De la fusion du génie logiciel et d'une bibliothèque à source ouverte pour la modélisation/simulation de processus matériel et logiciel

Thèse numérisée par la Direction des bibliothèques de l'Université de Montréal.

Trois essais sur les banques et le pouvoir de marché

Cette thèse examine le rôle du pouvoir de marché dans le marché bancaire. L’emphase est mis sur la prise de risque, les économies d’échelle, l’efficacité économique du marché et la transmission des chocs. Le premier chapitre présente un modèle d’équilibre général dynamique stochastique en économie ouverte comprenant un marché bancaire en concurrence monopolistique. Suivant l’hypothèse de Krugman (1979, 1980) sur la relation entre les économies d’échelle et les exportations, les banques doivent défrayer un coût de transaction pour échanger à l’étranger qui diminue à mesure que le volume de leurs activités locales augmente. Cela incite les banques à réduire leur marge locale afin de profiter davantage du marché extérieur. Le modèle est solutionné et simulé pour divers degrés de concentration dans le marché bancaire. Les résultats obtenus indiquent que deux forces contraires, les économies d’échelle et le pouvoir de marché, s’affrontent lorsque le marché se concentre. La concentration permet aussi aux banques d’accroître leurs activités étrangères, ce qui les rend en contrepartie plus vulnérables aux chocs extérieurs. Le deuxième chapitre élabore un cadre de travail semblable, mais à l’intérieur duquel les banques font face à un risque de crédit. Celui-ci est partiellement assuré par un collatéral fourni par les entrepreneurs et peut être limité à l’aide d’un effort financier. Le modèle est solutionné et simulé pour divers degrés de concentration dans le marché bancaire. Les résultats montrent qu’un plus grand pouvoir de marché réduit la taille du marché financier et de la production à l’état stationnaire, mais incite les banques à prendre moins de risques. De plus, les économies dont le marché bancaire est fortement concentré sont moins sensibles à certains chocs puisque les marges plus élevés donnent initialement de la marge de manoeuvre aux banques en cas de chocs négatifs. Cet effet modérateur est éliminé lorsqu’il est possible pour les banques d’entrer et de sortir librement du marché. Une autre extension avec économies d’échelle montre que sous certaines conditions, un marché moyennement concentré est optimal pour l’économie. Le troisième chapitre utilise un modèle en analyse de portefeuille de type Moyenne-Variance afin de représenter une banque détenant du pouvoir de marché. Le rendement des dépôts et des actifs peut varier selon la quantité échangée, ce qui modifie le choix de portefeuille de la banque. Celle-ci tend à choisir un portefeuille dont la variance est plus faible lorsqu’elle est en mesure d’obtenir un rendement plus élevé sur un actif. Le pouvoir de marché sur les dépôts amène un résultat sembable pour un pouvoir de marché modéré, mais la variance finit par augmenter une fois un certain niveau atteint. Les résultats sont robustes pour différentes fonctions de demandes.

La pédagogie ouverte au primaire : adaptation d'un instrument d’évaluation

L'approche pédagogique, appelée aujourd'hui pédagogie ouverte, a vu le jour en Angleterre, puis s'est diffusée aux États-Unis et au Canada. Elle a cours au Québec depuis les années 1970 grâce à certaines publications et à des rencontres de perfectionnement. Bien qu'un assez large éventail d'enseignants y ait été mis en contact par des sessions, séminaires, conférences et publications, force nous est de reconnaître qu'à ce jour nous n'y avons trouvé aucune recherche empirique permettant d'évaluer en classe du primaire le degré d'implantation de cette approche pédagogique; or, il est important, dans un contexte d'innovation pédagogique, de pouvoir connaître ce degré d'implantation pour orienter le développement, assurer le perfectionnement personnel, porter un diagnostic, évaluer les effets et pour aider pédagogues et administrateurs à faire des choix pertinents, à rendre des décisions valables. Pour répondre à cette attente, notre propos sera donc d'élaborer et d'adapter un instrument d'observation convenant à ce contexte, permettant d'évaluer le degré d'implantation de la pédagogie ouverte dans des classes du primaire. Pour y parvenir, nous suivrons les étapes suivantes: consultation des recherches sur le sujet pour définir l'objet de la pédagogie ouverte et y étudier les instruments d'évaluation existants, adaptation de l'instrument éventuellement retenu, vérification auprès d'experts québécois en pédagogie ouverte, affinement par l'expérimentation dans des classes respectivement à pédagogie ouverte et encyclopédique et par l'étude comparée des résultats. Cette démarche permettra donc d'accéder à un instrument d'évaluation apte à mesurer le degré d'implantation de cette approche pédagogique dans des classes du primaire et à discriminer les classes à pédagogie ou verte de celles à pédagogie encyclopédique.

Politique monetaire et taux d'interet dans une petite economie ouverte

Diplomes d'Études Appronfondis. Seminaire de Recherche Majeur Économie du Financement

Comparaison populationnelle des résultats périopératoires entre la néphro-urétérectomie ouverte et laparoscopique aux États-Unis

Introduction : La néphro-urétérectomie radicale (NUR) représente le traitement primaire pour les patients atteints d’une tumeur des voies excrétrices supérieures (TVES) non métastatique. Une approche ouverte ou laparoscopique peut être considérée. Malgré la présence de plusieurs études comparant les résultats périopératoires et oncologiques entre ces deux approches, aucunes études se basent sur une cohorte populationnelle. Objectif : Notre but est d’évaluer la morbidité péri-opératoire entre la NUR ouverte et laparoscopique en utilisant une cohorte populationnelle. Méthode : Nous avons utilisé la base de donnée Nationwide Inpatient Sample (NIS) pour identifier tous les patients atteints d’une TVES non métastatique, traités par NUR ouverte ou laparoscopique, entre 1998 et 2009. Au total, 7401 (90,8%) et 754 (9,2%) patients ont subi une NUR ouverte et laparoscopique, respectivement. Dans le but de contrôler les différences inhérentes entre les deux groupes, nous avons utilisé une analyse par appariement sur les scores de propension. Ainsi, 3016 (80%) patients avec NUR ouverte étaient appariés à 754 (20%) patients avec NUR laparoscopique. Intervention : Tous les patients ont subi une NUR. Mesures : Les taux de complications intra-opératoires et post-opératoires, de transfusions sanguines, d’hospitalisation prolongée et de mortalité intrahospitalière ont été mesurés. Des analyses de régression logistique on été utilisées pour notre cohorte, après appariement sur les scores de propension. Résultats et Limitations : Pour les patients traités par approche ouverte vs. laparoscopique, les taux suivants furent calculés : transfusions sanguines : 15 vs. 10% (p<0,001); complications intra-opératoires : 4,7 vs. 2,1% (p=0,002); complications post-opératoires : 17 vs. 15% (p=0,24); durée d’hospitalisation prolongée (≥ 5 jours) : 47 vs. 28% (p<0,001); mortalité intra-hospitalière 1,3 vs. 0,7% (p=0,12). Sur les analyses par régression logistique, les patients ayant été traités par NUR laparoscopique avaient moins de chance de recevoir une transfusion sanguine (odds ratio [OR]: 0,6, p<0,001), de subir une complication intra-opératoire (OR: 0,4, p=0,002), et d’avoir une durée prolongée d’hospitalisation (OR: 0,4, p<0,001). Globalement les taux de complications postopératoires étaient équivalents. Toutefois, l’approche laparoscopique était associée à moins de complications pulmonaires (OR: 0,4, p=0,007). Cette étude est limitée par sa nature rétrospective. Conclusion: Après ajustement de potentiels biais de sélection, la NUR par approche laparoscopique est associée à moins de complications intraopératoires et péri-opératoires comparée à la NUR par approche ouverte.

De lettre intime à lettre ouverte dans Lettres à l’Indigène de Joël Des Rosiers

Dans la première décennie du XXIe siècle, à l’ère des nouvelles technologies de communication électroniques, le courriel est devenu le moyen par excellence pour envoyer et recevoir du contenu privé, remplaçant dès lors l’envoi de lettres papier. Dans ce contexte, pour quelles raisons un individu souhaiterait-il partager ce contenu privé en le publiant ouvertement, publiquement, de plus, dans un format papier, le rendant désormais disponible à l’ensemble des lecteurs désirant en consulter le contenu? Pourtant, telle est la genèse du recueil Lettres à l’Indigène de Joël Des Rosiers dans lequel l’auteur fait don de lettres d’amour qui « deviennent alors des objets communs que partagent la destinataire et l’homme qui lui écrit, le livre et le lecteur » (LALI, p. 7). Ainsi, c’est par la réappropriation d’une pratique épistolaire ancienne que cet ouvrage rend compte d’une écriture intimiste dans laquelle lettres intimes et lettres ouvertes se côtoient. Les lettres intimes comportent plusieurs ressemblances avec les lettres conventionnelles, mais s’en distinguent sur certains points. Les lettres ouvertes, quant à elles, s’apparentent davantage aux publications libres que l’on retrouve dans les divers périodiques papier ou Web, ainsi que dans les divers blogues. Dans les deux types de lettres, nous voyons quelle est la place du destinateur et celle de l’Autre, nous présentons les différentes constructions de l’espace liées à chacune des formes de lettre et nous dévoilons les diverses stratégies formelles qui laissent voir un jeu entre les sphères publique et privée. Nous démontrons ainsi de quelles manières ce recueil questionne l’intimisme du XXIe siècle, ainsi que la pratique d’une écriture intimiste dans le cadre actuel.

Comparaison populationnelle des résultats périopératoires entre la néphro-urétérectomie ouverte et laparoscopique aux États-Unis

Introduction : La néphro-urétérectomie radicale (NUR) représente le traitement primaire pour les patients atteints d’une tumeur des voies excrétrices supérieures (TVES) non métastatique. Une approche ouverte ou laparoscopique peut être considérée. Malgré la présence de plusieurs études comparant les résultats périopératoires et oncologiques entre ces deux approches, aucunes études se basent sur une cohorte populationnelle. Objectif : Notre but est d’évaluer la morbidité péri-opératoire entre la NUR ouverte et laparoscopique en utilisant une cohorte populationnelle. Méthode : Nous avons utilisé la base de donnée Nationwide Inpatient Sample (NIS) pour identifier tous les patients atteints d’une TVES non métastatique, traités par NUR ouverte ou laparoscopique, entre 1998 et 2009. Au total, 7401 (90,8%) et 754 (9,2%) patients ont subi une NUR ouverte et laparoscopique, respectivement. Dans le but de contrôler les différences inhérentes entre les deux groupes, nous avons utilisé une analyse par appariement sur les scores de propension. Ainsi, 3016 (80%) patients avec NUR ouverte étaient appariés à 754 (20%) patients avec NUR laparoscopique. Intervention : Tous les patients ont subi une NUR. Mesures : Les taux de complications intra-opératoires et post-opératoires, de transfusions sanguines, d’hospitalisation prolongée et de mortalité intrahospitalière ont été mesurés. Des analyses de régression logistique on été utilisées pour notre cohorte, après appariement sur les scores de propension. Résultats et Limitations : Pour les patients traités par approche ouverte vs. laparoscopique, les taux suivants furent calculés : transfusions sanguines : 15 vs. 10% (p<0,001); complications intra-opératoires : 4,7 vs. 2,1% (p=0,002); complications post-opératoires : 17 vs. 15% (p=0,24); durée d’hospitalisation prolongée (≥ 5 jours) : 47 vs. 28% (p<0,001); mortalité intra-hospitalière 1,3 vs. 0,7% (p=0,12). Sur les analyses par régression logistique, les patients ayant été traités par NUR laparoscopique avaient moins de chance de recevoir une transfusion sanguine (odds ratio [OR]: 0,6, p<0,001), de subir une complication intra-opératoire (OR: 0,4, p=0,002), et d’avoir une durée prolongée d’hospitalisation (OR: 0,4, p<0,001). Globalement les taux de complications postopératoires étaient équivalents. Toutefois, l’approche laparoscopique était associée à moins de complications pulmonaires (OR: 0,4, p=0,007). Cette étude est limitée par sa nature rétrospective. Conclusion: Après ajustement de potentiels biais de sélection, la NUR par approche laparoscopique est associée à moins de complications intraopératoires et péri-opératoires comparée à la NUR par approche ouverte.

De lettre intime à lettre ouverte dans Lettres à l’Indigène de Joël Des Rosiers

Dans la première décennie du XXIe siècle, à l’ère des nouvelles technologies de communication électroniques, le courriel est devenu le moyen par excellence pour envoyer et recevoir du contenu privé, remplaçant dès lors l’envoi de lettres papier. Dans ce contexte, pour quelles raisons un individu souhaiterait-il partager ce contenu privé en le publiant ouvertement, publiquement, de plus, dans un format papier, le rendant désormais disponible à l’ensemble des lecteurs désirant en consulter le contenu? Pourtant, telle est la genèse du recueil Lettres à l’Indigène de Joël Des Rosiers dans lequel l’auteur fait don de lettres d’amour qui « deviennent alors des objets communs que partagent la destinataire et l’homme qui lui écrit, le livre et le lecteur » (LALI, p. 7). Ainsi, c’est par la réappropriation d’une pratique épistolaire ancienne que cet ouvrage rend compte d’une écriture intimiste dans laquelle lettres intimes et lettres ouvertes se côtoient. Les lettres intimes comportent plusieurs ressemblances avec les lettres conventionnelles, mais s’en distinguent sur certains points. Les lettres ouvertes, quant à elles, s’apparentent davantage aux publications libres que l’on retrouve dans les divers périodiques papier ou Web, ainsi que dans les divers blogues. Dans les deux types de lettres, nous voyons quelle est la place du destinateur et celle de l’Autre, nous présentons les différentes constructions de l’espace liées à chacune des formes de lettre et nous dévoilons les diverses stratégies formelles qui laissent voir un jeu entre les sphères publique et privée. Nous démontrons ainsi de quelles manières ce recueil questionne l’intimisme du XXIe siècle, ainsi que la pratique d’une écriture intimiste dans le cadre actuel.

Éducation permanente des professionels de la santé: L’Université Ouverte du SUS

Apresenta um panorama geral de cobertura da rede UNA-SUS pelo Brasil, mostrando as principais estatísticas obtidas pela UNA-SUS, como: dados de acesso e quantidade de recursos educacionais.

Política externa chilena e espectro ideológico político-partidário: um estudo sobre a Câmara dos Deputados (2002-2006)

The influence of political parties on decisions made by members of Congress is a hotly debated issue in political science. In foreign policy, which is usually considered nonpartisan, the matter is even more inconclusive. The current study analyzes all the roll-call votes taken on foreign policy issues in the 2002-2006 legislature of the Chilean Chamber of Deputies. After tracing a spatial map of foreign policy preferences among Chilean Deputies using the Nominate statistical package, we concluded that the ideology of the legislator's political party is a predictive factor for his or her foreign policy behavior. Our findings indicate that the way Chilean legislators structure their preferences on foreign policy issues does not differ significantly from the way they shape their domestic policy preferences.

Discussing Chevalier’s data on the efficiency of tariffs for american and french canals in the 1830s

This article revisits Michel Chevalier’s work and discussions of tariffs. Chevalier shifted from Saint-Simonism to economic liberalism during his life in the 19th century. His influence was soon perceived in the political world and economic debates, mainly because of his discussion of tariffs as instruments of efficient transport policies. This work discusses Chevalier’s thoughts on tariffs by revisiting his masterpiece, Le Cours d’Économie Politique. Data Envelopment Analysis (DEA) was conducted to test Chevalier’s hypothesis on the inefficiency of French tariffs. This work showed that Chevalier’s claims on French tariffs are not validated by DEA.

Percutaneous drainage versus emergency cholecystectomy for the treatment of acute cholecystitis in critically ill patients : does it matter ?

RESUME DE THESEContexte de l'étudeLe but de cette étude est de comparer le drainage percutané (DP) et la chirurgie d'urgence (CU) de la vésicule biliaire (VB) pour le traitement de la cholécystite aiguë lithiasique/alithiasique dans un groupe homogène de patients gravement malades et hospitalisés aux soins intensifs (SI).Patients et méthodeEntre les années 2001 et 2007, tous les patients successivement traités par DP ou CU pour cholécystite aiguë aux SI ont été rétrospectivement analysés. Les cas ont été collectés à partir d'une base de données prospective. Le DP était effectué par voie trans-hépatique et la chirurgie par voie ouverte ou laparoscopique. L'état général des patients et la dysfonction des organes étaient évalués par deux scores validés (SAPS Π et SOFA, respectivement). L'analyse des données s'est portée sur les complications à court terme (morbidité, mortalité hospitalière) et à long terme (récurrence des symptômes) après drainage ou chirurgie en urgence.RésultatsQuarante-deux patients (âge médian 65 ans, 32-94 ans) ont été inclus dans l'étude ; 45% ont eu une CU (10 laparoscopics, 9 voies ouvertes) et 55% un DP (n=23) de la vésicule biliaire. Le DP et la CU ont eu des taux de succès respectifs de 91 et 100% pour la résolution du sepsis lié à la cholécystite aigiie. Après drainage et chirurgie de la VB, la dysfonction des organes secondaire au sepsis s'est résolue dans les 3 jours. Malgré le drainage, deux patients ont nécessité une cholécystectomie en urgence pour cholécystite gangréneuse. Le taux de conversion de la laparoscopic à la voie ouverte était de 20%. La morbidité majeure était de 0% après drainage et 21% après chirurgie en urgence (p=0.034). Finalement, la mortalité hospitalière était similaire (13% après DP vs. 16% après CU, p=1.0) et uniquement liée aux co-morbidités des patients. La récurrence des symptômes liés à la VB n'est apparue que chez des patients initialement drainés pour cholécystite lithiasique.ConclusionsChez les patients gravement malades des soins intensifs, le drainage percutané et la chirurgie en urgence de la VB sont tous deux efficaces pour la résolution d'un sepsis lié à une cholécystite aigiie. Cependant, la chirurgie d'urgence est associée à une morbidité majeure accrue et l'approche par laparoscopic n'est pas toujours réalisable. Le drainage percutané de la VB est donc une modalité de traitement valable, mais nécessite à distance de l'épisode aigu une cholécystectomie par laparoscopic, surtout après une cholécystite lithiasique.

Peut-on faire confiance à l'administration ? Une analyse du concept de confiance, appliqué au secteur public

D'une manière générale, la confiance est un « lubrifiant » (Arrow, 1974) facilitant les relations sociales (eg Luhmann, 1968, Giddens, 1984, Zucker, 1986). D'un point de vue économique, un environnement institutionnel bénéficiant d'une confiance élevée serait corrélé avec la performance de l'économie nationale (eg Dyer and Chu, 2003). La confiance, en tant que capital social, permettrait et engendrerait des comportements altruistes et coopératifs impactant et soutenant la prospérité économique d'une communauté (Fukuyama, 1995). Dans un cadre organisationnel, la confiance engendre une communication plus ouverte et facilite l'échange d'information (eg Smith and Barclay, 1997, Currall and Judge, 1995), facilite la gestion des conflits (eg Blomqvist, 2002), l'apprentissage commun (eg Bijlsma-Frankema, 2004) ou diminue les coûts d'intégration (eg Bidault and Jarillo, 1995), par exemple.

The behavioral relevance and top-down susceptibility of early, low level multisensory interactions in humans

Abstract (English)General backgroundMultisensory stimuli are easier to recognize, can improve learning and a processed faster compared to unisensory ones. As such, the ability an organism has to extract and synthesize relevant sensory inputs across multiple sensory modalities shapes his perception of and interaction with the environment. A major question in the scientific field is how the brain extracts and fuses relevant information to create a unified perceptual representation (but also how it segregates unrelated information). This fusion between the senses has been termed "multisensory integration", a notion that derives from seminal animal single-cell studies performed in the superior colliculus, a subcortical structure shown to create a multisensory output differing from the sum of its unisensory inputs. At the cortical level, integration of multisensory information is traditionally deferred to higher classical associative cortical regions within the frontal, temporal and parietal lobes, after extensive processing within the sensory-specific and segregated pathways. However, many anatomical, electrophysiological and neuroimaging findings now speak for multisensory convergence and interactions as a distributed process beginning much earlier than previously appreciated and within the initial stages of sensory processing.The work presented in this thesis is aimed at studying the neural basis and mechanisms of how the human brain combines sensory information between the senses of hearing and touch. Early latency non-linear auditory-somatosensory neural response interactions have been repeatedly observed in humans and non-human primates. Whether these early, low-level interactions are directly influencing behavioral outcomes remains an open question as they have been observed under diverse experimental circumstances such as anesthesia, passive stimulation, as well as speeded reaction time tasks. Under laboratory settings, it has been demonstrated that simple reaction times to auditory-somatosensory stimuli are facilitated over their unisensory counterparts both when delivered to the same spatial location or not, suggesting that audi- tory-somatosensory integration must occur in cerebral regions with large-scale spatial representations. However experiments that required the spatial processing of the stimuli have observed effects limited to spatially aligned conditions or varying depending on which body part was stimulated. Whether those divergences stem from task requirements and/or the need for spatial processing has not been firmly established.Hypotheses and experimental resultsIn a first study, we hypothesized that auditory-somatosensory early non-linear multisensory neural response interactions are relevant to behavior. Performing a median split according to reaction time of a subset of behavioral and electroencephalographic data, we found that the earliest non-linear multisensory interactions measured within the EEG signal (i.e. between 40-83ms post-stimulus onset) were specific to fast reaction times indicating a direct correlation of early neural response interactions and behavior.In a second study, we hypothesized that the relevance of spatial information for task performance has an impact on behavioral measures of auditory-somatosensory integration. Across two psychophysical experiments we show that facilitated detection occurs even when attending to spatial information, with no modulation according to spatial alignment of the stimuli. On the other hand, discrimination performance with probes, quantified using sensitivity (d'), is impaired following multisensory trials in general and significantly more so following misaligned multisensory trials.In a third study, we hypothesized that behavioral improvements might vary depending which body part is stimulated. Preliminary results suggest a possible dissociation between behavioral improvements andERPs. RTs to multisensory stimuli were modulated by space only in the case when somatosensory stimuli were delivered to the neck whereas multisensory ERPs were modulated by spatial alignment for both types of somatosensory stimuli.ConclusionThis thesis provides insight into the functional role played by early, low-level multisensory interac-tions. Combining psychophysics and electrical neuroimaging techniques we demonstrate the behavioral re-levance of early and low-level interactions in the normal human system. Moreover, we show that these early interactions are hermetic to top-down influences on spatial processing suggesting their occurrence within cerebral regions having access to large-scale spatial representations. We finally highlight specific interactions between auditory space and somatosensory stimulation on different body parts. Gaining an in-depth understanding of how multisensory integration normally operates is of central importance as it will ultimately permit us to consider how the impaired brain could benefit from rehabilitation with multisensory stimula-Abstract (French)Background théoriqueDes stimuli multisensoriels sont plus faciles à reconnaître, peuvent améliorer l'apprentissage et sont traités plus rapidement comparé à des stimuli unisensoriels. Ainsi, la capacité qu'un organisme possède à extraire et à synthétiser avec ses différentes modalités sensorielles des inputs sensoriels pertinents, façonne sa perception et son interaction avec l'environnement. Une question majeure dans le domaine scientifique est comment le cerveau parvient à extraire et à fusionner des stimuli pour créer une représentation percep- tuelle cohérente (mais aussi comment il isole les stimuli sans rapport). Cette fusion entre les sens est appelée "intégration multisensorielle", une notion qui provient de travaux effectués dans le colliculus supérieur chez l'animal, une structure sous-corticale possédant des neurones produisant une sortie multisensorielle différant de la somme des entrées unisensorielles. Traditionnellement, l'intégration d'informations multisen- sorielles au niveau cortical est considérée comme se produisant tardivement dans les aires associatives supérieures dans les lobes frontaux, temporaux et pariétaux, suite à un traitement extensif au sein de régions unisensorielles primaires. Cependant, plusieurs découvertes anatomiques, électrophysiologiques et de neuroimageries remettent en question ce postulat, suggérant l'existence d'une convergence et d'interactions multisensorielles précoces.Les travaux présentés dans cette thèse sont destinés à mieux comprendre les bases neuronales et les mécanismes impliqués dans la combinaison d'informations sensorielles entre les sens de l'audition et du toucher chez l'homme. Des interactions neuronales non-linéaires précoces audio-somatosensorielles ont été observées à maintes reprises chez l'homme et le singe dans des circonstances aussi variées que sous anes- thésie, avec stimulation passive, et lors de tâches nécessitant un comportement (une détection simple de stimuli, par exemple). Ainsi, le rôle fonctionnel joué par ces interactions à une étape du traitement de l'information si précoce demeure une question ouverte. Il a également été démontré que les temps de réaction en réponse à des stimuli audio-somatosensoriels sont facilités par rapport à leurs homologues unisensoriels indépendamment de leur position spatiale. Ce résultat suggère que l'intégration audio- somatosensorielle se produit dans des régions cérébrales possédant des représentations spatiales à large échelle. Cependant, des expériences qui ont exigé un traitement spatial des stimuli ont produits des effets limités à des conditions où les stimuli multisensoriels étaient, alignés dans l'espace ou encore comme pouvant varier selon la partie de corps stimulée. Il n'a pas été établi à ce jour si ces divergences pourraient être dues aux contraintes liées à la tâche et/ou à la nécessité d'un traitement de l'information spatiale.Hypothèse et résultats expérimentauxDans une première étude, nous avons émis l'hypothèse que les interactions audio- somatosensorielles précoces sont pertinentes pour le comportement. En effectuant un partage des temps de réaction par rapport à la médiane d'un sous-ensemble de données comportementales et électroencépha- lographiques, nous avons constaté que les interactions multisensorielles qui se produisent à des latences précoces (entre 40-83ms) sont spécifique aux temps de réaction rapides indiquant une corrélation directe entre ces interactions neuronales précoces et le comportement.Dans une deuxième étude, nous avons émis l'hypothèse que si l'information spatiale devient perti-nente pour la tâche, elle pourrait exercer une influence sur des mesures comportementales de l'intégration audio-somatosensorielles. Dans deux expériences psychophysiques, nous montrons que même si les participants prêtent attention à l'information spatiale, une facilitation de la détection se produit et ce toujours indépendamment de la configuration spatiale des stimuli. Cependant, la performance de discrimination, quantifiée à l'aide d'un index de sensibilité (d') est altérée suite aux essais multisensoriels en général et de manière plus significative pour les essais multisensoriels non-alignés dans l'espace.Dans une troisième étude, nous avons émis l'hypothèse que des améliorations comportementales pourraient différer selon la partie du corps qui est stimulée (la main vs. la nuque). Des résultats préliminaires suggèrent une dissociation possible entre une facilitation comportementale et les potentiels évoqués. Les temps de réactions étaient influencés par la configuration spatiale uniquement dans le cas ou les stimuli somatosensoriels étaient sur la nuque alors que les potentiels évoqués étaient modulés par l'alignement spatial pour les deux types de stimuli somatosensorielles.ConclusionCette thèse apporte des éléments nouveaux concernant le rôle fonctionnel joué par les interactions multisensorielles précoces de bas niveau. En combinant la psychophysique et la neuroimagerie électrique, nous démontrons la pertinence comportementale des ces interactions dans le système humain normal. Par ailleurs, nous montrons que ces interactions précoces sont hermétiques aux influences dites «top-down» sur le traitement spatial suggérant leur occurrence dans des régions cérébrales ayant accès à des représentations spatiales de grande échelle. Nous soulignons enfin des interactions spécifiques entre l'espace auditif et la stimulation somatosensorielle sur différentes parties du corps. Approfondir la connaissance concernant les bases neuronales et les mécanismes impliqués dans l'intégration multisensorielle dans le système normale est d'une importance centrale car elle permettra d'examiner et de mieux comprendre comment le cerveau déficient pourrait bénéficier d'une réhabilitation avec la stimulation multisensorielle.

Design and analysis of ChIP-Seq experiments for nuclear factor I DNA-binding proteins

SUMMARY : Eukaryotic DNA interacts with the nuclear proteins using non-covalent ionic interactions. Proteins can recognize specific nucleotide sequences based on the sterical interactions with the DNA and these specific protein-DNA interactions are the basis for many nuclear processes, e.g. gene transcription, chromosomal replication, and recombination. New technology termed ChIP-Seq has been recently developed for the analysis of protein-DNA interactions on a whole genome scale and it is based on immunoprecipitation of chromatin and high-throughput DNA sequencing procedure. ChIP-Seq is a novel technique with a great potential to replace older techniques for mapping of protein-DNA interactions. In this thesis, we bring some new insights into the ChIP-Seq data analysis. First, we point out to some common and so far unknown artifacts of the method. Sequence tag distribution in the genome does not follow uniform distribution and we have found extreme hot-spots of tag accumulation over specific loci in the human and mouse genomes. These artifactual sequence tags accumulations will create false peaks in every ChIP-Seq dataset and we propose different filtering methods to reduce the number of false positives. Next, we propose random sampling as a powerful analytical tool in the ChIP-Seq data analysis that could be used to infer biological knowledge from the massive ChIP-Seq datasets. We created unbiased random sampling algorithm and we used this methodology to reveal some of the important biological properties of Nuclear Factor I DNA binding proteins. Finally, by analyzing the ChIP-Seq data in detail, we revealed that Nuclear Factor I transcription factors mainly act as activators of transcription, and that they are associated with specific chromatin modifications that are markers of open chromatin. We speculate that NFI factors only interact with the DNA wrapped around the nucleosome. We also found multiple loci that indicate possible chromatin barrier activity of NFI proteins, which could suggest the use of NFI binding sequences as chromatin insulators in biotechnology applications. RESUME : L'ADN des eucaryotes interagit avec les protéines nucléaires par des interactions noncovalentes ioniques. Les protéines peuvent reconnaître les séquences nucléotidiques spécifiques basées sur l'interaction stérique avec l'ADN, et des interactions spécifiques contrôlent de nombreux processus nucléaire, p.ex. transcription du gène, la réplication chromosomique, et la recombinaison. Une nouvelle technologie appelée ChIP-Seq a été récemment développée pour l'analyse des interactions protéine-ADN à l'échelle du génome entier et cette approche est basée sur l'immuno-précipitation de la chromatine et sur la procédure de séquençage de l'ADN à haut débit. La nouvelle approche ChIP-Seq a donc un fort potentiel pour remplacer les anciennes techniques de cartographie des interactions protéine-ADN. Dans cette thèse, nous apportons de nouvelles perspectives dans l'analyse des données ChIP-Seq. Tout d'abord, nous avons identifié des artefacts très communs associés à cette méthode qui étaient jusqu'à présent insoupçonnés. La distribution des séquences dans le génome ne suit pas une distribution uniforme et nous avons constaté des positions extrêmes d'accumulation de séquence à des régions spécifiques, des génomes humains et de la souris. Ces accumulations des séquences artéfactuelles créera de faux pics dans toutes les données ChIP-Seq, et nous proposons différentes méthodes de filtrage pour réduire le nombre de faux positifs. Ensuite, nous proposons un nouvel échantillonnage aléatoire comme un outil puissant d'analyse des données ChIP-Seq, ce qui pourraient augmenter l'acquisition de connaissances biologiques à partir des données ChIP-Seq. Nous avons créé un algorithme d'échantillonnage aléatoire et nous avons utilisé cette méthode pour révéler certaines des propriétés biologiques importantes de protéines liant à l'ADN nommés Facteur Nucléaire I (NFI). Enfin, en analysant en détail les données de ChIP-Seq pour la famille de facteurs de transcription nommés Facteur Nucléaire I, nous avons révélé que ces protéines agissent principalement comme des activateurs de transcription, et qu'elles sont associées à des modifications de la chromatine spécifiques qui sont des marqueurs de la chromatine ouverte. Nous pensons que lés facteurs NFI interagir uniquement avec l'ADN enroulé autour du nucléosome. Nous avons également constaté plusieurs régions génomiques qui indiquent une éventuelle activité de barrière chromatinienne des protéines NFI, ce qui pourrait suggérer l'utilisation de séquences de liaison NFI comme séquences isolatrices dans des applications de la biotechnologie.