les éléments les plus significatifs de l’étude, il est possible de mentionner la présence de certaines pathologies peu connues dans cette région de la Mésoamérique telles que la syphilis et la tuberculose. Des déformations crâniennes ont aussi été observées, ainsi que la présence d’un déformateur crânien en céramique. De plus, de nombreuses données ont été relevées concernant la présence d’os wormiens sur les crânes déformés artificiellement. Finalement, des analyses d’isotopes stables ont été pratiquées sur des os des individus, ainsi que sur des os de chiens et de cerfs retrouvés sur le site, afin de mieux connaître l’alimentation et la vie des communautés anciennes de la région.

Enrichissement de protéines ubiquitinées et une nouvelle approche protéomique pour l'identification des sites d'ubiquitination

Mémoire numérisé par la Division de la gestion de documents et des archives de l'Université de Montréal

Lighting the Wine Dark Sea : a typology of ancient lighthouses based on archaeological evidences

Mémoire numérisé par la Division de la gestion de documents et des archives de l'Université de Montréal

Les campagnes sociales destinées aux jeunes adultes québécois sur Internet : pistes pour l'optimisation des sites Web

Avec la montée en popularité d’Internet et des médias sociaux, de plus en plus d’organismes sociaux et publics, notamment, intègrent des plateformes Web à leurs volets traditionnels. La question d’Internet demeure toutefois peu étudiée eu égard à la publicité sociale. Ce mémoire porte donc sur la question du Web en relation avec les campagnes sociales adressées aux jeunes Québécois de 18 à 25 ans, une population particulièrement réceptive aux nouvelles technologies. Plus exactement, dans cette étude, nous avons analysé trois sites Web rattachés à des campagnes sociales (La vitesse, ça coûte cher de la SAAQ, Les ITSS se propagent du MSSS et 50 000 adeptes, 5 000 toutous de la Fondation CHU Sainte-Justine) dans l’objectif de déterminer leurs forces et leurs faiblesses pour ensuite proposer des pistes pour leur optimisation. C’est à l’aide d’une analyse critique de contenu suivie d’entrevues et d’observations individuelles auprès de 19 participants que nous sommes parvenue à suggérer des pistes pour l’optimisation des sites Web de campagnes sociales destinées aux jeunes adultes québécois. Une des plus grandes difficultés en ce qui a trait à leur conception consiste à choisir les stratégies les plus appropriées pour provoquer un changement d’attitude ou de comportement, a fortiori chez ceux qui adoptent des comportements à risque (fumer, conduire en état d’ébriété, avoir des relations sexuelles non protégées); des stratégies qui, pour être plus efficaces, devraient être adaptées en fonction des caractéristiques propres aux publics cibles et aux médias de diffusion. Afin d’analyser adéquatement les campagnes sociales, nous avons fait appel aux théories de la persuasion et aux théories sur l’influence des médias jugées pertinentes dans notre contexte puisqu’elles sont propres à ce type d’étude. Ces approches combinées nous ont permis d’intégrer à l’analyse d’une campagne donnée les contextes qui l’entourent et les pratiques dans lesquelles elle s’inscrit. Cette étude nous a, entre autres, permis de démontrer qu’il existait d’importants écarts entre les attentes et les besoins des internautes et l’offre des sites Web étudiés.

L’outillage sur plaquette en quartzite du site ElFs-010. Étude d’une technologie distinctive en Jamésie, Québec (1900-400 A.A.)

Réalisé en collaboration avec Arkéos Inc.

Arès dans le quotidien des Grecs à travers l'épigraphie

La présente recherche porte sur le dieu de la guerre des Grecs anciens, Arès. La communauté historienne s’entend pour affirmer qu’Arès était un dieu de second ordre et un dieu mal aimé par les Grecs de l’époque. Les investigations des historiens du XXe siècle sont axées sur les documents littéraires et elles ne font que reformuler, dans la majorité des cas, le contenu de ceux-ci. Alors, afin de bénéficier d’un regard nouveau sur le dieu, on a étudié Arès au travers les documents épigraphiques pour corroborer ou non nos présentes connaissances. Le dieu de la guerre tel que présenté dans les écrits littéraires est-il le même que celui qui est véhiculé dans l’épigraphie de l’époque? La réponse à cette question nous permettra d’établir si nos connaissances actuelles sont valables et elle les complètera. La recherche épigraphique s’effectue en cinq étapes. D’abord, on voit si le côté militaire d’Arès était également prédominant au sein des inscriptions. Ensuite, on porte une attention particulière aux documents épigraphiques pouvant démontrer un Arès mal aimé. Le tout se poursuit avec la mise en relation du dieu et des anciens serments. Enfin, on termine avec une approche plus géographique qui nous permet de définir deux foyers importants du dieu de la guerre, soit la cité de Métropolis et l’île de Crète. À la suite de ce parcours on a déterminé que l’appréciation et l’importance que les Grecs accordaient à ce dieu n’était pas unanime. Le ressentiment des Grecs variaient selon les individus et les lieux. On a aussi été capable d’établir des faits au sujet d’Arès : son domaine d’action prédominant restait le militaire dans les inscriptions; il était un réel dieu, présent, respecté et loué; il possédait d’importants lieux de culte à Lato et Métropolis. Compte tenu d’une redéfinition notable du profil d’Arès, une révision des sources littéraires propres à Arès s’impose ainsi qu’une évaluation complète de toutes les autres sources (iconographique, archéologique, numismatique, épigraphique, etc.).

Loss of noradrenaline transporter sites in frontal cortex of rats with acute (ischemic) liver failure.

There is increasing evidence that central noradrenaline (NA) transport mechanisms are implicated in the central nervous system complications of acute liver failure. In order to assess this possibility, binding sites for the high affinity NA transporter ligand [3H]-nisoxetine were measured by quantitative receptor autoradiography in the brains of rats with acute liver failure resulting from hepatic devascularization and in appropriate controls. In vivo microdialysis was used to measure extracellular brain concentrations of NA. Severe encephalopathy resulted in a significant loss of [3H]-nisoxetine sites in frontal cortex and a concomitant increase in extracellular brain concentrations of NA in rats with acute liver failure. A loss of transporter sites was also observed in thalamus of rats with acute liver failure. This loss of NA transporter sites could result from depletion of central NA stores due to a reserpine-like effect of ammonia which is known to accumulate to millimolar concentrations in brain in ischemic liver failure. Impaired NA transport and the consequent increase in synaptic concentrations and increased stimulation of neuronal and astrocytic noradrenergic receptors could be implicated in the pathogenesis of the encephalopathy and brain edema characteristic of acute liver failure.

Les coulisses de la Toile : étude sur les demarches de conception de sites web

À l’ère du web 2.0, l’usage des sites web se multiplie et génère de nouveaux enjeux. La satisfaction en rapport à l’interactivité, facteur d’efficacité des sites, détermine la popularité, et donc la visibilité de ceux-ci sur la Toile. Par conséquent, dans cette étude, nous considérons que les utilisateurs ont un rôle à jouer lors du processus de conception de ces derniers. Certes, autant en théorie que dans la pratique, les concepteurs semblent bel et bien tenir compte des utilisateurs; toutefois, ils ne les intègrent pas comme participants actifs dans leurs démarches. Cette étude vise au moyen d’une recherche documentaire et d’observations sur le terrain à comprendre les principales catégories et morphologies des sites web ainsi que les usages qui en découlent. Une analyse des diverses démarches de conception et des perceptions et attentes des internautes est réalisée sur la base de ces résultats. Pour répondre à ces objectifs, cette analyse cible deux catégories de sites réalisés par des professionnels et par des amateurs. Celle-ci nous permet de démontrer que les résultats de chacune de ces démarches, exprimés à travers les interfaces graphiques des sites, diffèrent au niveau de la qualité perceptible. Cette étude souligne également l’importance d’un traitement efficace de la communication graphique des éléments des sites web, afin de structurer la lecture et transmettre au final un message clair et compréhensible aux internautes. Dans le but consolider nos propositions, nous faisons référence à deux théories de communication graphique, la Gestalt et la sémiotique, l’une s’intéressant à la perception visuelle, l’autre à l’interprétation des signes. Celles-ci se sont révélées pertinentes pour analyser la qualité et l’efficacité des éléments de contenus. Notre étude révèle que les participants ne sont pas satisfaits des deux sites testés car l’utilisabilité du site conçu par des professionnels est trop complexe et l’interface du site conçu par un amateur manque de professionnalisme et de cohérence. Ces résultats soulignent la pertinence d’une approche centrée sur l’utilisateur pour la conception de sites web, car elle permet d’identifier et de résoudre des erreurs de conception. Nos résultats permettent également de souligner que les professionnels ayant un savoir technique et théorique se démarquent des amateurs au niveau des intervenants, des outils et des limites. Des pistes de solution, via des critères de design centré sur l’utilisateur, sont proposées à la fin de cette étude dans le but d’optimiser la qualité et l’efficacité des interfaces graphiques web.

Une nouvelle approche computationnelle pour la découverte des sites de fixation de facteurs de transcription à l’ADN, adaptée aux données de ChIP-chip et de ChIP-séquençage

Les facteurs de transcription sont des protéines spécialisées qui jouent un rôle important dans différents processus biologiques tel que la différenciation, le cycle cellulaire et la tumorigenèse. Ils régulent la transcription des gènes en se fixant sur des séquences d’ADN spécifiques (éléments cis-régulateurs). L’identification de ces éléments est une étape cruciale dans la compréhension des réseaux de régulation des gènes. Avec l’avènement des technologies de séquençage à haut débit, l’identification de tout les éléments fonctionnels dans les génomes, incluant gènes et éléments cis-régulateurs a connu une avancée considérable. Alors qu’on est arrivé à estimer le nombre de gènes chez différentes espèces, l’information sur les éléments qui contrôlent et orchestrent la régulation de ces gènes est encore mal définie. Grace aux techniques de ChIP-chip et de ChIP-séquençage il est possible d’identifier toutes les régions du génome qui sont liées par un facteur de transcription d’intérêt. Plusieurs approches computationnelles ont été développées pour prédire les sites fixés par les facteurs de transcription. Ces approches sont classées en deux catégories principales: les algorithmes énumératifs et probabilistes. Toutefois, plusieurs études ont montré que ces approches génèrent des taux élevés de faux négatifs et de faux positifs ce qui rend difficile l’interprétation des résultats et par conséquent leur validation expérimentale. Dans cette thèse, nous avons ciblé deux objectifs. Le premier objectif a été de développer une nouvelle approche pour la découverte des sites de fixation des facteurs de transcription à l’ADN (SAMD-ChIP) adaptée aux données de ChIP-chip et de ChIP-séquençage. Notre approche implémente un algorithme hybride qui combine les deux stratégies énumérative et probabiliste, afin d’exploiter les performances de chacune d’entre elles. Notre approche a montré ses performances, comparée aux outils de découvertes de motifs existants sur des jeux de données simulées et des jeux de données de ChIP-chip et de ChIP-séquençage. SAMD-ChIP présente aussi l’avantage d’exploiter les propriétés de distributions des sites liés par les facteurs de transcription autour du centre des régions liées afin de limiter la prédiction aux motifs qui sont enrichis dans une fenêtre de longueur fixe autour du centre de ces régions. Les facteurs de transcription agissent rarement seuls. Ils forment souvent des complexes pour interagir avec l’ADN pour réguler leurs gènes cibles. Ces interactions impliquent des facteurs de transcription dont les sites de fixation à l’ADN sont localisés proches les uns des autres ou bien médier par des boucles de chromatine. Notre deuxième objectif a été d’exploiter la proximité spatiale des sites liés par les facteurs de transcription dans les régions de ChIP-chip et de ChIP-séquençage pour développer une approche pour la prédiction des motifs composites (motifs composés par deux sites et séparés par un espacement de taille fixe). Nous avons testé ce module pour prédire la co-localisation entre les deux demi-sites ERE qui forment le site ERE, lié par le récepteur des œstrogènes ERα. Ce module a été incorporé à notre outil de découverte de motifs SAMD-ChIP.

Évolution à fine échelle des sites d'épissage des introns dans les gènes des oomycètes

Les introns sont des portions de gènes transcrites dans l’ARN messager, mais retirées pendant l’épissage avant la synthèse des produits du gène. Chez les eucaryotes, on rencontre les introns splicéosomaux, qui sont retirés de l’ARN messager par des splicéosomes. Les introns permettent plusieurs processus importants, tels que l'épissage alternatif, la dégradation des ARNs messagers non-sens, et l'encodage d'ARNs fonctionnels. Leurs rôles nous interrogent sur l'influence de la sélection naturelle sur leur évolution. Nous nous intéressons aux mutations qui peuvent modifier les produits d'un gène en changeant les sites d'épissage des introns. Ces mutations peuvent influencer le fonctionnement d'un organisme, et constituent donc un sujet d'étude intéressant, mais il n'existe actuellement pas de logiciels permettant de les étudier convenablement. Le but de notre projet était donc de concevoir une méthode pour détecter et analyser les changements des sites d'épissage des introns splicéosomaux. Nous avons finalement développé une méthode qui repère les évènements évolutifs qui affectent les introns splicéosomaux dans un jeu d'espèces données. La méthode a été exécutée sur un ensemble d'espèces d'oomycètes. Plusieurs évènements détectés ont changé les sites d’épissage et les protéines, mais de nombreux évènements trouvés ont modifié les introns sans affecter les produits des gènes. Il manque à notre méthode une étape finale d'analyse approfondie des données récoltées. Cependant, la méthode actuelle est facilement reproductible et automatise l'analyse des génomes pour la détection des évènements. Les fichiers produits peuvent ensuite être analysés dans chaque étude pour répondre à des questions spécifiques.