La arrogancia y la delicadeza : Sobre Dos veces junio de Martín Kohan

Como lo señala Pampa Arán (2010), en las últimas dos décadas la narrativa sobre la dictadura construye -y se construye- sobre diferentes modalidades enunciativas. En efecto, en algunas recientes novelas argentinas, la escritura sobre la violencia adquiere nuevos modos de decir lo ominoso. En el presente trabajo analizamos dos figuras de lo Neutro (Barthes) en la novela Dos veces junio (2002) de Martín Kohan: la delicadeza y la arrogancia. Entendemos como arrogancia: "los 'gestos' (de habla) que constituyen discursos de intimidación, sujeción, dominación, aserción, soberbia: que se ubican bajo la autoridad, la garantía de una verdad dogmática, o de una demanda que no piensa, no concibe el deseo del otro" (Barthes, 2004: 211), mientras que la delicadeza es aquella "perversión que juega con el detalle inútil", la "minucia". Se trata de dos figuras que entran en un juego de tensión: si la delicadeza es una figura de lo Neutro, la arrogancia sería lo anti-Neutro según Barthes. A nuestro juicio, en este balance, las figuras operan como estrategias que acentúan la violencia de lo narrado

Los hábitos de publicación de los usuarios de la Autoridad Regulatoria Nuclear durante el período 2000-2012

Se realiza un estudio de usuarios indirecto a través de la caracterización de los hábitos de publicación del personal de la Autoridad Regulatoria Nuclear [ARN] de Argentina entre 2000-2012. Se enfoca en la calidad editorial y visibilidad de las revistas científicas en las que esta institución ha publicado las cuales se evalúan mediante su ubicación en las categorías temáticas [Quartiles] del Scimago Journal Rank. Para aquellas que no forman parte de este ranking, se aplican los criterios del nivel Catálogo del Sistema Lantindex. A su vez, se intenta conocer cuáles son los títulos de revistas elegidos para publicar de otros organismos reguladores iberoamericanos en el mismo período. Esto se hace utilizando la base de datos comercial Scopus

Los hábitos de publicación de los usuarios de la Autoridad Regulatoria Nuclear durante el período 2000-2012

Se realiza un estudio de usuarios indirecto a través de la caracterización de los hábitos de publicación del personal de la Autoridad Regulatoria Nuclear [ARN] de Argentina entre 2000-2012. Se enfoca en la calidad editorial y visibilidad de las revistas científicas en las que esta institución ha publicado las cuales se evalúan mediante su ubicación en las categorías temáticas [Quartiles] del Scimago Journal Rank. Para aquellas que no forman parte de este ranking, se aplican los criterios del nivel Catálogo del Sistema Lantindex. A su vez, se intenta conocer cuáles son los títulos de revistas elegidos para publicar de otros organismos reguladores iberoamericanos en el mismo período. Esto se hace utilizando la base de datos comercial Scopus

La arrogancia y la delicadeza : Sobre Dos veces junio de Martín Kohan

Como lo señala Pampa Arán (2010), en las últimas dos décadas la narrativa sobre la dictadura construye -y se construye- sobre diferentes modalidades enunciativas. En efecto, en algunas recientes novelas argentinas, la escritura sobre la violencia adquiere nuevos modos de decir lo ominoso. En el presente trabajo analizamos dos figuras de lo Neutro (Barthes) en la novela Dos veces junio (2002) de Martín Kohan: la delicadeza y la arrogancia. Entendemos como arrogancia: "los 'gestos' (de habla) que constituyen discursos de intimidación, sujeción, dominación, aserción, soberbia: que se ubican bajo la autoridad, la garantía de una verdad dogmática, o de una demanda que no piensa, no concibe el deseo del otro" (Barthes, 2004: 211), mientras que la delicadeza es aquella "perversión que juega con el detalle inútil", la "minucia". Se trata de dos figuras que entran en un juego de tensión: si la delicadeza es una figura de lo Neutro, la arrogancia sería lo anti-Neutro según Barthes. A nuestro juicio, en este balance, las figuras operan como estrategias que acentúan la violencia de lo narrado

La arrogancia y la delicadeza : Sobre Dos veces junio de Martín Kohan

Como lo señala Pampa Arán (2010), en las últimas dos décadas la narrativa sobre la dictadura construye -y se construye- sobre diferentes modalidades enunciativas. En efecto, en algunas recientes novelas argentinas, la escritura sobre la violencia adquiere nuevos modos de decir lo ominoso. En el presente trabajo analizamos dos figuras de lo Neutro (Barthes) en la novela Dos veces junio (2002) de Martín Kohan: la delicadeza y la arrogancia. Entendemos como arrogancia: "los 'gestos' (de habla) que constituyen discursos de intimidación, sujeción, dominación, aserción, soberbia: que se ubican bajo la autoridad, la garantía de una verdad dogmática, o de una demanda que no piensa, no concibe el deseo del otro" (Barthes, 2004: 211), mientras que la delicadeza es aquella "perversión que juega con el detalle inútil", la "minucia". Se trata de dos figuras que entran en un juego de tensión: si la delicadeza es una figura de lo Neutro, la arrogancia sería lo anti-Neutro según Barthes. A nuestro juicio, en este balance, las figuras operan como estrategias que acentúan la violencia de lo narrado

Los hábitos de publicación de los usuarios de la Autoridad Regulatoria Nuclear durante el período 2000-2012

Se realiza un estudio de usuarios indirecto a través de la caracterización de los hábitos de publicación del personal de la Autoridad Regulatoria Nuclear [ARN] de Argentina entre 2000-2012. Se enfoca en la calidad editorial y visibilidad de las revistas científicas en las que esta institución ha publicado las cuales se evalúan mediante su ubicación en las categorías temáticas [Quartiles] del Scimago Journal Rank. Para aquellas que no forman parte de este ranking, se aplican los criterios del nivel Catálogo del Sistema Lantindex. A su vez, se intenta conocer cuáles son los títulos de revistas elegidos para publicar de otros organismos reguladores iberoamericanos en el mismo período. Esto se hace utilizando la base de datos comercial Scopus

Distribution of diatoms in surface sediments and some limnological characteristics of studied lakes in the Siberian arctic

The investigation of the species composition and ecology of diatoms of modern bottom sediments in water bodies of arctic polygonal tundra in three subregions of North Yakutiya has been carried out. As a result, 161 taxons of diatoms were determined; the determinant role of the depth, conductivity, pH of the water, and geographic latitude in their distribution was confirmed, and two complexes of species with respect to the leading abiotic factors were distinguished. The diatoms of the first complex prefer shallow water bodies of high latitudes with neutral and slightly alkaline water and relatively high conductivity. The second complex is confined to the water bodies of lower latitudes with small conductivity, as well as neutral and slightly acidic water.

Modelos de computación lógica con ADN

La computación molecular es una disciplina que se ocupa del diseño e implementación de dispositivos para el procesamiento de información sobre un sustrato biológico, como el ácido desoxirribonucleico (ADN), el ácido ribonucleico (ARN) o las proteínas. Desde que Watson y Crick descubrieron en los años cincuenta la estructura molecular del ADN en forma de doble hélice, se desencadenaron otros descubrimientos como las enzimas que cortan el ADN o la reacción en cadena de la polimerasa (PCR), contribuyendo más que signi�cativamente a la irrupción de la tecnología del ADN recombinante. Gracias a esta tecnología y al descenso vertiginoso de los precios de secuenciación y síntesis del ADN, la computación biomolecular pudo abandonar su concepción puramente teórica. En 1994, Leonard Adleman logró resolver un problema de computación NP-completo (El Problema del Camino de Hamilton Dirigido) utilizando únicamente moléculas de ADN. La gran capacidad de procesamiento en paralelo ofrecida por las técnicas del ADN recombinante permitió a Adleman ser capaz de resolver dicho problema en tiempo polinómico, aunque a costa de un consumo exponencial de moléculas de ADN. Utilizando algoritmos similares al de �fuerza bruta� utilizado por Adleman se logró resolver otros problemas NP-completos (por ejemplo, el de Satisfacibilidad de Fórmulas Lógicas / SAT). Pronto se comprendió que la computación con biomolecular no podía competir en velocidad ni precisión con los ordenadores de silicio, por lo que su enfoque y objetivos se centraron en la resolución de problemas biológicos con aplicación biomédica, dejando de lado la resolución de problemas clásicos de computación. Desde entonces se han propuesto diversos modelos de dispositivos biomoleculares que, de forma autónoma (sin necesidad de un bio-ingeniero realizando operaciones de laboratorio), son capaces de procesar como entrada un sustrato biológico y proporcionar una salida también en formato biológico: procesadores que aprovechan la extensión de la Polimerasa, autómatas que funcionan con enzimas de restricción o con deoxiribozimas, circuitos de hibridación competitiva. Esta tesis presenta un conjunto de modelos de dispositivos de ácidos nucleicos escalables, sensibles al tiempo y energéticamente e�cientes, capaces de implementar diversas operaciones de computación lógica aprovechando el fenómeno de la hibridación competitiva del ADN. La capacidad implícita de estos dispositivos para aplicar reglas de inferencia como modus ponens, modus tollens, resolución o el silogismo hipotético tiene un gran potencial. Entre otras funciones, permiten representar implicaciones lógicas (o reglas del tipo SI/ENTONCES), como por ejemplo, �si se da el síntoma 1 y el síntoma 2, entonces estamos ante la enfermedad A�, o �si estamos ante la enfermedad B, entonces deben manifestarse los síntomas 2 y 3�. Utilizando estos módulos lógicos como bloques básicos de construcción, se pretende desarrollar sistemas in vitro basados en sensores de ADN, capaces de trabajar de manera conjunta para detectar un conjunto de síntomas de entrada y producir un diagnóstico de salida. La reciente publicación en la revista Science de un autómata biomolecular de diagnóstico, capaz de tratar las células cancerígenas sin afectar a las células sanas, es un buen ejemplo de la relevancia cientí�ca que este tipo de autómatas tienen en la actualidad. Además de las recién mencionadas aplicaciones en el diagnóstico in vitro, los modelos presentados también tienen utilidad en el diseño de biosensores inteligentes y la construcción de bases de datos con registros en formato biomolecular que faciliten el análisis genómico. El estudio sobre el estado de la cuestión en computación biomolecular que se presenta en esta tesis está basado en un artículo recientemente publicado en la revista Current Bioinformatics. Los nuevos dispositivos presentados en la tesis forman parte de una solicitud de patente de la que la UPM es titular, y han sido presentados en congresos internacionales como Unconventional Computation 2010 en Tokio o Synthetic Biology 2010 en París.

Refining predictions of iberian plant distribution: lessons from p. nigra and p. sylvestris palaeoecological-based habitat suitability models

In recent years, challenged by the climate scenarios put forward by the IPCC and its potential impact on plant distribution, numerous predictive techniques -including the so called habitat suitability models (HSM)- have been developed. Yet, as the output of the different methods produces different distribution areas, developing validation tools are strong needs to reduce uncertainties. Focused in the Iberian Peninsula, we propose a palaeo-based method to increase the robustness of the HSM, by developing an ecological approach to understand the mismatches between the palaeoecological information and the projections of the HSMs. Here, we present the result of (1) investigating causal relationships between environmental variables and presence of Pinus sylvestris L. and P. nigra Arn. available from the 3rd Spanish Forest Inventory, (2) developing present and past presence-predictions through the MaxEnt model for 6 and 21 kyr BP, and (3) assessing these models through comparisons with biomized palaeoecological data available from the European Pollen Database for the Iberian Peninsula.

Inventario forestal del monte M-2009 del elenco denominado "Plaza de Buenavista" perteneciente al término municipal de Zarzalejo (Madrid)

Se hace un estudio del monte de origen repoblación. Su especie principal es Pinus pinaster Ait., la secundaria es Pinus sylvestris L. y tiene presencia de Pinus nigra Arn. que no estaba prevista en el proyecto de repoblación, pero probablemente apareciera por mezcla de semillas. En los años 40 se cambió el uso del monte de agrícola a forestal, claro indicio de la baja productividad del suelo para el cultivo de cereales; de esta forma se dio a los propietarios de las distintas parcelas la oportunidad de incluir sus propiedades en el consorcio existente entre la entonces llamada Diputación Provincial de Madrid y Patrimonio Forestal del Estado, de manera que contarían con el apoyo tanto técnico como económico de la Administración Pública para la gestión del mismo. Es una observación totalmente objetiva que no es un monte económicamente rentable. Desde el punto de vista ambiental, el monte supone una masa protectora para la conservación de suelo. También cuenta con varios enclavados dedicados al pasto, que conlleva el paso de ganado vacuno y lanar, lo que supone un efecto negativo para el monte. Aunque el monte sigue siendo de propiedad particular por su cercanía a la población de Zarzalejo es frecuente el uso recreativo. Esto puede ser origen de conflictos para los propietarios ya que el tránsito de personas puede generar daños o requerir de mantenimientos que generen más gastos, en una propiedad que como ya hemos apuntado, es deficitaria. En conclusión podía sugerirse inversión en obras que mejoren el uso recreativo contando con ayuda económica por parte de alguna administración pública.

Oscillatory genetic circuits: new designs and mathematical models

Introduction and motivation: A wide variety of organisms have developed in-ternal biomolecular clocks in order to adapt to cyclic changes of the environment. Clock operation involves genetic networks. These genetic networks have to be mod¬eled in order to understand the underlying mechanism of oscillations and to design new synthetic cellular clocks. This doctoral thesis has resulted in two contributions to the fields of genetic clocks and systems and synthetic biology, generally. The first contribution is a new genetic circuit model that exhibits an oscillatory behav¬ior through catalytic RNA molecules. The second and major contribution is a new genetic circuit model demonstrating that a repressor molecule acting on the positive feedback of a self-activating gene produces reliable oscillations. First contribution: A new model of a synthetic genetic oscillator based on a typical two-gene motif with one positive and one negative feedback loop is pre¬sented. The originality is that the repressor is a catalytic RNA molecule rather than a protein or a non-catalytic RNA molecule. This catalytic RNA is a ribozyme that acts post-transcriptionally by binding to and cleaving target mRNA molecules. This genetic clock involves just two genes, a mRNA and an activator protein, apart from the ribozyme. Parameter values that produce a circadian period in both determin¬istic and stochastic simulations have been chosen as an example of clock operation. The effects of the stochastic fluctuations are quantified by a period histogram and autocorrelation function. The conclusion is that catalytic RNA molecules can act as repressor proteins and simplify the design of genetic oscillators. Second and major contribution: It is demonstrated that a self-activating gene in conjunction with a simple negative interaction can easily produce robust matically validated. This model is comprised of two clearly distinct parts. The first is a positive feedback created by a protein that binds to the promoter of its own gene and activates the transcription. The second is a negative interaction in which a repressor molecule prevents this protein from binding to its promoter. A stochastic study shows that the system is robust to noise. A deterministic study identifies that the oscillator dynamics are mainly driven by two types of biomolecules: the protein, and the complex formed by the repressor and this protein. The main conclusion of this study is that a simple and usual negative interaction, such as degradation, se¬questration or inhibition, acting on the positive transcriptional feedback of a single gene is a sufficient condition to produce reliable oscillations. One gene is enough and the positive transcriptional feedback signal does not need to activate a second repressor gene. At the genetic level, this means that an explicit negative feedback loop is not necessary. Unlike many genetic oscillators, this model needs neither cooperative binding reactions nor the formation of protein multimers. Applications and future research directions: Recently, RNA molecules have been found to play many new catalytic roles. The first oscillatory genetic model proposed in this thesis uses ribozymes as repressor molecules. This could provide new synthetic biology design principles and a better understanding of cel¬lular clocks regulated by RNA molecules. The second genetic model proposed here involves only a repression acting on a self-activating gene and produces robust oscil¬lations. Unlike current two-gene oscillators, this model surprisingly does not require a second repressor gene. This result could help to clarify the design principles of cellular clocks and constitute a new efficient tool for engineering synthetic genetic oscillators. Possible follow-on research directions are: validate models in vivo and in vitro, research the potential of second model as a genetic memory, investigate new genetic oscillators regulated by non-coding RNAs and design a biosensor of positive feedbacks in genetic networks based on the operation of the second model Resumen Introduccion y motivacion: Una amplia variedad de organismos han desarro-llado relojes biomoleculares internos con el fin de adaptarse a los cambios ciclicos del entorno. El funcionamiento de estos relojes involucra redes geneticas. El mo delado de estas redes geneticas es esencial tanto para entender los mecanismos que producen las oscilaciones como para diseiiar nuevos circuitos sinteticos en celulas. Esta tesis doctoral ha dado lugar a dos contribuciones dentro de los campos de los circuitos geneticos en particular, y biologia de sistemas y sintetica en general. La primera contribucion es un nuevo modelo de circuito genetico que muestra un comportamiento oscilatorio usando moleculas de ARN cataliticas. La segunda y principal contribucion es un nuevo modelo de circuito genetico que demuestra que una molecula represora actuando sobre el lazo de un gen auto-activado produce oscilaciones robustas. Primera contribucion: Es un nuevo modelo de oscilador genetico sintetico basado en una tipica red genetica compuesta por dos genes con dos lazos de retroa-limentacion, uno positivo y otro negativo. La novedad de este modelo es que el represor es una molecula de ARN catalftica, en lugar de una protefna o una molecula de ARN no-catalitica. Este ARN catalitico es una ribozima que actua despues de la transcription genetica uniendose y cortando moleculas de ARN mensajero (ARNm). Este reloj genetico involucra solo dos genes, un ARNm y una proteina activadora, aparte de la ribozima. Como ejemplo de funcionamiento, se han escogido valores de los parametros que producen oscilaciones con periodo circadiano (24 horas) tanto en simulaciones deterministas como estocasticas. El efecto de las fluctuaciones es-tocasticas ha sido cuantificado mediante un histograma del periodo y la función de auto-correlacion. La conclusion es que las moleculas de ARN con propiedades cataliticas pueden jugar el misnio papel que las protemas represoras, y por lo tanto, simplificar el diseno de los osciladores geneticos. Segunda y principal contribucion: Es un nuevo modelo de oscilador genetico que demuestra que un gen auto-activado junto con una simple interaction negativa puede producir oscilaciones robustas. Este modelo ha sido estudiado y validado matematicamente. El modelo esta compuesto de dos partes bien diferenciadas. La primera parte es un lazo de retroalimentacion positiva creado por una proteina que se une al promotor de su propio gen activando la transcription. La segunda parte es una interaction negativa en la que una molecula represora evita la union de la proteina con el promotor. Un estudio estocastico muestra que el sistema es robusto al ruido. Un estudio determinista muestra que la dinamica del sistema es debida principalmente a dos tipos de biomoleculas: la proteina, y el complejo formado por el represor y esta proteina. La conclusion principal de este estudio es que una simple y usual interaction negativa, tal como una degradation, un secuestro o una inhibition, actuando sobre el lazo de retroalimentacion positiva de un solo gen es una condition suficiente para producir oscilaciones robustas. Un gen es suficiente y el lazo de retroalimentacion positiva no necesita activar a un segundo gen represor, tal y como ocurre en los relojes actuales con dos genes. Esto significa que a nivel genetico un lazo de retroalimentacion negativa no es necesario de forma explicita. Ademas, este modelo no necesita reacciones cooperativas ni la formation de multimeros proteicos, al contrario que en muchos osciladores geneticos. Aplicaciones y futuras lineas de investigacion: En los liltimos anos, se han descubierto muchas moleculas de ARN con capacidad catalitica. El primer modelo de oscilador genetico propuesto en esta tesis usa ribozimas como moleculas repre¬soras. Esto podria proporcionar nuevos principios de diseno en biologia sintetica y una mejor comprension de los relojes celulares regulados por moleculas de ARN. El segundo modelo de oscilador genetico propuesto aqui involucra solo una represion actuando sobre un gen auto-activado y produce oscilaciones robustas. Sorprendente-mente, un segundo gen represor no es necesario al contrario que en los bien conocidos osciladores con dos genes. Este resultado podria ayudar a clarificar los principios de diseno de los relojes celulares naturales y constituir una nueva y eficiente he-rramienta para crear osciladores geneticos sinteticos. Algunas de las futuras lineas de investigation abiertas tras esta tesis son: (1) la validation in vivo e in vitro de ambos modelos, (2) el estudio del potential del segundo modelo como circuito base para la construction de una memoria genetica, (3) el estudio de nuevos osciladores geneticos regulados por ARN no codificante y, por ultimo, (4) el rediseno del se¬gundo modelo de oscilador genetico para su uso como biosensor capaz de detectar genes auto-activados en redes geneticas.

LiDAR simulation in modelled orchards to optimise the use of terretrial laser scanners and derived vegetative measures

Light detection and ranging (LiDAR) technology is beginning to have an impact on agriculture. Canopy volume and/or fruit tree leaf area can be estimated using terrestrial laser sensors based on this technology. However, the use of these devices may have different options depending on the resolution and scanning mode. As a consequence, data accuracy and LiDAR derived parameters are affected by sensor configuration, and may vary according to vegetative characteristics of tree crops. Given this scenario, users and suppliers of these devices need to know how to use the sensor in each case. This paper presents a computer program to determine the best configuration, allowing simulation and evaluation of different LiDAR configurations in various tree structures (or training systems). The ultimate goal is to optimise the use of laser scanners in field operations. The software presented generates a virtual orchard, and then allows the scanning simulation with a laser sensor. Trees are created using a hidden Markov tree (HMT) model. Varying the foliar structure of the orchard the LiDAR simulation was applied to twenty different artificially created orchards with or without leaves from two positions (lateral and zenith). To validate the laser sensor configuration, leaf surface of simulated trees was compared with the parameters obtained by LiDAR measurements: the impacted leaf area, the impacted total area (leaves and wood), and th impacted area in the three outer layers of leaves.

SIMLIDAR Simulation of LiDAR performance in artificially simulate orchards

SIMLIDAR is an application developed in Cþþ that generates an artificial orchard using a Lindenmayer system. The application simulates the lateral interaction between the artificial orchard and a laser scanner or LIDAR (Light Detection and Ranging). To best highlight the unique qualities of the LIDAR simulation, this work focuses on apple trees without leaves, i.e. the woody structure. The objective is to simulate a terrestrial laser sensor (LIDAR) when applied to different artificially created orchards and compare the simulated characteristics of trees with the parameters obtained with the LIDAR. The scanner is mounted on a virtual tractor and measures the distance between the origin of the laser beam and the nearby plant object. This measurement is taken with an angular scan in a plane which is perpendicular to the route of the virtual tractor. SIMLIDAR determines the distance measured in a bi-dimensional matrix N M, where N is the number of angular scans and M is the number of steps in the tractor route. In order to test the data and performance of SIMLIDAR, the simulation has been applied to 42 different artificial orchards. After previously defining and calculating two vegetative parameters (wood area and wood projected area) of the simulated trees, a good correlation (R2 ¼ 0.70e0.80) was found between these characteristics and the wood area detected (impacted) by the laser beam. The designed software can be valuable in horticulture for estimating biomass and optimising the pesticide treatments that are performed in winter.

Inference Models in DNA Computing

La computación molecular es una disciplina que se ocupa del diseño e implementación de dispositivos para el procesamiento de información sobre un sustrato biológico, como el ácido desoxirribonucleico (ADN), el ácido ribonucleico (ARN) o las proteínas. Desde que Watson y Crick descubrieron en los años cincuenta la estructura molecular del ADN en forma de doble hélice, se desencadenaron otros descubrimientos, como las enzimas de restricción o la reacción en cadena de la polimerasa (PCR), contribuyendo de manera determinante a la irrupción de la tecnología del ADN recombinante. Gracias a esta tecnología y al descenso vertiginoso de los precios de secuenciación y síntesis del ADN, la computación biomolecular pudo abandonar su concepción puramente teórica. El trabajo presentado por Adleman (1994) logró resolver un problema de computación NP-completo (El Problema del Camino de Hamilton dirigido) utilizando únicamente moléculas de ADN. La gran capacidad de procesamiento en paralelo ofrecida por las técnicas del ADN recombinante permitió a Adleman ser capaz de resolver dicho problema en tiempo polinómico, aunque a costa de un consumo exponencial de moléculas de ADN. Utilizando algoritmos de fuerza bruta similares al utilizado por Adleman se logró resolver otros problemas NP-completos, como por ejemplo el de Satisfacibilidad de Fórmulas Lógicas / SAT (Lipton, 1995). Pronto se comprendió que la computación biomolecular no podía competir en velocidad ni precisión con los ordenadores de silicio, por lo que su enfoque y objetivos se centraron en la resolución de problemas con aplicación biomédica (Simmel, 2007), dejando de lado la resolución de problemas clásicos de computación. Desde entonces se han propuesto diversos modelos de dispositivos biomoleculares que, de forma autónoma (sin necesidad de un bio-ingeniero realizando operaciones de laboratorio), son capaces de procesar como entrada un sustrato biológico y proporcionar una salida también en formato biológico: procesadores que aprovechan la extensión de la polimerasa (Hagiya et al., 1997), autómatas que funcionan con enzimas de restricción (Benenson et al., 2001) o con deoxiribozimas (Stojanovic et al., 2002), o circuitos de hibridación competitiva (Yurke et al., 2000). Esta tesis presenta un conjunto de modelos de dispositivos de ácidos nucleicos capaces de implementar diversas operaciones de computación lógica aprovechando técnicas de computación biomolecular (hibridación competitiva del ADN y reacciones enzimáticas) con aplicaciones en diagnóstico genético. El primer conjunto de modelos, presentados en el Capítulo 5 y publicados en Sainz de Murieta and Rodríguez-Patón (2012b), Rodríguez-Patón et al. (2010a) y Sainz de Murieta and Rodríguez-Patón (2010), define un tipo de biosensor que usa hebras simples de ADN para codificar reglas sencillas, como por ejemplo "SI hebra-ADN-1 Y hebra-ADN-2 presentes, ENTONCES enfermedad-B". Estas reglas interactúan con señales de entrada (ADN o ARN de cualquier tipo) para producir una señal de salida (también en forma de ácido nucleico). Dicha señal de salida representa un diagnóstico, que puede medirse mediante partículas fluorescentes técnicas FRET) o incluso ser un tratamiento administrado en respuesta a un conjunto de síntomas. El modelo presentado en el Capítulo 5, publicado en Rodríguez-Patón et al. (2011), es capaz de ejecutar cadenas de resolución sobre fórmulas lógicas en forma normal conjuntiva. Cada cláusula de una fórmula se codifica en una molécula de ADN. Cada proposición p se codifica asignándole una hebra simple de ADN, y la correspondiente hebra complementaria a la proposición ¬p. Las cláusulas se codifican incluyendo distintas proposiciones en la misma hebra de ADN. El modelo permite ejecutar programas lógicos de cláusulas Horn aplicando múltiples iteraciones de resolución en cascada, con el fin de implementar la función de un nanodispositivo autónomo programable. Esta técnica también puede emplearse para resolver SAP sin ayuda externa. El modelo presentado en el Capítulo 6 se ha publicado en publicado en Sainz de Murieta and Rodríguez-Patón (2012c), y el modelo presentado en el Capítulo 7 se ha publicado en (Sainz de Murieta and Rodríguez-Patón, 2013c). Aunque explotan métodos de computación biomolecular diferentes (hibridación competitiva de ADN en el Capítulo 6 frente a reacciones enzimáticas en el 7), ambos modelos son capaces de realizar inferencia Bayesiana. Funcionan tomando hebras simples de ADN como entrada, representando la presencia o la ausencia de un indicador molecular concreto (una evidencia). La probabilidad a priori de una enfermedad, así como la probabilidad condicionada de una señal (o síntoma) dada la enfermedad representan la base de conocimiento, y se codifican combinando distintas moléculas de ADN y sus concentraciones relativas. Cuando las moléculas de entrada interaccionan con las de la base de conocimiento, se liberan dos clases de hebras de ADN, cuya proporción relativa representa la aplicación del teorema de Bayes: la probabilidad condicionada de la enfermedad dada la señal (o síntoma). Todos estos dispositivos pueden verse como elementos básicos que, combinados modularmente, permiten la implementación de sistemas in vitro a partir de sensores de ADN, capaces de percibir y procesar señales biológicas. Este tipo de autómatas tienen en la actualidad una gran potencial, además de una gran repercusión científica. Un perfecto ejemplo fue la publicación de (Xie et al., 2011) en Science, presentando un autómata biomolecular de diagnóstico capaz de activar selectivamente el proceso de apoptosis en células cancerígenas sin afectar a células sanas.

Programmation de L'algorithme de synthese de Gloushkov pour les tables de fluence des systemes sequentiels

A l'origine nous nous avions proposé programmer sur CAB-5DO la méthode de synthèse de Gloushkov pour la classe des automates asynchrones du type machine transfert, d'où le titre de la thèse. A sa place nous avons resous le même problême â l'aide d'une méthode algorihmique originale» Après une introduction on définit la nouvelle méthode, valable pour les machines asynchrones, ainsi que quelques propriétés intéréssantés des expressions itérées ( en particulier de l'événement universel )» Dans la suite on établit les organigrammes générales de synthèse et l'organisation du travail sur machine. Après la conclusion, où l'on résume les avantages de nôtre méthode, il y a txoisPnnexes, dans le premier desquels on fait d'une façon pratique le point sur ces avantages par rapport à la méthode de Gloushkov f dans.le deuxième on groupe des organigrammes très détaillés, les programmes correspondants et quelques résultats > et dans le troisième le programme traduit en fortran IV qui a été mis au point sur le calculateur IBM 360/44 du l . E. R. A. ( Centre d'Etudes et Récherches en Automatisme).